Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015420.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15453, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:1457 original size:654 final size:648
Alignment explanation
Indices: 194--2928 Score: 3325
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184 TTCAATCTTG
*
194 TTGGCACCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTCGGCCGCATTGGTTTTAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTCGGCCGCATTGGTTTTAA
*
259 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTA-AAAAAGT
66 GGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTAGAAAAA-T
* * * * * *
323 AGGAAAAACGATATTAGAAGCTAAAAAAGCCCTTCCATCATTTAGTCA-TTGAATTATATATATT
130 AGGAAAAACGATATTAGATGCT-CAAAAGCCCTTCAATCTTTTTG-GAGTTGAATTATATAT-TT
* * ** * *
387 TTCATGAGAATTTTGGTTAAAAAGTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTTTTTTTGCAAAATTTTAG
192 TT-ATAAGAATTGTGGCCAAAAA-TTGAGGAAAAATTTTTCGGATCATTTTCTGCAAAATTTTAG
* * *
452 CCGAAATCGTG-----CGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCTTG
255 CCGAAATCGTGCTCATCGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCTTG
* ** *
512 ATTTTTTTGCGGCCAGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCGCCCACATTGGA
320 A-TTTTTGGCACCCAGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCGGCCACATTGGA
* * *
577 TTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCCGAATCATGTTTCGCTTTAATAAAAAATTAATT-ATG-A
384 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCCGAATCATGTTTCGATTTAATCAAAAATTAATTCA-GAA
* * * * * *
640 AAAATAGGAAAAGCGATATTATATGCTTG-AAAGCCATTCAATCATGTTGGCGTTCAATTATATA
448 AAAATAGGAAAAGCGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTGTTGACGTTGAATTATATA
* *
704 CATTTTCATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAATATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTT
513 -ATTTTTATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTT
* * * *
769 TAGCCGAAATCGTGTACTTACCATCACAGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCA
577 TAGCCGAAA---TAT-CGT---ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCA
834 GTTTTGCTTGATTT
635 GTTTTGCTTGATTT
* ** *
848 TTGGCGCCAATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTGGCCGCATTGGTTTTAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTCGGCCGCATTGGTTTTAA
* * *
913 GGAATTGTTTTTGCGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATT-TAGAAAAATA
66 GGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTAGAAAAATA
* * * * *
977 AGAAAAGCGAAATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGAGTTCAATTATATATTTTTA
131 GGAAAAACGATATTAGATGCTC-AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTTTA
* * *
1042 TAAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTTAGCCAAA
195 TAAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCATTTTCTGCAAAATTTTAGCCGAA
* ** *
1107 ATCGTGTACTACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTTGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCTT
260 ATCGTG--CT-C-AT--CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCTT
* * * *
1172 GATTTTTGGCGCCCATACTCCATGAAATATCTATATTCATATAACCGAATCTCGGCCACAATGGA
319 GATTTTTGGCACCCAGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCGGCCACATTGGA
* *
1237 TTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCCGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGAAA
384 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCCGAATCATGTTTCGATTTAATCAAAAATTAATTCAGAAA
* * *
1302 AAATATGAAAAGCGATATTATATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTGTTGACGTTGAATTATATAC
449 AAATAGGAAAAGCGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTGTTGACGTTGAATTATATA-
* * *
1367 ATTTTTATGACAAATGTGGTCAAAAATTGAGGAAATATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTTT
513 ATTTTTATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTTT
* * * *
1432 AGCCG-AATATCGTGTCACGGTTTTTGGCTGAAAACACGTTCCGAGGCCCCGACTACA-TTTTGC
578 AGCCGAAATATCGTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACT-CAGTTTTGC
1495 TTGATTT
642 TTGATTT
*
1502 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTGATCTAACTGAATCTCGGCCGCATTGGTTTTAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTCGGCCGCATTGGTTTTAA
* * *
1567 GGATTTGTTTTTACGAGAATTTTAATTATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCT-GAAAAAAT
66 GGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTAG-AAAAAT
1631 AGGAAAAACGATATTAGATGCTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTT-GACGTTGAATTATATATATTT
130 AGGAAAAACGATATTAGATGCTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGA-GTTGAA-T-TATATATTT
* * * * * *
