Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014946.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14979, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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5762 CAATTTTTCC
* * * *
5772 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTCGAAAAAAATGGAAAAAGGATAATGGAAGCATG
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTG
*
5837 AAAAACCCTTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAG-TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAAAT
66 AAAAACCATTTTAATTTTTT-GGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGC--AAAAAAT
* * * *
5901 TGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCATAATTTTAGCCGAAATTGTGTATTAATCATCATG
128 TGAGGAAAAACTTTT-GGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACG
* * * * *
5966 GTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAAACT
192 ATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTCAAAGACT
* * * *
6031 CCTTAAAATATCTATATTTATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTAT
257 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
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322 GAGCATCT
* * * * *
6104 GAATATTGTTTCGATTTAACTAAAAATAAATTCGAAAAGAAATGGAAAAATGATTTTGGAAGCAT
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAA-AAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGT
* * *
6169 GAAAAACCATTTTAATTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTCTTCTGAGTATTGCGGCAAAAAA-T-
65 GAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
* * *
6232 ---------TTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCGCGATT
130 AGGAAAAACTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGATT
*
6288 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCT
195 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTCAAAGACTCCT
* *
6353 TCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACGAG
260 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
6418 CATCT
325 CATCT
* * *
6423 GAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTCGAAGCGT
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTC-GAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGT
** * *
6488 GAAAAAGAATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTAATGTGGAAAAAAATT
65 GAAAAACCATTTTAATTTTTT-GGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* *
6553 GAGGAAAAACTTTTTGGGTCAATTTTTTGCAAAGTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACG
129 GAGGAAAAAC-TTTTGGGTC-AGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACG
* * * * *
6618 ATTTTTAGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGTTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCACAAAAACT
192 ATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTCAAAGACT
* * *
6683 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTATCAACAATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
257 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
6748 GAGCATCT
322 GAGCATCT
* *
6756 GAATATTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCG-AAAAAATGGAAAAATGATATTGGAAGCGTG
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTG
6820 AAAAACCATTTTAATTTTTCTGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
66 AAAAACCATTTTAATTTTT-TGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
* *
6885 AGGAAAAACGTTTTAGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTAACCATCACGAA
130 AGGAAAAAC-TTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACG-A
* * *
6950 TTTTT-GCTAAAAACGCGTTCTGAAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTTAAAGACTC
193 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTCAAAGACTC
* * *
7014 GTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCATAATGGATTTGAGGATTTGTTTTTACG
258 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
*
7079 AGTATCT
323 AGCATCT
* * *
7086 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTCGAAAACAATTGAAAAACGATATTGGAAGCGTG
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTG
* * * *
7151 AAAAACCCTTTTAAATTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTTTGAGTATTGTGGCAAAAAAAAT
66 AAAAACCATTTT-AATTTTTTGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATT
*
7216 GAGGAAAAACGTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAA-TATATGCCGAAATCG-GTATTAA-CATCACA
129 GAGGAAAAAC-TTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTA-GCCGAAATCGTGTATTAACCATCAC-
* * * * *
7278 GATTTTT-GCTAAAATCGCGTTCTGAAGCCCCAGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTTAAAGAC
191 GATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTCAAAGAC
* * * * * *
7342 TCATTTAAATATCTATATTCAACTAACCAAATCTGAGTCACAATGGATTTGAGGATTTGTTTTTA
256 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
*
7407 CGAGTATCT
321 CGAGCATCT
* ** *
7416 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTCG-AAATCATTGAAAAACGATATTGGAAGCGTG
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTG
* *
7480 AAAAACCATTTTAATTTTTCGGGTTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTATGGCAAAAAATTG
66 AAAAACCATTTTAATTTTTTGGG-TTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
* * *
7545 ACGAAAAACTTATTGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTGTTA-CATCAC
130 AGGAAAAACTT-TTGGGTCAGTTTTTGCAAAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTA-T-TAACCATCAC
* * ** **
7609 GGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGAGATCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGG-TGCATGG
191 -GATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCT-CAAAG
* * * *
7673 ACTCCATGAAATATCAATATTCAT-TGAACCAAATCTCAGCCA-AATTGGATATAAGGATTTGTT
254 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT-AACCAAATCTTAGCCACAA-TGGATTTAAGGATTTGTT
*
7736 TTTACGAGCATTT
317 TTTACGAGCATCT
* * *
7749 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAAACGATATTAGAAGCG
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTC-GAAAAAAATGG-AAAAACGATATTGGAAGCG
* * * * * * * *
7814 TGAATAACCCA--TCAATCTTTTTGCCGTTGAATTATATAATTTTTCTGAATATT-TTGCAAAAG
64 TGAA-AAACCATTTTAAT-TTTTTG-GGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA
* *
7876 ATAGA-GAAAAATATTTTCGGGTCAGTTTTT
126 ATTGAGGAAAAA-CTTTT-GGGTCAGTTTTT
7906 AGCCAATATT
Statistics
Matches: 1607, Mismatches: 152, Indels: 83
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
319 243 0.15
320 45 0.03
321 1 0.00
327 2 0.00
328 45 0.03
329 79 0.05
330 366 0.23
331 200 0.12
332 133 0.08
333 393 0.24
334 9 0.01
335 34 0.02
336 51 0.03
337 6 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTG
AAAAACCATTTTAATTTTTTGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
GGAAAAACTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGATTT
TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTCAAAGACTCCTT
GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
ATCT
Found at i:7213 original size:663 final size:654
Alignment explanation
Indices: 5772--9686 Score: 4176
Period size: 663 Copynumber: 6.0 Consensus size: 654
5762 CAATTTTTCC
* * *
5772 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTC-GAAAAAAATGGAAAAAGGATAATGGAAGCAT
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGT
5836 GAAAAACCCTTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAG-TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAAA
66 GAAAAACCCTTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAAA
* * *
