Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014936.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14969, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5247
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.37
Found at i:1828 original size:664 final size:653
Alignment explanation
Indices: 1--5245 Score: 5072
Period size: 664 Copynumber: 7.9 Consensus size: 653
* *
1 AACCATCACGGTTTTCGGCT-AAAACTGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTCCTTGATTTTTGG
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC-GCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
* * * * * ** *
65 CACCCAAACTCCTTTAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACGTTAAATTTAATGAT
65 CGCCCAAACTCCTTGAAAAATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
*
130 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATTGGA
130 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGG-----A----A
* * *
195 AAAATGATATTAGATGCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATATATTA
186 AAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-TTTTA
* * * * * * **
260 GGAGAATTGTGCT-AAAAATCTGAGGAAACATTTTT-GTATCTTTTTTGCAAAATTTTAGCTAAA
250 TGAGAATTGTGGTCAAAAAT-TGAGGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTTGCCAAATTTTAGCCGAA
*
323 ATCATG---T-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGACTCCATCTCAGTTTTGCT
314 ATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGAC-CCATCTCAGTTTTGCT
* * * * * * * *
384 TGATTTTTGGAGCCGAAACTCCTTGAAACATATATATTCATTTAAACAAATCTAAGTCAGGTTGT
378 TGATTTTTGGTGCCCAAACTCCTTGAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGG
* * * *
449 ATTTAAGAATTTTCTTTTCGAGTATTTGAAT-ATGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCATAAA
443 ATTTAAGGATTTTCTTTTCGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA
* * * ** * * *
513 AAAATGCAAAAATGATATTATATAATTGAAAATTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATAT
508 AAAATGGAAAAACGATATTAGATGCTTGAAAA-GCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTACATAT
** * * *
578 ATTTTTATGAGAATTGTGGTCAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCTTTTTTTTTGTTTGCAA
572 ATTCATATGAGAATTGTGGT-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTC-----ATTT-TTTGCAA
*
643 ACTTTTA-ACGAAATCGTG-TAA-T
630 A-TTTTAGCCGAAATCGTGATAACT
* * *
665 AACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
* * * * ** * **
730 GCCCAGACTCCTTG-AAATTTCTATATTCATCTAACGAAATTTTGGCCACATTGGATTTAATAAT
66 GCCCAAACTCCTTGAAAAATT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* * * * * * *
794 TTGTTTTTATGAACATCTGAATCATGTTTCGATTTCATCAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGG-A
130 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT--------CAGGAA
* ***
858 AAAATGATATTAGATG-TGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGTTATTGAATTATATATATATATT
186 AAAACGATATTAGATGCT-TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-T-TT
* * * *
922 AATGAGAATTATGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAT-TTTTTTGCAAAATTTTAGA
248 TATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GG--ATGTTTTTTGCCAAATTTTAGC
* * * * * * *
986 TGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTAGGCTAATAATGCGTTCGGGGACCCGA-CTCAGTTT
310 CGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCC-ATCTCAGTTT
* * * * * * * *
1050 TGCTTAATTTTTAGAGCCCAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCT-ACCAAATCTCGGCCACA
374 TGCTTGATTTTTGGTGCCCAAACTCCTTGAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACG
* ** * * * * * * *
1114 TTGGATTTAAGGAGTTGATATTACAAGCATCTGAATCATGTTTGGATTTAATCATAAATTAATTT
439 TTGGATTTAAGGATTTTCT-TTTCGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
* *
1179 AGAAAAAAAATAGGAAAAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGT
503 AG-AAAAAAAT-GGAAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCC-TTCAATCTTTTTGGCGTTGAAT
*
1244 TACATAT-TTCATATGAGTATTGTGGGTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGC-
565 TACATATATTCATATGAGAATTGT-GGTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCA
1307 AATGTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCT
629 AAT-TTTAGCCGAAATCGTG-A-TAA-CT
* * *
1336 AACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTTAGTTTTGCTTGATTTTT
1 AACCATCACGGTTTTTGG-C-TAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTT
* * * *
1401 GGCGCCCAAACCCCTTGAAAAATTTATTTTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTCGACTTAAGG
63 GGCGCCCAAACTCCTTGAAAAATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGG
