Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015377.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15410, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6543
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.16, T:0.32
Found at i:813 original size:333 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1--5280 Score: 6189
Period size: 333 Copynumber: 15.8 Consensus size: 333
* * *
1 TCAAATTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATATTTCCACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
* * * *
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCAATTTTTTTTTGAATTAATTTCTAATGAAATTGAAAACAGT
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
* * * ** * * *
131 TTCGGACGCACGTAAAAAC-AATCCTTAAATCCAATGTGATTGGGATTTGGTTACATGAATACAT
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
* * * * * **
195 ATA-TTCTTACGAGTCTCGACACCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGACCCCGGTACGCGTTT
196 ATATTTC-AAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTT
* * **
259 TTAGCC-AAAACCGTGATGGTTACTACACGATTTCGGCTAATATTTTGCAAATCTTGACCCGAAA
260 TTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
***
323 GGCCTTTTCC
325 -TATTTTTCC
* * * * * * * * *
333 TCAATTTTTTGCTGTAATACTTATAAAAAATATGTAATTCAATGGC-AAGAGATATAAGGCTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
* *
397 TCACTCTTCCAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTATAATGAAAATGAAAACGGT
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
* *
462 TTCTGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
* *
527 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCACGGAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAAC-CTGTTT
196 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGC-GTTT
* * * * **
591 TTAGCAAAAAACCGTAATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCTAAAA
260 TTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
656 TATTTTTCC
325 TATTTTTCC
* * *
665 TCAATTTTTGGCTGAAATACTCATAAAAAATATGTAATTCATCGCCAAAAAGATATAAGGGCTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGG-TTT
*
730 TT-ACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTGCTAATGAACAA-GAAAACG
65 TTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAA-AATGAAAACG
* * * *
793 GTTTCTGAAT-CTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTCGGGTACATGAATA
129 GTTTCTG-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATA
* * ** * *
857 AAGATATTTCCAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGATGGGCCCCCGAAAAGCGT
193 TAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGT
* *
922 TTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACAAGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA-TGAACCCG
258 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTG-ACCCG
* **
986 AAGGGT-TTTTTAAT
322 AA--ATATTTTT-CC
* * **
1000 TCAATTTTTGGCTGCAATACTTGTAAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAGATATAAGGGTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCAT-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTT
* * * *
1064 TTCACTTTTCTAATATCAATTTTCCT-TTTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT-AAAATGAAGACGG
65 TTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGG
* * ** * *
1127 TTTCTGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGATGAGTTTACATGAGTATA
130 TTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATA
* * * * * * *
1192 GATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCACGGAAAATTGAGTCGGGGCCCCGGAACCCGTTT
195 GATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTT
* * * * * *
1257 TTAG-CAAAAATCGTAATTGTTAATACATGATATCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
260 TTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
1321 TATATTTT-C
325 TAT-TTTTCC
* * *
1330 GCAATTTTTGGCCGAAATACTCAT-AAAAATATAAAATTCAACACCAAAAAGATATAAGGGCTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGG-TTT
* * * * *
1394 TTCACTTTTCTAACATCTATTTTTCTATTTTTTTCTGAATTAATTGCTAATGAAAATGAAAATGG
65 TTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGG
* * * * * * * *
1459 TTTCCGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGACAGAGATTCGGTTATAGGAATAAA
130 TTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATA
* * * * * **
1524 GATATTTTCAAGGATTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGACTGGGCCCCGGAATACGTT
195 GATA-TTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTT
* * **
1589 TCTAGCC-AAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAATCTTGACCCGAA
259 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
1653 AGGGT-TTTTTCC
324 A---TATTTTTCC
* * * * * *
1665 TCAATTGTTT-GCTGTAATACTTATAAAAAATATATAATTCAATGTC-AAAAGATATAAGGATTC
1 TCAATT-TTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGG-GT-
* *
1728 TTTTCACTCTTCTAACATCGATTTT-CTAACTTTTTTCTGCATTAATTTCTAATGAAAATGAAAA
63 TTTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCT-ATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAA
* **
1792 CGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGGCTGAGATTAAGTTACATGAAT
127 CGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAAT
* * * * * * *
1857 ATAGATATTTTAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGGAACGCA
192 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCG
* * *
1922 TTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGAACC
257 TTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTG-ACC
1987 CGAAATATTTGTT-C
320 CGAAATATTT-TTCC
* * *
2001 TCAATTTTTGACCGAAATACTCATAAAAAATATAAAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGAGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
* * *
2066 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCAATTTTTTT-TGAATTAATTTCTAATGAAATTGAAAACAGT
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
* * * * * *
2130 TTCGGTTGCTCGTAAAAAC-AATCCTTAAATCCAATGTGACTGGGATTTAGTTACATGAATATAT
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
* * * * * **
2194 ATATACTCTTAGGAGTCTCGGCACAAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGGTACGCGTT
196 ATAT-TTC-AAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTT
* * * * *
2259 TTTAG-CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAATATTTTGTAAAAAATGACCCGAA
259 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
2323 ATATTTTTCC
324 ATATTTTTCC
* * *
2333 TCAATTTTTGTCCGAAATACTCATGAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGG--TT
* * *
2398 TTTCACTCGTCTAACATCGATTTTCGTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAATTGAAAACG
64 TTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACG
* * * * ** *
2463 GCTTCGGATACTAGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTCACTGAGATTTGGTTACATTAATAT
129 GTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATAT
* * * * *
2528 AGATATTTCAATTTTCAAGGAGTCTCGGCATCAAAAATCAAGCAAAACTTAGTCGGGGCCCCGTA
194 AG--A--T--A-TTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAA
* * * * *
2593 ACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTTATGGTTAAGTACACAATTTCCGCTAAAATTTTGCAAAAATT
252 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAA-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
*
2658 GAACCCAAAATATTTTTCC
316 G-ACCCGAAATATTTTTCC
* * *
2677 TCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAACAAATATATAAATCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
*
2742 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAGACGGT
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
* * *
2806 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATACAATGTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAG
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
* * * * * *
2871 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGGAAAACTGAGCGGGGGCTCCGGAACCCGTTTC
196 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
* * * * *
2936 TAGCCAAAAATCGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAGTTTGCAAAAATTGACCTGAAAT
261 TAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAT
3001 ATTTTTCC
326 ATTTTTCC
* *
3009 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATACATCGCCAAAAAGATATAAGGGCTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGG-TTT
*
3074 TT-ACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTGCTAATGAAAATGAAAACGG
65 TTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGG
* * * * *
3138 TTTCCGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCCGTGATTGGGTTACATGAATAAA
130 TTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATA
*
3203 GATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTT
195 GATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTT
* *
3268 TTAGCCAAAAACCGTGAT-G-TAATAACACGATTTCGGCTGAAATTTTGCAAAAATTGACCGGAA
260 TTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAAT-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
3331 ATATTTTTCC
324 ATATTTTTCC
* ** * *
3341 TCAAATTTTGGTAGAAATAATCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
* * * *
3406 TCACTCTTCGAACATCGATTTTCCTA-TTTTATCGGAATTAATTTTTAATGAAAATGAAAACGGT
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
* * *
3470 TTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGTTTACATGAGTATAG
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
* ** * * *
3535 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCACGGGAAACTGAGCCTGGGCCCCGGAACCCGTTTT
196 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
* * * *
3600 TAGCCAAGAACCGT-AAGTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
261 TAGCCAAAAACCGTGATG-GTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
3664 TATTTTTCC
325 TATTTTTCC
*
3673 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATATAAGGGCTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGG-TTT
* * * *
3738 TTCACCCTTCTAACATCTATTTTCCT-TTATTTTTCTTGAATTAATTGCTAATGAACATGAAAAC
65 TTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATT-TTTTTC-TGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAAC
* * * * * * *
3802 AGTTTCTGATGCTCATAAAAATAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAGATTCGGTTACAGGAATA
128 GGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATA
* * * * * *
3867 AAGATGTTTCCAA-GAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGGGCCCCGGAATGCG
193 TAGATATTT-CAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCG
* * * *
3931 TTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTATTAACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCC
257 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAAT-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
3996 GAAATATTTTTCC
321 GAAATATTTTTCC
* * * * * *
4009 TCAAATTTTAGTCAAAATACTCATAAAAAA-ATATATTTCCACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
4073 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
* * *
4138 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTCGGTTACATGTATAAAG
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
* * * *
4203 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCTAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCATTTT
196 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
* * * * * *
4268 TATCCAAAAACTGTGATGGTTATTACATGATTTCGCCTAAAATTTTGCTAAAATTGACCCGAAAT
261 TAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAT
4333 ATTATTT-C
326 ATT-TTTCC
* * *
4341 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATATTTCCACGCCAAAAAGATATAATGGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAA-GGGTTT
* * *
4406 TTCACTCTTCTAACATCGATTTTCC-ATTTTTTTTTGAATTAATTTCTAATGAAATTGAAAACAG
65 TTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGG
* * *
4470 TTT-TGGATGGTCGTAAAAAC-AATCCTTAAATCCAATGTGACT-AGGATTTGGCTACATGAATA
130 TTTCT-GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA-GATTTGGTTACATG----
* * **
4532 TATATATATATATATATATATTCTTAGGAGTCTCAACACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
189 -------A-ATATAGATAT-TTC-AAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
* * * * *
4597 GACCCGATACGCGTTTTTAGTC-AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAATATTTTGC
244 GCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* *
4661 AAAAAATGACCCGAAATAGTTTTCC
309 AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCC
4686 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGG-TTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
* * *
4750 TCACTCTTCTAACATAGA------T-TTTTTTTCTGAATTAATTTCTATTG-AAATTAAGAATCG
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAA-AA-CG
* * * * * * * *
4807 GTTTCTGATGCTTGTAAGAACAAATTCTTGAATCTAATGTGGCTAAGATTTGATTATATGAATAT
129 GTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATAT
* * * * * *
4872 AGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATTACGCAAAACTGAGCCGAGG-CCCTAGGACGCGT
194 AGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGA-AACGCGT
** * * * **
4936 TTCCAGCCATAAACC--G-T-G----T------TTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAGTTGACCATA
258 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
4987 AATATTTTTCC
323 AATATTTTTCC
** * * ** * * *
4998 TTTATTTTTGGCC-ACAACACTCATTAAAAATATATAATTGGACACCAAGAAGAT-TGAAGGGCT
1 TCAATTTTTGGCCGA-AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATAT-AAGGGTT
* * * *
5061 TTTCACGCTTCTAACATCGATTTTCCTA-TATTTTCTTGAATTAATTTCTAAT-TAAATCAAAAA
64 TTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTC-TGAATTAATTTCTAATGAAAAT-GAAAA
* * * * * * *
5124 CGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATGTGACTGAGATTCGATTAGATGATT
127 CGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAAT
* * * * * * **
5189 ATAGATATTTCAACGAGTCTTGACGCCTAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGATCCC-AGAACGC
192 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGA-AACGC
* ** *
5253 GGTTTTAGTTACAAAACCGTGTTGGTTA
256 GTTTTTAGCCA-AAAACCGTGATGGTTA
5281 GTAGTACGAT
Statistics
Matches: 4243, Mismatches: 579, Indels: 257
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
311 2 0.00
312 85 0.02
313 19 0.00
318 1 0.00
319 116 0.03
320 29 0.01
321 2 0.00
322 2 0.00
323 2 0.00
324 6 0.00
325 46 0.01
326 8 0.00
327 9 0.00
328 20 0.00
329 14 0.00
330 47 0.01
331 288 0.07
332 796 0.19
333 1075 0.25
334 267 0.06
335 458 0.11
336 322 0.08
337 84 0.02
338 26 0.01
339 31 0.01
340 2 0.00
341 141 0.03
342 46 0.01
343 49 0.01
344 84 0.02
345 114 0.03
346 52 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (333 bp):
TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
TAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAT
ATTTTTCC
Found at i:1545 original size:666 final size:663
Alignment explanation
Indices: 1--5280 Score: 6090
Period size: 668 Copynumber: 7.9 Consensus size: 663
* * *
1 TCAAATTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATATTTCCACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
* * * *
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCAATTTTTTTTTGAATTAATTTCTAATGAAATTGAAAACAGT
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
* * * ** * * *
131 TTCGGACGCACGTAAAAAC-AATCCTTAAATCCAATGTGATTGGGATTTGGTTACATGAATACAT
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
* * * * *
195 ATA-TTCTTACGAGTCTCGACACCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGACCCCGGTACGCGTTT
196 ATATTTC-AAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTTT
* * **