5900 TTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCATAATTTTAGCCGAAATTGTGTATTAATCATCAT
130 TTGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAGTTTTTGCA-AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAA-CATCAC
* * * *
5965 GGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAAAC
193 GATTTTT-GCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCACAAAAAC
* * *
6030 TCCTTAAAATATCTATATTTATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
257 TCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTA-TCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * *
6095 TGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAACTAAAAATAAATTCGAAAAGAAATGGAAAAATGATTT
321 CGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCG-AAA-AAATGGAAAAATGATAT
* * * *
6160 TGGAAGCATGAAAAACCATTTTAATTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTCTTCTGAGTATTGCGGC
384 TGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGC
*
6225 AAAAAA-T---------TTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCA
449 AAAAAATTGAGAAAAACTTTTGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCA
* *
6280 TCGCGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAA
514 TCACGATTTTT-GCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTCAA
* *
6345 AGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAATGATTTGTT
578 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCA-AATGGATTTAAGGATTTGTT
6410 TTTACGAGCATCT
642 TTTACGAGCATCT
* * * * *
6423 GAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTCGAAGCGT
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGT
*** *
6488 GAAAAAGAATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTAATGTGG-AAAAAAAT
66 GAAAAACCCTTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAAT
*
6552 TGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAATTTTTTGCAAAGTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCAC
131 TGAGGAAAAACTTTTTGGGTC-AGTTTTTGCAAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTATTAA-CATCAC
* *
6617 GATTTTTAGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGTTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCACAAAAAC
193 GATTTTT-GCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCACAAAAAC
* *
6682 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTATCAACAATAGATTTAAGGATTTGTTTTTA
257 TCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTATC-ACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
6747 CGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAATGGAAAAATGATATTG
321 CGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAATGGAAAAATGATATTG
6812 GAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCTGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCA
386 GAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTC-GGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCA
* * *
6877 AAAAATTGAGGAAAAACGTTTTAGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTAACC
450 AAAAATTGA-GAAAAAC-TTTTGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACC
* * *
6942 ATCACGAATTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGAAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTTA
513 ATCACG-ATTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTCA
* *
7007 AAGACTCGTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCATAATGGATTTGAGGATTTGT
577 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCA-AATGGATTTAAGGATTTGT
*
7072 TTTTACGAGTATCT
641 TTTTACGAGCATCT
* *
7086 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTC-GAAAACAATTGAAAAACGATATTGGAAGCGT
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGT
* * *
7150 GAAAAACCCTTTTAAATTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTTTGAGTATTGTGGCAAAAAAAA
66 GAAAAACCCTTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAAT
* * *
7215 TGAGGAAAAACGTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATATATGCCGAAATCG-GTATTAACATCACAG
131 TGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAATTTTA-GCCGAAATCGTGTATTAACATCAC-G
* * * * ** *
7279 ATTTTTGCTAAAATCGCGTTCTGAAGCCCCAGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTTAAAGACTC
194 ATTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCACAAAAACTC
* * * * *
7344 ATTTAAATATCTATATTCAACTAACCAAATCTGAGTCACAATGGATTTGAGGATTTGTTTTTACG
259 CTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTA-TCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
* * * ** * *
7409 AGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTCGAAATCATTGAAAAACGATATTGGA
323 AGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAATGGAAAAATGATATTGGA
*
7474 AGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGTTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTATGGCAAA
388 AGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGG-TTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAA
*
7539 AAATTGACGAAAAACTTATTGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTGTTA-
452 AAATTGA-GAAAAACTT-TTGGGTAAGTTTTTGCAAAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTA-T-TAAC
* **
7603 CATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGAGATCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGG-T
512 CATCAC-G-ATTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCT
** * * * *
7667 GCATGGACTCCATGAAATATCAATATTCAT-TGAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATATAAGGAT
575 -CAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT-AACCAAATCTTAGCCAAA-TGGATTTAAGGAT
*
7731 TTGTTTTTACGAGCATTT
637 TTGTTTTTACGAGCATCT
* ** *
7749 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAAACGATATTAGAAGCG
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTCAGAAAAAAATGG-AAAAACGATATTGGAAGCG
* * * ** * * * * *
7814 TGAATAACCC-ATCAATCTTTTTGCCGTTGAATTATATAATTTTTCTGAATATT-TTGC-AAAAG
65 TGAAAAACCCTTTTAAT-TTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
* *
7876 ATAGA-GAAAAA-TATTTTCGGGTCAG----T-----TTTTAGCC-AATAT--T-T-TTGACA--
129 ATTGAGGAAAAACT-TTTT-GGGTCAGTTTTTGCAAATTTTAGCCGAA-ATCGTGTATTAACATC
* * * * * * * ** *
7923 A--A--------AAATACG-TTTCAGG-GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAAGGAAGA
191 ACGATTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCACAAAAA
* * * * * * *
7976 CTCCTTAAAATATCTGTACTCATCTATCCAAATCTCAGCCACAATGGATTTGAGGATTTCTTTTT
256 CTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTA-TCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * * * *
8041 ACGAGCATTTGAATCTCGTTTAGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACGATAT
320 ACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTC-GAAAAAATGGAAAAATGATAT
* * * * * * * * *
8106 AGGCAGCGTGAAAAACC-CTTTAATTTTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTTCCGAGTATTA
384 TGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAA--TTTTTCG-GGTTGAATAATATA-GTTTTTCTGAGTATTG
** * * * *
8170 TGGCAAGGAATTAAGGAAAAAATTTTCGGGTTAA-TTTTTGCAAAATTTTAGTCAAAAT--TGT-
445 TGGCAAAAAATTGA-GAAAAACTTTT-GGG-TAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
* * * ** * * * * * * *
8231 TT-CCTCATTACGATTTTTGGCTAAAAATGTATTTCGGGGCTCTGACTCAATTTTGCATGATTTG
507 TTAAC-CATCACGATTTTT-GCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTT
* * * ** *
8295 TGATG-T-AAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCAAACAAAATCCCAGTCTC-ATTGGATTT
570 TG--GCTCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAG-C-CAAATGGATTT
*
