Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015428.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15461, whole genome shotgun sequence
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1777 TTAAGGGCCA
*
1787 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTTGTTGG
1 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTTTTTGG
1820 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTTTTTGG
1 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTTTTTGG
1853 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTTTTTGG
1 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTTTTTGG
*
1886 ATGTGAGAAATAAGGCAAGTTCAATGTTTTTGG
1 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTTTTTGG
1919 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTTTTTGG
1 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTTTTTGG
* * *
1952 ATGTGAGAAATAAGACAAGCTCAATGTTTTTGG
1 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTTTTTGG
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ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTTTTTGG
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1971 CTCAATGTTT
1981 TTGGATGTGAGAATTAAGGCAAG
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** * ** *
2004 TTCAATGT--CAATTGGGAAAG
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2024 TTGGATGTGAGAATAAGGCAAG
1 TTGGATGTGAGAATAAGGCAAG
2046 TT
1 TT
2048 CAATGTCAAT
Statistics
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20 12 0.40
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23 6 0.20
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TTGGATGTGAGAATAAGGCAAG
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1975 ATGTTTTTGG
* *
1985 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCAATTGGGAAAGTTGG
1 ATGTGAGAATCAAGGCAAGTTCAATGTCAATTGGGAAAGTTGA
*
2028 ATGTGAGAAT-AAGGCAAGTTCAATGTCAATTGGGAATGTTGA
1 ATGTGAGAATCAAGGCAAGTTCAATGTCAATTGGGAAAGTTGA
* * *
2070 AAGT--GAATCAAGGCAAGTTCAATGTTAATTGGGAATGTTGA
1 ATGTGAGAATCAAGGCAAGTTCAATGTCAATTGGGAAAGTTGA
* *
2111 ATGTGAAATTGTGAATCAAGGAAAGTTCAATGTCAATTGGGAAA-TTCA
1 ATGTG--A----GAATCAAGGCAAGTTCAATGTCAATTGGGAAAGTTGA
2159 ATGTGA
1 ATGTGA
2165 ATGCGCCGCG
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 9, Indels: 15
0.83 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
40 4 0.03
41 34 0.29
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ATGTGAGAATCAAGGCAAGTTCAATGTCAATTGGGAAAGTTGA
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1975 ATGTTTTTGG
1985 ATGTGAGAATTAAGGCAAGTTCA
1 ATGTGAGAA-TAAGGCAAGTTCA
* ** * **
2008 ATGT--CAATTGGGAAAGTTGG
1 ATGTGAGAATAAGGCAAGTTCA
2028 ATGTGAGAATAAGGCAAGTTCA
1 ATGTGAGAATAAGGCAAGTTCA
2050 ATGT
1 ATGT
2054 CAATTGGGAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 12, Indels: 5
0.65 0.24 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.38
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ATGTGAGAATAAGGCAAGTTCA
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5292 TCCGAAACTG
* *
5302 GTTTCAATTTAATTAGAAATTGATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGC
1 GTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATCAAAAGC
** * * * * * * *
5367 TGTACCATTTTTTTCGGTGATAAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGGCCAAAAATTGAGGAA
66 CCTACAATCTTGTTCGGCGATAAATTACATATTTTCATGAGTATTGTGGACCAAAAATTGAGGAA
* * *
5432 AAATCATTCGGGTCAACTTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTG
131 AAATCATTCAGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTG
* * * *
5497 GCTAAACTGCATTCCGAGGCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCAATACTCATTGAGAT
196 GCTAAACTGCACTCCGAGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAGAT
* * ** *
5562 ATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCATATTGGATTAAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTG
261 ATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGACATATCAGATTAAAAGATTTATTTTTACGAGCATCTG
5627 AATTAT
326 AATTAT
* * * *
5633 GTTTCAATTTAATTTGAAAATTAATTCGGAAAAGAATATGAAAAACGATATTAGCAA-CGTCAAA
1 GTTTCAATTTAATTAG-AAATTAATTCAGAAAA-AATAGGAAAAACGATATTAG-AAGCATCAAA
* * *
5697 AGCCCTTCAATCTTGTT-GGCGATGAATTACATACTTTTCATGAGTATTGT-TACCAAAAATTGA
63 AGCCCTACAATCTTGTTCGGCGATAAATTACATA-TTTTCATGAGTATTGTGGACCAAAAATTGA
* *
5760 GGGAAAAA-C-TTCAGTTCAACTTTTGCAAAA-TTTAAGCGGAAATCGTGTACTAACCATCACAC
127 -GGAAAAATCATTCAGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACCATCACA-
* * * * * **
5822 TTTTTTGGCTAAAAAC-GCGCTCCGGGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGTGCCAAGAC
189 GTTTTTGGCT--AAACTGCACTCCGAGGCCC-GACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGAC
* * * *
5886 TCCTTGTA-ATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGACATGTCAGATTTAAGGATTTATTTTT
251 TCATTG-AGATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGACATATCAGATTAAAAGATTTATTTTT
5950 ACGAGCAT
315 ACGAGCAT
5958 TAGAAAAATA
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 43, Indels: 19
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
330 5 0.02
331 56 0.21
332 48 0.18
333 68 0.25
334 93 0.34
335 1 0.00
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GTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATCAAAAGC
CCTACAATCTTGTTCGGCGATAAATTACATATTTTCATGAGTATTGTGGACCAAAAATTGAGGAA
AAATCATTCAGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTG
GCTAAACTGCACTCCGAGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAGAT
ATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGACATATCAGATTAAAAGATTTATTTTTACGAGCATCTG
AATTAT
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5316 AGAAATTGAT
* * *
5326 TCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCTGTACCATTTTTTTCGGTGATAAA
1 TCAG-AAAAATAGCAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCTGTACCATCTTTTTCGGCGATAAA
* * *
5391 TTATATATTTTTATGAGTATTGTGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCATTCGGGTCAACTTTTGTA
65 TTATATATTTTTATGAGTATTGTGAGCCAAAAATTAAGGAAAAATCATTCGGGTCAACTTTTGCA
* * *
5456 AAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTGGCTAAACTGCATTCCGAGGCCCGA
130 AAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCACCACAGTTTTTCGCTAAACTGCATTCCGAGGCCCGA
* * *
5521 CTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCAATACTCATTGAGATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
195 CTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAGATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * *
5586 CAGTCATATTGGATTAAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTTGAA
260 CAGTCACATTGGATTAAAAGAATTGTCTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAA
*
5651 AATTAATTCGGAAAAGAATATGAAAAACGATATTAGCAACGTCAAAAGCCCTTCAATCTTGTTGG
325 AATCAATTC-GAAAAGAATAT-----A-GATATTAGCAACGTCAAAAGCCCTTCAATCTTGTTGG
*
5716 CGATGAATTACATACTTTTCATGAGTATTGTTACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTCAGTTCAACT
383 CGATGAATTA-ATACTTTTCATGAGTATTGTTACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTCAGATCAACT
* * *
5781 TTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTACTAACCATCACACTTTTTTGGCTAAAAACGCGCTCCG
447 TTTGCAAAATTTAAGCAGAAATCATGTACTAACCATCACACATTTTTGGCTAAAAACGCGCTCCG
* * * * * ** *