259 TTAGCCAAAACCGTGATGGTTACTACACGATTTCGGCTAATATTTTGCAAATCTTGACCCGAAAG
260 TTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA-AATGACCCGAAA-
** * * * * * * *
324 GCCTTTTCCTCAATTTTTTGCTGTAATACTTATAAAAAATATGTAATTCAATGGC-AAGAGATAT
323 -TTTTTTCCTCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATAT
* * *
388 AAGGCTTTTTCACTCTTCCAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTATAATGAAAAT
387 AAGGGTTTTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAAT
* * **
453 GAAAACGGTTTCTGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTACA
452 GAAAACGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATGAGGTTACA
* * *
518 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCACGGAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAA
517 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGA
* * * *
583 AC-CTGTTTTTAGCAAAAAACCGTAATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGTAAAAATT
582 ACGC-GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
**
647 GACCTAAAATATTTTTCC
646 GACCCGAAATATTTTTCC
* * *
665 TCAATTTTTGGCTGAAATACTCATAAAAAATATGTAATTCATCGCCAAAAAGATATAAGGGCTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGG-TTT
*
730 TT-ACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTGCTAATGAACAA-GAAAACG
65 TTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAA-AATGAAAACG
* * * *
793 GTTTCTGAAT-CTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTCGGGTACATGAATA
129 GTTTCTG-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATA
* * ** * * *
857 AAGATATTTCCAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGATGGGCCCCCGAAAAGCGT
193 TAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGT
* *
922 TTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACAAGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATGAACCCGA
258 TTTTAGCCA-AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATG-ACCCGA
* ** * * ** *
987 AGGGTTTTTTAATTCAATTTTTGGCTGCAATACTTGTAAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAA
321 A--ATTTTTT-CCTCAATTTTTGGCCGAAATACTCAT-AAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAA
* * *
1051 GATATAAGGGTTTTTCACTTTTCTAATATCAATTTTCCT-TTTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT-
382 GATATAAGGGTTTTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATG
* * * *
1114 AAAATGAAGACGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGATGAGT
447 AAAATGAAAACGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATGAGG
* * * *
1179 TTACATGAGTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCACGGAAAATTGAGTCGGGGCC
512 TTACATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCC
* * * * * * *
1244 CCGGAACCCGTTTTTAG-CAAAAATCGTAATTGTTAATACATGATATCAGCTAAAATTTTGCAAA
577 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
1308 AATTGACCCGAAATATATTTT-C
642 AATTGACCCGAAATAT-TTTTCC
* * *
1330 GCAATTTTTGGCCGAAATACTCAT-AAAAATATAAAATTCAACACCAAAAAGATATAAGGGCTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGG-TTT
* * * * *
1394 TTCACTTTTCTAACATCTATTTTTCTATTTTTTTCTGAATTAATTGCTAATGAAAATGAAAATGG
65 TTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGG
* * * * * * * *
1459 TTTCCGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGACAGAGATTCGGTTATAGGAATAAA
130 TTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATA
* * * **
1524 GATATTTTCAAGGATTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGACTGGG-CCCCGGAATACGT
195 GATA-TTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CCGGGACCCCGGAACGCGT
* * **
1588 TTCTAGCCAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAATCTTGACCCGAA
258 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA-AATGACCCGAA
* * * *
1653 AGGGTTTTTTCCTCAATTGTTT-GCTGTAATACTTATAAAAAATATATAATTCAATGTC-AAAAG
322 A---TTTTTTCCTCAATT-TTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAG
* * *
1716 ATATAAGGATTCTTTTCACTCTTCTAACATCGATTTT-CTAACTTTTTTCTGCATTAATTTCTAA
383 ATATAAGG-GT-TTTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCT-ATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAA
* *
1780 TGAAAATGAAAACGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGGCTGAGATTA
445 TGAAAATGAAAACGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATGA
* * * * *
1845 AGTTACATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGTCGGGG
510 GGTTACATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGG
* * * * *
1910 CCTCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTAC
575 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
1975 AAAAATTGAACCCGAAATATTTGTT-C
639 AAAAATTG-ACCCGAAATATTT-TTCC
* * *
2001 TCAATTTTTGACCGAAATACTCATAAAAAATATAAAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGAGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
* * *
2066 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCAATTTTTTT-TGAATTAATTTCTAATGAAATTGAAAACAGT
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
* * * * * *
2130 TTCGGTTGCTCGTAAAAAC-AATCCTTAAATCCAATGTGACTGGGATTTAGTTACATGAATATAT
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
* * * * * * *
