Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014937.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14970, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2543
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Found at i:1752 original size:330 final size:329
Alignment explanation
Indices: 667--1994 Score: 1494
Period size: 330 Copynumber: 4.0 Consensus size: 329
657 ACGTTATGAC
* *
667 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAAACGCGTTCCGGGGCCAC-AGCTTAGTTTTGCTTGATT
1 ACTAACCATCACGGTTTTTGG-CTAAAAACGCGTTCCGGGGCC-CGA-CTCAGTTTTGCTTGATT
* * * * * * * * * *
731 TTTGGCGCCCAAACCCCTTGAAACATTTATATTCGTCTAACCAAATCTCAGCCACGTTCGACTTA
63 TTTAGCGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCACATTGGATTTA
* * * *
796 AGGA-TTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTAGAAAAA
128 AGGAGTTGA-TATTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-AGAAAAA
* * * *
860 CTAAAAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGCTGAATTGTATATATTT
191 ATAAAAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTG-AGT-TACATATTT
* * *
925 TTATGAGAATT-TTGGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCTTTTTTTTGTTGCAAACCT-
254 ATATGAGAATTGTGGGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTC---ATTTT-TTGCAAA--TG
*
988 TTTA-CCGAAATCGTGT
313 TTTAGACGAAATCGTGT
* * * *
1004 AATAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTT
1 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTT
* * * * *
1069 -GACGCCCAGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAACAAAATTTTGGCCACATTGGATTTAAT
66 AG-CGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCACATTGGATTTAAG
* * * * * * *
1133 AATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATAATGTTTCGATTTCATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAT--
130 GAGTTGATATTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAA
* * * * * * *
1196 ---A--ATATTAGATGCGCGAAAA-CCCTTCAATCTTTTTGTCATTGAATTATATATATATTAAA
195 AAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTACATATTTA-T-AT
* * * * * *
1255 GAAAATTAT-GATCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTTGCAAAAGTTTAGATG
258 GAGAATTGTGGGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA--TTTTTTGCAAATGTTTAGACG
*
1319 AAA-CATGT
321 AAATCGTGT
* * * * *
1327 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAATAATGCGTTCTGGGACCCGACTCAGTTTTGCTTAATTTTT
1 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTT
*
1392 AGCGCCCAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCACATTGGATTTAAGG
66 AGCGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCACATTGGATTTAAGG
* *
1457 AGTTGATATTACGAGCATCTGAATCATGTTTGGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATAG
131 AGTTGATATTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAATA-
* * *
1522 GAAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCGTTCAATTTTTTTGGCGTTGAGTTACATATTTCATA
194 -AAAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTACATATTT-ATA
* * *
1587 TGAGTATTGTGGGT-AAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTT-CCAATGTTTAG-CGA
257 TGAGAATTGTGGGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAATGTTTAGACGA
1649 AATCGTGT
322 AATCGTGT
* * * * *
1657 ATTAACCATCATGGTTTTTGGGC-AAAAACACGTTCCGGGGCCCGACTTAGTTTTTCTTGATTTT
1 ACTAACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTT
1721 TAGCGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCACATTGGATTTAAG
65 TAGCGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCACATTGGATTTAAG
* * * * *
1786 GAGTTGATATTACAAGCATCTGAATCATGTTTGGATTTAATCATAAATTAATTTAGAAAAAAAAT
130 GAGTTGATATTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG--AAAAAAT
* * * *
1851 AGGAAAAGCGATATTAGATGCTTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGGGTTACATATTTCA
193 A--AAAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTACATATTT-A
* *
1916 TATGAGTATTGTGGGT-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGC-AATGTTTAGCC
255 TATGAGAATTGTGGGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAATGTTTAGAC
1979 GAAATCGTGT
320 GAAATCGTGT
1989 ACTAAC
1 ACTAAC
1995 TGTAGACACC
Statistics
Matches: 854, Mismatches: 108, Indels: 63
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
323 169 0.20
324 27 0.03
325 7 0.01
326 55 0.06
327 18 0.02
329 5 0.01
330 178 0.21
331 137 0.16
332 17 0.02
333 50 0.06
334 39 0.05
335 112 0.13
336 21 0.02
337 19 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTT
AGCGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCACATTGGATTTAAGG
AGTTGATATTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAAA
AAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTACATATTTATATGAG
AATTGTGGGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAATGTTTAGACGAAATC
GTGT
Found at i:1938 original size:653 final size:648
Alignment explanation
Indices: 667--1851 Score: 1491
Period size: 653 Copynumber: 1.8 Consensus size: 648
657 ACGTTATGAC
* * *
667 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAAACGCGTTCCGGGGCCACAGCTTAGTTTTGCTTGATTT
1 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAAACGCGTTCCGGGACCACAGCTCAGTTTTGCTTAATTT
* * *
732 TTGGCGCCCAAACCCCTTGAAACATTTATATTCGTCTAACCAAATCTCAGCCACGTTCGACTTAA
66 TTAGCGCCCAAACCCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTCGACTTAA
* * * * * *
797 GGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTAGAAAAACT
131 GGATTGATTATTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCTAGAAAAAAT
* * *
862 AAAAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGCTGAATTGTATATATTTTT
196 AAAAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGCTGAAGTGTACATATTTAT
* * *
927 ATGAGAATTTTGGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCTTTTTTTTGTTGCAAACCTTTTA
261 ATGAGAATTTGGGTAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTC--TATTTTGTTGCAAA-CTTTTA
* ***
992 CCGAAATCGTGTAATAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTT
323 CCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTT
* * *
1057 TGCTTGATTTTTGACGCCCAGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAACAAAATTTTGGCCACA
388 TGCTTGATTTTTGACGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCGGCCACA
* * * * ** * *
1122 TTGGATTTAATAATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATAATGTTTCGATTTCATTAGAAATTAATTC
453 TTGGATTTAAGAAGTTGATATTACAAGCATCTGAATAATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTC
* * *
1187 AGAAAAAATAATATTAGATGCGCGAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCATTGAATTATATATATATT
518 AGAAAAAATAATATTAGATGCGCGAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAAGTATACATATATT
1252 AAAGAAAATTATGATCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTTGCAAAAGTTTAGA
583 -----AAATTATGAT----AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTTGCAAAAGTTTAGA
1317 TGAAACATGT
639 TGAAACATGT
* * * *
1327 ACTAACCATCACGGTTTTTGG-CTAATAATGCGTTCTGGGACC-C-GACTCAGTTTTGCTTAATT
1 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAAACGCGTTCCGGGACCACAG-CTCAGTTTTGCTTAATT
* * * * * *
1389 TTTAGCGCCCAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCGGCCACATTGGATTTA
65 TTTAGCGCCCAAACCCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTCGACTTA
*
1454 AGGAGTTGA-TATTACGAGCATCTGAATCATGTTTGGATTTAATTAGAAATAAATTC-AGAAAAA
130 AGGA-TTGATTATTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCTAG-AAAA
* * * *
1517 AATAGGAAAAACGATATTAGATGCTTGAAAAGCCGTTCAATTTTTTTGGCGTTG-AGT-TACATA
193 AATA--AAAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGCTGAAGTGTACATA
* *
1580 TTTCATATGAGTATTGTGGGT-AAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTC-ATTTT-TT-CCAA-T
256 TTT-ATATGAGAATT-TGGGTAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCTATTTTGTTGCAAACT
* * *
1640 GTTTAGCGAAATCGTGTATTAACCATCATGGTTTTTGGGC-AAAAACACGTTCCGGGGCCCGACT
319 -TTTACCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACACGTTCCGGGGCCCGACT
* * *
1704 TAGTTTTTCTTGATTTTT-AGCGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
382 CAGTTTTGCTTGATTTTTGA-CGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTC
* * * *
1768 GGCCACATTGGATTTAAGGAGTTGATATTACAAGCATCTGAATCATGTTTGGATTTAATCATAAA
446 GGCCACATTGGATTTAAGAAGTTGATATTACAAGCATCTGAATAATGTTTCGATTTAATCAGAAA
*
1833 TTAATTTAGAAAAAA-AATA
511 TTAATTCAGAAAAAATAATA
1852 GGAAAAGCGA
Statistics
Matches: 454, Mismatches: 61, Indels: 28
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
652 6 0.01
653 175 0.39
654 6 0.01
655 2 0.00
656 4 0.01
657 3 0.01
658 133 0.29
659 56 0.12
660 69 0.15
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (648 bp):
ACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAAACGCGTTCCGGGACCACAGCTCAGTTTTGCTTAATTT
TTAGCGCCCAAACCCCTTGAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTCGACTTAA
GGATTGATTATTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCTAGAAAAAAT
AAAAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGCTGAAGTGTACATATTTAT
ATGAGAATTTGGGTAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCTATTTTGTTGCAAACTTTTACCG
AAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGC
TTGATTTTTGACGCCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCGGCCACATTG
GATTTAAGAAGTTGATATTACAAGCATCTGAATAATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGA
AAAAATAATATTAGATGCGCGAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAAGTATACATATATTAAA
TTATGATAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTTGCAAAAGTTTAGATGAAACATGT
Done.