Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015380.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15413, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Alignment explanation
Indices: 671--2520 Score: 1745
Period size: 334 Copynumber: 5.6 Consensus size: 329
661 TTTTCTTCGT
* * * * * *
671 CAAGATTCAGATGCTCGTTAAAAGAAATCCTTAAATCTATTATGGATAAGATTTGATTATATGAA
1 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCATTATGGATGAGATTTGGTTAGATGAA
* * * *
736 TATAAATATTCTAAGGAGACTCATCGCCAAAAATCATGTAAAAGAGAGCC-GGG-CTCGAGAACG
66 TATAAATATCCTAAGGAGTCTCATCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCG-GAACG
* *
799 CCTTTTTAGCCAAAAAAACAGTGCTGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA
130 CGTTTTTAGCC--AAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA
* * * *
864 CACGAAAAATTTTTCATCAATTTTTGGCAACGATACTCATAAAAAATATAT-ACATCG-ACGCCG
193 CCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGC-ACGATACTCATAAAAAATATATAAC-T-GAACGACA
* * * *
927 AAGAGATTGAAAGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTGTTTTTTTTCCCCTAAATTAATTTC
255 AAAAGATTGAAAGGCTTTTCGCGATTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTT----TAAATTAATTTC
992 TTATTAAATCGAAA
316 TTATTAAATCGAAA
* * * * * * *
1006 CAAGATTCAGATTCTCATATAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCCT-AGATTTGGTTAGATAA
1 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCATTATGG-ATGAGATTTGGTTAGATGA
* ** * * * *
1070 ATATAAATATCCTAATGAGTCTCATCGTAAAAAATTATGCAAAACTGAGCTGGGGCCTCGGGACG
65 ATATAAATATCCTAAGGAGTCTCATCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGGAACG
* * *
1135 CGTTTTTAGTCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
130 CGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACC
* *
1200 CGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGTCACGATAATCATAAAAATTATATAACTGAACGACAAAAA
195 CGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG-CACGATACTCATAAAAAATATATAACTGAACGACAAAAA
* * * * * * *
1265 GATTGAAAAGCTTTTCGCGCTTCTAATATC-TTTTTTTCCTTTTTTTAATTTAATATCTAATTAA
259 GATTGAAAGGCTTTTCGCGATTCTAATATCGTTTTTGT-ATTTTTTTAAATTAATTTCTTATTAA
**
1329 ATCTTAA
323 ATCGAAA
* * * * * * *
1336 GAAAATTTAGATGCTCGTAAAAAAAAGAAATCCCTAAAT--ATAATGGTGATGAAATTTGCTTAG
1 CAAGATTCAGATGCTCGT--AAAAAA-AAATCCTTAAATCCATTAT-G-GATGAGATTTGGTTAG
* * * ** ** *
1399 ATGAATAAAAAATATTCGAAGGAGTCTCGGCGCTGAAAATCATGCAAAACACAGCCGGGGTCC-C
61 ATGAAT-ATAAATATCCTAAGGAGTCTCATCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGG-CCTC
** * * * * *
1463 GGAACGCGTTTTTAGTGAAAAACAACT-ATGGTTAGAATATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAA
124 GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-AGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* * *
1527 ATTGACCCGATAAATATTTT-GTCAATTTTTGGCAACGATACTCATAAAAAATATATAAATCG-A
188 ACTGACCCGAAAAAT-TTTTCGTCAATTTTTGGC-ACGATACTCATAAAAAATATATAACT-GAA
* * ** * ** * *
1590 CGTCAAAGAGATTGAAAGGCTTTTCAAGTTTCTAATATCGTTTTTGCGTTTCCCCTCTAAATTAA
250 CGACAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCGCGATTCTAATATCGTTTTTGTATTT---TTTTAAATTAA
1655 TTTCTTATTAAATCGAAA
312 TTTCTTATTAAATCGAAA
* * * * * *
1673 CAAGATTCGGA-GTCTCGTATAAACAAATCCTTATATCCATTGTGGCCT-AGATTTGGTTAGATG
1 CAAGATTCAGATG-CTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCATTATGG-ATGAGATTTGGTTAGATG
* ** * * *
1736 AATATAAATATCCTGATAAGTCTCATCGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGCC-CTGGGA
64 AATATAAATATCCTAAGGAGTCTCATCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTC-GGAA
* * * * * *
1800 CGTGTTTTTAGTCAAAAACAGTGATGG--ACGTACATGAATTCGGTTAAAATTTTGCAAAATCTG
128 CGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTG
* * * * **
1863 ACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCCACGATACTCA-ACAAAACTGTATAATTCAACGGTA
192 ACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG-CACGATACTCATA-AAAAATATATAACTGAACGACA
* * * *
1927 TAAAA-ATTGAAAGTCTTTTCGCGATTCTAATATTG-TTTTGCTATTTTTTAAAATTAATTTTTT
255 -AAAAGATTGAAAGGCTTTTCGCGATTCTAATATCGTTTTTG-TATTTTTTTAAATTAATTTCTT
*
1990 ATTAAATCAAAA
318 ATTAAATCGAAA
* * * ** *
2002 TAAGATTCAGATGCTTGTAAAAAAAAAACCTT-AATCCATTGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA
1 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCATTATGGATGAGATTTGGTTAGATGAA
* * ** * ** * **
2066 TATAAATATTCTAAGGAGTCTTATCAACAAAAATTATATAAAACAGAGACGGGG-CTCCAAAACG
66 TATAAATATCCTAAGGAGTCTCATCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCT-CGGAACG
* * **
2130 CCTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACATGATTTCTACTAAAATTTTGCAAAAACTGACC
130 CGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACC
*
2195 CGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAAAAA
195 CGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG-CACGATACTCATAAAAAATATATAACTGAACGACAAAAA
* * ** ** * *
2260 GATAGAAAGGTTTTTCGCGATTCTAATATTTTTTTTCCCATTTTTTAAAATTAATTTCTAATTAA
259 GATTGAAAGGCTTTTCGCGATTCTAATATCGTTTTT-GTATTTTTTTAAATTAATTTCTTATTAA
*
2325 ATCGTAA
323 ATCGAAA
* ** * *
2332 TAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAGAATCCTTAAATATGATCAT-GATGAGATTAGGTTAGATG
1 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAA-AATCCTTAAAT-CCATTATGGATGAGATTTGGTTAGATG
* * *
2396 AATAAAAATA-CTCTAAGGAGTCTCGA-CGCCGAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAA
64 AATATAAATATC-CTAAGGAGTCTC-ATCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGGA
* * * * *
2459 ACGCGTTTTTTA-CCAGAAATAGTGAAGGTTAGTATACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAA
127 ACGCG-TTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
2521 ATTTTGAAAG
Statistics
Matches: 1231, Mismatches: 231, Indels: 109
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
327 3 0.00
328 99 0.08
329 161 0.13
330 94 0.08
331 20 0.02
332 225 0.18
333 114 0.09
334 341 0.28
335 115 0.09
336 21 0.02
337 38 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (329 bp):
CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCATTATGGATGAGATTTGGTTAGATGAA
TATAAATATCCTAAGGAGTCTCATCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGGAACGC
GTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
GAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCACGATACTCATAAAAAATATATAACTGAACGACAAAAAGA
TTGAAAGGCTTTTCGCGATTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTAAATTAATTTCTTATTAAATC
GAAA
Found at i:2027 original size:667 final size:660
Alignment explanation
Indices: 721--2275 Score: 1869
Period size: 667 Copynumber: 2.3 Consensus size: 660
711 TATGGATAAG
* * * * * * ** ** * *
721 ATTTGATTATATGAATATAAATATTCTAAGGAGACTCATCGCCAAAAATCATGTAAAAGAGAG-C
1 ATTTGCTTAGATGAATAAAAATATTCGAAGGAGTCTCAGCAACAAAAATCATACAAAACACAGAC
* * * * * * * *
785 CGGGCTCGAGAACGCCTTTTTAGCCAAAAAAACAGTGCTGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
66 GGGGCTCCAAAACGCCTTTTTAGCC--AAAAACACTGATGGTTAGAACATGATTTCAGCTAAAAT
* *
850 TTTGCAAAAACTGACACGAAAAATTTTTCATCAATTTTTGGCAACGATACTCATAAAAAATATAT
129 TTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCAACGATACTCATAAAAAATATAT
* * * * ** *
915 ACATCGACGCCGAAGAGATTGAAAGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTGTTTTTTTTCCCC
194 AAATCGACGACAAAGAGATTGAAAGGCTTTTCAAGTTTCTAATATCGTTTTTG-TCGTTTCCCCC
*
980 TAAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCATATAAACAAATCCTTAAATCCA
258 TAAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACAAGATTCAGAGTCTCATATAAACAAATCCTTAAATCCA
* *
1045 TTGTGGCCTAGATTTGGTTAGATAAATATAAATATCCTAATGAGTCTCATCGTAAAAAATTATGC
323 TTGTGGCCTAGATTTGGTTAGATAAATATAAATATCCTAATAAGTCTCATCGCAAAAAATTATGC
* * *
1110 AAAACTGAGCTGGGGCCTCGGGACGCGTTTTTAGTCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTT
388 AAAACTGAGCCGGGGCCTCGGGACGCGTTTTTAGTCAAAAACAGTGATGG-TAGTACACGAATTC
*
1175 GGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGTCACGATAATCATAA
452 GGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCCACGATAATCATAA
* * * *
1240 AAATTATATAACTGAACGACAAAAAGATTGAAAAGCTTTTCGCGCTTCTAATATCTTTTTTTCCT
517 AAACTATATAACTCAACGACAAAAAGATTGAAAAGCTTTTCGCGATTCTAATA-CTTGTTTTCCT
* ** *
1305 TTTTTTAATTTAATATCTAATTAAATCTTAAGAAAATTTAGATGCTCGTAAAAAAAAGAAATCCC
581 TTTTTTAAATTAATATCTAATTAAATCAAAAGAAAATTCAGATGCTCGT-AAAAAAA-AAA--CC
*
1370 TAAATATAATG-GTGATGAA
642 TAAATACAATGCG-GATGAA
* * * *
1389 ATTTGCTTAGATGAATAAAAAATATTCGAAGGAGTCTCGGC-GCTGAAAATCATGCAAAACACAG
1 ATTTGCTTAGATGAAT-AAAAATATTCGAAGGAGTCTCAGCAAC-AAAAATCATACAAAACACAG
* ** * ** *
1453 CCGGGG-TCCCGGAACGCGTTTTTAGTGAAAAACAACT-ATGGTTAGAATATGATTTCAGCTAAA
64 ACGGGGCT-CCAAAACGCCTTTTTAGCCAAAAAC-ACTGATGGTTAGAACATGATTTCAGCTAAA
* *
1516 ATTTTGCAAAAATTGACCCGATAAATATTTT-GTCAATTTTTGGCAACGATACTCATAAAAAATA
127 ATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAT-TTTTCGTCAATTTTTGGCAACGATACTCATAAAAAATA
*
1580 TATAAATCGACGTCAAAGAGATTGAAAGGCTTTTCAAGTTTCTAATATCGTTTTTG-CGTTTCCC
191 TATAAATCGACGACAAAGAGATTGAAAGGCTTTTCAAGTTTCTAATATCGTTTTTGTCGTTTCCC
* * *
1644 CTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACAAGATTCGGAGTCTCGTATAAACAAATCCTTATAT
256 C-CTAAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACAAGATTCAGAGTCTCATATAAACAAATCCTTAAAT
* * *
1709 CCATTGTGGCCTAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATCCTGATAAGTCTCATCGCCAAAAATTA
320 CCATTGTGGCCTAGATTTGGTTAGATAAATATAAATATCCTAATAAGTCTCATCGCAAAAAATTA
* *
1774 TGCAAAACTGAGCCGGGGCC-CTGGGACGTGTTTTTAGTCAAAAACAGTGATGG-ACGTACATGA
385 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCTC-GGGACGCGTTTTTAGTCAAAAACAGTGATGGTA-GTACACGA
* ** *
1837 ATTCGGTTAAAATTTTGCAAAATCTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCCACGATACTC
448 ATTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCCACGATAATC
* * **
1902 A-ACAAAACTGTATAATTCAACGGTATAAAA-ATTG-AAAGTCTTTTCGCGATTCTAATA-TTGT
513 ATA-AAAACTATATAACTCAACGACA-AAAAGATTGAAAAG-CTTTTCGCGATTCTAATACTTGT
* * * * * * *
1963 TTTGCTATTTTTTAAAATTAATTTTTTATTAAATCAAAATAAGATTCAGATGCTTGTAAAAAAAA
575 TTTCCT-TTTTTT-AAATTAATATCTAATTAAATCAAAAGAAAATTCAGATGCTCGTAAAAAAAA
* * * * *
2028 AACCTTAATCCATTGCGGCTGAG
638 AACCTAAATACAATGCGGATGAA
* * * * * * * *
2051 ATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCTAAGGAGTCTTATCAACAAAAATTATATAAAACAGAGAC
1 ATTTGCTTAGATGAATAAAAATATTCGAAGGAGTCTCAGCAACAAAAATCATACAAAACACAGAC
* *
2116 GGGGCTCCAAAACGCCTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACATGATTTCTA-CTAAAATT
66 GGGGCTCCAAAACGCCTTTTTAGCCAAAAACACTGATGGTTAGAACATGATTTC-AGCTAAAATT
*
2180 TTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATA
130 TTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCAACGATACTCATAAAAAATATATA
* * * * *
2245 ACTCAACGACAAAAAGATAGAAAGGTTTTTC
195 AATCGACGACAAAGAGATTGAAAGGCTTTTC
2276 GCGATTCTAA
Statistics
Matches: 758, Mismatches: 109, Indels: 47
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
660 6 0.01
661 166 0.22
662 31 0.04
663 1 0.00
664 11 0.01
665 19 0.03
666 143 0.19
667 172 0.23
668 149 0.20
669 42 0.06
670 18 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (660 bp):
ATTTGCTTAGATGAATAAAAATATTCGAAGGAGTCTCAGCAACAAAAATCATACAAAACACAGAC