* *
1466 ATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAACGA
128 ATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAACGA
* * * *
1531 TATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGCTGAATTGTATATATTTTTATGAGAATT
193 TATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATT
1596 GTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTTCGCCAAATTTTAGCCGAAATCATGTA
258 GTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTT-GCCAAATTTTAGCCGAAATCATGTA
* * * * * *
1661 CTAACCATCACGATTTTTGTCTAAAAACGTGTTCCGTGACACCATCTCTGTTTCGCTTGATTTTT
322 CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGAC-CCATCTCAGTTTTGCTTGATTTTT
* * * *
1726 GGTGCCCAAACTCCTTGAAACATATATATTCAT-TAAACCAAATATTAGCCATGTTGTATTTAAG
386 GGTGCCCAAACTCCTTGAAACATATATATTCATCT-AACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAG
* *
1790 GATTTTCTTTTCGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGC
450 GATTTTCTTTTCGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGG
* * * * * * *
1855 AAAAACAATATTATATGCTTGAAAATCCTTCAATATTTTTGGCATTCAATT--ATATATACATTT
515 AAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTACATATATTCA--T
* * * *
1918 ATGAGAATTGTGGTCAAAATTTGAGGAAATATATTTCAGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
578 ATGAGAATTGTGGT-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA-TTTTTTGC-AAATTTTAGCCG
1983 AAATCGTGTACTAACT
640 AAATCGTG-A-TAACT
* * *
1999 AACCATCACGG-TTTT-GCTAAAAAAGCGTTCTGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTCATTTTTGGC
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
* * * * * * * * **
2062 GCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGCAAAATCCCAGCCACATTAGATTTAATAATT
66 GCCCAAACTCCTTGAAAAATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATT
* * * * *
2127 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCAATTTAATCTAATTCAGAAA--AAAT-A-GAAAAAG
131 TGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGA--T--T-TAATT-AGAAATTAATTCAGGAAAAAA
* * * *
2188 TGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAGTCTTTTT-GCGTTGAATTATATATATATTT-T-AGT
190 CGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGA
* * * *
2250 ATTGTCGCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCAGGTCATTTTTTTTG-CAAATTTTTAGCCGAAAT
255 ATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GG--ATGTTTTTTGCCAAA-TTTTAGCCGAAAT
* * * *
2314 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTTAGTTTTGCTT
316 CATGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGACCCATCTCAGTTTTGCTT
* * * * *
2379 GATATTTGGCGTCCAAACTACTTGAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCGCGTTGGA
379 GATTTTTGGTGCCCAAACTCCTTGAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGA
* * * *
2444 CTTAAGGATTTGT-TTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGA
444 TTTAAGGATTT-TCTTTT-CGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAA
* * * * *
2508 AAAAATTGAAAAACGATGTTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA
507 AAAAATGGAAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAG-CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTACATA
** * * * *
2573 TATTTTTATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGAT-GTTTTTCGCCAAATTT
571 TATTCATATGAGAATTGTGGT-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTG-CAAATTT
**
2637 TAGCCGAAATCAAG-T-ACT
634 TAGCCGAAATCGTGATAACT
* * * * * * * * *
2655 AACCATTACAGTTTTTGTCTAAAAACACGTTTCGGGACTAC-ATCTCAATTTCGCTTGATTTTTG
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC-CCGA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTG
* * * *
2719 GTGCCCAAACTCCTT-AAAACATTTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCATGTTGTATTTAAGG
64 GCGCCCAAACTCCTTGAAAA-ATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGG
*
2783 ATTT-TCTTTT-TGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATG
128 ATTTGT-TTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG--------G
* * * * * * * ***
2846 CAAAAACAATATTATATGCTTGAAAA-TCCTTCAATATTTTTGGCATTGAATTACATATGCATTT
184 AAAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTT
* * * *
2910 ATGAGAATTGTGGTCAAAATTTGAGGAAATATATTTCAGGTCAT-TTTTTTGCAAAATTTTAGCC
249 ATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GG--ATGTTTTTTGCCAAATTTTAGCC
* ** ** *
2974 GAAATCGTGTACTAACTAACCATCACGG-TTTT-GCTAAAAAAACGTTATGGGGCCCGA-CTCAG
311 GAAATCATG---T-ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCC-ATCTCAG
* * * * * * * *
3036 TTTTGCTTCATTTTTGGTGCCCAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATGTAGCAAAATCTCAGCC
371 TTTTGCTTGATTTTTGGTGCCCAAACTCCTTGAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC
* ** * * *
3101 ACATTGGATTTAATAATTTGT-TTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCAATTTAA-T-----CTA
436 ACGTTGGATTTAAGGATTT-TCTTTT-CGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
** *
3159 ATTC--AAAAAAATAGGAAAAGTGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAGTC-TTTTGGCGTTG
499 ATTCAGAAAAAAAT-GGAAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAG-CCTTCAATCTTTTTGGCGTTG
* * * * ** *
3221 AATTATATATATAT-ATTTTAGTATTGTCGCCAAAAATTGAGGAAAGAA-TTTTCAGGTCATCTT
562 AATTACATATAT-TCATATGAGAATTGT-GGTAAAAATTGAGGAAA-AATTTTTCGGGTCAT-TT
3284 TTTGCAAATTTTTAGCCGAAATCGTG-T-ACT
623 TTTGCAAA-TTTTAGCCGAAATCGTGATAACT
* * * * * *
3314 --CCATCACGGTTTTTGGCTGAAAACACGTTCCGGGGCCCCAGCTTAGTTTTTCTTGATATTTGG
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
* * ** *
3377 CGTCCAAACTCCTTGAAACACATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGACTTAAGGAT
65 CGCCCAAACTCCTTGAAAAATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
*
3442 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTCTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATGGAA
130 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGG-----A---AA
* * * *
3507 AAACGATGTTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGCGTTGAATTTTATATATTTTTATG
187 AAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATG
* * *
3572 AGAATTGTGGTCAAAAATCGAGGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTTCGCCAATTTTTTGCCGAAAT
252 AGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTT-GCCAAATTTTAGCCGAAAT
* * * * * *
3637 CATGTACTAACCATCACGGGTTTTGTCTAAAAACGCGTTCTGAGACTCCATCTGAGTTTCGCTTG
316 CATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGAC-CCATCTCAGTTTTGCTTG
* * * * *
3702 ATTTTTGGTGCCCAAACTTCTCGACACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATGTTGTG-
380 ATTTTTGGTGCCCAAACTCCTTGAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTG-GA
* * * * *
3766 TTTAAGGATGTTCTTTTCGAGCATTTCAATCTTGTTTCGATTTAA-TAAAAATTAATTCGGAAAA
444 TTTAAGGATTTTCTTTTCGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA
* * * *
3830 AAATGCAAAAAAGATATTATATGCTTGAAAATCCCTTCAATAC-TTTTGGCGTTGAATTACATAT
509 AAATGGAAAAACGATATTAGATGCTTGAAAA-GCCTTCAAT-CTTTTTGGCGTTGAATTACATAT
** * * * * *
3894 ATTTTTATGAGAATTGTTGTAAAATTTGAGGAAACATTTTTCAGTTCAATTTTCTTGCAAAATTT
572 ATTCATATGAGAATTGTGGTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTC-ATTTT-TTGC-AAATTT
*
3959 TAACCGAAATCGTG-T-ACT
634 TAGCCGAAATCGTGATAACT
* * *
3977 AACCGTCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTAGC
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
* * * * * **
4042 GACCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCATATTGGATTTAAGGATT
66 GCCCAAACTCCTTGAAAAATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATT
* * * * * *
4107 TGATTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTGGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATAGGAA
131 TGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-----GA-A--AA
* * * * **
4172 AAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCGTTCAATTTTTTTGGCGTTGAGTTACATAT-TTCATATG
188 AA-CGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATG
* *
4236 AGTATTGTGGGT-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCATTTTTT-CC-AATGTTTAGCCGAA
252 AGAATTGT-GGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGAT-GTTTTTTGCCAAAT-TTTAGCCGAA
* * * ** *
4298 ATCGTGTATTAACCATCATGGTTTTTGGGC-AAAAACGCGTTCCGGGACCCGGCTCAGTTTTTCT
314 ATCATGTACTAACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCATCTCAGTTTTGCT
* * * * * * *
4362 TGATTTTTTGCGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCACATTGG
378 TGATTTTTGGTGCCCAAACTCCTTGAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGG
* ** * * * *
4427 ATTTAAAGATTTGATTTTACGAG-TTTCTGAATCATGTTTGGATTTAATCAGAAATAAATTCAGA
443 ATTTAAGGATTTTCTTTT-CGAGCATT-TGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGA
* * *
4491 AAAAAATAGGAAAAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCTTTCAATTTTTTTGGCGTTGAGTTACA
506 AAAAAAT-GGAAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCC-TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTACA
*
4556 TAT-TTCATATGAGTATTGTGGGTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGC-AATG
569 TATATTCATATGAGAATTGT-GGTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAT-
4619 TTTAGCCGAAATCGTG-TAA-T
632 TTTAGCCGAAATCGTGATAACT