8357 AACGATTTAG-TTTTACGAGCATCT
631 AAGGATTT-GTTTTTACGAGCATCT
* * ** * * *
8381 GAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACGT
1 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGT
* * * * * * * * *
8445 GAAAAGCCC-GTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCAGAATATT-TGGC-AAAAAG
66 GAAAAACCCTTTTAAT-TTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAA
* * * *
8507 TTGA-GAAAAATCTTTTCGGGTCA------G---ATTTTAGCCGAAATCGTGAACTAACCATTAC
130 TTGAGGAAAAA-CTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAA-CATCAC
* * * * * **
8562 GATTTTTAACTAAAAATGCGTTTTAGCCCTTTCAGG-GCCTCGACTCAGTTTTG-TATGATAATT
193 GATTTTT-GCTAAAAACGCG--TT----C---C-GGAGCCCCGGCTCAATTTTGCT-TGATTTTT
* * * * * * *
8625 GGAAGAAAGAA-TCCTTAAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTTAGCCGCAACGGATTTAAC
246 GGCACAAA-AACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTA-TCACAATGGATTTAAG
* *
8689 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGAAAAAATGGA
309 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAATGGA
* *
8754 AAAACGATATTGGATGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATATAGTTTTTTCT
374 AAAATGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTC-GGGTTGAATAATATAG-TTTTTCT
* *
8819 GAGTATTGTGG-GAAAAATTGAGTAAAAACTTTTTTGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
437 GAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAC-TTTTGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
* * * *
8883 TCGTGTATTAACCATCACAGATTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCAGGAGCTCTGCCTCAATTTTGC
500 TCGTGTATTAACCATCAC-GA--TTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGC
* *
8948 TTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATG
562 TTGATTTTTGGCTCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCA-AATG
9013 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT
626 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT
* *
9042 GAATCTTGTATT-GATTTAATTAAAAATAAATTCA-AAAAAAATGGAAAAACGATGTTGGAAGCG
1 GAATCTTGT-TTCGATTTAATTAAAAAGAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCG
* * * *
9105 TGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCAGAGTATTGTGGC-AAAATA
65 TGAAAAACCCTTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAA
* *
9169 TTGAGGAAAAACTTTTTGGGTAAGTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTG------CATCACG
130 TTGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAGTTTTTG-CAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACATCACG
* * * * * *
9228 ATTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGAAGCCCC-GATATAATTTTTCTT-AGTTTTTTGCACAAAGA
194 A-TTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCT-CAATTTTGCTTGA-TTTTTGGCACAAAAA
* * * *
9291 CTCCTTGAAATATGTATATTCATCTAACCAAATCTTAGACACAATGGATTTGAGGATTTGTTTTT
256 CTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTA-TCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * *
9356 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGCAAAAAACGATA
320 ACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCG-AAAAAATG-GAAAAATGATA
* * * **
9421 TTGGAAGCATGAAAAACCATTTTAATTTCTTGGGGTTGAATAATATAATTCATCTGAGTATTGTG
383 TTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTT-TTCGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTG
* * * *
9486 GCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTTCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTA
447 GCAAAAAATTGA-GAAAAACTTTT-GGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTA
* * * *
9551 ATCATCACGGTTTCTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGC
510 ACCATCACGATTT-TTGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGC
* * *
9616 GCAAAGACTCCTTGAAAAATCTATATACATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATT
574 TCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCA-AATGGATTTAAGGATT
9681 TGTTTT
638 TGTTTT
9687 CATGTATCAT
Statistics
Matches: 2770, Mismatches: 357, Indels: 269
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
630 97 0.04
631 20 0.01
632 133 0.05
633 9 0.00
634 5 0.00
635 132 0.05
636 37 0.01
637 36 0.01
638 48 0.02
639 4 0.00
645 1 0.00
648 6 0.00
650 49 0.02
651 106 0.04
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659 147 0.05
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668 1 0.00
672 18 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (654 bp):
GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAGAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGT
GAAAAACCCTTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAAT
TGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACATCACGAT
TTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCACAAAAACTCCT
TAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTATCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
ATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAATGGAAAAATGATATTGGAAGC
GTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
TGAGAAAAACTTTTGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGAT
TTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCTCAAAGACTCCT
TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCAAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
ATCT
Found at i:9031 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 7933--9686 Score: 1732
Period size: 332 Copynumber: 5.3 Consensus size: 330
7923 AAAAATACGT
* * * * * * * *
7933 TTCAGG-GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAAG-GAAGACTCCTTAAAATATCTGTACT
1 TTCAGGAGCCCTGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGG-CGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
* * * * * *
7996 CATCTATCCAAATCTCAGCCACAATGGATTTGAGGATTTCTTTTTACGAGCATTTGAATCTCGTT
65 CATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * * *
8061 TAGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACGATATAGGCAGCGTGAAAAACC-CT
130 TCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATT
* ** * * * * *
8125 TTAATTTTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTTCCGAGTATTATGGCAAGGAATTAAGGAAAA
195 TTAA--TTTTTCGGGGTTGAATAATATA-TTTTTTCAGAGTATTGTGGCAA-AAATTGAGGAAAA
* * * * * *
8190 AATTTTCGGGTTAA-TTTTTGCAAAATTTTAGTCAAAAT--TGT-TT-CCTCATTACGATTTTTG
256 ACTTTTTGGG-TAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAAC-CATCACGATTTTTG
* **
8250 GCTAAAAATGTAT
319 GCTAAAAACG-CG
* * * * ** * *
8263 TTC-GGGGCTCTGACTCAATTTTGCATGATTTGTGATGTAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTC
1 TTCAGGAGCCCTGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * ** * * * * *
8327 ATCAAACAAAATCCCAGTCTCATTGGATTTAACGATTTAG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTATT
66 ATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTT-GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * * * * **
8391 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCC-CG
130 TCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATT
* * * * *
8455 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCAGAATATT-TGGCAAAAAGTTGA-GAAAAA-
195 TTAAT-TTTTCGGGGTTGAATAATATATTTTTTCAGAGTATTGTGGCAAAAA-TTGAGGAAAAAC
* * * * * **
8517 TCTTTTCGG---G----T-C-AGATTTTAGCCGAAATCGTGAACTAACCATTACGATTTTTAACT
258 T-TTTTGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGATTTTTGGCT
*
8573 AAAAATGCG
322 AAAAACGCG
* * * * ** * * *
8582 TTTTAGCCCTTTCAGGGCCTCGACTCAGTTTTG-TATGATAATTGGAAG-AAAGAATCCTTAAAA
