Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015415.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15448, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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129 TAATTCAAGT
* * *
139 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATCGTT
*
204 AGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAATTTTTGTCCTCAATTTTTAGCC
66 AGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTT-TCCTCAATTTTTAGCC
* * *
269 GAAGTACTCATAAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAA
130 -AAATACTCAT-AAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAA
*
334 TATCGTTTTTAC-TATTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGT
193 TATCGTTTTT-CTTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGT
* *
398 AAAGCCTTATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACATATTTTAAGGAG
257 AAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAG
*
463 TCTTGTTG
322 TCTTGCTG
* * *
471 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGACCCAGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATCGTT
** * * * * *
536 AGTACACGATTTCGAACAAAATTTTGCAAAGACTATCCCGAAAATTTTTTCTCAATTTTTGGCCA
66 AGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCA
* * * * * * * *
601 CAACAGTCATATAAAATATATAATTC-ATGTCCAA-AAAATTGAAGGGATTTACA-GCTTC-AAT
131 -AATACTCATAAAAAATATATAACTCAACG-CCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAA-
* * * * * *
662 TATCGTTTTTCCTAATTTTTCCCGAAA-TAATTTCTTATTAAATCGAA-CATGATTCAGATGCTC
193 TATCGTTTTT-CTTATTTTT--CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTC
* ** * * * * * * * * * * *
725 GTAAAGACAAAACCATAAATCCAATGTGACTAAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATG
255 GTAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGG
**
790 ACACTTGGC-G
320 AGTCTT-GCTG
* * *
800 CCAAAAATCATCCCAGACTGTGCCGGGTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATCGTT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATCGTT
* * * *
865 AGTACACGATTTCGGCCTAAATTTTGTAAAAACTATCCCAGAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCA
66 AGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCA
930 AAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTGT-AGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
131 AA-TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATT-TAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
*
994 ATCGTTTTTCCTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAA
194 ATCGTTTTTCTTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAA
* * *
1059 AGCCTTATCCATAAATCCATTGTGCCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACATATTTTAAGGAGTC
259 AGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTC
*
1124 TTGCTA
324 TTGCTG
* * * *
1130 CCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGACCCAGGAACGCGTTCTCAGCCAAAAAACTGTGAT-G-
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACTGTGATCGT
* ** * *
1193 --GTACACGATTTTGAACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAATTGTTTTCCTCAATTTTTGG
65 TAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCC-AAAAAT-TTTTCCTCAATTTTTAG
* * * * * * * * * *
1256 CCACAACAATCATATAAAATATATAATTC-ATGTCCAAAAAAATTGAAGGGATTTACACGCTTC-
128 CCA-AATACTCATAAAAAATATATAACTCAACG-CCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCT
* * * * * *
1319 AATTATCGTTTTTCCTAATTTTTCCCGAAA-TAATTTCTTATTAAATCGAA-CATGATTCAAATG
191 AA-TATCGTTTTT-CTTATTTTT--CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATG
* * * ** * * * * * * * *
1382 CTCCTAAAGACAAAACCATAAATCCCA-TGTGGCTAAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
252 GTCGTAAAGCCTTATCCTTAAAT-CCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTT
* **
1446 AATGACACTTGGC-G
316 AAGGAGTCTT-GCTG
* * *
1460 CCTAAAATCAACCAAAACTGTGTCGGGTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAATCTGTGATCGTT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATCGTT
* * * * *
1525 AGTACACGATTTCTGACAAAATTTTGCAACAATTGTCCCAAAAAGTTTTTCCTTAATTTTTAGCC
66 AGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAA-TTTTTCCTCAATTTTTAGCC
*
1590 AATATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
130 AA-ATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
*
1655 ATCGTTTTTCTTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATTGAATTATAATTCAGATGGTCGTAA
194 ATCGTTTTTCTTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAA
* * * * * * * * * **
1720 AGCGTTATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACAC
259 AGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTC
1785 TTGGC-G
324 TT-GCTG
* * * *
1791 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGTCCCAGGAACGTGTTTTTAACCAAAAACTTTGAT-GAT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATCG-T
* * * * * *
1855 TAATACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAATTATCACAAAAATTTTTCCTTAATTTATAGCC
65 TAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCC
* * *
1920 AAAGTACTCGTAAAAGATATATAATTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
130 AAA-TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
*
