Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015373.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15406, whole genome shotgun sequence
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* * * * *
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* * * *
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65 TGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* * * *
652 AGCCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGACTAA
130 AGCGGA-ACCCCGGAACGCGTTTTTAGC-AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAA
* * ** * *
717 AACTTTGCAAAAATTAACTCGAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTAAGGAAAAATA
193 AACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATA
* *** *
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847 GAATTT
323 GAATTT
* * * * *
853 ATTTATAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAGGAGATCCTTAAATGCAATGTTGC
1 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTAAAA-CAGATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * * * * *
918 TGAGATTTGGCTCGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACTCCCAAAATCAGGCAAAATTG
65 TGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* ** * * *
983 AGTCAGAATTCCGGAACGCG-TTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACAAATTCGACTAAA
130 AG-CGGAACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAA
*
1047 ACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCCTTGCCACAATACTCAGAAAAAATAT
194 ACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATAT
* * *
1112 ATATTTCAACTCCAAAAAAATTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTAATTTTTTC
259 ATAATTCAAC-CCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAA-TTTTTC
*
1176 CGTATTT
322 CGAATTT
* * * *
1183 TTTTCA-AATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTTGTAGAAACATATCCTT-AATAACAATGTG
1 ATTT-ATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTA-AAACAGATCCTTAAAT-CCAATGTG
* * * *
1246 GCTGAAATTTTGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATTCAAAAC
63 GCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * * * * *
1311 TGAGACGGGA-CCCTGAGACGTGTTTTTAGCAAAATACCGTGATGGTTATTACACGATTTTGGCT
128 TGAG-CGGAACCCCGGA-ACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACT
* * ** * *
1375 AAAA-TTATGGAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAACACTCTG-AA
191 AAAACTT-TGCAAAAATTGACCCGAAA--AGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAA
* * * * * * * * *
1438 AAATCTATAATTGAACCCCCAAAAATTTGAACGGCTTTTAACGTTTCAAATATTGTTTTT-C---
253 AAATATATAATTCAA-CCCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAAT
1499 ---T---AATTT
317 TTTTCCGAATTT
* * * * * * *
1505 -TTT-T--TT-CA--G-AAGAACATTCAGGTGGTCGTAAAAAGAGATCCTTAAATCCAATGTTGC
1 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGT-AAAACAGATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * * * *
1562 TGAGATTT-GTCTTGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTTA-GTCCAAAAATCAGGCAAAAT
65 TGAGATTTGGT-TCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACG-CCAAAAATCATGCAAAAC
* ** * * * *
1625 TGGGTCGGAATTCCGGAACGCAG-TTTTAGCAAAAAACTGTGAAGGTTGGTAAACGATTTCGACT
128 TGAG-CGGAACCCCGGAACGC-GTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACT
* *
1689 AAAACTTTGTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTAAGAAAAAA
191 AAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAA
* * * *
1754 TATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGG-TTTTCACGGTTCTAATATCATTTTTCTAATTTT
256 TATATAATTCAAC-CCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAA-TTT
*
1818 TTCCGTATTT
319 TTCCGAATTT
* * *
1828 -TTTCCA-AATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTTGTAGAAACATATCCTT-AATAACAATGT
1 ATTT--ATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTA-AAACAGATCCTTAAAT-CCAATGT
* * * * *
1890 GGCTGAGATTTTGTTCGATGAATATACATAATTCAAGGAGTCTTCACGCCAAAAATCATTCAAAA
62 GGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAA
* * ** * * *
1955 CTGAGCCGGGACCCCGCAACGTTTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTTGGCT
127 CTGAG-CGGAACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACT
* * * * * * *
2020 AAAATTTTGCAAAAATTAACTCGAAAAATCTTTCCTCAATTC-TTACCACAATACCCAGAAAAAA
191 AAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAA
* * *
2084 TATAAAATTCAACGCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTT
256 TATATAATTCAACCCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTT
*
2149 CTGAATTT
321 CCGAATTT
* * * * * * *
2157 ATTTATCATTGAACCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAGGAGATCCTTAAATCTAATGTTGC
1 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTAAAA-CAGATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * * *
2222 TGAGATTTGGCTT-GATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTA-GTCCAAAAATTAGGCAAAAT
