Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015188.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15221, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1698 TCTACATGAG
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1733 AACAAAAACA
Statistics
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Consensus pattern (1 bp):
T
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3694 ATACTTTACA
* * * * * * *
3704 TCATCTAACCAAACCTCAACAACATTGGATTTATGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGT
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** * *
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* * **
3832 CATTCAATCTTTTTGGCATCGAA-T-TATATATTTTTATGAGTATTTTAACCAAAAATTGAGGAA
129 C-TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGCAAAAATTGAGGAA
* * * * *
3895 ACATATTTT-GGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCTGAAATCGTTTAATAA-CATCACAGTTTTT
193 A-AT-TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
* * * *** * * * *
3958 GGTTAAAAATGAGTTTTAGGACCCGGCTCAGTTTTGCCTGATTTTTGGCGCCAAGATTCCTTGAG
256 GGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAA
*
4023 ATATCCATAT
321 ATATCTATAT
* * *
4033 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTCGG-TTTAAGAATTTTTTTTTTACAAGCATCTGAATCTT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT-GGATTTAAGGA-TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* * * * *
4097 GTTTCGATTTAATGAGAAATTAGTTGAGAAAAATATGAAAAA-TATATTAAAAGCGTGAAAAGTC
64 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTC
* * * **
4161 CTCCAATCGTTTTGGCGTTAAATTATATATA-TTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAA
129 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGCAAAAATTGAGG-AA
* * * *
4225 AATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAGAATTTTAGCCAAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTTGG
193 AATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
** * * * *
4290 CTAAAAACATGTTTCGGGGCGCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG-TAGACACTCCTTGAA
258 CTAAAAACGCG-TTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA-AGACTCCTTGAA
*
4354 ATATTTATAT
321 ATATCTATAT
* * * * *
4364 TCAACTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAAGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* *
4428 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGC-TCGAAAA-AC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATT-AAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGT-GAAAAGTC
* * * *
4491 CGTTCAATCTTTTTGGCGTCGAATTATATAT-TTTAT-TCAGTATTAT-GGCTAAAAATTGAGGA
129 C-TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGC-AAAAATTGAGGA
* * * ** * *
4553 AATATCTTTCAGGTCCATTTTTGCAAAATTTTAGTTGAAATCGTGTAATAATCATATCACGGTTT
192 AA-ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-C-CATCACGGTTT
* * * * * * *
4618 TTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGG-CTCGGTTCAGTTTTGAATTATTTTTGGTGCCGAGACTCCTT
254 TTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT
4682 GAAATATCTATAT
318 GAAATATCTATAT
* * * **
4695 TCATCTAACCAAATCCCAG-C-C-------------A-TTGTTTTTACAAGCATCTGAATAATGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * *
4744 TTCGTTTTAATTATAAATTAATTCGTAAAAAAATAAGAAAAAAC-AGTATTAGAAG-GATGAAAA
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATT--AAAAAAAATATG-AAAAACGA-TATTAAAAGCG-TGAAAA
* * * *
4807 GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTGT-GGCTAAAAGTTAAG
126 GTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGC-AAAAATTGAG
*
4870 GAGAAATATTTT-GGGTACAATTTTTGC-AAATTATTAGTCGAAATCGTG---TAA-CATCACGG
190 GA-AAAT-TTTTCGGGT-CAATTTTTGCAAAATT-TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* * * * *
4929 TTTTTTTTTTGGGTCAAAACTACGTTTCGGGGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
251 -----TTTTTGGCTAAAAAC-GCG-TTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
* * *
4994 AAAAT-CATGCAAATATCTATAT
309 AGACTCCTTG-AAATATCTATAT
* * * *
5016 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGAATTAAGGATTTTTTTTTACGAGTATCTAAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* ** * * * * * **
5081 TTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAGTAGGAAAAAAGATATTAGAAGCGTAAAAAACCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATT-AAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
* * * * * *
5146 TTCAATATTTTTGGTGATGAATTATATATTTTTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGAAAAT
130 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGCAAAAATTGAGGAAA-
* * * * * *
5211 ATTTTTTTC-GGTCAATTTTTTCAAAATTGTAGCAGAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTTTG
194 A--TTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTG
* *** *
5275 GCTAAAAACACGTTCCAGGGCCCCAGG-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATTAAGAATCCTTGA
257 GCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCCC-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGA
* *
5339 GATATCCATAT
320 AATATCTATAT
* * * * * * *
5350 TAATCTAATCAATTCTCATCCACATTGCATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGTATTTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* *
5415 TTCGATTTAATTACAAATTAATTAAAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
* * * * *
5480 CCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTCATAAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAAT
131 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGCAAAAATTGAGGAAAAT
*** * * * *
5545 TTTTTTTGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTT-GCCAAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTTT
196 TTTTCGGGTCA--ATTTTTGCAAAAT-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTG
* * * * * *
5609 GCGAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGGCTTAGTATTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAA
257 GCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAA
*
5674 AATCTATAT
322 TATCTATAT
* * * * * *
5683 TTATCTAATCAAATCTCATCCACATTGCATTTAAGGATGTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTAT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * *
5748 TTTGATTTAATT-TAAATTAATT--------CA-G--AAA--ATA-TAAAATCGTGAAAAGTCCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
* * * * *
5798 GCAATCTTTTTGGGCATTAAAATATATATA-TTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATTGAGGAAAA
131 TCAATCTTTTT-GGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGCAAAAATTGAGG-AAA
** * * * * ** *
5862 ATACTTCTGGTCAATTTTTACAAAATATTAGACGAAATCGTGTACGTTAGAAGAAATTACGGATT
194 ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC--T--AA-CCATCACGG---
* * * * **
5927 TTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCGG-TACAGTGTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGACT
251 -TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCT-CAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACT
5991 CCTTGAAATATCTATAT
314 CCTTGAAATATCTATAT
* * * ***** * *
6008 TCAACTAACCAAATCTCAGCCACATTGGTTTTAAGGATTT-CCAAAACAAGCATCTGAATCATGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * *
6072 TTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAAAAAATAATAGGAAAAATGATATTAGAAA-CATGAAAAGC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATT-AAAAAA-AATATGAAAAACGATATTA-AAAGCGTGAAAAGT
* * * *
6136 CCTTCAATCTTATTGGCGTTGAATTATATA-ATTTTAATGAGTGTTGT-GGCTAAAAATTGAGGA
128 CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGC-AAAAATTGAGGA
** * * ** * * * *
6199 AATAACTTTCGAGTAAATTTTTTTAAAATTCTAGCCAAAATCGTTTGA-TAATCATCACGGTTTT
192 AA-ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT-ACTAACCATCACGGTTTT
* ** * * * * * *
6263 TCGCTAAAGTCGCGTTTCGGGACCTCGACTAAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCTTTG
255 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGG-CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTG
* *
6328 AGATATCCATAT
319 AAATATCTATAT
* * * * * * *
6340 TCATCTAATCAAATATCAGCAACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTATGAGCATTTGTATCTTAT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * *
6405 TTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAATAAT-AAATACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAAT-ATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
* * * * * * *
6469 TCCAATCTTCTTGGCATTAAATTATATATA-TTTTAAGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTCGGAAA
130 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGCAAAAATTG-AGG-AA
* * * *
6533 AATTTTTTGGGTCAACTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGG
193 AATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
* * * * * * * * *
6598 CTAAAAACACGTTTCGAGACTCGGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAGACTTCTTGAAA
258 CTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAA
6663 TATCTATAT
322 TATCTATAT
* * * *
6672 TCATCTAATCAAATCTCAGTCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCCTATGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * *
6737 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAACTATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
* * * * * * *
6802 CCAGTTTTTTTGGTGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTGTTGT-GGCTAAAAATTGAGACAAA
131 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGC-AAAAATTGAG-GAAA
* * * *
6866 ATATTTT-GGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-CATCAT-A-GTTTTTTGG
194 AT-TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
* * * * * * *
6927 CTAAAAACGTGTTCCGAGGCCCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGGCAAAAATCCTTGAAA
258 CTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAA
*
6992 TATCTTTAT
322 TATCTATAT
* * * * **
7001 TCATCTAACCAAATCTTAGCCATACTT-GATTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGCATCTGAATAATG
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
* * *
7065 TTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT--------TA-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAGAAGCC
65 -TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTC
* * * *
7121 CTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTGT-GGCTAAAAATTCAGAAA
129 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGC-AAAAATTGAGGAA
* * * * *
7184 AATATTTCGGGTTAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-ATCAT--TGTTTTTTTG
193 AATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTTG
* * * * *
7246 GCTAAAATCGCGTTCCGCTGTCCTCGG-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCCCCAAGACTCCTTAA
257 GCTAAAAACGCGTTCCG--GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT-G
7310 AATATATCTATAT
319 AA-ATATCTATAT
* * * * *** *
7323 TCATCTAACCAATTCTCAGCCACATTGTATTTAAGGATTTATTTTTACGAATTTCTAAATCTTGC
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG-
* * * ** *
7388 TTT-GATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAGAAAATAAGGAAAACGATATTTGAAGTGTGAAAAA
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT--AAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTG-AAAA
* * * * * * *
7452 GGCTTTC-ATTTTTTTGGCATTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTTT-CGCTAGAAATCGAG
126 GTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGC-AAAAATTGAG
* * *
7514 GAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGGAAAATTTTAGCTGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTT
190 G-AAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
* ** * *
7579 TCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGATCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTG
254 TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTG
7644 AAATATCTATAT
319 AAATATCTATAT
* * *
7656 TCATCTAACCAAATCTTAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * * *
7721 TTCGATTTAATTGGAAATTAATTCAGAAAGAAATAAGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATT-A-AAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTC
* *** ** * * *
7786 CTTCAATTTTTTTGATATCAAATCATATAT-TTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAAATGAGGAAA
129 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGCAAAAATTGAGGAAA
* * * *
7850 TATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACTATCACGATTTTTGG
194 -ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
* * * * *
7915 CTAAAAACGCGTTCCAAGGCCACGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGACGCCGAGACTCCTTGAAA
258 CTAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAA
*
7980 TATCTTTAT
322 TATCTATAT
* * * *
7989 TCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAACGATTTGTTTTTATGTGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * *
8054 ATCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA-ATGAAAAATGATATTCAAAGTGTGAAAAGTCCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
* *
8118 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATA-TTTTATGAGTATTTTTGTCAAAAATTGAGGAAAA
131 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGCAAAAATTGAGGAAAA
8181 ATCTTTCAGG
Statistics
Matches: 3379, Mismatches: 602, Indels: 334
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
314 7 0.00
315 3 0.00
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340 76 0.02
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Consensus pattern (330 bp):
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TTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTTTAGGCAAAAATTGAGGAAAAT
TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTA
AAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATC
TATAT
Found at i:6640 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3704--8187 Score: 3824
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3694 ATACTTTACA
* * * * * *
3704 TCATCTAACCAAACCTCAACAACATTGGATTTATGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGT
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** ** *
3769 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAA-CGTCAAAAG-C
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* *
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129 C-TTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA
* * * * * * * **
3896 CATATTTTGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCTGAAATCGTTTAATAA-CATCACAGTTTTTGG
193 AATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGG
* * * ** * * *
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*
4023 ATATCCATAT
322 ATATCTATAT
* * * *
4033 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTCGG-TTTAAGAATTTTTTTTTTACAAGCATCTGAATCTT
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* * * *
4097 GTTTCGATTTAATGAGAAATTAGTTGAGAAAAAT-ATGAAAAA-TATATTAAAAGCGTGAAAAGT
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* * * * *
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* * * * * *
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193 AATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGG
** * * * * * *
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258 CTAAAAACGCGTTCCGAGACTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA-AGACTCCTTGAA
*
4354 ATATTTATAT
322 ATATCTATAT
* ** * * *
4364 TCAACTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAAGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
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*
4428 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA-ATATGAAAAACGATATTAAAAGC-TCGAAAA-A
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* * * * * *
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* * * * * * *
4618 TTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCT-CGGTTCAGTTTTGAATTATTTTTGGTGCCGAGACTCCTT
