Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015436.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15469, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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Found at i:1656 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1--3446 Score: 4372
Period size: 333 Copynumber: 10.5 Consensus size: 331
* * *
1 AATGGATTTAAGGATAA-GCTTTTACT-ACCATCTGATTTATAATTCGATTTAATTAAAAATTAA
1 AATGGATTTAAGGATAAGGC-TTTA-TGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAA
* * ** * *
64 TTCA-AAAAATAAAAATAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGCCATTAAATATTATTGGCGTTG
64 TTTAGGAAAAT---AGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCC-TTAAATTTTATTGGCGTTG
* * ** * *** *
128 AGTTATATAATTTTTACGAAAACTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAAAACGTTTTGGGACAGTTTTC
125 AGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTTGGGACAGTTTTT
* * *
193 GCAAAACTTTGGCCAAAATCGTGTACGT-----T-ACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGG
190 GCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGG
* * *
252 CCCCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTAGCTGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATGTAACC
254 CCCCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACC
317 AAATCTCAGCCAC
319 AAATCTCAGCCAC
* * * * *
330 AATGGATTTAAAGATAAGACTTTACGACCATCTGAATTATTATTCGATTTAATTAGAAATTAATT
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATT
* * * * *
395 TTGTAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCATTAAAGTTTGTTGGTGTTGAGTTA
66 TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCC-TTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTA
* * * * *
460 TATCTTTTTTATGAGAACTGTGGCTAAAAAATGAGGTAAAACTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAAA
130 TATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAAA
* * ** * *
525 ATTTTGGCCGAAATCGTGTACGT---TATCGA-TGTTTTTGGCTAAAATTGCGTTTCTGGTCCCC
195 ATTTTGGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATC-ACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCC
*
586 GGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCTGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAAT
258 GGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAAT
*
651 CTCAGTCAC
323 CTCAGCCAC
* *
660 AATGGATTTATGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAAATAGAAATTAATT
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATT
* *
725 TA-G----T---AAAAACGATATTAGAAGCTTTAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTA
66 TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAG-CCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTA
* * * *
782 TATATTTTTTACGAGTACTGTGGCTAAAAGTTGAGGAAAATTTTTTTTGGGGACAGGTTTTGCAA
130 TATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTT-GGGACAGTTTTTGCAA
* *
847 AATTTTGGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGGCCCCG
194 AATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCG
*
912 TCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAG-AGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAAT
259 GCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCA-AGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAAT
976 CTCAGCCAC
323 CTCAGCCAC
* * * * * * *
985 AATGGATTTAAGGATAATGTTTTACGACCATTTGATTTATAATTCGATTTAATGA-AAATTAA-T
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATT
* * * * * *
1048 T----CATTA-AAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCATTAAATATTATTGGTGTTGAGTTA
66 TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCC-TTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTA
** *
1108 TATATTTTTTACT-AGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAA-AGTTTTGGGACAGCTTTTGCAA
130 TATATTTTTTA-TGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAA
* *
1171 AACTTTGGCCGAAATC----A-T----GT---AGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCG
194 AATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCG
* * *
1224 ACACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGAATCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACTAAATC
259 GCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
1289 TCAGCCAC
324 TCAGCCAC
*
1297 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAGTT
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATT
* ** * * *
1362 TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGGTTGAGAAGCTCTTATATTTTATTGGCGTTGAGCTA
66 TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGC-CTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTA
* * *
1427 TATATTTTTTATGAGTACTGTGACTAAAAATTAAGGAAAAATTTTTTTGGGGAAAGTTTTTGCAA
130 TATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTT-GGGACAGTTTTTGCAA
* * *
1492 AATTTTGGCAGAAATCGTGTACTAACCATCAAAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGGCCCCG
194 AATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCG
*
1557 TCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAG-AGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAAT
259 GCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCA-AGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAAT
1621 CTCAGCCAC
323 CTCAGCCAC
* *
1630 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATTATTCGAATTAATTAGAAATTAGTT
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATT
* * *
1695 TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGGCTG---AGCCTTAAATTTTATTGGTGTTGAGTTAT
66 TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTAT
* * * *
1757 ATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGTAAAATTTTTTTTTGGACATTTTTTGTAAA
131 ATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAAA
* * * *
1822 ATTTTGGCTGAAATCGTGTA-T--CCGTCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCTCGG
195 ATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCGG
*
1884 CACAGTTTTGGATGATTTTTGACAG-AGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
260 CACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCA-AGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
1948 TCAGCCAC
324 TCAGCCAC
* * ** * * *
1956 AATGGATTTAAGGATAATGTTTTGCGACTATCTGATTTATAA-T-GAA--AATT----ATTCA--
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATT
* * *
2011 -A--AAAATA-GAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAAAGCCATTAAATTTTAATGGCGTTGAGTTA
66 TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCC-TTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTA
** * * *
2072 TATATTTTTTACAAGTACTGTGGCTAAAAATTGTGGTAAAAA--GTTTTGGGACGGTTTTTGCAA
130 TATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAA
* * * *
2135 AACTTTGACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCGAAAAACGCGTTTCCTGGGCTCC
194 AATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCTGGGCCCC
** *
2200 AACACAGTTTTGGCTGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAAT
258 GGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAAT
*
2265 CTTAGCCAC
323 CTCAGCCAC
*
2274 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAGTT
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATT
* *
2339 TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGGCTGAAAAGCCCTTATATTTTATTGGCGTTGAGTTA
66 TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAG-CCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTA
*
2404 TATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGG-AAAATTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAAT
130 TATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAAA
* * *
2468 ATTTTCGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGGTCCCGG
195 ATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCGG
*
2533 CACAGTTTTGGATGATTATTGGCAG-AGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
260 CACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCA-AGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
2597 TCAGCCAC
324 TCAGCCAC
* * * * * * *
2605 AATGGATTTAAGGATAAGGTTTTACGACCATCTGATTTATAATTCGATTTTATTAAAAATTAA-A
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATT
* ** ** * *
2669 AAACAAAATTAAAAAAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCATTAAATATTATTGGCGTTGAG
66 TAGGAAAA-T--AGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCC-TTAAATTTTATTGGCGTTGAG
* * * *** *
2734 TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTTAAG-AAAACCGTTTTGGGACTGTTTTTTG
127 TTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTTGGGACAG-TTTTTG
* * * *
2798 CAAAAATTTGGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACAGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCTGGACC
191 CAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCC
* * *
2863 CCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGTAACACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTTACCAA
256 CCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAA
* *
2928 ATCTCAACCTC
321 ATCTCAGCCAC
* * *
2939 AATGGATTTAAGGATAAGACTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAAATAATTAGTAATTTAAT
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAG-AAATTAAT
*
3004 TTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTCAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTT
65 TTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAG-CCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTT
* * * *
3069 CTATATTTTTTATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGG-AAAATTTTTTTGGGACAATTTTTGCAA
129 ATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAA
* * * * ** * * *
3133 ATTTTTGGCTGAAATCGTGTGCTAACCTTCACAGTTTTTGGCTTGAAATGCGTTCTTGGGCCCTG
194 AATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCG
*
3198 GCACAGTTTTTGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
259 GCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
*
3263 TCAGCTAC
324 TCAGCCAC
* *
3271 TATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAAATAGAAATTAATT
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATT
*
3336 TAGGAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTA
66 TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAG-CCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTA
3401 TATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGCAAAAATTTT
130 TATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGG-AAAAATTTT
3447 CCGATCAATT
Statistics
Matches: 2721, Mismatches: 311, Indels: 166
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
312 166 0.06
313 13 0.00
314 36 0.01
315 7 0.00
316 60 0.02
317 24 0.01
318 120 0.04
319 83 0.03
320 9 0.00
321 28 0.01
322 94 0.03
323 40 0.01
324 43 0.02
325 153 0.06
326 228 0.08
327 124 0.05
328 1 0.00
329 146 0.05
330 187 0.07
331 245 0.09
332 326 0.12
333 393 0.14
334 182 0.07
335 8 0.00
336 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATT
TAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTAT
ATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAAAA
TTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCGGC
ACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATCTC
AGCCAC
Found at i:2683 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2660--2688 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.3 Consensus size: 13
2650 GATTTTATTA
2660 AAAATTAAAAAAC
1 AAAATTAAAAAAC
2673 AAAATTAAAAAA-
1 AAAATTAAAAAAC
2685 AAAA
1 AAAA
2689 CGATATTAGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
12 4 0.25
13 12 0.75
ACGTcount: A:0.83, C:0.03, G:0.00, T:0.14
Consensus pattern (13 bp):
AAAATTAAAAAAC
Found at i:3203 original size:666 final size:657
Alignment explanation
Indices: 1--3443 Score: 4360
Period size: 645 Copynumber: 5.3 Consensus size: 657
* *
1 AATGGATTTAAGGATAA-GCTTTTACTACCATCTGATTTATAATTCGATTTAATTAAAAATTAAT
1 AATGGATTTAAGGATAAGGC-TTTACGACCATCTGAATTATAATTCGA-TTAATTAAAAATTAA-
* * * * *
65 TCAAAAAATAAAAATAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGCCATTAAATATTATTGGCGTTGAG
63 T-AAAAAA-ATAAAGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCATTAAATTTTATTGGCGTTGAG
* ** * *
130 TTATATAATTTTTACGAAAACTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAAAACGTTTTGGGACAGTTTTCGC
126 TTATATATTTTTTACGAGTACTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCGTTTTGGGACAGTTTTTGC
*
195 AAAACTTTGGCCAAAATCGTGTACGT-----T-ACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGGCC
191 AAAACTTTGGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGGCC
* * *
254 CCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTAGCTGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATGTAACCAA
255 CCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAG-AAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAA
* * * *
319 ATCTCAGCCACAATGGATTTAAAGATAAGACTTTACGACCATCTGAATTATTATTCGATTTAATT
319 ATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGACTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATT
* * * * *
384 AGAAATTAATTTTGTAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCATTAAAGTTTGTTG
384 AGAAATTAATTTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTG
* * * *
449 GTGTTGAGTTATATCTTTTTTATGAGAACTGTGGCTAAAAAATGAGGTAAAACTTTTTTGGGACA
449 GTGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGG-AAAATTTTTTTGGGACA
* ** *
514 GTTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGT-ACGTT-ATCGATGTTTTTGGCTAAAATTGCGTTT
513 GTTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTAACCTTCA-C-A-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* *
577 CTGGTCCCCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCTGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATC
575 CTGGGCCCCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATC
*
642 TAACCAAATCTCAGTCAC
640 TAACCAAATCTCAGCCAC
* * * *
660 AATGGATTTATGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAAATAGAAATTAAT-
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTACGACCATCTGAATTATAATTCG-ATTAATTAAAAATTAATA
* * *
724 ------T-TAGTAAAAACGATATTAGAAGCTTTAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTA
65 AAAAAATAAAG-AAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCATTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTA
* * * ** *
782 TATATTTTTTACGAGTACTGTGGCTAAAAGTTGAGGAAAATTTTTTTTGGGGACAGGTTTTGCAA
129 TATATTTTTTACGAGTACTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCGTTTT-GGGACAGTTTTTGCAA
* *
847 AATTTTGGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGGCCCCG
193 AACTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGGCCCCG
*
912 TCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
258 GCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGA-AGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
* * * * * *
977 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATAATG-TTTTACGACCATTTGATTTATAATTCGATTTAATGA-
322 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATAA-GACTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAG
* * * * * *
1040 AAATTAA-TT----CATTA-AAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCATTAAATATTATTGGT
386 AAATTAATTTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGT
*** *
1099 GTTGAGTTATATATTTTTTACT-AGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAAAGTTTTGGGACAGC
451 GTTGAGTTATATATTTTTTA-TGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGGACAGT
* *
1163 TTTTGCAAAACTTTGGCCGAAATCATG------T---AGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGG
