Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015203.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15236, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 39454
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Found at i:1022 original size:329 final size:329
Alignment explanation
Indices: 176--2678 Score: 2198
Period size: 329 Copynumber: 7.6 Consensus size: 329
166 AAATAGTTTA
* * * * * *
176 CCTCAATTTTTGTCGAAAATACCCATAATATATATATAATTCAACTCCAAAAATATTAGAGGACT
1 CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAA-AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT-GAGGACT
* ** *
241 TTTCACGCTTTTAATACCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAAAATCTAATTAAATCGAAATAAGA
64 TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* * * * * * *
306 TTCAGATGCTCGTAACAACAAATCTTTAAATACAATGTGACTGAAATTTGATTAGATGAATATAT
129 TTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAG
* * *** * **
371 ATATTTCAATGAGCCTCAATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGAGG-CCCCGAAACGCGTTT
194 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-AACCCAGGTCCCCGAAACGCGTTT
* * * * * *
435 TTAGCAAAAAAAAAAAAACCGTGATGGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAAAG
258 TTAGC-------CAAAAACCGTGAT-GATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATG
* *
500 ACCA-AAAAATTTTT
315 ACCAGAAAGATATTT
* * *
514 CCTCATTTTTTCGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGAC
1 CCTCAATTTTT-GGCTAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT-GAGGAC
* ** * * *
579 GTTTCACATTTTTCAA-ATCGTTTTTCATAATTTTTTTTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAAT
63 TTTTCACGCTTTT-AATATCGTTTTTCAT-A-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* ** *
643 AAGATTTAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTGTCTGAGATTTGATTAGATGAAT
125 AAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAAT
* * * ** ** *
708 ATGGATATCTCAAGTAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAACCCAGGTCCTTGAAACGCA
190 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAACCCAGGTCCCCGAAACGCG
773 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCAG
255 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCAG
838 AAAGATATTT
320 AAAGATATTT
* * * ** * *
848 CCTTAATTTTTTGCTAAATTA-TCATAATAAATAATATAATTTTACGCCAAAAATA-T-AGGATT
1 CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAA-AAAT-ATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAGGACT
* * * * *
910 TTTTACGCTTCTAATATAGTTTTTCCTATTATTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAGAAG
64 TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATT-TTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * *
975 ATTTAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGTTTAATATA
128 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATA
* * * * * * * *
1040 GATAGTTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAATACTAACCCGGGGT-CCAGGAATGCGTT
193 GATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAACCC-AGGTCCCCGAAACGCGTT
* *** * * * *
1104 TTTAGCAAAAAAAAAAAAATCG-TGA-TGTTGCACGATTTCGGCTAATATTTTGCAAGAAATGAC
257 TTTAGC----CAAAAACCGT-GATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGAC
** * *
1167 GTGAAATATTTTT
317 CAGAAAGATATTT
* * * *
1180 CCTCAATTTTTAG-TCACAATACTCATGAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCT
1 CCTCAATTTTTGGCT-AAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AGGACT
** * * * * ** *
1244 TTTCATACTTCTAATACCGTTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAAAGAAACATGA
64 TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* * * * *
1309 TTCAAATGC-T-T--------AT--ATAAA--CAA--TAGCTGGGATTTGGTTAGATGAATATAG
129 TTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAG
* * * * * * * *
1358 ACATTTCCAGGATTCTCGGCGCCAAAAATCATTCAAATCTGAA---ATGGGCCTCGGAACGCGTT
194 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-AACCCA-GGTCCCCGAAACGCGTT
* * *
1420 TTTAGCCAAAAGCCGTGATGATTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCA-A
257 TTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGA-CCAGA
1484 AAGATATTT
321 AAGATATTT
** * * * * *
1493 CCTCAATTTTTATCCATAATATTCATAAAAATATAAAATTCAACGCCAAAAAGATTAAAGGACTT
1 CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT-GAGGACTT
* * **
1558 TTGACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTT-TAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAT
65 TTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
* * * *
1622 TCAGATGCTTGTTAAAAACAAAAAATAATCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAA
130 TCAGATGCTTG-TAAAAAC---AAAT--CCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAA
* * * * * * *
1687 TATAGTTATTTCAAGGAGTGTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-GCTGGTGCCCCGAAACG
189 TATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAACCCAGGT-CCCCGAAACG
** * * *
1751 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGAACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAATATAACC
253 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGA-C
*
1816 CA-AAA-ATTTTTT
317 CAGAAAGA-TATTT
* * * * *
1828 CTTCAATTTTTGGATAAAATACTCCTAAAATATATATAATTTAACGGCAAAAAGATTGGAGGACT
1 CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT-GAGGACT
*
1893 TTTCACGCTTTTAATATCG--TTTCATATTTTTCAT-TATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
64 TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTC-TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* ** ** * *
1955 ATTTAGATAATTGTAAAAACAAATTTTTAAATCCAATGTGGCTGTGATTTGATTAGATGAGTATA
128 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATA
* * * * * * * *
2020 GATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTC-GGGCCACAAAACGCTTT
193 GATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-AACCCAGGTCCCCGAAACGCGTT
* * * *
2084 TTTATCCAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACC-GAA
257 TTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCAGAA
2148 AGATATTT
322 AGATATTT
* * *
2156 CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAACTCAACGCC-AAAAGATCGAAGGGCTT
1 CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AGGACTT
* * * ** *
2220 TTGACGTTTTTAATATCG-TTTTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAAT
65 TTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
* * * * * *
2284 ACAGATGCTCGTAAAGATAAATCCTTAAATCTAATGTGGGTGAGATTTGATTAGATGAATATAGA
130 TCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGA
* * * * ** * * * * *
2349 TATTTCAAGTAGTCTCGGAGCTAGAAATCATGTGAAATTGA-GCAGGGTCCCCGGAACGTGTTTT
195 TATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAACCCA-GGTCCCCGAAACGCGTTTT
* * * *
2413 TAGCCAAAAACTGTGATGGTTTGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTTGTAAAAAATTGA-C
259 TAGCCAAAAACCGTGAT-G---ATTATTACACGATTTCGGCT-AAAATTTTGCAAAAAA-TGACC
2477 ACGAAAGAT-TTCT
318 A-GAAAGATATT-T
* * * * *
2490 TCTCAATTTTTGGCTAAAATACTAATAAAAAAATAAAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTA
1 CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AGGACT-
* * * *
2555 TTT-ACGCTTTTAATATCGTATTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAG
64 TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * ** * * * * *
2619 ATTGAGATGCTCGTAAAAGTAAATTCTTAAATCCAGTTTTGCTGAGATTTGGTTAGATGA
128 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA
2679 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 1761, Mismatches: 323, Indels: 163
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
311 1 0.00
312 42 0.02
313 121 0.07
314 1 0.00
315 3 0.00
316 16 0.01
317 54 0.03
318 2 0.00
319 3 0.00
321 4 0.00
323 2 0.00
325 2 0.00
326 31 0.02
327 165 0.09
328 39 0.02
329 279 0.16
330 31 0.02
331 46 0.03
332 91 0.05
333 123 0.07
334 185 0.11
335 159 0.09
336 57 0.03
337 82 0.05
338 10 0.01
339 64 0.04
340 10 0.01
341 138 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (329 bp):
CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAGGACTTT
TCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
CAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGAT
ATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAACCCAGGTCCCCGAAACGCGTTTTTA
GCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCAGAAAGAT
ATTT
Found at i:1945 original size:980 final size:975
Alignment explanation
Indices: 3--2678 Score: 2371
Period size: 980 Copynumber: 2.7 Consensus size: 975
1 CT
* * * * ***
3 CTTAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAAGAGTTTTGATACCA
1 CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCA
* * ** * ** * **
68 AAAATCATGCAAAACTTAGCTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGGAAAAAAAAACAATGA-T-TT
66 AAAATCATGCAAAACTGAACCCGGGCCACAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAATGATGATTATT
* ** * * * *
131 CCAC--TAAC-G-TACACGATTTTGTAAAAATTGAAC-ATAA-ATAGTTTACCTCAATTTTTGTC
131 ACACGATTTCGGCTA-A-AATTTTGCAAAAATTGACCGA-AAGATA-TTT-CCTCAATTTTTGGC
* * * * * ** * * *
190 GAAAATACCCATAATATATATATAATTCAACTCCAAAA-ATATTAGAGGACTTTTCACGCTTTTA
191 TAAAATACTCATAA-AAATATATAACTCAACGCCAAAAGAT-CGA-AGGGCTTTTCACACTTCTA
* ** ** ** * * * *
254 ATACCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAAAATCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGT
253 ATACCG-TTTTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAAAAGAAACAAAATACAAATGCTC-T
* * * * * * * * *
319 AACAACAAATCTTTAAATACAATGTGACTGAAATTTGATTAGATGAATATATATATTTCAATGAG
316 AA-GATAAA-C-CTAACT--AATGTG-GTGAGATTTGATTAGATGAATATAGACATTTCAAGGAG
* * * ** *
384 CCTC-AATGCCAAAAATCATG-CAAAACTGAGCTGAGG-CCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAA
375 TCTCGGA-GCCAAAAATCATGTC-AAATTGAGAAG-GGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGC------
* * * ** *
446 AAAAAAACCGTGATGGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAAAGACCAAAAAATT
431 -CAAAAACCGTGATGGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAAAAGA-T
* * * *
511 TTTCCTC-ATTTTTTCGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGA
494 TTTCCTCAATTTTTTC--C-AAAATACTCAT-AAAAATATAAAATTCAACGCCAAAAAGATTGAA
