Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015106.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15139, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 33301
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.16, T:0.35
Found at i:223 original size:49 final size:48
Alignment explanation
Indices: 146--284 Score: 156
Period size: 49 Copynumber: 2.9 Consensus size: 48
136 CAAGCAATCC
* * **
146 TTTACTTTTCACTGCACTTTTTCTCAATTTTTACTACAAAATTAAACT
1 TTTAATTTTCATTGCACTTTTTCTCAATTTTTAAGACAAAATTAAACT
* * *
194 TTT-ATTTTTACTTGCATCTTTTTCTCAATTTTTAAGACAAAATTGATCT
1 TTTAATTTTCA-TTGCA-CTTTTTCTCAATTTTTAAGACAAAATTAAACT
* * *
243 TTTAATTTTCATCGCACTTTTTATCAATTTTT-TGACAAAATT
1 TTTAATTTTCATTGCACTTTTTCTCAATTTTTAAGACAAAATT
285 TGATTGGCAC
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 11, Indels: 7
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
47 14 0.18
48 22 0.29
49 35 0.45
50 6 0.08
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (48 bp):
TTTAATTTTCATTGCACTTTTTCTCAATTTTTAAGACAAAATTAAACT
Found at i:3755 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 3712--3762 Score: 95
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
3702 GGTACTGTAG
3712 AAATTGAATTTTTCTAAACAAAATAA
1 AAATTGAATTTTTCTAAACAAAATAA
3738 AAATTGAA-TTTTCTAAACAAAATAA
1 AAATTGAATTTTTCTAAACAAAATAA
3763 TTTAATAATG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 17 0.68
26 8 0.32
ACGTcount: A:0.55, C:0.08, G:0.04, T:0.33
Consensus pattern (26 bp):
AAATTGAATTTTTCTAAACAAAATAA
Found at i:4700 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 4672--4732 Score: 70
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
4662 AATTTTTGAT
4672 TATTTTAATAATGA-AATAATTAAAA
1 TATTTTAATAATGACAAT-ATTAAAA
*
4697 TATTTTTTAATAATGACAATTTTAAAA
1 TA--TTTTAATAATGACAATATTAAAA
4724 TATATTTAA
1 TAT-TTTAA
4733 AAAAAATTTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 7
0.79 0.03 0.18
Matches are distributed among these distances:
25 3 0.10
26 5 0.16
27 20 0.65
28 3 0.10
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
TATTTTAATAATGACAATATTAAAA
Found at i:4704 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4674--4726 Score: 81
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
4664 TTTTTGATTA
4674 TTTTAATAATGA-AATAATTAAAATATT
1 TTTTAATAATGACAAT-ATTAAAATATT
*
4701 TTTTAATAATGACAATTTTAAAATAT
1 TTTTAATAATGACAATATTAAAATAT
4727 ATTTAAAAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 21 0.88
28 3 0.12
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (27 bp):
TTTTAATAATGACAATATTAAAATATT
Found at i:4733 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 4715--4759 Score: 56
Period size: 12 Copynumber: 3.8 Consensus size: 12
4705 AATAATGACA
*
4715 ATTTTAAAATAT
1 ATTTAAAAATAT
*
4727 ATTTAAAAA-AA
1 ATTTAAAAATAT
4738 ATTTAAAAATAT
1 ATTTAAAAATAT
4750 ATTTGAAAAA
1 ATTT-AAAAA
4760 AAAGGTATAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
11 10 0.36
12 13 0.46
13 5 0.18
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (12 bp):
ATTTAAAAATAT
Found at i:4741 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 4714--4762 Score: 82
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
4704 TAATAATGAC
*
4714 AATTTTAAAATATATTT-AAAAAA
1 AATTTAAAAATATATTTGAAAAAA
4737 AATTTAAAAATATATTTGAAAAAA
1 AATTTAAAAATATATTTGAAAAAA
4761 AA
1 AA
4763 GGTATAATCG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 16 0.67
24 8 0.33
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (24 bp):
AATTTAAAAATATATTTGAAAAAA
Found at i:4953 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 4873--4976 Score: 138
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 44
4863 TGAATATTTT
* * *
4873 TATGAAATTTTGATAACTACCCTATTAAATTTTGATAACCACCA
1 TATGAAATTTTGATAACTACCCTATAAAATTGTGATAAACACCA
* *
4917 TATGAAATTTTGATAATTA-CCTATAAAATTGTGATAAACTCCA
1 TATGAAATTTTGATAACTACCCTATAAAATTGTGATAAACACCA
* *
4960 TAAGAAACTTTGATAAC
1 TATGAAATTTTGATAAC
4977 CTAACTATGA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 1
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
43 34 0.65
44 18 0.35
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (44 bp):
TATGAAATTTTGATAACTACCCTATAAAATTGTGATAAACACCA
Found at i:4988 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4873--5019 Score: 120
Period size: 22 Copynumber: 6.8 Consensus size: 21
4863 TGAATATTTT
4873 TATGAAATTTTGATAACTACCC
1 TATGAAATTTTGATAACTA-CC
* *
4895 TATTAAATTTTGATAACCACC
1 TATGAAATTTTGATAACTACC
*
4916 ATATGAAATTTTGATAATTACC
1 -TATGAAATTTTGATAACTACC