515 TTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTAACCTTCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGG
* * *
1219 CCCCGACACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGAATCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACT
580 CCCCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACC
1284 AAATCTCAGCCAC
645 AAATCTCAGCCAC
* * *
1297 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAGTT
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTACGACCATCTGAATTATAATTCG-ATTAATTAAAAATTA--A
** * * * * * *
1362 TAGGAAAAT-AGGAAAAACGATATTAAAAGGTTGAGAAGCTC-TTATATTTTATTGGCGTTGAGC
63 TAAAAAAATAAAGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGC-CATTAAATTTTATTGGCGTTGAGT
* * * ** *
1425 TATATATTTTTTATGAGTACTGTGACTAAAAATTAAGGAAAAATTTTTTTGGGGAAAGTTTTTGC
127 TATATATTTTTTACGAGTACTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCGTTTT-GGGACAGTTTTTGC
* * *
1490 AAAATTTTGGCAGAAATCGTGTACTAACCATCAAAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGGCCC
191 AAAACTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGGCCC
*
1555 CGTCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAA
256 CGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGA-AGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAA
* *
1620 TCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATTATTCGAATTAATTA
320 TCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGACTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTA
* * *
1685 GAAATTAGTTTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGGCTG---AG-CCTTAAATTTTATTGG
385 GAAATTAATTTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGG
*
1746 TGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGTAAAATTTTTTTTTGGACA
450 TGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGG-AAAA-TTTTTTTGGGACA
* * * * * *
1811 TTTTTTGTAAAATTTTGGCTGAAATCGTGTATCCGTCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCTG
513 GTTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTAACCTTCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTG
* *
1876 GGCCTCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGACAG-AGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTA
578 GGCCCCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCA-AGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTA
1940 ACCAAATCTCAGCCAC
642 ACCAAATCTCAGCCAC
* * * * * * *
1956 AATGGATTTAAGGATAATGTTTTGCGACTATCTG----AT--TT--A-TAA-TGAAAATTATTCA
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTACGACCATCTGAATTATAATTCGATTAATTAAAAATTAATAA
* *
2011 AAAAAT--AGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAAAGCCATTAAATTTTAATGGCGTTGAGTTATA
66 AAAAATAAAGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCATTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTATA
* *
2074 TATTTTTTACAAGTACTGTGGCTAAAAATTGT-GGTAAAAA--GTTTTGGGACGGTTTTTGCAAA
131 TATTTTTTACGAGTACTGTGGCTAAAAATT-TAGG-AAAAATCGTTTTGGGACAGTTTTTGCAAA
* * * * *
2136 ACTTTGACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCGAAAAACGCGTTTCCTGGGCTCCA
194 ACTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGC-ATTCCTGGGCCCCG
* *
2201 ACACAGTTTTGGCTGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
258 GCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAG-AAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATC
* *
2266 TTAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGA
322 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGACTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGA
* * * *
2331 AATTAGTTTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGGCTGAAAAGCCCTTATATTTTATTGGCG
387 AATTAATTTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGTG
2396 TTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGGACAGTTT
452 TTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGGACAGTTT
* * * *
2461 TTGCAATATTTTCGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGG
517 TTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTG---TAACCTTCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGG
* *
2526 GTCCCGGCACAGTTTTGGATGATTATTGGCAG-AGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAA
579 GCCCCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCA-AGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAA
2590 CCAAATCTCAGCCAC
643 CCAAATCTCAGCCAC
* * * *
2605 AATGGATTTAAGGATAAGGTTTTACGACCATCTGATTTATAATTCGATTTTATTAAAAATTAAAA
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTACGACCATCTGAATTATAATTCGA-TTAATTAAAAATTAATA
* *
2670 AACAAAATTAAAAAAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCATTAAATATTATTGGCGTTGAGT
65 AA-AAAA-T-AAAGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCATTAAATTTTATTGGCGTTGAGT
* * * * *
2735 TATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTTAAG-AAAACCGTTTTGGGACTGTTTTTTGC
127 TATATATTTTTTACGAGTACTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCGTTTTGGGACAG-TTTTTGC
* * * * *
2799 AAAAATTTGGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACAGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCTGGACCC
191 AAAACTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGGCCC
* *
2864 CGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGTAACACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTTACCAAA
256 CGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAG-AAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAA
* * *
2929 TCTCAACCTCAATGGATTTAAGGATAAGACTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAAATAATTA
320 TCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATAAGACTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTA
* *
2994 GTAATTTAATTTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTCAAAAGCCCTTAAATTTTATTG
385 G-AAATTAATTTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTG
* * * * *
3059 GCGTTGAGTTCTATATTTTTTATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGGACAA
449 GTGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGGACAG
* * ** * *
3124 TTTTTGCAAATTTTTGGCTGAAATCGTGTGCTAACCTTCACAGTTTTTGGCTTGAAATGCGTTCT
514 TTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATC--GTG-TAACCTTCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* *
3189 TGGGCCCTGGCACAGTTTTTGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCT
576 TGGGCCCCGGCACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCT
*
3254 AACCAAATCTCAGCTAC
641 AACCAAATCTCAGCCAC
* * * *
3271 TATGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAAATAGAAATTAATT
1 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTACGACCATCTGAATTATAATTCG-ATTAATTAAAAATTAA--
** * * *
3336 TAGGAAAAT-ATGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTT
63 TAAAAAAATAAAGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCATTAAATTTTATTGGCGTTGAGTT
* *
3400 ATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGCAAAAAT
128 ATATATTTTTTACGAGTACTGTGGCTAAAAATTTAGG-AAAAAT
3444 TTTCCGATCA
Statistics
Matches: 2450, Mismatches: 249, Indels: 163
0.86 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
637 156 0.06
638 1 0.00
639 1 0.00
642 1 0.00
643 60 0.02
644 181 0.07
645 361 0.15
646 57 0.02
647 49 0.02
648 206 0.08
649 240 0.10
650 66 0.03
651 3 0.00
652 18 0.01
653 6 0.00
654 9 0.00
655 153 0.06
656 2 0.00
657 1 0.00
658 2 0.00
659 181 0.07
660 13 0.01
661 4 0.00
662 1 0.00
663 4 0.00
664 85 0.03
665 221 0.09
666 358 0.15
667 6 0.00
668 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (657 bp):
AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTACGACCATCTGAATTATAATTCGATTAATTAAAAATTAATAA
AAAAATAAAGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCATTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTATA
TATTTTTTACGAGTACTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCGTTTTGGGACAGTTTTTGCAAAAC
TTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGGCCCCGGCA
CAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATCTCAG
CCACAATGGATTTAAGGATAAGACTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATT
AATTTAGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGTGTTGA
GTTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGGACAGTTTTTGC
AAAATTTTGGCCGAAATCGTGTAACCTTCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCGG
CACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATCT
CAGCCAC
Found at i:4365 original size:327 final size:326
Alignment explanation
Indices: 3554--4378 Score: 803
Period size: 334 Copynumber: 2.5 Consensus size: 326
3544 GATTTATGGG
* * * * *
3554 TTTGTTTTTACGACCATTTGAGTCATGTTTCAATTTAATTAGTAATTAATTTAGG-AAAAATAGG
1 TTTGTTTTTACGAACATTTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-GGAAAAAATAGG
* * * * * * * *
3618 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCTCTC-AGTCTTTTTAAATATTGAATTATATACTTCTT
65 AAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAACCT-TCAATTTTTTTTACA-GTTGAATTATATATTTTTT
* * * * * * * *
3682 ATTAGTATCGTGGCAAAAAAATGAGGAATATTTTTCTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
127 ATGAGTAT-TTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTCTGGATAAATTTTTGCAAAATTTTAACCGA
* *
3747 AATCGTGTACTAACCATTCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGATGCCGTCTCAGTTTTG
191 AATCGTG-A-T-A--ATTCACGATTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGATGCCGGCTCAGTTTTG
* * *
3812 CATGATTTTTGGCACATATTATAATTGAAATATCTATATTAATCTAAACAAATCTTAGTCACATT
251 CATGATTTTTGGCACAGATTATAATTGAAATATCTATATTAATCCAAACAAATCTTAGCCACATT
3877 GGATATAAGTA
316 GGATATAAGTA
* * * * **
3888 TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTTGATTTAATCAGAAAAGAATTTGGAAAAAATAGGA
1 TTTGTTTTTACGAACATTTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGA
* ** **
3953 AAAACAATATT-GAAAGCGTGGAAAACCTTTCAATTTTTTTTAGCAG-TGAGCTATATATTTTGA
66 AAAACGATATTAG-AAGCGT-GAAAACC-TTCAATTTTTTTTA-CAGTTGAATTATATATTTTTT
* *
4016 ATGAGCATCTTGGTCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTC-GGATAAATTTTTGCAAAATTTTAACCG
127 ATGAGTAT-TTGGCCAAAAATTGAGGAAAATT-TTTCTGGATAAATTTTTGCAAAATTTTAACCG
* * ** *
4080 AAATCGTG-T-A-TCACGATTTTTGTCTAGAAACGTGTTTC-GTA-GCCACGGCTCAGTTTTGCA
190 AAATCGTGATAATTCACGATTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGATG-C-CGGCTCAGTTTTGCA
* * * * * *
4140 TGATTTTTGGCATC-GATTCTACTTGAAATTTGTATATTCATCCAAGCAAATCTTAGCCA-ACTT