1985 ATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGATCGTA
194 ATCGTTTTTCTTA-TTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTA
*
2050 AAGCCTTA-CTCTTAAATCCATTGTGGCTGAG-TTATGCTTAGATGAATTAACATA-TTTATAGG
258 AAGCCTTATC-CTTAAATCCATTGTGGCTGAGATT-TGCTTAGATGAATTTACATATTTTA-AGG
*
2112 AGTCTTGATG
320 AGTCTTGCTG
* * * *
2122 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCC-AAAA-----A-C--T
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATCGTT
* * *
2178 AGTACACGTTTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTTCCAGAAATTTTTTCCTCAATTTTTAGCC
66 AGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCA-AAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCC
*
2243 AAGGTACTCAT-AAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
130 AA-ATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
* *
2307 ATCGTTTTTCCTA-TTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAAATGGTCGTAA
194 ATCGTTTTTCTTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAA
* *
2371 AGCCTTATCCTTAAATCCATTATGGTTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTC
259 AGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTC
*
2436 TTGCTC
324 TTGCTG
* * * *
2442 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTC-GGTGCTCAGGTACGCGTTTTGAGCCAAAAACTATGA-CGG
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGT-CCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATC-G
* * **
2505 TTAATGCACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTATTCAATTTTTAGC
64 TTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGC
* * * **
2570 CAAAGTACTCATAAAAAATATATAGCTCAACGCTAATAAATTTTATTGGCTTTTCAGGCTTCTAA
129 CAAA-TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAA
* * * * *
2635 TATCGTTTTTTCTAATTTTT-TAAATTTATTTTTAGTTAAATCGAATTATAAATCAGATGGTCGT
193 TATCG-TTTTTCTTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGT
* * *
2699 AAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTACAAATTTTAAGGAG
257 AAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAG
*
2764 TCTTGCAG
322 TCTTGCTG
* * * *
2772 CCAGAAATCATCCAAAACTGTGCCGGAG-ACCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGG-GTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATCGT
* ** *
2836 TAGTACAGGATTTTTGCCTAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCC
65 TAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCC
*
2901 AAAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCTATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
130 -AAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
* *
2966 ATCGTTTTTCCTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATAGAATTATAATTCAGATGGTCGTAA
194 ATCGTTTTTCTTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAA
*
3031 AGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTC
259 AGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTC
3096 ATT-CTG
324 -TTGCTG
* * *
3102 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTC-GGTGCTCAGGTACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGA-CGG
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGT-CCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATC-G
* * * **
3165 TTAGTGCATGATTTCGTCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAGTTTTTATTCAATTTTTAG
64 TTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAA-TTTTTCCTCAATTTTTAG
* * * * **
3230 CGAAAGTACTCATAAAAAATATATAGCTCAACGCTAATAAAAATTATTGGCTTTTCAGGCTTCTA
128 CCAAA-TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTA
* * * *
3295 ATATCGTTTTT-TCTATTTTT-TAAATTTATTTTTAATTAAATCGAATTAGAAATCAGATGGTCG
192 ATATCGTTTTTCT-TATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCG
* * *
3358 TAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTACAAATTTTAAGGA
256 TAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGA
3423 GTCTTGCTG
321 GTCTTGCTG
* *
3432 CCAGAAATCATCCAAAACTGT-TCCGGAG-CCCAGGAACGCGTTTCTAGCCAAAAATCTGTGA--
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGT-CGG-GTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CTGTGATC
* * * * *
3493 --AACGTACACGATTTCGAG-CAAAATTTTGCAAAAATTGTCCCGAAATTTTTTTCTCAA-TTTT
63 GTTA-GTACACGATTTCG-GCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTT
* *
3554 ATGCCACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAA
126 A-GCCA-AATACTCATAAAAAATATATAACTCAA
3588 GTCCAAATAT
Statistics
Matches: 2672, Mismatches: 358, Indels: 179
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
319 2 0.00
320 145 0.05
321 11 0.00
322 98 0.04
323 29 0.01
325 1 0.00
326 7 0.00
327 69 0.03
328 99 0.04
329 444 0.17
330 1040 0.39
331 499 0.19
332 190 0.07
333 38 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (329 bp):
CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGTCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATCGTT
AGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCA
AATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATAT
CGTTTTTCTTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAG
CCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTT
GCTG
Found at i:4039 original size:488 final size:486
Alignment explanation
Indices: 3102--4074 Score: 1261