GGGGCTCCAAAACGCCTTTTTAGCCAAAAACACTGATGGTTAGAACATGATTTCAGCTAAAATTT
TGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCAACGATACTCATAAAAAATATATAA
ATCGACGACAAAGAGATTGAAAGGCTTTTCAAGTTTCTAATATCGTTTTTGTCGTTTCCCCCTAA
ATTAATTTCTTATTAAATCGAAACAAGATTCAGAGTCTCATATAAACAAATCCTTAAATCCATTG
TGGCCTAGATTTGGTTAGATAAATATAAATATCCTAATAAGTCTCATCGCAAAAAATTATGCAAA
ACTGAGCCGGGGCCTCGGGACGCGTTTTTAGTCAAAAACAGTGATGGTAGTACACGAATTCGGCT
AAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCCACGATAATCATAAAAAC
TATATAACTCAACGACAAAAAGATTGAAAAGCTTTTCGCGATTCTAATACTTGTTTTCCTTTTTT
TAAATTAATATCTAATTAAATCAAAAGAAAATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAAACCTAAATACAA
TGCGGATGAA
Found at i:3889 original size:331 final size:333
Alignment explanation
Indices: 3283--9140 Score: 6114
Period size: 331 Copynumber: 17.6 Consensus size: 333
3273 AGACGCGTTT
* * * * * * * *
3283 TTAGTACACGAGTTCGGCCAGATTTTTGCAGAAACTAACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* * * * * *
3348 CCACTATACT-AAAAAAAACTGTGTATTTCAAC-AGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
66 CCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
*
3411 TAATATCGTTTTTGCTATGTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAG-AACAAGATTGAGATG
131 TAATATCGTTTTTGCTAT-TTTTTCTAAATTAATTTC-TATTAAATC-GTAACAAGATTCAGATG
* ** * * *
3475 CTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCATTG-TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCT
193 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCT-GATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCT
* ** ** *
3539 TAGGAGTCTCATTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCATGGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
257 AAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
* *
3604 AAACAATGATGA
322 AAACAGTGATGG
* * * * *
3616 ATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACTCGAAAAAATTTTCGTCAATTTTTTG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* * * * * * *
3681 CCACGATACTCATAAAAAA-TATATAACTCAACGA-CAAAAAAATTGATAGACTTTTCGCGCTTC
66 CCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
* * ** * * *
3744 GAATTTCGTTTTACCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAGGATTCAGATGCTC
131 TAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTATTAAATCGTAACAAGATTCAGATGCTC
* *
3809 GTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAAATTTGGTTAGATGAATAAAAATGTTCTAAGG
196 GTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCTAAGG
** * * * * * **
3874 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCC-CTGAGATGCGTTTTAAGTTAAAAA
261 AGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
3938 CAGTGATGG
325 CAGTGATGG
* ** * * * *
3947 TTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGTAAAAACTGACTCGCAATATTTTTCGTCAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* * * *
4012 CCACGATACTCA-AAAAAACTATGTATTTCAAC-AGTATAAAGATTGAATGTCTTTTCACGATTC
66 CCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
4075 TAATATCGTTTTTGCTATTTTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAG-AACAAGATTCAGAT
131 TAATATCGTTTTTGCTA--TTTTTTCTAAATTAATTTC-TATTAAATC-GTAACAAGATTCAGAT
** * * *
4139 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG-TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTC
192 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCT-GATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTC
* ** * * * *
4203 TGAGGAGTCTCATTGTCAAAACTCATGCAAAACAGAGTCGGGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCA
256 TAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCA
* *
4268 AAAATAGTGATGA
321 AAAACAGTGATGG
* * *
4281 ATAATACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* * * * * *
4346 CCACGATACTCATAAAATA-TATATAACTCAACGA-CAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCGCGCTTC
66 CCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
* * * * *
4409 GAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAGGATTCAGATGCTC
131 TAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTATTAAATCGTAACAAGATTCAGATGCTC
** *
4474 GTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAATTTGTTCTAAGG
196 GTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCTAAGG
** * * **
4539 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCC-CTGAGACGCGTTTTTA-TTAAAAA
261 AGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
4602 CAGTGATGG
325 CAGTGATGG
* * * * *
4611 TTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTTTTCGTCAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* * * *
4676 CCACGATACTCA-AAAAAACTATGTATTTCAAC-AGTATAAAGATTGAATGTCTTTTCACGATTC
66 CCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
*
4739 TAATATCGTTTTTGCTATTTCTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAG-AACAAGATTCAGTTG
131 TAATATCGTTTTTGCTATTT-TTTCTAAATTAATTTC-TATTAAATC-GTAACAAGATTCAGATG
** * * * *
4803 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG-TGGTTGAGATTTGGTTAGATAAATATAAATATTCT
193 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCT-GATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCT
* *** * * * * *
4867 GAGGAGTCTCATTACCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACTCGTTTCTAGCCAA
257 AAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
*
4932 AAACAGTGATGA
322 AAACAGTGATGG
* * * * *
4944 ATAGTGCACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCATTAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* * * *
5009 CCACGATACTCATAAAAAA-TATATAACTCAACGA-CAAAAAGATTGAAAGGT-TTTTCGCGCTT