* ** * *
575 GGACGTTTCACATTTTTCAA-ATCGTTTTTCATAATTTTTTTTGAATTAATTTCTAATTTAATCG
555 GGAC-TTTTACGCTTTT-AATATCGTTTTTCAT-A-TTTTTTTAAATTAATTTCTAATTAAATCG
* * * * *
639 AAATAAGATTTAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTGTCTGAGATTTGATTAGAT
616 AAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGAT
* * * **
704 GAATATGGATATCTCAAGTAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAACCCAGGTCCTTGAAA
681 GAATATAGATATCTCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAACCCAGGTCCCCGAAA
** *
769 CGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGA
746 CGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGAACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATAA
* * * *
834 CCAGAAAGATATTTCCTTAATTTTTTGCTAAATTATCATAATAAATAATATAATTTTACGCCAAA
811 CCAGAAAGATATTTCCTTAATTTTTGGATAAAATATCATAATAAATAATATAATTTAACGCCAAA
* * * *
899 AATATAGGATTTTTTACGCTTCTAATATAGTTTTTCCTATTATTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
876 AAGATAGGACTTTTCACGCTTCTAATATAG-TTTTCATATTATTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
* **
964 ATCGAAAGAAGATTTAGATGCTTGTAAAAACAAATC
940 ATCGAAACAAGATTTAGATAATTGTAAAAACAAATC
* * *
1000 CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGTTTAATATAGATAGT-TCAAGGAGTCTTGGCGTC
1 CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATA-TCTCAAGGAGTCTTGGCGCC
* ** *
1064 AAAAATCATGCAATACT-AACCCGGGGTCCA-GGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAAAAATCG-
65 AAAAATCATGCAAAACTGAACCC-GGG-CCACAAAACGCGTTTTTAGC----AAAAAAAAAT-GA
* * * * * *
1126 TGA-TGTTGCACGATTTCGGCTAATATTTTGCAAGAAA-TGACGTGAAATATTTTTCCTCAATTT
123 TGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA-AAATTGAC-CGAAAGATATTTCCTCAATTT
* * * * * *
1189 TTAG-TCACAATACTCATGAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATACT
186 TTGGCT-AAAATACTCATAAAAATATATAACTCAACGCC-AAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACT
* ** *
1253 TCTAATACCGTTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAAAGAAACATGATTCAAATGC
249 TCTAATACCG-TTTTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAAAAGAAACAAAATACAAATGC
* * * *
1318 T-T-ATATAAA-C-AA-T-A-GCT-G-G-GATTTGGTTAGATGAATATAGACATTTCCAGGATTC
313 TCTAAGATAAACCTAACTAATG-TGGTGAGATTTGATTAGATGAATATAGACATTTCAAGGAGTC
* * *
1373 TCGGCGCCAAAAATCAT-TCAAATCTGA-AATGGG-CCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCG
377 TCGGAGCCAAAAATCATGTCAAAT-TGAGAA-GGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
* *
1435 TGAT-GATTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCAAAAGATATTTCCTCAA
440 TGATGGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCAAAAGAT-TTTCCTCAA
* * *
1499 TTTTTATCCATAATATTCATAAAAATATAAAATTCAACGCCAAAAAGATTAAAGGACTTTTGACG
503 TTTTT-TCCAAAATACTCATAAAAATATAAAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTT-ACG
**
1564 CTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTATTCAGAT
566 CTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
* * *
1628 GCTTGTTAAAAACAAAAAATAATCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATATAGT
631 GCTTG-TAAAAAC---AAAT--CCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGA
* * * * * * * * *
1693 TATTTCAAGGAGTGTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-GCTGGTGCCCCGAAACGCGTTTT
690 TATCTCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAACCCAGGT-CCCCGAAACGCATTTT
* *
1757 TAGCCAAAAACCGTGATGATTAGAACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAATATAACCCA-AAA
754 TAGCCAAAAACCGTGATGATTAGAACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATAA-CCAGAAA
* * * *
1821 -ATTTTTTCTTCAATTTTTGGATAAAATACTCCT-A-AAATATATATAATTTAACGGCAAAAAGA
818 GATATTTCCTT-AATTTTTGGATAAAATA-TCATAATAAATA-ATATAATTTAACGCCAAAAAGA
* * *
1883 TTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCG-TTTCATATT-TTTCAT-TATTAATTTCTAATTAAA
880 -T--AGGACTTTTCACGCTTCTAATATAGTTTTCATATTATTTC-TGAATTAATTTCTAATTAAA
*
1945 TCGAAACAAGATTTAGATAATTGTAAAAACAAATT
941 TCGAAACAAGATTTAGATAATTGTAAAAACAAATC
* * *
1980 TTTAAATCCAATGTGGCTGTGATTTGATTAGATGAGTATAGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCA
1 CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCA
* * * * * ***
2045 AAAATCATGCAAAACTGAGCTCGGGCCACAAAACGCTTTTTTATCCAAAAACTGTGATGATTATT
66 AAAATCATGCAAAACTGAACCCGGGCCACAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAATGATGATTATT
*
2110 ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAA
131 ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAA
* ** * *
2175 TACTCATAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAGATCGAAGGGCTTTTGACGTTTTTAATATCGTT
196 TACTCATAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATACCGTT
** *
2240 TTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATACAGATGCTCGTAAAGATAAA
261 TTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAAAAGAAACAAAATACAAATGCTC-T-AAGATAAA
* *
2305 TCCTTAAATCTAATGTGGGTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGGAGC
324 -CC-T-AA-CTAATGT-GGTGAGATTTGATTAGATGAATATAGACATTTCAAGGAGTCTCGGAGC