254 TTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGACTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT
4682 GAAATATCTATAT
319 GAAATATCTATAT
* * **
4695 TCATCTAACCAAATCCCAG-C-C-------------A-TTGTTTTTACAAGCATCTGAATAATGT
1 TCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * *
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* * * * * * * * * *
4935 TTTTGGGTCAAAACTACGTTTCGGGGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAAAT-
252 TTTTGGCTAAAAAC-GCGTTCCGAGACTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTC
*
4999 CATGCAAATATCTATAT
316 CTTG-AAATATCTATAT
* * * * *
5016 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGAATTAAGGATTTTTTTTTACGAGTATCTAAATCTTGT
1 TCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * ** * * * **
5081 TTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAGTAGGAAAAAAGATATTAGAAGCGTAAAAAACCC
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* * * *
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130 TTCAATCTTTTTGG-CATTGAATTATATA-TATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA
* * * * * * **
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193 A-A--TCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTT
* * * *** *
5273 TGGCTAAAAACACGTTCC-AGGGCCCCAGG-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATTAAGAATCCT
255 TGGCTAAAAACGCGTTCCGA-GACTCC-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCT
* *
5336 TGAGATATCCATAT
318 TGAAATATCTATAT
* * * * * * * *
5350 TAATCTAATCAATTCTCATCCACATTGCATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGTATTTTGT
1 TCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * *
5415 TTCGATTTAATTACAAATTAATTAAAAAAAAT-ATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAAT-AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
* * * * *
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130 TTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTT-ATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAA
* *** * * * *
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194 ATCTTTCGGGTCA--ATTTTTGCAAAAT-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGG-TTTT
* * * * * * * * *
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255 TGGCTAAAAACGCGTTCCGAGACTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTG
*
5671 AAAAATCTATAT
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * **
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* * ***** * *
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1 TCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* ** * * * * * *
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* *
6326 TGAGATATCCATAT
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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325 TCTATAT
* * * * *
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*
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *** *
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** ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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320 AAATATCTATAT
* *
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* * * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
7980 TATCTTTAT
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** * * *
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1 TCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * *
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* * *
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CTATAT
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* *
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*
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12497 GACAACGAGG
12507 AGGTAGTAGTGGTGGACACAAGAAAGGAGGTCCTCTCCATATTAGATCTCCAGAGGCATCTCGGC
1 AGGTAGTAGTGGTGGACACAAGAAAGGAGGTCCTCTCCATATTAGATCTCCAGAGGCATCTCGGC
* *
12572 CATCCCGTAACAATTGGCATCCCCAAAGCCCATCAATATGCAGAGACGCATCCCCAAAGCCCATC
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* * *
12796 CATCCCGTAACAATTGGCATCCCCAAAGCCCATCAATATGCAGAGACGTTAATCCAGC-AGGCAG
66 CATCCCGTAACAATTGGCATCCCCAAAGCCCATCAATATGCAGAGACG--AATCC-CCAAAGCAC
* * * * * *
12860 A-GAGTATG-GGGACGTTAATCCAGCAGGCAGAGAGTATGGGGATTAAGTATAAAATGGTGGATG
128 ATCAATATGAGAGACGTTAAACCAGCAGACAGAGAGTACGGGGATTAAGTATAAAATGGTGGATG
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CATCCCGTAACAATTGGCATCCCCAAAGCCCATCAATATGCAGAGACGAATCCCCAAAGCACATC
AATATGAGAGACGTTAAACCAGCAGACAGAGAGTACGGGGATTAAGTATAAAATGGTGGATGTGC
CAAAAAAAATAAGTATGAAATGGTGGATT
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20112 GTAAAAACAA
* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
20312 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAAGTCATTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCA
193 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AGGGC-TTTTCACG-TTTCTAATATCGTTTTTCC
** *
20376 TATTTTTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTC
255 TATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
*
20441 TTAAATGCAATG
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* * * * *
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* * * * * * *
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65 ACTGA-CACGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCG
* * * * * **
20581 GCTAAAATTTTGCAAAAAAT-AGCCCGAAAAAT-TTTTCCCCAATTTTTGGAACAAAATACTCAT
129 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCAGAAAGATATTTT-CTCAATTTTTAGCTC-AAATACTCAT
* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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1 TGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * ** *
20850 CTTGA-ACGGGGCCCCAGAACGCTTTTTTTG-CTAAAAATTGTGATGGTTATTATACGATTTCGG
66 C-TGACACGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGG
* * * * **
20913 CTAAAATTTTGTAAAAATTTACCCGAAAGATATTTTCTCAATTTTTAGCTCAAGTACTTTTAAAA
130 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAGATATTTTCTCAATTTTTAGCTCAAATACTCAT-AAA
*
20978 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTGACGTTTCTAATATCG-TTTTCCTAT
194 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA-GGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTAT
* * *
21042 TTTTTCCAAATTTAA-TTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTT
258 TTTTTCCGAA-TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
21106 AAATCCAATG
322 AAATCCAATG
* **
21116 TGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGGATCCAAAAATCATGCAAA
1 TGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGC-AA
* * * *
21181 ATTGAGC-C-CGTCCCCGGAACTCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTT
65 ACTGA-CACGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTT
21229 TAAAATTTTG
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 110, Indels: 54
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 26 0.04
331 338 0.53
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334 30 0.05
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (331 bp):
TGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAA
CTGACACGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGC
TAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAGATATTTTCTCAATTTTTAGCTCAAATACTCATAAAAA
ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTT
TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
CCAATG
Found at i:21086 original size:663 final size:661
Alignment explanation
Indices: 17703--21496 Score: 3080
Period size: 663 Copynumber: 5.7 Consensus size: 661
17693 TACTCATAAT
* * *
17703 ATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTG-GAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATT
1 ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGG-CTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTA-T
* *