253 TGATTTTTGGCA-CAGATTATAATTGAAATATCTATATTAATCCAAACAAATCTTAGCCACA-TT
*
4203 GGATTTAAAG-A
316 GGATAT-AAGTA
* *
4214 TTTTGTTTTTACGAATATTTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGA
1 -TTTGTTTTTACGAACATTTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGG
* * *
4279 AAAAACGATTTTAGAAGCGTGTAAAGGCCTTCAATTTTTTTTACCGTTGAATTATATATTTTTTA
65 AAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAA-ACCTTCAATTTTTTTTACAGTTGAATTATATATTTTTTA
* *
4344 TGAGTATTATGGCCGAAAATTGAAGACAAATTTTT
128 TGAGTATT-TGGCCAAAAATTGAGGA-AAATTTTT
4379 TGGGCTTCTT
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 70, Indels: 45
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
324 1 0.00
325 4 0.01
326 97 0.24
327 131 0.33
328 8 0.02
331 1 0.00
333 2 0.00
334 143 0.36
335 14 0.03
336 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (326 bp):
TTTGTTTTTACGAACATTTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGA
AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCTTCAATTTTTTTTACAGTTGAATTATATATTTTTTATGA
GTATTTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTCTGGATAAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCG
TGATAATTCACGATTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGATGCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
GGCACAGATTATAATTGAAATATCTATATTAATCCAAACAAATCTTAGCCACATTGGATATAAGT
A
Found at i:8619 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 7144--10098 Score: 3945
Period size: 331 Copynumber: 9.0 Consensus size: 331
7134 ATATAAACGT
* *
7144 TTTTTAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTCGCAAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTAT
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTC-CTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTAT
* *
7208 AATTCCGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA--T
65 AAATCAGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTT
* ** *
7271 ACATATTTTAAGGAGTCTTACTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGATCCTA-AGAACGCGT
130 ACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGA-AACGCGT
* * * * *
7335 TTTTAGTCAAAAAATGTGATGATTAGTACACGATTTTGGCCAAAGTTTTGCAAAAACTGTCCCAA
194 TTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAA
** * * * * * *
7400 AATGTTTTTCCTAAATTTTTAACCACAGTACTCGTAAAAAATATATAACTCAACCATAATAATAT
259 AAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAATAAAAT
7465 TTAATGGC
324 TTAATGGC
* * * *
7473 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTTCAATATTTT--TGAATTAATTTTTAATTAAATCGAATTA
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCG-TTTTTC-CTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTA
* * *
7536 TAAATCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATT
64 TAAATCAGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATT
** * * *
7601 TACATATTTTAAGGAGTCTCACTGTCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGG-CCAGGAACGCGT
129 TACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGAAACGCGT
* *
7665 TTTTAGGCAAAAACTGTGATGCTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAA
194 TTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAA
* * *
7730 AAAA-TTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCTACGCCAATAAGAT
259 AAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAATAAAAT
**
7794 TTACGGGC
324 TTAATGGC
*
7802 TTTTCAGCCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTCTCTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTAT
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTC-CTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTAT
* * * *
7866 AATTCAAATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATACATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTT
65 AAATCAGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTT
* * * * * *
7931 ACTTATTTTAAGGAATCTTGCTGCCAAAAATTAGCCAAAACTGTGTCGGGGCCC---AACCCGTT
130 ACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGAAACGCGTT
*
7993 TTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTTTCCCAAT
195 TTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAA-
*
8058 AAAA-TTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAAT
259 AAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAATAAAAT
*
8122 TTGAA-GAAC
324 TT-AATG-GC
* * *
8131 TTTTCAGCCTTCTGATATCGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTAGAATTA-A
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTATA
*
8195 AATTCAGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATTAATTT
66 AA-TCAGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTT
* * * * * * *
8260 ACTTAATTTAAGGAGTCTTGCAGCCAAAAACCAGCCAAACCTGTGCCGGGGCCCAGAAACGCATT
130 ACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGAAACGCGTT
* * * *
8325 TTTAGCCAAAAACTATAATGGTTAGTATACGATTTCGGCCAAAGTTTTGCAAAAACTGTCCCAAA
195 TTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAA
*** * * *
8390 TCTTTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCGTAAAAGATATATAACTCAACGACAGTAAAATT
260 AAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAATAAAATT
8455 TAATGGC
325 TAATGGC