* * * * * *
2370 TAGAAATCATGTGAAATTGAGCAGGGTCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTT
384 CAAAAATCATGTCAAATTGAGAAGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG---
* * * *
2435 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTTGTAAAAAATTGACACGAAAGATTTCTTCTCAATTTT
446 GTTAGTACACGATTTCGACT-AAAATTTTG-CAAAAATTGAC-CAAAAGATTT-TCCTCAATTTT
* * * * *
2500 TGGCTAAAATACTAATAAAAAAATAAAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTATTTACGCTTT
507 T-TCCAAAATACTCATAAAAATATAAAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACT-TTTACGCTTT
* * * *
2565 TAATATCGTATTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTGAGATGCT
570 TAATATCGTTTTTCATATTTTTT-TAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
* ** * * * * * * *
2630 CGTAAAAGTAAATTCTTAAATCCAGTTTTGCTGAGATTTGGTTAGATGA
634 TGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGA
2679 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 1369, Mismatches: 226, Indels: 172
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
974 90 0.07
975 36 0.03
976 69 0.05
977 81 0.06
978 54 0.04
979 47 0.03
980 316 0.23
981 21 0.02
983 23 0.02
985 1 0.00
986 25 0.02
987 48 0.04
988 2 0.00
989 1 0.00
990 52 0.04
991 37 0.03
992 1 0.00
993 29 0.02
994 1 0.00
995 23 0.02
996 14 0.01
997 178 0.13
998 16 0.01
999 42 0.03
1000 1 0.00
1001 14 0.01
1002 5 0.00
1003 85 0.06
1004 40 0.03
1005 12 0.01
1006 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (975 bp):
CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCA
AAAATCATGCAAAACTGAACCCGGGCCACAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAATGATGATTATT
ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAA
TACTCATAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATACCGTT
TTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAAAAGAAACAAAATACAAATGCTCTAAGATAAACC
TAACTAATGTGGTGAGATTTGATTAGATGAATATAGACATTTCAAGGAGTCTCGGAGCCAAAAAT
CATGTCAAATTGAGAAGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGGTTAGTACAC
GATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAAAAGATTTTCCTCAATTTTTTCCAAAATACTCA
TAAAAATATAAAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT
ATTTTTTTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTT
AAATGCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
ATCATGCAAAACTAACCCAGGTCCCCGAAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGAACA
CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATAACCAGAAAGATATTTCCTTAATTTTTGGATAAAATA
TCATAATAAATAATATAATTTAACGCCAAAAAGATAGGACTTTTCACGCTTCTAATATAGTTTTC
ATATTATTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATAATTGTAAAAACAAATC
Found at i:3081 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 2935--3154 Score: 334
Period size: 60 Copynumber: 3.7 Consensus size: 59
2925 GCTAATTGCT
* *
2935 CAAATAAGGGCCTAACGTTTGCCAAAATGCTCAAATAAGGGTTTAATCTTTTAATTTGGC
1 CAAATAAGGGCCTAACGTTTGCCAAAATGCTCAAATAAGGGTCT-GTCTTTTAATTTGGC
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1 CAAATAAGGGCCTAACGTTTGCCAAAATGCTCAAATAAGGGTCTGTCTTTTAATTTGGC
* * * * * *
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* * ***
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* *
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** * *
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* *
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*
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AGGCCCTTATTTGAGCATTTTCGATAACGTT
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3189 TGACGCCAGG
* *
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* * *
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* * *
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*
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*
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1 T
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* *
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* *
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*
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TTTGGACATTTTGCCCCTAAACTTCAAT
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* ** *
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*
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22616 TTATCTATAC
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1 A
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1 TTTAGATTATAATAT
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27247 ACTTTACATT
*
27257 ATCTAATCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGAATTT-TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
** * * * * * * *
27321 CGATTTAACAAGAAATTAATTTAGAAAAAAAAAGAAATACGATATTAAAAGCGTAAAAAGCACTC
65 CGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT
* *
27386 CAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAA-ATC
130 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGA-AATAT-
* * * * * * *
27450 TATT-GTGTTAATTTTTGCAAAAGTTTAGCCGAAATCATATACTAACAAACCATCACAGTTTTTG