* *
4938 TATAAAATTGTGATAAACT-CC
1 TATGAAATTTTGAT-AACTACC
* * *
4959 ATAAGAAACTTTGATAACCTAAC
1 -TATGAAATTTTGATAA-CTACC
* *
4982 TATGAAATTTTAATAAACTTTCC
1 TATGAAATTTTGAT-AAC-TACC
5005 TATG-AATTTTG-TAAC
1 TATGAAATTTTGATAAC
5020 CTTCTTATGA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 19, Indels: 16
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.03
21 19 0.19
22 68 0.69
23 9 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (21 bp):
TATGAAATTTTGATAACTACC
Found at i:13271 original size:55 final size:54
Alignment explanation
Indices: 13210--14175 Score: 937
Period size: 55 Copynumber: 17.5 Consensus size: 54
13200 TCCTTTTTAA
**
13210 CTTTTTACACTTTTTTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACT
1 CTTTTTA-ACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACT
* *
13265 CCTTTTAACTTAATCACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTTACT
* * * **
13320 CTTTTTAATTTAATTACTCTGAATTAAGCTAATTGTTAAGCCTAATTATCC--TTTAAACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAA---TT-A--CTGATTA-CCATTTTTTACT
* * * * * * * *
13379 CCATTATTAACTTTACTACTCTTGAATTAAACCTATT-TTGATT-CCCTTTATTA--
1 -C-TTTTTAACTTAATTACTC-TGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACT
* * * * *
13432 --ATTTAAC----TT-CTCTGAATTAAGTCAATTATTACCATTTTCC-TTTTTTA--
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACT--GA-TTACCATTTTTTACT
** * *
13479 CTTTTTACACTTTTTTACTCTGAATTAAGTCAATTTCTGATTACCATTTTTTACT
1 CTTTTTA-ACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACT
* *
13534 CCTTTTAACTTAATCACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACT
* *
13588 -TTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCTAATTACGGATTACCATCTTTTTAAAACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCAT-TTTTT---ACT
* * **
13645 -TTTTTAAATTAATTACTTTGAATTAAGCCAAAAACTGATTACCATGTTTTTACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCAT-TTTTTACT
*
13699 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTAATTACCATTTTTTTTACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA--TTTTTTACT
* *
13755 ATTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTGCCAATTTTTTTTTACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACC-A---TTTTTTACT
*
13813 CTTTTTAACTTAATTACTCTTAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTACTT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTAC-T
* *
13867 TTTTTTAAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACAATTGTTTTTTTTTTACT
1 CTTTTT-AACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-------TTTTTTACT
* * * * *
13929 CTTTTGAACTTAATTGCTCTGAATTAAGCAAATTACTAAGTACCATTTTTTACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACT
* *
13983 CTTTTT-ACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTAATATACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATT-TTTTACT
* * **
14037 CTTTTTAACTTAATTACTTTGAATTATGAAAATTACTGATTACCATTTTTTTACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTTACT
*
14092 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACCC
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTA-CT
* * *
14147 CTTAATTAACCTAATTGCTCTGAATTAAG
1 CTT-TTTAACTTAATTACTCTGAATTAAG
14176 TTAATTATTA
Statistics
Matches: 763, Mismatches: 95, Indels: 105
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
43 12 0.02
44 5 0.01
45 1 0.00
46 1 0.00
47 8 0.01
48 2 0.00
49 9 0.01
50 2 0.00
52 4 0.01
53 94 0.12
54 125 0.16
55 235 0.31
56 73 0.10
57 50 0.07
58 54 0.07
59 9 0.01
60 1 0.00
61 54 0.07
62 17 0.02
63 7 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (54 bp):
CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACT
Found at i:13563 original size:269 final size:267
Alignment explanation
Indices: 13084--13620 Score: 957
Period size: 269 Copynumber: 2.0 Consensus size: 267
13074 ATAATTTTTG
*
13084 TGTTAAGCCTAATTAACCTTTAAACTTCATTATTAACTTGACTACTCCTGAATTAAACCTATTTT
1 TGTTAAGCCTAATTAACCTTTAAACTCCATTATTAACTTGACTACTCCTGAATTAAACCTATTTT
*
13149 GATTGCCTTTATTAACTTAACTTCACTGAATTAAGTCAATTATTACCATTTTCCTTTTTAACTTT
66 GATTCCCTTTATTAACTTAACTTCACTGAATTAAGTCAATTATTACCATTTTCCTTTTTAACTTT
13214 TTACACTTTTTTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACTCCTTTTAACTTAAT
131 TTACACTTTTTTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACTCCTTTTAACTTAAT
*
13279 CACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAATTTAATTACTCTGAAT
196 CACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTTACT-TTTTTAACTTAATTACTCTGAAT
13344 TAAGCTAAT
259 TAAGCTAAT
* * *
13353 TGTTAAGCCTAATTATCCTTTAAACTCCATTATTAACTTTACTACTCTTGAATTAAACCTATTTT
