Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015394.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15427, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4537
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Found at i:1190 original size:329 final size:329
Alignment explanation
Indices: 33--1304 Score: 1386
Period size: 330 Copynumber: 3.9 Consensus size: 329
23 AGGAAAAACC
* * * * *
33 TTTCGATTCAATTTTTGTAAAATTTT-GCCCAAAATCATATACTTACCATCACAG-TTTTGTGCT
1 TTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CCGAAATCGTGTAC--AACATCACAGTTTTTG-GCT
* ** * * * * *
96 AAAAACGCGTTCCGG-GATCCCGACTCAGTTCTGCATGATTTTTAACATCAAAAAC-CGTGGAAG
62 AAAAACGCGTTCCGGAG-TCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC-GCCAAGACTCGTTGAAA
* * * * * * * * *
159 TATCTGCATTCATCTAACTAAATCACAACCACATAAGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCA
125 TATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGAATCA
* *
224 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTTATTCAAAAAAAATACGATAAACGATATTAGAAGTTT
190 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAAATACGATAAACGATATTAGAAGTGT
* ** *
289 AAAATGCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATCCATATATTTTTATGAGAATTATGCCGAAAATTG
255 AAAATGCCCTTCAATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTATGAGAATTATGCCAAAAATTG
*
354 AGAGAAACTT
320 AGAGAAAATT
*
364 TTT-GATTCACTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAA
1 TTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AA-CATCACAGTTTTTGGCTAA
* * * * *
428 AAACGCGTTCCGGAGTCCCTACTCGGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGATTCGTTG--A-A-A
64 AAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCGTTGAAATATA
* * * *
489 --TA-T-ATCTAACCAAATTTCAGCCAC-CTAGGTCTTAAGCATTTGCTTTTACGAGAATCAGAA
129 TGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGAT-TTAAGGATTTGCTTTTACGAGAATCAGAA
* * *
549 TCTTGTTTCGGTTTAATTA-AAATTAATTCAAAAAAAGGATA--ATAAATGATATCAGAA-TCGT
193 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAA--ATACGATAAACGATATTAGAAGT-GT
* * ** * *
610 GATAA-GCCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAA-TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAA
255 -AAAATGCCCTTCAATCTTATTGGAATTGAATTTATATA-TTTTTATGAGAATTAT-GCCAAAAA
* *
673 TTGAGAAAAAAATC
317 TTGAG-AGAAAATT
** ** *
687 TTTCGGA-TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGTTATCGTGTACTAACAATCACAGTTTCCGGATA
1 TTTC-GATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AAC-ATCACAGTTTTTGGCTA
* * * * * *
751 AAACCGCGTTCCGGGGACACGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGCCCCAAGACTCGTTGAAAAAT
63 AAAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCGTTGAAATAT
* ** * *
815 ATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATACAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAA
128 ATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGAATCAGAA
* *
880 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTTATTCAAAAAAAATACGATAAACGATATTAGAAGTGTGAA
193 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAAATACGATAAACGATATTAGAAGTGTAAA
* *
945 ATGCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTATGAGAATTATGCCAAAAATTGAGT
258 ATGCCCTTCAATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTATGAGAATTATGCCAAAAATTGAGA
1010 GAAAATT
323 GAAAATT
* * *
1017 TTTCGATTTATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-GCATCACAGTTTTTTGGCTAA
1 TTTCGATTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAACATCACAG-TTTTTGGCTAA
* *
1081 AAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGA-TCGTTGAAATAGA
64 AAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCGTTGAAATATA
* *
1145 TGTATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGAATTAGAAT
129 TGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGAATCAGAAT
* * * * * * *
1210 CATGTTTCGGTTTAATTAGACATTAATTCGAAATAAAATAGGATAAATGATATTAGAAGCGTAAA
194 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAAATACGATAAACGATATTAGAAGTGTAAA
