Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014976.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15009, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18421
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Found at i:17745 original size:642 final size:633
Alignment explanation
Indices: 16296--18373 Score: 1841
Period size: 642 Copynumber: 3.2 Consensus size: 633
16286 CTGAGACTAT
16296 TTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTACGAG
1 TTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTACGAG
*
16361 GATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGA
66 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGA
** * * *
16425 AATGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAA
131 AGCGTAAAAAGCCCTTCAAT-TTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTATGAGTA-TTTAGCC-AA
* * * * *
16490 AATTAAGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTAATAACCATC
193 AATTGAGGAAATATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATC
* * *
16555 ACAGTTTTTGGCTAAAAAAACTTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAG
258 ACAGTTTTTGG-TTAAAAAACTTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGACACCAAG
* * * *
16620 ACTCGTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCTACATTGGATTTAAGAATTTGTTTT
322 ACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTAACCAAATCTCAGC-AC----GATTT-AG-A-TTGTTTA
* * * * * *
16685 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATATGATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAATACATTA
379 TAC-AGCATCCGAATCATGTTTCGATATAAATAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACAATA
* * * *
16750 TTAAAAGAGTGAAAAGTCGTGGAATCCTTTTGGTGTTAAATTATATATATATATATTATGAGTAT
443 TTAAAAGAGTGAAAAGTCCTGCAATCCTTTTGGCGTCAAATTATATATATATATATTATGAGTAT
* * * *
16815 TTTACCCAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTA
508 TTGACCAAAAATCGA-GAAAAAA--TTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTCTA
*
16880 CATCACGGTTTTTCGCTAAAAAGGCCTTGACTCAGTATTACATGATTTTTGGCGCTGAGACTCC
570 CATCACGGTTTTTCGCTAAAAAGGCCTTGACTCAGTATTACATGATTTTTGGCGCTGAAACTCC
* * * * *
16944 TTGAAATATCTATTTTCATCAAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
1 TTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTTTACGA
**
17009 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATATTAAAAACGATATTA
65 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATAGGAAAAACGATATTA
* * * * *
17074 AAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTGTGGCTA
129 GAAGCGTAAAAAGCCCTTCAATTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTT-TATGAGTATT-TAGCCA
*
17139 AATACTGAGGAAATATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCA
192 AA-ATTGAGGAAATATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCA
* ** ** * * * * * **
17204 TTATGGTTTTTGGTTAAAAATGTGTTTCGGGG-CGCGGTTCAGTTTTGAATGATTTTTTACGCTG
256 TCACAGTTTTTGGTTAAAAAACT-TTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGACACCA
*
17268 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC-C-A-TT-G-TT-TTTATA-AGC
320 AGACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTAACCAAATCTCAGCACGATTTAGATTGTTTATACAGC
* *
17326 ATCCGAATCATGTTTCGAGT-TAAATAGAAATTAATTCGGAAAAA-ATAGAAAAAACAATATTAG
385 ATCCGAATCATGTTTCGA-TATAAATAGAAATTAATTCAGAAAAATAT-G-AAAAACAATATTAA
* * *
17389 AAGCA-TGAAAAG-CCTTCAATCCTTTTTGCGTCGAATTATATAT-T-T-T-TTATGAGTATTGT
447 AAG-AGTGAAAAGTCCTGCAATCCTTTTGGCGTCAAATTATATATATATATATTATGAGTATT-T
* * * * *
17448 GGCTAAAAATCGA-AGAAAA-TCGGTTTATTTTTTG-AAAATTTTAGCCGAAAAAGT-GTACTAA
510 GACCAAAAATCGAGAAAAAATTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCC--AAAA-TCGT-CT-A
* * * * * * *
17509 CCATCACAGTTTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGAGCCCCGGGTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
570 -CATCAC-G-GTTTTTCGCTAAAAAGGCCTT---GA----C---TCAGTATTACATGATTTTTGG
*
17574 CGTTGAAACTCC
622 CGCTGAAACTCC
* * *
17586 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTGTATGA
1 TTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT-TACGA
* * * * * *
17651 CCATCTAAACCTTGTTTCGATTTAATTAGACATTAATTCGGAAAAAGTAGGAAAAACGATATTAG
65 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAG
* *
17716 AGGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTCAGCCA
130 AAGCGTAAAAAGCCCTTCAAT-TTTTTGGTGTTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTT-AGCCA
* *
17781 CAAATTGAGGAAATATCTTTC-AGGTCAATTTTTGTAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTAATAATC
192 -AAATTGAGGAAATATCTTTCGA-GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATC
* * * * * * *
17845 ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCTGGGGGCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTG-CAT
255 ATCACAGTTTTTGGTTAAAAA-ACTTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGAATGA-TTTTTGACAC
* * * * * * * *
17909 AAAAACTCTTTGAGATATCCATATTCATTTTATCAAATATCAGCTACATTGAATTTAAGAATTTG
318 CAAGACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTAACCAAATCTCAGC-AC---G-ATTT-AG-A-TTG
* * * * * * * *
17974 TTTTTACGAGAATCTGAATCTTATTGCGAT-TTAAT-GATAAGTTAATTCAGAAAAATATGATAA
375 TTTATAC-AGCATCCGAATCATGTTTCGATATAAATAGA-AA-TTAATTCAGAAAAATATGAAAA
* ** * * * ** * *
18037 ACGATATTAAAAGCCTCAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTAAA-T-TAGATATAT-T-TTAT