1 TGTTAAGCCTAATTAACCTTTAAACTCCATTATTAACTTGACTACTCCTGAATTAAACCTATTTT
* * *
13418 GATTCCCTTTATTAATTTAACTTCTCTGAATTAAGTCAATTATTACCATTTTCCTTTTTTACTTT
66 GATTCCCTTTATTAACTTAACTTCACTGAATTAAGTCAATTATTACCATTTTCCTTTTTAACTTT
* *
13483 TTACACTTTTTTACTCTGAATTAAGTCAATTTCTGATTACCATTTTTTACTCCTTTTAACTTAAT
131 TTACACTTTTTTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACTCCTTTTAACTTAAT
13548 CACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACTTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTA
196 CACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACTTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTA
13613 AGCTAAT
261 AGCTAAT
13620 T
1 T
13621 ACGGATTACC
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 11, Indels: 2
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
267 32 0.12
268 9 0.04
269 216 0.84
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (267 bp):
TGTTAAGCCTAATTAACCTTTAAACTCCATTATTAACTTGACTACTCCTGAATTAAACCTATTTT
GATTCCCTTTATTAACTTAACTTCACTGAATTAAGTCAATTATTACCATTTTCCTTTTTAACTTT
TTACACTTTTTTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACTCCTTTTAACTTAAT
CACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACTTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTA
AGCTAAT
Found at i:13708 original size:269 final size:269
Alignment explanation
Indices: 13165--14182 Score: 951
Period size: 269 Copynumber: 3.7 Consensus size: 269
13155 CTTTATTAAC
* * * **
13165 TTAACTT-CACTGAATTAAGTCAATTATTACCATTTTCCTTTTTAACTTTTTACACTTTTTTACT
1 TTAACTTACTCTGAATTAAGCCAATTATTACCATTTTCCTTTTTTACTTTTTA-ACTTAATTACT
13229 CTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTTACTCCTTTTAACTTAATCACTCTGAATTAAG
65 CTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCCTTTTAACTTAATCACTCTGAATTAAG
*
13293 CCAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAATTTAATTACTCTGAATTAAGCTAATTGTTA
130 CCAATTACTGATTACCA-TTTTTTACT-TTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCTAA---TTA
* ** * ** * * * * * * **
13358 AGCCTAATTATC-CTTTAAACTCCATTATTAACTTTACTACTCTTGAATTAAACC-TATTTTGAT
190 CGGATTACAATCTTTTTAAACT-C-TTTTTAACTTAATTACT-TTGAATTAAGCCAAATACTGAT
* * *
13421 T-CCCTTTATTA----AT
252 TACCATTTTTTACTCTTT
* **
13434 TTAACTT-CTCTGAATTAAGTCAATTATTACCATTTTCCTTTTTTACTTTTTACACTTTTTTACT
1 TTAACTTACTCTGAATTAAGCCAATTATTACCATTTTCCTTTTTTACTTTTTA-ACTTAATTACT
* *
13498 CTGAATTAAGTCAATTTCTGATTACCA-TTTTTTACTCCTTTTAACTTAATCACTCTGAATTAAG
65 CTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCCTTTTAACTTAATCACTCTGAATTAAG
13562 CCAATTACTGATTACCATTTTTTACTTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCTAATTACGGAT
130 CCAATTACTGATTACCATTTTTTACTTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCTAATTACGGAT
* * *
13627 TACCATCTTTTTAAAACT-TTTTTAAATTAATTACTTTGAATTAAGCCAAAAACTGATTACCATG
195 TACAATCTTTTT-AAACTCTTTTTAACTTAATTACTTTGAATTAAGCCAAATACTGATTACCAT-
13691 TTTTTACTCTTT
258 TTTTTACTCTTT
*
13703 TTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTAATTACCATTTT--TTTTACTA-TTTTTAACT
1 TTAAC----TTACTCTGAATTAAGCCAA-T--T-ATTACCATTTTCCTTTT-TTACTTTTTAACT
* * *
13765 TAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTGCCAATTTTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTAC
57 TAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACC-A--TTTTTTTACTCCTTTTAACTTAATCAC
*
13830 TCTTAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTACTTTTTTTTAAACTTAATTACTCTGAATTA
119 TCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTAC--TTTTTT-AACTTAATTACTCTGAATTA
* * * ** * * *
13894 AGCCAATTACTGATTACAATTGTTTTTTTTTTACTCTTTTGAACTTAATTGCTCTGAATTAAG-C
181 AGCTAATTACGGATTACAA----TCTTTTTAAACTCTTTTTAACTTAATTACTTTGAATTAAGCC
* *
13958 AAATTACTAAGTACCATTTTTTACTCTTT
242 AAA-TACTGATTACCATTTTTTACTCTTT
* * * * * *
13987 TTACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACT--GA-TTACCATTAATATACTCTTTTTAACTTA
1 TTA---ACTTACTCTGAATTAAGCCAATTATTACCATTTTCC-TT-TTTTA--CTTTTTAACTTA
* * ** * *
14049 ATTACTTTGAATTATGAAAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTGA
59 ATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCCTTTTAACTTAATCACTCTGA
** * * *
14114 ATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACCCCTTAATTAACCTAATTGCTCTGAATTAAGTTA
124 ATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTA---CTTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCTA
14179 ATTA
186 ATTA
14183 TTACCTTTTT
Statistics
Matches: 638, Mismatches: 65, Indels: 81
0.81 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
262 11 0.02