* *
4639 AACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
* * * *
4704 GCCCAGACTCCTTG-AAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTCGACTTAAGGAT
66 GCCCAAACTCCTTGAAAAATT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* * * * * *
4768 TTATTTTTACGAGTATTTGAATCATGTTTCGATTTCATCAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGG-A
130 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT--------CAGGAA
* * * * * *
4832 AAAATGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGTCATTGAATTATATATATATTAAT
186 AAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTAT
* *
4897 GAGAATTGTGGTCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTCGCCAAATTTTAGCCGAAAT
251 GAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTTGCCAAATTTTAGCCGAAAT
* * * *
4962 CATGTACTAACCATCACGGTTTTTGTCTAAAAACACGTTCCGGGACTACATCTCAGTTTCGCTTG
316 CATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGAC-CCATCTCAGTTTTGCTTG
* * * * *
5027 ATTTTTGGTGCCCAAACTCCTTAAAACATTTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCATGTTGTAT
380 ATTTTTGGTGCCCAAACTCCTTGAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGAT
*
5092 TTAAGGATTTTCTTTTCGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAA
445 TTAAGGATTTTCTTTTCGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA
* * * * * *
5156 AATGCAAAAAACAATATTATATGCTTGAAAATCCTTCAATATTTTTGGCATTGAATTACATATA-
510 AATG-GAAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTACATATAT
*
5220 -CATTTATGAGAATTGTGGTCAAAATT
574 TCA--TATGAGAATTGTGGTAAAAATT
5246 TG
Statistics
Matches: 3764, Mismatches: 629, Indels: 380
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
650 1 0.00
652 5 0.00
653 5 0.00
654 18 0.00
655 6 0.00
656 58 0.02
657 280 0.07
658 275 0.07
659 240 0.06
660 212 0.06
661 214 0.06
662 568 0.15
663 389 0.10
664 574 0.15
665 350 0.09
666 116 0.03
667 34 0.01
668 3 0.00
669 42 0.01
670 63 0.02
671 76 0.02
672 49 0.01
673 74 0.02
674 107 0.03
675 5 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (653 bp):
AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
GCCCAAACTCCTTGAAAAATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATT
TGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAACGATAT
TAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTG
GTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTTGCCAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAA
CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCATCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGC
CCAAACTCCTTGAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTT
CTTTTCGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAAC
GATATTAGATGCTTGAAAAGCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTACATATATTCATATGAGAAT
TGTGGTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAATTTTAGCCGAAATCGTGATA
ACT
Found at i:2783 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--5243 Score: 5295
Period size: 331 Copynumber: 15.8 Consensus size: 330
* *
1 AACCATCACGGTTTTCGGCT-AAAACTGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTCCTTGATTTTTGG
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC-GCGTTCCGGGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
* * * * ** *
65 CACCCAAACTCCTTTAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACGTTAAATTTAATGAT
64 CGCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* *
130 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATTGGA
129 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAA-TGGA
* * *
195 AAAATGATATTAGATGCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATATATTA
193 AAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-TTTTA
* * * * * * **
260 GGAGAATTGTGCT-AAAAATCTGAGGAAACATTTTT-GTATCTTTTTTGCAAAATTTTAGCTAAA
257 TGAGAATTGTGGTCAAAAAT-TGAGGAAAAATTTTTCGGATATTTTTTGCCAAATTTTAGCCGAA
*
323 ATCATG---T
321 ATCGTGTACT
* *
330 -ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGACTCCATCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC-CCA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
* * * * * * * * * *
394 AGCCGAAACTCCTTGAAACATATATATTCATTTAAACAAATCTAAGTCAGGTTGTATTTAAGAAT
64 CGCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* * ** *
459 TT-TCTTTT-CGAGTATTTGAAT-ATGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCATAAAAAAATGCA
129 TTGT-TTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATGGA
* * ** ** *
521 AAAATGATATTATATAATTGAAAATTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTTAT
193 AAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTAT
* * * * *
586 GAGAATTGTGGTCAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCTTTTTTTTTGTTTGCAAACTTTTA-
258 GAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GG--ATATTTTTTG---CCAAA-TTTTAG
* *
650 ACGAAATCGTGTAAT
316 CCGAAATCGTGTACT
* * *
665 AACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
* * * * ** * **
730 GCCCAGACTCCTTGAAA-TTTCTATATTCATCTAACGAAATTTTGGCCACATTGGATTTAATAAT
65 GCCCAAACTCCTTGAAACATT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* * * * * * *
794 TTGTTTTTATGAACATCTGAATCATGTTTCGATTTCATCAGAAATTAATT-TGAAAAAAATAGGA
129 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAAT-GGA
* ***
858 AAAATGATATTAGATG-TGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGTTATTGAATTATATATATATATT
193 AAAACGATATTAGATGCT-TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-T-TT
* * * * **
922 AATGAGAATTATGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGAT
255 TATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGAT-A-TTTTTTGCCAAATTTTAGCC
987 GAAATCGTGTACT
318 GAAATCGTGTACT
* * * * * *
1000 AACCATCACTGTTTTAGGCTAATAATGCGTT-CGGGGACCCGACTCAGTTTTGCTTAATTTTTAG
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGG-CCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
* * * * * *
1064 AGCCCAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCT-ACCAAATCTCGGCCACATTGGATTTAAGGAG
64 CGCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* * * * * * * * *
1128 TTGATATTACAAGCATCTGAATCATGTTTGGATTTAATCATAAATTAATTTAGAAAAAAAATAGG
129 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-GAAAAAAT-GG
* * * * **
1193 AAAAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTACATAT-TTCATA
192 AAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTA
* *
1257 TGAGTATTGTGGGT-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTG-C-AATGTTTAGCCG
257 TGAGAATTGT-GGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGAT-ATTTTTTGCCAAAT-TTTAGCCG
1319 AAATCGTGTACTAACCT
319 AAATCGTG---T-A-CT
* *
1336 AACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTTAGTTTTGCTTGATTTTT
1 AACCATCACGGTTTTTGG-C-TAAAAACGCGTTCCGGGG-CCCA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTT
* * * * *
1401 GGCGCCCAAACCCCTTGAAAAATTTATTTTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTCGACTTAAGG
62 GGCGCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGG
* * *
1466 ATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGG-----A---
127 ATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATGG
* * * *
1523 AAAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGCTGAATTGTATATATTTTTA
192 AAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTA
*
1588 TGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTTCGCCAAATTTTAGCCGAA
257 TGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATATTTTTT-GCCAAATTTTAGCCGAA
*
1653 ATCATGTACT
321 ATCGTGTACT
* * * * * * *
1663 AACCATCACGATTTTTGTCTAAAAACGTGTTCCGTGACACCATCTCTGTTTCGCTTGATTTTTGG
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC-CCA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
* * * * * *
1728 TGCCCAAACTCCTTGAAACATATATATTCAT-TAAACCAAATATTAGCCATGTTGTATTTAAGGA
64 CGCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCT-AACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGA
* * *
1792 TTT-TCTTTT-CGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGC
128 TTTGT-TTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATGG
* * * * * * **
1855 AAAAACAATATTATATGCTTGAAAA-TCCTTCAATATTTTTGGCATTCAATTATATATACATTTA
192 AAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTA
* * * *
1919 TGAGAATTGTGGTCAAAATTTGAGGAAATATATTTCAGG-TCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
257 TGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GGAT-A-TTTTTTGCCAAATTTTAGCCG
1983 AAATCGTGTACTAACT
319 AAATCGTG---T-ACT
* * *
1999 AACCATCACGG-TTTT-GCTAAAAAAGCGTTCTGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTCATTTTTGGC
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
* * * * * * * * **
2062 GCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGCAAAATCCCAGCCACATTAGATTTAATAATT
65 GCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATT
* * * *
2127 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCAATTTAA-T-----CTAATTCA-GAAAAAATAGAAA
130 TGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATGGAAA
* * *
2185 AAGTGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAGTCTTTTT-GCGTTGAATTATATATATATTT-T-