2194 ATATACTCTTAGGAGTCTCGGCACAAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGGTACGCGTT
196 ATAT-TTC-AAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTT
* * *
2259 TTTAGCTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAATATTTTGTAAAAAATGACCCGAAA
259 TTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAAATGACCCGAAA
* *
2324 TATTTTTCCTCAATTTTTGTCCGAAATACTCATGAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATAT
323 T-TTTTTCCTCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATAT
* *
2389 AAGGGTTTTTTTCACTCGTCTAACATCGATTTTCGTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAA
387 AAGGG--TTTTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAA
* * * * * ** **
2454 TTGAAAACGGCTTCGGATACTAGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTCACTGAGATTTGGTTA
450 ATGAAAACGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATGAGGTTA
* * * *
2519 CATTAATATAGATATTTCAATTTTCAAGGAGTCTCGGCATC-AAAAATCAAGCAAAACTTAGTCG
515 CATGAATATAG--A--T--A-TTTCAAGGAGTCTCGGCA-CAAAAAATCACGCAAAACTGAGCCG
* * * * * *
2583 GGGCCCCGTAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTTATGGTTAAGTACACAATTTCCGCTAAAATTT
572 GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAA-TACACGATTTCGGCTAAAATTT
*
2648 TGCAAAAATTGAACCCAAAATATTTTTCC
636 TGCAAAAATTG-ACCCGAAATATTTTTCC
* * *
2677 TCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAACAAATATATAAATCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
*
2742 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAGACGGT
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
* * *
2806 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATACAATGTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAG
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
* * * * * *
2871 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGGAAAACTGAGCGGGGGCTCCGGAACCCGTTTC
196 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTTTT
* * * *
2936 TAGCCAAAAATCGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAGTTTGCAAAAATTGACCTGAAAT
261 TAGCC-AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA-TGACCCGAAAT
*
3001 ATTTTTCCTCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATAC-ATCGCCAAAAAGATAT
324 -TTTTTCCTCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAT-GCCAAAAAGATAT
*
3065 AAGGGCTTTTT-ACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTGCTAATGAAAA
387 AAGGG-TTTTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAA
* * *
3129 TGAAAACGGTTTCCGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCCGTGATTG-GGTTA
451 TGAAAACGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA-TGAGGTTA
* *
3193 CATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCG
515 CATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCG
* *
3258 AAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G-TAATAACACGATTTCGGCTGAAATTTTGCAAAAA
580 GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAAT-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
*
3321 TTGACCGGAAATATTTTTCC
644 TTGACCCGAAATATTTTTCC
* ** * *
3341 TCAAATTTTGGTAGAAATAATCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
* * * *
3406 TCACTCTTCGAACATCGATTTTCCTA-TTTTATCGGAATTAATTTTTAATGAAAATGAAAACGGT
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
* * *
3470 TTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGTTTACATGAGTATAG
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
* ** *
3535 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCACGGGAAACTGAGCCTGGG-CCCCGGAACCCGTTT
196 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGACCCCGGAACGCGTTT
* *
3599 TTAGCCAAGAACCGT-AAGTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
260 TTAGCCAA-AACCGTGATG-GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA-TGACCCGAA
3663 ATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATA
322 AT-TTTTTCCTCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATA
* * *
3728 TAAGGGCTTTTTCACCCTTCTAACATCTATTTTCCT-TTATTTTTCTTGAATTAATTGCTAATGA
386 TAAGGG-TTTTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATT-TTTTTC-TGAATTAATTTCTAATGA
* * * * * * **
3792 ACATGAAAACAGTTTCTGATGCTCATAAAAATAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAGATTCGGT
448 AAATGAAAACGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATGAGGT
* * * * *
3857 TACAGGAATAAAGATGTTTCCAA-GAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGGGCC
513 TACATGAATATAGATATTT-CAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCC
* * * *
3921 CCGGAATGCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTATTAACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
577 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAAT-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
*
3986 AAAATGACCCGAAATATTTTTCC
641 AAATTGACCCGAAATATTTTTCC
* * * * * *
4009 TCAAATTTTAGTCAAAATACTCATAAAAAA-ATATATTTCCACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
4073 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
* * *
4138 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTCGGTTACATGTATAAAG
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
* *
