Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015413.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15446, whole genome shotgun sequence
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*
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * **
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* * * * * * * * *
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** * ** * *** *
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* * * * *
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**
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* * * * * **
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* * * * *
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* * ** * *
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** ** * ** * *
28437 TTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAACCATAA
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* * * * * *
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* *
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* * **
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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189 ATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAG-ATGCTCGTAAAACCTTATCCT
** * * * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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1 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCA
* * * *
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* * * * * *
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** ** * * ** *
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* * * * * * *
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256 ATCCATTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCT-TGCTGCCAAAAA
*
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * * * * *
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** * ** * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * **
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* * * *
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*
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* ** * * * **
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * * * * * *
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258 CCATTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCTTGCTGCCAAAAATCA
*
30888 TCCAAAAT
323 TCCAAAAC
**
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* * * *
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** ** * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * *
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** * * * * ** * *
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* * * * * * *
31484 AAATCCAATGTGGCTAAGAATTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAATGACACTTGGC-GTCAGA
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*
31548 AATCATTCAAAAC
318 AATCATCCAAAAC
* * * *
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* * * *
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* * *
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194 TCT-AAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAAT
* * * * * *
31819 CCATTGTGGTTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTTG-CAAAAATC
258 CCATTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCTTGC-TGCCAAAAATC
31883 ATCCAAAAC
322 ATCCAAAAC
*
31892 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCA
1 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCA
* * *
31957 AAATTTTGCAAAAACTGTTCC-AAAAATTTATTCCTCAATTTTTATCCA-AAGTACTTATAAAAA
66 AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTT-TTCCTCAATTTTTAGCCACAA-TACTCATAAAAA
* * * *
32020 ATATATAACTTAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGACTTCTAATATCGTTTTTCCTATTT
129 ATATATAACTCAACTCCAA-AAAATTTAAGGGCTTTTGAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTT
* * * *
32085 TTCTAAATTAATTTCTATTTAAATCGAATTATAATTCAGATGATCATAAAGCCTTATCCTTAAAT
193 TTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAAT
* * * * * * *
32150 CCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTAACATATTTAAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCA
258 CCATTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCTTGCTGCCAAAAATCA
32215 TCCAAAAC
323 TCCAAAAC
* **
32223 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-G-AACGTACACGATTTCGAAC
1 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCC
* * *
32286 AAAATTTTGCAAAAACTGAT-CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGACACAACACTCATAAAAT
65 AAAATTTTGCAAAAACTG-TCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAA
* * * ** * * * * *
32350 ATATATAATTCAAGTCCAAAAAGAATGGA-GGATTTAGATGATTC-AATTATTGTTTTTCCTAAT
129 ATATATAACTCAACTCCAAAAA-ATTTAAGGGCTTTTGAGGCTTCTAA-TATCGTTTTTCCT-AT
** ** * * * ** *
32413 TTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAAACCTTA
191 TTTT-CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTA
* * * * * *
32478 AATCCAATATGGCT-ATGAATTGGTTACATGAATATAGATATTTCAATGACACTTGGC-GCCTAA
255 AATCCATTGTGGCTGA-GAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCTT-GCTGCCAAA
* **
32541 AATCATGCAAATT
318 AATCATCCAAAAC
* * * * *
32554 TGTGCTGGGGACCAGGAACGCATTTTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGAG-C
1 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCG-GCC
* * *
32618 AAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAATTTTTTCCTCAA-TTTTATGCCACAACACTCATAAAAA
65 AAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTA-GCCACAATACTCATAAAAA
* * * * * * * * *
32682 ATATATTATTTAAGTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTAGATGCTTC-AATTATGGTTTTTCGTAAT
129 ATATATAACTCAACTCCAAAAA-ATTTAAGGGCTTTTGAGGCTTCTAA-TATCGTTTTTCCT-AT
** * * * * ** * *
32746 TTTTCCCGAATTAATTTCTTATTAAATCGAA-CATGATTGAGATGCTCGTAAAGA-CAAAACCAT
191 TTTT-CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGCTCGTAAA-ACCTTATCCTT
* * * * * * *
32809 AAATCCAATGTGGCTAAGAATTGGTTAGATAAATATGGATATTTCAATGACACTTGGC-GTCAAA
254 AAATCCATTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCTT-GCTGCCAAA
*
32873 AATCATTCAAAAC
318 AATCATCCAAAAC
* * * * * * **
32886 TGTGCCGGGACCCAGGAATGCATTTTTAGCTAAAAATTGTGATGGTTATTACACGATTTCGAACA
1 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCA
* *
32951 AAATTTTGCAAAAACTGTCCTGAAAAATTTTTCGTCAATTTTTAGCCA-AAGTACTCATAAAAAA
66 AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAA-TACTCATAAAAAA
* * * * * * *
33015 TATATAGCTCAACGCTAATAAA--GAA-------TGA--CTTCTAATATGGTTTTT-CTATTTAT