17767 TTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCGCATAAAAACAAATCCTTA
64 TTTTTC-AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * * * * *
17832 AATCTAATGTGGTTGAGATTTGATTTGATGAATAAAGATATTTCAAGGATTCTCAGCGCAAAAAA
128 AATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAA
* ** ** * * * * * *
17897 TCA-GCAAAACAGAGCCATGAACCTGGAACGCATTGTTAGCC-AAAAAA-CCGTGA---TTAGTA
193 TCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAATCAGTGATGGTTAGTA
* * * * *
17956 CAC-ATTTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAATTGA-CCCAAACTAGTTTTCCTCAATTTTTAG-TCA
258 CACGATTTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAA-AATTTTTCCTCAATTTTTGGAACA
* * * * * *
18017 TAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCGAAAAAGAATGGAGGACTTTTCATGCTTTGAATA
321 AAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTTTAATA
* * * *
18082 TCATTTTTCATA-TTTTTCTGAAGTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTTGC-A
385 TCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTT-CTA
* * * *
18145 AAAACAAATCCTTACATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGTTATTTCAAGGAGT
449 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGT-GCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGT
* * * * * * *
18210 CTCGGCTCCGAGAATCATGCAAAACT-AAGCCGAGGCCCC-GAAACGCATTTTTAGCCATAAACC
513 CTCGGCGCCAAAAATCATGC-AAACTGAA--CGGGGCCCCAG-AACGC-TTTTTTGGCAAAAACC
* * ** * * * *
18273 -----G-----CCACGATTTCAGAGAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCA-AAAAATTTTTTCTAG
573 GTGATGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGA-CCAGAAAGATATTTCCT--
** * * *
18327 CAAATTTTTTCCTAAAATA---AT-CATA
634 C-AATTTTTAGCTAAAATACTTTTAAAAA
* * *
18352 ATATATAATTTAATGCC-AAAAGATTG-GAGGACTTTTCA--C-------A---------C----
1 ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGG-CTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATT
* * *
18393 TTTT-AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATCCAGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAA
65 TTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
* * * * * * *
18457 TCCAATGTAGCTGAGATTTGATTAAATGAATATGGATATTTTAAAGAGTCTTGGCGCCAAAAATC
130 TCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATC
* * * * * * * *
18522 ATGCAAAACTTAG-CTGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAACCA-TGATGATTATTAC
195 ATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCC-AAAAAAATCAGTGATGGTTAGTAC
* * * * ** * *
18585 ACGATTTCGGATAGAATTTTGCAAAAATTGA-CTTGAAAGTTATTTTCGT-AATTTTT--ATCCA
259 ACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATC-CGAAAAAT-TTTTCCTCAATTTTTGGA-ACA
* * * *
18646 CAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATA
321 AAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTTTAATA
* * * *
18711 TCGTTTTTCCTATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTTGT-
385 TCGTTTTTCATATT-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTCTA
*** * ** * * *
18775 TTTACAAATCCTTAAATCCCATGTGTCTGAGATTTCCTTAGATGAATATAGATATTTCAAAGAAT
449 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG-CTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGT
* * ** * * *
18840 CTCAGCGCTAAAAATCATGCAACACTGAACCGATGCCCCGGAACG-TGTTTTTAGCCAAAAACTG
513 CTCGGCGCCAAAAATCATGCAA-ACTGAA-CGGGGCCCCAGAACGCT-TTTTT-GGCAAAAACCG
* * * *
18904 TGATTTTGACTAACGTACACGATTTCGGCTAATATTTTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTTC
574 TGATGTT-A-T----TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAGA-TATTTC
* * *
18969 CT-AATTTTTTTGTCTAAAATACTCTTAAAAT
632 CTCAA-TTTTTAG-CTAAAATACTTTTAAAAA
** * * * *
19000 ATATATAATTCAATTCCAAAAAGATTGGAAGACTTCTCACGCTTTTAATATC-TTTCT-CTATAT
1 ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTAT-T
* * *
19063 TTTTCTGAATTAATTTC-ATATTAAATCGAAACAAGATTTAGTTGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
65 TTTTC-AAATTAATTTCTA-ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * *
19127 AATGCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCCCGACGCCAAAAA
128 AATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAA
* ** * * * * * *
19192 CCATGCAAAACTGAGTTGGGACCCCGAAACACATTTTTAGCAAAAAAAAAAAACCCGTGATAGTT
193 TCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGC----CAAAAAAATCAGTGATGGTT
* * * * * * **
19257 GGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATGATCAGTAAAAATTTTTTCCTTTATTTTTGG
254 AGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCG-AAAAA-TTTTTCCTCAATTTTTGG
* * * * * * *
19322 --CTAAAATAATCATGCAATATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGTTTT
317 AAC-AAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTT
* * *
19385 TCATATCATTTTTCATATTTTTTATGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC-
380 TAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
* * * * *
19449 TCGTAAAAATAAATCCTTAAATGCAATTTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCGA
445 TC-TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT-GCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATCTCAA
* * * ** *
19514 GGAGTCTTC-GCGCTAAAAATAATGCAAAACTGACCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGGCAAA
508 GGAGTC-TCGGCGCCAAAAATCATGC-AAACTGA-ACGGGGCCCCAGAACGC-TTTTTTGGCAAA
* * * *
19578 AACCATGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-TAAAATTGATCGGAAAGATATTTCC
569 AACCGTGATG-TTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAGATATTTCC
* * *
19642 TCAA--TTTGGCTAAAATAGTTATAAAAA
633 TCAATTTTTAGCTAAAATACTTTTAAAAA
* * * * * * * *
19669 ATATATAATTCAACGCCTAAAATATTGAAGGGTTTTTTACGCTTCTAATATAGTTTTTCCTACTT
1 ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTT
* * *
19734 TTTCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
66 TTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * *
19799 CAAATGTGGATGAA-ATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCTAAAAATC
131 CCAATGTGGCT-AAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATC
* * * * * * *
19863 ATGCAAACCT-ACCCCAGGGCCCTGTAACACGTTTTTAGCCAATAAAAAAACCGTGAT-GTTAG-
195 ATGCAAAACTGA-GCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCC-A-AAAAAATCAGTGATGGTTAGT
* * * * * * *
19925 --ACGATTTTAGCTAATATTTTGCAAAAATTGATCCGAAATATTTTTCCTCAGTTTTTAG-CCAC
257 ACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGAACAA
* ** *
19987 AATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCGGAAAAGATT-GATGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
322 AATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGA-GGGCTTTTCACGCTTTTAATA
* * * * * * *
20051 TCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAAACGAAATATGATTCAGATGCTTGT--
385 TCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTCTAA
* * *
20114 -----AA-----AAA--CAATG-GCTGGGATTTCG-TTAGATGAATATAAATA-CTTCGAGGAGT
450 AAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCTGAGATTT-GATTAGATGAATATAGATATC-TCAAGGAGT
* * * *
20164 CTCGGCGCCAAAAATCATTCAAAATTGAACCGGG-CCCAGGAACGCGTTTTTGGCCAAAAAACCG
513 CTCGGCGCCAAAAATCATGC-AAACTGAACGGGGCCCCA-GAACGCTTTTTTGG-C-AAAAACCG
* * * *
20228 TGATGATATTACACGATTTCGGCTATAATTTTGCAAAAATTAACCAGAAAGGTATTTCCTCAATT
574 TGATGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAGATATTTCCTCAATT
* * **
20293 TTTAGCCATAATACTCAT-AAAA
639 TTTAGCTAAAATACTTTTAAAAA
* * *
20315 ATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAAGTCATTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATT
1 ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATT
*
20380 TTTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAA
65 TTTTC-AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * * *
20445 ATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTGC-CGGTGCCAAAAA
129 ATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT-CTCGGCGCCAAAAA
* * *