65 TGAGATTTGG-TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACG-CCAAAAATCATGCAAAAC
* ** * *
2285 TGGGTCGGAATTCCGGAACGCAG-TTTTATG-AAAAAACCGTGATGGTTTGTAAACGATTTCGAC
128 TGAG-CGGAACCCCGGAACGC-GTTTTTA-GCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGAC
* *
2348 TAAAACTTTGTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTAAGAAAAA
190 TAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAA
* * * * * *
2413 ATATATAATTCAACGCAAAAAAATTGAAGGGGTTTCCACGCTTCCAATATCGTTTTTCTAATTTT
255 ATATATAATTCAACCCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTT
*
2478 ATCCGTATTT
320 -TCCGAATTT
* * * * * *
2488 -TTTTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCGGTTGCTTGTAGGAACATATCCTT-AATAACAATGT
1 ATTTAT--AATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTA-AAACAGATCCTTAAAT-CCAATGT
* * *
2551 GGCTGAGATTTTGTTCGATGAATATATATATTTGAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAA
62 GGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * * * *
2616 CTAAGCCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTTGAC
127 CTGAGCGGA-ACCCCGGAACGCGTTTTTAGC-AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGAC
* * *
2681 TAAAACTTTGCAAAAATTAACTCG-AAAGTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATATCCCAGAAA
190 TAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAG-TTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATA-CTCAGAAA
* *
2745 AAATATAAAATTCAACCCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCGCGCTTCTAATAT-GTTTTTCCAATT
253 AAATATATAATTCAACCCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATT
2809 TTTCCGAATTT
318 TTTCCGAATTT
* * * * * * *
2820 ATTTATTATTGAACCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAGGAGATCCTTAAATCTAATGTTGC
1 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTAAAA-CAGATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * *
2885 TGAGATTTGGCTT-GATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTA-GTCCAAAAATCAGGCAAAAT
65 TGAGATTTGG-TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACG-CCAAAAATCATGCAAAAC
* ** * * * *
2948 TGGGACGGAATTCCGGAACGCAG-TTTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTAAACAATTTCGATT
128 TGAG-CGGAACCCCGGAACGC-GTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACT
3012 AAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAA
191 AAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAA
* * * * * *
3077 TATATAATTCAACGCCAAAAGAAATAAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCTAAATTT
256 TATATAATTCAACCCCAAAA-AATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CAATTT
* *
3142 TTCTGTATTT
319 TTCCGAATTT
* * ** *
3152 ATTTCA-AATTAAATAGAAACAAGATTCGGTTGCTCGTACATTCAAATCCTTAAATCCAATGTGG
1 ATTT-ATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTA-AAACAGATCCTTAAATCCAATGTGG
* *
3216 CTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACT
64 CTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * * * * * * * *
3281 GAGCCGGCACCCTGGAACGTGTTTTTAGCCAAGAATCGTGATGGTTACTATACGATTTTGGCTAA
129 GAG-CGGAACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAA
* * * ** *
3346 AATTTTGCAAAAACTT-ACCCGAAAATTTTTTTCTTTCAATTCTTTGCCA-AAGTACTCTTAAAG
193 AACTTTGCAAAAA-TTGACCCGAAAA-GTTTTTC-CTCAATTCTTTGCCACAA-TACTCAGAAAA
* * * * * * *
3409 AATTTATAA-TCGAACCCCAAAAATTTAAAAAGGTTTTTCACACTTCAAATATC-TTTTTTCAAT
254 AATATATAATTC-AACCCCAAAAAATT-GAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAA-
** **
3472 TTTTTTCTAAATCA
316 -TTTTTCCGAATTT
* * * * *
3486 ATTTTTAATTAAATCCAAACAAGATTCAGTTGCTCTTAAAACA-ATTCCTTAAATCCAACGTGGA
1 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTAAAACAGA-TCCTTAAATCCAATGTGGC
* * * *
3550 AGAGATTTTGATT-GATGAATATATATATATATATCAAGGAGTCTTTACGGCAAAAATCATGCAA
65 TGAGA-TTTGGTTCGATG-A-ATATAGATAT-T-TCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAA
* * *
3614 AACTAAGCCGAGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGA
125 AACTGAGCGGA-ACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGA
3679 CTAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAA
189 CTAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAA
* * * *
3744 AATATATAATTCAACGCCAAAAGAAATGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCG-TTTTCTAAAT
254 AATATATAATTCAACCCCAAAA-AATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CAAT
*
3808 TTTT-CTATATTT
317 TTTTCCGA-ATTT
* * *
3820 ATTTCA-AATTAAATCGAAACAAGATTCGGTTGCTCGTACAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGG
1 ATTT-ATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTA-AAACAGATCCTTAAATCCAATGTGG
* * *
3884 CTGAGATTTTGTTCAATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACT
64 CTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * * * * * * * * *
3949 AAGCCGGCACCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAGAACCGTGATTGTTACTATACCATTTTGGCTAA
129 GAG-CGGAACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAA
* * * * * **
4014 AATTTTGCAAAAACTGACTC-AAAA-TGTTTTCCTCAATTCTATGCCACAAAACTCTTAAAAAAT
193 AACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAT
* * * * * * *
4077 TTATAATTGAACCCCAAAAAGTTTAAAAGGTTTTTCACTCTTCAAATATCGTTTTT-CAATTTTT
257 ATATAATTCAACCCCAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAA--TTT
* *
4141 TTGCTGAATTA
319 TT-CCGAATTT
* * * * * *
4152 ATTTCTAATTAAATGGAAATAAGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGG
1 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGA-TTCAGTTGCTCGT-AAAACAGATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * * * *
4217 CTGGGCTGTGGTTCGATGATTATATATATTTCTAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCTAAAAC
64 CTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGC-AAAAC
* * * * *
4282 TAAGCCGAGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGAT-GTAACGTACACGATTTCGACT
128 TGAGCGGA-ACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGACT
* * * * * *
4346 CAAACTTTGCAAAAATTGACTCAAAAAGTGTTTACTCAATTC-ATGCCACAATACTCAGAAAAAA
191 AAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAA
* * * *
4410 TATATAATTCAACGCCAAAAGAGTTGAAGGGTTTTTCATGCTTCTAATATCGTTTATCCAATTTG
256 TATATAATTCAACCCCAAAA-AATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTT-
*
4475 TTCCGTATTT
319 TTCCGAATTT
* * *
4485 ATTTCA-AATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTACAAATAAATCCTTAAATTCAATGTGG
1 ATTT-ATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTA-AAACAGATCCTTAAATCCAATGTGG
* ** * *
4549 CAGAGATTTTGTATAATGAATATATATATATATATATATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAA
64 CTGAGA-TTTG------G--T-TCGAT-GA-ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAA
* * * * * *
4614 TAATGCAAAACTAAGC-CAAGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATAGTTATTAC
117 TCATGCAAAACTGAGCGGAA--CCCCGGAACGCGTTTTTAGC-AAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
* * * * *
4678 GCGATTTCGACTAGAACTTTGCAAAAATT-TCCTAGAAAAATTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAA
179 ACGATTTCGACTAAAACTTTGCAAAAATTGACC-CGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAA
* * * *
4742 TACTCATAAAAAATATATAATTTAACCCC-AAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGT
243 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAACCCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGT
*
4806 CTTTCCAA-TTTTCCGAATTT
308 TTTTCCAATTTTTCCGAATTT
* * * * * *
4826 ATTTCTAATTAATTCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAGATCATTAAATCCAATGTTGC
1 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGT-AAAACAGATCCTTAAATCCAATGTGGC
** * * * * *
4891 TGAGATTTGACTCGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAATAATCAGGCAAAATTG
65 TGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* * * * * * *
4956 TGCCGAAGTCCCGGAACGCGTTTTTAGTAAAAAACTGTGATGGTTTGTACACGATTTCGATTAAA
130 AGCGGAA-CCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAA
5021 TATCGAAATA
Statistics
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0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
312 49 0.01
313 32 0.01
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317 1 0.00
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320 1 0.00
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Consensus pattern (328 bp):
ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTAAAACAGATCCTTAAATCCAATGTGGCT
GAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
GCGGAACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAC
TTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATAT
AATTCAACCCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTCCGAA
TTT
Found at i:5921 original size:102 final size:102
Alignment explanation
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5735 TCTAAATCAT
5745 TTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCTTAAAAACAATTCCTTAAATCCAACGTGGCA
1 TTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCTTAAAAACAATTCCTTAAATCCAACGTGGCA
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66 GAGATTTTGATCGATTTAACCGAGGCCCCGGAACGCG
5847 TTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCTTAAAAACAATTCCTTAAATCCAACGTGGCA
1 TTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCTTAAAAACAATTCCTTAAATCCAACGTGGCA
*
5912 GAGATTTTGATCGATTTAGCCGAGGCCCCGGAACGCG
66 GAGATTTTGATCGATTTAACCGAGGCCCCGGAACGCG
5949 TTTTTA
1 TTTTTA
5955 GCAAAAAACT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
102 107 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.18, T:0.29
Consensus pattern (102 bp):
TTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCTTAAAAACAATTCCTTAAATCCAACGTGGCA
