Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015385.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15418, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2846
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Found at i:1995 original size:329 final size:329
Alignment explanation
Indices: 128--2769 Score: 3420
Period size: 329 Copynumber: 8.1 Consensus size: 329
118 ACAATCACGG
* * *
128 TTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGTGAAAAAATTTTT-GGG
1 TTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGG
* * * *
192 TC-TTTTTTTGCAAAATTTTAACTGAAACCGTG---T-ACATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCG
66 TCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCA
* * * * * * *
252 TTTCGGAGCCCCTACTTAGTTTTGGATGAGTTTTGTCGCCGAGACTCCTTAAAATATCTATATTT
131 TTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
*
317 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGCATCTGAATCTTGATT
196 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGATT
* *
382 CGATTTAATTATAAATTAATTTCAGAAAAATATGAGAATGAA--ATATTAAAAGCGAGAAAAGCC
261 CGATTTAATTAGAAATTAA-TTCAGAAAAATATGA-AA--AACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTC
445 CTCCAATC
322 CTCCAATC
* * * *
453 TATTTGGCGTTAAATTATATAAATTTTCTGATTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTATTTCG
1 TTTTTGGCGTTAAATTATAT--ATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCG
*
518 GGTCATTTTTTTTGCAAAATTTTA---G----C-TG----AA-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAT
64 GGTCA-TTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC
* * * * * * * *
570 GCGTTTCGGGGCCCCGACCTAGTTTTGCATGATTTTTGACACCGAGATTCCTTAAAATAACAATA
128 GCATTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATA
* * * *
635 TTCATCAAATCAAATCTCAACCACATTGCATTAAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
193 TTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
* * *
700 ATTCGATTTAATCAGAAATTAATTTTAGAAAAATATGAAAAACGATACTAAAAGCGAGAAAAGTC
258 ATTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTC
765 CTCCAATC
322 CTCCAATC
773 TTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGG-AAATTTTTTCG
1 TTTTTGGCGTTAAA-T-TATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCG
* * *
837 GGACATTTTTTTTGGAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTATTAACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
64 GGTCA-TTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAAC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* * * *
902 CGTATTTCGGGGCCACTACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTAT
127 CGCATTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * *
967 ATTCATCTAATCAAATCTCAGTCACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTT
192 ATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* *
1032 GATTCGATTGAATTAGAAATTAATTCATAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTC
257 GATTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTC
*
1097 CTTCAATC
322 CTCCAATC
*
1105 TTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGACGAAAATTTTTTCG
1 TTTTTGGCGTTAAA-T-TATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCG
* * * *
1170 GGTCATTTTTTTGGAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACAATCACAGTTTTTTTTTTGCAAA
64 GGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAAC-ATCAC-G---GTTTTTGGCTAA
* *
1235 AAACGCATTTTGGGGCCCCGTCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATC
124 AAACGCATTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATC
* * * * *
1300 TATATGCTTCTAATCGAATCTCAGCGACATTGCATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAAT
189 TATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT
* *
1365 CTTGATTCGATTTAAAT-CAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGA-ATTAAAAGCGAGAAAA
254 CTTGATTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAA
* *
1428 GTTCTCCGATC
319 GTCCTCCAATC
* * * * *
1439 TTTTTTGCGTTAAGTTATATATATTTTCTGAGTATTATT-GTCAAAAATTGA-GAAACTTTTGTC
1 TTTTTGGCGTTAA-AT-TATATATTTTATGAGTATT-TTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTC
* * * *
1502 GGGTCA-TTTTTTGTAAAATTTTAGATGAAATCGTGTACGTTACAT---GGTTTTGGGCTAAAAA
63 GGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTAC-TAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* *
1563 CGCGTTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTTCTTGAAATATCTAT
127 CGCATTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTAT
* *
1628 ATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATATT
192 ATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* * *
1693 GATTCGATTGAATTAGAAATTAATTCATAAAAATATGAAAAACGGTATTAAAAGCGAGAAAAGTC
257 GATTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTC
*
1758 CTCCAATT
322 CTCCAATC
* * *
1766 TTTTTGGCATTAAATTATATATTTTATGAGTATTTTATTCAAAAATTGAGGAACATTTTTTCGGG
1 TTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGG
* * *
1831 TCATTTTTTTGGAAAATTTTAGCTAAAATCATGTACTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCA
66 TCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCA
* * * *
1896 TTTTGGGGCCCCGTCTTAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
131 TTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * * ** * *
1961 ATCTAATCAAATCGCAACCATATTTTAATTAAGGATTTGTTTTT-CGAGCATCTGAATATTGATT
196 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGATT
*
2025 CGATTTAATTAGAAATTATTTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTCCTCC
261 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTCCTCC
2090 AATC
326 AATC
* * ***
2094 TATTTGGCGTTAAATTATATATATTTGATGAGTATTTTAGTCAAAAATTG-TGAAAAAAATTT-G
1 TTTTTGGCGTTAAATTATATAT-TTT-ATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCG
* * * **
2157 GGTCCTTTTTTTGCAAAATTTTAACTGAAAGCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATT
64 GGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC
* * * * * *
2222 GCGTTTCGGAGCCCCGACGTAGTTTTGGATGAGTTTTGGCGCCGAGACTCCTTAAAATATCTATA
128 GCATTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATA
* * *
2287 TTTATCTAATCAAATCCCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGCATCTGAATCTTG
193 TTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
* *
2352 ATTCGATTTAAATA-AAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGTTATTAAAAGCGAGAAAAGTCC
258 ATTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTCC
*
2416 TTCAATC
323 TCCAATC
* *
2423 TATTTGGCG-------------TTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAAATTATTTCGG
1 TTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGG-AAAATTTTTTCGG
*
2475 GTCA-TTCTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG
65 GTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAAC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG
* * * *
2539 TATTTCGAGGCCCCGACTTAGTTTAGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTATAT
129 CATTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * *
2604 TCATCTAATCAAATCTCAGTCACATTTCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGTATCTGAATCTTGA
194 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGA
* * *
2669 TTCAATTGAATTAGAAATTAATTCATAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTCCT
259 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTCCT
*
2734 ACAATC
324 CCAATC
* * *
2740 TTTTTGGCGATGAATTATCT-TTTTATGAGT
1 TTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTATGAGT
2770 CTTGTGACCA
Statistics
Matches: 2034, Mismatches: 222, Indels: 118
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
314 23 0.01
315 5 0.00
316 184 0.09
317 67 0.03
318 2 0.00
319 32 0.02
320 71 0.03
321 170 0.08
322 9 0.00
323 1 0.00
324 2 0.00
325 190 0.09
326 49 0.02
327 101 0.05
328 145 0.07
329 314 0.15
330 68 0.03
331 2 0.00
332 172 0.08
333 189 0.09
334 68 0.03
335 30 0.01
336 140 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (329 bp):
TTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGG
TCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCA
TTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGATT
CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTCCTCC
AATC
Done.