195 AA-CGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATG
* * * * *
2247 AGTATTGTCGCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCAGGTCATTTTTTTTG-CAAATTTTTAGCCGA
259 AGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GG--ATATTTTTTGCCAAA-TTTTAGCCGA
2311 AATCGTGTACT
320 AATCGTGTACT
* *
2322 AACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTTAGTTTTGCTTGATATTTG
1 AACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGG-CCCA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTG
* * * * *
2387 GCGTCCAAACTACTTGAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCGCGTTGGACTTAAGGA
63 GCGCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGA
* * *
2452 TTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATTGA
128 TTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATGGA
* * *
2517 AAAACGATGTTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTTAT
193 AAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTAT
* * *
2582 GAGAATTGTGGTCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTCGCCAAATTTTAGCCGAAAT
258 GAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATATTTTTTGCCAAATTTTAGCCGAAAT
**
2647 CAAGTACT
323 CGTGTACT
* * * * * * * * *
2655 AACCATTACAGTTTTTGTCTAAAAACACGTTTCGGGACTACATCTCAATTTCGCTTGATTTTTGG
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC-CCA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
* * * * *
2720 TGCCCAAACTCCTTAAAACATTTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCATGTTGTATTTAAGGAT
64 CGCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* * * *
2785 TT-TCTTTT-TGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGCA
129 TTGT-TTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATGGA
* * * * * * ***
2848 AAAACAATATTATATGCTTGAAAA-TCCTTCAATATTTTTGGCATTGAATTACATATGCATTTAT
193 AAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTAT
* * * *
2912 GAGAATTGTGGTCAAAATTTGAGGAAATATATTTCAGG-TCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
258 GAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GGAT-A-TTTTTTGCCAAATTTTAGCCGA
2976 AATCGTGTACTAACT
320 AATCGTG---T-ACT
** ** * *
2991 AACCATCACGG-TTTT-GCTAAAAAAACGTTATGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTCATTTTTGGT
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
* * * * * * * * **
3054 GCCCAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATGTAGCAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAATAATT
65 GCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATT
* * *
3119 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCAATTTAA-T-----CTAATTCA--AAAAAATAGGAA
130 TGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAAT-GGAA
** *
3176 AAGTGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAGTC-TTTTGGCGTTGAATTATATATATATATTT-
194 AAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-T-TTTA
* * *
3239 T-AGTATTGTCGCCAAAAATTGAGGAAAGAA-TTTTCAGG-TCATCTTTTTG-CAAATTTTTAGC
257 TGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAA-AATTTTTC-GGAT-AT-TTTTTGCCAAA-TTTTAGC
3300 CGAAATCGTGTACT
317 CGAAATCGTGTACT
* * * * *
3314 --CCATCACGGTTTTTGGCTGAAAACACGTTCCGGGGCCCCAGCTTAGTTTTTCTTGATATTTGG
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGG-CCCA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
* ** *
3377 CGTCCAAACTCCTTGAAACACATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGACTTAAGGAT
64 CGCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* *
3442 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTCTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATGGAA
129 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATGGAA
* * * *
3507 AAACGATGTTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGCGTTGAATTTTATATATTTTTATG
194 AAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATG
* * * *
3572 AGAATTGTGGTCAAAAATCGAGGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTTCGCCAATTTTTTGCCGAAAT
259 AGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATATTTTTT-GCCAAATTTTAGCCGAAAT
*
3637 CATGTACT
323 CGTGTACT
* * * * * * *
3645 AACCATCACGGGTTTTGTCTAAAAACGCGTTCTGAGACTCCATCTGAGTTTCGCTTGATTTTTGG
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC-CCA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
* * * * *
3710 TGCCCAAACTTCTCGACACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATGTTGTG-TTTAAGGA
64 CGCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTG-GATTTAAGGA
* * * *
3774 --TGTTCTTTTCGAGCATTTCAATCTTGTTTCGATTTAA-TAAAAATTAATTC-GGAAAAAAATG
128 TTTGTT-TTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGG-AAAAAATG
