Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015410.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15443, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2593
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Found at i:965 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 88--1602 Score: 1839
Period size: 331 Copynumber: 4.6 Consensus size: 330
78 CCAAAGATTT
* * *
88 TGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGAT
1 TGCAAAACTGTGCCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGAT
* * * *
153 TTCGGCCAAAATTTTGCGAAAACTGTCTCGAAAAGTTTTTACTCAATTTTTGGCCACAATACTCA
66 TTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCA
* * *
218 TAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCCTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTC
131 TAAAAAATATATAACTCAAAGCCAATAAAATTGAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTC
*
283 CTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-ATATAATTTAGATGCTCGTAAAAAAATAT
196 CTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-A-AATTCAGATGCTCGTAAAAAAATAT
* *
347 TCTTAAATCCATTGTGGT-TGAGATCT-GTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCGGC
259 CCTTAAATCCATTGT-GTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGC-GC
410 CAAAAATCA
322 CAAAAATCA
** * * * *
419 TGCAAAACTAAGTCGGGGCCCCAGAACGCGCAGTTTTAGCAAAAAAAC-A-GA--G--A-TACAC
1 TGCAAAACTGTGCCGGGGCCCAAGAACGCG--TTTTTAGC-CAAAAACTATGATGGTTAGTACAC
* * *
477 GATTTCAGG-CAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCGCCACAATG
63 GATTTC-GGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
* * *
541 CTCATAAAAAATATGTAACTCAAAGCCAATAAAA-TGTAATGGCTTTTCAGGCTTCTAATATAAT
127 CTCATAAAAAATATATAACTCAAAGCCAATAAAATTG-AAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCAT
* * **
605 TTTTCCTACTTTTT-TGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAACC
191 TTTTCCTA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAAA
* * * * * *
669 TTATCCTTAAATGCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAAATGAAAATAGATATTTTAAGTAGTCTTGC
255 ATATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGC
734 AGCCAAAAATCA
320 -GCCAAAAATCA
* * *
746 TGCAAAATTGTGCCGGGACCCAAGAACGCGTTATTAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGAT
1 TGCAAAACTGTGCCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGAT
* * * * *
811 TTCAGCCAAAATGTTGCAAAAATTGTCCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTGGCCCCAA-ACTCA
66 TTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCA
* * * * * *
875 TAAAAATTATATAATTCAAATCCAA-AAAGACTGAAGGGC-TTTCGACGCTTC-AATTATCGTTT
131 TAAAAAATATATAACTCAAAGCCAATAAA-ATTGAAGGGCTTTTC-AGGCTTCTAA-TATCATTT
* * * *
937 TCCCTATTTTTTCCGAATTACTTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCATAAAAACAA
193 TTCCTA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAA-AA
* * * * * * * * * **
1002 -ATCTTTATATCCAATGTGACTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATCTCAATGACACTTGGC
256 TATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTT-GC
*
1066 GCCAAAGATCA
320 GCCAAAAATCA
* * *
1077 TGCAAATCTGTGCCGAGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTCTGATGGTTAGTACACGAT
1 TGCAAAACTGTGCCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGAT
* *
1142 TTCGGCCAAAATTTTGCGAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCA
66 TTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCA
* * * *
1207 TAAAAAATATATAACTGAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTT
131 TAAAAAATATATAACTCAAAGCCAATAAAATTGAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTC
* * * *
1272 CTATTTTTCAGAATTAATTTCTAAGTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAAATATTC
196 CTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAAAATATCC
* * *
1337 TTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAATCTTGCTGCCTA
261 TTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGC-GCCAA
1402 AAATCA
325 AAATCA
* * * *
1408 TGTAAAACTATGACGGGGCCCCAGAACGCGCATTTTTAG-CAACAAAC-AGTGAT-GTTAGTACA
1 TGCAAAACTGTGCCGGGGCCCAAGAACGCG--TTTTTAGCCAA-AAACTA-TGATGGTTAGTACA
* **
1470 CGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTACCCACAATA
62 CGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
* * * * * *
1535 CTCATAAAAAATATGTAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGATTTTCAGGCATCCAATATCATT
127 CTCATAAAAAATATATAACTCAAAGCCAATAAAATTGAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATT
1600 TTT
192 TTT
1603 AAGCGTTTTT
Statistics