** * *
1275 AAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTT
258 ATGCCCTTCAATCTTATTGGAATTGAATTT
1305 TTCGATTCAA
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 126, Indels: 73
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
320 6 0.01
321 68 0.09
322 76 0.10
323 30 0.04
324 81 0.10
325 3 0.00
326 1 0.00
327 2 0.00
328 7 0.01
329 143 0.18
330 168 0.22
331 116 0.15
332 70 0.09
333 8 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (329 bp):
TTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAACATCACAGTTTTTGGCTAAAA
ACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCGTTGAAATATATG
TATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGAATCAGAATCT
TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAAATACGATAAACGATATTAGAAGTGTAAAATG
CCCTTCAATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTATGAGAATTATGCCAAAAATTGAGAGAA
AATT
Found at i:1538 original size:287 final size:289
Alignment explanation
Indices: 1061--1593 Score: 639
Period size: 288 Copynumber: 1.8 Consensus size: 289
1051 ATCGTGTACG
* * * ** *
1061 CATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCG
1 CATCACAGTTTTATGGCTAAAAACGCGATCCGGAGTCCCGACTTAATTTTGCATGATTTTTAACA
* * * * * * * * *
1126 CCAAGATCGTTGAAATAGATGTATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTG
66 CCAAAATCGTGGAAATAGATGAATTCATCCAACCAAATCTCAACAACAGTAGACTTAAGGATTTG
* * * * *
1191 CTTTTACGAGAATTAGAATCATGTTTCGGTTTAATTAGACATTAATTCGAAATAAAATAGG-ATA
131 CTTTTACGAGAATCAGAATCATGTTTCGATTTAAGTAAAAATTAATTCGAAATAAAATAGGTATA
1255 AATGATATTAGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTTTTCGATTCAATTTTT
196 AATGATATTAGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTTTTCGATTCAATTTTT
1320 GTAAAATTTTGCCCGAAGTCATAACTTAC
261 GTAAAATTTTGCCCGAAGTCATAACTTAC
* *
1349 CATCACAGTTTTAT-GCTAAAAACGCGATCCGGGGTTCCGA-TTCAATTTTGCATGATTTTTAAC
1 CATCACAGTTTTATGGCTAAAAACGCGATCCGGAGTCCCGACTT-AATTTTGCATGATTTTTAAC
* * **
1412 ATCAAAACTCGTGGAAGTATCTGAATTCATCCAACCAAATCTCAACAAC-GTAGGACTTAAGGAT
65 ACCAAAA-TCGTGGAAATAGATGAATTCATCCAACCAAATCTCAACAACAGTA-GACTTAAGGAT
* * *
1476 TTGTTTTTACGAGCATCAGAAAGT-TTGTTTCGATTTAAGTAAAAATTAATTCG-AA-AAAATAG
128 TTGCTTTTACGAGAATCAG-AA-TCATGTTTCGATTTAAGTAAAAATTAATTCGAAATAAAATAG
* * ** * *
1538 GATTATAAATTATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATT
191 G--TATAAATGATATTAGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATT
1594 ATATATTTTT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 35, Indels: 14
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
286 2 0.01
287 54 0.27
288 73 0.36
289 26 0.13
290 47 0.23
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (289 bp):
CATCACAGTTTTATGGCTAAAAACGCGATCCGGAGTCCCGACTTAATTTTGCATGATTTTTAACA
CCAAAATCGTGGAAATAGATGAATTCATCCAACCAAATCTCAACAACAGTAGACTTAAGGATTTG
CTTTTACGAGAATCAGAATCATGTTTCGATTTAAGTAAAAATTAATTCGAAATAAAATAGGTATA
AATGATATTAGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTTTTCGATTCAATTTTT
GTAAAATTTTGCCCGAAGTCATAACTTAC
Found at i:3156 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1304--4537 Score: 2945
Period size: 332 Copynumber: 9.7 Consensus size: 331
1294 GCATTGAATT
* * * * *
1304 TTTCGATTCAATTTTTGTAAAATTTT-GCCCGAAGTCAT-AACTTACCATCACAGTTTTAT-GCT
1 TTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CCGAAATCGTGTAC-AACCATCACAGTTTT-TGGCT
* * * * * * ** * * *
1366 AAAAACGCGATCCGGGGTTCCGATTCAATTTTGCATGATTTTTAACATCAAAACTCGTGGAAGTA
63 AAAAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCGTTGAAATA
* * * * * * *
1431 TCTGAATTCATCCAACCAAATCTCAACAACGTAGGA-CTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAG
128 TATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATC-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAG
* * *
1495 AAAGT-TTGTTTCGATTTAAGTAAAAATTAATTCG-AAAAAATAGGATTATAAATTATATTAGAA
192 -AA-TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGG---ATAAATGATATTAGAA
* * * * * ***
1558 GCGTGAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAA-TTATATATTTTTTATGAGTATATATTGTGG
252 GTGTGAAAAGCCCCTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATA-TTTTTATGAG----TATTGTGG
*
1622 CCAAAAATTGAGAAAAAAATC
312 CCAAAAATTGAG-TAAAAATC
** * **
1643 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGTAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCCGGCT-A
1 TTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AACCATCACAGTTTTTGGCTAA
* * * *
1707 AAACAGCGTTCCGGGGACGCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCGTTGAAATAT
65 AAAC-GCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCGTTGAAATAT
1772 ATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATAC-AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGA
129 ATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAT-CTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGA
* * * *
1836 ATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTTATTCGGAAAAAAATACGATAAACGATATTAGAAGTGTG
193 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAGTGTG
* * * * *
1901 AAATGCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATATTTATGAGAATTAT-GCCAAAAATTG
257 AAAAGCCCCTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTG
* *
1965 AGTGAAAATT
322 AGTAAAAATC
* *
1975 TTTCGATT-AATTTTTTGCCAAATTTTAGCCG-AATC--G--------T----G--TTTGGTTAA
1 TTTCGATTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAACCATCACAGTTTTTGGCTAA
* * *
2022 AAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGATTCCTTGAAATATA
65 AAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCGTTGAAATATA
* * * *
2087 TGTATTCATATAACCAAATTTCAGCCACATAGGA-CTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCAGAA
130 TGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATC-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAA
* * *
2151 TCTTGCTTCGGTTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAATAGGATAATAAATGATATTAGAAGCGT
194 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGG---ATAAATGATATTAGAAGTGT
* * * * * *
2215 GAAAAGCCCTTCAATATT-TTTGACTTTGTA-TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAA
256 GAAAAGCCCCTCTATCTTATTGGA-ATTGAATTTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAA
*
2278 TTGAGTAAAAATA
319 TTGAGTAAAAATC
* * * **
2291 TTT-TAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCCGGCTA
1 TTTCGA-TTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AACCATCACAGTTTTTGGCTA
* * * * * * * * * * * *
2355 AAACCACGTTCCGGGGACGCGACTCAGTTTTGTATGATTATTGGAGTCAAGACTCTTTGAAACAT
64 AAAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCGTTGAAATAT
* * * * *
2420 ATGTATTCATCTAACCAAATGTCAGCCGCATTGGATAC-AAAGATTTTTTTTTTACGAGTATCAG
129 ATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAT-CTAAGGA-TTTGTTTTTACGAGCATCAG
* * * *
2484 AATCTTGTTTCGAATTAATTAGAAATTAATTAGAAGAAAATACGATAAATGATATTAGAAGTGT-
192 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAGTGTG
* ** * *
2548 AAAATGCCCTTCTATCTTATTTTAATTGAATTTATATATTTTTATGAGAATTAT-GCCAAAAATT
257 AAAA-GCCCCTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATT
*
2612 GAGAAAAAATC
321 GAGTAAAAATC
** * * *
2623 TTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACAA-CATCACAGTTTTGGGCTAAA
1 TTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAACCATCACAGTTTTTGGCTAAA
* * * * * * * ** *
2687 AACGTGTTCTGGGGTCCCGACTCAGTTTTTCAAGAATTTTAACATCAAGACTCGTTGAAATAAAT
66 AACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCGTTGAAATATAT
* * *
2752 GTATTCATCTAACCAAATCACAGCCACATTGGATAC-AAGGATTTGATTTTACGAGCATCAAAAT
131 GTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAT-CTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
* * * *
2816 CTTGTTTCGATTTAATTATAAATTTATTCGAAAAAAATACGATAAACGATATTAGAAGTGTGAAA
195 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAGTGTGAAA
* * * * *
2881 TGCCCCTCTATCTTATTGGAATTGAATTTGTATATTTTTATGAGAATTAT-TCCAAAAATTGACG
260 AGCCCCTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-G
*
2945 -AAAAATT
324 TAAAAATC
* * ** *
2952 TTTCTATTCACTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAATTTATCACAGTTTTTAGCTA
1 TTTCGATTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAA-CCATCACAGTTTTTGGCTA
