Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015435.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15468, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2110
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.18, T:0.33
Found at i:764 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--2110 Score: 3113
Period size: 332 Copynumber: 6.4 Consensus size: 330
*
1 ACACAGTTTTGGATGATATTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATGGAAATTCATCTAACCAAAT
1 ACACAGTTTTGGATGAT-TTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAAT
*
66 CTCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAAATAG
65 CTCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAG
* * *
131 AAATTAATTTAGGAAAATAAGAAAAATGATATTAGAAGGCTGAAAAGTCCA-TAAATTTTGTTGG
130 AAATTAATTTAGGAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAG-CCATTAAATTTTATTGG
* * * *
195 CGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGTTAAAATTTGAGGAAAATGTTTTTGGGACAAT
194 CGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAT-TTTTTGGGAC-AG
* * *
260 TTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCT
257 TTTTTGCAAAACTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
*
325 TGGGGCCCG
322 TGGGCCCCG
*
334 TCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
1 ACACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
* *
399 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTACGACCATCTGAATTATAATTCGATTTAATTAGA
66 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGA
* * * *
464 AATTAATTTAGGAAATTAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCTTTAAATTTTATTGGTG
131 AATTAATTTAGGAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCATTAAATTTTATTGGCG
*
529 TTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGTAAAATTTTTTGGGAAAGTTT
196 TTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGG-AAAATTTTTTGGGACAGTTT
* * * * * *
594 TTGCAAAATTTTGGCAGAAATCGTGTATTAACCAACACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTTGG
260 TTGCAAAACTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGG
*
659 GCCCCA
325 GCCCCG
665 ACACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
1 ACACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
* * * * * *
730 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATAATGTTTTACGACCATCTGATTTATAATTCGATTTAATGA-A
66 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGA
* * * * *
794 TAAATAATTCA-AAAAATTAAAAAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCATTAAATTTTACTG
131 -AATTAATTTAGGAAAA-T-AAGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCATTAAATTTTATTG
* * **
858 GCGTTGAGTTATATATTTTTTACGAGTACTGTGGATAAAAATTGAGGAAAAAAGTTTTGGGACAG
193 GCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGG-AAAATTTTTTGGGACAG
* * *
923 TTTTTGCAAAACTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTGCCTAAAAACGCGTTTC
257 TTTTTGCAAAACTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
*
988 TGGTCCCC-
322 TGGGCCCCG
* * * * *
996 AGCACAATTTTGGTTGATTTTTGGAAGCA-AGACTCCTTAAAATAAGTAAATTCATCTAACCATA
1 A-CACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAG-AGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAA
*
1060 TCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATAATGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTA
64 TCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTA
* * * * *
1125 GAAATTAATGTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGGCGGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGG
129 GAAATTAATTTAGGAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCATTAAATTTTATTGG
*
1190 CGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTAAGGAAAATTTTTTTTGGGGACA
194 CGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAA--TTTTTT-GGGACA
* * *
1255 GTTTTTGCAAAACTTTGGCCGAAATCATGTACGT-----T--CAGTTTTTGGCTAAAACCGCATT
256 GTTTTTGCAAAACTTTGGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
1313 CCTGGGCCCCG
320 CCTGGGCCCCG
* *
1324 TCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCGTCTAACCAAATC
1 ACACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
1389 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAA-TATAATTCGAATTAATTAGA
66 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGA
*
1453 AATTAATTTAGGAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGCG
131 AATTAATTTAGGAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCATTAAATTTTATTGGCG
1518 TTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAATGTTTTTGGGACAGTTT
196 TTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAT-TTTTTGGGACAG-TT
* * * *
1583 TTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGCGTA-T-A-CATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTA
259 TTTGCAAAACTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTG
*
1645 GGCTCCG
324 GGCCCCG
* * * * *
1652 ACATAGTTTTGGCTGATTTTTGGCAGCA-AGACTCCTAAAAATATTTAAATTCATTTAACCAAAT
1 ACACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAG-AGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAAT
* *
1716 CTCAACCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGATTTAATTAG
65 CTCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAG
* * * * *
1781 AAATTCATTTAGGAAACTAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCATTAAATATTATTGGT
130 AAATTAATTTAGGAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCATTAAATTTTATTGGC
* ** *
1846 GTTGAGTTATATATTTTTTACGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAAAGTTTTGGGACAGGT
195 GTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGG-AAAATTTTTTGGGACAGTT
* *
1911 TTTGCAAAACTTTGGCCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCTG
259 TTTGCAAAACTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTG
1976 GGCCCCG
324 GGCCCCG
*
1983 ACACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCA-AGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACTAAAT
1 ACACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAG-AGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAAT
2047 CTCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTA
65 CTCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTA
Statistics
Matches: 1609, Mismatches: 140, Indels: 58
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
323 1 0.00
324 8 0.00
325 32 0.02
326 130 0.08
327 127 0.08
328 154 0.10
329 135 0.08
330 13 0.01
331 441 0.27
332 503 0.31
333 64 0.04
334 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
ACACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
TCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGA
AATTAATTTAGGAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCATTAAATTTTATTGGCG
TTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAATTTTTTGGGACAGTTTT
TGCAAAACTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGG
CCCCG
Done.