5846 GGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGTAATATCTACATTCATCTA
512 GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGCTGCCAACACTAATTGAAATATCTACATTCATCTA
** *
5911 ACCAAATCTCAGACATGTCAGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCA
577 ACCAAATCTCAGACACATCAGATTTAAGGATTTATTTTTACGAACA
* * * ** * * *
5957 TTAGAAAAATATCAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAAAAGTTGTTCCATCTTTTT-GGCGATGAA
1 TCAGAAAAATAGCAAAAACGATATTAGAAGCATG-AAAAGCTGTACCATCTTTTTCGGCGATAAA
*
6021 TTATATATTTTTTATTAGTATTGT-AGCCAAAAATTAAGGAAAAATCATTCGGGTCAA-TTTTGC
65 TTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGAGCCAAAAATTAAGGAAAAATCATTCGGGTCAACTTTTGC
** * * *
6084 AAAA-TTTAAGTGGAAATCGTGTACTAACCACCACAGTTTTTCTCTAAAAAC-GCGTTCCGTGGC
129 AAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACCACCACAGTTTTTCGCT--AAACTGCATTCCGAGG-
* * * * *
6147 CCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTGGTATCTATATTCATCTAACCA
190 CCCGACTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAGATATCTATATTCATCTAACCA
* * * **
6212 AATCTCAAAG-CACATTGGATTTAAGGAATTGTCTTTACTAGCATCTGAATTATGTTTTGATTTA
255 AATCTC--AGTCACATTGGATTAAAAGAATTGTCTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTA
* * * * * *
6276 ATTAG-AAATCAATTC-ATAA-AAT-T-GATATTAG-AAGCGTGAAAAGCCGTTCCATTTTTTTG
318 ATTAGAAAATCAATTCGAAAAGAATATAGATATTAGCAA-CGTCAAAAGCCCTTCAATCTTGTTG
* ** * * *
6335 GCGATGAATT-TTA-TTTTTTTTAGTATTGTTGCCAAAAATTGAGGGAAAATCATTC-GAATCAA
382 GCGATGAATTAATACTTTTCATGAGTATTGTTACCAAAAATTGAGGGAAAAAC-TTCAG-ATCAA
* * *
6397 -TTTCTGCAAAATTTTAA-CAGAAATCATGTATTAACCATCACA-ATTTTTGGCTCAAAACGCGT
445 CTTT-TGCAAAA-TTTAAGCAGAAATCATGTACTAACCATCACACATTTTTGGCTAAAAACGCGC
* * * * *
6459 TCTGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCT-CCTACAGTAATTGAAATATCTATATTC
508 TCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGCTGCCAACACTAATTGAAATATCTACATTC
* * * ** *
6523 ATCTAATCGAATCTTAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACA
572 ATCTAACCAAATCTCAGACACATCAGATTTAAGGATTTATTTTTACGAACA
6574 TCAGAAACCGGTTTCAGTTTTATTAG-AAATTAATTC-ATAAAATATAGGAAAAACGATATCACA
1 TCAGAAA--------A-----A-TAGCAAA--AA--CGAT---AT-TA-G---AA-G------CA
* * * * *
6637 TGCGTAAAAAGTCCT-T-CCTTTTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTG-G
33 T--G--AAAAG--CTGTACCATCTTTTTCGGCGATAAATTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGAG
* * * * * *
6699 CAAAAAATTAAGGAAAAATCATTCGGGTC-ACTTTTTGGAAAA--TTGA-GGAAAAC-----CGA
91 CCAAAAATTAAGGAAAAATCATTCGGGTCAAC-TTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTA
* ** * * * * * *
6755 A--ATCATTGTTTTTAGCTAAAAATGCATTCCGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCA
155 ACCACCACAGTTTTTCGCT-AAACTGCATTCCGAGGCCCGACTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCA
* * * ** * ** * *
6818 CCAAGACTTATTCAAATATCTATATTTTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTT
219 CCAAGACTCATTGAGATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTAAAAGAATT
* * * * *
6883 GTTTTTACGAGTATCTGAATTATATTTCGATTTAATTAG-AAATTAATTCGGAAAAAAAAGAA-A
284 GTCTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAAATCAATTC-G----AAAAGAATA
* * * * * *
6946 AACGATATTTAG-AAGCGTGAAAAACCCTTAAATCTTTTTGTG-GATGAATTATATACATATT-A
344 TA-GATA-TTAGCAA-CGTCAAAAGCCCTTCAATCTTGTTG-GCGATGAATTA-ATAC-TTTTCA
** * * * * * *
7008 TGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAGAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAACCCGAA
403 TGAGTATTGTTACCAAAAATTGAGGGAAAAAC-TTCAGATCAACTTTTGCAAAATTTAAGCAGAA
* * * *** * ** * * *
7073 ATCGTGTAGTTACCATCA-TGGTTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGC
467 ATCATGTACTAACCATCACACATTTTTGGCTAAAAACGCGCTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGC
* * * * *
7137 ATGATTTTTGGC-GCCTACAGTAATTGAAATATCTATATTCATCTAGCCGAATCTCAAGAACATT
532 ATGATTTTT-GCTGCCAACACTAATTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTC-AG-ACA--
* * *
7201 GGATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCGTCAGAAAGCGGTTTCAATTTAATTA-GAAATTAA
592 -CA--TCA-GA------TTTA--A--G---G--A----TTT--ATTT--TTACG-AA--CA
* * * * * *
7261 TTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATCAGAAGCATGAAAAGCCGTTCCAT-TTTTTTGGCGATGA
1 -TCAG-AAAAATAGCAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCTGTACCATCTTTTTCGGCGATAA
* * * *
7325 ATTGTATTTTTTTTATGAGTATTGTG-GCCAAAAA-TAGAGGAAAAATTAATCGGGTCAACTTTT
64 ATTATA-TATTTTTATGAGTATTGTGAGCCAAAAATTA-AGGAAAAATCATTCGGGTCAACTTTT
* * *
7388 GTAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTT-GTCTAAAAATGCATTCCGAGG
127 GCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCACCACAGTTTTTCG-CT-AAACTGCATTCCGAGG
* * *
7452 CCCGAGTCAGTTTT-ACATGATTTATGGCACCAAGACTCATTGAGATATCTATATTCATCTAACC
190 CCCGACTTAGTTTTGA-ATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAGATATCTATATTCATCTAACC
* * * * * *
7516 AAATCTCAGCCATATTGGA-TATAAAGATTTTTTTTTACAAGCATCTGAATTAT
254 AAATCTCAGTCACATTGGATTA-AAAGAATTGTCTTTACGAGCATCTGAATTAT
7569 CTATATCTAT
Statistics
Matches: 1280, Mismatches: 196, Indels: 240
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
617 145 0.11
618 45 0.04
619 7 0.01
620 38 0.03
625 1 0.00
627 1 0.00
628 8 0.01
629 41 0.03
630 83 0.06
631 113 0.09
632 52 0.04
633 4 0.00
636 2 0.00
637 2 0.00
638 1 0.00
640 2 0.00
641 63 0.05
642 64 0.05
643 20 0.02
645 3 0.00
647 3 0.00
648 3 0.00
650 11 0.01
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652 68 0.05
653 91 0.07
654 152 0.12
655 12 0.01
656 9 0.01
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659 1 0.00
661 4 0.00
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669 1 0.00
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673 2 0.00
674 2 0.00
675 4 0.00
676 4 0.00
677 1 0.00
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687 1 0.00
688 4 0.00
689 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (622 bp):
TCAGAAAAATAGCAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCTGTACCATCTTTTTCGGCGATAAAT
TATATATTTTTATGAGTATTGTGAGCCAAAAATTAAGGAAAAATCATTCGGGTCAACTTTTGCAA
AATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCACCACAGTTTTTCGCTAAACTGCATTCCGAGGCCCGAC
TTAGTTTTGAATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAGATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
AGTCACATTGGATTAAAAGAATTGTCTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAA
ATCAATTCGAAAAGAATATAGATATTAGCAACGTCAAAAGCCCTTCAATCTTGTTGGCGATGAAT
TAATACTTTTCATGAGTATTGTTACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTCAGATCAACTTTTGCAAAA
TTTAAGCAGAAATCATGTACTAACCATCACACATTTTTGGCTAAAAACGCGCTCCGGGGCCCCGA
CTCAGTTTTGCATGATTTTTGCTGCCAACACTAATTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCT
CAGACACATCAGATTTAAGGATTTATTTTTACGAACA
Found at i:7202 original size:332 final size:327
Alignment explanation
Indices: 6000--11740 Score: 2008
Period size: 332 Copynumber: 17.1 Consensus size: 327
5990 GAAAAAGTTG
* * *
6000 TTCCATCTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATTAGTATTGTAGCCAAAAATT-AAGGAAAA
1 TTCCATTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAGG-AAA
** * *
6064 ATCATTCGGGTCAA-TTTTGCAAAATTTAAGTGGAAATCGTGTACTAACCACCACAGTTTTTCTC