263 19 0.03
264 12 0.02
265 8 0.01
266 5 0.01
267 30 0.05
268 9 0.01
269 147 0.23
273 2 0.00
274 15 0.02
275 33 0.05
276 13 0.02
277 4 0.01
278 18 0.03
279 111 0.17
280 39 0.06
281 41 0.06
282 39 0.06
283 20 0.03
284 22 0.03
285 39 0.06
287 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (269 bp):
TTAACTTACTCTGAATTAAGCCAATTATTACCATTTTCCTTTTTTACTTTTTAACTTAATTACTC
TGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCCTTTTAACTTAATCACTCTGAATTAAGC
CAATTACTGATTACCATTTTTTACTTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCTAATTACGGATT
ACAATCTTTTTAAACTCTTTTTAACTTAATTACTTTGAATTAAGCCAAATACTGATTACCATTTT
TTACTCTTT
Found at i:13880 original size:169 final size:166
Alignment explanation
Indices: 13210--14142 Score: 938
Period size: 169 Copynumber: 5.6 Consensus size: 166
13200 TCCTTTTTAA
** *
13210 CTTTTTACACTTTTTTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTTACTCCTTTTAAC
1 CTTTTTA-ACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAAC
* *
13274 TTAATCACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA--TTTTTTTACTCTTTTTAATTTAATTAC
65 TTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTAC
* * **
13337 TCTGAATTAAGCTAATTGTTAAGCCTAATTATCC--TTTAAACT
130 TCTGAATTAAGCCAA---TT-A--CTGATTA-CCATTTTTTACT
* * * * * * * * *
13379 CCATTATTAACTTTACTACTCTTGAATTAAACCTATT-TTGATT-CC-CTTTATTA----ATTTA
1 -C-TTTTTAACTTAATTACTC-TGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTA
*
13437 AC----TT-CTCTGAATTAAGTCAA-T--T-ATTACCATTTTCCTTTTT--TACTTTTTACACTT
63 ACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTT--TTTTTACT-CTTTTTA-ACTT
** * *
13491 TTTTACTCTGAATTAAGTCAATTTCTGATTACCATTTTTTACT
124 AATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACT
* *
13534 CCTTTTAACTTAATCACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTTACT-TTTTTAACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAACT
* * *** *
13597 TAATTACTCTGAATTAAGCTAATTACGGATTACCATCTTTTTAAAACT-TTTTTAAATTAATTAC
66 TAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCAT-TTTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTAC
* **
13661 TTTGAATTAAGCCAAAAACTGATTACCATGTTTTTACT
130 TCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCAT-TTTTTACT
* *
13699 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTAATTACCATTTTTTTTACTATTTTTAAC
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTTTACTCTTTTTAAC
*
13764 TTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTGCCAATTTTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTA
65 TTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACC-ATTTTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTA
*
13829 CTCTTAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTACTT
129 CTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTAC-T
* *
13867 TTTTTTAAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACAATTGTTTTTTTTTTACTCTT
1 CTTTTT-AACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA------TTTTTTTACTCTT
* * * * *
13932 TTGAACTTAATTGCTCTGAATTAAGCAAATTACTAAGTACCA---TTTTTTACTCTTTTT-ACTT
59 TTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTTTACTCTTTTTAACTT
* *
13993 AATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTAATATACT
124 AATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATT-TTTTACT
* * **
14037 CTTTTTAACTTAATTACTTTGAATTATGAAAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAACT
1 CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAACT
14102 TAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTT
66 TAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTT
14143 ACCCCTTAAT
Statistics
Matches: 635, Mismatches: 81, Indels: 98
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
152 13 0.02
153 20 0.03
154 15 0.02
155 6 0.01
156 7 0.01
157 9 0.01
158 3 0.00
159 8 0.01
160 40 0.06
161 3 0.00
162 14 0.02
163 51 0.08
164 31 0.05
165 64 0.10
166 11 0.02
167 20 0.03
168 54 0.09
169 157 0.25
170 38 0.06
171 22 0.03
173 1 0.00
174 48 0.08
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (166 bp):
CTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAACT
TAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACT
CTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACT
Found at i:14073 original size:224 final size:221
Alignment explanation
Indices: 13459--14142 Score: 840
Period size: 224 Copynumber: 3.1 Consensus size: 221
13449 TAAGTCAATT
* ** * *
13459 ATTACCATT-TTCCTTTTTTACT-TTTT-ACACTTTTTTACTCTGAATTAAGTCAATTTCTGATT
1 ATTACCATTGTT-TTTTTTTACTCTTTTGA-ACTTAATTACTCTGAATTAAG-CAATTACTAATT
* *
