Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01015414.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15447, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1835
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.14, T:0.35


Found at i:751 original size:329 final size:330

Alignment explanation


    Indices: 2--1749  Score: 2281
    Period size: 330  Copynumber: 5.3  Consensus size: 330

          1 G

                        * *       *           **                             
          2 TAAAAAATATATGATTCAACGCTAATAAAATTTATTGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCG-TTTTC
          1 TAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTC

            *          *   *        *                    *                   
         66 TTATTTTT-TATATTTATTTCTAAATAAATCGGAATTATAATTCAAATGGTCGTAAAGCCTTATC
         66 CTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATC-GAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAGCCTTATC

                   *                                                         
        130 CTTAAATACATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCA
        130 CTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCA

                                   *        *                            *   
        195 AAAATCATCCAAAACTGTGTCGGTG-CTCAGGTACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGACAGTTAG
        195 AAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCT-AGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGAC-GGTAG

             *                          *                   **               
        259 TGCACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAGACTGTCCCAAAAAGTTTTTATTCAATTTTTAGCCAA
        258 TACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAA

                    
        324 AGTACTCA
        323 AGTACTCA

                         *        **      *   **         **                  
        332 TAAAAAATATATAGCTCAACGCTGATAAAAATTATTGGCTTTTCACTCTTCTAATATCGTTTTT-
          1 TAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTC

                           *    *                   *               *        
        396 CTATTTTT-TAAATTTATTTTTAATTAAATCGAATTATAAATCAGATGGTCGTAAAACCTTATCC
         66 CTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAGCCTTATCC

                                     *               *                     * 
        460 TTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTACAAATTTTAAGGAGTCTTG-TCGCAA
        131 TTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGCT-GCCA

                            *                        *   *           *       
        524 AAAATCATCCAAAACTCTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTAGTA
        195 AAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGACGGTAGTA

              *     *   *                        *  *                        
        589 CATGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGTCCC-AGAATTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAG
        260 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAG

                  
        653 TACTCA
        325 TACTCA

                                                                 *           
        659 TAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAGTATCGTTTTTC
          1 TAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTC

             *                                  *           *               *
        724 CAATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTCTAATTCAGATGTTCGTAAAGCCTTATCG
         66 CTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAGCCTTATCC

            *                            *  *     *             *       *    
        789 ATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATAAATTTTCATATTTTAAGGACTCTTGCTACCAA
        131 TTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAA

                                    *         *                  *           
        854 AAATCATCCAAAACTGTG-CTGGGACCTAGGAACACGTTTTCAGCCAAAAACTATGACGGTTAGT
        196 AAATCATCCAAAACTGTGTC-GGGGCCTAGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGACGG-TAGT

                    *                                                        
        918 ACACGATTCCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAA
        259 ACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAA

                   *
        983 GTACTCGT
        324 GTACTC-A

                        * *       *           **                             
        991 TAAAAAATATATGATTCAACGCTAATAAAATTTATTGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCG-TTTTC
          1 TAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTC

                     *      *                            *                   
       1055 CTTATTTTTTTAAATTTATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAAATGGTCGTAAAGCCTTATC
         66 C-TATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAGCCTTATC

                                                                             
       1120 CTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCA
        130 CTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCA

                *                  *                                     *   
       1185 AAAAGCATCCAAAACTGTGTCGGTG-CTCAGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGACGATTAG
        195 AAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCT-AGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGACG-GTAG

                                *            *       **                      
       1249 TACACGATTTCGGCCAAAATATTGCAAAAACTGCCCCAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAA
        258 TACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAA

                   *
       1314 AGTACTCG
        323 AGTACTCA

                                                                   *         
       1322 TAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATGTCGTTTTTC
          1 TAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTC

                                                                *            
       1387 CTA-TTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGAAAAGCCTTATCC
         66 CTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAGCCTTATCC

                                             *  *                 *          
       1451 TTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGGATCTACATATTTTAAGGAGTTTTGCTGCCAA
        131 TTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAA

                 *       *    *    *  * *           *               *        
       1516 AAATCTTCCAAAATTGTGCCGGGACCCACGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTA
        196 AAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGACGG-TAGTA

               *      **                  *                *          *      
       1581 CACTATTTCGAACAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAA-TTTTTACTCAATTTTTGGCCAGA
        260 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCC-AAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTAGCCA-A

              * *   
       1645 A-CAATCA
        323 AGTACTCA

              *           *    *             *     *   *                     
       1652 TATAAAATATATAATTC-ATGTCCAA-AAAATTGAAGGGATTTACA-GCTTC-AATTATCGTTTT
          1 TAAAAAATATATAACTCAACG-CCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAA-TATCGTTTT

                          *            *          
       1713 TCCTAATTTTTCCCGAAA-TAATTTCTTATTAAATCGA
         64 TCCT-ATTTTT--CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGA

       1750 GCATGATTTC


Statistics
Matches: 1243,  Mismatches: 150, Indels: 49
        0.86            0.10        0.03

Matches are distributed among these distances:
 327   88  0.07
 328   62  0.05
 329  310  0.25
 330  361  0.29
 331  124  0.10
 332  297  0.24
 333    1  0.00

ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.14, T:0.36


Consensus pattern (330 bp):   
TAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTC
CTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAGCCTTATCC
TTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAA
AAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGACGGTAGTAC
ACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAGT
ACTCA

Done.