65 ATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTAA-CCGAAATCGTGTA-TAACCATCACAGTTTTTGT-
* * * * * ** ***
6128 TAAAAACGCGTTCCGTGGCCCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTGGT
127 TAAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGAAAT
* * *
6193 ATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAAGCACATTGGATTTAAGGAATTGTCTTTACTAGCATCT
192 ATCTATATTCATCTAACCAAATCTC--AGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT
* * * ** *
6258 GAATTATGTTTTGATTTAATTAGAAATCAATTC---------ATAAAATTGATATTAGAAGCGTG
255 GAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAGAAAAACGATATCAGAAGCGTG
* *
6314 AAAAGCCG
320 AAAAACCC
* * *
6322 TTCCATTTTTTTGGCGATGAATT-T-TATTTTTT-TTAGTATTGTTGCCAAAAATTGAGGGAAAA
1 TTCCATTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAGGAAAA
** * * * * *
6384 TCATTCGAATCAATTTCTGCAAAATTTTAACAGAAATCATGTATTAACCATCACAATTTTTGGCT
66 TCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTGTA-TAACCATCACAGTTTTT-GTT
* * * * * * * * * * *
6449 CAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCTCCTACAGTAATTGAAATA
128 AAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGAAATA
* * * * *
6514 TCTATATTCATCTAATCGAATCTTAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGA
193 TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGA
**** * * * * * *
6579 AACCGGTTTC-AGTTTTATTAGAAATTAATTCATAAAATATAGGAAAAACGATATCACATGCGT-
257 ATTATGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA-AAAAGAAAAACGATATCAGAAGCGTG
*
6642 AAAAAGTCC
320 AAAAA-CCC
* * *
6651 TTCCTTTTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATT-AAGGAAA
1 TTCC-ATTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAGG-AA
* * * * * * ** *
6715 AATCATTCGGGTCACTTTTTGGAAAA-TTGA-GGAAAAC-CG---AA--ATCATTGTTTTTAGCT
64 AATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTAACCGAAATCGTGTATAACCATCACAGTTTTT-GTT
* * * *
6772 AAAAATGCATTCCGAGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCAAGACTTATTCAAATA
128 AAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGAAATA
** * *
6836 TCTATATTTTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGA
193 TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGA
* * *
6901 ATTATATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTTAGAAGCGTGA
257 ATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAGAAAAACGATA-TCAGAAGCGTGA
6966 AAAACCC
321 AAAACCC
** * ** * *
6973 TTAAATCTTTTTGTG-GATGAATTATATACATATTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAGA
1 TTCCATTTTTTTG-GCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAGGA-A
* * * **
7037 AA-CTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAACCCGAAATCGTGTAGTTACCATCATGGTTTTTGG
64 AATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTAA-CCGAAATCGTGTA-TAACCATCACAGTTTTT-G
* * * * * * *
7101 TTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCTACAGTAATTGAAA
126 TTAAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGAAA
* * * * * *
7166 TATCTATATTCATCTAGCCGAATCTCAAGAACATTGGATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCGTCA
191 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-AGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT
**** * * *
7231 GAAAGCGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATCAGAAGCAT
255 GAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAA-AAGAAAAACGATATCAGAAGCGT
* *
7296 GAAAAGCCG
319 GAAAAACCC
* * *
7305 TTCCATTTTTTTGGCGATGAATTGTATTTTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATAG-AGGAAAA
1 TTCCATTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAGG-AAA
* * * *
7369 ATTAATCGGGTCAACTTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGTC
65 ATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTGTA-TAACCATCACAGTTTTTGT-
* * * * *
7434 TAAAAATGCATTCCGAGG-CCCGAG-TCAGTTTTACATGATTTATGGCACCAAGACTCATTGAGA
127 TAAAAACGCATTCCGAGGCCCCG-GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGAAA
* * * * *
7497 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATTGGATATAAAGATTTTTTTTTACAAGCATCT
191 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT
* * * * * ** * *** *
7562 GAATTATCTATATCTATATTCATCTAG-CA-GAATCTCAAGAAGATTGGATTTAAG-GATTTGTT
255 GAATTATGT-T-TCGAT-TTAAT-TAGAAATTAAT-TC-AGAA-A----A-AAAAGAAAAACGAT
* * * **
7624 TTTACG-AGCGTCAGAAAACGAT
308 ATCA-GAAGCGTGA-AAAAC-CC
* ** * ** * * * ****** * ** *
7646 TTCAATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAACAGGAAGAACGCTATTAGAAGCCTGAAAA--G
1 TTCCATTTTTTTGGCGATGAA-TT--ATATATTTTTTATG-A-G-TATT-GTGGCC-AAAAATTG
****** * ** * * * * *
7709 CCCTTCAATC-TTCTTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGACTATTGTGACCAAATATTGAGG
58 AAGGAAAATCATTC---GG-G-T-CA--AT-T--TTTGCA--A-AATT-TAACCGAA-ATCG-TG
* * * * * * ** * * ** *
7773 GAAAATC-TCTCGGTTCAATTTTTTGGAAA---ATT--TAAGCCGCCATCACAGCTTTTGTAGCA
106 TATAACCATCACAGTT---TTTGTTAAAAACGCATTCCGAGGCC-CCGGCTCAG--TTT-T-GC-
* *** ** ** ** * * * ** *
7832 AAAAACGCGCTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATTAT-T-T-TTGGCGCCAAGACTCCTTGTA
162 ----ATGATTTTTGGCACCAAGACT-A--ATTGAAATATCTATATT--CATCTA-A--CC----A
* * **** * * * * * * *
7894 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCATGTCAG-ATTTA--AGGATTTG--TT-T-TTAC
211 A-ATCT-CA-GCA-C--ATTGGATTTAAGG-AT-T-TGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTC
** ** * *
7952 GAGCATCAGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAACAGGAAAAACGATAT
267 --G-AT--TTAA----TTAGAAATTAATT---CA--------GAAAAAAA-A-GAAAAACGATAT
* *
8017 TAGAAGCGTGAAAAGCCC
310 CAGAAGCGTGAAAAACCC
* * * * * * *
8035 TTCAATCTTCTTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGACTATTGTGACCAAATATTGAGGGAAA
1 TTCCAT-TTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAGGAAA
* * * *
8100 AACTTTCGGTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTAG
65 ATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTAA-CCGAAATCGTGTA-TAACCATCACAG-TTTTT-G
** ** * * ** *
8165 CAAAAAACGCGCTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAA
126 TTAAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGAAA
* *
8230 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-GCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
191 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCACAT-T-GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
* **** * * *
8294 AGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGC
254 TGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAA-A-GAAAAACGATATCAGAAGC
*
8359 GTGAAAAGCCC
317 GTGAAAAACCC
* * * * *
8370 TTCAATCTTCTTTGGCGATGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAA
1 TTCCAT-TTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAGGAAA
* * * * *
8435 AACTTTCGGTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTAG
65 ATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTAA-CCGAAATCGTGTA-TAACCATCACAG-TTTTT-G
** * * * * * * * ** *
8500 CAAAAAACGCACTTCTGGGGCCCCGGTTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCTCCAATAATCCTTTAA
126 TTAAAAACGCA-TTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGAA
* * * * * * *
8565 ATATCTATATTAATCTAAGCAAATCTCAACAACATTGGACTTGAGGATTTGTTTTTATGAGCATT