193 TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC--GT-GTAA-TAACCATCAC-GTTTTTG
* * * * * ** *
27514 ACTAAAAACGCGTTCTGGGGACCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCTCCGACTCTACTTGAA
253 GCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAA
27579 ATATCTATATTC
318 ATATCTATATTC
* *
27591 ATTTAATCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAATGATTTGGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA-GATTT-GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * * * *
27656 TCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGGAAAAATA-GGAAAATGATATTAGAAA-CGTCAAAAGCCC
64 TCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATATGAAAAACGATATTA-AAAGCGTGAAAAGCCC
* *
27719 TTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATGTTTTATGAGTATTTTATCCAAAAAATGAGGAAATA
128 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAATA
*** * * *
27784 TTTTTCTAATCAATTTTTCCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTAATAACCATCTA-GTTTTTGGTT
192 TTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATC-ACGTTTTTGGCT
* * * * * *
27848 AAAAAAGCGTTCTGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCGAAACTCTTTGAGATA
256 AAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATA
27913 TCTATATTC
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* * *
27922 ATCTAATCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
*
27987 CGATTTAATTAGAAATTAA-TTC-AGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG-TCT
65 CGATTTAATTAGAAATTAATTTCGA-AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCT
* * * * *
28049 TCCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATATATATTATGAGTATTTTATCCAAAAATAG-GGAAAAA
129 T-CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGG--AAA
* * * * * *
28113 AAATTTT-GGGTCATTTTTTGCAAAGTTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
190 TATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCAC-GTTTTTGG
* * * *
28177 CTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCTTGAAA
254 CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAA
28242 TATCTATATTC
319 TATCTATATTC
* * *
28253 ATCTAAT-AAATTCTTAGCCACATTGCATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTT
1 ATCTAATCAAA-TCTCAGCCACATTGGATTTAAG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* *
28317 TC-ATTTTAATTAGAAATTAATTTCAGAAAAAATATAAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCC
64 TCGA-TTTAATTAGAAATTAATTTC-GAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCC
** * * * *
28381 CTTCAATCTTTAGGGCGTTGAATTATATATTTTTATGACTATTATGA-CTAAAAATTGAGAAAAT
127 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATT-TTATCCAAAAATTGAGGAAAT
* * * * **
28445 ATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTAGCCGAAATCATATAATAATCATCACGGTTTTTAA
191 ATTTTTCGGGTCAATTTTTGC-AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCAC-GTTTTTGG
* * * * ** *
28510 CTAAAAACGCGTTCCAGGG-CCCGGTTCAATTTTAAAT-ATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAA
254 CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAA
28573 TATCTATATTC
319 TATCTATATTC
* * * * *
28584 ATCTAACCAAATCTCA---AC-----------CA-TTGTTTTTACAAACATCTGAATCATGTTTC
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTC
* * * * *
28634 GTTTTAATTAGAAATTAA-TTCGGAAAAATAAGAAAAACGATATCAAAAGCGTGAAAAGCCTTTC
66 GATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTC
* * * * *
28698 AATTTTTTTGGCATTGAATT-T-T-TTTTT-TTAGTATTGTT-GCTAAAAATTGA-GAGAATATT
131 AATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATT-TTATCCAAAAATTGAGGA-AATATT
* * * * * * *
28757 TTTCTGGTCATTTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCAACACGGTTTTTTGCTA
194 TTTCGGGTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCAC-GTTTTTGGCTA
* * * *
28822 AAAACCCGTTTCGGGGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATAT
257 AAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATAT
28887 C--TA-T-
322 CTATATTC
* * * * *
28891 -T-T--T-AAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGTATCTGATTCTTATTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA-GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* *
28951 CGATTTAATTAGAAATTAA-TTC-AGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTCCT
65 CGATTTAATTAGAAATTAATTTCGA-AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCT
* * * *** *
29014 CCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATATTCTA--AGTATTTTAGAAAAAAATTAAGGAAATAT
129 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAATAT
* * * * *
29077 ATTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATATTAGCCGAAATCGTGTACGTTAGTCAA-AATCAAGGTTTT
193 TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA----A-T-AACCATC-ACGTTTT
* * * * * * * * *
29141 TGGCTAAAAATGCATTCCAGGGTCCCGGTTCAGTGTTGCATGATTTTTTGCACCGAGACTCCTTG
251 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTG
* *
29206 AAACATCTACATTC
316 AAATATCTATATTC
* * *** * *