13521 ACCATTTTTTACTCCTTTTAACTTAATCACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTA
63 ACCATTTTTTACT-CTTTTTACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTA
* * *
13586 CT-TTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCTAATTACGGATTACCATCTTTTTAAAAC-TTTTT
127 CTCTTTTTAACTTAATTACTTTGAATTAAGCAAATTACTGATTACCAT-TTTTT---ACTTTTTT
* **
13649 TAAA-TTAATTACTTTGAATTAAGCCAAAAACTG
188 TAAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTG
*
13682 ATTACCA-TG----TTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTAATTAC
1 ATTACCATTGTTTTTTTTTACTCTTTTGAACTTAATTACTCTGAATTAAG-CAATTACTAATTAC
* *
13742 CATTTTTTTTACTATTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTGCCAATTTTTT
65 CA--TTTTTTACTCTTTTT-ACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACC-A---TTT
*
13807 TTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTT-AATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTACTTTTT
123 TTTACTCTTTTTAACTTAATTACT-TTGAATTAAGCAAATTACTGATTACCATTTTTTAC-TTTT
13870 TTTAAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTG
186 TTTAAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTG
* * *
13906 ATTACAATTGTTTTTTTTTTACTCTTTTGAACTTAATTGCTCTGAATTAAGCAAATTACTAAGTA
1 ATTACCATTG-TTTTTTTTTACTCTTTTGAACTTAATTACTCTGAATTAAGC-AATTACTAATTA
* *
13971 CCATTTTTTACTCTTTTTACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTAATATAC
64 CCATTTTTTACTCTTTTTACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATT-TTTTAC
* * *
14036 TCTTTTTAACTTAATTACTTTGAATTATGAAAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTT-AA
128 TCTTTTTAACTTAATTACTTTGAATTAAGCAAATTACTGATTACCA-TTTTTTACTTTTTTTAAA
14100 CTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTG
192 CTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTG
14130 ATTACCATT-TTTT
1 ATTACCATTGTTTT
14143 ACCCCTTAAT
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 28, Indels: 53
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
218 8 0.02
219 37 0.09
220 5 0.01
221 46 0.11
222 6 0.01
223 20 0.05
224 121 0.30
225 17 0.04
226 47 0.12
227 37 0.09
228 14 0.03
229 1 0.00
230 48 0.12
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (221 bp):
ATTACCATTGTTTTTTTTTACTCTTTTGAACTTAATTACTCTGAATTAAGCAATTACTAATTACC
ATTTTTTACTCTTTTTACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACTCT
TTTTAACTTAATTACTTTGAATTAAGCAAATTACTGATTACCATTTTTTACTTTTTTTAAACTTA
ATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTG
Found at i:14224 original size:279 final size:276
Alignment explanation
Indices: 13224--14235 Score: 854
Period size: 279 Copynumber: 3.7 Consensus size: 276
13214 TTACACTTTT
** * *
13224 TTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTTACTCCTTTTAACTTAATCACTCTGAA
1 TTACTCTGAATTAAGAAAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTGAA
* *
13288 TTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTTA-CTCTTTTTAATTTAATTACTCTGAATTAAGCTAA
66 TTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTTACCT-TTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGTTAA
* ** ** * * * *
13352 TTGTTAAGCCTAATTA-TCCTTTAAACTCCATTATTAACTTTACTACTCTTGAATT------AAA
129 -TATT-A-CCTTTTTACT-CTTTTTACT-C-TTTTTAACTTAATTGCTC-TGAATTAAGCCAAAA
* * * * * *
13410 CCT-A-T----T-TTGATT-CCCTTTATTAATTTAACTT-CTCTGAATTAAGTCAATTATTACCA
187 ACTAAGTACCATGTT-TTTACTCTTT-TTAACTTAA-TTACTCTGAATTAAGCCAATTACTA--A
* * **
13466 TTTTCC-TTT--TTTAC--TTTTTACACTTTT
247 -TTACCATTTAATATACTATTTTTA-ACTTAA
** * * *
13493 TTACTCTGAATTAAGTCAATTTCTGATTACCA-TTTTTTACTCCTTTTAACTTAATCACTCTGAA
1 TTACTCTGAATTAAGAAAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTGAA
*
13557 TTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTA-CTTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCT-A-A
66 TTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACCTTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGTTAATA
*** * * * *
13619 TTA-CGGATTACCATCTTTTTAAAACT-TTTTTAAATTAATTACTTTGAATTAAGCCAAAAACTG
131 TTACCTTTTTA-C-TCTTTTT---ACTCTTTTTAACTTAATTGCTCTGAATTAAGCCAAAAACTA
*
13682 ATTACCATGTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTAATTACCATTT
191 AGTACCATGTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTAATTACCATTT
** *
13747 TTTTTACTATTTTTAACTTAA
256 AATATACTATTTTTAACTTAA
** *
13768 TTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGATTGCCAATTTTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCT
1 TTACTCTGAATTAAGAAAATTACTGATTACC-A--TTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCT
* *