190 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC-ACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
* * * * * * ** * * *
8630 TAAATTTTCG-TTCGATATAATTAAAAATTAATTTAGAAAATAGGGTGAAAACGATATTAAAAGC
254 TGAATTAT-GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAG-AAAAACGATATCAGAAGC
** *
8694 GTGAAACGCTC
317 GTGAAAAACCC
* * * *** * ** *
8705 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAGTG-AGGAAAT
1 TTCCATTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAGGAAA-
* * * *
8769 ATC-TTACGTGTCAAATTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTGCATGATTTTATCTTACGTGT
65 ATCATT-CGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTGT--AT-A----A-C---C--AT
* * * * *
8833 CAAAATTTTGTCAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTG-GGTCCCGGCTCAGTTTTACATGATTTT
115 C---A------CAGTTTTT-GTTAAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTT
* * ** * * * * * *
8897 TTGTGCA--AATAATCCTTGAAATATGTATATTAATCTAGCCAAATTCTCAACCACAGTGGACTT
169 TTG-GCACCAAGACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAA-TCTC-AGCACATTGGATTT
* * * * * * * *
8960 GAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTAAATTTTATTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATA
231 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA-A
* * * * ** *
9025 TAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGTAACGCAC
295 AAAGAAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAACCC
* * * * * *** * * **
9058 TTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATACTCCATATAACTATTGTGGATAAAGAA-TG-AGGTAA
1 TTCCATTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAA-AATTGAAGG-AA
* * * * *
9121 TATC-TTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGTGTACGAACCATCAAAGTTTTTG
64 AATCATT-CGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTGTA-TAACCATCACAGTTTTT-
* * * * * * * * **
9185 GCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAA
125 GTTAAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGAA
* * * ** * * * *
9250 ATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACGTGAGGATATGTTTTTATGAGCATT
190 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-AGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
* * * * * * * **
9315 TAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCG
254 TGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA-AAAAGAAAAACGATATCAGAAGCG
* *
9380 TGAAAAGCCT
318 TGAAAAACCC
* * * ** * *
9390 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGAGTATTGTGGCTAAAAAATG-AGGAAAA
1 TTCCATTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAGG-AAA
* ** * *
9454 AT-ATTACAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTCGCCGAAATCGTG--T-A-CGTCACAGTTTTTGGC
65 ATCATT-CGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTGTATAACCATCACAGTTTTT-GT
* * * * * * * * **
9514 TAAAACCGCGTTCTGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATATTTT-GCGCCAATAATCCTTGAAA
127 TAAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT-TTTTGGCACCAAGACTAATTGAAA
* * * * * * * *
9578 AATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGGATTT
191 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-AGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT
* * * * * * * * * * *
9643 AAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAATATATAGGAAAAACGATATTAAAAACGT
255 GAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAA-AAAAAAGAAAAACGATATCAGAAGCGT
** *
9708 GAAACGCTC
319 GAAAAACCC
* * * * * * *
9717 TTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTAAGAGTATTGTCAATTGTGGCTAAATATT-A
1 TTCCATTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTT-A-TG-A--GT--ATTGTGGCCAAAAATTGA
* * * * *
9781 TGCATAAATC-TGACGGGTCACA-TTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTACTAACTATCACA
59 AGGA-AAATCAT-TCGGGTCA-ATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTGTA-TAACCATCACA
* * * * * * *
9844 GTTTTTGCTTAAAAACGCGTTTTTCG-GGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTATA
119 GTTTTTG-TTAAAAACGC--ATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGA
* ** * * * * * * * *
9908 ATCCTTGAAATATCTATATTAAGCTAACCAAATCTCAATCACAATAGACTTGAGGATTTTTTTTT
181 CTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-AGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * * * * * * *
9973 ACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTTAGAAAATATAGGAAAAACGATA
245 ACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA-AAAAGAAAAACGATA
** * **
10038 TTGGAAGCATG-AAAGGCC
309 TCAGAAGCGTGAAAAACCC
* * ** * *
10056 TTCAATCTTTTTT-GCGTTGAATTATATATTCCTTATGCGTATTGTGGCTTAAAAA-TG-AGGAA
1 TTCCAT-TTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-CAAAAATTGAAGG-A
* ** * * *
10118 AAATC-TTACAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCAAAATTGTGTACT-ATCATCACAGTTTTT
63 AAATCATT-CGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTGTA-TAACCATCACAG-TTTT
* * * * * ** * * **
10181 TGTTAAAAACACGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTCGTGCCAATAATCTTTG
124 TGTTAAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCACCAAGACTAATTG
* * * * * *
10246 AAATATCTATATTAATCTACCCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCA
188 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-AGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
* * * * * * * * * * * **
10311 TTTAAATTTTCTTTCGATATAACTAAAAATTAATTTAGAAAATATAGGGAAAACGATATTGGAAG
252 TCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA-AAAAGAAAAACGATATCAGAAG
* **
10376 AGTGAAAGGCCC
316 CGTGAAAAACCC
* * * * ** * *
10388 TTCAATCTTCTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGGGTATTGTGGCTTAAAAA-TG-AGGAAA
1 TTCCATTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-CAAAAATTGAAGG-AA
* **
10451 AATC-TTACAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAA-C--C-CAGTTTTTG
64 AATCATT-CGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTGTA-TAACCATCACAGTTTTT-
* * * * * * * ** * * **
10511 GCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTCGTGCCAATAATCCTTGAA
125 GTTAAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGAA
* * * * * * * *
10576 ATATCTATATTAATCTACCCAAATCACAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATT
190 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-AGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
* * * * * *** *
10641 TAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATTGGAAAAACGATAT-TGAAAGC
254 TGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA-AAAAGAAAAACGATATCAG-AAGC
** *
10705 GTGAAACGCTC
317 GTGAAAAACCC
* * *** * **
10716 TTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATT--AGGAA
1 TTCCATTTTTTTGGCGA-TGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGG-CCAAAAATTGAAGGAA
* * * *
10778 AAACCTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACTATCACAGTTTTTT
64 AATCATT-CGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTGTA-TAACCATCACAG-TTTTT
* * * * * **
10843 GCTAAAAACGCATTCCG-GAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGA
125 GTTAAAAACGCATTCCGAG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGA
* * * * * *
10907 AATATCTATATTAATCAAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
189 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-AGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
* * * * * * * * *
10972 TTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTAGAAGC
253 CTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA-AAAAGAAAAACGATATCAGAAGC
** *
11037 GTGAAACGCTC
317 GTGAAAAACCC
* * * * ** * * ** *
11048 TTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTCATATGACTAATGTGGATAAAAAATG-A-GAAAA
1 TTCCATTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAGGAAAA
** * * *
11111 AAACTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTGCTAACTATCACAGTTTTT-T
66 TCA-TT-CGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTGT-ATAACCATCACAGTTTTTGT
* * * * * * * * * **
11175 CCAAAAAAACGCGTTTTCCGGGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTATAATCCTT
127 ---TAAAAACGC--ATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATT
* * * * * * *
11240 GAAATTTCTATATTAATCTAACAAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGA-TTGTTTTTACGAGC
187 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-AGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
* * * * * * * * * * **
11304 ATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTTAGAAAATATAGGAAAAATGATATTGGAA
251 ATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA-AAAAGAAAAACGATATCAGAA
*
11369 GCGTGAAAAGCCC
315 GCGTGAAAAACCC
* * * ** * *
11382 TTCAATCTTCTTGGC-ATTGAATTATATATTCCTTATGGGTATTGTGGCTTAAAAA-TG-AGGAA
1 TTCCATTTTTTTGGCGA-TGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-CAAAAATTGAAGGAA
* * * ** *
11444 AATTC-TTACAGGTCAATTTTGGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACATTA-CATCACAGTTTT
64 AA-TCATT-CGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTGT--ATAACCATCACAGTTTT
* * * * * * * ** * * **
11507 GGTTAAAAACACGTTACGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTCGTGCCAATAATCCTTGA
124 TGTTAAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGA
* * * * * * *
11572 AATATCTATATTAATCTACCCAAATCACAAC-CAAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
189 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCAC-ATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
* * * * * * * ** * *
11636 -TTAGATTTTCTTTCAATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATTGGAAAACGATATTAGAAGC
253 CTGA-ATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAGAAAAACGATATCAGAAGC
** *
11700 GTGAAACGCTC
317 GTGAAAAACCC
* *
11711 TTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATT
1 TTCCATTTTTTTGGCGA-TGAATTATATATT
11741 CCATATGACT
Statistics
Matches: 4361, Mismatches: 770, Indels: 569
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
318 3 0.00
319 90 0.02
320 117 0.03
321 82 0.02
322 162 0.04
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324 5 0.00
325 3 0.00
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330 169 0.04
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337 4 0.00
338 7 0.00
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342 2 0.00
343 1 0.00
344 4 0.00
345 1 0.00
346 16 0.00
347 9 0.00
348 5 0.00
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350 5 0.00
351 16 0.00
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359 11 0.00
360 15 0.00
361 9 0.00
362 15 0.00
363 9 0.00
364 1 0.00
365 13 0.00
368 13 0.00
369 6 0.00
370 17 0.00
371 19 0.00
372 6 0.00
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375 4 0.00
376 2 0.00
377 5 0.00
378 5 0.00
379 7 0.00
380 5 0.00
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384 15 0.00
385 6 0.00
386 2 0.00
387 5 0.00
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389 10 0.00
390 15 0.00
391 12 0.00
393 1 0.00
394 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (327 bp):
TTCCATTTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAGGAAAA
TCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTAACCGAAATCGTGTATAACCATCACAGTTTTTGTTAAA
AACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTAATTGAAATATCT
ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTA
TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAGAAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAAC
CC
Found at i:8302 original size:335 final size:331
Alignment explanation
Indices: 7812--11753 Score: 4585
Period size: 332 Copynumber: 11.8 Consensus size: 331
7802 ATTTAAGCCG
* * * * * * *
7812 CCATCACAGCTTTTGTAGCAAAAAACGCGCTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATTATTTTTGG
1 CCATCACAG-TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTG
* * * * ** ** * * *
7877 CGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCA-TGTCAGATTTAAGGA
65 CGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAAT-GGACTTGAGGA
* ***** * * * * * *
7941 TTTGTTTTTACGAGCA-TCAGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAACAG
129 TTTGTTTTTACGAGCATTTA-AATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAG-AAAATATAG
* *
8005 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTTGGCGATGAATTATATACTT-TT
192 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTT-TTTGGCGTTGAATTATATA-TTCCT
* * * * * * *
8069 TATGACTATTGTGACCAAATATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCG
255 TATGACTATTGTGGCTAAAAAATGA-GGAAAAACTTACGG-TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
8134 AAATCGTGTACTAA
318 AAATCGTGTACTAA
* * * * * *
8148 CCATCACAGTTTTTTAGCAAAAAACGCGCTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGC
1 CCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC
* * * * ** ** * * *
8213 GCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCA-TGTCAGATTTAAGGAT
66 GCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAAT-GGACTTGAGGAT
* ***** * * * * * *
8277 TTGTTTTTACGAGCA-TCAGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAACAGG
130 TTGTTTTTACGAGCATTTA-AATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAG-AAAATATAGG
* *
8341 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTTGGCGATGAATTATATAATT-TTT
193 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTT-TTTGGCGTTGAATTATAT-ATTCCTT
* * * * * * * *
8405 ATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCAA
256 ATGACTATTGTGGCTAAAAAATGA-GGAAAAACTTACGG-TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
8470 AATCGTGTACTAA
319 AATCGTGTACTAA
* * * * * * *
8483 CCATCACAGTTTTTTAGCAAAAAACGCACTTCTGGGGCCCCGGTTCAGTTTTGCATTATTTTTGG
1 CCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGC-GTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTG
* * * * *
8548 CTCCAATAATCCTTTAAATATCTATATTAATCTAAGCAAATCTCAACAACATTGGACTTGAGGAT
65 CGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGAT
* * * * *
8613 TTGTTTTTATGAGCATTTAAATTTTCGTTCGATATAATTAAAAATTAATTTAGAAAATA-GGGTG
130 TTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGG-A
* * * *
8677 AAAACGATATTAAAAGCGTGAAACGCTCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATG
194 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATG
* * * * *
8742 ACTATTGTGGTTAAAAAGTGAGGAAATATCTTACGTGTCAAATTTTGCAAAATTTTATCCGAAAT