* * ** *
3017 AAAACGCGTTCCGGAGTCCGGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGTTTCGTTGAAAAAT
64 AAAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCGTTGAAATAT
* * * * * *
3082 CTTTATTCATCTAACCAAATTTCATCCACATTGGATCTAAGGATTTGCTTTTACGAGAATCAGAA
129 ATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATCTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAA
* * * *
3147 TCATGTTTCGGTTTCATTAGAGATTAATTCGAAAGAAAATAGGATAAATGATATTAGAAGTGTGA
194 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAA-AAAATAGGATAAATGATATTAGAAGTGTGA
* * * ** * * * * *
3212 AAAG-CCCTTTAATCTTTTTAGTGTTGGATTATATATTTTTTTACGAGTGTTGTGACCAAAAACT
258 AAAGCCCCTCT-ATCTTATTGGAATTGAATT-TATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAA-T
3276 T-AG-AAAAATC
320 TGAGTAAAAATC
* * * * * ** *
3286 TTTTGATTCAA-TTTTGTATAATTTT-GCCCGAAATCATATACTTGCTATCACAG-TTTTGTGCT
1 TTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CCGAAATCGTGTAC-AACCATCACAGTTTTTG-GCT
* * * * * ** * *
3348 AAAAACGCGTTCCGGGGTGCCGACTTAGTTTTGCATGATTTGTAACATCAAGACTCATGGAAATA
63 AAAAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCGTTGAAATA
* * * * *
3413 TCTGTATTCATCTATCCAAATCTCAACCACATAGGA-CTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCAG
128 TATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATC-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAG
* * *
3477 AATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAATAAATGATATCAGAAGC
192 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGG---ATAAATGATATTAGAAGT
* * * * **
3542 GTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTAGGCTTTGAA-TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAA
254 GTGAAAAGCCCCTCTATCTTATT-GGAATTGAATTTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGGCCAAA
*
3606 AATTGAGAAAAAAATC
317 AATTGAG-TAAAAATC
** * * * * **
3622 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTGGCTGAAATTGTGTACTAACCATCATAGTTTCCGGCTAA
1 TTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AACCATCACAGTTTTTGGCTAA
* * * * *
3687 AAACGCGTTCCGGGGACCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCGTTGAAACATA
65 AAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCGTTGAAATATA
* ** *
3752 TGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCATTGGATAGAATGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
130 TGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATCTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
*
3817 CTTGTTTCGATTTTAA-TAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAAACGATATTAGAAGTGTGAA
195 CTTGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAGTGTGAA
* * * * *
3881 AAGCCCATCTATTTTATTGGAATTGAATTTATATCTTTTTTTATGAGAATTAT-GCCAAAAATTG
259 AAGCCCCTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATA--TATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTG
3945 AGTTTAAAAAT-
322 AG--TAAAAATC
* * * *
3956 TTTCGATTCACTTTTTTTGCAAAATTTTAG-CTAGAATCGTGTGCTAACCATCATAGTTTTTGGC
1 TTTCGATTCA--ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA-AATCGTGTAC-AACCATCACAGTTTTTGGC
* * * * *
4020 TAAAAACGGGTTCCGGAATCCCGACTTAGTTTTGCACT-ATTTTTAGTGCCAAGATTCGTTGAAA
62 TAAAAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCA-TGATTTTTAGCGCCAAGACTCGTTGAAA
* * * * * * * *
4084 TATCTGTATTCATCTAACCAAATTTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGCTTTTACAAGAATAA
126 TATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATCTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCA
* * * *
4149 GAATCATGTTTCGGTTTAATTAGAGATTAATTCGAAAGAAAATGGGATAAATGATATTAGAAGTG
191 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAA-AAAATAGGATAAATGATATTAGAAGTG
* * ** * * *
4214 TGAAAA-CCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAA-TTATATATTTTTTATGAGTGTTGTGACCTAAA
255 TGAAAAGCCCC-TCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA
* * *
4277 ACTGAGGAAAAACC
318 ATTGAGTAAAAATC
* * * * *
4291 TTTCGATTCAATTTTTGTAAAATTTT-GCCCAAAATCATATACTTACCATCACAG-TTTTGTGCT
