Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015345.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15378, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * * * *
1 AAAAATCATCCAAAACTGAGCTGAGGCCCTCG-AACGCGTTTTTAGCCAAACACGGTGATGGTTA
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-GGGCC-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
* * * *** *
65 GTACA-GATTTTCGGCTAAAATTAACCC-AAATTTTTTTTTCTCAAATTGCGGCCAAAATACCCA
64 GTACACGATTTTCGGCTAAAATTGACCCGAAA-TTTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCA
* * * ** * * * * **
128 TATAAATAAATAATTCAACGCTAAAAAGCCTGAATGACATTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCC
128 TAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
* * * * *
193 TA-TTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAACAATTC
193 TATTTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATC
** * * * **
257 CTTAAATTCC-ATAAGGCTGAGATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTCAAGCAGTTTTGGTGCC
258 CTTAAA-TCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACC
* * * ** ** *
321 AAAAATCATGCAAAATTGTGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGACAGTCAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAG
* * * *
386 TACACGA-TTTCGGCTAAAATT-TCCCGAAATTTTTTCCCCTCAATTTTTAGCCAAATTACTTAT
65 TACACGATTTTCGGCTAAAATTGACCCGAAATTTTTT-TCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCAT
* * *
449 AAAAATATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAATTTTCCT
129 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCT
* * * * * *
514 ATTTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTGAATCGAAACAGGATTGAGATACTCGTAAAAATAAATCA
194 ATTTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
** * * * * *
579 TTAAATCCAATGTGATTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATATAAATGAGTCTTGAC-CC
259 TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACC
* * ** * *
641 AAAAATCATCCAAAACTTAGTTGAGGTCCC-AGACCGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-GGGCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
* * * * *
705 ATACACGA-TTTCGGCTAAAATTAGTA--TGAAATTTTTCTCCTCAATTTGTGGCCAAAATACTC
64 GTACACGATTTTCGGCTAAAATT-G-ACCCGAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTC
* * * * * * * *
767 ATATAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGTCTTTTCACACTTCTAATTTCGTTTATC
127 ATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTC
* **
832 CTA-TTTTTT-T-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAGTT
192 CTATTTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT
* * * * *
894 TCTTAAA-CCACATGTGACTGAGACTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGCGC
257 CCTTAAATCCA-ATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCAC
958 C
321 C
* * * * * * **
959 ATAAATCATGCAAAAATGTGCCGGGACCCTGGAACGAGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATGGTTA
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCC-GAAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACTGTGATGGTTA
* * ** ** *
1024 TTACACTG-TTTT-GGTTAAAATTTTAAAAAAATGACTAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCC
64 GTACAC-GATTTTCGGCTAAAA---T-------TGACCCGAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCC
* * * * * *
1087 ACAATACTCATAAAAATTATATAACTCAACGCAAAAAAGATTTAATGGCTTTTCATGCTTCTAAT
118 AAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* ** * * *
1152 AT-AGTTTTTCCAATTGTTTTTTCTGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACATTTAGATGCA
182 ATCA-TTTTTCCTA-T-TTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
* *
1216 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCAAG
244 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAG
1281 GAGTCTTGGCACC
309 GAGTCTTGGCACC
* *
1294 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCACCGAAACACGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAG
*
1359 TACACGATTTTCGGCTAAAATTGACCCGAAATTTTTTTCCCTCAATTTTTAGCCAAATTACTCAT
65 TACACGATTTTCGGCTAAAATTGACCCGAAATTTTTTT-CCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCAT
* * * *
1424 AAAAATATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTATAATATCAATTTTCCT
129 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCT
* * * *
1489 ATTATTTTTCTAAATTAAATTATAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATACTCGTAAAAACAAATC
194 ATT-TTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATC
* *
1554 TTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGAC-CC
258 CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACC
* * * * * *
1617 AAAAAATCATCCAAAACTGAGCTGAGGCCCCAGAACGCGTTTTTAAACAAAAAACTGTGATGGTT