1695 TTATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAATATTTTTTGGATCTTTTTTTTGCAAAATTTTAGC
192 TTATAAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATC-ATTTTCTGCAAAATTTTAGC
*
1760 CGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGC-AAAAACGCGTTCC-GGGCTCCCGACTCAATT
256 CGAAATCGTG--CT---CATC--GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC-CCCGACTCAGTT
*
1823 TTGCTTGATTTTTGGCACCCAGACTCCATGAAATATCTATATT-AGTCTAAGCGAATCTCGGCCA
313 TTGCTTGATTTTTGGCACCCAGACTCCATGAAATATCTATATTCA-TCTAACCGAATCTCGGCCA
* * * *
1887 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGATTAGATTTAATCAAAAATTATT
377 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCCGAATCATGTTTCGATTTAATCAAAAATTAAT
* * * * *
1952 TAAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAAT
442 TCAGAAAAAATAGGAAAAGCGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTGTTGACGTTGAAT
* * * * *
2017 TATAT-ATTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAGTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTTTTTTTGCAA
507 TATATAATTTTTATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAA
* * * **
2081 AATTTTAGCCGAAATAAC-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTTCCGACTCAGT
572 AATTTTAGCCGAAATATCGTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGT
*
2145 ATTT--TTTATTT
637 -TTTGCTTGATTT
* * * * *
2156 TTGGCGCACAGACTGCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTCGACCGCATTGATTTTAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTCGGCCGCATTGGTTTTAA
2221 GGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTC-AGAAAAAAT
66 GGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTAG-AAAAAT
* *
2285 ATGAAAAACGATATTAGATGCTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTA
130 AGGAAAAACGATATTAGATGCTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTTTA
* *
2350 TAAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCAGG-TCATTTTCTGCAAAATTTT------
195 TAAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GGATCATTTTCTGCAAAATTTTAGCCGA
*
2408 -A----GCTCAT-GGTTTTTGGCTCAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTT
259 AATCGTGCTCATCGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTT
* * * * ** *
2467 TTGGCACCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTTGGCCGTATTGGTTTTAA
324 TTGGCACCCAGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCGGCCACATTGGATTTAA
* * *
2532 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
389 GGATTTGTTTTTACGAGCATCCGAATCATGTTTCGATTTAATCAAAAATTAATTCAGAAAAAATA
* * * * * *
2597 GGAAAAGCGATATTAGAAGCCCGGAAAGCCCTTCAATCTT-TTTAGCGTTAAATTATATATTTTT
454 GGAAAAGCGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTGTTGA-CGTTGAATTATATAATTTT
* * * * *
2661 TATGAGTATTGTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTCGGGT-AACTTTTTGCAAAATTTTAGCC
518 TATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTA-TTTTTGCAAAATTTTAGCC
* * **
2725 GAAATCGTATACTAATAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCTTGACTCAGT
582 GAAA---TAT-C--GT----ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGT
2790 TTTGCTTGATTT
637 TTTGCTTGATTT
* * * * * ** * * * * *
2802 TTGGCACCCAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATCGGTCACATTGGATTAAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTCGGCCGCATTGGTTTTAA
* * * *
2867 AGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCAACTTAATCAGAAATTAATTCT-GAAAAA
66 GGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTAGAAAAA
2929 GAATGATTTG
Statistics
Matches: 1820, Mismatches: 205, Indels: 121
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
632 12 0.01
633 195 0.11
634 68 0.04
635 3 0.00
637 2 0.00
638 3 0.00
640 1 0.00
644 4 0.00
645 44 0.02
646 108 0.06
650 48 0.03
651 30 0.02
652 49 0.03
653 55 0.03
654 475 0.26
655 128 0.07
656 61 0.03
657 231 0.13
658 14 0.01
659 1 0.00
660 112 0.06
661 77 0.04
662 99 0.05
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (648 bp):
TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTCGGCCGCATTGGTTTTAA
GGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTAGAAAAATA
GGAAAAACGATATTAGATGCTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTTTAT
AAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCATTTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAA
TCGTGCTCATCGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTT
GGCACCCAGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCGGCCACATTGGATTTAAGG
ATTTGTTTTTACGAGCATCCGAATCATGTTTCGATTTAATCAAAAATTAATTCAGAAAAAATAGG
AAAAGCGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTGTTGACGTTGAATTATATAATTTTTAT
GAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
TATCGTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTT
Found at i:1909 original size:332 final size:327
Alignment explanation
Indices: 194--2928 Score: 3143
Period size: 332 Copynumber: 8.4 Consensus size: 327
184 TTCAATCTTG
* *
194 TTGGCACCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTCGGCCGCATTGGTTTTAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAAC-GAATCTCGGCCGCATTGGATTTAA
259 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCT-AAAAAAGT
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTGAAAAAA-T
* * * * * * *
323 AGGAAAAACGATATTAGAAGCTAAAAAAGCCCTTCCATCATTTAGTCATTGAATTATATATATTT
129 AGGAAAAACGATATTAGATGCT-CAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATATTT
* * *
388 TCATGAGAATTTTGGTTAAAAAGTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTTTTTTTGCAAAATTTTAGC
193 TTATGAGAATTGTGGTCAAAAA-TTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTTTTTTTGCAAAATTTTAGC
* *
453 CGAAATCGTG---------CGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGAGGCCCCGACTCAGTTTTGC
257 CGAAATCGTGATACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGC
509 TTGATTTT
321 TTGA-TTT
* * * * * *
517 TTTGCGGCCAGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCGCCCACATTGGATTTAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAA-CGAATCTCGGCCGCATTGGATTTAA
* * * * * *
582 GAATTTGTTTTTACGAGCATCCGAATCATGTTTCGCTTTAATAAAAAATTAATTATG-AAAAATA
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTGAAAAAATA
* * ** * * * * * * *
646 GGAAAAGCGATATTATATGCTTGAAAGCCATTCAATCATGTTGGCGTTCAATTATATACATTTTC
130 GGAAAAACGATATTAGATGCTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATATTTTT
* *
711 ATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAATATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
195 ATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
* *
776 AATCGTGTACTTACCATCACAGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGC
260 AATCGTG-A--TACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGC
841 TTGATTT
321 TTGATTT
* * * *
848 TTGGCGCCAATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTGGCCGCATTGGTTTTAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAA-CGAATCTCGGCCGCATTGGATTTAA
* *
913 GGAATTGTTTTTGCGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATT-T-AGAAAAAT
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTGA-AAAAAT
* * * * *
976 AAGAAAAGCGAAATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGA-GTTCAA-T-TATATATT
129 AGGAAAAACGATATTAGATGCTC-AAAAGCCCTTCAATCTTTTT-GACGTTGAATTATATATATT
* * * * * *
1038 TTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTTAGC
192 TTTATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTTTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * ** *
1103 CAAAATCGTGTACTACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTTGGGGCCTCGACTCAGTTTT
257 CGAAATCGTG-A-TACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCGGGCCCCGACTCAGTTTT
1168 GCTTGATTT
319 GCTTGATTT
* * * *
1177 TTGGCGCCCATACTCCATGAAATATCTATATTCATATAACCGAATCTCGGCCACAATGGATTTAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAA-CGAATCTCGGCCGCATTGGATTTAA
* * * *
1242 GGATTTCTTTTTACGAGCATCCGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTGAAAAAATA
* * * * * *
1307 TGAAAAGCGATATTATATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTGTTGACGTTGAATTATATACATTTT
130 GGAAAAACGATATTAGATGC-TCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATATTTT
* * * *
1372 TATGACAAATGTGGTCAAAAATTGAGGAAATATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
194 TATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* *
1437 AATATCGTG------TCACGGTTTTTGGCTGAAAACACGTTCCGAGGCCCCGACTACA-TTTTGC
259 AA-ATCGTGATACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCCGACT-CAGTTTTGC
1495 TTGATTT
321 TTGATTT
* *
1502 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTGATCTAACTGAATCTCGGCCGCATTGGTTTTAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAAC-GAATCTCGGCCGCATTGGATTTAA
* * * *
1567 GGATTTGTTTTTACGAGAATTTTAATTATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTGAAAAAATA
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTGAAAAAATA
1632 GGAAAAACGATATTAGATGCTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATATTTTT
130 GGAAAAACGATATTAGATGCTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATATTTTT
* *
1697 ATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAATATTTTTTGGATCTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
195 ATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATC-TTTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* *