20509 TCATG-TAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTCTTTAGCC-AAAAAA-CAGTAATGGTTAGTA
193 TCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAATCAGTGATGGTTAGTA
* * *
20571 CACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAAT-AGCCCGAAAAATTTTTCCCCAATTTTTGGAACAA
258 CACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-TCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGAACAA
* * * * *
20635 AATACTCATAAAATATAAATAATTTAACGCTAAAAAGATTGGAAGACTTTTCACGCTTTTAATAT
322 AATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTTTAATAT
* * *
20700 CGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCCAACTAAATCGAAACAAGGTTCAGATGCTTCTAAA
386 CGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTCTAAA
* * * *
20764 AACAAATTCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATCAGATAAATATGGATATCTCAAGGAGTCT
451 AACAAATCCTTAAATCCAATGTG-CTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCT
* * * **
20829 TGGAGCCAAAAATCATGCAAACTTGAACGGGGCCCCAGAACGCTTTTTTTGCTAAAAATTGTGAT
515 CGGCGCCAAAAATCATGCAAAC-TGAACGGGGCCCCAGAACGCTTTTTTGGC-AAAAACCGTGAT
* * * * *
20894 GGTTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTTACCCGAAAGATATTTTCTCAATTTTT
578 -GTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAGATATTTCCTCAATTTTT
* *
20959 AGCTCAAGTACTTTTAAAAAA
642 AGCTAAAATACTTTT-AAAAA
** *
20980 ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTGACG-TTTCTAATATCG-TTTTCCTATT
1 ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCCTATT
* *
21043 TTTTCCAAATTTAA-TTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTA
65 TTTT-CAAA-TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * **
21107 AATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGGATCCAAAAA
128 AATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAA
* * * * *
21172 TCATGCAAAATTGAGCC-CGTCCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTTAAAATT
193 TCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCC---AA-----A------AAAA--
* * * *
21236 TTGCAAAAATTGTAATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAGAATTTTGCAAAAATTGATACGAAAGA
242 -T-C----A--GTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAA
* *
21301 TTTCTCCTCAATTTTTGGATA-AAAA-AATCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGG
299 TTTTTCCTCAATTTTTGGA-ACAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGG
* * * *
21364 AGGGCTTTTTACGCTTTTAATATCGTATTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTCTAATTAAATC
363 AGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAA-TT-TCTAATTAAATC
* * * * * *
21429 GAAACAAGATTCAGATGATTATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATATTGTTGAGATTTGGTTAGA
426 GAAACAAGATTCAGATGCTTCTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT-GTGCTGAGATTTGATTAGA
21494 TGA
490 TGA
21497 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 2536, Mismatches: 420, Indels: 337
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
623 130 0.05
624 9 0.00
625 13 0.01
626 1 0.00
628 22 0.01
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642 2 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (661 bp):
ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTT
TTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
CCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCA
TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAATCAGTGATGGTTAGTACAC
GATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGAACAAAATA
CTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTT
TTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTCTAAAAACAA
ATCCTTAAATCCAATGTGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTCGGCGC
CAAAAATCATGCAAACTGAACGGGGCCCCAGAACGCTTTTTTGGCAAAAACCGTGATGTTATTAC
ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCTAAAAT
ACTTTTAAAAA
Found at i:26194 original size:321 final size:328
Alignment explanation
Indices: 25494--29718 Score: 1143
Period size: 337 Copynumber: 12.7 Consensus size: 328
25484 CAGATGCACA
* * *
25494 TAAAAAC-AATTATTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATA-AAGATATTTCAAGG
1 TAAAAACAAATTCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAACATATTTCAAGG
** * * * * * *
25557 AGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGGCCCTGTAAGGCGTTTTTTTGCCAAAAA
65 AGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCAGTGCCCCAGTAACGCGTTTTTTAGCCAAAAA
25622 CCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTATAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATATTTCCTC
130 CCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTATAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATATTTCCTC
* * * * **
25687 AATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCGATATAAAAAAGATTGGGCTTTTAACG
195 AATTTTTAGCTAAAATA--CACAAAAAATATACAA-TCGATACAAAAAAGATAAGGCTTTTAACG
* ** * *
25752 CTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTACCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
257 CTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTACAAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAA
**
25817 ATGCTCG
322 AAACTCG
* * *
25824 TAAAAATAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAAATGAATATAA-ATATTTCAAGG
1 TAAAAACAAATTCTTAAATC-AATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAACATATTTCAAGG
* *
25888 AGTCTTC-GCACAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAG-GCCCCAG-AACGCG-TTTTTAGCCGAA
65 AGTC-TCGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAG-CAGTGCCCCAGTAACGCGTTTTTTAGCCAAA
* * * *
25949 AACCATGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTA-AATTTTGCAAAAATTGA-CTCGAAAGATTTTTC
128 AACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTATAATTTTGCAAAAATTGACCT-GAAAGATATTTC
* * * * * *
26012 CTC-GTTTTCTAG-TAAAA-A-ACAAATAAT-T-CAA-CGCTACAAAAATTGA-AAGTCTTTTTC
192 CTCAATTTT-TAGCTAAAATACACAAAAAATATACAATCGATACAAAAA-AGATAAGGC-TTTTA
* * *
26069 ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTATTTCAAAATTAATTTATGATTAAATCGAAACAGGAT
254 ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTT-TTACAAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGAT
*
26134 TTAAAAACTCG
318 TCAAAAACTCG
*
26145 TACAAACAAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATATACATATTTATAT
1 TAAAAACAAATTCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA-AC----------
* * * * * * *
26210 ATATATATATATATATATTAAAGATTCTTGGC-C-AAAAATCATGCAAAACTGACCTAGAGCCCC
54 ----------ATAT-T-TCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGC-AGTGCCCC
* ** * *
26273 -GAAACATG-TTTTTAGCCAAAAAAAAACCATGAT-G---GTACACAATTTCGGCTA-AATTTTT
106 AGTAACGCGTTTTTTAGCC----AAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTATAA-TTTT
* * * * * * * **
26331 ACAAAAATTGACCCG-AA-ATATTTTCTCAATTTTTAGCCACAATACTC-ATAAATATACAATTT
166 GCAAAAATTGACCTGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACACAAAAAATATACAATCG
* * *
26393 A-ACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTGTTTT-C-AAA
231 ATA--CAAAAAAGA-T-AA-GGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATT-TTTTACAAAA
* * * ** *
26455 TTAATTTCTAATTAAATTGAAACATGATTCAAATGCTTG
290 TTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAAAACTCG
* * *
26494 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATAT-AGATATTTCAAGG
1 TAAAAACAAATTCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAACATATTTCAAGG
* * *** * * *** *
26558 AATGTTACCACTAAAAATCATGCAAAACTGATTGGGGCCCCAG-AACGCG-TTTTTAGCCAAAAA
65 AGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCAGTGCCCCAGTAACGCGTTTTTTAGCCAAAAA
* * * * * ** * *
26621 --A--A---CTAGTACACGGTTTC-GGTGAAAATTTTCCAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCCT
130 CCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT-ATAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATATTTCCT
* * * * * * ** * * * * *