1 -AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCGA-AACGCGTTTTT-AGCCAAAAACTGTGATGGTT
* * * * * *
1682 AGTACACG-GTTTCGGCTAAAATTGGCCCAAAATTTTTTCCCT-AATTTGTGGCCAAAATACTCA
63 AGTACACGATTTTCGGCTAAAATTGACCCGAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCA
* * * * * *
1745 TATAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCC
128 TAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
* * * * * *
1810 TTTTTTGTTTCTGAATCAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAATT
193 TATTTT-TTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT
* * * * * *
1875 CCTCAAACCCCATGTGGCTGAGACTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGCACT
257 CCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACC
* * *
1940 AAAAATCATGCAAAACTGTGCCGGGACCCTAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTTA
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCGA-AACGCGTTTTTAGCC-AAAAACTGTGATGGTTA
* * *** *
2005 TTACACGATTTT-GG-TAAAATTTTAAAAAAATGACCAGAAAAAGTTTTCCTCAATTTTTATCCA
64 GTACACGATTTTCGGCTAAAA---T-------TGACCCGAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCCA
* * * * * * *
2068 CAATA--C-T---AATA-A-AAATCAACGCAAAAAAGATTTAATGACTTTTCATGCTTCTAATAT
119 AAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
** *
2125 -AGTTTTTCCTATTGTTTTTTCTGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACG-TTTAGATGCTC
184 CA-TTTTTCCTA-T-TTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAA-GATTCAGATGCTC
** * * * *
2188 GTAAAAA-AGAATTTTTAAATCCAATTTGCCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTTAAG
245 GTAAAAACA-AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAG
2252 GAGTCTTGGCACC
309 GAGTCTTGGCACC
* *
2265 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGACGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAG
* *
2330 TTCACGA-TTTCGGCTAACATTGACCCGAAATTTTTTTCCACTCAATTTTTAGCCAAAATACTCA
65 TACACGATTTTCGGCTAAAATTGACCCGAAATTTTTTT-C-CTCAATTTTTAGCCAAAATACTCA
* * * * * * *
2394 TAAAAATAAATAATTAAATGCCACAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATTTCAATTTTCC
128 TAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
* * * * * *
2459 TATCTTTTTTCTAAATTAATTTTTTATTAAATCGAAACACGATTGAGATACTCGTAAAAACAAAT
193 TAT-TTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT
* * * *
2524 CCTTAAATCCAACGTGACGGAGATTTGGTTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC-CC
257 CCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACC
* ** * *
2588 AAAAAATCATCCAAAACTGAGTTGAGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
1 -AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
* * *
2653 GTTAGTAC-ATGATTTCGGCTAAAATT-AGCCCGAAATTTTTTTCCTCAATTTGTGGCCAAAATA
64 G-TA-CACGAT--TTTCGGCTAAAATTGA-CCCGAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATA
* * * * *
2716 CTCATATAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
124 CTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
* * *
2781 TCCCTATTTTTTT-T-AATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
189 TTCCTATTTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * * * *
2844 ATTCTTTAAACCCCATGTGGCTGTGACTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC
254 AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC
*
2909 GCC
319 ACC
*** * * * * *
2912 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCTGGATACTGGAACGTG-TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAT
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAG
* * ** *
2976 TACACGATTTT-GGTTAAAATTTTAAACAAATGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAC
65 TACACGATTTTCGGCTAAAA---T-------TGACCCGAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAA
* * * * *
3040 AATACTTATAAAAATTATATAAGTCAACGCAAAAAAGATTGAATGGCTTTTCATGCTTCTAATAT
120 AATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
* * *
3105 -AGTTTTTCCTATTATTTTT-TCAGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACATTTAGATGCTC
184 CA-TTTTTCCTATT-TTTTTCT-A-AATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
* * *
3168 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCAAGT
245 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGG
*
3233 AGTCTTGACACC
310 AGTCTTGGCACC
* * * * *
3245 AAAAATCATGCAAAACTAAATCAGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAAGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACT-GAGCCGGGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAG
* * ** * *
3310 TATACGA-TTTCGGCTTAAATTGACATGAAATTTTTTCCACTCAATTTTTAACCAAAATACTCAT
65 TACACGATTTTCGGCTAAAATTGACCCGAAATTTTTTTC-CTCAATTTTTAGCCAAAATACTCAT
* ** ***
