Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01015215.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15248, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 921

Length: 1535
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33


Found at i:769 original size:334 final size:334

Alignment explanation


    Indices: 1--1535  Score: 1787
    Period size: 336  Copynumber: 4.6  Consensus size: 334

                                            *      *                         
          1 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGATTGTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
          1 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA

                       *                                                     
         66 ATCCAATGTGGCTGAGATTTTGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
         66 ATCCAATGTGGATGAGATTTTGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT

            *         *           *                *       *             *   
        131 AATGCAAAACTGAGCCGGGGCTACGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATTG-TTAGTGCAC
        131 CATGCAAAACAGAGCCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGA-TGATTAGTACAC

                 ** *          *                *                 **     *  *
        195 GATTTTGGATAAAATTTTGTAAAAATTGACCCAAAATAATTTTTCC-CAATTTTTGGCCACGATG
        195 GATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGAA-TTTTCCTCAA-TTTCCGCCACCATA

                  *           *                                           ** 
        259 CTCATAGAAAATATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATA-TCAT
        258 CTCATAAAAAATATATAACTCAACATCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATTGTT

                        
        323 TTTTTTTCTA-T
        323 TTTTTTTCTATT

                           *      *          *    * *   * *                  
        334 TTTTCCGAATTAATTCCTAATTGAATCGAAACATGATTCATATGTTGGTAAAAACAAATCCTTAA
          1 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA

                         *      *       **                   *     *         
        399 ATCCAATGTGGATAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGTGCCAAAAAT
         66 ATCCAATGTGGATGAGATTTTGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT

             *  *                    *                       *               
        464 CGTGTAAAACAGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGTC-AAAACCGAGATGATTAGTACACG
        131 CATGCAAAACAGAGCCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGATTAGTACACG

                                           * *                               
        528 ATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGA-AATTTCTCCTCAATTTCCGCCACCATACT
        196 ATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGAATTT-TCCTCAATTTCCGCCACCATACT

                                  *       *                                  
        592 CATAAAAAATATATAACTCAACGTCAAAAATATTGAAAGGCT-TCTCACGCTTCTAATATTGTTT
        260 CATAAAAAATATATAACTCAACATCAAAAAGATTGAAAGGCTAT-TCACGCTTCTAATATTGTTT

                   *    
        656 TTTATTTATATT
        324 TTT-TTTCTATT

                                            *                                
        668 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
          1 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA

                    ** *                              *                      
        733 ATCCAATGACGTTGAGATTTTGTTAGATAAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
         66 ATCCAATGTGGATGAGATTTTGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT

                          *     *                           *              * 
        798 CATGCAAAACAGAGTC-GGGATCCCGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGA-TAGTAAA
        131 CATGCAAAACAGAGCCGGGGCT-CCGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAT-GATTAGTACA

            *      *             *         * *    *       *                  
        861 TGATTTCGGCTAAAATTTTGCCAAAATTGACACGAAA-CATTTATCTTCAATTTCCAGCCACCAT
        194 CGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGAATTT-TCCTCAATTTCC-GCCACCAT

             *                     * *     * *         * *                   
        925 ATTCATAAAAAATATATAACTCAGCGTCAAATATATTG-AAGGGTTTCTCACGCTTCTAATATTG
        257 ACTCATAAAAAATATATAACTCAACATCAAAAAGATTGAAAGGCTAT-TCACGCTTCTAATATTG

                      *    
        989 TTTTTTATTTTTATT
        321 TTTTTT-TTTCTATT

                 *                          *                              * 
       1004 TTTTCGGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCA
          1 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA

                                                                             
       1069 ATCCAATGT-GACTGAGATTTTGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAA
         66 ATCCAATGTGGA-TGAGATTTTGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAA

                       *                         *             *          *  
       1133 TCATGCAAAACTGAGCCGGGGC-CACGAAACGCGTTTATAG-CGAAAAACCTTGAT-AGTTAATA
        130 TCATGCAAAACAGAGCCGGGGCTC-CGAAACGCGTTTTTAGTC-AAAAACCGTGATGA-TTAGTA

                *                 *          *            *         **     * 
       1195 CACGGTTTCAGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACTCAAAAGAATTTTTCTCAATATTTGGCCACGA
        192 CACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGAATTTTCCTCAAT-TTCCGCCACCA

                    *           *    *                                     * 
       1260 TACTCATAGAAAATATATAATTCAATATCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCG
        256 TACTCATAAAAAATATATAACTCAACATCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATTG

                          
       1325 ---TTTTTTCTATT
        321 TTTTTTTTTCTATT

                  *        *      *          *    * *   * *                  
       1336 TTTTCCAAATTAATTCCTAATTGAATCGAAACATGATTCATATGTTGGTAAAAACAAATCCTTAA
          1 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA

                   *     *      *        **    *              *       *      
       1401 ATCCAATCTGGATAAGA-TTGGTTAGAATGGATATGGATATTTCAATGAGACTTGGTTTGCCTAA
         66 ATCCAATGTGGATGAGATTTTGTTAG-ATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGG--CGCC-AA

                 *  *                     *                                  
       1465 AAATCGTGTAAAACAGAGCCGGGGCTACCGGAACGCGTTTTTAGTC-AAAACCGTGATGATTAGT
        127 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCT-CCGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGATTAGT

                   
       1529 ACACGAT
        191 ACACGAT


Statistics
Matches: 1025,  Mismatches: 147, Indels: 58
        0.83            0.12        0.05

Matches are distributed among these distances:
 330    4  0.00
 331   78  0.08
 332  153  0.15
 333  162  0.16
 334  148  0.14
 335  114  0.11
 336  349  0.34
 337   17  0.02

ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33


Consensus pattern (334 bp):   
TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
ATCCAATGTGGATGAGATTTTGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
CATGCAAAACAGAGCCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGATTAGTACACG
ATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGAATTTTCCTCAATTTCCGCCACCATACTC
ATAAAAAATATATAACTCAACATCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATTGTTTTT
TTTTCTATT

Done.