1 -TTCAG------GA-GCCCT-GACTCAATTTTGCT-TGATTTTTGG-CGCAAAGACTCCTTGAAA
* * * *
8645 TATCTATATTCATATAACCAAATCTTAGCCGCAACGGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGCATCT
55 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT
* * *
8710 GAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATT-TGAAAAAATGGAAAAACGATATTGGATGCGTG
120 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTG
* *
8774 AAAAACCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATATAGTTTTTTCTGAGTATTGTGGGAAAAATTG
185 AAAAACCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATATA-TTTTTTCAGAGTATTGTGGCAAAAATTG
* *
8839 AGTAAAAACTTTTTTGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACAGA
249 AGGAAAAACTTTTTGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCAC-GA
*
8904 TTTTTTTGCTAAAAACGCG
313 -TTTTTGGCTAAAAACGCG
* * *
8923 TTCAGGAGCTCTGCCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTC
1 TTCAGGAGCCCTGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
8988 ATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTAT
66 ATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT-T
* * *
9053 T-GATTTAATTAAAAATAAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGATGTTGGAAGCGTGAAAAACCATT
130 TCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATT
*
9117 TTAATTTTTCGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCAGAGTATTGTGGCAAAATATTGAGGAAAAACT
195 TTAATTTTTCGGGGTTGAATAATATATTTTTTCAGAGTATTGTGGCAAAA-ATTGAGGAAAAACT
* *
9182 TTTTGGGTAAGTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTG-------CATCACGATTTTTTGCTAA
259 TTTTGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAA
9240 AAACGCG
324 AAACGCG
* * * * * * * *
9247 TTCCGAAGCCCCGA-TATAATTTTTCTT-AGTTTTTTGCACAAAGACTCCTTGAAATATGTATAT
1 TTCAGGAGCCCTGACT-CAATTTTGCTTGA-TTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
* *
9310 TCATCTAACCAAATCTTAGACACAATGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
64 TCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * *
9375 TTCGATTTAACTAAAAATAAATTC-GAAAAAAATGCAAAAAACGATATTGGAAGCATGAAAAACC
129 TTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAG-AAAAAATG-GAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACC
* ** *
9439 ATTTTAATTTCTT-GGGGTTGAATAATATAATTCATCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAA
192 ATTTTAATTT-TTCGGGGTTGAATAATATATTTTTTCAGAGTATTGTGGC-AAAAATTGAGGAAA
* * * * * *
9503 AACTTTTCT-GGTCAGTTTTTTCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTAATCATCACGGTTTCTG
255 AACTTTT-TGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGATTTTTG
*
9567 GCAAAAAACGCG
319 GCTAAAAACGCG
* * * * *
9579 TTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAAAATCTATATAC
1 TTCAGGAGCCCTGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
9644 ATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTT
66 ATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTT
9687 CATGTATCAT
Statistics
Matches: 1193, Mismatches: 169, Indels: 122
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
317 13 0.01
318 1 0.00
319 3 0.00
320 25 0.02
321 2 0.00
323 4 0.00
324 158 0.13
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331 2 0.00
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337 1 0.00
338 1 0.00
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
TTCAGGAGCCCTGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
ATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
CGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTT
TAATTTTTCGGGGTTGAATAATATATTTTTTCAGAGTATTGTGGCAAAAATTGAGGAAAAACTTT
TTGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAA
ACGCG
Found at i:9611 original size:656 final size:655
Alignment explanation
Indices: 7934--9686 Score: 1887
Period size: 656 Copynumber: 2.7 Consensus size: 655
7924 AAAATACGTT
* * * * ** ** * *
7934 TCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAAGGAAGACTCCTTAAAATATCTGTACTCAT
1 TCAGAGCCCCGAATAAGTTTTGTATGATAATTGGAACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAT
* * * * * *
7999 CTATCCAAATCTCAGCCACAATGGATTTGAGGATTTCTTTTTACGAGCATTTGAATCTCGTTTAG
66 CTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* * *
8064 ATTTAATTAGAAATAAATTC-AGAAAAAATGGAAAAACGATATAGGCAGCGTGAAAAACC-CTTT
131 ATTTAATTAGAAATAAATTCGA-AAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTT
** * * * * ** * *
8127 AATTTTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTTCCGAGTATTATGGCAAGGAATTAAGGAAAAAA
195 AA---TTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAC
* * ** *
8192 TTTTCGGGTTAA-TTTTTGCAAAATTTTAGTCAAAAT--TGT-TTCCTCATTACGATTTTTGGCT
257 TTTTCTGG-TAAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTAATCATCACGATTTTTGGCT
* ** * * * * ** * *
8253 AAAAATGTATTTCGGGGCTCTGACTCAATTTTGCATGATTTGTGATGTAAAGACTCCTAGAAATA
321 AAAAACGCGTTCCGGAGCTCTGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATA
* * ** * * * *
8318 TCTATATTCATCAAACAAAATCCCAGTCTCATTGGATTTAACGATTTAG-TTTTACGAGCATCTG
386 TCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTT-GTTTTTACGAGCATCTG
* * **
8382 AATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACGTGA
450 AATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACGTGA
* * * *
8447 AAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCAGAATATTTGGCAAAAAGTTGAG
515 AAAACCCGTCAATCTTTTCGGCGTTGAATAATATAGTTTTTCAGAATATTTGGCAAAAAGTTGAG
* * * *
8512 AAAAATCTTTTCGGGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGAACTAACCATTACGATTTTTAACTAAAA
580 AAAAATCTTTTCGGGTAAGATTTTAGCCAAAATCGTGAACAAACCATCACGATTTTTAACTAAAA
*
8577 ATGCGTTTTAGCCC
645 ACGCG-TTTA--CC
* * * * * *
8591 TTTCAGGGCCTCGACTCAGTTTTGTATGATAATTGGAAGAAAGAATCCTTAAAATATCTATATTC
1 --TCAGAGCCCCGAATAAGTTTTGTATGATAATTGGAACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTC
* * * * * *
8656 ATATAACCAAATCTTAGCCGCAACGGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTT
64 ATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* *
8721 CGATTTAATTAGAAATAAATTTG-AAAAAATGGAAAAACGATATTGGATGCGTGAAAAACCATTT
129 CGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTT
* *
8785 TAATTTTTCGGGGTTGAATAATATAGTTTTTTCTGAGTATTGTGG-GAAAAATTGAGTAAAAACT
194 TAATTTTT-GGGGTTGAATAATATAGTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACT
* * * *
8849 TTTTTGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACAGATTTTTTTGCT
258 TTTCTGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTAATCATCAC-GA-TTTTTGGCT
* *
8914 AAAAACGCGTTCAGGAGCTCTGCCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATA
321 AAAAACGCGTTCCGGAGCTCTGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATA
*
8979 TTTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGA
386 TCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGA
* * * *
9044 ATCTTGTATT-GATTTAATTAAAAATAAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGATGTTGGAAGCGTGA
451 ATCTTAT-TTCGATTTAATTAAAAATAAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACGTGA
** * * *
9108 AAAACCATTTTAAT-TTTTCGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCAGAGTATTGTGGCAAAATA-TT
515 AAAACC-CGTCAATCTTTTCGGCGTTGAATAATATAGTTTTTCAGAATATT-TGGCAAAA-AGTT
* * * * * *
9171 GAGGAAAAA-CTTTTTGGGTAAG-TTTTTG-TAAAAT-TTTAGCCGAAATCGTGCATCACGATTT
577 GA-GAAAAATCTTTTCGGGTAAGATTTTAGCCAAAATCGTGA-AC-AAA-C---CATCACGATTT
**
9232 TTTGCTAAAAACGCG-TT-CC
635 TTAACTAAAAACGCGTTTACC
* * * ** * * * *
9251 -GA-AGCCCCGATATAA-TTTT-TCTTAGTTTTTTGCACAAAGACTCCTTGAAATATGTATATTC