26678 CCATTTTTAGCCACAATACTCATAGAATATATATAATTAAAAGCCAAAAATATTGAAGAACTCTT
194 CAATTTTTAGCTAAAATACACA-A-AAAATATACAATCGATA-CAAAAAAGA-T-AAG-GCTTTT
* * * * * * ** *
26743 CACACTTTTAATGTCGTTTTTTC-ATATTTT-CTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
253 AACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTACAAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGAT
* **
26806 TCAGATGCTCG
318 TCAAAAACTCG
* * * * * *
26817 TAAAAGCAAATCCTTAAATTGAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGC-TATTTCAAGG
1 TAAAAACAAATTCTTAAA-TCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAACATATTTCAAGG
* * * * *
26881 AGTCTTGCCA-ACAAAAATCATGCAAAACTA-AG-ATGGGGTCCC-GAAACGCG-TTTTTAGCCA
65 AGTCTCGGCACA-AAAAATCATGCAAAAC-AGAGCA--GTGCCCCAGTAACGCGTTTTTTAGCCA
*** * * * * * *
26941 AAAATTGTGAT-GTAAAAAATGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAAATGACCCGAAA-
126 AAAACCATGATGGT----TA-GTACACGATTTCAGCTATAATTTTG-CAAAAATTGACCTGAAAG
* * * * * ** *
27004 AAATTTTCTGTCAATTTTTGGC-ATAAATACTCATAAAATATATATAATTTA-ACGCAAAAAGGA
185 ATA-TTTC-CTCAATTTTTAGCTA-AAATACACA-AAAA-ATATACAATCGATA--CAAAAAAGA
* * * * ** *
27067 TTGGAGGACTTTTTACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTT-CTGAATTAATTTCTAATTAA
243 -T-AAGG-CTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTACAAAATTAATTTATAATTAA
* **
27130 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
305 ATCGAAACAAGATTCAAAAACTCG
* * * * * * *
27154 TAAAATCAAATTCTTAAATCCAATGTAGTTGAGATTTGATTAGATGAATATGA-ATATCTCAAAG
1 TAAAAACAAATTCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAACATATTTCAAGG
* * * * ** * *
27218 AGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGCCGAG-GCCCC-GGAACGTG-TTTTT-GCCAAA
65 AGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAG-C-AGTGCCCCAGTAACGCGTTTTTTAGCCAAA
* * * * *
27279 AACCGTGATGATTATTACACGATTTC-GACTAGAATTTTGCAAAAATTGA-CTCGAAAGTTATTT
128 AACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAG-CTATAATTTTGCAAAAATTGACCT-GAAAGATATTT
** *** * * * ** *
27342 CCTCAAGGTTTAGCCGCAATACTCAGTAAAACCATATA-ATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGC
191 CCTCAATTTTTAGCTAAAATACACA--AAAA--ATATACAATCGATACAAAAAAGA-T-AA-GGC
* * * * *
27406 TTTTCATGCTTCTAGTATCGTTTTTCCTATTATTTT-CAAAATTAATTTCTAATTAAATTGAAAC
249 TTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATT-TTTTACAAAATTAATTTATAATTAAATCGAAAC
* * **
27470 ATGATTCAGATGCT--
313 AAGATTCAAAAACTCG
*** * * * * * * * *
27484 TATTTTATAAATCCTTAAATCCATTATGGATGAGATTTGGTTAGATTAATAT-AGATATTTCAAC
1 TA-AAAACAAATTCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAACATATTTCAAG
** * * * * * * * * **
27548 GAGTCTCGGTGCAAAAAATCATGCAACACTGAACCGGGGCCCTGGAACGCG-TTTTTAGGGGAAA
64 GAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCAGTGCCCCAGTAACGCGTTTTTTA--GCCAA
* * * * * *
27612 AACACCGTGATTTCGACTAACGTACAC-ATTTTC-GACTA-ATATTTTACAAAAATTGAACAG-A
127 AA-ACCATGA--T-G-GTTA-GTACACGA-TTTCAG-CTATA-ATTTTGCAAAAATTGACCTGAA
* * * * * *
27673 A-ATAGTTTATCTCAATTTTT-GTCGAAAATACCCAGAATATATATATATATAATTCAACTCCAA
183 AGATA-TTT-CCTCAATTTTTAG-CTAAAATA--CACAA-A-A-A-ATATACAA-TCGA-TACAA
* * * * ** ** *
27736 AAATA-TTAGAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTT-CTGAATTAAAGTCT
237 AAA-AGATA-A-GGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTACAAAATTAATTTAT
* **
27798 AATTAAATCGAAATAAGATTCAAATGCTCG
299 AATTAAATCGAAACAAGATTCAAAAACTCG
* * *
27828 TAAAAACAAA-TCTTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATTTATATATATATATA
1 TAAAAACAAATTC-TTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG-------A-ATATA-ACA
* * * ** * *
27892 TATTTCAATGAGCCTCAATGC-C-AAAAATCATGCAAAATTGAGTC-GGGACCCCA-AAACGCG-
55 TATTTCAAGGAGTCTC--GGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAG-CAGTG-CCCCAGTAACGCGT
* * * *
27952 TTTTTAGCAAACAAAAAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GCCTAAAATTTTACAAAAA-
116 TTTTTAGC---C---AAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAG-CTATAATTTTGCAAAAAT
* ** * * * * * **
28015 AGACCAAAAAG-TTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATTTA-ACGC
174 TGACCTGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACACA--AAAAATATACAATCGATA--C
* * * * * * * * **
28078 CAAAAAGATTGGAGGATGTTTCACGATTTTCATATCGTTTTTCATAATTTTTT-CTGAATTAATT
235 AAAAAAGA-T-AAGGCT-TTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCT-ATTTTTTACAAAATTAATT
* * * * * * ** *
28142 TCTAATTTAATCAAAATAAGATTTAGATGCTCA
296 TATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAAAACTCG
* * ** **
28175 TAAAAACAAA-TCTTTAAATGCAATGTGTCTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GGATATCGCAAG
1 TAAAAACAAATTC-TTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAACATATTTCAAG
* ** * * * * ** * *
28238 TAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTA-ACCTAG-GGCCTTGGAACGC-ATTTTTAGCCAA
64 GAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAAC-AGAGC-AGTGCCCCAGTAACGCGTTTTTTAGCCAA
* * * * * *
28300 AAACCATGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAATTGACCGGAAAGATATTTC
127 AAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTATAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATATTTC
* * * * * * * *
28365 CTCAATTTTTTGCTAAATTATCATAAAAAATAATATAAT-TATACGCCAAAAATATTGAAGGATT
192 CTCAATTTTTAGCTAAAATA-CACAAAAAAT-ATACAATCGATA--CAAAAAAGA-T-AAGG-CT
* * * * * * ** * *
28429 TTTTACACTTTTAATATCGTTTTCCCTACTATTT-CCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAA
250 TTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTACAAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAA
* * **
28493 GATTTAGATGCTCG
315 GATTCAAAAACTCG
* * * * * * *
28507 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCAGAGATTTGATTAGTTTAATA-AAGATAGTTCAAGG
1 TAAAAACAAATTCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAACATATTTCAAGG
* * * ** * * * ** ** *
28571 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAATGCTA-ACCCGAGGTCTTGGAACGCG-TTTTTAG-CAAAA
65 AGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAAC-AGAGCAGTGCCCCAGTAACGCGTTTTTTAGCCAAAA
** * * * * * * * * *
28633 AAAATCAT-GATATTGCACGATTTCGGCCA-ATATTTTGCAAAAA-TGACCCGAAATATTTTTCC
129 ACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTATA-ATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATATTTCC
* ** * * * * *
28695 TCAATTTTTAG-TCACAATACTTATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAGAGATTGAAGGGCTTT
193 TCAATTTTTAGCT-AAAATACACA-AAAAATATACAA-TCGATACAAAAAAGA-T-AA-GGCTTT
* * ** * ** *
28759 TCACGCTTCTAATACCGTTTTTCCTA-TTTTT-CCTAATTAATTTCTAATTAAAAAGAAACATGA
252 TAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTACAAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGA
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317 TTCAAAAACTCG
* * * * *
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1 TAAAAACAAATTCTTAAATCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA-ACATATTTCAAGG
* * * * * ** * * * *
28882 AGTCTCGGCGCCAATAAA-CATTCAAATCCGAAAAGGGCCTC-GGAACGC-ATTTTTAGCCAAAA
65 AGTCTCGGC-ACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCAGTGCCCCAGTAACGCGTTTTTTAGCCAAAA
* * * * * * * **
28944 ACCGTGATGATTATTATACGATTTCGGCTAAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAGATATTTCC
129 ACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT-ATAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATATTTCC
* * * * * ** * *
29009 TCAATTTTTAGCCATAATATTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTT
193 TCAATTTTTAG-C-TAAAATACACAAAAAATATACAA-TCGATACAAAAAAGA-T-AA-GGCTTT
* * ** * * * *
29074 TGACGCTTTTAATATCGTTTTTCAAATTTTTT-CTAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACATGA
252 TAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTACAAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGA
* **
29138 TTCAGATGCTCG
317 TTCAAAAACTCG