13833 TAATTAAGCCAATTACTGATTACCA-TTTTTACTTTTTTTTAAACTTAATTACTCTGAATTAAGC
63 GAATTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTAC-CTTTTTT-AACTTAATTACTCTGAATTAAG-
* * * *
13897 CAATTACTGATTACAATTGTTT--TTTTTTTACTCTTTTGAACTTAATTGCTCTGAATTAAG-CA
125 ---TTAAT-ATTAC-CTT-TTTACTCTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTGCTCTGAATTAAGCCA
* *
13959 AATTACTAAGTACCAT-TTTTTACTCTTTTT-ACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTGAT
184 AA-AACTAAGTACCATGTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTAAT
*
14022 TACCA-TTAATATACTCTTTTTAACTTAA
248 TACCATTTAATATACTATTTTTAACTTAA
* *
14050 TTACTTTGAATTATGAAAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTGAA
1 TTACTCTGAATTAAGAAAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTGAA
** * *
14115 TTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACCCCTTAATTAACCTAATTGCTCTGAATTAAGTTAA
66 TTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTA--CCTTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGTTAA
* *
14180 TTATTACCTTTTTACTCTTCTTTACTTCTTATTTACCCTAATTGCTCTGAATTAAG
129 -TATTACCTTTTTACTCTT-TTTAC-TCTT-TTTAACTTAATTGCTCTGAATTAAG
14236 TCAATTATTA
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 65, Indels: 98
0.79 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
261 5 0.01
262 6 0.01
263 18 0.03
264 3 0.00
266 4 0.01
267 28 0.04
268 14 0.02
269 85 0.14
270 1 0.00
271 4 0.01
272 4 0.01
273 2 0.00
274 39 0.06
275 41 0.07
276 18 0.03
277 6 0.01
278 10 0.02
279 127 0.20
280 32 0.05
281 27 0.04
282 46 0.07
283 37 0.06
284 21 0.03
285 34 0.05
287 6 0.01
288 4 0.01
291 2 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (276 bp):
TTACTCTGAATTAAGAAAATTACTGATTACCATTTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTGAA
TTAAGCCAATTACTGATTACCATTTTTTACCTTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGTTAATA
TTACCTTTTTACTCTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTGCTCTGAATTAAGCCAAAAACTAAGTAC
CATGTTTTTACTCTTTTTAACTTAATTACTCTGAATTAAGCCAATTACTAATTACCATTTAATAT
ACTATTTTTAACTTAA
Found at i:14227 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 14140--14275 Score: 204
Period size: 60 Copynumber: 2.3 Consensus size: 60
14130 ATTACCATTT
* * * *
14140 TTTACCCCTTAATTAACCTAATTGCTCTGAATTAAGTTAATTATTACCTTTTTACTCTT-C
1 TTTACCTCTTATTTACCCTAATTGCTCTGAATTAAGTCAATTATTACCTTTTTACT-TTCC
*
14200 TTTACTTCTTATTTACCCTAATTGCTCTGAATTAAGTCAATTATTACCTTTTTACTTTCC
1 TTTACCTCTTATTTACCCTAATTGCTCTGAATTAAGTCAATTATTACCTTTTTACTTTCC
14260 TTTACCT-TTATTTACC
1 TTTACCTCTTATTTACC
14276 TCTTGATCTT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 6, Indels: 3
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
59 11 0.16
60 58 0.84
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (60 bp):
TTTACCTCTTATTTACCCTAATTGCTCTGAATTAAGTCAATTATTACCTTTTTACTTTCC
Found at i:16146 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 16135--16219 Score: 112
Period size: 6 Copynumber: 15.3 Consensus size: 6
16125 TTAATCATTA
*
16135 TTATTT TTATTT TTATTA TTA-TT TTA-TT TTATTT TTATTT TTA-TT
1 TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT
16180 TTA-TT TTA-TT TTA-TT TTA-TT TTATTT TTATTT TTATTT TT
1 TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TT
16220 TTGTTGTTGG
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 2, Indels: 4
0.93 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
5 34 0.45
6 41 0.55
ACGTcount: A:0.19, C:0.00, G:0.00, T:0.81
Consensus pattern (6 bp):
TTATTT
Found at i:16161 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 16139--16218 Score: 106
Period size: 5 Copynumber: 14.8 Consensus size: 5
16129 TCATTATTAT
16139 TTTTA TTTTTA TTATTA TTTTA TTTTA TTTTTA TTTTTA TTTTA TTTTA
1 TTTTA -TTTTA TT-TTA TTTTA TTTTA -TTTTA -TTTTA TTTTA TTTTA
16188 TTTTA TTTTA TTTTA TTTTTA TTTTTA TTTT
1 TTTTA TTTTA TTTTA -TTTTA -TTTTA TTTT
16219 TTTGTTGTTG
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 0, Indels: 7
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
5 39 0.55
6 32 0.45
ACGTcount: A:0.19, C:0.00, G:0.00, T:0.81
Consensus pattern (5 bp):
TTTTA
Found at i:16217 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 16139--16219 Score: 130
Period size: 22 Copynumber: 3.7 Consensus size: 22
16129 TCATTATTAT
*
16139 TTTTATTTTTATTATTATTTTA
1 TTTTATTTTTATTTTTATTTTA
16161 TTTTATTTTTATTTTTATTTTA
1 TTTTATTTTTATTTTTATTTTA
16183 TTTTA-TTTTA-TTTTATTTTA
1 TTTTATTTTTATTTTTATTTTA
16203 TTTTTATTTTTATTTTT
1 -TTTTATTTTTATTTTT
16220 TTGTTGTTGG
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 1, Indels: 5