1762 AAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGC-AAAAACGCGTTCCGGGCTCCCGACTCAATTTTG
259 AAATCGTG-A-T-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGC-CCCGACTCAGTTTTG
1826 CTTGATTT
320 CTTGATTT
* * * *
1834 TTGGCACCCAGACTCCATGAAATATCTATATT-AGTCTAAGCGAATCTCGGCCACATTGGATTTA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCA-TCTAA-CGAATCTCGGCCGCATTGGATTTA
* * * * * **
1898 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGATTAGATTTAATCAAAAATTATTTAAGAAAAAAT
64 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTGAAAAAAT
* *
1963 AGGAAAAACGATATTAGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAA-T-TATATATTT
129 AGGAAAAACGATATTAGATGCTC-AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATATTT
* * * *
2026 TTATAAGTATTGTGGCCAAAAGTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTTTTTTTGCAAAATTTTAGCC
193 TTATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTTTTTTTGCAAAATTTTAGCC
* **
2091 GAAA---T-A-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTTCCGACTCAGTATTT--
258 GAAATCGTGATACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCGGGCCCCGACTCAGT-TTTGC
*
2149 TTTATTT
321 TTGATTT
* * * *
2156 TTGGCGCACAGACTGCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTCGACCGCATT-GATTTTA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAAC-GAATCTCGGCCGCATTGGA-TTTA
* *
2220 AGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCAGAAAAAAT
64 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTGAAAAAAT
* *
2285 ATGAAAAACGATATTAGATGCTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAA-T-TATATATTTT
129 AGGAAAAACGATATTAGATGCTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATATTTT
* * * * * *
2348 TATAAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCAGG-TCATTTTCTGCAAAATTTTA---
194 TATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GGATCTTTTTTTGCAAAATTTTAGCC
*
2409 G----C----T--CAT---GGTTTTTGGCTCAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCT
258 GAAATCGTGATACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCT
2461 TGATTT
322 TGATTT
* * * *
2467 TTGGCACCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACTGAATCTTGGCCGTATTGGTTTTAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAAC-GAATCTCGGCCGCATTGGATTTAA
*
2532 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTGAAAAAATA
* * * * *
2597 GGAAAAGCGATATTAGAAGCCCGGAAAGCCCTTCAATCTTTTT-AGCGTTAAATTATATAT-TTT
130 GGAAAAACGATATTAGATGCTC-AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGA-CGTTGAATTATATATATTT
* * * * ***
2660 TTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTCGGGTAACTTTTTGCAAAATTTTAGCC
193 TTATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTTTTTTTGCAAAATTTTAGCC
* * **
2725 GAAATCGTATACTAATAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCTTGACTCAGT
258 GAAATCG-----TGAT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGACTCAGT
2790 TTTGCTTGATTT
316 TTTGCTTGATTT
* * * * * * * * * *
2802 TTGGCACCCAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATCGGTCACATTGGATTAAA
1 TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAA-CGAATCTCGGCCGCATTGGATTTAA
* * * * *
2867 AGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCAACTTAATCAGAAATTAATTCTGAAAAA
65 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTGAAAAA
2929 GAATGATTTG
Statistics
Matches: 2079, Mismatches: 247, Indels: 160
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
309 6 0.00
310 32 0.02
311 143 0.07
312 28 0.01
313 58 0.03
314 5 0.00
316 1 0.00
318 1 0.00
320 51 0.02
321 148 0.07
322 176 0.08
323 129 0.06
324 101 0.05
325 198 0.10
326 2 0.00
327 1 0.00
329 160 0.08
330 149 0.07
331 187 0.09
332 298 0.14
333 49 0.02
335 155 0.07
336 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (327 bp):
TTGGCGCCCATACTCCATGGAATATCTATATTCATCTAACGAATCTCGGCCGCATTGGATTTAAG
GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCTGAAAAAATAG
GAAAAACGATATTAGATGCTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATATTTTTA
TGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
ATCGTGATACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCTTGAT
TT
Found at i:13665 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 13645--13682 Score: 69
Period size: 7 Copynumber: 5.6 Consensus size: 7
13635 GCAGCTGAAA
13645 GAAATAG
1 GAAATAG
13652 G-AATAG
1 GAAATAG
13658 GAAATAG
1 GAAATAG
13665 GAAATAG
1 GAAATAG
13672 GAAATAG
1 GAAATAG
13679 GAAA
1 GAAA
13683 ATATAATATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.20
7 24 0.80
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.29, T:0.13
Consensus pattern (7 bp):
GAAATAG
Done.