3374 AAAAATAAATAATAAAATATCAAAAAGATT-AGAGGGCTTTTCACG
129 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA-AGGGCTTTTCACG
3419 AAGTACTATG
Statistics
Matches: 2531, Mismatches: 450, Indels: 230
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
315 13 0.01
316 4 0.00
317 116 0.05
318 39 0.02
319 51 0.02
320 293 0.12
321 126 0.05
322 268 0.11
323 146 0.06
324 450 0.18
325 318 0.13
326 118 0.05
327 3 0.00
328 66 0.03
329 92 0.04
330 55 0.02
331 14 0.01
332 14 0.01
333 136 0.05
334 62 0.02
335 142 0.06
336 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (321 bp):
AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGT
ACACGATTTTCGGCTAAAATTGACCCGAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAA
AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTAT
TTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACC
Found at i:2212 original size:647 final size:637
Alignment explanation
Indices: 1--3370 Score: 3236
Period size: 647 Copynumber: 5.2 Consensus size: 637
* * * ** * *
1 AAAAATCATCCAAAACTGAGCTGAGGCCCTCGAACGCGTTTTTAGCCAAACACGGTGATGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGTGCCG-GGCCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAG
* * * **
66 TACA-GATTTTCGGCTAAAATTA--ACCC-AAATTTTTTTTTCTCAAATTGCGGCCAAAATACCC
65 TACACGA-TTTCGGCTAAAATTATGACCCGAAA-ATTTTTTCCTCAATTTGTAGCCAAAATA--C
* * * * * *
127 ATATAA-ATAAATAATTCAACGCTAAAAAGCCTGAATGACATTTCATGCTTCTAATATTGTTTTT
126 -TA-AATATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATAGTTTTT
* *
191 CCTA-TTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGT-AAAAACAA
189 CCTATTTTTTTCT-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAACAA
* ** * * * *
254 TTCCTTAAATTCC-ATAAGGCTGAGATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTCAAGCAGTTTTGGT
253 TT-TTTAAA-TCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC
* * * * **
318 GCCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGACAGT
316 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* * * * *
383 CAGTACACGATTTCGGCTAAAATT-TCCCGAAATTTTTTCCCCTCAATTTTTAGCCAAATTACTT
380 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTGACCCAAAATTTTTT-CCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTC
* * * **
447 ATAAAAATATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAATTTTC
444 ATAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAA-GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC
* * * * * *
512 CTATTTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTGAATCGAAACAGGATTGAGATACTCGTAAAAATAAAT
508 CTTTTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAAT
* ** * * * * *
577 CATTAAATCCAATGTGATTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATATAAATGAGTCTTGAC-CC
573 CCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACC
* * * *
641 AAAAATCATCCAAAACTTAGTTG-AGGTCCC-AGACCGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
1 AAAAATCATGCAAAAC-T-G-TGCCGGGCCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
* * *
704 AATACACGATTTCGGCTAAAATTA-GTA--TG-AAATTTTTCTCCTCAATTTGTGGCCAAAATAC
63 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTATG-ACCCGAAAATTTTT-TCCTCAATTTGTAGCCAAAATAC
* * * * * *
765 TCATATAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGTCTTTTCACACTTCTAATTTCGTTTA
126 T-A-A-ATATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATAGTTTT
*
830 TCCTA-TTTTTT-TAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAACAG
188 TCCTATTTTTTTCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAACAA
* * *
892 TTTCTTAAA-CCACATGTGACTGAGACTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGC
253 TTT-TTAAATCCA-ATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC
* * * * * *
956 GCCATAAATCATGCAAAAATGTGCCGGGACCCTGGAACGAGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATGG
316 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG-CCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGG
* * * ** * *
1021 TTATTACACTG-TTTTGGTTAAAATTTTAAAAAAATGACTAGAAAAATTTTT-CCTCAATTTTTT
379 TTAGTACAC-GATTTCGGCTAAAA---T-------TGAC-CCAAAATTTTTTCCCTCAATTTTTA
* * * *
1084 GCCACAATACTCATAAAAATTATATAACTCAACGCAAAAAAGATTTAATGGCTTTTCATGCTTCT
432 GCCAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAA-GGCTTTTCACGCTTCT
* * * * *
1149 AATATAGTTTTTCCAATTGTTTTTTCTGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACATTTAGATG
495 AATATCGTTTTTCC--TTTTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATG
* * *
1214 CACGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCA
558 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
1279 AGGAGTCTTGGCACC