1 TCAGAGCCCCGA-ATAAGTTTTGTATGA-TAATTGGAACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTC
*
9312 ATCTAACCAAATCTTAGACACAATGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
64 ATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * *
9377 CGATTTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGCAAAAAACGATATTGGAAGCATGAAAAACCATT
129 CGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATG-GAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATT
* **
9442 TTAATTTCTTGGGGTTGAATAATATA-ATTCATCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAC
193 TTAATTT-TTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAC
* * * * *
9506 TTTTCTGGTCAGTTTTTTCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTAATCATCACGGTTTCTGGCAA
257 TTTTCTGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTAATCATCACGATTTTTGGCTA
* * * *
9571 AAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAAAAT
322 AAAACGCGTTCCGGAGCTCTGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATAT
*
9636 CTATATACATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTT
387 CTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTT
9687 CATGTATCAT
Statistics
Matches: 920, Mismatches: 147, Indels: 57
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
655 6 0.01
656 277 0.30
657 58 0.06
658 153 0.17
659 145 0.16
660 10 0.01
661 210 0.23
662 30 0.03
663 9 0.01
665 22 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (655 bp):
TCAGAGCCCCGAATAAGTTTTGTATGATAATTGGAACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAT
CTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
ATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTA
ATTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTT
CTGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAA
CGCGTTCCGGAGCTCTGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
ATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
ATTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACC
CGTCAATCTTTTCGGCGTTGAATAATATAGTTTTTCAGAATATTTGGCAAAAAGTTGAGAAAAAT
CTTTTCGGGTAAGATTTTAGCCAAAATCGTGAACAAACCATCACGATTTTTAACTAAAAACGCGT
TTACC
Found at i:9743 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 9551--9827 Score: 457
Period size: 141 Copynumber: 2.0 Consensus size: 141
9541 TCGTGTATTA
9551 ATCATCACGGTTTCTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGC
1 ATCATCACGGTTTCTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGC
* * *
9616 GCAAAGACTCCTTGAAAA-ATCTATATACATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGAT
66 GCAAAGACTCATT-AAAATATCTATATACATCTAACCAAATCTTAGCCACAATAGATTTAAGGAA
9680 TTGTTTTCATGT
130 TTGTTTTCATGT
* * *
9692 ATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGG
1 ATCATCACGGTTTCTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGC
* * *
9757 GCAAAGTCTCATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTTAGCCACAATAGATTTAAGGAAT
66 GCAAAGACTCATTAAAATATCTATATACATCTAACCAAATCTTAGCCACAATAGATTTAAGGAAT
9822 TGTTTT
131 TGTTTT
9828 TACGAGCATC
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 9, Indels: 2
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
140 4 0.03
141 122 0.97
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (141 bp):
ATCATCACGGTTTCTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGC
GCAAAGACTCATTAAAATATCTATATACATCTAACCAAATCTTAGCCACAATAGATTTAAGGAAT
TGTTTTCATGT
Found at i:10134 original size:468 final size:470
Alignment explanation
Indices: 9298--10154 Score: 1357
Period size: 468 Copynumber: 1.8 Consensus size: 470
9288 AGACTCCTTG
* * * *
9298 AAATATGTATATTCATCTAACCAAATCTTAGACACAATGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCA
1 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGACACAATAGATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGCA
* * *
9363 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGCAAAAAACGATATTGGAAG
66 TCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGCAAAAAACGAAATTGGAAA
*
9428 CATGAAAAACCATTTTAATTTCTTGGGGTTGAATAATATAATTCATCTGAGTATTGTGGCAAAAA
131 CATGAAAAACCATTTTAATTTCTTGGGGTTGAATAATATAATT-ATCAGAGTATTGTGGCAAAAA
* * * *
9493 ATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTTCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTAATCATCA
195 ATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTG--TTAATCATCA
9558 CGGTTTCTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGA
258 CGGTTTCTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGA
* *
9623 CTCCTTGAAAAATCTATATACATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTC
323 CTCATTGAAAAATCTATATACATCTAACCAAATCTTAGCCACAATAGATTTAAGGATTTGTTTTC
9688 ATGTATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTT
388 ATGTATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTT
9753 TGGGGCAAAGTCTCATTA
453 TGGGGCAAAGTCTCATTA
* *
9771 AAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTTAGCCACAATAGATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGCA
1 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGACACAATAGATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGCA
* * *
9836 TCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAATTAAATTCGAAAAAAATG-GAAAAATGAAATTGGAAA
66 TCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGCAAAAAACGAAATTGGAAA
** * * *
9900 TGTGGAAAACC-TTTTAATTTTTTGGGTTTGAATAATATAGTATT-TCAGAGTATTGTGGCAAAA
131 CATGAAAAACCATTTTAATTTCTTGGGGTTGAATAATATA--ATTATCAGAGTATTGTGGC-AAA
9963 AAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTG-T-ATCATCA
193 AAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTGTTAATCATCA
* *
10026 CGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGGGCAAAGA
258 CGGTTTCTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGA
* *
10091 CTCATT-AAAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTTAGCCACAATAGATTTAAGGATTTGTTTT
323 CTCATTGAAAA-ATCTATATACATCTAACCAAATCTTAGCCACAATAGATTTAAGGATTTGTTTT
10155 TACGAGCATC
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 28, Indels: 13
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
467 4 0.01
468 125 0.36
469 1 0.00
471 40 0.11
472 76 0.22
473 106 0.30
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (470 bp):
AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGACACAATAGATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGCA
TCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGCAAAAAACGAAATTGGAAA
CATGAAAAACCATTTTAATTTCTTGGGGTTGAATAATATAATTATCAGAGTATTGTGGCAAAAAA
TTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTGTTAATCATCACGG
TTTCTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTC
ATTGAAAAATCTATATACATCTAACCAAATCTTAGCCACAATAGATTTAAGGATTTGTTTTCATG
TATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGG
GGCAAAGTCTCATTA
Found at i:10449 original size:798 final size:796
Alignment explanation
Indices: 8905--10484 Score: 2375
Period size: 798 Copynumber: 2.0 Consensus size: 796
8895 CATCACAGAT
* * * *
8905 TTTTTTGCTAAAAACGCGTTCAGGAGCTCTGCCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTC
1 TTTTTGGCAAAAAACGCGTTCAGGAGCCCCGCCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTC
* * * * *
8970 CTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
66 ATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATAGATTTAAGGAATTGTTTTTACG
* * **
9035 AGCATCTGAATCTTGTATTGATTTAATTAAAAATAAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGATGTTGG
131 AGCATCTGAATCTTGTATTGAATTAACTAAAAATAAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGAAATTGG
* *
9100 AAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCAGAGTATTGTGGCAA
196 AAACGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATTGTGGCAA
* * * * *
9165 AATATTGAGGAAAAACTTTTTGGGTAAGTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCATCACGAT
261 AAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTGCATCACGAT
* * * * * *
9230 TTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGAAGCCCCGATATAATTTTTCTTAGTTTTTTGCACAAAGACTCC
326 TTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGAAGCCCCGATACAATTTTGCTTAGTTTTTGGCACAAAGACTCA
* * * *
9295 TTGAAATATGTATATTCATCTAACCAAATCTTAGACACAATGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGA
391 TTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGACACAATAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* *
9360 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGCAAAAAACGATATTGG
456 GCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGCAAAAAACGAAATTGG
* *
9425 AAGCATGAAAAACCATTTTAATTTCTTGGGGTTGAATAATATAATTCATCTGAGTATTGTGGCAA
521 AAACATGAAAAACCATTTTAATTTCTTGGGGTTGAATAATATAATT-ATCAGAGTATTGTGGCAA
* *
9490 AAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTTCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTAATCA
585 AAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAATCA
*
9555 TCACGGTTTCTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAA
650 TCACGGTTTCTGGCAAAAAACGAGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAA
*
9620 AGACTCCTTGAAAAATCTATATACATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTT
715 AGACTCCTTGAAAAATCTATATACATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTT
9685 TTCATGTATCATCACGG
780 TTCATGTATCATCACGG
* * * * *
9702 TTTTTGGCAAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGGGCAAAGTCTC
1 TTTTTGGCAAAAAACGCGTTCAGGAGCCCCGCCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTC
*
9767 ATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTTAGCCACAATAGATTTAAGGAATTGTTTTTACG
66 ATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATAGATTTAAGGAATTGTTTTTACG
* * *
9832 AGCATCTGAATCTTGT-TTCGAATTAACTAAAATTAAATTCGAAAAAAATGGAAAAATGAAATTG
131 AGCATCTGAATCTTGTATT-GAATTAACTAAAAATAAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGAAATTG
* * * *
9896 GAAATGTGGAAAACC-TTTTAATTTTTTGGGTTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATTGTGGCA
195 GAAACGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATTGTGGC-
*
9960 AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTGTATCATC
259 AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTG---CATC
* * * **
10025 ACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCT-CAATTTTGCTT-GATTTTTGGGGCAA
321 ACGATTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGAAGCCCC-GATACAATTTTGCTTAG-TTTTTGGCACAA
* *
10088 AGACTCATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTTAGCCACAATAGATTTAAGGATTTGTT
384 AGACTCATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGACACAATAGATTTAAGGATTTGTT
* * *
10153 TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATG-GAATAATG
449 TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGCAAAAAACG
* * * *
10217 AAATTGGAAACGTG-GAAACCCTTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTATT-TCAGAGTAT
514 AAATTGGAAACATGAAAAACCATTTTAATTTCTTGGGGTTGAATAATATA--ATTATCAGAGTAT
10280 TGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
577 TGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
10345 ATTAATCATCACGGTTT-TGGGCAAAAAACGAGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTT
642 ATTAATCATCACGGTTTCT-GGCAAAAAACGAGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTT
* * **
10409 TTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTTG
706 TTGGCGCAAAGACTCCTTGAAAAATCTATATACATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTAA
10474 GGATTTGTTTT
771 GGATTTGTTTT
10485 TACGAGCATC
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 70, Indels: 19
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
796 47 0.07
797 234 0.33
798 235 0.33
799 17 0.02
800 168 0.24
801 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (796 bp):
TTTTTGGCAAAAAACGCGTTCAGGAGCCCCGCCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTC
ATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATAGATTTAAGGAATTGTTTTTACG
AGCATCTGAATCTTGTATTGAATTAACTAAAAATAAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGAAATTGG
AAACGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATTGTGGCAA
AAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTGCATCACGAT
TTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGAAGCCCCGATACAATTTTGCTTAGTTTTTGGCACAAAGACTCA
TTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGACACAATAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
GCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGCAAAAAACGAAATTGG
AAACATGAAAAACCATTTTAATTTCTTGGGGTTGAATAATATAATTATCAGAGTATTGTGGCAAA
AAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAATCAT
CACGGTTTCTGGCAAAAAACGAGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAA
GACTCCTTGAAAAATCTATATACATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTT
TCATGTATCATCACGG
Found at i:11507 original size:326 final size:326
Alignment explanation
Indices: 9689--11740 Score: 3039
Period size: 326 Copynumber: 6.3 Consensus size: 326
9679 TTTGTTTTCA
*
9689 TGTATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTT
1 TGTATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTT
* * * * * *
9754 GGGGCAAAGTCTCATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTTAGCCACAATAGATTTAAGG
66 GGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGG
* *
9819 AATTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAATTAAATTCGAAAAAAATGGA
131 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGA
* *
9884 AAAATGAAATTGGAAATGTGGAAAACC-TTTTAATTTTTTGGGTTTGAATAATATAGTATTTCAG
196 AAAATGAAATTGGAAACGT-GAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAG
* *
9948 AGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAA
260 AGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
10013 TCG
324 TCG
10016 TGTATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTT
1 TGTATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTT
* * * * *
10081 GGGGCAAAGACTCATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTTAGCCACAATAGATTTAAGG
66 GGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGG
10146 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGA
131 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGA
* * *
10211 ATAATGAAATTGGAAACGTGGAAACCCTTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGA
196 AAAATGAAATTGGAAACGTGAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGA
* *
10276 GTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATC
261 GTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
10341 G
326 G
* *
10342 TGTATTAATCATCACGGTTTTGGGCAAAAAACGAGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGAT
1 TG---T-ATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGAT
*
10407 TTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTT
62 TTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTT
** *
10472 TGGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAA
127 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAA
* * * * * * *
10537 TGCAAAAACGATATTGGAAGCATGAAAAACCATTTTAATTTCTTGTGGTTGAATAATATAGT-TC
192 TGGAAAAATGAAATTGGAAACGTG-AAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTAT-
* * * * *
10601 ATCTGAGTATTGCGGCAAAAAAATGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
255 TTCAGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
10666 GAAATCG
320 GAAATCG
* * ** * * *
10673 TGTATAAACCATCACGGTTTCTGGCAAATAACGCGTTTTGGAGCCCCGACTCAATTTTGCCTGAC
1 TGTAT----CATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGAT
*
10738 TTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAAAATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAG---C-A-GGATTT
62 TTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTT
* *
10798 TAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAA
127 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAA
* * * * * *
10863 TGCAAAAACGATATTGGAAGCATGAAAAACCATTTT-ATTTCTTGGGGTTGAATAATATAGT-TC
192 TGGAAAAATGAAATTGGAAACGTG-AAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTAT-
* * * *
10926 ATCTGAGTATTGCGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
255 TTCAGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
10991 GAAATCG
320 GAAATCG
* * * *
10998 TGTATAAACCATCACGGTTTCTGGCAAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCTTGA-
1 TGTAT----CATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGAT
* *
11062 TTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAA-ATTCTACATTCATCTAATCAAATCTTAGCCACAATGGATT
62 TTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATA-TCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATT
*
11126 TTAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCG-AAAAA
126 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAA
* *
11190 ATGGAAAAATGATATTGGAAGCGTGAAAATCCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTAT
191 ATGGAAAAATGAAATTGGAAACGTGAAAA-CCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTAT
* *
11255 TTCAGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGAC
255 TTCAGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
11320 GAAATCG
320 GAAATCG
*
11327 TGTATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTT
1 TGTATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTT
* **
11392 GGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATTAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGG
66 GGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGG
*
11457 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGA
131 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGA
* * * *
11522 AAAATGAAATTGGAAACGTGGAAACCCTTTTAATTCTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCGGA
196 AAAATGAAATTGGAAACGTGAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGA
* *
11587 GTATTATGGCAAAAAATTGAGGAAATACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
261 GTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
11652 G
326 G
*
11653 TGTATTAACCATCACGGTTTATGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGAT
1 TGTA-T---CATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGAT
*
11718 TTTTGGAGCAAAGACTCCTTGAA
62 TTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAA
11741 GTCATTGTTT
Statistics
Matches: 1607, Mismatches: 91, Indels: 51
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
323 1 0.00
324 48 0.03
325 209 0.13
326 386 0.24
327 296 0.18
328 37 0.02
329 159 0.10
330 272 0.17
331 199 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (326 bp):
TGTATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTT
GGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGG
ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGA
AAAATGAAATTGGAAACGTGAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGA
GTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
G
Found at i:11507 original size:655 final size:655
Alignment explanation
Indices: 9694--11740 Score: 3184
Period size: 655 Copynumber: 3.1 Consensus size: 655
9684 TTTCATGTAT
* *
9694 CATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGGGC
1 CATCACGG-TTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGC
* * * * * *
9759 AAAGTCTCATT-AAAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTTAGCCACAATAGATTTAAGGAATT
65 AAAGACTCCTTGAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTTAGGATTT
*
9823 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAATTAAATTCGAAAAAAATGGAAAAA
130 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAA
* ** *
9888 TGAAATTGGAAATGTGGAAAACC-TTTTAATTTTTTGGGTTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTA
195 TGATATTGGAAGCGT-GAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTA
9952 TTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGT
259 TTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGT
*
10017 GTATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTG
323 GTATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTG
* * * * *
10082 GGGCAAAGACTCATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTTAGCCACAATAGATTTAAGGA
388 GCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGA
10147 TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAA
453 TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAA
* *
10212 TAATGAAATTGGAAACGTGGAAACCCTTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGAG
518 AAATGAAATTGGAAACGTGGAAACCCTTTT-ATTTCTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGAG
*
10277 TATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCG
582 TATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
*
10342 TGTATTAAT
647 TGTATTAAC
*
10351 CATCACGGTTTTGGGCAAAAAACGAGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGC
1 CATCACGGTTTT-GGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGC
* *
10416 AAAGACTCCTTG-AAATATCTATATTCATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTTGGGATTT
65 AAAGACTCCTTGAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTTAGGATTT
* *
10480 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGCAAAAA
130 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAA
* * * * * *
10545 CGATATTGGAAGCATGAAAAACCATTTTAATTTCTTGTGGTTGAATAATATAGT-TCATCTGAGT
195 TGATATTGGAAGCGTG-AAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTAT-TTCAGAGT
* * * * *
10609 ATTGCGGCAAAAAAATGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
258 ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGT
* * ** * *
10674 GTATAAACCATCACGGTTTCTGGCAAATAACGCGTTTTGGAGCCCCGACTCAATTTTGCCTGACT
323 GTAT----CATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATT
* *
10739 TTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAAAATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAG---C-A-GGATTTT
384 TTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTA
*
10799 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAAT
449 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAAT
* * * * * * * *
10864 GCAAAAACGATATTGGAAGCATGAAAAACCATTTTATTTCTTGGGGTTGAATAATATAGT-TCAT
514 GGAAAAATGAAATTGGAAACGTG-GAAACCCTTTTATTTCTTGGGGTTGAATAATATAGTAT-TT
* *
10928 CTGAGTATTGCGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
577 CAGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
*
10993 AATCGTGTATAAAC
642 AATCGTGTATTAAC
* * *
11007 CATCACGGTTTCTGGCAAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCTTGA-TTTTGGCGC
