Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015393.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15426, whole genome shotgun sequence
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11814 GGATATGTGG
11824 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
11864 CGAAATGGTT
Statistics
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AT
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* ** *
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***
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * ** * *
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130 GATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-CTTCAATCTTTTTGGA-ATTGAA-TTATATA-TTT
* * * * * * * * *
27452 TTATTAGAATTATGCAAAAAATTGAGGGAAAAATTGTCTATTAAATTTTTACAAAATTTTAGCCG
191 TTATGAGTATTATGCCAAAAATTGAGAGAAAATTTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* * * * *
27517 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCCGGCTAAAATCGCGTTTCGGGGACCCGATTCAGTTTTG
256 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTTTG
27582 CATGATTTT
321 CATGATTTT
* * * * * *
27591 TTGCGGCAAGACTTGTTGAAATATATGTATTCACCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATACAAG
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66 GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGAAAAA-AATA
* ** * * * * *
27721 CGATAAACAATATTAAAAGTGTGAAAATCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTT
129 GGATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAA-TTATATA-TTTT
* * *
27786 TATGAGAATTATGCCAAAAATTGAGTGAAAATTTTTCGATTCATTTTTTTTGCAAAATTTTAGCC
192 TATGAGTATTATGCCAAAAATTGAGAGAAAATTTTTCGATTCA--ATTTTTGCAAAATTTTAGCC
* * * ** * *
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255 GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTTT
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320 GCATGATTTT
* * * *
27926 TGGTGCCAAGATTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATAGGACTT-AA
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGA-TTCAA
* * *
27990 GGATTTGCTTTTACGAGGATCAGAATCTTGTTTCGGTTTAATTAAAAATTAATT--AAAAAAGGA
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATT-AAAATTAATTCGAAAAAA--A
* *
28053 TA--ATAAATGATAATAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGG--CT--A-TATAT-TTTT
127 TAGGATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAATTATATATTTT
* * * * *
28110 TATGAGTGTTGTGACCAAAAACTGAG-GAAAAATCTTTCGATTCAATTTTTGTAAAATTTT-GCC
192 TATGAGTATTATG-CCAAAAATTGAGAG-AAAATTTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCC
* * *
28173 TGAAATCATGTACTTACCATCACAGTTT-TGTGCTAAAAACGCGTTCCAGGGTCCCGACTCAGTT
255 -GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTG-GCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTT
*
28237 TTGTATGATTTT
318 TTGCATGATTTT
** ** * * * * * * * *
28249 TAACATCTAGACTCGTGGAAGTATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCACATTGGATACAAG
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTCAAG
* *
28314 GATTTGTTTTTACGAGCATCATAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTTATTCGAAAAAAAATA
66 GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCG-AAAAAAATA
* * ** * * * *
28379 CGATTAACAATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTT
129 GGATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAA-TTATATATTTTT
* * * * * *
28444 ATGAGAATTATGCTAAAAATTGACAGAAAATTTTTTGATTCACTTTTTTGCAAAATTTTAGTCGA
193 ATGAGTATTATGCCAAAAATTGAGAGAAAATTTTTCGATTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
* * * * * * * *
28509 AATCGTGTAGTAACCATCACAGTTTTTGGCTTAAAACACGTTTCAGAGTGCCGACTCAG-TTTGC
257 AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTTTGC
*
28573 ATGATATT
322 ATGATTTT
* * * *
28581 TGGCGCCAAGATTCGTTAAAATATATGTATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATAGGGATT-AA
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAT-TGGATTCAA
* * * *
28645 TGATTTGCTTTTACGAGAATCAGAATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATT--AAAAAAA-A
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGAAAAAAATA
* * **
28707 GGATAATAAATGATATTAGAACCGTGAAGAGCCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATAATT
129 GG---ATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAATTATAT-A-T
** * * *
28772 TTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAAAATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATT
189 TTTTATGAGTATTAT-GCCAAAAATTGAG----AGAAAATTTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATT
* * * * *
28837 TTAGCCGAAATCGTGTTCGTTACCATCACAGTTTCTGGCTATAAACGCGTTCCGAGGTCCAGACT
249 TTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACT
28902 CAGTTTTGCATGATTTTT
313 CAGTTTTGCATGA-TTTT
* * ** * * * *
28920 TTGTGTTAAGACTCTTTGAGATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTCAAC
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTCAAG
**
28985 GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTTCTAATT-ATATCG--AAAAATA
66 GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAA-TTAAAATTAAT-TCGAAAAAAATA
* * ** ** * *
29047 GTATAAATTATATTAGAAGTATGAAAA-CCAGATCAATAC-TATTGGCATTGAATTTATATATTT
129 GGATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-CTTCAAT-CTTTTTGGAATTGAA-TTATATATTT
* * * * * *
29110 TTCATGAGAATTATGCAAAAAATTGATG-GAAAAATTGTCTATTAAATTTTTGCAAAATTTTAGC
191 TT-ATGAGTATTATGCCAAAAATTGA-GAGAAAATTTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * ** *
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254 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTT
*
29239 TGCAAGATTTT
319 TGCATGATTTT
* * * * * * *
29250 GGGCGCCAAGACTCGTTCAAATATCTATATTCATCCAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAT
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTCAAG
*
29315 GATTTGTTTTTACGAGCATCTA-AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTTAATTCGAAAAAAAAT
66 GATTTGTTTTTACGAGCATC-AGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCG-AAAAAAAT
* * * * *
29379 AGGGTAAATGATATTAGAACCGTGTATAGCCCTTAAATCTTTTTGGAATTGAATTATATATTTTT
128 AGGATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAATTATATATTTTT
* * * * * ** * *
29444 CATGAGTATTTTGGTCAAAAATTTGGGA-AAAATCTATCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCT
193 -ATGAGTATTAT-GCCAAAAA-TTGAGAGAAAATTTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCC
* * * * * ***
29508 GAAATCCTGTACTAA-CATCATAGTTTTTGGATAAAAACGTGTTTTTGGGTCCCGACTCAGTTTT
255 GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTTT
*
29572 GCATGAGTTT
320 GCATGATTTT
** * * * * * ** *
29582 TGAAGTCAAGTCT-GATTGAAATATCTGCATTCATCTAACCAACTCTCAGAAACATAGGACTT-A
1 TGGCGCCAAGACTCG-TTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGA-TTCA
* * * *
29645 AGAATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTATTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAAT
64 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATT-AAAATTAATTCGAAAAAAAT
* * **
29710 AAGATAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT
128 AGGATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAATTATATATTTTT
* * * * *
29775 CATGAGTATTTAGGCCAGAAATTGAGAAAAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
193 -ATGAGTA-TTATGCCAAAAATTGAG--AGAAAATTTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * *
29840 CGAAATCGTG------------CAGTTTCCGGCTAAAACCGCGTTTCGGGGACCCGAATCAGTTT
254 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTT
29893 TGCATGATTTT
319 TGCATGATTTT
* *
29904 TGGCGCCAAGACTTGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATACAAG
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTCAAG
* * *
29969 GATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-AAAAAAAATAC
66 GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGAAAAAAATAG
* * * * *
30033 GATAAACGATATTAGAAGTGTGAAAATCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTA
130 GATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAA-TTATATATTTTTA
* * * *
30098 TGAGAATTATGCCAAAAATTGAGAGAAATATTTTT--ATTCACTTTTTTGCAATATTTTAGCCTA
194 TGAGTATTATGCCAAAAATTGAGAGAAA-ATTTTTCGATTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
** * *
30161 AATCGTGTACTAACCATCACAGTTT-TGGGCTAAAAACGCGTTCCGGAATCCTGACTCAGTTTTA
257 AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCT-GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTTTG
30225 CATGATTTT
321 CATGATTTT
* * * * * * *
30234 TAGCCCCAAGATTCGATGAAATATATGTATTCTTCTAACCAAATTTCAGCCACATAGGACTT-AA
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGA-TTCAA
* * * * * * *
30298 GGGTTTGCTTTTACGAGAATTAAAATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAACA
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGAAAAAAATA
* * *** *
30362 TGATAGTAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAAATATATATTT
129 -G-GA-TAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAATTATATATTT
* * ** * *
30427 TCTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAATCCTTCGGGTT-AATTTTTGCAAAATTTTAA