259 ACTATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAA-AACTTACG-GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
*
8807 CGTGTGCATGATTTTA
322 CGTGTAC-T-A----A
* * * *
8823 TCTTACGTGTCAAAATTTTGTCAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CTGGGTCCCGGCTCAGTTTT
1 -C---C--ATC-ACA----GT---TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTT
* * * * *
8887 ACATGATTTTTTGTGCAAATAATCCTTGAAATATGTATATTAATCTAGCCAAATTCTCAACCACA
52 GCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAA-TCTCAACCACA
* * *
8952 GTGGACTTGAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTAAATTTTATTTCGATATAATTAAAAATTAATTC
116 ATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTC
* * * *
9017 AGAAAATATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGTAACGCACTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTA
181 AGAAAATATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTA
* * * * * * *
9082 TATACTCCATATAACTATTGTGGATAAAGAATGAGGTAATATCTTACGGGTCAATTTTTGCAAAA
246 TATATTCCTTATGACTATTGTGGCTAAAAAATGAGG-AAAAACTTAC-GGTCAATTTTTGCAAAA
* *
9147 TTTTAGCCTAAATCGTGTACGAA
309 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
* *
9170 CCATCAAAG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC
1 CCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC
* *
9234 GCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACGTGAGGATA
66 GCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATT
*
9299 TGTTTTTATGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAA
131 TGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAA
* * *
9364 AACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGAG
196 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGAC
* *
9429 TATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAATATTACAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTCGCCGAAATCG
261 TATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAA-CTTAC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
9494 TG---T-A
324 TGTACTAA
* * * * *
9498 -CGTCACAG-TTTTTGGCTAAAACCGCGTTCTGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATATTTTGC
1 CCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC
*
9561 GCCAATAATCCTTGAAAAATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATT
66 GCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATT
* *
9626 TGTTTTTACGAGGATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAATATATAGGAAA
131 TGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAA
* * * * * **
9691 AACGATATTAAAAACGTGAAACGCTCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTAAGAG
196 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTCCT-----
* * * * * * * *
9756 TATTGTCAATTGTGGCT-AAATATTATGCATAAATCTGACGGGTCACA-TTTTGCAAAATTTTAT
255 TA-TGACTATTGTGGCTAAAAAATGA-GGA-AAAACTTAC-GGTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAG
9819 CCGAAATCGTGTACTAA
315 CCGAAATCGTGTACTAA
* * *
9836 CTATCACAG-TTTTT-GCTTAAAAACGCGTTTTTC-GGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
1 CCATCACAGTTTTTTGGC-TAAAAACGCG--TTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
* * * *
9898 TGCGCCTATAATCCTTGAAATATCTATATTAAGCTAACCAAATCTCAATCACAATAGACTTGAGG
63 TGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGG
* *
9963 ATTTTTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTTAGAAAATATAGG
128 ATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGG
* * * *
10028 AAAAACGATATTGGAAGCATG-AAAGGCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTCCTTAT
193 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTAT
* * *
10092 G-CGTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAAAATCTTACAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCAAA
258 GAC-TATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAA-CTTAC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
*
10156 ATTGTGTACT-A
320 ATCGTGTACTAA
* * * *
10167 TCATCACAGTTTTTT-GTTAAAAACACGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTCG
1 CCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTT-G
* * *
10231 TGCCAATAATCTTTGAAATATCTATATTAATCTACCCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGAT
65 CGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGAT
* * *
10296 TTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAACTAAAAATTAATTTAGAAAATATAGGGA
130 TTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAA
* * * * *
10361 AAACGATATTGGAAGAGTGAAAGGCCCTTCAATCTTCTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGG
195 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGA
* * *
10426 GTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAAAATCTTACAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATC
260 CTATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAA-CTTAC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
10491 GTGTACTAA
323 GTGTACTAA
* * * * *
10500 -C--C-CAG-TTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTCGT
1 CCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC
* *
10560 GCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTACCCAAATCACAACCACAATGGACTTGAGGATT
66 GCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATT
*
10625 TGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATTGGAAA
131 TGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAA
* * * *
10690 AACGATATT-GAAAGCGTGAAACGCTCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTCCATATGA
196 AACGATATTAG-AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGA
* *
10754 CTATTGTGGTTAAAAAATTAGGAAAAACCTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
260 CTATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAA-CTTAC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
*
10819 GTGTATTAA
323 GTGTACTAA
* * *
10828 CTATCACAGTTTTTT-GCTAAAAACGCATTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC
1 CCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC
*
10892 GCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCAAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATT
66 GCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATT
10957 TGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAA
131 TGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAA
* * * * *
11022 AACGATATTAGAAGCGTGAAACGCTCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTCATATGAC
196 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGAC
* * * *
11087 TAATGTGGATAAAAAATGAGAAAAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCG
261 TATTGTGGCTAAAAAATGAG-GAAAAACTTAC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
*
11152 TGTGCTAA
324 TGTACTAA
* * * *
11160 CTATCACAGTTTTTT-CCAAAAAAACGCGTTTTCCGGGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
1 CCATCACAGTTTTTTGGC-TAAAAACGCG--TTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
* * *
11224 TGCGCCTATAATCCTTGAAATTTCTATATTAATCTAACAAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGG
63 TGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGG
*
11289 A-TTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTTAGAAAATATAGG
128 ATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGG
* * * *
11353 AAAAATGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCATTGAATTATATATTCCTTAT
193 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTAT
** * * * * *
11418 GGGTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAAATTCTTACAGGTCAATTTTGGAAAAATTTTAGTCGAAA
258 GACTATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAA-ACTTAC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
*
11483 TCGTGTACATTA
321 TCGTGTAC-TAA
* * * * * *
11495 -CATCACAG--TTTTGGTTAAAAACACGTTACGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTCGT
1 CCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC
* *
11557 GCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTACCCAAATCACAACCA-AATGGACTTGAGGATT
66 GCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATT
* * *
11621 TGTTTTTACGAGCATTTAGATTTTCTTTCAATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATTGG-AA
131 TGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAA
* * * *
11685 AACGATATTAGAAGCGTGAAACGCTCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTCCATATGAC
196 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGAC
11750 TATT
261 TATT
Statistics
Matches: 3185, Mismatches: 343, Indels: 163
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
327 228 0.07
328 256 0.08
329 127 0.04
330 163 0.05
331 164 0.05
332 699 0.22
333 113 0.04
334 300 0.09
335 486 0.15
336 129 0.04
337 4 0.00
338 6 0.00
339 50 0.02
340 168 0.05
341 5 0.00
343 1 0.00
344 1 0.00
346 3 0.00
347 3 0.00
351 3 0.00
352 59 0.02
353 197 0.06
354 20 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
CCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC
GCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATT
TGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAA
AACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGAC
TATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAACTTACGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
TACTAA
Found at i:10954 original size:660 final size:661
Alignment explanation
Indices: 7844--11753 Score: 4631
Period size: 660 Copynumber: 5.9 Consensus size: 661
7834 AAACGCGCTC
* * * * * * *
7844 CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATC
1 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATC
** ** * * * * *****
7909 TAACCAAATCTCAGGCA-TGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA-TCAGAAACCGGTTTC
66 TAACCAAATCTCAACCACAAT-GGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTA-AATTTTCTTTC
* * * * * * *
7972 AATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
129 GATATAATTAAAAATTAATTCAG-AAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAG-CCTT
* * * *
8037 CAATCTTCTTTGGCGA-TGAATTATATACTT-TTTATGACTATTGTGAC-CAAATATTGAGGGAA
192 CAATCTT-TTTGGC-ATTGAATTATATA-TTCCTTATGACTATTGTGGCTTAAA-AATGA-GGAA
* * * *
8099 AAA-CTTTC-GGTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTT
252 AAATCTTACAGG-TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TTA-CATCACAG-TTTT
* * * * * * * * *
8162 TAGCAAAAAACGCGCTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTG
313 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAATAATCCTTG
* * ** ** * * *
8227 TAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCA-TGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
378 AAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAAT-GGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGC
* ***** * * * * * *
8291 A-TCAGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAG
442 ATTTA-AATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAG-AAAATATAGGAAAAACGATATTAG
* * * ** * *
8355 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTTGGCGATGAATTATATAATT-TTTATGAGTATTGTGAC
505 AAGCGTGAAACGCTCTTCAATCTT-TTTGGCGTTGAATTATAT-ATTCCATATGACTATTGTGGC
* * * * * * *
8419 -CAAAAATTGAGGGAAAAA-CTTTCGGTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCAAAATCGTGTACTA
568 TTAAAAA-TGA-GGAAAAATCTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTACTA
* **
8482 ACCATCACAGTTTTTTAGCA-AAAAACGC-ACTT
631 A-C-TCACAG-TTTTTGGCATAAAAACGCGTTTT
* * * * *
8514 CTGGGGCCCCGGTTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCTCCAATAATCCTTTAAATATCTATATTAAT
1 C-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAAT
* * * * *
8579 CTAAGCAAATCTCAACAACATTGGACTTGAGGATTTGTTTTTATGAGCATTTAAATTTTCGTTCG
65 CTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCG
* * * ** *
8644 ATATAATTAAAAATTAATTTAGAAAATA-GGGTGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAACGCTCTTC
130 ATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGG-AAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGC-CTTC
* * *
8708 AATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGG-TTAAAAAGTGAGGAAATATC
193 AATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTCCTTATGACTATTGTGGCTTAAAAA-TGAGGAAAAATC
* *
8772 TTAC-GTGTCAAATTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTGCATGATTTTATCTTACGTGTCAA
257 TTACAG-GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC--GTG--T-A--TTA-C--A----TC--
* * *
8836 AATTTTGTCAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CTGGGTCCCGGCTCAGTTTTACATGATTTTTTG
305 -A------CAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTG
* * * *
8900 TGCAAATAATCCTTGAAATATGTATATTAATCTAGCCAAATTCTCAACCACAGTGGACTTGAGGA
363 TGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAA-TCTCAACCACAATGGACTTGAGGA
* *
8965 TTTGTTTTTACAAGCATTTAAATTTTATTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGA
427 TTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGA
* * * * *
9030 AAAACGATATTAGAAGCGTGTAACGCACTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATACTCCATATA
492 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAACGCTCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATG
* * * * *
9095 ACTATTGTGG-ATAAAGAATGAGGTAATATCTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAA
557 ACTATTGTGGCTTAAA-AATGAGGAAAAATCTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTATCCGAAA
* * *
9159 TCGTGTACGAACCATCAAAGTTTTTGGC-TAAAAACGCG-TTC
621 TCGTGTACTAA-C-TCACAGTTTTTGGCATAAAAACGCGTTTT
*
9200 CGGGGCCCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATC
1 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATC
* * *
9265 TAACCAAATCTCAACCACAATGGACGTGAGGATATGTTTTTATGAGCATTTAAATTTTCTTTCGA
66 TAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGA
9330 TATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAA
131 TATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCC-TTCAA
* * * *
9395 TCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGAGTATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAATATTA
195 TCTTTTTGGCATTGAATTATATATTCCTTATGACTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAAAATCTTA
* * *
9460 CAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTCGCCGAAATCGTG---TACGTCACAGTTTTTGGCTAAAACCG
260 CAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACG
* * * * *
9522 CGTTCTGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATATTTTGCGCCAATAATCCTTGAAAAATCTATAT
325 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAATAATCCTTGAAATATCTATAT
*
9587 TAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGGATTTAAATTTTCT
390 TAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCT
* * *
9652 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAATATATAGGAAAAACGATATTAAAAACGTGAAACGCTC
455 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAACGCTC
* ** * * * *
9717 TTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTAAGAGTATTGTCAATTGTGGC-TAAATATTA
520 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA----TT-CCA-TA-TGACTATTGTGGCTTAAAAATGA
* * *
9781 TGCATAAATCTGACGGGTCACA-TTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAG
578 -GGAAAAATCTTACGGGTCA-ATTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTACTAAC--TCACAG
*
9845 TTTTT-GCTTAAAAACGCGTTTTT
639 TTTTTGGCATAAAAACGCG-TTTT
* * *
9868 C-GGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTATAATCCTTGAAATATCTATATTAAGC
1 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATC
* * *
9932 TAACCAAATCTCAATCACAATAGACTTGAGGATTTTTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGA
66 TAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGA
* * *
9997 TATAATTAAAAATTAATTTAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCATGAAAGGCCTTCAAT
131 TATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCTTCAAT
* *
10062 CTTTTTTGCGTTGAATTATATATTCCTTATG-CGTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAAAATCTTA
196 CTTTTTGGCATTGAATTATATATTCCTTATGAC-TATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAAAATCTTA
* * * * * *
10126 CAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCAAAATTGTGTACTATCATCACAGTTTTTTGTTAAAAAC
260 CAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTA-CATCACAGTTTTTGGCTAAAAAC
* * *
10191 ACGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTCGTGCCAATAATCTTTGAAATATCTAT
324 GCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTT-GTGCCAATAATCCTTGAAATATCTAT
*
10256 ATTAATCTACCCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTT
388 ATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTT
* * * * * *
10321 CTTTCGATATAACTAAAAATTAATTTAGAAAATATAGGGAAAACGATATTGGAAGAGTGAAAGGC
453 CTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAACGC
* * * **
10386 CCTTCAATCTTCTTGGCGTTGAATTATATATTCCTTATGGGTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAA
518 TCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAA
*
10451 AATCTTACAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGT-CGAAATCGTGTACTAAC-C-CAGTTTTTGGC
583 AATCTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA-TCCGAAATCGTGTACTAACTCACAGTTTTTGGC
*
10513 -TAAAAACACG-TTT
647 ATAAAAACGCGTTTT
* * *
10526 CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTCGTGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATC
1 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATC
* *
10591 TACCCAAATCACAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGA
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* * *
10656 TATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATTGGAAAAACGATATTGAAAGCGTGAAACGCTCTTCAA
131 TATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGC-CTTCAA
* * *
10721 TCTTTTTGGCATTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGG-TTAAAAAATTAGGAAAAACCTT
195 TCTTTTTGGCATTGAATTATATATTCCTTATGACTATTGTGGCTT-AAAAATGAGGAAAAATCTT
* *
10785 ACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACTATCACAGTTTTTTGCTAAAA
259 ACAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATT-AC-ATCACAGTTTTTGGCTAAAA
* * *
10850 ACGCATTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTA
322 ACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAATAATCCTTGAAATATCTA
*
10915 TATTAATCAAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTT
387 TATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTT
10980 TCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAACG
452 TCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAACG
* * * * * *
11045 CTCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTCATATGACTAATGTGGATAAAAAATGAGAAA
517 CTCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAA
* * *
11110 AAAACTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTGCTAACTATCACAGTTTTTT
582 AAATCTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTACTAAC--TCACAGTTTTTG
* *
11175 CCAAAAAAACGCGTTTT
645 GCATAAAAACGCGTTTT
* * *
11192 CCGGGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTATAATCCTTGAAATTTCTATATTAAT
1 -CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAAT
*
11257 CTAACAAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGA-TTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCG
65 CTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCG
* *
11321 ATATAATTAAAAATTAATTTAGAAAATATAGGAAAAATGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCCTTCA
130 ATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAG-CCTTCA
* ** *
11386 ATCTTCTTGGCATTGAATTATATATTCCTTATGGGTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAAATTCTT
194 ATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTCCTTATGACTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAAAATCTT
* * * *
11451 ACAGGTCAATTTTGGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACATTACATCACAG-TTTTGGTTAAAA
259 ACAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT--ATTACATCACAGTTTTTGGCTAAAA
* * * *
11515 ACACGTTACGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTCGTGCCAATAATCCTTGAAATATCTA
322 ACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAATAATCCTTGAAATATCTA
* * *
11580 TATTAATCTACCCAAATCACAACCA-AATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAGATTT
387 TATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTT
* *
11644 TCTTTCAATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATTGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAACG
452 TCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAACG
*
11708 CTCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTCCATATGACTATT
517 CTCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATT
Statistics
Matches: 2812, Mismatches: 340, Indels: 183
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
658 4 0.00
659 330 0.12
660 421 0.15
661 60 0.02
663 70 0.02
664 142 0.05
665 117 0.04
666 363 0.13
667 270 0.10
668 17 0.01
669 71 0.03
670 92 0.03
671 287 0.10
672 3 0.00
673 1 0.00
674 2 0.00
675 5 0.00
677 1 0.00
681 2 0.00
683 3 0.00
684 2 0.00
685 252 0.09
686 33 0.01
687 81 0.03
688 104 0.04
689 72 0.03
690 7 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (661 bp):
CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATC
TAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGA
TATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCTTCAAT
CTTTTTGGCATTGAATTATATATTCCTTATGACTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAAAATCTTAC
AGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGC
GTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATT
AATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTT
TCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAACGCTCT
TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGCTTAAAAATGAGGAAAAAT
CTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTACTAACTCACAGTTTTTGGCATAA
AAACGCGTTTT
Done.