0.90 0.02 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.18
21 10 0.18
22 31 0.56
23 4 0.07
ACGTcount: A:0.19, C:0.00, G:0.00, T:0.81
Consensus pattern (22 bp):
TTTTATTTTTATTTTTATTTTA
Found at i:17060 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17037--17125 Score: 110
Period size: 16 Copynumber: 5.6 Consensus size: 16
17027 GGGCTCGGGT
17037 GGGTTCGGGTATTTTC
1 GGGTTCGGGTATTTTC
* **
17053 GGGCTCGGGT-TAAGTC
1 GGGTTCGGGTAT-TTTC
17069 GGGTTCGGGTATTTTC
1 GGGTTCGGGTATTTTC
*
17085 GGGTTCGGGT-TATGTC
1 GGGTTCGGGTAT-TTTC
17101 GGGTTCGGGTATTTTC
1 GGGTTCGGGTATTTTC
17117 GGGTTCGGG
1 GGGTTCGGG
17126 CTCTGGTAGG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 8, Indels: 8
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.03
16 57 0.93
17 2 0.03
ACGTcount: A:0.07, C:0.13, G:0.43, T:0.37
Consensus pattern (16 bp):
GGGTTCGGGTATTTTC
Found at i:17076 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 17037--17125 Score: 160
Period size: 32 Copynumber: 2.8 Consensus size: 32
17027 GGGCTCGGGT
*
17037 GGGTTCGGGTATTTTCGGGCTCGGGTTAAGTC
1 GGGTTCGGGTATTTTCGGGTTCGGGTTAAGTC
*
17069 GGGTTCGGGTATTTTCGGGTTCGGGTTATGTC
1 GGGTTCGGGTATTTTCGGGTTCGGGTTAAGTC
17101 GGGTTCGGGTATTTTCGGGTTCGGG
1 GGGTTCGGGTATTTTCGGGTTCGGG
17126 CTCTGGTAGG
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 55 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.13, G:0.43, T:0.37
Consensus pattern (32 bp):
GGGTTCGGGTATTTTCGGGTTCGGGTTAAGTC
Found at i:17720 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 17703--17727 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
17693 TAATTAGTTA
17703 TAAGGGTACTTT
1 TAAGGGTACTTT
17715 TAAGGGTACTTT
1 TAAGGGTACTTT
17727 T
1 T
17728 TAGTTTTAAA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.24, T:0.44
Consensus pattern (12 bp):
TAAGGGTACTTT
Found at i:17892 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 17883--17923 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 7.2 Consensus size: 6
17873 TTCAAATTAT
* *
17883 TTCGGG TTCGGG CTCGGG -TCGGG CTCGGG -TCGGG TTCGGG T
1 TTCGGG TTCGGG TTCGGG TTCGGG TTCGGG TTCGGG TTCGGG T
17924 ATTTTCGGGC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
5 10 0.31
6 22 0.69
ACGTcount: A:0.00, C:0.22, G:0.51, T:0.27
Consensus pattern (6 bp):
TTCGGG
Found at i:17906 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 17884--17923 Score: 62
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
17874 TCAAATTATT
17884 TCGGGTTCGGGC
1 TCGGG-TCGGGC
17896 TCGGGTCGGGC
1 TCGGGTCGGGC
*
17907 TCGGGTCGGGT
1 TCGGGTCGGGC
17918 TCGGGT
1 TCGGGT
17924 ATTTTCGGGC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
11 22 0.81
12 5 0.19
ACGTcount: A:0.00, C:0.23, G:0.53, T:0.25
Consensus pattern (11 bp):
TCGGGTCGGGC
Found at i:17910 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17883--17922 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
17873 TTCAAATTAT
*
17883 TTCGGGTTCGGGCTCGGG
1 TTCGGGCTCGGG-TCGGG
17901 -TCGGGCTCGGGTCGGG
1 TTCGGGCTCGGGTCGGG
17917 TTCGGG
1 TTCGGG
17923 TATTTTCGGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.25
17 15 0.75
ACGTcount: A:0.00, C:0.23, G:0.53, T:0.25
Consensus pattern (17 bp):
TTCGGGCTCGGGTCGGG
Found at i:17931 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17912--17955 Score: 70
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
17902 CGGGCTCGGG
*
17912 TCGGGTTCGGGTATTT
1 TCGGGTTCGGGTAATT
*
17928 TCGGGCTCGGGTAATT
1 TCGGGTTCGGGTAATT
17944 TCGGGTTCGGGT
1 TCGGGTTCGGGT
17956 TCGGGACGTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 25 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.16, G:0.41, T:0.36
Consensus pattern (16 bp):
TCGGGTTCGGGTAATT
Found at i:19600 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 19577--19609 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
19567 AGAATCCAAA
19577 ATTA-AAATTAGAT
1 ATTAGAAATTAGAT
*
19590 TTTAGAAATTAGAT
1 ATTAGAAATTAGAT
19604 ATTAGA
1 ATTAGA
19610 TTAATTTCAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.18
14 14 0.82
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (14 bp):
ATTAGAAATTAGAT
Found at i:21670 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 21650--21679 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.5 Consensus size: 12
21640 TCTTTTTCTC
21650 TTTTAGTTCTAG
1 TTTTAGTTCTAG
*
21662 TTTTTGTTCTAG
1 TTTTAGTTCTAG
21674 TTTTAG
1 TTTTAG
21680 GGCTAGGGTG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 16 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.07, G:0.17, T:0.63