437 ACAATATTAAAAGAGTGAAAAGTCCTGCAATCCTTTTGGCGTCAAATTATATATATATATATTAT
* * * * * **
18098 GATTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA-TTTTTGCTAAATTTTAGCTGAAA
502 GAGTATTTGA-CCAAAAATCGA-GAAAAA--ATTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAA
* ** * * * *
18162 TCGTGTACTTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCAT
563 TC--GT-C-TA-CATCACGGTTTTTCGCTAAAAA----------GGCCTTGACTCAGTATTACAT
* *
18227 GATTTTTTGCGCCGAGAA-TCC
613 GATTTTTGGCGCTGA-AACTCC
* *
18248 TTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTG--TTACGAG
1 TTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTACGAG
* **
18311 CATCTGATTCTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AAAAAATATTAAAAACGATATTA
66 CATCTGA--ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTA
18374 AAAGAGTGGA
Statistics
Matches: 1163, Mismatches: 181, Indels: 161
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
625 12 0.01
626 13 0.01
627 6 0.01
628 2 0.00
629 6 0.01
630 17 0.01
631 11 0.01
632 18 0.02
633 3 0.00
634 65 0.06
635 24 0.02
636 6 0.01
637 2 0.00
639 1 0.00
640 1 0.00
641 44 0.04
642 230 0.20
643 58 0.05
644 5 0.00
645 1 0.00
648 52 0.04
649 46 0.04
650 97 0.08
651 126 0.11
653 1 0.00
656 2 0.00
657 11 0.01
658 30 0.03
659 99 0.09
660 3 0.00
661 33 0.03
662 96 0.08
663 9 0.01
664 28 0.02
665 2 0.00
669 1 0.00
672 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (633 bp):
TTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTACGAG
CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGA
AGCGTAAAAAGCCCTTCAATTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTAGCCAAAAT
TGAGGAAATATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACA
GTTTTTGGTTAAAAAACTTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGACACCAAGACTC
CTTGAAATATCCATATTCATCTAACCAAATCTCAGCACGATTTAGATTGTTTATACAGCATCCGA
ATCATGTTTCGATATAAATAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGAGTGAA
AAGTCCTGCAATCCTTTTGGCGTCAAATTATATATATATATATTATGAGTATTTGACCAAAAATC
GAGAAAAAATTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTCTACATCACGGTTTTTCGC
TAAAAAGGCCTTGACTCAGTATTACATGATTTTTGGCGCTGAAACTCC
Found at i:18226 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 15997--18377 Score: 1769
Period size: 330 Copynumber: 7.3 Consensus size: 330
15987 AATGTCAGCG
* * * * * *
15997 ACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTATGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAATTAA
1 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAA
* * * * * ** * *
16062 TAT-AGAAAAAATAAGAAATACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCCCCAATCTTTTTGGCGTTGA
65 T-TCAG-AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCCTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTAA
* * * * *
16126 ATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTTC-GTGTCGATTTTTG
128 ATTAGATATATTTTATGAGTATTTCAGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCAG-GTCAATTTTTG
* * * * * * *
16189 CAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACTAACTATCATGATTTCTGGCTAAAAACGCATTCCGG
192 TAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC---C-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG
* * * * ** * **
16254 GGACCCGCCTCAA-TTTTGCGTGA-TGTTTG-ACTCTGAGACTATTTGAAATATCTATATTCATC
253 GGCCCCGGCT-AAGTTTTGCATGATTTTTTGCA-T-AAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
*
16316 TAATCAAATCTCAGCC
315 TAATCAAATCTCAACC
* *
16332 ACATTGGATTTAAGGATTTG-TTTTACGAGGATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
1 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAA
* * * * *
16396 TTCAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAATG--TCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGA
65 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTA-AAA-GCCTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTT-A
* * * * * *
16459 AA-TATATAT-TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTAAGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTA
127 AATTAGATATATTTTATGAGTATTTCAGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTG
* * * * ** *
16522 CAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAAC-TTTCCGGGGA
192 TAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT-CGGGGC
* * ** * * * *
16586 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCGTTGAGATATCCATATTCATCTAATCA
256 CCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCA
* *
16651 AATCTCAGCT
321 AATCTCAACC
* * * *
16661 ACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATATGATTAGAAATTAA
1 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAA
* ** * ** * ** ** *
16726 TTCAGAAAAATATGAAATAC-ATTATTAAAAGAGTGAAAAGTCGTGGAATCCTTTTGGTGTTAAA
65 TTCAGAAAAATATGAAAAACGA-TATTAAAAGCCTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTAAA
* * * * *
16790 TTATATATATATATATTATGAGTATTTTA-CCCAAAATTGAGGAAAAAAT-TTTCGGGTCATTTT
129 -T-TAGATATAT-T-TTATGAGTATTTCAGCCAAAAATTGAGG-AAAAATCTTTCAGGTCAATTT
* * *
16853 TTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTG---T-A-CATCACGGTTTTTCGCTAAAAA----------G
189 TTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGG
** * * * * * * * * * *
16903 GCCTTGACTCAGTATTACATGATTTTTGGCGCT-GAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCAAA
254 GCCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTGC-ATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
* * *
16967 TAAAATCTTAGCC
318 TCAAATCTCAACC
*
16980 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
1 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAA
* * * * * * *
17045 TTCAGAAAAAAATATTAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAAT-CTTTTGGTGTTGA
65 TTCAG--AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCCTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTAA
* * * * * *
17109 ATTATATAT-TTTCTATGAGTATTGT-GGCTAAATACTGAGGAAATATCTTTC-GAGTCAATTTT
128 ATTAGATATATTT-TATGAGTATT-TCAGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCAG-GTCAATTTT
* * * * * * * *
17171 TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATTATGGTTTTTGGTTAAAAATGTGTTTCGGGG
190 TGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG
* * * * * *
17236 -CGCGGTTCAGTTTTGAATGATTTTTTACGC-T-GAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
255 CCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTT--GCATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
* *
17298 CCAAATCTC-AGC
318 TCAAATCTCAACC
* * * * *
17310 -C-----A-TT---G--TT-TTTATA--AGCATCCGAATCATGTTTCGAGTTAAATAGAAATTAA
1 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAA
* * * * * * * **
17360 TTCGGAAAAA-ATAGAAAAAACAATATTAGAAGCAT-GAAAAGCCTTCAATCCTTTTT-GCGTCG
65 TTCAGAAAAATAT-G-AAAAACGATATTAAAAGCCTAAAAAACCCTTCAAT-ATTTTTGGCGTTA
* * * * * *
17422 AATTATATATTTTTTATGAGTATTGT-GGCTAAAAATCGAAG-AAAATCGGTTT-A--T---TTT
127 AATTAGATATATTTTATGAGTATT-TCAGCCAAAAATTGAGGAAAAATC--TTTCAGGTCAATTT
** * * *
17479 TTG-AAAATTTTAGCCGAAAAAGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCG
189 TTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-G-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG
* * * * * * **
17543 GAGCCCCGGGTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGTTGAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
252 GGGCCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
*
17608 ACCAAATCTCAACC
317 ATCAAATCTCAACC
* * * * * *
17622 ACATTGGATTTAAGGATTTGTTTGTATGACCATCTAAACCTTGTTTCGATTTAATTAGACATTAA
1 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA-ATTAA
* * * * * * *
17687 TTCGGAAAAAGTAGGAAAAACGATATTAGAGGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGTGTTGAA
65 TTCAGAAAAA-TATGAAAAACGATATTAAAAGCCTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTAAA
* * * *
17752 TTATATATTTTTTATGAGTATTTCAGCCACAAATTGAGGAAATATCTTTCAGGTCAATTTTTGTA
129 TTAGATATATTTTATGAGTATTTCAGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTGTA
* * * * * *
17817 AAATGTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACG-TTCTGGGGGCC
194 AAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGGCCC
* * * * *
17881 CGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAAACTCTTTGAGATATCCATATTCATTTTATCAAA
258 CGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAA
* * *
17946 TATCAGCT
323 TCTCAACC
* * * * * *
17954 ACATTGAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTATTGCGATTTAATGATAAGTTAA
1 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA-TTAA
* * * *
18019 TTCAGAAAAATATGATAAACGATATTAAAAGCCTCAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTAAAT
65 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCCTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTAAAT
* * * * *
18084 TAGATATATTTTATGATTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTC-ATTTTTGCT-
130 TAGATATATTTTATGAGTATTTCAGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTG-TA
* *
18147 AAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
194 AAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
* *** *
18212 GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAGAA-TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAA
259 GGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTGC-ATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAA
18276 TCTCAACC
323 TCTCAACC
*
18284 ACATTGAATTTAAGGATTTG---TTACGAGCATCTGATTCTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
1 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGA--ATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATT
*
18346 AATTCA-AAAAATATTAAAAACGATATTAAAAG
63 AATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAG
18378 AGTGGAATGT
Statistics
Matches: 1677, Mismatches: 272, Indels: 201
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
308 28 0.02
309 9 0.01
310 23 0.01
311 60 0.04
312 5 0.00
313 22 0.01
314 54 0.03
315 48 0.03
316 17 0.01
317 51 0.03
318 10 0.01
319 129 0.08
320 15 0.01
321 36 0.02
322 20 0.01
323 2 0.00
324 3 0.00
325 5 0.00
326 1 0.00
327 77 0.05
328 80 0.05
329 154 0.09
330 228 0.14
331 156 0.09
332 147 0.09
333 134 0.08
334 124 0.07
335 39 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAAT
TCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCCTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTAAATT
AGATATATTTTATGAGTATTTCAGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTGTAAA
ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGG
CTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCT
CAACC
Done.