Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015165.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15198, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Indices: 3019--3088 Score: 97
Period size: 31 Copynumber: 2.3 Consensus size: 31
3009 TTTTTTAATA
* *
3019 TTTT-AAACCGGCTCAAATAGGTACTAAACG
1 TTTTAAAATCGGCTCAAATAGATACTAAACG
*
3049 TTTTAAAATCGGCTCAAATAGATATTAAACG
1 TTTTAAAATCGGCTCAAATAGATACTAAACG
*
3080 TTTCAAAAT
1 TTTTAAAAT
3089 TAGATCAATT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 1
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
30 4 0.11
31 31 0.89
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Consensus pattern (31 bp):
TTTTAAAATCGGCTCAAATAGATACTAAACG
Found at i:4259 original size:21 final size:22
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4197 AAAATTAAAT
4207 CCAAAATTAGAATCAACCAGAG
1 CCAAAATTAGAATCAACCAGAG
*
4229 CAATTCAAATTAGAATCAACCAG-G
1 CCA---AAATTAGAATCAACCAGAG
4253 CCAAAAT
1 CCAAAAT
4260 AATCATTAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 7
0.74 0.06 0.20
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.15
22 2 0.08
24 3 0.12
25 17 0.65
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CCAAAATTAGAATCAACCAGAG
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4241 GAATCAACCA
* * * *
4251 GGCCAAAATAATCATTAAAATATATAATTCAACACCAAAAGTATTGGAAGGCTTTTCACGCTTCT
1 GGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACA-CAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCT
* * * *
4316 AATATCATTCTTCCTATTTTTTTTCTGAATTAATTCCTAATTCAGTTGAAATCGGTTTCTGATGC
65 AATATCATTTTTCCTA-TTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGC
* **
4381 TCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTGAGATTTTTTTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
129 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
** ** * * *
4446 TGAGCCTTAACGCCAAATATCATGCAAAACTGAGTCGAAGCCCCGGAAA-GCGCTTTTAGCCAAA
194 TGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAA
* * * *
4510 TACTGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGTAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCC
258 TACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCC
4575 TTAATTTTT
323 TTAATTTTT
* * *
4584 GGCCAAAATACT-ATTTAAAATATATAATTCAACACTAAAAATATTGGACGGATTTTCACGCTAC
1 GGCCAAAATACTCA-TAAAAATATATAATTCAACAC-AAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTC
* *
4648 TAATATCATTTTTCCTACTTTTTTCTGAATTAATTTATAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGC
64 TAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGC
* * *
4713 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATAGAGGTATTTCAA
129 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
**** * * * *
4778 TGAGTTTTAATACAAAAAATAATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACACGTTTTTAGCTAAAT
194 TGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAT
*
4843 ACCGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCT
259 ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCT
4908 TAATTTTT
324 TAATTTTT
*** *
4916 AGAAAAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACGAAAAATATTTGACGGCTTTTCACGCTTC
1 -GGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACAC-AAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTC
* * * * *
4981 TAATACCATTTTTTCCTATTTTTTTTCTGAATTAGTTTCTAATTCAATTGAAATCAGTTTCCGAT
64 TAATATCA-TTTTTCCTA-TTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGAT
* * *
5046 GCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAAAGATATTTC
127 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTC
* * * * *
5111 AATGAGTCTTGGAGCAAAAAATCATGCGAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
192 AATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
* *
5176 ATA-C----TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAATATTTATT
257 ATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTT-TT
* *
5236 TCTCAATTTTT
321 CCTTAATTTTT
* *
5247 GGCCAAAATACTCATAAAATATATATAA-TCAACTACAAAAATATTGGACGGCTTTTCACACTTT
1 GGCCAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAAC-ACAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTC
* * * *
5311 TAATAT--TGTTTTCTCTAATTTTTCCTGAATTAGTTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTT-TCGG
64 TAATATCAT-TTTTC-CTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCT-GA
* * ** * *
5373 TGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGCAGCTGAGATTTGGTTAGCTTAATAGAGATATTT
126 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTT
* * * * * * **
5438 CAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGTTGGAGCCTCGGATCGCCCTTTTAGCCA
191 CAATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCA
** *
5503 AATACCAAGATGGTTATTACACGATTTCGGGTAAATTTTCAGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACC
256 AATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC--G----------GCTAAATTTTTGCAAAAATTGACC
*
5568 CGAAGTATTTTTCCTTAATTTTT
309 CGAAATATTTTTCCTTAATTTTT
* * * *
5591 GGCAAAAATACTCATTAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGACGGTTTTTCACACTTCT
1 GGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACA-CAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCT
* * * * *
5656 AATATCAATTTTCCTA-TTTTTTATGAATTAATTTCTAATTCAATTGAAATCGATTT-TCGATGG
65 AATATCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCT-GATGC
* * * * *
5719 TCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTTGCTAAAATTTGATTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
129 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
* * * * * * *
5784 TGAGTTTTGCCGCCAAAAATCATGAAAAATTGAGTCGGGGCCCC-AGAATGAGTTTTTAGCAAAA
194 TGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAA
* * * * * *
5848 AATCTTGATGGTTAGTATAC-----CGGCTAAACTTTTT-CAAAAATTAACCCGAAATGTTTTTC
258 TACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA-TTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTC
*
5907 CATAATTTTT
322 CTTAATTTTT
* * * ** * *
5917 GGCTAAAATCCTCATAAAAAATATATGATTCAATTGCAAAAATATTGGACAGCTTTTCACACTTC
1 GGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAA-CACAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTC
* * * ** *
5982 TAATATCGTTTTCCCTA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCAATTCCTGATGC
64 TAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGC
* * * * *
6046 TCGCAAGAATAAACCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
129 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
* * * * * * **