191 T-TATGAGTATTAT-GCCAAAAATTGAGAGAAAATTTTTC-GATTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
* * * * * *
30491 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCCGGCTAAAACCGCATTTCTGGGACCCGACTCAGTT
253 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTT
*
30556 TT-CATGATTAT
318 TTGCATGATTTT
* * * * *
30567 TGGCGCCAAGACTC-TTGGAAGTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATACAA
1 TGGCGCCAAGACTCGTT-GAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTCAA
* * * * *
30631 GGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATATTCTTTCGATTTAATTAGGAATTTATTTGAAAAAAATT
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGAAAAAAA-T
* * * * ** * *
30696 ACGATAAACGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTTTATCTTATTGGAAGTGAATTTATATATTTT
128 AGGATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAA-TTATATATTTT
* * *
30761 TATGAGAATTATGCCAAAAATTGAGTGAAAATTTTTCGATTCACTTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
192 TATGAGTATTATGCCAAAAATTGAGAGAAAATTTTTCGATTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* * * *
30826 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCCGGCTAAAACCGCGTTCCGGGGACCCGACTAAGTTTTG
256 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTTTG
30891 CATGATTTT
321 CATGATTTT
* * * * *
30900 TGGCGCCAAGACTCGTTGCAATATATGTATTTATCTGACCAAATATCAGTCACATTGGATTCAAG
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTCAAG
* * *
30965 AAATTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAGTTAATTCGATAAAAATAG
66 GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAA-TTAATTCGAAAAAAATAG
* * **
31030 GATAATAAATTATATCAGAAGCGTGAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTT
130 G---ATAAATGATATTAGAAGCGTG-AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAATTATATATTT
* * * * *
31095 TTAATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGAAAAAAAATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
191 TT-ATGAGTATTAT-GCCAAAAATTGAG--AGAAAATTTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTA
* * * *
31160 GCCGAAATCGTGTACGTTACCATCACAGTTTCCGGCTAAAACCGCGTTCC-GGGACCCGACTCAG
252 GCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAG
* *
31224 TTTTGTATGATTAT
316 TTTTGCATGATTTT
* * * * * *
31238 TGGAGCCAAGACTCTTTGAAACATATGTATTCATCTAACCAAATGTCAGCCGCATTGGATACAAG
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTCAAG
* *
31303 GATTTATTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAA-AT
66 GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGAAAAAAATAG
* * * *
31367 GATAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCTATCTTATTT-TAATTGAATTTATATATTTTT
130 GATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTT-TTTGGAATTGAA-TTATATATTTTT
* * * * *
31431 ATGAGAATTATGCCAAAAATTGAGGGAAAATTTTTCGATTCACTATTTTGCAAAATTTTACCCAA
193 ATGAGTATTATGCCAAAAATTGAGAGAAAATTTTTCGATTCAAT-TTTTGCAAAATTTTAGCCGA
* * ** *
31496 AATCGTGTACTAACCATCACATTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAATCCCGAATCAGTTTTGC
257 AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTTTGC
31561 ATGATTTT
322 ATGATTTT
* * * * *
31569 TGACGCCAAGATTCGTTGAAATATATGTATTTATCTAACCAAATTTCAGCCACATAGGACTT-AA
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGA-TTCAA
*
31633 GGATTTGTTTTTACGAGCATC-GAAAT-TCTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTGAAAAAAA
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCAG-AATCT-TGTTTCGATTTAATT-AAAATTAATTCGAAAAAAA
* * *
31696 TAGGATAAATGATATTCGAAGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGACTTG-ATT-TATATTTT
127 TAGGATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAATTATATATTTT
* * * * * * * ** * *
31759 TATGAGTATTTTAGTCAAAAACT-AGGGGAAATCTATCGGGTCAATTTTCGAAAAATTTTA-CCG
192 TATGAGTATTAT-GCCAAAAATTGAGAGAAAATTTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* ** * * *
31822 AAATCGTGTACTAAACATCACAGTTT-TGGGCTAAAAACGTATTCTGGGGTTCCGACTTAGTTTT
256 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCT-GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTTT
31886 GCATGATTTT
320 GCATGATTTT
** * * * * *
31896 TAACGTCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTATCCAAATCACAGCCACATAGGCCTT-AA
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGG-ATTCAA
* *
31960 GGATTTGTTTTCATGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAATAATTAATTCG-AAAAAATA
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAA-AATTAATTCGAAAAAAATA
* **