Period size: 488 Copynumber: 2.0 Consensus size: 486
3092 AGTCATTCTG
* * * *
3102 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGTGCTCAGGTACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGACGGTT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTCAGCCAAAAACTGTGACGGTT
* * * * ** * *
3167 AGTGCATGATTTCGTCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAGTTTTTATTCAATTTTTAGCG
66 AGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTACAAAAACTACCCCAAAAAGTTTTTACTCAATTTTTAGCC
* * **
3232 AAAGTACTCATAAAAAATATATAGCTCAACGCTAATAAAAATTATTGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
131 AAAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAAATTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
* * *
3297 ATCGTTTTTTCTATTTTTTAAATTTATTTTTAATTAAATCGAATTAGAAATCAGATGGTCGTAAA
196 ATCGTTTTTTCTATTTTTTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTAGAAATCAGATGATCGTAAA
* *
3362 ACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTACAAATTTTAAGGAGTCT
261 ACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACAAATTTTAAGGAGTCT
* *
3427 TGCTGCCAGAAATCATCCAAAACTGTTCCGGAGCCCAGGAACGCGTTTCTAGCCAAAAATCTGTG
326 TGATGCCAAAAATCATCCAAAACTGTTCCGGAGCCCAGGAACGCGTTTCTAGCCAAAAATCTGTG
* * *
3492 AAACGTACACGATTTCGAGCAAAATTTTGCAAAAATTGTCCCGAAATTTTTTTCTCAA-TTTTAT
391 -AACGTACACGATTTCGAGCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCAGAAATTTTTTCCTCAATTTTTA-
*
3556 GCCACA-ACACTCATAAAAAATATATAATTCAAGT
454 GCCA-AGACACTCAT-AAAAATATATAACTCAAGT
* * *
3590 CCAAATATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTCAGCCAAAAACTGTGACGGTT
* ** *
3655 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTACCCCAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCC
66 AGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTACAAAAACTACCCCAAAAAGTTTTTACTCAATTTTTAGCC
* * *
3720 AAAGTACTCGTAAAAAAATATATAACTCAATGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAA
131 AAAGTACTCAT-AAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAAATTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAA
* * *
3785 TATCG-TTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGTATTATAATTCAGATGATCG
195 TATCGTTTTTTC-TA-TTTTT-TAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTAGAAATCAGATGATCG
* *
3849 TAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGT-GCATGAG-TTATGCTTAAATGAA-TTAC-CATATTTAT
257 TAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGC-TGAGATT-TGCTTAAATGAATTTACAAAT-TTTA-
* * * *
3910 AGGAGTTTTGATGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGT-TGGGGCCCCGGAACGCGTTT-TCAGCCA
318 AGGAGTCTTGATGCCAAAAATCATCCAAAACTGT-TCCGGAGCCCAGGAACGCGTTTCT-AGCCA
* *
3973 AAAA-CTGTG-ATGTACACGTTTTCG-GCCAAAATTTTGCAAAAACTGTTCCAGAAA-TTTTTCC
381 AAAATCTGTGAACGTACACGATTTCGAG-CAAAATTTTGCAAAAACTG-TCCAGAAATTTTTTCC
**
4034 TCAATTTTTAGCCAAGGTACTCATAAAAATATATAACTCAA
444 TCAATTTTTAGCCAAGACACTCATAAAAATATATAACTCAA
4075 CGCCAATAAA
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 50, Indels: 29
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
487 18 0.04
488 178 0.42
489 68 0.16
490 23 0.05
491 133 0.32
492 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (486 bp):
CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTCAGCCAAAAACTGTGACGGTT
AGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTACAAAAACTACCCCAAAAAGTTTTTACTCAATTTTTAGCC
AAAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAAATTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
ATCGTTTTTTCTATTTTTTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTAGAAATCAGATGATCGTAAA
ACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACAAATTTTAAGGAGTCT
TGATGCCAAAAATCATCCAAAACTGTTCCGGAGCCCAGGAACGCGTTTCTAGCCAAAAATCTGTG
AACGTACACGATTTCGAGCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCAGAAATTTTTTCCTCAATTTTTAGC
CAAGACACTCATAAAAATATATAACTCAAGT
Found at i:4998 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 3590--5917 Score: 3028
Period size: 332 Copynumber: 7.1 Consensus size: 330
3580 TAATTCAAGT
* *
3590 CCAAATATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
* * ** *
3655 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTACCCCAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCC
66 AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAA-ATTTTTCCTCAATTTTTAGCC
* *
3720 AAAGTACTCGTAAAAAAATATATAACTCAATGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAA
130 AAAGTACTCAT-AAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAA
* * *
3785 TATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGTATTATAATTCAGATGATCGT
194 TATCGTTTTTCCTA-TTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGT
*
3850 AAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGT-GCATGAG-TTATGCTTAAATGAA-TTACCATA-TTTATA
258 AAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGC-TGAGATT-TGCTTAAATGAATTTA-CATATTTTA-A
* *
3911 GGAGTTTTGATG
319 GGAGTCTTGCTG
* * *
3923 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGA----T
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
* * * *
3984 -GTACACGTTTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTTCCAGAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCA
66 AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCA
*
4048 AGGTACTCAT-AAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATA
131 AAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATA
* *
4112 TCGTTTTCCCTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAAATGGTCGTAAA
196 TCGTTTTTCCTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAA
* * *
4177 GCCTTATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATCAATTTACATATTTTAAGGAGTCT
261 ACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCT
4242 TGCTG
326 TGCTG
* * *
4247 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGTGCTCAGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGATGGTT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
* * * * * *
4312 AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCCAAAACTATTCCATAAATTTCTCTCTCAATTTATAGCC
66 AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTC-CTCAATTTTTAGCC
* *
4377 AAAGTAATCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGG-TTTTGCAGGCTTCTAT
130 AAAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTT-CAGGCTTCTAA
4441 TATCG-TTTTCCTA-TTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTA
194 TATCGTTTTTCCTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTA
* * * *
4504 AACCCTTATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACATATTTAAAGGTGT
259 AAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACATATTTTAAGGAGT
4569 CTTGCTG
324 CTTGCTG
* * * ** *
4576 ACAAACATCATCCAAAACTATGTCGGGGCCCCTGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGATGGTT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
* * *
4641 AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTATCCCATAAATTTTTCTCTCAATTTATAGCC
66 AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTC-CTCAATTTTTAGCC
* *
4706 AAAGTAATCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTATT
130 AAAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAAT
*
4771 ATCGTTTTTCCTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGACGGTCGTAA
195 ATCGTTTTTCCTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAA
* * *
4836 AGACTTTATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGT
260 A-ACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACATATTTTAAGGAGT
4901 CTTGCTG
324 CTTGCTG
*
4908 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
* * *
4973 AGTACACGATTTCGG-ACATAATTTTGTAAAAACTGTCCCAAAAAATTTTTGCTCAATTTTTAAG
66 AGTACACGATTTCGGCA-AAAATTTTGCAAAAACTGTCCC-AAAAATTTTTCCTCAATTTTT-AG
* *
5037 -CACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGACTTCTA
128 CCAAAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTA
* *
5101 ATAACGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGT
193 ATATCGTTTTTCCTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGT
* * *
5166 AAATCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATTTGCTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAG
258 AAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACATATTTTAAGGAG
*
5231 TCTTGCTA
323 TCTTGCTG
*
5239 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACTGTGATAGGT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-GGT
* * * *
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65 TAGTACACGATTTCGGCA-AAAATTTTGCAAAAACTGTCCC-AAAAATTTTTCCTCAATTTTTAG
* * * * * * ** *
5368 CCACAA-TACTCATAAAAAATATATTATTC-ATGTCCAGA-AAGATTGAAGGGATTTAGACGCTT
128 CCA-AAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACG-CCA-ATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTT
** ** * *
5430 C-AATTATCGTTTTTCCTAATTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTTAGAT
190 CTAA-TATCGTTTTTCCT-ATTTTT-CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGAT
* * ** * * * * * * * *
5494 GCTCGTAAAAACAAAACCTTAAATTCAATGTGGCTAAGAATAGGTTAAATGAA--T--ATA---G
252 GGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACATATTTT
* * *
5552 ATGCA-ACTTGGC-G
317 AAGGAGTCTT-GCTG
** * *
5565 CCAAAAATCATGTAAAACTGTGACGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
1 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
* ** *
5630 AGTACACGATTTGCGGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGTCGAAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGG
66 AGTACACGATTT-CGGCAAAAATTTTGC-AAAAACTGTC-CCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAG
* * * *
5695 CCACAA-TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAATAAAATTTTATGGCTTTTCAGGTTTCT
128 CCA-AAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCT
* *
5759 AATATCGTTTTTCCTATTTTT-TAAAATTACTTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTG
192 AATATCGTTTTTCCTATTTTTCT-AAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTC
* * * * *
5823 GTAAAACCTTAT-CTTGAAATCCATTGTGACTGAGATATGATCAAATTAATTTACATATTTTAAG
256 GTAAAACCTTATCCTT-AAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACATATTTTAAG
*
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CCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCA
AAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATA
TCGTTTTTCCTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAA
ACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGCTTAAATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCT
TGCTG
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29873 AAGATGGCTC
29883 AGTGCATTGGAG
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AGTGCATTGGAG
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37263 CCGTTCAAGA
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TTCTGGCAAAAAAAAACTCTTAATTTATT
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37285 AAAACTCTTA
** *
37295 ATTTATTTTCTGGCAAAAAAAACTCTTAATTT
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1 ATTTATTT-TCTGAAAAAAAAAACACTTAATT
37359 CATCGAAACC
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ATTTATTTTCTGAAAAAAAAAACACTTAATTT
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49246 TGAAGAGCAC
* * * *
49256 GATCAC GATCAA GATCAA GATCAA GGTCAA GGTCAA GGTCAA G
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49299 GTCAGCATCA
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GATCAA
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49254 ACGATCACGA
* *
49264 TCAAGA TCAAGA TCAAGG TCAAGG TCAAGG TCAAGG TCA
1 TCAAGG TCAAGG TCAAGG TCAAGG TCAAGG TCAAGG TCA
49303 GCATCACCTG
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TCAAGG
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50137 CATTGAATTC
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1 AAGACTTCACTCAAGAAGA
50185 A
1 A
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AAGACTTCACTCAAGAAGA
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52742 TTAACTTGGT
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1 TTAG
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TTAGAAAATAC
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53939 GCTGCGTTTA
* *
53949 GTAGTGTATAGATTAGATTAG
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GTAGTGTACAGATGAGATTAG
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66816 TTCAGGTTCA
*
66826 AGACCTTGCGTATGCAGTTGCCCCGTTG
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1 AGACCTTGCGTATGCAGCTGCCCCGTTG
66882 A
1 A
66883 TAGACTCACC
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AGACCTTGCGTATGCAGCTGCCCCGTTG
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75306 TTAGTATTGA
75316 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT CAT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT -AT AT AT
75351 TATTTGTGTT
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AT
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76565 ATGAGATACC
76575 AAAAAAAAAGTGTAATATCA
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76595 AAAAAAAAAGTGTAATATCA
1 AAAAAAAAAGTGTAATATCA
76615 A
1 A
76616 GAAGCATGTT
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AAAAAAAAAGTGTAATATCA
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92840 TAATAACATG
** ** * *
92850 AAAAATCATGCAAAACTGAGTTAGGGCCCCATAATGCG-TTTTAG-CAAAAGATTGTGATGGTTA
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAA-ATCGTGATGGTTA
* * * * * * *
92913 ATACACAATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATTATCTTCCTCAATTTTTGGTCAT
65 GTACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACAAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGCCAC
* * *
92978 AATACTCATAAAAAAT-TAAATAATTC-ACACCAAAAAAATTGGAGGGTTTTTCACGCTTCTAAT
130 AATACTCATAAAAAATGT--ATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* * *
93041 AATGTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAATAAATACT
193 AACGTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCCT
* * *
93106 TAAATCCAGTGTGACTAAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
258 TAAATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
** *
93168 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGACTTTAGCAAAAAATCGTGAT-G--AG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
* ** *
93230 TACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTAACATGAAATTATTTTCCTAATTTTTTGGCCACA
66 TACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACAAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGCCACA
* * *
93295 ATACTCATAAAAAATGTATTATACAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATAAC
131 ATACTCATAAAAAATGTATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAAC
* *
93360 GTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAGTCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCTTTAA
196 GTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAA
93425 ATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
261 ATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
*
93484 AAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCATGATGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
* * * **
93548 TACACGATTTTGTCGAATTTTCAAAAAAATTCACATGAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGCCACA
66 TACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACAAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGCCACA
*** *
93613 ATACTCATAAAAAATGTATAACAAAACACTAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAAC
131 ATACTCATAAAAAATGTATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAAC
* *
93678 GTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAGTCGAAACATGATTCAAATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAA
196 GTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAA
* * * *
93743 ATCTAATATGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCTATGAGTCTTGATGCC
261 ATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
* * * * * *
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1 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATC-GTGATGGTTA
* * ** * * * *
93866 GTACACGATTTCGCCGAATTCTG-CTAAAACTGGCACAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAC
65 GTACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACAAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGCCAC
* * *
93930 AATACTTATAAAAAATGTACAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATAA
130 AATACTCATAAAAAATGTATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAA
* * * *
93995 TGTTTTTCCTATTTTTGTCGAATTAATCG-AACATGATTCAGATGCTCCTAAGAATAAATCCTTA
195 CGTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTA
* *
94059 AATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATATATATTTCAATGAATCTTGACGCC
260 AATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
* * *
94119 AAAAATCATGTAAAACTGAGTCGGGGCCTCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
* *
94184 TACACGA-TTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGTCACA
66 TACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACAAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGCCACA
* * * *
94248 ATACTCATTAAAAACT-TATAATTCAACAACAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATAA
131 ATACTCA-TAAAAAATGTATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAA
* * * *
94312 CGTTTTTCCTATTTTTGCTGAATTAATCG-AACATGATTCATATGCTACCTAAAAATAATTCCTT
195 CGTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAGATGCT-CCTAAAAACAAATCCTT
*
94376 AAATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATATATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
259 AAATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
*
94437 AAAAACCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
* *
94502 TACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATTTTTTTCCTAAATTTTTGGCCACA
66 TACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACAAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGCCACA
*
94567 ATACTCATAAAAAATGTATAATT-AAGCACCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATAA
131 ATACTCATAAAAAATGTATAATTCAA-CACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAA
* ** * * *
94631 CGGTTTTCCTATTTTTATCGAATTAGTCGAAACATTATTTAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTA
195 CGTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTA
*
94696 AATCTAGTGGGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
260 AATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
* *
94756 AAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGG-CCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
* * *
94820 TACACGATTTAGTAGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
TACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACAAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGCCACA
ATACTCATAAAAAATGTATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAAC
GTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAA
ATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
Found at i:94288 original size:635 final size:633
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Indices: 92850--94861 Score: 2956
Period size: 635 Copynumber: 3.2 Consensus size: 633
92840 TAATAACATG
* * ** * *
92850 AAAAATCATGCAAAACTGAGTTAGGGCCCCATAATGCG-TTTTAG-CAAAAGATTGTGATGGTTA
1 AAAAATCATGCAAAACTGAG-TCGGGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAA-ATCGTGATGGTTA
* * * * *
92913 ATACACAATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATTATCTTCCTCAATTTTTGGTCAT
64 GTACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGTCAC
* * * *
92978 AATACTCATAAAAAATTAAATAATTC-ACACCAAAAAAATTGGAGGGTTTTTCACGCTTCTAATA
129 AATACTCATAAAAAATT--ATAATTCAACAACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
* * *
93042 ATGTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAATAAATACTT
192 ACGTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAAATGCTCCTAAAAATAAATCCTT
* * *
93107 AAATCCAGTGTGACTAAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAA
257 AAATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAA
* ** *
93172 ATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGACTTTAGCAAAAAATCGTGAT-G--AGTACA
322 CTCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTA-CCAAAAATCGTGATGGTTAGTACA
* *
93234 CGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTA-ACATGAAATTATTTTCCTAATTTTTTGGCCACAATA
386 CGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATGACACA--AAATTTTTTTCCTAA-TTTTTGGCCACAATA
* * *
93298 CTCATAAAAAATGTATTATACAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATAACGTT
448 CTCATAAAAAATGTATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAACGTT
* *
93363 TTTCCTATTTTTGCCGAATTAGTCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCTTTAAATC
513 TTTCCTATTTTTGTCGAATTAGTCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAATC
93428 TAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
578 TAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
* *
93484 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCATGATGGTTAGT
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGT
* * * * *
93549 ACACGATTTTGTCGAATTTTCAAAAAAATTCACATGAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGCCACAA
66 ACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGTCACAA
*
93614 TACTCATAAAAAATGTATAA--CAAAACACTAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAA
131 TACTCATAAAAAAT-TATAATTCAACA-AC-AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAA
* *
93677 CGTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAGTCGAAACATGATTCAAATGCTCCTAAAAACAAATCCTTA
193 CGTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAAATGCTCCTAAAAATAAATCCTTA
* * * *
93742 AATCTAATATGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCTATGAGTCTTGATGCCAAAAC
258 AATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAAC
* * * *
93807 TCATGCAAAACTGAGTTGGGGCCTCAGAACGCGTTTTTATCCAAGAA-CTGTGATGGTTAGTACA
323 TCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTA-CCAAAAATC-GTGATGGTTAGTACA
* * ** * *
93871 CGATTTCGCCGAATTCTGCTAAAACTGGCACAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACT
386 CGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATGACACAAAATTTTTTTCCT-AATTTTTGGCCACAATACT
* * * *
93936 TATAAAAAATGTACAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATAATGTTTT
450 CATAAAAAATGTATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAACGTTTT
* * *
94001 TCCTATTTTTGTCGAATTAATCG-AACATGATTCAGATGCTCCTAAGAATAAATCCTTAAATCTA
515 TCCTATTTTTGTCGAATTAGTCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAATCTA
* *
94065 GTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATATATATTTCAATGAATCTTGACGCC
580 GTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
* *
94119 AAAAATCATGTAAAACTGAGTCGGGGCCTCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
94184 TACACGA-TTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGTCACA
65 TACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGTCACA
* * *
94248 ATACTCATTAAAAACTTATAATTCAACAACAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATAAC
130 ATACTCA-TAAAAAATTATAATTCAACAACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAAC
* * *
94313 GTTTTTCCTATTTTTGCTGAATTAATCG-AACATGATTCATATGCTACCTAAAAATAATTCCTTA
194 GTTTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAAATGCT-CCTAAAAATAAATCCTTA
*
94377 AATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATATATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAAA
258 AATCTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC-AAAA
94442 C-CATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACA
322 CTCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTA-CCAAAAATCGTGATGGTTAGTACA
*
94506 CGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATTTTTTTCCTAAATTTTTGGCCACAATAC
386 CGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAA-TGACACAAAATTTTTTTCCT-AATTTTTGGCCACAATAC
* *
94571 TCATAAAAAATGTATAATT-AAGCACCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATAACGGT
449 TCATAAAAAATGTATAATTCAA-CACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAACGTT
* * *
94635 TTTCCTATTTTTATCGAATTAGTCGAAACATTATTTAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAATC
513 TTTCCTATTTTTGTCGAATTAGTCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAATC
*
94700 TAGTGGGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
578 TAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
* *
94756 AAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGT
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGT
* *
94821 ACACGATTTAGTAGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATT
66 ACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATT
94862 TTT
Statistics
Matches: 1234, Mismatches: 121, Indels: 43
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
631 1 0.00
632 2 0.00
633 19 0.02
634 316 0.26
635 395 0.32
636 319 0.26
637 179 0.15
638 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (633 bp):
AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGT
ACACGATTTCGTCGAATTTTGAAAAAAATTGACACGAAATTATTTTCCTAAATTTTTGGTCACAA
TACTCATAAAAAATTATAATTCAACAACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAACGT
TTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATCGAAACATGATTCAAATGCTCCTAAAAATAAATCCTTAAAT
CTAGTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAACTCA
TGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTACCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATT
TCGTCGAATTTTGAAAAAAATGACACAAAATTTTTTTCCTAATTTTTGGCCACAATACTCATAAA
AAATGTATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCTAT
TTTTGTCGAATTAGTCGAAACATGATTCAGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAATCTAGTGTGG
CTGAGATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCC
Done.