6111 TGAGTGTTGGCACCAAAAATCATGGAAAATTAAG-CCGATGCCCAAAAACGCGTTTTTAGCCAAA
194 TGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGA-GCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAA
*
6175 TACAC--GA----TA-T-CA-GA-------TAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCGAAATATTTTTC
258 TAC-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTC
*
6223 CTCAATTTTT
322 CTTAATTTTT
* * * * * * *
6233 GGCCAAAAAACTCTTAAAAATATATAATTCAACGGCAAAAATATTGGATGACTTTTCACACTCCT
1 GGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAAC-ACAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCT
* * * ** * **
6298 AATAT-GTTTTCCCTA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAATAAGTTTCTAAAACT
65 AATATCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCT
* * *** * *
6361 CGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTTGCTGAGAATAAATTAGCTTAATAGAGATATTTTAAT
130 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAAT
* * * * * **
6425 GAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGTTGGAGCCCCGGAACACCCTTTTAGCCAAATA
195 GAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATA
* * *
6490 CCGTGAT-G-TAGTACATGATTTCGGGTCAATTTTTCGGCTAAATTTTTACAGAAATTGACCCGG
260 CCGTGATGGTTAGTAC---A---C--G---A--TTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGA
* *
6553 AATATTTTTCCTGAATTTTG
312 AATATTTTTCCTTAATTTTT
* * * *
6573 GGACATAATACTCATACAAATATATAATTCAACACAAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTACT
1 GGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACAC-AAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCT
* * * *
6638 AATATCA-TTTTCCTACTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCTGATACT
65 AATATCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCT
* * * * *
6702 CGTAAAAACAAATTCTTAAATCTATTGTGGTTGAGATTTGCTTAGATGAATAGAGATATTTCAAT
130 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAAT
* * * * ** *
6767 GAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGTCTCGAAATACGTTTTTAGCTAAATA
195 GAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATA
** ** * * *
6832 TGGTGATGGTTACCACACGATTTCGGCTTAATTTTTGCAAAAATCGACCCGAAATATTTTTCCTA
260 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTT
6897 AATTTTT
325 AATTTTT
* * *
6904 GGCCAAAATAGTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATAGGACAGC-TTTCACGCTTCT
1 GGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACA-CAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCT
*
6968 AATATCAATTTTCCTATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAA-CTGGTTTCTGATG
65 AATATCATTTTTCCTA-TTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATC-GGTTTCTGATG
* * * * * *
7032 CTCCT-AAATCAAATCCTTAAATCCAATGTTGCTGAAATTTGGTTAGCTGAATAGAGATTTTTCA
128 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCA
* * *
7096 ATGAGTGTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC-GAGGCCCC-AGAACGCGTTTTTAGCC-
193 ATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGA-GCCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCA
* * *
7158 ---A-----A-----A-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGATCCGAAATATTTTT
256 AATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTT
* *
7209 CCTCAAATTTT
321 CCTTAATTTTT
* * * * *
7220 GGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTGCAAAAATATTGGATGACTTTTCACACTCC
1 GGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAAC-ACAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTC
* * * *
7285 TAATATCGTTTTCCCTA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGATTTCTGATGC
64 TAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGC
* * *
7349 TCGTAAGAACAAACCCTTAAAGT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCA
129 TCGTAAAAACAAATCCTTAAA-TCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCA
* * * * ** *
7413 ATGAGTGTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGGCTTCGAATCGCGTTTTTAGCCAAA
193 ATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAA
* * * * * *
7478 TACCGTGATGGTTAGTAAACCATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCAAAATATGTTTCC
258 TACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCC
* *
7543 TCAAATTTT
323 TTAATTTTT
* * * ** *
7552 GGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGACAAAAATATTGGATGACTTTTCAAACTCC
1 GGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAA-CACAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTC
* * * * * * * * *
7617 TAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTTTCAGAATTAATTTCTATTTTAATCGAAATTGGTTTCTAAA
64 TAATATCATTTTTCC--TATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGAT
* * * * *
7682 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCACTATTGCTGAGATTTGGTTAGCTTAATAGAGATATTTC
127 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTC
* * * * * * * *
7747 AATGAGTGTTGGTGTCAAAAATCATGTAAAGCTGAGTTGGAGCCCCGGAACGCCTTTTTAGCCAA
192 AATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
* * *
7812 ATACTGTGATGATTAGTACACGAGTTCGTGTCAATTTTTCGGCTAAATTTTTGCAAAATTTGACC
257 ATACCGTGATGGTTAGT--AC-A---C--G---A--TTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACC
* *
7877 CGAAATATTTTTTCTTAAATTTT
309 CGAAATATTTTTCCTTAATTTTT
*
7900 AGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCT
1 GGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACA-CAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCT
*
7965 AATATCAATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCT
65 AATATCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCT
* * * *
8030 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGCT-GTTGAAATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAT
130 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG-TGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
* * *
8094 TGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAG-CATGAGCCCCTG-AACACGTTTTT-GCCAA
194 TGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGAGCCCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAA
* * * * * *
8156 AAACCTTGATGGTTAATATACGATTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATGTTTTTC
257 ATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTC
**
8221 CACAATTTTT
322 CTTAATTTTT
* * ** * *
8231 GGCTAAAATACTCATAAAAAAAATATAATTCAATGGCAAAAATATTGGACGGCTTTTTACAC--C
1 GGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAA-CACAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTC
* * * *
8294 TAATATC-GTTTTCCGCA--TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-CAGGTTTCTTAT