623 AGGAGTCTTGGCACC
* * *
1294 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCACCGA-AACACGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTA
1 AAAAATCATGCAAAACTGTGCC-GGGC-CCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
* * *
1358 GTACACGATTTTCGGCTAAAA-T-TGACCCGAAATTTTTTTCCCTCAATTTTTAGCCAAATTACT
64 GTACACGA-TTTCGGCTAAAATTATGACCCGAAAATTTTTT-CCTCAATTTGTAGCCAAAATA--
* * * * * * * *
1421 CATAAAAATATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTATAATATCA-ATTT
125 C-TAAATATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATAT-AGTTTT
* * * * *
1485 TCCTATTATTTTTCTAAATTAAATTATAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATACTCGT-AAAAAC
188 TCCTATT-TTTTTCT-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAC
* *
1549 AAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGA
251 -AATTTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGG
* * * * * *
1614 C-CCAAAAAATCATCCAAAACTGAGCTGAGGCCCCAGAACGCGTTTTTAAACAAAAAACTGTGAT
315 CGCC-AAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-GGCCCCGGAACGCGTTTTT-AGCCAAAAACCGTGAT
* * * *
1678 GGTTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTGGCCCAAAATTTTTTCCCT-AATTTGTGGCCAAAATAC
377 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTGACCCAAAATTTTTTCCCTCAATTTTTAGCCAAAATAC
* * * *
1742 TCATATAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTT
442 TCATAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAAGG-CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
* * * *
1807 TCCTTTTTTGTTTCTGAATCAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACA
506 TCCTTTTTT-TTTCTGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * * *
1872 ATTCCTCAAACCCCATGTGGCTGAGACTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGC
570 AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC
*
1937 ACT
635 ACC
*
1940 AAAAATCATGCAAAACTGTGCCGGGACCCTAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTTA
1 AAAAATCATGCAAAACTGTGCCGGG-CCCGAGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACTGTGATGGTTA
* * * ** * * *
2005 TTACACGATTTTGG-TAAAATTTTAAAAAAATGACCAGAAAAAGTTTTCCTCAATTTTTATCCAC
64 GTACACGATTTCGGCTAAAA--TT------ATGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTGTAGCCAA
* * * * *
2069 AATACT-AATA-A-A-AA-TCAACGCAAAAAAGATTTAATGACTTTTCATGCTTCTAATATAGTT
121 AATACTAAATATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATAGTT
* * *
2129 TTTCCTATTGTTTTTTCTGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACG-TTTAGATGCTCGTAAA
186 TTTCCTA-T-TTTTTTCT-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA-GATTCAGATGCTCGTAAA
* * * * *
2193 AAAGAATTTTTAAATCCAATTTGCCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTTAAGGAGTCT
247 AAACAATTTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
* * *
2258 TGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGA
312 TGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA
* * * *
2323 CGGTTAGTTCACGATTTCGGCTAACATTGACCCGAAATTTTTTTCCACTCAATTTTTAGCCAAAA
376 TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTGACCC-AAAATTTTTTCC-CTCAATTTTTAGCCAAAA
* * * * * * * **
2388 TACTCATAAAAATAAATAATTAAATGCCACAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATTTCAA
439 TACTCATAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAA-GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
* * * * * * *
2453 TTTTCCTATCTTTTTTCTAAATTAATTTTTTATTAAATCGAAACACGATTGAGATACTCGTAAAA
503 TTTTCCT-TTTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAA
* * * *
2518 ACAAATCCTTAAATCCAACGTGACGGAGATTTGGTTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
567 ACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
2583 GGC-CC
632 GGCACC
* * ** *
2588 AAAAAATCATCCAAAACTGAGTTGAGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
1 -AAAAATCATGCAAAACTGTGCCG-GGCCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-G---
* * *
2653 GTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTA-G-CCCGAAATTTTTTTCCTCAATTTGTGGCCAAAATA
60 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTATGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTGTAGCCAAAATA
* * * *
2716 CTCATATAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
125 CT-A-A-ATATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATAGTTT
* *
2781 TCCCTATTTTTTT-TAATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAACA
187 TTCCTATTTTTTTCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAACA
* * * * *
2844 ATTCTTTAAACCCCATGTGGCTGTGACTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC
252 ATT-TTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC
*** * *
2909 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCTGGATACTGGAACGTG-TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
316 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* * * * *
2973 TATTACACGATTTTGGTTAAAATTTTAAACAAATGACCAGAAAAATTTTT-CCTCAATTTTTAGC
380 TAGTACACGATTTCGGCTAAAA---T-------TGACC-CAAAATTTTTTCCCTCAATTTTTAGC
* * * *
3037 CACAATACTTATAAAAATTATATAAGTCAACGCAAAAAAGATTGAATGGCTTTTCATGCTTCTAA
434 CAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAA-GGCTTTTCACGCTTCTAA
* * * * *
3102 TATAGTTTTTCCTATTATTTTTTCAGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACATTTAGATGCT
497 TATCGTTTTTCCT-TT-TTTTTTCTGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCT
* *
3167 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCAAG
560 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAG
* *
3232 TAGTCTTGACACC
625 GAGTCTTGGCACC
* * *
3245 AAAAATCATGCAAAACTAAAT-CAGGGCCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAAGGTT
1 AAAAATCATGCAAAACT--GTGCCGGG-CCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
* * ** * *
3308 AGTATACGATTTCGGCTTAAA-T-TGACATG-AAATTTTTTCCACTCAATTTTTAACCAAAATAC
63 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTATGACCCGAAAATTTTTT-C-CTCAATTTGTAGCCAAAATAC
3370 T
126 T
3371 CATAAAAATA
Statistics
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Consensus pattern (637 bp):
AAAAATCATGCAAAACTGTGCCGGGCCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGT
ACACGATTTCGGCTAAAATTATGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTGTAGCCAAAATACTAAAT
ATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATAGTTTTTCCTATTT
TTTTCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAACAATTTTTAAA
TCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATC
ATGCAAAACTGAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
TTCGGCTAAAATTGACCCAAAATTTTTTCCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAAATATAT
AATTCAACGCAAAAAAGATTGAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTCTG
AATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACC
Found at i:2257 original size:971 final size:973
Alignment explanation
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119 AAATACCCAT
* * * ** * *
129 ATAAA-TAAATAATTCAACGCTAAAAAGCCTGAATGACATTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCC
1 ATAAATTATATAAATCAACGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCATGCTTCTAATATAGTTTTTCC
* * * * * * *
193 TA---TTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAACAAT
66 TATTGTTTTTTCTGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACATTTAGATGCTCGTAAAAACAAA
** ** * * **
255 TCCTTAAATTCC-ATAAGGCTGAGATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTCAAGCAGTTTTGGTG
131 TCCTTAAA-TCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCA
* * * ** * *
319 CCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGACAGTC
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* * * *
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*
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* * *
512 CTATTTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTGAATCGAAACAGGATTGAGATACTCGTAAAAATAAAT
390 CTATTTTTTTCTAAATTAAATTATAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATACTCGTAAAAACAAAT
* * * * *
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455 CATTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGACCCA
* * * *
641 AAAAATCATCCAAAACTTAGTTGAGGTCCCAGACCGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAA
520 AAAAATCATCCAAAACTGAGTTGAGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAG
***
706 TACACGATTTCGGCTAAAATTAGTATGAAA-TTTTTCTCCTCAATTTGTGGCCAAAATACTCATA
585 TACACGATTTCGGCTAAAATTAGCCCGAAATTTTTTC-CCTCAATTTGTGGCCAAAATACTCATA
* * *
770 TAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGTCTTTTCACACTTCTAATTTCGTTTATCC-T
649 TAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCTT
* * *
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714 TTTTTTTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAATTCCTTA
* * *
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779 AACCCCATGTGGCTGAGACTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAA
* *
964 TCATGCAAAAATGTGCCGGGACCCTGGAACGAGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATGGTTATTACA
844 TCATGCAAAACTGTGCCGGGACCCTGGAACGAGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTATTACA
*
1029 CTG-TTTTGGTTAAAATTTTAAAAAAATGACTAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTT-TGCCACAAT
909 C-GATTTTGGTTAAAATTTTAAAAAAATGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAT-CCACAAT