32024 GGATAATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTT
129 GG---ATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAATTATATA--T
* * **
32089 TTTTATGAGTATTGTCGCCAAAAATTGAGAAAAAATCTTTT-GGGTCAATTTTTGC-AAATTTGT
189 TTTTATGAGTATTAT-GCCAAAAATTGAGAGAAAAT-TTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTT-T
* * ** *
32152 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATAGTTTCCGGCTAAAGCCGCGTTCCGGGGACCCGA-TACA
251 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACT-CA
32216 GTTTTGCATGA-TTT
315 GTTTTGCATGATTTT
* *
32230 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATAAATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATACAAG
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTCAAG
**
32295 GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTC
66 GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGAAAAAAATAG
* * * * * * *
32360 GATAAACGATATTAGAAGTGTTAAATGCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATTTGTATATTTTTT
130 GATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAA-TTATATA-TTTTT
* * * *
32425 ATGAGAATTATGCCAAAAGTTGACGA-AAAATTTTTCTATTCACTTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
193 ATGAGTATTATGCCAAAAATTGA-GAGAAAATTTTTCGATTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* * * * ***
32489 AAATTGTGTTCTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGAATTCCCGACTCAGTTTTG
256 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTTTG
*
32554 CTTGATTTT
321 CATGATTTT
* * * * * * * *
32563 TGGCGCCAAGATTCGTTGAAAAATCTTTATTCATCTAACAAAATTTCATCCACATTGGATTTAAG
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTCAAG
** * * * * *
32628 GATTTACTTTTACGAGAATCAGAATCATGTTT-TAGTTTAATTAGAGATTGATTCGAAAGAAAAT
66 GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGA-TTTAATTA-AAATTAATTCGAAA-AAAAT
* * * ** * *
32692 AGGATAAATGATATTAGTAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCATTTTGGCGTTGGATTATATATTCTT
128 AGGATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAATTATATATTTTT
* * * * *
32757 ATGAGTGTTGTGACCAAAAACTTGA-A-TAAATCTTTT-GATTTAA-TTTTGTAAAATTTT-GCC
193 ATGAGTATTATG-CCAAAAA-TTGAGAGAAAAT-TTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-C
* * * ** * * * * *
32817 CGAAGTCATATACTTGCTATCACAGTTT-TGTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGTCCCGACTTACTT
254 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTG-GCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTT
*
32881 TTCCATGATTTT
318 TTGCATGATTTT
** ** *** * * * *
32893 TAACATCAAGACTCAAGGTAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATAGGACTT-AA
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGA-TTCAA
*
32957 GGATTTGGTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATA
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATT-AAAATTAATTCGAAAAAAATA
** *
33022 GGATAATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTAAATATTT
129 GG---ATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAATTATATATTT
* * * * **
33087 TTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTGAGAAAGAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
191 TTATGAGTATTAT-GCCAAAAATTGAGAGA-AAATTTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
* * *
33152 CGAAATCGTGTACTAATCATCACAGTTTCTGGCTAAAACCGCGTTCC-GGGTAACCGACTCAGTT
254 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGT-CCCGACTCAGTT
33216 TTGCATGATTTT
318 TTGCATGATTTT
* * *
33228 TGGCGCCAAGACTCATTGAAATATATGTATACATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATACAAG
1 TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTCAAG
33293 GATTTGTTTTT
66 GATTTGTTTTT
33304 TA
Statistics
Matches: 4980, Mismatches: 869, Indels: 392
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
317 4 0.00
318 30 0.01
319 5 0.00
320 15 0.00
321 60 0.01
322 158 0.03
323 170 0.03
324 18 0.00
325 26 0.01
326 59 0.01
327 165 0.03
328 19 0.00
329 97 0.02
330 669 0.13
331 426 0.09
332 804 0.16
333 790 0.16
334 337 0.07
335 458 0.09
336 104 0.02
337 112 0.02
338 190 0.04
339 254 0.05
340 10 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
TGGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTCAAG
GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAATTAATTCGAAAAAAATAGG
ATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGAATTATATATTTTTATG
AGTATTATGCCAAAAATTGAGAGAAAATTTTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
GTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGA
TTTT
Done.