GAGATTTTGATCGATTTAACCGAGGCCCCGGAACGCG
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Indices: 5937--7258 Score: 1634
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5927 TTAGCCGAGG
* * *
5937 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACAAGATTTCGACTAAAACTTTGCA
1 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTACTACACGATTTCGACTAAAACTTTGCA
*
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66 AAATC-TGACCC-AAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * * * *
6065 AACGCCAAAAGAAATGAATGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCTAAATTTTTCTATATTT
129 AACCCCAAAA-AATTAAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-AATTTTTTCTGTATTA
* *
6130 ATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCGGTTGCTCGTACAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
192 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTACAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* *
6195 TGACATTTTGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTG
257 TGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTG
6260 AGCTGGTA
322 AGCTGG-A
* * * * * * *
6268 CCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAGAACCGTAATGGTTACTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCA
1 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTACTACACGATTTCGACTAAAACTTTGCA
* * * * *
6333 AAATCTGACCCGAAAATCTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAGAATATGTAATTGA
66 AAATCTGACCC-AAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
* * *
6398 ACCCCAAAAAACTTAAAAGGTTTATCACGCTTCTAATATCGTATTTTCAATTTTTTCCGTATCAA
130 ACCCCAAAAAA-TTAAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGT-TTTTCAATTTTTTCTGTATTAA
* *
6463 TTTC-ATATTATATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTACAAATAAATCCTTAAATCCAAAGTGGC
193 TTTCTA-ATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTACAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
*
6527 TGAGATTTTGTTCGATGAATATGGATAATTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTG
257 TGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTG
*
6592 AGCCGGCA
322 AGCTGG-A
* * * * * * * * * *
6600 CCCCGGAATGTGTCTTTAGCCAAGAACCGTGATGGTAACTATACCATTTTGGA-TAAAATTTTGC
1 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTACTACACGA-TTTCGACTAAAACTTTGC
* * * ** * *
6664 AAAAACT-AGCCCAAAATTTTTTCCTCAATTCTATGCCACAAAACTCTTAAAAAATTTATAATTG
65 AAAATCTGA-CCCAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * *
6728 AACCCCAAAAAGTTTAAAAGTTTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCAATTTTTTTTGCTGAAT
129 AACCCCAAAAA-ATTAAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAA--TTTTTT-CTGTAT
* * * * * *
6793 TAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAACTCCAATGTG
190 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTACAAATAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * * * *
6858 GATG-GGTTTTGGTTCGATGAATATATATATTTCTAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAA
255 GCTGAGATTTT-GTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGC-AAA
*
6922 ACTAAGCTGAGA
318 ACTGAGCTG-GA
* * * * *
6934 CCCCAGAATGCCTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAACTTTGCA
1 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTACTACACGATTTCGACTAAAACTTTGC-
* * * *
6999 AAAAT-TGACTCATAATTTTTTACTCAATTCATTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
65 AAAATCTGACCCAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
* * * * *
7063 ACACCAAAAAAGTTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTATCCAATTTTTTCTGTATTTA
130 ACCCCAAAAAA-TTAAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT-TTCAATTTTTTCTGTATTAA
*
7128 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCGGTTGCTCGTACAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
193 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTACAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
*
7193 GGGATTTTGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTACGCC-AAAATCATGCAAAACTGA
258 GAGATTTTGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
7257 GC
323 GC
7259 CGGCACCC
Statistics
Matches: 850, Mismatches: 120, Indels: 43
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
330 16 0.02
331 195 0.23
332 357 0.42
333 131 0.15
334 141 0.17
335 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (328 bp):
CCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTACTACACGATTTCGACTAAAACTTTGCA
AAATCTGACCCAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAA
CCCCAAAAAATTAAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTCTGTATTAATTT
CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTACAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
ATTTTGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT
GGA
Done.