1 CATCACGGTTT-TGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGC
* *
11071 AAAGACTCCTTGAAAAT-TCTACATTCATCTAATCAAATCTTAGCCACAATGGATTTTAGGATTT
65 AAAGACTCCTTGAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTTAGGATTT
11135 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCG-AAAAAATGGAAAAA
130 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAA
11199 TGATATTGGAAGCGTGAAAATCCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTA
195 TGATATTGGAAGCGTGAAAA-CCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTA
11264 TTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTG
259 TTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTG
11329 TATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGG
324 TATCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGG
* **
11394 CGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATTAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGAT
389 CGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGAT
*
11459 TTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAA
454 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAA
* *
11524 AATGAAATTGGAAACGTGGAAACCCTTTTAATTCTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCGGAGT
519 AATGAAATTGGAAACGTGGAAACCCTTTTATTTC-TTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGAGT
* * *
11589 ATTATGGCAAAAAATTGAGGAAATACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
583 ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
11654 GTATTAAC
648 GTATTAAC
*
11662 CATCACGGTTTATGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGAGC
1 CATCACGGTTT-TGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGC
11727 AAAGACTCCTTGAA
65 AAAGACTCCTTGAA
11741 GTCATTGTTT
Statistics
Matches: 1255, Mismatches: 112, Indels: 47
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
650 98 0.08
653 5 0.00
654 142 0.11
655 347 0.28
656 266 0.21
657 260 0.21
658 41 0.03
661 96 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (655 bp):
CATCACGGTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCA
AAGACTCCTTGAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTTAGGATTTG
TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAAT
GATATTGGAAGCGTGAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATT
GTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTGTA
TCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCG
CAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTT
GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAA
TGAAATTGGAAACGTGGAAACCCTTTTATTTCTTGGGGTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATT
GTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
TTAAC
Found at i:12946 original size:332 final size:328
Alignment explanation
Indices: 12183--13549 Score: 1979
Period size: 332 Copynumber: 4.1 Consensus size: 328
12173 GAAAACATTG
* * *
12183 CTTGAAGTATCTATATTCATCTAACCAGATATTAGCCAAAATGGATTTTGGGATTTGTTTTTACG
1 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTTGGGATTTGTTTTTACG
*
12248 AGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACAAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAAGGAAATTGG
66 AGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAAGGAAATTGG
* *
12313 AAATGTGTAAAATCTTTTAATTTTTTGGGCTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATTGTGGCAAA
131 AAATGTGTAAAACCTTTTAATTTTTTGGGTTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATTGTGGCAAA
* *
12378 AAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTATCTGAAATCGTGTATTAACCAT
196 AAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGC-CAAATCGTGTA-TAACCAT
* * *
12443 CACGGTTTTTGACAAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGGGCAAA
259 CACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAA
12508 GACTC
324 GACTC
* * * * * ** * *
12513 ATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTTAGCCACAATAGATTTAAGGAATTGTTTTCACG
1 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTTGGGATTTGTTTTTACG
*
12578 AGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAATGAAATTGG
66 AGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAAGGAAATTGG
* *
12643 AAATGTGGAAAACCTTTTAATTTTTTGGGTTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTTTTGTGGCAAA
131 AAATGTGTAAAACCTTTTAATTTTTTGGGTTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATTGTGGCAAA
* *
12708 AAATTGAGGAAAAACTTTTCGAGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAATTCATGTATTAACACC
196 AAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA-TCGTGTA-T-A-ACC
* *
12773 CTCACAGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCA
257 ATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCA
12838 AAGACTC
322 AAGACTC
12845 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTTGGGATTTGTTTTTACG
1 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTTGGGATTTGTTTTTACG
* ** * *
12910 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAACTAAAAATAAATTTTAAAAAAATGTGAAAAACGATATTG
66 AGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATG-GAAAAAGGAAATTG
*** * * * * * *
12975 GAAGCATGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGT-TCATCTGAGTAATGCGGC
130 GAAATGTGTAAAACC-TTTTAATTTTTTGGGTTTGAATAATATAGTAT-TTCAGAGTATTGTGGC
* *
13039 AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCTGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAACC
193 AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAATCGTGTATAACC
* * * * * * **
13104 ATCACGGTTTCTGGTAAAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTTCTTGATTTTTGGCAA
257 ATCACGGTTTTTGG-CAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGC
13169 AAAGACTC
321 AAAGACTC
* ***
13177 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATATTAGCCACAATGGATTTTCAAATTTGTTTTTACG
1 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTTGGGATTTGTTTTTACG
*
13242 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAACTAAAAATAAATTCG-AAAAAATGGAAAAAGGAAATTGG
66 AGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAAGGAAATTGG
*
13306 AAATGTGTAAAATCTTTTAATTTTTTGGGTTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATTGTGGCAAA
131 AAATGTGTAAAACCTTTTAATTTTTTGGGTTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATTGTGGCAAA
* * *
13371 AAATTGAGGAAAAGCTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTGTAT---CATC
196 AAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAG-CCAAATCGTGTATAACCATC
* *
13433 ACGGTTTTTGGCAAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGGGCAAAG
260 ACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAG
*
13498 TCTC
325 ACTC
* * * * *
13502 ATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTTAGCCACAATAGATTT
1 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTT
13550 AAGG
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 105, Indels: 25
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
325 90 0.10
326 14 0.02
329 98 0.11
330 252 0.27
331 23 0.02
332 325 0.35
333 25 0.03
334 92 0.10
335 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (328 bp):
CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATTAGCCACAATGGATTTTGGGATTTGTTTTTACG
AGCATCTGAATCTTGTTTCGAATTAACTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAAGGAAATTGG
AAATGTGTAAAACCTTTTAATTTTTTGGGTTTGAATAATATAGTATTTCAGAGTATTGTGGCAAA
AAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAATCGTGTATAACCATCA
CGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGA
CTC
Done.