1092 ACTC
972 A--C
* * *
1096 ATAAAAATTATATAACTCAACGCAAAAAAGATTTAATGGCTTTTCATGCTTCTAATATAGTTTTT
1 AT--AAATTATATAAATCAACGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCATGCTTCTAATATAGTTTTT
* *
1161 CCAATTGTTTTTTCTGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACATTTAGATGCACGTAAAAACA
64 CCTATTGTTTTTTCTGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACATTTAGATGCTCGTAAAAACA
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129 AATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC
* * *
1291 ACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCACCGAAACACGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGT
194 ACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCACCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGACGGT
*
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259 TAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTGACCCGAAATTTTTTTCCACTCAATTTTTAGCCAAAATAC
* *
1420 TCATAAAAATATATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTATAATATCAATTT
323 TCATAAAAATAAATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAATTT
1485 TCCTATTATTTTTCTAAATTAAATTATAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATACTCGTAAAAACA
388 TCCTATT-TTTTTCTAAATTAAATTATAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATACTCGTAAAAACA
* *
1550 AATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGAC
452 AATCATTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGAC
* * *
1615 CCAAAAAATCATCCAAAACTGAGCTGAGGCCCCAGAACGCGTTTTTAAACAAAAAACTGTGATGG
517 CCAAAAAATCATCCAAAACTGAGTTGAGGCCCCAGAACGCGTTTTT-AGCCAAAAACTGTGATGG
* * *
1680 TTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTGGCCCAAAATTTTTTCCCT-AATTTGTGGCCAAAATACTC
581 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTAGCCCGAAATTTTTTCCCTCAATTTGTGGCCAAAATACTC
1744 ATATAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTC
646 ATATAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTC
* *
1809 CTTTTTTGTTTCTGAATCAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAT
711 CTTTTTT-TTT-T-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAT
* *
1874 TCCTCAAACCCCATGTGGCTGAGACTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGCAC
773 TCCTTAAACCCCATGTGGCTGAGACTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGCGC
* * * *
1939 TAAAAATCATGCAAAACTGTGCCGGGACCCTAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTT
838 CAAAAATCATGCAAAACTGTGCCGGGACCCTGGAACGAGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTT
*
2004 ATTACACGATTTTGG-TAAAATTTTAAAAAAATGACCAGAAAAAGTTTTCCTCAATTTTTATCCA
903 ATTACACGATTTTGGTTAAAATTTTAAAAAAATGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTATCCA
2068 CAATAC
968 CAATAC
*
2074 -T-AA-TA-A-AAATCAACGCAAAAAAGATTTAATGACTTTTCATGCTTCTAATATAGTTTTTCC
1 ATAAATTATATAAATCAACGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCATGCTTCTAATATAGTTTTTCC
*
2134 TATTGTTTTTTCTGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACGTTTAGATGCTCGTAAAAA-AGA
66 TATTGTTTTTTCTGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACATTTAGATGCTCGTAAAAACA-A
** * *
2198 ATTTTTAAATCCAATTTGCCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGCA
130 ATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCA
*
2263 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC-CTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGACGGT
195 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCAC-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGACGGT
* *
2327 TAGTTCACGATTTCGGCTAACATTGACCCGAAATTTTTTTCCACTCAATTTTTAGCCAAAATACT
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* * *
2392 CATAAAAATAAATAATTAAATGCCACAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATTTCAATTTT
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* * * *
2457 CCTATCTTTTTTCTAAATTAATTTTTTATTAAATCGAAACACGATTGAGATACTCGTAAAAACAA
389 CCTAT-TTTTTTCTAAATTAAATTATAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATACTCGTAAAAACAA
* * * * *
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453 ATCATTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGACC
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518 CAAAAAATCATCCAAAACTGAGTTGAGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-G--
* *
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*
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* * *
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* * * *
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* * ** *