* * * ** **
29150 TTAAAAATAAAAAAAAAATCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATAT-AGTTAT
1 -------TAAAAACAAATTCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAACATAT
* ** * * * *
29214 TTCAAGGAGTGTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGTGCCCC-GAAACGCG-TTTTTA
58 TTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGC-AGTGCCCCAGTAACGCGTTTTTTA
* * * ** * * * *
29277 GCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGCTTTTGGCTAAAATTTTGC-AAAATATAACCCGAAAAA
122 GCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTATAATTTTGCAAAAAT-TGACCTGAAAGA
* * * * * * *
29341 TTTTTCCTCAATTTTTTGATAAAATACTCCTAATATATATATATATATAAT-AATTTAACGGTAA
186 TATTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATAC-AC--A-A-A-A-A-ATATACAATCGA--T-AC--AAA
* * * *** *
29405 AAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTT-CTGTATTAATTTCTA
238 AAAGA-T-AAGG-CTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTACAAAATTAATTTATA
* * * ** *
29468 ATTAAATTGAAACAAGATTTAGATGCTTG
300 ATTAAATCGAAACAAGATTCAAAAACTCG
* * * * * *
29497 TGAAAACAAATTTTTAAATCTAATGTGGCTGTGATTTGATTAGAT-AAGTAT-AGATATCTCAAG
1 TAAAAACAAATTCTTAAATC-AATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA-TATAACATATTTCAAG
* * * * * * * ** **
29560 GAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGGCCAAAAAACGC-TTTTTTATACAAA
64 GAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAG-CAGTGCCCCAGTAACGCGTTTTTTAGCCAAA
** * * * **
29623 AACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTTAAAATTGACCCT-AAAGATATTTC
128 AACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTATAATTTTGCAAAAATTGA-CCTGAAAGATATTTC
* *
29687 CTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATA
192 CTCAATTTTTAGCTAAAATACACA-AAAAATA
29719 CTCCTATTTT
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CATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTATAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATATTTCCTCA
ATTTTTAGCTAAAATACACAAAAAATATACAATCGATACAAAAAAGATAAGGCTTTTAACGCTTC
TAATATCGTTTTTCCTATTTTTTACAAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAAAAC
TCG
Found at i:26210 original size:2 final size:2
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26182 GGTTAGATGA
* *
26192 AT AT AT AC AT AT TT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
26228 TAAAGATTCT
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AT
Found at i:29561 original size:340 final size:329
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ***
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* * * * * *
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319 CTAATTAAATC
* * *
25803 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAAA
1 GAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAATC-AATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
* * * * * *
25868 TGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTCGCACAAAAAATCATGCAAAACTGAG-TCAGGCCCCAGA
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* * * * *
25932 ACGCGTTTTTAGCCGAAAACCATGATGGTTAGTATATGATTTCGGCT-AAATTTTGCAAAAATTG
128 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA-TG
* * * * * *
25996 ACTCGAAAGATTTTTCCTC--GTTTT--C-----TAGT-A-A-AAAACA-A-ATAATTCAACGCT
192 ACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATATAAAATATATATAATTCAACGCC
* * * * **
26047 ACAAAA-ATTGAAAGTCTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTATTTCAAAATTAAT
257 A-AAAAGATTGAAGGGC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTT-C-ATATT-TTTCTGAATTAAT
* *
26111 TTATGATTAAATC
317 TTCTAATTAAATC
* * * ** * *
26124 GAAACAGGATTTAAAAACTCGTACAAACAAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
1 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTA-AAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
* * ** * * *
26189 TGAATATATACATATTTATATATATATATATATATATATTAAAGATTCTTGGCCAAAAATCATGC
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* * * ** * *
26254 AAAACTGACCTAGAGCCCCGAAACATGTTTTTAGCCAAAAAAAAACCATGATGG----TACACAA
107 AAAACTGAGCT-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC----AAAAACCGTGATGGTTATTACACGA
* * * * *
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* * * *
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231 ATATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTT
* * *
26438 TTCCTATTGTTT-TCAAATTAATTTCTAATTAAATT
296 TTCATATT-TTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * * *
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1 GAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
* * ** * * * *
26538 TGAATATAGATATTTCAAGGAATGTTACCACTAAAAATCATGCAAAACTGA-TTGGGGCCCCAGA
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* * *
26602 ACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAC-T-A--G----TACACGGTTTCGG-TGAAAATTTTCCAAAAAT
128 ACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCT-AAAATTTTGCAAAAA-
* * * * * *
26658 TGACCC-AAAATATTTTTCCTCCATTTTTAGCCACAATACTC--ATAGAATATATATAATTAAAA
190 TGACCCGAAAA-ATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATATAAAATATATATAATTCAAC
* ** * * *
26720 GCCAAAAATATTGAAGAACTCTTCACACTTTTAATGTCGTTTTTTCATA-TTTTCTGAATTAATT
254 GCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCG-TTTTTCATATTTTTCTGAATTAATT
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318 TCTAATTAAATC
*
26796 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATTGAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
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* * * ** * * * *
26861 TAAATATAGCTATTTCAAGGAGTCTTGCCAACAAAAATCATGCAAAACTAAGATGGGGTCCCGAA
64 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT-GGGCCCCGGA
** * *
26926 ACGCGTTTTTAGCCAAAAATTGTGAT-GTAAAAAATGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAA
128 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT----TAT-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTG--CA
* * *
26990 AAAATGACCCGAAAAAATTTTCTGTCAATTTTTGGC-ATAAATACTC--ATAAAATATATATAAT
186 AAAATGACCCGAAAAATTTTTC-CTCAATTTTTAGCTA-AAATACTCATATAAAATATATATAAT
* * * *
27052 TTAACG-CAAAAAGGATTGGAGGACTTTTTACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAAT
249 TCAACGCCAAAAA-GATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAAT
27116 TAATTTCTAATTAAATC
313 TAATTTCTAATTAAATC
* * *
27133 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATTCTTAAATCCAATGTAGTTGAGATTTGATTAGA
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* * * * *
27198 TGAATAT-GAATATCTCAAAGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGCCGAGGCCCCGG
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* * * *
27262 AACGTGTTTTT-GCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGACTAGAATTTTGCAAAAATT
127 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA-T
* * ** *** * **
27326 GACTCG-AAAGTTATTTCCTCAAGGTTTAGCCGCAATACTCA-GTAAAA-CCATATAATTCAACG
191 GACCCGAAAAATT-TTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATATAAAATATATATAATTCAACG
* * * * **
27388 CCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAGTATCGTTTTTCCTATTATTTTCAAAATTAATT
255 CCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-T-TTTTCTGAATTAATT
*
27453 TCTAATTAAATT
318 TCTAATTAAATC
* ** *** * * * * *
27465 GAAACATGATTCAGATGCTTATTTTATAAATCCTTAAATCCATTATGGATGAGATTTGGTTAGAT
1 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGATTAGAT
* * * * * * * * *
27530 TAATATAGATATTTCAACGAGTCTCGGTGCAAAAAATCATGCAACACTGAACCGGGGCCCTGGAA
65 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTG-AGCTGGGCCCCGGAA
** * * * * * *
27595 CGCGTTTTTAGGGGAAAAACACCGTGATTTCGACTAACGTACAC-ATTTTCGACTAATATTTTAC
129 CGCGTTTTTA--GCCAAAA-ACCGTGA--T-G-GTTA-TTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGC
* * * * * * * *