66 CCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAA-GTCTTTTCACGATT
* * * *
5071 CAAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAGGATTCAGATGCT
130 CTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTATTAAATCGTAACAAGATTCAGATGCT
* *
5136 CGTAAAAACAAATCCTTAAATATGATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATTTTCTAAG
195 CGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCTAAG
** * ** * ** * * * **
5201 TTGTATTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAAAGTTGGGGACTCGAAGCACGTTTTTTTCCAAAAA
260 GAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
*
5266 TAGTGATGG
325 CAGTGATGG
* * * * *
5275 TTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACTCGAAAAATTTTTCGTCACTTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* * * * * * *
5340 CCACGATACTCAGAAAAAA-TATATAACTCAACG-CCAAAAATATTGAAAGTCTTTTCGCGCTTC
66 CCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
* * * * * * * *
5403 GAATATCGTTTTTCCTATTTTTTATGAATTAAATTCTAATAAATCGTAAC-AGTATTCACAAGCT
131 TAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTATTAAATCGTAACAAG-ATTCAGATGCT
*
5467 CGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCTATG
195 CGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCTAAG
* ** *
5532 GAGTCTCGGCGCTGAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTTGCCAAAAA
260 GAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAA
*
5597 ATAGTGATGG
324 ACAGTGATGG
* * * * * ** *
5607 TTAGTATACGATTTCTGCTAAAACTTTGCAAAAAATG--TTG-AAAGTCTTTTCGAGCTTCTAAT
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAAT-TTTTC--G--TC--A-
** * ** * * * * *
5669 ATCTTTTTTCC-C-AT-TTTTTAAAGTAA-TTTCTAATTCAATCGTAACAAAAAGATTGAAAGGC
58 AT-TTTTGGCCACGATACTCATAAA-AAACTATGTAATTCAA-CG-AGCAAAAAGATTGAAAGTC
* * * * * *
5730 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTATAAATTAATTTTTGTTAAATCGAAAGAAG
119 TTTTCACGATTCTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTATTAAATCGTAACAAG
* * ** * * * * * * *
5795 GTTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCATTG-TGGCTTACATTTTGTTTGATGAATAT
184 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCT-GATGAGATTTGGTTAGATGAATAA
* * * * * * *
5859 AATTATTCTAAAGAGTCTCATCGCCTAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGGCC-CTAAGACGCGT
248 AAATATTCTAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAA-ACGCGT
** *
5923 TTTTAGTTAAAAACA---ATGA
312 TTTTAGCCAAAAACAGTGATGG
* * * *
5942 TAACGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTG
1 TTA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTG
* * * * *
6007 GCCACTATACTCA-AAAAAACTGTGTATTTCAAC-AGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATT
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*
6070 CTAATATCGTTTTTGCTATTTCTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAG-AACAAGATTCAGTT
130 CTAATATCGTTTTTGCTATTT-TTTCTAAATTAATTTC-TATTAAATC-GTAACAAGATTCAGAT
** * * *
6134 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG-TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTC
192 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCT-GATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTC
* ** * * *
6198 T---GAGTCTTATTGCCTAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCA
256 TAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCA
*
6260 AAAACAGTGATGA
321 AAAACAGTGATGG
* * *
6273 ATAGTACACGATTTCGACTAAACTTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* * * * * *
6338 CCACGATACTCATAAAAAA-TATATAACTCGACGA-CAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCGCGCTTC
66 CCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
* * * * *
6401 GAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAGGATTCAGATGCTC
131 TAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTATTAAATCGTAACAAGATTCAGATGCTC
* * *
6466 GTAAAAGCAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAATTGTTCTAAGG
196 GTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCTAAGG
** * * * **
6531 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCC-CTGAGACGCGTTTTTA-TTAAAAA
261 AGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
6594 CAGTGATGG
325 CAGTGATGG
* * *
6603 TTAGTATACGATTTCGACTAAATTTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* * *
6668 CCACGATACTCA-AAAAAACTATGTATTTCAAC-AGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
66 CCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
* *
6731 TAATATCGTTTTTGCTATTTCTTTCTAAATTAATTTCTTCTTAAATCAG-AACAAGATTTAGATG
131 TAATATCGTTTTTGCTATTT-TTTCTAAATTAATTTC-TATTAAATC-GTAACAAGATTCAGATG
** * * *
6795 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG-TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCT
193 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCT-GATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCT
** * * * *
6859 GAA-GAGTCTCATTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACTGAGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCA
257 -AAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCA
*
6923 AAAACAGTGATGA
321 AAAACAGTGATGG
* * * *
6936 ATAGTACTCGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTAGTCAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* * * * * * *
7001 CCATGATACCCA-AAAAAACTATGTATTTC-ACCAGTATAAAGTTTGAAAGTCTTTTCACGATTC
66 CCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
7064 TAATATCGTTTTTGCTATTTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATC-TAAACAAGATTCAGATG
131 TAATATCGTTTTTGCTA-TTTTTTCTAAATTAATTTC-TATTAAATCGT-AACAAGATTCAGATG
* * * *