64 TAATATCATTTTTCC-TATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATC-GGTTTCTGAT
* * *
8355 GCTCGTAAGAACAAACCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTT
127 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTC
* * * * * *
8420 AAGGAGTGTTGGC-ACAAGAAATCATGAAAAATTGAGCCAGG-GCCCC-ATAACGCGTTTTTAG-
192 AATGAGTTTTGGCGCCAA-AAATCATGCAAAACTGAGTC-GGAGCCCCGA-AACGCGTTTTTAGC
* * *
8481 C---TA-----A-----A-T-CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCGAAATATAT
254 CAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTT
* *
8531 TTCCTCAATTTTA
319 TTCCTTAATTTTT
* * * * *
8544 GGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGGCAAAAATATTGGACGGGTTTTGAGGCTTC
1 GGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAAC-ACAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTC
* * * * *
8609 TAATATCGTTTTCCCTA--TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCCGATAC
64 TAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGC
* * * * *
8672 TCGTAAGAACAAA-CACTTAAATCTAATGTAGCTGAGATTTTCTTAGCTTAATAGAGATATTTCA
129 TCGTAAAAACAAATC-CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCA
* * * * * * * * *
8736 ATGAGTCTTGACGTCGAAAATCATGCAAAATTAAGTCGAAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCCTAA
193 ATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAA
** *
8801 TA-C-T-A-----ACGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGATGCAAAATA-TTTTC
258 TACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTC
8857 CTTAATTTTT
322 CTTAATTTTT
* * * * *
8867 GGCCAAAATACTCATTAAAATATATAATTCAATACCAAAAATATTGGAAGACTTTTCATGCTTCT
1 GGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACA-CAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCT
* *
8932 AATATCA-TTTTCCTAATTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATTGAAATCGGTTTCTAAT
65 AATATCATTTTTCCT-A--TTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGAT
* ** * *
8996 GCTCGTAAATACAAATCCTTAAATTTAATGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGATATATTTC
127 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTC
* * * * * * * * *
9061 AATGATTTTTGGGGCCAAAAA-C-TCGTAAAACTAAGTCAGAGCACCGGAACACGTTTTTAGCCT
192 AATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCAT-GCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCA
** * * *
9124 AATACC-TGA----TA-TA-AATATTTCAGCTAATTTTTTTGCAAAATTTGACCCGAAATATTTT
256 AATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA-ATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTT
*
9182 TCCTTACTTTTT
320 TCCTTAATTTTT
* * * * * * *
9194 GGCCAAATTGCTCATTAAAATATATAATTCAACACAAAAAATATTGGAAGGCTTTTGAAGCTTCC
1 GGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACAC-AAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCT
* * *
9259 AATATCATTTTTCATATTTTTTTCTAAATTAATTTCTATTTCAAGT-GAAATCGGTTTCTGATGC
65 AATATCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAA-TCGAAATCGGTTTCTGATGC
** * *
9323 TCGTTTAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATAGAGATATTTCAA
129 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
* ** * *
9388 TGAGTCTTAACGCCAAAAAACATGCAAAATTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTT
194 TGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTT
9445 TCTGAATTAA
Statistics
Matches: 4086, Mismatches: 597, Indels: 363
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
312 1 0.00
313 191 0.05
314 75 0.02
315 199 0.05
316 159 0.04
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ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
GGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTA
ATATCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTC
GTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATG
AGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATAC
CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTA
ATTTTT
Found at i:12067 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 10359--13207 Score: 3607
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10349 TTTAGGGCCC
* * * * * **
10359 AAAATCTTGCAAAACTAAGACGGAGCACCGAAACGAGTTTTTAGTCT-AATACCGTGATAATTAG
1 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAG-CTAAATACCGTGATGGTTAG
* *
10423 TACACGATTTCAGCTAAATTTTTGCAAAATTTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAA
65 TACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAA
* * * * * *
10488 ATTGCTCATTAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAAGGCTTTTTATGCTTCTAATATC
130 AATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTAG-AGGCTTTTGACGCTTCTAATATC
* *
10553 ATTTTACCTATTTTTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTCAGGTGAAAGTTGGTTTCTGATGCTCG
194 ATTTTTCCTA---TTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAA-TTGGTTTCTGATGCTCG
* * * *
10618 TAAAAACAAATCCTTCTATCCATTATGGTTGAGATTTTCTTAGCTAAATAGAGATATTTCAATGA
255 TAAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGA
*
10683 GTCCTGACGCCC
320 GTCCTGACGCCA
10695 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAGT
1 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAGT
* *
10760 ACATGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCTCG-AATATTTTTCCTTAA-TTATGGCCAA
66 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACC-CGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAA
* * * *
10823 AATACTCATAAAAATATATAATTAAACACCAAAAATATTTAGTGGCCTTTGACGTTTCTAATATC
130 AATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATA-TTAGAGGCTTTTGACGCTTCTAATATC
* * *
10888 ATATTTCCTATTTGTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTG-AATTCGTTTCTGATGCTCGTAAA
194 ATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAATTGGTTTCTGATGCTCGTAAA
* *
10952 ATCAAATCCTCCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCC
259 AACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCC
11017 TGACGCCA
324 TGACGCCA
* *
11025 AAAATCATGCAAATCTAAGTCGGAGCCCCGTAAA-GCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGG-TAG
1 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCG-AAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAG
* * * *
11088 TACACGATTTCGGCTTAATGTTTGCAAAAATCGACCCGAAATATTTTTCCTTAAATTTTGGCCAA
65 TACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAA
* * * * *
11153 AATACTCATAAAAATATATAATTGAACTCCAAAAATATTTAAACGGCCTTTGACGCTTCTAATAG
130 AATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATA-TTAGA-GGCTTTTGACGCTTCTAATAT
** * * *
11218 CATTTATTAATATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCA-ATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGT
193 CATTT-TTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGT-GAAATTGGTTTCTGATGCTCGT
* * * ** * * *
11282 AAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAAAGATATCTCACTGAG
256 AAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAG
* *
11347 TCTTGGCGCCA
321 TCCTGACGCCA
* * * **
11358 AAAATCATGCAAAACTGAGTGGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATA-C---AACG-TA--
1 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAGT
* * * * * *
11416 A-ACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCGAAATATTTATTTCTCAATTATTGGCCAA
66 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTT-TTCCTTAATTTTTGGCCAA
*** * * * * *
11480 AATACTCA-AAAATTATATATAATTCAATTGCAAAAATATTGGACGGCTTTAGACACTTTTAATC
130 AATACTCATAAAA--ATATATAATTCAACACCAAAAATATTAGA-GGCTTTTGACGCTTCTAATA
* * * * * * *
11544 TCGTTTTCCCTA-TTTTTTCAGAATAAATTTGTACTTCA-ATCGAAATTGGTTTCTGATGCTCGT
192 TCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGT-GAAATTGGTTTCTGATGCTCGT
* * * * * ** * *
11607 AAAAATAACTCCTTAAATCCAATGTGGCTGATATTTGGTTAGCTGAGTAGAGATATTTTAATGAG
256 AAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAG
* * *
11672 TCTTGGCACCA
321 TCCTGACGCCA
* ** * * * * * *
11683 AAAATTAAACGAAACTGAGGCGGGGCCCC-AGAACGCGTTTTCAGCCAAATACCGTGATTGTTAG
1 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGA-AACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAG
* * *
11747 TACACGATTTTGGCTTAATTTTTGCAGAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAA
65 TACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAA
* * * * * * ***
11812 AATA-TTATTGAAAATATATAATT-AACCACCAATAATATTGGACAGCTTTTCACGCTAAAAATA
130 AATACTCA-TAAAAATATATAATTCAA-CACCAAAAATATTAGA-GGCTTTTGACGCTTCTAATA
* * *
11875 CCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAGTCGGTTTGTGATGCTCGT
192 TCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAA-TTGGTTTCTGATGCTCGT
* *
11940 AAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCT-AGGTTTTCTTAGCTGAATAGAGAGATTTCAATGAG
256 AAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAG
* *
12004 TCCCGATGCCA
321 TCCTGACGCCA
* * * *
12015 AAAATCGTGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGGGTTTTTAGCTAAATACCGTGATTGTTAGT
1 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAGT
* * *
12080 ACACGATTTCGGTTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCATAATTTATGGCCAAA
66 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
* * * * *
12145 ATACTCGTAAAAATAAATAATTCAATACCAAAAATATTTAAAGGCTTTTGACGCTTCTAATATAA
131 ATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATA-TTAGAGGCTTTTGACGCTTCTAATATCA
* *
12210 TTTTTCCTATTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAATTGGTTTGTAATGCTCGTAA
195 TTTTTCCTA--TTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAATTGGTTTCTGATGCTCGTAA
* *
12275 AAACAAATCCCTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTC
258 AAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTC
12340 CTGACGCCA
323 CTGACGCCA
* *
12349 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCTAAATACTGTGATGGTTAGT
1 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAGT
** *
12414 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAGGAATTGATCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
66 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
*
12479 ATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAGAGGCTTTTGATGCTTCTAATATCA
131 ATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATA-TTAGAGGCTTTTGACGCTTCTAATATCA
*
12544 TTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCATGTGAAAGTTGGTTTCTGATGCTCGTAAA
195 TTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAA-TTGGTTTCTGATGCTCGTAAA
*
12609 AACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTTAATG-GTCC
259 AACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCC
12673 TGACGCCA
324 TGACGCCA
* * *
12681 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCTATATACCGTGATGGTTAGT
1 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAGT
* **
12746 ACACGATATCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACTTGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
66 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
* * *
12811 ATACTAATAACAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAGAGGCTTTTGATGCTTCTAATATCA
131 ATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATA-TTAGAGGCTTTTGACGCTTCTAATATCA
* *
12876 TTTTTCCTA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCATGTGAAATTGGTTTCTAATGCTCGTAAAA
195 TTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAATTGGTTTCTGATGCTCGTAAAA
* **
12940 ACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTCTCTTAGCTGAAT--AG-T-CCT-AA--A-----
260 ACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCCT
*
12993 GA---AA
325 GACGCCA
* *
12997 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGAGGGTTAGT
1 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAGT
* **
13062 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCTGAAATATTTTTCCTTAATTTTTACCCAAA
66 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
* *
13127 ATACTCATAAAATTATATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCTTTTGACGCTTCTAATATCA
131 ATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATA-TTAGAGGCTTTTGACGCTTCTAATATCA
*
13192 TATTTCCTATTTTTTT
195 TTTTTCCTATTTTTTT
13208 ACCCAAAATA
Statistics
Matches: 2212, Mismatches: 262, Indels: 97
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
316 192 0.09
317 6 0.00
319 2 0.00
324 1 0.00
325 156 0.07
326 46 0.02
327 48 0.02
328 25 0.01
329 56 0.03
330 256 0.12
331 108 0.05
332 544 0.25
333 332 0.15
334 263 0.12
335 70 0.03
336 105 0.05
337 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAGT
ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
ATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTAGAGGCTTTTGACGCTTCTAATATCAT
TTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAATTGGTTTCTGATGCTCGTAAAAA
CAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCCTG
ACGCCA
Found at i:12352 original size:666 final size:661
Alignment explanation
Indices: 10359--13207 Score: 3541
Period size: 666 Copynumber: 4.3 Consensus size: 661
10349 TTTAGGGCCC
* * * * * **
10359 AAAATCTTGCAAAACTAAGACGGAGCACCGAAACGAGTTTTTAGTCT-AATACCGTGATAATTAG
1 AAAATCATGC-AAACTGAGTCGGAGCCCCG-AACGCGTTTTTAG-CTAAATACCGTGATTGTTAG
*
10423 TACACGATTTCAGCTAAATTTTTGCA-AAATTTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCA
63 TACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAGAAA-TTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCA
* * * * * *
10487 AATTGCTCATTAAAATATATAATTCAACACCAAAAATA-TTGGAAGGCTTTTTATGCTTCTAATA
127 AAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAGAA-GCTTTTGACGCTTCTAATA
* * *
10551 TCATTTTACCTATTTTTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTCAGGTGAAAGTTGGTTTCTGATGCT
191 TCATTTTTCCTA---TTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAGTCGGTTTCTGATGCT
* * * *
10616 CGTAAAAACAAATCCTTCTATCCATTATGGTTGAGATTTTCTTAGCTAAATAGAGATATTTCAAT
253 CGTAAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAAT
*
10681 GAGTCCTGACGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATA
318 GAGTCCTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATA
*
10746 CCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCTCG-AATATTTTTCCT
383 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACC-CGAAATATTTTTCCT
* * ** *
10810 TAATTATGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTAAACACCAAAAATATTTAGTGGCCTTTGA
447 TAATTATGGCCAAAATACTCATAAAAATAAATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCTTTTGA
* * *
10875 CGTTTCTAATATCATATTTCCTATTTGTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTG-AATTCGTTTC
512 CGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTT-TTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAATTGGTTTC
* * *
10939 TGATGCTCGTAAAATCAAAT-CCTCCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGAT
576 TAATGCTCGTAAAAACAAATCCCT-CAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGAT
11003 ATTTCAATGAGTCCTGACGCCA
640 ATTTCAATGAGTCCTGACGCCA
* * *
11025 AAAATCATGCAAATCTAAGTCGGAGCCCCGTAAAGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGA-TGGTAGT
1 AAAATCATGCAAA-CTGAGTCGGAGCCCCG-AACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATTGTTAGT
* * * * *
11089 ACACGATTTCGGCTTAATGTTTGCAAAAATCGACCCGAAATATTTTTCCTTAAATTTTGGCCAAA
64 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAGAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
* * * *
11154 ATACTCATAAAAATATATAATTGAACTCCAAAAATATTTA-AACGGCCTTTGACGCTTCTAATAG
129 ATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAGAA--GCTTTTGACGCTTCTAATAT
** * *
11218 CATTTATTAATATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCA-ATCGAAA-TCGGTTTCTGATGCTCG
192 CATTT-TTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGT-GAAAGTCGGTTTCTGATGCTCG
* * * ** * * *
11281 TAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAAAGATATCTCACTGA
255 TAAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGA
* * * * *
11346 GTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTGGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATA-C
320 GTCCTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACC
** * * * * *
11410 ---AACG-TA--A-ACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCGAAATATTTATTTCTCA
385 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTT-TTCCTTA
* *** ** * *
11468 ATTATTGGCCAAAATACTCA-AAAATTATATATAATTCAATTGCAAAAATATTGGACGGCTTTAG
449 ATTA-TGGCCAAAATACTCATAAAA--ATAAATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCTTTTG
* * * * * * * * * *
11532 ACACTTTTAATCTCGTTTTCCCTATTTTTTCAGAATAAATTTGTACTTCA-ATCGAAATTGGTTT
511 ACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGT-GAAATTGGTTT
* * * * * * * * *
11596 CTGATGCTCGTAAAAATAACTCCTTAAATCCAATGTGGCTGATATTTGGTTAGCTGAGTAGAGAT
575 CTAATGCTCGTAAAAACAAATCCCTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGAT
* * * *
11661 ATTTTAATGAGTCTTGGCACCA
640 ATTTCAATGAGTCCTGACGCCA
* ** * * * *
11683 AAAATTAAACGAAACTGAGGCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTCAGCCAAATACCGTGATTGTTAGT
1 AAAATCATGC-AAACTGAGTCGGAGCCCC-GAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATTGTTAGT
* *
11748 ACACGATTTTGGCTTAATTTTTGCAGAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
64 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAGAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
* * * * * ***
11813 ATA-TTATTGAAAATATATAATT-AACCACCAATAATA-TTGGACAGCTTTTCACGCTAAAAATA
129 ATACTCA-TAAAAATATATAATTCAA-CACCAAAAATATTTAGA-AGCTTTTGACGCTTCTAATA
* *
11875 CCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAGTCGGTTTGTGATGCTCGT
191 TCATTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAGTCGGTTTCTGATGCTCGT
* *
11940 AAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCT-AGGTTTTCTTAGCTGAATAGAGAGATTTCAATGAG
256 AAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAG
* * * * *
12004 TCCCGATGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGGGTTTTTAGCTAAATACCG
321 TCCTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCG
* * *
12069 TGATTGTTAGTACACGATTTCGGTTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCATAAT
386 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAA-
* *
12134 TTATGGCCAAAATACTCGTAAAAATAAATAATTCAATACCAAAAATATTTAAAGGCTTTTGACGC
450 TTATGGCCAAAATACTCATAAAAATAAATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCTTTTGACGC
* *
12199 TTCTAATATAATTTTTCCTATTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAATTGGTTTGT
515 TTCTAATATCATTTTTCCTA---TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAATTGGTTTCT
12264 AATGCTCGTAAAAACAAATCCCTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATAT
577 AATGCTCGTAAAAACAAATCCCTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATAT
12329 TTCAATGAGTCCTGACGCCA
642 TTCAATGAGTCCTGACGCCA
* *
12349 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCTAAATACTGTGATGGTTAGT
1 AAAATCATGC-AAACTGAGTCGGAGCCCC-GAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATTGTTAGT
* *
12414 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAGGAATTGATCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
64 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAGAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
* *
12479 ATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAGAGGCTTTTGATGCTTCTAATATCA
129 ATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAGAAGCTTTTGACGCTTCTAATATCA
* *
12544 TTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCATGTGAAAGTTGGTTTCTGATGCTCGTAAA
194 TTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAGTCGGTTTCTGATGCTCGTAAA
*
12609 AACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTTAATG-GTCC
259 AACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCC
* * *
12673 TGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCTATATACCGTGA
324 TGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGA
* ** *
12738 TGGTTAGTACACGATATCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACTTGAAATATTTTTCCTTAATTTT
389 TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAA-TTA
* * * * *
12803 TGGCCAAAATACTAATAACAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAGAGGCTTTTGATGCTTC
453 TGGCCAAAATACTCATAAAAATAAATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCTTTTGACGCTTC
*
12868 TAATATCATTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCATGTGAAATTGGTTTCTAATGCT
518 TAATATCATTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAATTGGTTTCTAATGCT
* **
12933 CGTAAAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTCT-CTTAGCTGAAT--AG-T-CCT-AA
583 CGTAAAAACAAATCCCTCAATCCATTGTGGCTGAGATT-TGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
*
12992 --A-----GA---AA
647 TGAGTCCTGACGCCA
* **
12997 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGAGGGTTAGT
1 AAAATCATGC-AAACTGAGTCGGAGCCCCG-AACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATTGTTAGT
* * **
13062 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCTGAAATATTTTTCCTTAATTTTTACCCAAA
64 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAGAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAA
*
13127 ATACTCATAAAATTATATAATTCAACACCAAAAATATTTA-AAGGCTTTTGACGCTTCTAATATC
129 ATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAGAA-GCTTTTGACGCTTCTAATATC
*
13191 ATATTTCCTATTTTTTT
193 ATTTTTCCTATTTTTTT
13208 ACCCAAAATA
Statistics
Matches: 1879, Mismatches: 259, Indels: 108
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
647 2 0.00
648 195 0.10
651 2 0.00
654 2 0.00
655 36 0.02
656 16 0.01
657 149 0.08
658 242 0.13
659 102 0.05
660 2 0.00
661 4 0.00
662 3 0.00
663 270 0.14
664 50 0.03
665 144 0.08
666 618 0.33
667 42 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (661 bp):
AAAATCATGCAAACTGAGTCGGAGCCCCGAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATTGTTAGTAC
ACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAGAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAAT
ACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTTAGAAGCTTTTGACGCTTCTAATATCATT
TTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAAGTCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAA
CAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCCTG
ACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATG
GTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTATGG
CCAAAATACTCATAAAAATAAATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCTTTTGACGCTTCTAA
TATCATTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAGGTGAAATTGGTTTCTAATGCTCGT
AAAAACAAATCCCTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAG
TCCTGACGCCA
Found at i:13207 original size:88 final size:88
Alignment explanation
Indices: 13115--13295 Score: 353
Period size: 88 Copynumber: 2.1 Consensus size: 88
13105 TTTTCCTTAA
*
13115 TTTTTACCCAAAATACTCATAAAATTATATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCTTTTGACG
1 TTTTTACCCAAAATACTCATAAAATTATATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCCTTTGACG
13180 CTTCTAATATCATATTTCCTATT
66 CTTCTAATATCATATTTCCTATT
13203 TTTTTACCCAAAATACTCATAAAATTATATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCCTTTGACG
1 TTTTTACCCAAAATACTCATAAAATTATATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCCTTTGACG
13268 CTTCTAATATCATATTTCCTATT
66 CTTCTAATATCATATTTCCTATT
13291 TTTTT
1 TTTTT
13296 CTGAATTAAT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
88 92 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.04, T:0.40
Consensus pattern (88 bp):
TTTTTACCCAAAATACTCATAAAATTATATAATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCCTTTGACG
CTTCTAATATCATATTTCCTATT
Found at i:15729 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 15033--18799 Score: 3836
Period size: 333 Copynumber: 11.4 Consensus size: 330
15023 AATGCCTATC
* * *
15033 ATTCAACACCAAAAATATTGGAAGGCCTTTGACGCTTCTAATATCATATTT-CCTATTTTTTCTG
1 ATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAT-TTTCCCTATTTTTTCTG
* * * * * *
15097 AATTAATTTCTAATTCAGGT-GATATTGGTTTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAT
65 AATTAATTTCTAATTCA-ATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * * *
15161 TGTGGCTGAGATTCTTTTAGCTGAATAGAGATATTTCAAAT-AGTCCTGACTCCGAAAATCATGC
129 TGTGGCTGAGATT-TGTTAGCTGAATAGAGATATTTC-AATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGC
* * *
15225 AAAACTGAGTCGGAGCTCCGAAACGCGCTTTTAGCTAAATACCGTGATGG-TAGTACACGATTTC
192 AAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* **
15289 GGCTAAATTTTTGGCAAAAATTGACCTGAAATATTTTTCCTTAATTTTTCCCCAAAATACTCATA
257 GGCTAAATTTTT-GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATA
*
15354 AAACTATATA
321 AAAATATATA
** * * * * * *
15364 ATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCTTTTGATGTTTCTAAGATCATTTTTCCTATTATTTTCTG
1 ATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATT-TTTTCTG
* * *
15429 AATTAATTTCTAATTCAGGT-GAAAGTCGGTTTCTGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTCAATCCA
65 AATTAATTTCTAATTCA-ATCGAAA-TCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * *
15493 TTGTGGCTGAGATTCTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAAAT-AGTCCTGACGCCAAAAATCATG
128 ATGTGGCTGAGATT-TGTTAGCTGAATAGAGATATTTC-AATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
* * * *
15557 CAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGATTAGTACATGATTT
191 CAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
**
15622 CGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTACCCAAAATACTCATA
256 CGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATA
15687 AAAATATATA
321 AAAATATATA
* * * * * * * *
15697 ATTCAACACTAAAAATAGTT-AAAGGCTTTTGATGCTTATAATATCATTTTTCCTATTACTTTCT
1 ATTCAACACCAAAAATA-TTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATT-TTTTCT
* * * * *
15761 GAATTAATTTCTAATTC-ATGTGAAAGTCGGTTTCTTATGCTCGTAATAAGAAATCCTTCAATCC
64 GAATTAATTTCTAATTCAAT-CGAAA-TCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * * * *
15825 ATTGTGGCTGAGATTTTCTTAGCTGAATAGTGATATTTCAATGAGTCCTGACGCCAAAAATCATG
127 AATGTGGCTGAGA-TTTGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
** *
15890 CAAAACTGAGTCGGAGGATCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATT
191 CAAAACTGAGTCGGA-GCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATT
*
15955 TCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACACGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCAT
255 TCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCAT
16020 AAAAATATATA
320 AAAAATATATA
** * *
16031 ATTCAACACCAAAAATATTTAAAGGCTTTTGACGCTTCTAATATCATATTT-CCTATTTTTTCTG
1 ATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAT-TTTCCCTATTTTTTCTG
* * * *
16095 AATTAATTTCTAATTCAGGT-GAAAGTCGATTTCTGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTCAGTCCA
65 AATTAATTTCTAATTCA-ATCGAAA-TCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * * * * * *
16158 TTGTGGATGAGATTTTCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGACTCCTGACACTAAAAATCATGC
128 ATGTGGCTGAGA-TTTGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGC
** * *
16223 AAAACTGAGTTTGAGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
192 AAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* *
16288 GGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTCAT-GCAAAAATACTCATA
257 GGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTT-TTGGCCAAAATACTCATA
16352 AAAATATATA
321 AAAATATATA
* * * * * *** *
16362 ATTTCAACACCAGAAATATTAGACGGCTTTTCACGCTTATAAAAGCATTTTTTGATATTTTTTGT
1 A-TTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCA-TTTTCCCTATTTTTTCT
* * * * *
16427 GAATTAATTTTTATTTCAATCTAAATCGGTTTCTGATGCTCGTTTAAAACAAATCCTTAATTCCA
64 GAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCG-TAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * * *
16492 ATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAAAGATATCT-ATGTGATTGTTGGCGCCAAAAATCATG
128 ATGTGGCTGAGATTT-GTTAGCTGAATAGAGATATTTCA-ATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
* * ** *
16556 CAAAACTAAGTCGG-GCCCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAATGTCGTGATGGTTAGTAAACGATTT
191 CAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * **
16620 CGGCTAAAATTTTGCAAAACTTGACCCGAAATATTTATTTCTCAATTTTTGGCCAAAATACAAAA
256 CGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTT-TTCCTTAATTTTTGGCCAAAATAC-TCA
*
16685 AAATAATTATATATA
319 TAA-AA--ATATATA
** * * * *
16700 ATTCAACTGCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTCCCTACTTTTTCTGA
1 ATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTCTGA
* * * * *
16765 ATAAATTTGTACTTCAATCGAAATTGGTTTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATG
66 ATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* * * * ***
16830 TGGCTGGGATTTGGTTAGCTGAGTAGAGATATTTCAATGCGTCTTGGCGCCAAAAAAACATATGA
131 TGGCTGAGATTT-GTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCC-AAAAATCATGCAA
** * * *
16895 AACTGAGTCGG-GGTCCTAGAACGCGTTTTCAGCCAAATACCGTGATTGTTAGTACACGATTTCG
194 AACTGAGTCGGAGCCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * *
16959 GCTTAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAACACACTCATA
258 GCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCC-AAA-ATACTCATA
17024 AAAATATATA
321 AAAATATATA
** * *
17034 ATTCAACGTCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATAATTTTCCCTATTTTTTCTTA
1 ATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTCTGA
* * *
17099 ATTAATTTCTAATTTCAATCGAATTCGGTTTATAATGCTCGTAAAAACAAAT-CTGTAAATCCAA
66 ATTAATTTCTAA-TTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCT-TAAATCCAA
*
17163 TGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA
129 TGTGGCTGAGATTT-GTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA
* * * * ** * *
17228 AAACTGAATCGGGGCCCCGGAACGCCTTTTTAGCCAAATACTTTGATGGTTAGTACATGATTCCG
193 AAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * *
17293 GCTTAATTTTT-CAAAAATTGACCCGAAATATTTTT-CTTAATTTTT-CCCAAAACACACTCATA
258 GCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCC-AAA-ATACTCATA
17355 AAAATATATA
321 AAAATATATA
** * *
17365 ATTCAACGTCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACACTTCTAATATCAATTTCCCTATTTTTTCTGA
1 ATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTCTGA
* * * * * *
17430 ATTAATTTATAATTTCAATCGAATTCGATTTATGATGCTCGTAAAAAACAAATACGTAAATCCAA
66 ATTAATTTCTAA-TTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGT-AAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * * * * * * ** *
17495 TGTCGCTGAAAATTCGTTAGTTGAATAGACATACTTCAACGAGTTTTGGTACCAAAAATCATGTA
129 TGTGGCTG-AGATTTGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA
* * * * * * *
17560 AAATTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAATAACGTGGTGGTTAGTTCACGATTTCT
193 AAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * * *
17625 GCTTAACTTTTGCAAAAATTGAACCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATGCTCATAAA
258 GCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAA
17690 AATATATA
323 AATATATA
* * *
17698 ATTCAACACC-AAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCAAATATAATTTTCCCAATTTTTTTCTG
1 ATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTA-TTTTTTCTG
* * *
17762 AATTAATTTCTACTTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAA-ATAATTCTTAAATCCAA
65 AATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACA-AATCCTTAAATCCAA
* * * * * * * *
17826 TGTGACTAAAATTTGGTTAGTTGAATAGAGATATTTCAATTAGTTTTGGCACCAAAAATCATGCG
129 TGTGGCTGAGATTT-GTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA
* * * * * * *
17891 AAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACACATTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTTGTACACGATTTGG
193 AAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * * * **
17956 GCTAAATCTTTGCAAAAATTGAGCTGAAATATTTTTGCACAATTTTTGGCCAAAATAAACT-A-A
258 GCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAAT--ACTCATA
*
18019 AAAATATGTA
321 AAAATATATA
** * * * *
18029 ATTCAATGCCAAAAACATTGGACGGATTTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTCCCTATTTTTTTCTG
1 ATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTA-TTTTTTCTG
* * * * *
18094 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCTCATGCTCGTAAGAACAAATCTTTTAATCCAAT
65 AATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * *
18159 GTGGCTGAGATTCGCTTAGATGAATAGAGATATTTCAATGAGTGTTGGCGCCAAAACTCATGCAA
130 GTGGCTGAGATTTG-TTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * *
18224 AATTGAGTTGG-GCCCC-ATAACGCGTTTTTAGCCAAATA-C---------ACT--AC---TTCG
194 AACTGAGTCGGAGCCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * * *
18272 GCCAAAATTTTGCAAAAA-T-A--C-------TTTTCCTTGATTTTTGG-CAGAAATACTCCTAA
258 GCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCA-AAATACTCATAA
18325 ATAATATATA
322 A-AATATATA
* * * * *
18335 ATTCCACAGCC-CAAATATTGGACGGCTTTTCGCACTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTG
1 ATTCAACA-CCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTCTG
* * * * *
18399 AATTATTTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGGTGGTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCATT
65 AATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
** * * * * *
18464 GTTTCTGAGATTTGGTTAGTTGAATATAGATATTTCAATGAATCTTAGCG-CAAAAGATCATACA
130 GTGGCTGAGATTT-GTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA-ATCATGCA
* * * *** ** *
18528 AAACTAAG-CCGAGGCCCCAGAAA-GCGTTTTTAGCCAAAAACCACAATTCTGTA-CACACGATT
193 AAACTGAGTCGGA-GCCCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGT-TAGTACACGA-T
* * * * * ** * *
18590 TTCGGCTAAAATTTTGTAAAAGTTCACCCGAAA-ATTTTTTCCTCAATTTTTAACCACAATAATC
254 TTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATA-TTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTC
18654 ATAGAAAATATATA
318 ATA-AAAATATATA
* * *
18668 ATTCAACGA-AAAAAATATT-GAAGGACTTTTCACGCTT-TGAATATCGTTTGT-CCTATTTTTT
1 ATTCAAC-ACCAAAAATATTGGACGG-CTTTTCACGCTTCT-AATATCATTT-TCCCTA-TTTTT
* * * * **
18729 TCCG----AATTTCTAA-TCAAATCGAAACCAGTTTCTGATGCTCG-AAGTAACAAATCCTTGTA
61 TCTGAATTAATTTCTAATTC-AATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGTAA-AAACAAATCCTTAAA
18788 TCCAATGTGGCT
124 TCCAATGTGGCT
18800 AAAATTTGCT
Statistics
Matches: 2937, Mismatches: 398, Indels: 203
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
303 3 0.00
304 8 0.00
305 136 0.05
306 72 0.02
307 5 0.00
308 1 0.00
314 1 0.00
315 1 0.00
316 18 0.01
317 1 0.00
318 2 0.00
319 2 0.00
321 1 0.00
322 19 0.01
323 1 0.00
324 1 0.00
326 1 0.00
329 4 0.00
330 59 0.02
331 501 0.17
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337 112 0.04
338 11 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
ATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTCTGA
ATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
TGGCTGAGATTTGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
CTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
AAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAT
ATATA
Found at i:18845 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 18840--18869 Score: 53
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
18830 TGTGTGTGTG
18840 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T- TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
18870 TTCAATGAGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.04
2 26 0.96
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:19853 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 19423--20039 Score: 884
Period size: 343 Copynumber: 1.8 Consensus size: 340
19413 CAATTCACGT
* * *
19423 TTCTAATATTGTTTTCATTATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAACCGGTTTCTA
1 TTCTAATATCGTTTTCATTATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCAAAACCAGTTTCTA
* * * *
19488 ATGCTCGTAAAAGAAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGACATTTGGTTAGACGAATATATATATT
66 ATGCTCGTAAAAGAAAATCCTTAAATCCAAGGTCGATGACATTAGGTTAGACGAATATAGATATT
* * *
19553 TCAATGT-GTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTCAGCCAAGGCCCCGTAACGCGTTTTTAGC
131 CCAAT-TAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCAAGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGC
* *
19617 C-AAAACCT-CGATGGTTATAGTATACACGATTTTCGGCTAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGA
195 CGAAAA-CTGCGATGGTTAT--TATACACGA-TTGCGACTAAAA-TTTTGCAAAAATTGACCCGA
19680 AA-TATTTTTCCTCAATTTTTGGACAAAATACTCATAAATTTTTTTTTTTTACTCAAAGCCAAAA
255 AAGT-TTTTTCCTCAATTTTTGGACAAAATACTCATAAATTTTTTTTTTTTACTCAAAGCCAAAA
19744 AGGATTTAAGGGCTTTTCATGC
319 AGGATTTAAGGGCTTTTCATGC
* * *
19766 TTCTAATATCGTTTTCCTTATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCAAAATCAGTTTCTG
1 TTCTAATATCGTTTTCATTATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCAAAACCAGTTTCTA
* * ** * *
19831 ATGCTTGTAAAA-ACATATCCTTAAATCCAAGGTCTTTGAGATTAGGTTAGATGAATATAGATAT
66 ATGCTCGTAAAAGA-AAATCCTTAAATCCAAGGTCGATGACATTAGGTTAGACGAATATAGATAT
* * * * *
19895 TCCGATTATTCTTGGCGCCAAAATTCATGCAAAACTAAGTCGAGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGC
130 TCCAATTAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCAAGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGC
*
19960 CGAAAATTGCGATGGTTATTATACACGATTGCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTT
195 CGAAAACTGCGATGGTTATTATACACGATTGCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTT
20025 TTTTCCTCAATTTTT
260 TTTTCCTCAATTTTT
20040 AGCCACAATA
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 27, Indels: 13
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 38 0.16
341 11 0.05
342 11 0.05
343 168 0.69
344 14 0.06
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TTCTAATATCGTTTTCATTATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCAAAACCAGTTTCTA
ATGCTCGTAAAAGAAAATCCTTAAATCCAAGGTCGATGACATTAGGTTAGACGAATATAGATATT
CCAATTAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCAAGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC
GAAAACTGCGATGGTTATTATACACGATTGCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTT
TTTCCTCAATTTTTGGACAAAATACTCATAAATTTTTTTTTTTTACTCAAAGCCAAAAAGGATTT
AAGGGCTTTTCATGC
Found at i:20499 original size:123 final size:122
Alignment explanation
Indices: 20280--20515 Score: 321
Period size: 123 Copynumber: 1.9 Consensus size: 122
20270 CTGGACTTCG
* *
20280 TTTTTAGCCAATAACCGTGATGGATATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCG
1 TTTTTAGCCAATAACCGTGATAGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCG
* * *
20345 ATATAATTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCAGAAGAAATATATAATTCAATGCC
66 AAAGAATTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAATACTCAGAA-AAATATATAATTCAATGCC
* * * * *
20403 TTTTTAGCCTAA-AACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTC
1 TTTTTAGCC-AATAACCGTGATAGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCC
* * * *
20467 GAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTCCCAAAATACTTATAAAAATATATAA
65 GAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAATACTCAGAAAAATATATAA
20516 CGCAACGCCA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 14, Indels: 3
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
122 10 0.10
123 86 0.88
124 2 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (122 bp):
TTTTTAGCCAATAACCGTGATAGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCG
AAAGAATTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAATACTCAGAAAAATATATAATTCAATGCC
Done.