1 TTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CCGAAATCGTGTAC-AACCATCACAGTTTTTG-GCT
** * * * * * *
4354 AAAAACGCGTTCCGG-GATCCCGACTCAGTTCCGCATGATTTTTAACATCAAAAAC-CGTGGAAG
63 AAAAACGCGTTCCGGAG-TCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGC-GCCAAGACTCGTTGAAA
* * * * * **
4417 TATCTGCATTCATCTAACTAAATCACAACCACATAAGA-CTTAAGGA-TTGTTTTTACGAGTCAT
126 TATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATC-TAAGGATTTGTTTTTACGAG-CAT
* * * *
4480 CAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTTATTCAAAAAAAATACGATAAACGATAT
189 CAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAAATGATAT
Statistics
Matches: 2376, Mismatches: 420, Indels: 205
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
312 11 0.00
314 154 0.06
315 56 0.02
316 42 0.02
317 6 0.00
319 1 0.00
320 1 0.00
328 1 0.00
329 144 0.06
330 137 0.06
331 23 0.01
332 450 0.19
333 267 0.11
334 267 0.11
335 111 0.05
336 222 0.09
337 224 0.09
338 59 0.02
339 69 0.03
340 121 0.05
341 9 0.00
342 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
TTTCGATTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAACCATCACAGTTTTTGGCTAAA
AACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCGTTGAAATATAT
GTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATCTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATC
TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAGTGTGAAAA
GCCCCTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGTA
AAAATC
Found at i:3922 original size:669 final size:665
Alignment explanation
Indices: 1300--4537 Score: 3469
Period size: 669 Copynumber: 4.9 Consensus size: 665
1290 TTTGGCATTG
* * *
1300 AATTTTTCGATTCAATTTTTGTAAAATTTTGCCCGAAGTCATA-ACTTACCATCACAGTTTTATG
1 AATTTTT-GATTCAA-TTTTGTAAAATTTTGCCCGAAATCATATACTAACCATCACAGTTTTGTG
* * * * *
1364 CTAAAAACGCGATCCGGGGTTCCGA-TTCAATTTTGCATGATTTTTAACATCAAAACTCGTGGAA
64 CTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTT-AGTTTTGCATGATTTTTAACATCAAGACTCGTTGAA
* * * * * *
1428 GTATCTGAATTCATCCAACCAAATCTCAACAACGTAGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
128 ATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATAGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
* * *
1493 AGAAAGT-TTGTTTCGATTTAAGTAAAAATTAATTCG-AAAAAATAGGATTATAAATTATATTAG
193 AG-AA-TCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAATAAATGATATTAG
* *
1556 AAGCGTGAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATATATTGTG
256 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGAG----TATTGTG
* *
1621 GCCAAAAATTGAGAAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGTAATCGTGTACT
317 GCCAAAAATTGAGAAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACT
*
1686 AACCATCACAGTTTCCGGCT-AAAACAGCGTTCCGGGGACGCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
382 AACCATCACAGTTTCCGGCTAAAAAC-GCGTTCCGGGGACCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
*
1750 GCGCCAAGACTCGTTGAAATATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATACAAGGA
446 GCGCCAAGACTCGTTGAAACATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATACAAGGA
* *
1815 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTTATTCGGAAAAAAATACG
511 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATACG
* *
1880 ATAAACGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATATTTAT
575 ATAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTAT
*
1945 GAGAATTATGCCAAAAATTGAGTGAA
640 GAGAATTATGCCAAAAATTGAGTAAA
*
1971 AATTTTTCGATT-AA---T-T----TTTTG-CC-AAAT--T-T--TAGCCGA--ATC-GTGTTTG
1 AATTTTT-GATTCAATTTTGTAAAATTTTGCCCGAAATCATATACTAACC-ATCA-CAGT-TTTG
* * * ** ** * *
2017 -GTTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGATTCCTTGA
62 TGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTAACATCAAGACTCGTTGA
* * * *
2081 AATATATGTATTCATATAACCAAATTTCAGCCACATAGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAAT
127 AATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATAGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
* * *
2146 CAGAATCTTGCTTCGGTTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAATAGGATAATAAATGATATTAGA
192 CAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAATAAATGATATTAGA
* * *
2210 AGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGACTTTGTATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAA
257 AGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAA
* * * *
2275 AAATTGAGTAAAAATAT-TTT-AGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACC
322 AAATTGAG-AAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * * * * *
2338 ATCACAGTTTCCGGCTAAAACCACGTTCCGGGGACGCGACTCAGTTTTGTATGATTATTGGAGTC
386 ATCACAGTTTCCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
* * * * *
2403 AAGACTCTTTGAAACATATGTATTCATCTAACCAAATGTCAGCCGCATTGGATACAAAGATTTTT
451 AAGACTCGTTGAAACATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATACAAGGA-TTTG
* * * *
2468 TTTTTACGAGTATCAGAATCTTGTTTCGAATTAATTAGAAATTAATTAGAAGAAAATACGATAAA
515 TTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATACGATAAA
* **
2533 TGATATTAGAAGTGT-AAAATGCCCTTCTATCTTATTTTAATTGAATTTATATATTTTTATGAGA
580 CGATATTAGAAGTGTGAAAA-GCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTATGAGA
*
2597 ATTATGCCAAAAATTGAGAAAA
644 ATTATGCCAAAAATTGAGTAAA
* ** * * * *
2619 AATCTTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAG-TCGAAATCGTGTAC-AA-CATCACAGTTTTGG
1 AAT-TTTTGATTCAA-TTTTGTAAAATTTT-GCCCGAAATCATATACTAACCATCACAGTTTTGT
* * * * * *
2681 GCTAAAAACGTGTTCTGGGGTCCCGACTCAGTTTTTCAAGAATTTTAACATCAAGACTCGTTGAA
63 GCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTAACATCAAGACTCGTTGAA
** * * * *
2746 ATAAATGTATTCATCTAACCAAATCACAGCCACATTGGA-TACAAGGATTTGATTTTACGAGCAT
128 ATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATAGGACT-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
* * * * *
2810 CAAAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTTATTCGAAAAAAATACG---ATAAACGATATTAGA
192 CAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAATAAATGATATTAGA
* * * * * ** * * * *
2872 AGTGTGAAATGCCCCTCTATCTTATTGGAATTGAATT-TGTATATTTTTATGAGAATTAT-TCCA
257 AGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTGTGGCCA
* *** * *
2935 AAAATTGACG--AAAAATTTTTCTATTCACTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AA
321 AAAATTGA-GAAAAAAATCTTTCGGGTCA-ATTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAA
** *** * * *
2997 TTTATCACAGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCGGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
384 -CCATCACAGTTTCCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
** * * * * *
3062 GCCAAGTTTCGTTGAAAAATCTTTATTCATCTAACCAAATTTCATCCACATTGGAT-CTAAGGAT
448 GCCAAGACTCGTTGAAACATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATAC-AAGGAT
* * * * * * *
3126 TTGCTTTTACGAGAATCAGAATCATGTTTCGGTTTCATTAGAGATTAATTCGAAAGAAAATAGGA
512 TTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAA-AAAATACGA
* * * ** * *
3191 TAAATGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTT-TAATCTTTTTAGTGTTGGATTATATATTTTTTTA
576 TAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCT-ATCTTATTGGAATTGAATT-TATATATTTTTA
* ** *
3255 CGAGTGTTGTGACCAAAAACTT-AG-AAA
639 TGAGAATTATG-CCAAAAA-TTGAGTAAA
* ** *
3282 AATCTTTTGATTCAATTTTGTATAATTTTGCCCGAAATCATATACTTGCTATCACAGTTTTGTGC
1 AAT-TTTTGATTCAATTTTGTAAAATTTTGCCCGAAATCATATACTAACCATCACAGTTTTGTGC
* * * *
3347 TAAAAACGCGTTCCGGGGTGCCGACTTAGTTTTGCATGATTTGTAACATCAAGACTCATGGAAAT
65 TAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTAACATCAAGACTCGTTGAAAT
* * *
3412 ATCTGTATTCATCTATCCAAATCTCAACCACATAGGACTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCAG
130 ATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATAGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAG
*
3477 AATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAATAAATGATATCAGAAGC
195 AATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAATAAATGATATTAGAAGC
*
3542 GTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTAGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA
260 GTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTT-GGCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA
* *
3607 ATTGAGAAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTGGCTGAAATTGTGTACTAACCATC
324 ATTGAGAAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
* *
3672 ATAGTTTCCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAA
389 ACAGTTTCCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAG
* * *
3737 ACTCGTTGAAACATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCATTGGATAGAATGATTTGTTTT
454 ACTCGTTGAAACATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATACAAGGATTTGTTTT
*
3802 TACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTTAA-TAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAAACGA
519 TACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATACGATAAACGA
* * *
3866 TATTAGAAGTGTGAAAAGCCCATCTATTTTATTGGAATTGAATTTATATCTTTTTTTATGAGAAT
583 TATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATA--TATTTTTATGAGAAT
3931 TATGCCAAAAATTGAGTTTAAA
646 TATGCCAAAAATTGAG--TAAA
* * * ** * * * *
3953 AATTTTCGATTCACTTTTTTTGCAAAATTTTAGCTAG-AATCGTGTGCTAACCATCATAGTTTT-
1 AATTTTTGATTCA---ATTTTGTAAAATTTT-GCCCGAAATCATATACTAACCATCACAGTTTTG
* ** **** *
4016 TGGCTAAAAACGGGTTCCGGAATCCCGACTTAGTTTTGCACT-ATTTTTAGTGCCAAGATTCGTT
62 T-GCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTTGCA-TGATTTTTAACATCAAGACTCGTT
* * * * * * *
4080 GAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATTTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGCTTTTACAAGA
125 GAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATAGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
* * * * * *
4145 ATAAGAATCATGTTTCGGTTTAATTAGAGATTAATTCGAAAGAAAAT-GG--GATAAATGATATT
190 ATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAA-AAAATAGGATAATAAATGATATT
* * * * *
4207 AGAAGTGTGAAAACCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTGTTGTGAC
254 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC
* * * * ** * * * * * *
4272 CTAAAACTGAG-GAAAAACCTTTCGATTCAATTTTTGTAAAATTTTGCCCAAAATCATATACTTA
319 CAAAAATTGAGAAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAA
* ** **
4336 CCATCACAGTTT-TGTGCTAAAAACGCGTTCC-GGGATCCCGACTCAGTTCCGCATGATTTTTAA
384 CCATCACAGTTTCCG-GCTAAAAACGCGTTCCGGGGA-CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * * * ** * * * * * ** *
4399 CATCAAAAAC-CGTGGAAGTATCTGCATTCATCTAACTAAATCACAACCACATAAGACT-TAAGG
447 C-GCCAAGACTCGTTGAAACATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGA-TACAAGG
* *
4462 A-TTGTTTTTACGAGTCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTTATTCAAAAAAAATAC
510 ATTTGTTTTTACGAG-CATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAC
4526 GATAAACGATAT
574 GATAAACGATAT
Statistics
Matches: 2139, Mismatches: 345, Indels: 168
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
647 3 0.00
648 245 0.11
649 78 0.04
650 7 0.00
652 1 0.00
653 102 0.05
654 110 0.05
655 8 0.00
656 1 0.00
657 1 0.00
658 4 0.00
659 10 0.00
660 9 0.00
661 74 0.03
662 258 0.12
663 45 0.02
664 313 0.15
665 14 0.01
666 1 0.00
667 39 0.02
668 106 0.05
669 393 0.18
670 79 0.04
671 55 0.03
672 1 0.00
673 173 0.08
674 9 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (665 bp):
AATTTTTGATTCAATTTTGTAAAATTTTGCCCGAAATCATATACTAACCATCACAGTTTTGTGCT
AAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTAACATCAAGACTCGTTGAAATA
TCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATAGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGA
ATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGATAATAAATGATATTAGAAGCG
TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAAT
TGAGAAAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
AGTTTCCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAC
TCGTTGAAACATATGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATACAAGGATTTGTTTTTA
CGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATACGATAAACGATAT
TAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCTATCTTATTGGAATTGAATTTATATATTTTTATGAGAATTATGC
CAAAAATTGAGTAAA
Done.