130 TATATAACTCAACTCCAAAAAATTTAAGGGCTTTTGAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTT
* * * *
33068 -TAAATT--TATATAATTAAATCGAATTATAAATCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCC
195 CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCC
* * * * *
33130 ATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTACATATTTTAATGAGTCTTGCTGCCAAAAATCTTC
260 ATTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCTTGCTGCCAAAAATCATC
33195 CAAAAC
325 CAAAAC
* * * **
33201 TGTGCCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGAACA
1 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCA
* * *
33266 AAATTTTGCAAAAACTGAT-CCG-AAAATTTTATCCTCAAATTTT-GCCACAACACTCATAAAAT
66 AAATTTTGCAAAAACTG-TCCCGAAAAATTTT-TCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAA
* * * * * * * * *
33328 ATATATAATTCAAGTCCAAAAAGAATGAA-GGATTTAGACGATTC-AATTATTGTTTTTCCTAAT
129 ATATATAACTCAACTCCAAAAA-ATTTAAGGGCTTTTGAGGCTTCTAA-TATCGTTTTTCCT-AT
* ** * * ** *
33391 TTTTCCAGAATTAA-TTCATAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAATCAAAACCTT
191 TTTTCTA-AATTAATTTC-TAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTT
* * * * * *
33455 AAATCCAATATGGCTAAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACACTTGGC-GCCCAA
254 AAATCCATTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCTT-GCTGCCAAA
* *
33519 AATAATTCAAAAC
318 AATCATCCAAAAC
* * * * **
33532 TGTGCCGGGTCCCAGAAACGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTGCAAAATTTCGGCCA
1 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCA
* * * *
33597 AAATTTTGCAAAAATTGTCCC-AAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCACACTACTCATAAAAAA
66 AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAA-ATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAA
** ** * * *
33661 TATATAACTCAAAGCC----AATTTATTGGCTTTTCAGGATTCTAATATTGGTTTTT-CTA-TTT
130 TATATAACTCAACTCCAAAAAATTTAAGGGCTTTTGAGGCTTCTAATA-TCGTTTTTCCTATTTT
* * * * *
33720 T-TAAATTAATTTTTAATTAAAGCGAATTATAATTGAGATGGTCGTAAAACCTTATCCATAAATC
194 TCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATC
* * * * * * * ** * *
33784 CATTATTGCTGAGATTTGGTTAGATGAGTTTACATATTTTAA-GCATTCTTGGAGCCGAAAATCT
259 CATTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATG-ACTCTTGCTGCCAAAAATCA
33848 TCCAAAAC
323 TCCAAAAC
* * * * *
33856 TTTGTCGGGGTCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-T-TG-T-GAT-GTA-ATGATTTCGGCCA
1 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCA
* *
33915 AAATTTTGCAAAATCTGT-CCTAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTAGCCA-AATTACTCATAAAAA
66 AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAA-TTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAA-TACTCAT-AAAA
* * * *
33978 AATATATAACTCAACACCCATAAAATTTAAGGGCTTTTTAGGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTT
128 AATATATAACTCAAC-TCCAAAAAATTTAAGGGCTTTTGAGGCTTCTAATATCGTTTTTC---CT
* * * **
34043 TTTTTTCAAAATTAATTTCTAATTAAAT-G-A--AT--TT-AGATGGTCGTAAAGGCTTATCCTT
189 ATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTT
* * * * * * * *
34101 AAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCTAAAA
254 AAATCCATTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCTTGCTGCCAAAA
34166 ATCATCCAAAAC
319 ATCATCCAAAAC
** * * * * * * * * *
34178 TGTGCCTAGTCCCATGAATGCGTTTTCAACCAAAAACTGTGA----TAATAAACGATTTCAGCCG
1 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCA
* * * *
34239 AAATTTTGCAAAAACTGT-CCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTCAGCCTA-ATTACTTATAAAAAA
66 AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCC-ACAATACTCATAAAAAA
* *** * * * *
34302 TATATAACTCAACGCCAATAAAATTTATTAGCTTTTCAAGTTTCTAATATCGTTTTTTCTATTTT
130 TATATAACTCAACTCCAA-AAAATTTAAGGGCTTTTGAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTT
* * * *
34367 T-TAAATTAATTTTTAATTAAATCGAATTATAAATCAGATGGTCGTAAAACCTTATCTTTAAATC
194 TCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATC
* * * * * * *
34431 CATTGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATTTACAAATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCAT
259 CATTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCTTGCTGCCAAAAATCAT
34496 CCAAAAC
324 CCAAAAC
* * *
34503 TGTGACGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCAA
1 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCA
34568 AAATTTTGCAAAAACTGTCCC-AAAAATTTTTTCCTCAATTTTTAGCCA-AAGTACTCATAAAAA
66 AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAA-TTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAA-TACTCATAAAAA
* * * *
34631 ATCA-ATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCCTCTAATATGGTTTTTCCTATT
129 AT-ATATAACTCAACTCCAA-AAAATTTAAGGGCTTTTGAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATT
* * * * *
34695 TTTCTAAATTAATTTCAAATTAAAACGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAGCCTTATCCATAAA
192 TTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAA
* * * * * * * * * * *
34760 TCCATTGTGGCAGAGATTTGCTTAAATAAATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCTAGAAATC
257 TCCATTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCTTGCTGCCAAAAATC
34825 ATCCAAAAC
322 ATCCAAAAC
*
34834 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGAG-
1 TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCG-GC
* * *
34898 CAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCG-AAAATTTTTTCTCAA-TTTTATGCCACAACAGTCATAAAA
64 CAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTA-GCCACAATACTCATAAAA
* *
34961 AATATATAATTCAAGTCCAAA
128 AATATATAACTCAACTCCAAA
34982 TATCATTCAA
Statistics
Matches: 7305, Mismatches: 1177, Indels: 500
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
314 55 0.01
315 170 0.02
316 5 0.00
317 7 0.00
318 81 0.01
319 28 0.00
320 19 0.00
321 6 0.00
322 169 0.02
323 43 0.01
324 193 0.03
325 144 0.02
326 8 0.00
327 162 0.02
328 103 0.01
329 535 0.07
330 804 0.11
331 1720 0.24
332 1338 0.18
333 1107 0.15
334 30 0.00
335 164 0.02
336 29 0.00
337 255 0.03
338 7 0.00
339 98 0.01
340 25 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
TGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCA
AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAT
ATATAACTCAACTCCAAAAAATTTAAGGGCTTTTGAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTC
TAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCA
TTGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAATGACTCTTGCTGCCAAAAATCATCC
AAAAC
Done.