** * * * *
8462 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTATT-CTATTTTTTTCAATTAATTTTTATTTAAATCGAATTAT
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTT-TTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTAT
* * * *
8526 AAATCAGATGGTCGTAAAACCTTACCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATTTGGTTAGATGAATTT
65 AAATCAGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTT
* *
8591 ACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCTGGGGCCCAGTAACGCGTT
130 ACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGAAACGCGTT
** *
8656 TTTAGTGAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAA
195 TTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCC-AA
* *
8721 AAAATTTTACCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCTTAAAAAATATA-AATCTCAAC-ACCAATAAA
259 AAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAA-CTCAACGA-CAATAAA
*
8784 ATTTAAAGGC
322 ATTTAATGGC
*
8794 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAGTTTCCTAAATTAATTTCTAATTGAA-TCGAATTAT
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATT-AATTCGAATTAT
* * * * *
8858 AATTCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATTCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAAATGAATTT
65 AAATCAGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTT
* * ** * *
8923 ACATATTTTAAGGACTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCTAGGCCCAGGAACGCCTT
130 ACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGAAACGCGTT
* *
8988 TTTAGCCAAAAAC----A-CG-TA--A-ACGATTTCGGCCAAAGTTTTGCAAAAACTGTCCCAAA
195 TTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAA
***
9044 AAAAAATTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAAC-ACCAATAAAAT
260 AAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGA-CAATAAAAT
9108 TTAA-GTGC
324 TTAATG-GC
* *
9116 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTCCTAAATTAATTTCTATTTAATTCGAATTAT-
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTATA
* * * *
9180 AATTATGATGGTCATAAAGCCTTGTCCTTGAATCCATTGTGGCTGACATTTGGTTAGATGAATTT
66 AATCA-GATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTT
* * * * *
9245 ACATATGTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCAGGGCCCTGGAACGCATT
130 ACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGAAACGCGTT
* * *
9310 TCTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAATTGTCCCAAA
195 TTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAA
* * *
9375 AAATTTTTCATCAAATTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATT
260 AAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAATAAAATT
*
9440 TAAGGGC
325 TAATGGC
* * * * *
9447 TTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTCATAAATTAATTACTAATTATTTCAAATTATA
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTATA
* * *
9512 ATTCATATGGTCATAAAGCCTTATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTA
66 AATCAGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTA
* * *
9577 CATATTTTAAGGAGTCTCT-CTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGAGCCCAAAAACGCGTT
131 CATATTTTAAGGAGTCT-TGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGAAACGCGTT
* *
9641 TTTAGCCAAATACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCC-AAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAA
195 TTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAA
** * * * * *
9705 ACTTTTTTTCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCGTAAAAAATATATAACTCAATGCCAGTAAAATT
260 AAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAATAAAATT
9770 TAATGGC
325 TAATGGC
* ** * * *
9777 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTTCTATTTTTTTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAATTATA
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTATA
* * * *
9842 AATCGGATTGTCGA-AAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATTT
66 AATCAGATGGTC-ATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTT
* * *
9906 ACATATTTTAAGGAGTCTTGTTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGTAACGCGTA
130 ACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGAAACGCGTT
* * * *
9971 TTTAGCCAAAATCTGTGAT-G---GTACACGATTTCGACCAAAATTTAGCAAAAACTGCCCCCAA
195 TTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTG-TCCCAA
* *
10032 AAAATTTTACCACAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAAC-ACCAATAAAA
259 AAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGA-CAATAAAA
10096 TTT
323 TTT
10099 CATAAAAAAT
Statistics
Matches: 2321, Mismatches: 256, Indels: 99
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
321 6 0.00
322 245 0.11
323 35 0.02
324 1 0.00
326 21 0.01
327 87 0.04
328 138 0.06
329 471 0.20
330 354 0.15
331 581 0.25
332 380 0.16
333 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTATA
AATCAGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTA
CATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGAAACGCGTTT
TTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAA
AATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAATAAAATTT
AATGGC
Found at i:9399 original size:985 final size:977
Alignment explanation
Indices: 7144--10098 Score: 4138