4203 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCTAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCATTTT
196 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTTTT
* * * * * *
4268 TATCCAAAAACTGTGATGGTTATTACATGATTTCGCCTAAAATTTTGCTAAAATTGACCCGAAAT
261 TAGCC-AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAATGACCCGAAAT
* * *
4333 ATTATTT-CTCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATATTTCCACGCCAAAAAGATAT
324 -TT-TTTCCTCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATAT
* * *
4397 AATGGTTTTTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCC-ATTTTTTTTTGAATTAATTTCTAATGAAAT
387 AA-GGGTTTTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAA
* * *
4461 TGAAAACAGTTT-TGGATGGTCGTAAAAAC-AATCCTTAAATCCAATGTGACT-AGGATTTGGCT
451 TGAAAACGGTTTCT-GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA-GA--T-G--
* * * * * ** * *
4523 ACATGAATATATATATATATATATATATATTCTTAGGAGTCTCAACACCAAAAATCATGCAAAAC
509 --A-G-GT-TACAT-GA-ATATAGATAT-TTC-AAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCACGCAAAAC
* * *
4588 TGAGCCGGGGACCC-GATACGCGTTTTTAGTC-AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
565 TGAGCCGGGGCCCCGGA-ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
* * *
4651 AATATTTTGCAAAAAATGACCCGAAATAGTTTTCC
629 AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCC
4686 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGG-TTT
1 TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
* * *
4750 TCACTCTTCTAACATAGA------T-TTTTTTTCTGAATTAATTTCTATTG-AAATTAAGAATCG
66 TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAA-AA-CG
* * * * * * * *
4807 GTTTCTGATGCTTGTAAGAACAAATTCTTGAATCTAATGTGGCTAAGATTTGATTATATGAATAT
129 GTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATAT
* * * *
4872 AGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATTACGCAAAACTGAGCCGAGG-CCCTAGG-ACGCG
194 AGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-GGACCC-CGGAACGCG
** * * **
4935 TTTCCAGCCATAAACC------G-T-GT------TTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAGTTGACCAT
257 TTTTTAGCCA-AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA-ATGACCCG
** * * ** ** *
4986 AAATATTTTTCCTTTATTTTTGGCC-ACAACACTCATTAAAAATATATAATTGGACACCAAGAAG
320 AAAT-TTTTTCCTCAATTTTTGGCCGA-AATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAG
* * *
5050 AT-TGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAACATCGATTTTCCTA-TATTTTCTTGAATTAATTTCTAAT
383 ATAT-AAGGGTTTTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTC-TGAATTAATTTCTAAT
* * * * * **
5113 -TAAATCAAAAACGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATGTGACTGAGATTC
446 GAAAAT-GAAAACGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATGA
* * * * * * * ** * * *
5177 GATTAGATGATTATAGATATTTCAACGAGTCTTGACGCCTAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGA
510 GGTTACATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGG
* * * ** *
5242 TCCCAGAACGCGGTTTTAGTTACAAAACCGTGTTGGTTA
575 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCA-AAAACCGTGATGGTTA
5281 GTAGTACGAT
Statistics
Matches: 4018, Mismatches: 481, Indels: 252
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
644 49 0.01
645 5 0.00
646 23 0.01
647 1 0.00
648 4 0.00
649 2 0.00
650 1 0.00
656 46 0.01
657 115 0.03
658 24 0.01
659 1 0.00
663 5 0.00
664 575 0.14
665 454 0.11
666 478 0.12
667 214 0.05
668 590 0.15
669 194 0.05
670 213 0.05
671 191 0.05
672 39 0.01
673 2 0.00
674 112 0.03
675 94 0.02
676 344 0.09
677 144 0.04
678 49 0.01
679 49 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (663 bp):
TCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATATAAGGGTTTT
TCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAAACGGT
TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAG
ATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTTTT
TAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATGACCCGAAATTT
TTTCCTCAATTTTTGGCCGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATATAAGG
GTTTTTCACTCTTCTAACATCGATTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATGAAAATGAAA
ACGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATGAGGTTACATGAA
TATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGC
GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
GAAATATTTTTCC
Found at i:5519 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5489--5547 Score: 73
Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
5479 AAATGGCATG
*
5489 GCACGGCACGACCCACGTGTCA
1 GCACAGCACGACCCACGTG-CA
*
5511 GCACAGCACGACCCACGTGCT
1 GCACAGCACGACCCACGTGCA
*
5532 GACGCAGCACGACCCA
1 G-CACAGCACGACCCA
5548 TTTTTAATGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.06
22 31 0.94
ACGTcount: A:0.25, C:0.42, G:0.25, T:0.07
Consensus pattern (21 bp):
GCACAGCACGACCCACGTGCA
Found at i:6467 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 6460--6484 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
6450 ATTTGGTTAG
6460 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
6485 AAATTAAATG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.