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839 AAAAATCATGCAAAACTGTGCCGGGACCCTGGAACGAGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTA
* *
2975 TTACACGATTTTGGTTAAAATTTTAAACAAATGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAC
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3040 AATAC
969 AATAC
* *
3045 TTATAAAAATTATATAAGTCAACGCAAAAAAGATTGAATGGCTTTTCATGCTTCTAATATAGTTT
1 --AT--AAATTATATAAATCAACGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCATGCTTCTAATATAGTTT
* *
3110 TTCCTATTATTTTTTCAGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACATTTAGATGCTCGTAAAAA
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*
3175 CAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTG
127 CAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTG
* * ** * * *
3240 ACACCAAAAATCATGCAAAACTAAATCAGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAAG
192 GCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCACCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGACG
* * ** *
3305 GTTAGTATACGATTTCGGCTTAAATTGACATGAAA-TTTTTTCCACTCAATTTTTAACCAAAATA
257 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTGACCCGAAATTTTTTTCCACTCAATTTTTAGCCAAAATA
* **
3369 CTCATAAAAATAAATAATAAAATATCAAAAAGATT-AGAGGGCTTTTCACG
322 CTCATAAAAATAAATAATTAAATGCCAAAAAGATTGA-AGGGCTTTTCACG
3419 AAGTACTATG
Statistics
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Consensus pattern (973 bp):
ATAAATTATATAAATCAACGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCATGCTTCTAATATAGTTTTTCC
TATTGTTTTTTCTGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAACATTTAGATGCTCGTAAAAACAAA
TCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCAC
CAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCACCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGACGGTTA
GTACACGATTTCGGCTAAAATTGACCCGAAATTTTTTTCCACTCAATTTTTAGCCAAAATACTCA
TAAAAATAAATAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAATTTTCC
TATTTTTTTCTAAATTAAATTATAATTAAATCGAAACAGGATTGAGATACTCGTAAAAACAAATC
ATTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGACCCAA
AAAATCATCCAAAACTGAGTTGAGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGT
ACACGATTTCGGCTAAAATTAGCCCGAAATTTTTTCCCTCAATTTGTGGCCAAAATACTCATATA
AATATATAATTCAACGCTAAAAAGACTGAAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCTTTT
TTTTTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAATTCCTTAAA
CCCCATGTGGCTGAGACTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATC
ATGCAAAACTGTGCCGGGACCCTGGAACGAGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTATTACACG
ATTTTGGTTAAAATTTTAAAAAAATGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTATCCACAATAC
Found at i:5744 original size:63 final size:63
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5623 CATCATTAAT
5633 GCAGTTTCTATTTTGTAGTAGTGGGGGAAATGATGCTCTGTTAGCATTATGTAGAATTCTGTAA
1 GCAGTTTCTATTTTGTAGTAGTGGGGGAAATGATGCTCTGTTAGCATTATGTAGAATT-TGTAA
*
5697 GCAGTTTCTATTTTGTAGTAGT-GGGGAAATGATGCTCTGTTAGCATTATGTAGAATTTTTAA
1 GCAGTTTCTATTTTGTAGTAGTGGGGGAAATGATGCTCTGTTAGCATTATGTAGAATTTGTAA
5759 GCAG
1 GCAG
5763 CTTGGTATAT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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GCAGTTTCTATTTTGTAGTAGTGGGGGAAATGATGCTCTGTTAGCATTATGTAGAATTTGTAA
Found at i:8986 original size:14 final size:14
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Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14
8959 CAATTACCTT
8969 AACTTAATTAAACA
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8983 AACTTAATTAAACA
1 AACTTAATTAAACA
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Matches are distributed among these distances:
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AACTTAATTAAACA
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Indices: 15567--15672 Score: 158
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** * * *
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*
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15673 CCGGAGGAGA
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Found at i:15713 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 15609--15734 Score: 162
Period size: 65 Copynumber: 1.9 Consensus size: 65
15599 CTTGGTGCGG
* * * *
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* ** * * *
15674 CGGAGGAGAGGAGGTATGGGAGTGGCTGAGGGTACGGAAACTACAGCTTGTTGCGGCGGAG
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15735 CACGAGCAAG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 10, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (65 bp):
CGGAGGAGAGGAGATATGGGAGTGGCTGACAGTAAGGAAACCACAGCTTGGTGCGGCGGAGGCGC
Done.