* * * * *
3835 CAAAAAAGATATTATATGCTTGAAAATCCCTTCAATAC-TTTTGGCGTTGAATTACATATATTTT
191 GAAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAAT-CTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTT
* * * * * * *
3899 TATGAGAATTGTTGT-AAAATTTGAGGAAACATTTTTCAGTTCAATTTTCTTGCAAAATTTTAAC
255 TATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGAT--ATTTT-TTGCCAAATTTTAGC
3963 CGAAATCGTGTACT
317 CGAAATCGTGTACT
* * *
3977 AACCGTCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTAGC
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
* * * * * **
4042 GACCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCATATTGGATTTAAGGATT
65 GCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATT
* * * * *
4107 TGATTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTGGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATAGGAA
130 TGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAAT-GGAA
* * * * * **
4172 AAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCGTTCAATTTTTTTGGCGTTGAGTTACATAT-TTCATATG
194 AAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATG
*
4236 AGTATTGTGGGT-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCATTTTTT-CC-AATGTTTAGCCGAA
259 AGAATTGT-GGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGAT-ATTTTTTGCCAAAT-TTTAGCCGAA
*
4298 ATCGTGTATT
321 ATCGTGTACT
* * * * *
4308 AACCATCATGGTTTTTGGGC-AAAAACGCGTTCCGGGACCCGGCTCAGTTTTTCTTGATTTTTTG
1 AACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
* * * * * *
4372 CGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCACATTGGATTTAAAGAT
64 CGCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* * * * * *
4437 TTGATTTTACGAG-TTTCTGAATCATGTTTGGATTTAATCAGAAATAAATTCAGAAAAAAATAGG
129 TTGTTTTTACGAGCATT-TGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAAT-GG
* * * * * **
4501 AAAAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCTTTCAATTTTTTTGGCGTTGAGTTACATAT-TTCATA
192 AAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTA
* *
4565 TGAGTATTGTGGGT-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTG-C-AATGTTTAGCCG
257 TGAGAATTGT-GGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGAT-ATTTTTTGCCAAAT-TTTAGCCG
*
4627 AAATCGTGTAAT
319 AAATCGTGTACT
* *
4639 AACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
* * * *
4704 GCCCAGACTCCTTGAAA-TTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTCGACTTAAGGAT
65 GCCCAAACTCCTTGAAACATT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* * * * * *
4768 TTATTTTTACGAGTATTTGAATCATGTTTCGATTTCATCAGAAATTAATT-TGAAAAAAATAGGA
129 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAAT-GGA
* * * * * *
4832 AAAATGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGTCATTGAATTATATATATATTAAT
193 AAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTAT
* * *
4897 GAGAATTGTGGTCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGATGTTTTTCGCCAAATTTTAGCCGAAAT
258 GAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATATTTTTTGCCAAATTTTAGCCGAAAT
*
4962 CATGTACT
323 CGTGTACT
* * * * *
4970 AACCATCACGGTTTTTGTCTAAAAACACGTTCCGGGACTACATCTCAGTTTCGCTTGATTTTTGG
1 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC-CCA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
* * * * *
5035 TGCCCAAACTCCTTAAAACATTTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCATGTTGTATTTAAGGAT
64 CGCCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* *
5100 TT-TCTTTT-CGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA-GAAAAAATGCA
129 TTGT-TTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATG-G
* * * * * * **
5162 AAAAACAATATTATATGCTTGAAAA-TCCTTCAATATTTTTGGCATTGAATTACATATACATTTA
192 AAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTA
5226 TGAGAATTGTGGTCAAAA
257 TGAGAATTGTGGTCAAAA
5244 TTTG
Statistics
Matches: 4114, Mismatches: 631, Indels: 337
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
321 9 0.00
322 4 0.00
323 34 0.01
324 153 0.04
325 127 0.03
326 125 0.03
327 291 0.07
328 103 0.03
329 111 0.03
330 297 0.07
331 1047 0.25
332 473 0.11
333 426 0.10
334 284 0.07
335 188 0.05
336 186 0.05
337 77 0.02
338 20 0.00
339 91 0.02
340 68 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCG
CCCAAACTCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTT
GTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAATGGAAAA
ACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAG
AATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATATTTTTTGCCAAATTTTAGCCGAAATCGT
GTACT
Done.