29220 ATCTTACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TAAAACAAGCATCTGAATCATGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA-GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * * *
29284 CGATTTAATTTGAAATTAA-TTCGGAAAATAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCATGAAAAACCC
65 CGATTTAATTAGAAATTAATTTC-GAAAA-AATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCC
* * ** *
29348 TTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGAT--AAAAATTGAATATA
128 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAT-ATTTTTATGAGTATT-T-TATCCAAAAATTGAGGAAA
** * * *
29411 TAAATTTCGAGTCAATTTTTGC-AAATTTCTAGCC-AAACCGTGTAATAATCAATCACTGTTTTT
190 TATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT-TAGCCGAAATCGTGTAATAA-CCATCAC-GTTTTT
*** * * * * *
29474 GGCTAAAAACGCGTTCCGCAACCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCTTTGA
252 GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGA
* *
29539 GATATCCATATTC
317 AATATCTATATTC
* * * * * * *
29552 ATTTAATCTAATATCAGCTACATTGGATTGAAGAATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATTTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * * *
29617 CAATTTAACTAGAAATTAA-TTC-AGAAAAATATGAAAAATGACAATAAAAGCGTGAAAAG-TCT
65 CGATTTAATTAGAAATTAATTTCGA-AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCT
* * * * * *
29679 TCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATCTATTTTATGAGTATTTTA-GCAATAATTTACAGG-AT
129 T-CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTATCCAA-AAATT-GAGGAAA
* * * * *
29742 TAATCTTTCGGGTCAAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTC
190 T-ATTTTTCGGGTC-AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCAC-GTTTTT
* * * *
29807 GGCTAAAACCGCATTCCGGGGCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCGAGACTCCTTGA
252 GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGA
29871 AATATCTATATTC
317 AATATCTATATTC
* *
29884 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA-GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* *
29949 CGATTTAATTAGAAATTAA-TTCAGAAAAAAATATAAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAAAG-
65 CGATTTAATTAGAAATTAATTTC-G-AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTG--AAAAGC
* * ** * * *
30012 CTTTCAATTTTTTTGGTATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT-TGCTAGAAATTGAGAAA
126 CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTTTAT-CCAAAAATTGAG--G
* * * * * *
30076 AAAAATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTGACCATCACGGTTTT
187 AAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCAC-GTTTT
* * * * * ** *** * *
30141 CGGCTAAAACCGCGTTCCAGGG-TCCGGCTTTGTTTTGCAT-ATTTTTTTTTGCCAAAACTCCTT
251 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCGCCGAGACTCCTT
*
30204 GAAATAACTATATTC
315 GAAATATCTATATTC
* * *
30219 ATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGAATTTGTTTTTACCAGCATCTGAATCTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * * * *
30284 CAATTTAATTAGAAATTAATTT-GAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGTGTTAAAAGCCCTA
65 CGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT
** *
30348 CAATCTTTTTGATGTCGAATTATATATTTTTTATGATCAGTATTTTATCCAAAAATTGAGG-AAT
130 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTATG---AGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAT
* * * * *
30412 ATATTTCGGATCAATTTTTGTAAAATTTTTGCCGAAATCGTG---T-A-CATCACGATTTTCGGC
191 ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACG-TTTTTGGC
* * *** *
30472 TAAAACCGCATTCCGGGGCTTGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCGAGACTCCTTGAAAT
255 TAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAAT
30536 ATCTATATTC
320 ATCTATATTC
* *
30546 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA-GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * *
30611 CAATTTATTTAAAAATTAA-TTCAAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGTGTGAAAAGCCCT
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* * * * * *
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**
30739 CATTCGGGTC-ATTTTT
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Statistics
Matches: 2602, Mismatches: 434, Indels: 266
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
302 8 0.00
305 3 0.00
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Consensus pattern (329 bp):
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GATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTC
AATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAATATTTT
TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGTTTTTGGCTAAAAA
CGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTAT
ATTC
Found at i:29577 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 27257--30738 Score: 3210
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27247 ACTTTACATT
* *
27257 ATCTAATCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGAATTT-TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
** * * * * * * *
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66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT
* ** *
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131 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGATAAAAATTGAGAGAATAAAT
* * * * * * *
27449 CTATTGTGTTAATTTTTGCAAAAGTTTAGCCGAAATCATATACTAA-CAAACCATCACAGTTTTT
196 -T-TCG-GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATC--A--ATCACGGTTTTC
* * * * * ** *
27513 GACTAAAAACGCGTTCTGGGGACCC-AGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCTCCGACTCTACTTG
254 GGCTAAAAACGCATTCCGGGG-CCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTG
27577 AAATATCTATATTC
317 AAATATCTATATTC
* * *
27591 ATTTAATCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAATGATTTGGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTT-GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
** * * * *
27656 TCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGGAAAAATA-GGAAAATGATATTAGAAA-CGTCAAAAGCCC
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* *** *
27719 TTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATGTTTTATGAGTATTTTATCCAAAAAATGAG-GAAAT
129 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTAGATAAAAATTGAGAG-AAT
** ** * * * * *
27783 ATTTTTCTAATCAATTTTTCCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTAATAA-CCATCTA--GTTTTTG
192 AAATTTC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCAATC-ACGGTTTTCG
* * * * * * * * *
27845 GTTAAAAAAGCGTTCTGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCGAAACTCTTTGAG
255 GCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAA
27910 ATATCTATATTC
319 ATATCTATATTC
* * * *
27922 ATCTAATCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
*
27987 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG-TCTT
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT
* * * * *** * * * *
28050 CCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATATATATTATGAGTATTTTATCCAAAAATAGGGAAAAAAA
131 -CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTAGATAAAAATTGAGAGAATAA
* * * * * *
28115 ATTTTGGGTCATTTTTTGCAAAGTTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA-CCATCACGGTTTTTGGCT
194 A-TTTCGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCAATCACGGTTTTCGGCT
* * * * *
28179 AAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCTTGAAATA
258 AAAAACGCATTCCGGG-GCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATA
28244 TCTATATTC
322 TCTATATTC
* * * *
28253 ATCTAAT-AAATTCTTAGCCACATTGCATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTT
1 ATCTAATCAAA-TCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* *
28317 TC-ATTTTAATTAGAAATTAATTTCAGAAAAAATATAAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCC
65 TCGA-TTTAATTAGAAATTAA-TTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCC
** * * *
28381 CTTCAATCTTTAGGGCGTTGAATTATATATTTTTATGACTATTAT-GACTAAAAATTGAGAAAAT
128 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGA-TAAAAATTGAGAGAAT
** * * * **
28445 ATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTAGCCGAAATCATATAATAATC-ATCACGGTTTTTA
192 AAATTTC-GGTCAATTTTTGC-AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCAATCACGGTTTTCG
* * * ** * ** *
28509 ACTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCGGTTCAATTTTAAAT-ATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAA
255 GCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAA
28573 TATCTATATTC
320 TATCTATATTC
* * * * *
28584 ATCTAACCAAATCTCA---AC------------CA-TTGTTTTTACAAACATCTGAATCATGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * *
28633 CGTTTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAATAAGAAAAACGATATCAAAAGCGTGAAAAGCCTTT
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT
* * * * **
28697 CAATTTTTTTGGCATTGAATT-T-T-TTTTT-TTAGTATTGTT-GCTAAAAATTGAGAGAATATT
131 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATT-TTAGATAAAAATTGAGAGAATAAA
* * **
28757 TTTCTGGTCATTTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCAA-CACGGTTTTTTGCT
195 TTTC-GGTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCAATCACGGTTTTCGGCT
* * * * *
28821 AAAAACCCGTTTCGGGGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATA
258 AAAAACGCATTCCGGGG-CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATA
28886 TC--TA-T-
322 TCTATATTC
* * * * *
28891 -T-T--T-AAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGTATCTGATTCTTATTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * *
28951 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTCCTC
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT
* * * * *
29015 CAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATATTCTA--AGTATTTTAGAAAAAAATTAAG-GAAATAT
131 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTAGATAAAAATTGAGAG-AATAA
* * * *
29077 ATTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATATTAGCCGAAATCGTGTACGTTAGTCAAAATCAAGGTTTTT
194 ATTTC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC--TAATC--AATCACGGTTTTC
* * ** * * *
29142 GGCTAAAAATGCATTCCAGGGTCCCGGTTCAGTGTTGCATGATTTTTTGCACCGAGACTCCTTGA