Matches: 1008, Mismatches: 142, Indels: 67
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
324 6 0.01
325 9 0.01
326 44 0.04
327 213 0.21
328 10 0.01
329 9 0.01
330 60 0.06
331 432 0.43
332 189 0.19
333 30 0.03
334 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (330 bp):
TGCAAAACTGTGCCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGAT
TTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCA
TAAAAAATATATAACTCAAAGCCAATAAAATTGAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTC
CTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAAAATATCC
TTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCGCCAAA
AATCA
Found at i:1724 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1456--1770 Score: 524
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
1446 GCAACAAACA
1456 GTGATGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAAT
1 GTGATGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAAT
** *
1521 TTTTACCCACAATACTCATAAAAAATATGTAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGATTTTCAGG
66 TAGTACCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGATTTTCAGG
1586 CATCCAATATCATTTTTAAGCGTTTTTAGCCAAAAATT
131 CATCCAATATCATTTTTAAGCGTTTTTAGCCAAAAATT
* *
1624 GTGATTGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAAC-ATCCCGAAAATTTTTTCGTCAA
1 GTGA-TGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAA
** *
1688 TTAGTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAG
65 TTAGTACCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGATTTTCAG
* *
1753 GCTTCTAATATCATTTTT
130 GCATCCAATATCATTTTT
1771 CTGAATTAAT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 10, Indels: 2
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 99 0.73
169 37 0.27
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
GTGATGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAAT
TAGTACCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGATTTTCAGG
CATCCAATATCATTTTTAAGCGTTTTTAGCCAAAAATT
Found at i:2428 original size:330 final size:326
Alignment explanation
Indices: 1608--2534 Score: 985
Period size: 330 Copynumber: 2.8 Consensus size: 326
1598 TTTTTAAGCG
*
1608 TTTTTAGCCAAAAATTGTGATTGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAAC-ATCCCG
1 TTTTTAGCCAAAAAATGTGA-TGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCG
* ** *
1672 AAAATTTTTTCGTCAATTAGTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAA
65 AAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAAAGCCAA-AAAA
* * * * * *
1737 TTTAAGGGCTTTTCAGGCTTC---T--AATATCAT-TTTTCTGAATTAA-TTCTAATTAAATCGA
129 TTGAAGGGCTTTTCATGCTTCATTTCGTATTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* * * *
1795 AACATAATTCAGATGCTCGTAAAAATTATTCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGA
194 AACATAATTCAGATGCTCGTAAAACTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTAAAATTTGGTTAGATGA
* * * * *
1860 ATATAAATATTTTAAAGAGACTTGCTGCCAAAAATCAAGCAAAACTTAGTCGGGATCCCAGAACG
259 ATATAGATATTTTAAAGAGACTTGCTGCAAAAAATCAACCAAAACGTAGTCGGGAGCCCAGAAC-
*
1925 CGCG
323 CGCA
**
1929 TTTTTAG-CAAAAAATAGTGATG---GTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCATG
1 TTTTTAGCCAAAAAAT-GTGATGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCG
* * *
1990 AAAATTTTTTCCTAAAATTTTGGCCACAATAGTCATAAAAAAT-TAATAACT-AAAGGCCAAAAA
65 AAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATAT-ATAACTCAAA-GCC-AAAA
* * *
2053 AATTTG-AGGGCTTTTCATGCTTTTATAATATCGTTTTTACTATTTTCCGAATTAATTTCTAATT
127 AA-TTGAAGGGCTTTTCATGC-TTCAT--T-TCGTATTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATT
* *
2117 AAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTGAATCCATTGTGTCTAAAATTTGG
187 AAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAA-CTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTAAAATTTGG
* * * *
2182 TTAGATGAAAATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCAAAAAATCATCCAAAACCGT-GTCGGG-G
251 TTAGATGAATATAGATATTTTAAAGAGACTTGCTGCAAAAAATCAACCAAAA-CGTAGTCGGGAG
2245 CCCAGCAA-CGCA
315 CCCAG-AACCGCA
* * * * * *
2257 TTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTAAACGATCTCGGCTAAAATTTTGCGAAAACTGTCCCG
1 TTTTTAGCCAAAAAATGTGAT-GTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCG
** * * *
2322 AAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAAATCCAAAAAGA
65 AAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAAAGCCAAAAA-A
* ** *
2387 CTGAAGGGCTTTAGATGCTTCATTTTTCGTATTTCCTATTTTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAA
129 TTGAAGGGCTTTTCATGCTTCA--TTTCGTATTTCCTA---TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
* ** * *
2452 ATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCAATT-TGGCTGAGAA-TTGG
189 ATCGAAACATAATTCAGATGCTCGT-AAAACTTATCCTTAAATCC-ATTGTGGCT-AAAATTTGG
*
2515 TTAGATGAGTATAGATATTT
251 TTAGATGAATATAGATATTT
2535 CAATGACATT
Statistics
Matches: 503, Mismatches: 66, Indels: 62
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
317 35 0.07
318 67 0.13
319 6 0.01
320 9 0.02
321 11 0.02
325 1 0.00
327 3 0.01
328 27 0.05
329 52 0.10
330 90 0.18
331 13 0.03
332 89 0.18
333 90 0.18
334 10 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (326 bp):
TTTTTAGCCAAAAAATGTGATGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGA
AAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAAAGCCAAAAAATT
GAAGGGCTTTTCATGCTTCATTTCGTATTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
CATAATTCAGATGCTCGTAAAACTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTAAAATTTGGTTAGATGAAT
ATAGATATTTTAAAGAGACTTGCTGCAAAAAATCAACCAAAACGTAGTCGGGAGCCCAGAACCGC
A
Found at i:2520 original size:333 final size:328
Alignment explanation
Indices: 1638--2534 Score: 865
Period size: 333 Copynumber: 2.8 Consensus size: 328
1628 TTGTTAGTAC
* * ** * * *
1638 ACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAAC-ATCCCGAAAATTTTTTCGT-CAATTAGTGGCCACAA
1 ACGATCTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCACGAAAAAATTTTCCTAAAATT-TTGGCCACAA
* * * * * * * *
1701 TACTCATAAAAAA-TATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGC-TTC-TAATA
65 CACTCATAAAAAATTA-ATAACTAAAGGCCAAAAAAATCTGAGGGCTTTACATGCTTTCATAATA
1763 TC------A--TTTTT-CTGAATTAA-TTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAA
129 TCGTTTTTACTTTTTTCCT-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAA
* * *
1818 AA-TTATTCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAAGAGACT
193 AACTTATCCTTAAATCCATTGTGGC-TAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAAGAGACT
* * * * *
1882 TGCTGCCAAAAATCAAGCAAAACTTAGTCGGGATCCCAGAACGCGCGTTTTTAGCAAAAAATAGT
257 TGCTGCAAAAAATCAACCAAAACGTAGTCGGGAGCCCAGAAC-CGCATTTTTAGCAAAAAATAGT
*
1947 GATGGTAC
321 GATGGTAA
* * ** *
1955 ACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCATGAAAATTTTTTCCTAAAATTTTGGCCACAAT
1 ACGATCTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCACGAAAAAATTTTCCTAAAATTTTGGCCACAAC
* * * *
2020 AGTCATAAAAAATTAATAACTAAAGGCCAAAAAAATTTGAGGGCTTTTCATGCTTTTATAATATC
66 ACTCATAAAAAATTAATAACTAAAGGCCAAAAAAATCTGAGGGCTTTACATGCTTTCATAATATC
* * *
2085 GTTTTTACTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACC
131 GTTTTTACTTTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAC
* * * * * *
2150 TTATCCTTGAATCCATTGTGTCTAAAATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGGAGTCTTGC
196 TTATCCTTAAATCCATTGTGGCTAGAA-TTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAAGAGACTTGC
* *
2215 TGCAAAAAATCATCCAAAACCGT-GTCGGG-GCCCAGCAA-CGCATTTTTAGCCAAAAACT-GTG
260 TGCAAAAAATCAACCAAAA-CGTAGTCGGGAGCCCAG-AACCGCATTTTTAG-CAAAAAATAGTG
2276 ATGGTTAGTAA
322 AT-G---GTAA
* * * * * *
2287 ACGATCTCGGCTAAAATTTTGCGAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAAC
1 ACGATCTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCACGAAAAAATTTTCCTAAAATTTTGGCCACAAC
* * * * *
2352 ACTCATAAAAAA-TATATAATTCAAA-TCCAAAAAGA-CTGAAGGGCTTTAGATGC-TTCAT-TT
66 ACTCATAAAAAATTA-ATAACT-AAAGGCCAAAAAAATCTG-AGGGCTTTACATGCTTTCATAAT
* * *
2412 TTCGTATTTCCTATTTTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT
128 ATCGT-TTT--TACTTTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGT
** * *
2477 AAAAACAAATCCTTCAATCCAATT-TGGCTGAGAATTGGTTAGATGAGTATAGATATTT
190 AAAAACTTATCCTTAAATCC-ATTGTGGCT-AGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTT
2535 CAATGACATT
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 65, Indels: 48
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
317 28 0.06
318 70 0.14
319 8 0.02
320 7 0.01
326 1 0.00
328 25 0.05
329 56 0.12
330 81 0.17
331 13 0.03
332 93 0.19
333 95 0.20
334 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (328 bp):
ACGATCTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCACGAAAAAATTTTCCTAAAATTTTGGCCACAAC
ACTCATAAAAAATTAATAACTAAAGGCCAAAAAAATCTGAGGGCTTTACATGCTTTCATAATATC
GTTTTTACTTTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAC
TTATCCTTAAATCCATTGTGGCTAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAAGAGACTTGCT
GCAAAAAATCAACCAAAACGTAGTCGGGAGCCCAGAACCGCATTTTTAGCAAAAAATAGTGATGG
TAA
Done.