27659 AAAAATTGAACAGAAATAGTTTAT-CTCAATTTTT-GTCGAAAATACCCAGAATATATATATATA
185 AAAAA-TGACCCGAAA-AATTTTTCCTCAATTTTTAG-CTAAAATACTCA-TATA-AAATATATA
* *
27722 TAATTCAACTCCAAAAATATT-AGAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT
245 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGA-AGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT
**
27786 GAATTAAAGTCTAATTAAATC
309 GAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * *
27807 GAAATAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGA
1 GAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
* * * **** *
27872 TGAATTTATATATATATATATATTTCAATGAGCCTCAATGCCAAAAATCATGCAAAATTGAG-TC
64 TG---------A-ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT-
** * * *
27936 GGGACCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAACAAAAAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTA
118 GGG-CCCCGGAACGCGTTTTTAGC---C---AAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTA
* * * *
28001 AAATTTTACAAAAAAGA-CC-AAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTC--ATGAAAT
176 AAATTTTGCAAAAATGACCCGAAAAA-TTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATATAAAAT
* * * * *
28062 ATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGA-GGATGTTTCACGATTTTCATATCGTTTTTCATAAT
240 ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCT-TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT-A-
*
28126 TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATC
302 TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * * * *
28154 AAAATAAGATTTAGATGCTCATAAAAACAAATCTTTAAATGCAATGTGTCTGAGATTTGATTAGA
1 GAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
* ** * * * * **
28219 TGAATATGGATATCGCAAGTAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAACCTAGGGCCTTGGA
64 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT-GGGCCCCGGA
* * * *
28284 ACGCATTTTTAGCCAAAAACCATGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAATTG
128 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAATG
* * * * * *
28349 ACCGGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTGCTAAATTA-TCATAAAAAATA-ATATAATT-ATACGC
192 ACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATATAAAATATATATAATTCA-ACGC
* ** * * * * * *
28411 CAAAAATATTGAAGGATTTTTTACACTTTTAATATCGTTTTCCCTACTATTTCCGAATTAATTTC
256 CAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTC
28476 TAATTAAATC
320 TAATTAAATC
* * * *
28486 GAAATAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCAGAGATTTGATTAGT
1 GAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
* * * ** * * * * **
28551 TTAATAAAGATAGTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAATGCTAACCCGAGGTCTTGGA
64 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTG-GGCCCCGGA
*** * * * * *
28616 ACGCGTTTTTAG-CAAAAAAAATCAT-GATATTGCACGATTTCGGCCAATATTTTGCAAAAATGA
128 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATGA
* * *
28679 CCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAG-TCACAATACT--TATAAAA-ATATATAATTCAATGCC
193 CCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCT-AAAATACTCATATAAAATATATATAATTCAACGCC
* * * *
28740 AAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATACCGTTTTTCCTATTTTTCCT-AATTAATTTCT
257 AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTT-CTGAATTAATTTCT
**
28804 AATTAAAAA
321 AATTAAATC
* * * * *
28813 GAAACATGATTCAAATGCT--T---A-TAA-----AAA-CAA--TGGCTGGGATTTGGTTAGATG
1 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATG
* * * * * * *** *
28864 AATATAGACATTTCTAGGAGTCTCGGCGCCAATAAA-CATTCAAATCCGAAAAGGGCCTCGGAAC
66 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAA-AAATCATGCAAAACTGAGCTGGGCCCCGGAAC
* * *
28928 GCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTATACGATTTCGGCTAAAAATTTTGCAAAAAATGA
130 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCT-AAAATTTTGC-AAAAATGA
* * * *
28993 CCC-AAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCCATAATATTCATA-AAAA-ATATATAATTCAACGCC
193 CCCGAAAA-ATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATATAAAATATATATAATTCAACGCC
* * * *
29055 AAAATGATTGAAGGGCTTTTGACGCTTTTAATATCGTTTTTCAAATTTTTTCTAAATTAATTTCT
257 AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCT
29120 AATTAAATC
321 AATTAAATC
* * * *
29129 AAAACATGATTCAGATGCTCGTTAAAAATAAAAAAAAAAT-CTTAAATGCAATGTGGCTAAGATT
1 GAAACAAGATTCAGATGCTCG-------T--AAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATT
* * * * *
29193 TTATTAGATGAATATAGTTATTTCAAGGAGTGTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGT
56 TGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGG-
* * * *
29258 GCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGCTTTTGGCTAAAATTTTGC
120 GCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * *
29323 AAAATATAACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGATAAAATACTCCTAATATATATATATATA
185 AAAA-ATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACT-C--ATATA-A-A-ATATA
* ** *
29388 TAATAATTTAACGGTAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTT
243 T-ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTT
* *
29453 CTGTATTAATTTCTAATTAAATT
307 CTGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * ** *
29476 GAAACAAGATTTAGATGCTTGTGAAAACAAATTTTTAAATCTAATGTGGCTGTGATTTGATTAGA
1 GAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAATC-AATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
* * ****
29541 T-AAGTATAGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCAAAA
64 TGAA-TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CTGGGCCCCGG
* ** * * *
29605 AACGCTTTTTTATACAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTTAAAATT
127 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAAAT
* * * *
29670 GACCCTAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATA-AAAATACTCCTATTTTTTCAT
191 GACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATATAAAATA----TA-----T-AT
* ** *
29734 AAAAAATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACG-TTACAAATATCGTTTTTCCTAT
246 ----AAT---TCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTT-TTAATATCGTTTTTCATAT
** *
29798 TTTTCCAAATTAATTTCTATTTAAATC
303 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * *
29825 GAAACAAAATTCAGATACTCGTAAAGATAAATCCTTAAATCTAATGTGGGTGAGATTTGATTAGA
1 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA-ACAAATCCTTAAATC-AATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
* * * * * * * *
29890 TGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGGAGCCAGAAATCATGCGAAATTAAGCCGGGTCCCCGGA
64 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGG-CCCCGGA
* * * * *
29955 ACG-TTTTGTTAGCCAAAAACCGTGATTGTTTGTTAGTATACAATTTCGGCTAAAATGTTGCAAA
128 ACGCGTTT-TTAGCCAAAAACCGTGA-TG---GTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
30019 AA
188 AA
30021 GAATTAAAAT
Statistics
Matches: 3360, Mismatches: 618, Indels: 458
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Matches are distributed among these distances:
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312 18 0.01
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ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATG
AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGGCCCCGGAACG
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GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAA
AGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
AATC
Found at i:30169 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 30162--30202 Score: 73
Period size: 2 Copynumber: 20.5 Consensus size: 2
30152 AGATAAGAAG
*
30162 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT GT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
30203 GTGGGCTAAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 37 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.