7128 CGCGTAAAAAAAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAAATGAATAAAAATGTTCTA
193 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCTA
** * *
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258 AGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAA-CAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
*
7258 AAATAGTGATGG
322 AAACAGTGATGG
* * *
7270 TTAGCACACGATTTCGGCTAAACTTTTGA-AAAAACTGACCCGAAAAATTTTT-GTCAATTTTTG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT-ACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTG
* * * * *
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130 CTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTC-TATTAAATCGT-AACAAGATTCAGATG
*
7460 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATGTTCTA
193 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCTA
** * * *
7525 AGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAAACAAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTTGCCAA
258 AGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGC-AAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
* *
7590 AAATAGTAATGG
322 AAACAGTGATGG
* *
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1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAA-TTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTG
* * * * * * *
7666 GCCACGATACTCATAAAAAA-TATAG-AACTGAACG-CCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCGCGCT
65 GCCACGATACTCATAAAAAACTAT-GTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGAT
* * * * *
7728 TCGAATATCGTTTTTCCTA--TTTT-TAAATTAAATTCTAATAAATCGTAAC-AGTATTCACATG
129 TCTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTATTAAATCGTAACAAG-ATTCAGATG
*
7789 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAGAAATATTCTA
193 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCTA
* * * * * *
7854 TGGAGTCTCAGCGTCGAAAATCATGCAAAACAGAACCGGGGCCTCGAAACACGTTTTTTGCCAAA
258 AGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAA
*
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323 AACAGTGATGG
* * * ** ** *
7930 TTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATG--TTGAAAGGCTTTTCGTGCTTCTAATA
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAA-AATTTT--T-CGTC--A-A
** * ** * * * *
7993 TCTTTTTTCC-C-AT-TTTTTAAAGTAA-TTTCTAATTCAATCGTAACAAAAAGATTGAAAGGT-
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* * * * *
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119 TTTTCACGATTCTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTATTAAATCGTAACAAG
** * * * * * *
8118 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG-TGGCTTACATTTGGTTTGATGAATAT
184 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCT-GATGAGATTTGGTTAGATGAATAA
* * * * * ** *
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** *
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* * * * * *
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1 TTA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTG
* * * * *
8330 GCCA-GTATACT-AAAAAAAACTGTGTATTTCAAC-AGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGAT
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*
8392 TCTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAG-AACATGATTCAGA
129 TCTAATATCGTTTTTGCTA-TTTTTTCTAAATTAATTTC-TATTAAATC-GTAACAAGATTCAGA
* * *
8456 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTATG--GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATAT
191 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT--ATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATAT
** * * * *
8519 TCTGAA-GAGTCTCATTGCCAAAAATCATGTAAAACAGAGCCGGGTCCCCGAAACGCGTCTTTAG
254 TCT-AAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAG
*
8583 CCAAAAACAGTGATGA
318 CCAAAAACAGTGATGG
* *
8599 ATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAACAAA-TTTTCGTCAATTTTTG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAA-AAATTTTTCGTCAATTTTTG
* * * * *
8663 GCCACGATACTCATAAAAAA-TATATAACTCAACGA-CAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCGCGCTT
65 GCCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATT
* * * * * *
8726 CGATTATAGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAATCGTAAC-AGAATTCAGATGC
130 CTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTATTAAATCGTAACAAG-ATTCAGATGC
* ** * *
8790 TCGTAAAATCAAATCCTTATTTATAATGCTGATGAGATTTCGTTAGATGAATAAAAATGTTCTAA
194 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCTAA
** * * * * * * * ** *
8855 GGAGTCTTGGTGCTAAAAATCATGCGAAACTGAGACGGGG-CTCTGAGACGCGTTTTAAGTTAAC
259 GGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAA
8919 AACAGTGATGG
323 AACAGTGATGG
** * ** * *
8930 TTACCACACGATTTCGGCTAAACTTTTGA-AAAAATTGACTAGAAAAATTTTTCGACGATTTTTG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT-ACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTG
* * * * * *
8994 GCCACGATACCCA-AAAAAACTGTGTATTTCAAC-AGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCATGATT
65 GCCACGATACTCATAAAAAACTATGTAATTCAACGAGCAAAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATT
*
9057 CTAATATCGTTTTTGCTATCTTTTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCAG-AACAAGATTCAGAT
130 CTAATATCGTTTTTGCTAT-TTTTTCTAAATTAATTTCT-ATTAAATC-GTAACAAGATTCAGAT
9121 GCTCGTAAAAACAAATCCTT
192 GCTCGTAAAAACAAATCCTT
9141 TATTTCATTG
Statistics
Matches: 4634, Mismatches: 732, Indels: 318
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327 6 0.00
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Consensus pattern (333 bp):
TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
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GTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCTAAGG
AGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
AGTGATGG
Found at i:9173 original size:664 final size:663
Alignment explanation
Indices: 3283--9140 Score: 6807
Period size: 664 Copynumber: 8.8 Consensus size: 663
3273 AGACGCGTTT
* * * * *
3283 TTAGTACACGAGTTCGGCCAGATTTTTGCAGAAACTAACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* * *
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*
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* *
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* * * *
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260 AGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGAC-GGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
* * *
3607 CAATGATGAATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACTCGAAAAAATTTTCGTC
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* * * *
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* * * *
3737 GCGCTTCGAATTTCGTTTTACCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAGGATTCA
454 GCGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAAGATTCA
*
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519 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATGT
* * * * * * * *
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584 TCTAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC
*
3932 TAAAAACAGTGATGG
649 CAAAAACAGTGATGG
* * * *
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1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
*
4012 CCACGATACTCAAAAAAACTATGTATTTCAACAGTATAAAGATTGAATGTCTTTTCACGATTCTA
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131 ATATCGTTTTTGCTA--TTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAGAACAAGATTCAGATGCT
*
4142 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCTGAG
194 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCTAAG
* * * * * *
4207 GAGTCTCATTGTCAAAACTCATGCAAAACAGAGTCGGGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
259 GAGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGACGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
* *
4272 TAGTGATGAATAATACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTC
324 CAGTGATGAATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTC
*
4337 AATTTTTGGCCACGATACTCATAAAATATATATAACTCAACGACAAAAAGATTGAAAGGCTTTTC
389 AATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAAAAAGATTGAAAGGCTTTTC
* *
4402 GCGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAGGATTCA
454 GCGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAAGATTCA
**
4467 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAATTTGT
519 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATGT
* * * * *
4532 TCTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTGAGACGCGTTTTTA-T
584 TCTAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC
*
4596 TAAAAACAGTGATGG
649 CAAAAACAGTGATGG
* *
4611 TTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTTTTCGTCAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
*
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66 CCACGATACTCAAAAAAACTATGTATTTCAACAGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTCTA
*
4741 ATATCGTTTTTGCTATTTCTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAGAACAAGATTCAGTTGCTC
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* * *
4806 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTGGTTAGATAAATATAAATATTCTGAGG
195 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCTAAGG
* * * * * * * * *
4871 AGTCTCATTACCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACTCGTTTCTAGCCAAAAAC
260 AGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGACGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
* * *
4936 AGTGATGAATAGTGCACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCATTA
325 AGTGATGAATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCA
*
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* *
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455 CGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAAGATTCAG
* *
5131 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATGATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATTTT
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** * * * ** * * * * **
5196 CTAAGTTGTATTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAAAGTTGGGGACTCGAAGCACGTTTTTTTCC
585 CTAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCC
*
5261 AAAAATAGTGATGG
650 AAAAACAGTGATGG
* * * *
5275 TTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACTCGAAAAATTTTTCGTCACTTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* ** * * * * *
5340 CCACGATACTCAGAAAAAA-TATATAACTCAAC-GCCAAAAATATTGAAAGTCTTTTCGCGCTTC
66 CCACGATACTCA-AAAAAACTATGTATTTCAACAG-TATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTC
* * * * * * * *
5403 GAATATCGTTTTTCCTATTTTTTATGAATTAAATTC-TAATAAATC-GTAAC-AGTATTCACAAG
129 TAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAG-AACAAG-ATTCAGATG
** * * *
5465 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCT-GATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATATTCT
192 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG-TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCT
* ** * ** * *
5529 ATGGAGTCTCGGCGCTGAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTTGCCAA
256 AAGGAGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGACGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCC-A
* ** * * * * ** *
5594 AAAATAGTGATGGTTAGTATACGATTTCTG-CTAAAACTTTGCAAAAAATG--TTG-AAAGTCTT
320 AAAACAGTGATGAATAGTACACGATTTC-GACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAAT-TT
** * ** * * * *
5655 TTCGAGCTTCTAATATCTTTTTTCC-C-AT-TTTTTAAAGTAATTTCTAATTCAATCGTAACAAA
383 TTC--G--TC--A-AT-TTTTGGCCACGATACTCATAAA-AAATATATAACTCAA-CG--ACAAA
* * * * * **
5717 AAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTATAAATTAATTTTTGTT
436 AAGATTGAAAGGCTTTTCGCGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAAT
* * * * ** * * * * *
5782 AAATCGAAAGAAGGTTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCATTG-TGGCTTACATTTT
501 AAATCGTAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCT-GATGAGATTTG
* * * * * * * * * *
5846 GTTTGATGAATATAATTATTCTAAAGAGTCTCATCGCCTAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGG-
565 GTTAGATGAATAAAAATGTTCTAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGC
* ** *
5910 CCCTAAGACGCGTTTTTAGTTAAAAACA---ATGA
630 CCCGAA-ACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGG
*
5942 TAACGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTG
1 TTA-GTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTG
* *
6007 GCCACTATACTCAAAAAAACTGTGTATTTCAACAGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTCT
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*
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194 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCTAAG
* * * *
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*
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*
6329 AATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAACTCGACGACAAAAAGATTGAAAGGCTTTTC
389 AATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAAAAAGATTGAAAGGCTTTTC
* *
6394 GCGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAGGATTCA
454 GCGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAAGATTCA
* *
6459 GATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAATTGT
519 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATGT
* * * * * *
6524 TCTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCTGAGACGCGTTTTTA-T
584 TCTAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC
*
6588 TAAAAACAGTGATGG
649 CAAAAACAGTGATGG
* * * *
6603 TTAGTATACGATTTCGACTAAATTTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
6668 CCACGATACTCAAAAAAACTATGTATTTCAACAGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTCTA
66 CCACGATACTCAAAAAAACTATGTATTTCAACAGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTCTA
* *
6733 ATATCGTTTTTGCTATTTCTTTCTAAATTAATTTCTTCTTAAATCAGAACAAGATTTAGATGCTC
131 ATATCGTTTTTGCTATTT-TTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAGAACAAGATTCAGATGCTC
6798 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCTGAA-
195 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCT-AAG
* * * *
6862 GAGTCTCATTGCCAAAAATCATGCAAAACAGA-ACTGAGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAA
259 GAGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGAC-GGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAA
* *
6926 ACAGTGATGAATAGTACTCGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTAGT
323 ACAGTGATGAATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGT
* * * ** * * * * *
6991 CAATTTTTGGCCATGATACCCA-AAAAAACTATGTATTTC-ACCAGTATAAAGTTTGAAAGTCTT
388 CAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAA-TATATAACTCAACGA-CAAAAAGATTGAAAGGCTT
* * * * *
7054 TTCACGATTCTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATC-TAAACAA
451 TTCGCGCTTCGAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCTAAATTAATTTC-TAATAAATCGT-AACAA
* * *
7118 GATTCAGATGCGCGTAAAAAAAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAAATGAATAA
513 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAA
* * *
7183 AAATGTTCTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAGCACAGCCGGGGCCTCGAAACGCGT
578 AAATGTTCTAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAA-CAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGT
* *
7248 TTTTTGCCAAAAATAGTGATGG
642 TTTTAGCCAAAAACAGTGATGG
* * *
7270 TTAGCACACGATTTCGGCTAAACTTTTGAAAAAACTGACCCGAAAAATTTTT-GTCAATTTTTGG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
* *
7334 CCACGATACCCAAAAAAACTGTGTATTTCAACAGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTCTA
66 CCACGATACTCAAAAAAACTATGTATTTCAACAGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTCTA
7399 ATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCTA-AACAAGATTCAGATGCTC
131 ATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATC-AGAACAAGATTCAGATGCTC
** * * * *
7463 GTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCT-GATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATGTTCTAAG
195 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG-TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCTAAG
* * * * * *
7527 GAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAAACAAAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTTGCCAAAA
259 GAGTCTTAGTGCCAAAAATCATGC-AAAACAGAGACGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAA
* * ** * * *
7592 ATAGTAATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTT-ACCCGAAAAATTTTTCG
323 ACAGTGATGAATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAA-TTGACCCGAAAAATTTTTCG
* * * *