Consensus pattern (12 bp):
TTTTAGTTCTAG
Found at i:24875 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 24854--24895 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 3.5 Consensus size: 12
24844 TTTACTAACA
*
24854 TTTTAATTTTCT
1 TTTTAGTTTTCT
*
24866 TTTTAGTTTTGT
1 TTTTAGTTTTCT
24878 TTTT-GTTTTTCT
1 TTTTAG-TTTTCT
24890 TTTTAG
1 TTTTAG
24896 GATTTCAAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 3
0.81 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
11 1 0.04
12 23 0.92
13 1 0.04
ACGTcount: A:0.10, C:0.05, G:0.10, T:0.76
Consensus pattern (12 bp):
TTTTAGTTTTCT
Found at i:26794 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 26778--26830 Score: 56
Period size: 11 Copynumber: 5.2 Consensus size: 10
26768 GAAGTTCGTG
26778 ATTGAAGATTT
1 ATTGAAGA-TT
*
26789 ATTGAAGATA
1 ATTGAAGATT
26799 ATTTGAAGA-T
1 A-TTGAAGATT
26809 -TTGAAGATT
1 ATTGAAGATT
26818 ATTGAAGAATT
1 ATTGAAG-ATT
26829 AT
1 AT
26831 CTCAAGAGGC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 8
0.78 0.04 0.17
Matches are distributed among these distances:
8 7 0.19
9 1 0.03
10 8 0.22
11 20 0.56
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (10 bp):
ATTGAAGATT
Found at i:26814 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26790--26825 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
26780 TGAAGATTTA
26790 TTGAAGATAATTTGAAGAT
1 TTGAAGATAA-TTGAAGAT
*
26809 TTGAAGATTATTGAAGA
1 TTGAAGATAATTGAAGA
26826 ATTATCTCAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.44
19 9 0.56
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.22, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
TTGAAGATAATTGAAGAT
Found at i:32092 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 32062--32138 Score: 102
Period size: 27 Copynumber: 2.9 Consensus size: 27
32052 AGCGAACTTA
32062 AAATGACCAAAATGCCCCTGAATATGC
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGAATATGC
* *
32089 AAATGACCAAAATGCCCCT-AGATGTTC
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGA-ATATGC
**
32116 AAATGATTAAAATGCCCCTGAAT
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGAAT
32139 GACCCTAATG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 4
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.02
27 42 0.95
28 1 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.23, G:0.14, T:0.22
Consensus pattern (27 bp):
AAATGACCAAAATGCCCCTGAATATGC
Found at i:32555 original size:88 final size:90
Alignment explanation
Indices: 32415--32661 Score: 342
Period size: 90 Copynumber: 2.8 Consensus size: 90
32405 TTTGAAAATG
* * *
32415 TGCTGCACCAAGCTCACCGAATTCCACTCTTTG-AAGAG--ATGCACCGCATTAACTTGATTCAC
1 TGCTGCACCAAGCTCACCG-AGTCCAATC-TTGAAAAAGTAATGCACCGCATTAACTTGATTCAC
*
32477 TGAATCACCCTGATCTA-T-GAAGATT
64 CGAATCACCCTGATCTATTCGAAGATT
*
32502 TGCTACACCAAGCTCACCGAGTCCAATCTTGAAAAAGTAATGCACCGCATTAACTTGATTCACCG
1 TGCTGCACCAAGCTCACCGAGTCCAATCTTGAAAAAGTAATGCACCGCATTAACTTGATTCACCG
*
32567 GATCACCCTGATCTATTCGAAGATT
66 AATCACCCTGATCTATTCGAAGATT
* * * * *
32592 TGCTGCACCGAGCTCACTGAGTCTAATCTTGAAAAAGTAATGCACCGCCTTAAGTTGATTCACCG
1 TGCTGCACCAAGCTCACCGAGTCCAATCTTGAAAAAGTAATGCACCGCATTAACTTGATTCACCG
32657 AATCA
66 AATCA
32662 TCCTTTAAAG
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 13, Indels: 7
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.02
86 11 0.08
87 18 0.13
88 39 0.27
89 1 0.01
90 70 0.49
ACGTcount: A:0.30, C:0.27, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (90 bp):
TGCTGCACCAAGCTCACCGAGTCCAATCTTGAAAAAGTAATGCACCGCATTAACTTGATTCACCG
AATCACCCTGATCTATTCGAAGATT
Found at i:32866 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 32664--32863 Score: 294
Period size: 35 Copynumber: 5.7 Consensus size: 35
32654 CCGAATCATC
*
32664 CTTTAAAGATGCTACACCGAGTCATCTG-ATTCTAA
1 CTTTGAAGATGCTACACCGAGTCATCTGAATTC-AA
* * * * *
32699 CTTCGAAGGTGCTACACTGAGTCCTCTAAATTCAA
1 CTTTGAAGATGCTACACCGAGTCATCTGAATTCAA
*
32734 CTTTGAAGATGCTACACCGAGTCATCTGAATGCAA
1 CTTTGAAGATGCTACACCGAGTCATCTGAATTCAA
**
32769 CTTTGAAGATGCTATGCCGAGTCATCTGAATTCAA
1 CTTTGAAGATGCTACACCGAGTCATCTGAATTCAA
*
32804 CTTTGAAGATGCTACACCGAGTCATTTGAATTCAA
1 CTTTGAAGATGCTACACCGAGTCATCTGAATTCAA
32839 CTTTGAAGATGCTACACCGAGTCAT
1 CTTTGAAGATGCTACACCGAGTCAT
32864 TTGGTTCCTA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 18, Indels: 2
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
35 142 0.97
36 4 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.18, T:0.29
Consensus pattern (35 bp):
CTTTGAAGATGCTACACCGAGTCATCTGAATTCAA
Done.