254 GGCTAAAAACGCATTCC-GGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGA
* *
29207 AACATCTACATTC
318 AATATCTATATTC
* * *** * *
29220 ATCTTACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TAAAACAAGCATCTGAATCATGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * * * *
29284 CGATTTAATTTGAAATTAATTCGGAAAATAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCATGAAAAACCCT
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA-AATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCT
* * * *
29349 TCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGATAAAAATTGA-ATATATA
130 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAT-ATTTTTATGAGTATTTTAGATAAAAATTGAGAGA-ATA
* * * *
29413 AATTTCGAGTCAATTTTTGC-AAATTTCTAGCC-AAACCGTGTAATAATCAATCACTGTTTTTGG
193 AATTTCG-GTCAATTTTTGCAAAATTT-TAGCCGAAATCGTGTACTAATCAATCACGGTTTTCGG
* *** * * * * * *
29476 CTAAAAACGCGTTCCGCAACCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCTTTGAGA
256 CTAAAAACGCATTCCG-GGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAA
*
29541 TATCCATATTC
320 TATCTATATTC
* * * * * * * *
29552 ATTTAATCTAATATCAGCTACATTGGATTGAAGAATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATTTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * * *
29617 CAATTTAACTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAATGACAATAAAAGCGTGAAAAG-TCTT
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT
* * * * * * *
29680 CCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATCTATTTTATGAGTATTTTAG-CAATAATTTACAGGATTA
131 -CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTAGATAAAAATTGAGA-GAATA
* *
29744 ATCTTTCGGGTCAAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATC-ATCACGGTTTTCG
193 A-ATTTC-GGTC-AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCAATCACGGTTTTCG
* *
29808 GCTAAAACCGCATTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCGAGACTCCTTGAAA
255 GCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAA
29873 TATCTATATTC
320 TATCTATATTC
* *
29884 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* *
29949 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATATAAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAAAG-C
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTG--AAAAGCC
* * ** * * * * *
30013 TTTCAATTTTTTTGGTATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTTGCTAGAAATTGAGAAAAA
128 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTTTAGATAAAAATTGAGAGAAT
* * *
30078 AAATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTGA-CCATCACGGTTTTC
192 AAA--TTTCG-GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCAATCACGGTTTTC
* * * * * ** *** * *
30142 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGTCCGGCTTTGTTTTGCAT-ATTTTTTTTTGCCAAAACTCCTTGA
254 GGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGA
*
30206 AATAACTATATTC
318 AATATCTATATTC
* * * *
30219 ATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGAATTTGTTTTTACCAGCATCTGAATCTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * * * * *
30284 CAATTTAATTAGAAATTAATT-TGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGTGTTAAAAGCCCTA
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT
** * ***
30348 CAATCTTTTTGATGTCGAATTATATATTTTTTATGATCAGTATTTTATCCAAAAATTGAG-GAAT
131 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTATG---AGTATTTTAGATAAAAATTGAGAGAAT
* * * *
30412 ATATTTCGGATCAATTTTTGTAAAATTTTTGCCGAAATCGTG---T-A-C-ATCACGATTTTCGG
192 AAATTTCGG-TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCAATCACGGTTTTCGG
* ** *
30471 CTAAAACCGCATTCCGGGGCTTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCGAGACTCCTTGAAAT
256 CTAAAAACGCATTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAAT
30536 ATCTATATTC
321 ATCTATATTC
* *
30546 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * * *
30611 CAATTTATTTAAAAATTAATTCAAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGTGTGAAAAGCCCTC
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT
* * * * * **
30676 CAATCCTTTTGACGTTGAATTATTTATATTTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTGAG-GAA-AAAT
131 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGATAAAAATTGAGAGAATAAAT
30739 CATTCGGGTC
Statistics
Matches: 2596, Mismatches: 442, Indels: 231
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
302 8 0.00
305 3 0.00
306 1 0.00
308 1 0.00
309 86 0.03
310 26 0.01
311 29 0.01
312 1 0.00
313 53 0.02
314 3 0.00
315 42 0.02
316 1 0.00
317 1 0.00
318 95 0.04
319 2 0.00
320 33 0.01
321 32 0.01
322 7 0.00
323 3 0.00
324 25 0.01
325 62 0.02
326 3 0.00
327 159 0.06
328 64 0.02
329 15 0.01
330 176 0.07
331 368 0.14
332 371 0.14
333 248 0.10
334 125 0.05
335 350 0.13
336 157 0.06
337 43 0.02
338 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT
CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGATAAAAATTGAGAGAATAAAT
TTCGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCAATCACGGTTTTCGGCTAAA
AACGCATTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTA
TATTC
Done.