7656 TCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATAGAACTGAACGCCAAAAATATTGAAAGGCTTT
387 TCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAAAAAGATTGAAAGGCTTT
*
7721 TCGCGCTTCGAATATCGTTTTTCCTA--TTTT-TAAATTAAATTCTAATAAATCGTAAC-AGTAT
452 TCGCGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAAG-AT
* *
7782 TCACATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAGAAA
516 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAA
* * * * * * * *
7847 TATTCTATGGAGTCTCAGCGTCGAAAATCATGCAAAACAGAACCGGGGCCTCGAAACACGTTTTT
581 TGTTCTAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTT
* *
7912 TGCCAAAAATAGTGATGG
646 AGCCAAAAACAGTGATGG
* * * ** ** *
7930 TTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATG--TTGAAAGGCTTTTCGTGCTTCTAATA
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAA-AATTTT--T-CGTC--A-A
** ** * ** * * * *
7993 TCTTTTTTCC-C-ATTTTTTAAAGTAA-TTTCTAATTCAATC-GTAACAAAAAGATTGAAAGGT-
59 T-TTTTGGCCACGA-TACTCAAAAAAACTATGTATTTCAA-CAGT---ATAAAGATTGAAA-GTC
* * *
8053 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTATAAATTAATTT-TTGTTAAATC-GAAACA
117 TTTTCACGATTCTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAG-AACA
* * *
8116 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTACATTTGGTTTGATGAATA
181 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * * * *
8181 TAATTATTCTAAAGAGTCTCA-TCGCCAAAAATTATGCAAAACTGA-ATCGGGGCC-CTAAGACG
246 TAAATATTCTAAGGAGTCTTAGT-GCCAAAAATCATGCAAAACAGAGA-CGGGGCCTCGAA-ACG
** * * * * * * *
8243 CGTTTTTAGTTAAAAACAATGAT-AA-CGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACT
308 CGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGAATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACC
* * * * ** * *
8306 CGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCA-GTATACT-AAAAAAAACTGTGTATTTCAAC-AGTAT
373 CGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGGCCACG-ATACTCATAAAAAA-TATATAACTCAACGA-CAA
* * * * *
8368 AAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTCTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTTCTAAATTAATTTCTT
435 AAAGATTGAAAGGCTTTTCGCGCTTCGAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCTAAATTAATTTC-T
* * * *
8433 ATTAAATCAG-AACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTATG--GCTGAG
498 AATAAATC-GTAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT--ATAATGCTGATGAG
* * * ** *
8495 ATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCTGAA-GAGTCTCATTGCCAAAAATCATGTAAAACAGAGC
560 ATTTGGTTAGATGAATAAAAATGTTCT-AAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGC
* * *
8559 CGGGTCCCCGAAACGCGTCTTTAGCCAAAAACAGTGATGA
624 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGG
* * * * *
8599 ATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAACAAA-TTTTCGTCAATTTTTG
1 TTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAA-AAATTTTTCGTCAATTTTTG
* ** * * * * *
8663 GCCACGATACTCATAAAAAA-TATATAACTCAAC-GACAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCGCGCTT
65 GCCACGATACTCA-AAAAAACTATGTATTTCAACAG-TATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATT
* * * * * *
8726 CGATTATAGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTC-TAATAAATC-GTAAC-AGAATTCAGAT
128 CTAATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAG-AACAAG-ATTCAGAT
* ** ** * * * * *
8788 GCTCGTAAAATCAAATCCTTATTTATAATGCT-GATGAGATTTCGTTAGATGAATAAAAATGTTC
191 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG-TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTC
* * * * * * **
8852 TAAGGAGTCTTGGTGCTAAAAATCATGCGAAACTGAGACGGGG-CTCTGAGACGCGTTTTAAGTT
255 TAAGGAGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGACGGGGCCTC-GAAACGCGTTTTTAGCC
* ** ** * * **
8916 AACAACAGTGATGGTTACCACACGATTTCGGCTAAACTTTTGA-AAAAATTGACTAGAAAAATTT
319 AAAAACAGTGATGAATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTT-ACAAAAATTGACCCGAAAAATTT
* * * * * ** * *
8980 TTCGACGATTTTTGGCCACGATACCCA-AAAAAACTGTGTATTTCAAC-AGTATAAAGATTGAAA
383 TTCGTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAA-TATATAACTCAACGA-CAAAAAGATTGAAA
* ** * * * *
9043 GTCTTTTCATGATTCTAATATCGTTTTTGCTATCTTTTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCAG-
446 GGCTTTTCGCGCTTCGAATATCGTTTTTCCTAT-TTTTTCTAAATTAATTTCTAA-TAAATC-GT
9107 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
508 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
9141 TATTTCATTG
Statistics
Matches: 4492, Mismatches: 577, Indels: 250
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
658 13 0.00
659 180 0.04
660 335 0.07
661 128 0.03
662 337 0.08
663 734 0.16
664 750 0.17
665 741 0.16
666 358 0.08
667 254 0.06
668 200 0.04
669 198 0.04
670 252 0.06
671 11 0.00
672 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (663 bp):
TTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTGG
CCACGATACTCAAAAAAACTATGTATTTCAACAGTATAAAGATTGAAAGTCTTTTCACGATTCTA
ATATCGTTTTTGCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCAGAACAAGATTCAGATGCTCG
TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTCTAAGGA
GTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGACGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACA
GTGATGAATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCGTCAA
TTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCGC
GCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAATCGTAACAAGATTCAGA
TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGCTGATGAGATTTGGTTAGATGAATAAAAATGTTC
TAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCA
AAAACAGTGATGG
Done.