Period size: 985 Copynumber: 3.0 Consensus size: 977
7134 ATATAAACGT
* *
7144 TTTTTAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTCGCAAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTAT
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTC-CTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTAT
*
7208 AATTCCGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA--T
65 AATT-AGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTT
* ** * *
7271 ACATATTTTAAGGAGTCTTACTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGATCCTAAGAACGCGTT
129 ACATA-TTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGCCCT-GGAACGCATT
* * *
7336 TTTAGTCAAAAAATGTGATGATTAGTACACGATTTTGGCCAAAGTTTTGCAAAAACTGTCCCAAA
192 TTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAGTTTTGCAAAAACTGTCCCAAA
** * * * *
7401 ATGTTTTTCCT-AAATTTTTAACCACAGTACTCGTAAAAAATATATAACTCAACCATAATAATAT
257 AAATTTTTCCTCAAA-TTTTAGCCACAGTACTCGTAAAAAATATATAACTCAACGACAATAAAAT
* * *
7465 TTAATGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTTCAATATTTTTGAATTAATTTTTAATTAAATC
321 TTAATGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCG-TTTTTCTATTTTTTTAAATTAATTTTTAATTAAATC
*
7530 GAATTATAAATCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGACTGAGATTTGGTTAGA
385 GAATTATAAATCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * *
7595 TGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTCACTGTCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGG-CCAGGA
450 TGAATTTACATATTTTAAGGAGTCT-TCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGAA
*
7659 ACGCGTTTTTAGGCAAAAACTGTGATGCTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTG
514 ACGCGTTTTTAGG-AAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTG
*
7724 TCCCAAAAAATTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCTACGCCAAT
578 TCCCAAAAAATTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAT
* ** *
7789 AAGATTTACGGGCTTTTCAGCCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTCTCTAAATTAATTTCTAATT
643 AAAATTTAAAGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTC-CTAAATTAATTTCTAATT
* * *
7854 AATTCGAATTATAATTCAAATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATACATTGTGGCTGAGATTTGG
707 AA-TCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATACATTGTGGCTGAGATTTGG
* * * *
7919 TTAGATAAATTTACTTATTTTAAGGAATCTTGCTGCCAAAAATTAGCCAAAACTGTGTCGGGGCC
771 TTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAATCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCC
7984 C--AAC-CCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAA
836 CAGAACGCC-TTTTTAGCCAAAAAC---GATGG-TA--A-ACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAA
* *
8046 AACTTTCCCAATAAAATTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAAC
893 AACTGTCCCAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAAC
*
8111 GCCAATAAAATTTGAAGAAC
958 ACCAATAAAATTTGAAGAAC
* * * *
8131 TTTTCAGCCTTCTGATATCGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTAGAATTAAA
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTATA
*
8196 ATTCAGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATTAATTTA
66 ATT-AGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTA
* * * * * * *
8261 CTTAATTTAAGGAGTCTTGCAGCCAAAAACCAGCCAAACCTGTGCCGGGGCCCAGAAACGCATTT
130 CAT-ATTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCC-GGGCCCTGGAACGCATTT
* * * * *
8326 TTAGCCAAAAACTATAATGGTTAGTATACGATTTCGGCCAAAGTTTTGCAAAAACTGTCCCAAAT
193 TTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAGTTTTGCAAAAACTGTCCCAAAA
** * * *
8391 CTTTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCGTAAAAGATATATAACTCAACGACAGTAAAATTT
258 AATTTTTCCTCAAATTTTAGCCACAGTACTCGTAAAAAATATATAACTCAACGACAATAAAATTT
* *
8456 AATGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTATTCTATTTTTTTCAATTAATTTTTATTTAAATCGA
323 AATGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTT-TTCTATTTTTTTAAATTAATTTTTAATTAAATCGA
* *
8521 ATTATAAATCAGATGGTCGTAAAACCTTACCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATTTGGTTAGATG
387 ATTATAAATCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
*
8586 AATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTG-CTGGGGCCCAGTAA
452 AATTTACATATTTTAAGGAGTCTT-CTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTC-GGGGCCCAGAAA
* *
8650 CGCGTTTTTAGTGAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGT
515 CGCGTTTTTAG-GAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGT
* *
8715 CCCAAAAAAATTTTACCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCTTAAAAAATATA-AATCTCAACACCA
579 CCC-AAAAAATTTT-CCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAA-CTCAACGCCA
8779 ATAAAATTTAAAGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAGTTTCCTAAATTAATTTCTAA
641 ATAAAATTTAAAGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTCCTAAATTAATTTCTAA
*
8844 TTGAATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATTCATTGTGGCTGAGATTT
705 TT-AATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATACATTGTGGCTGAGATTT
* * **
8909 GGTTAAATGAATTTACATATTTTAAGGACTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCTAGG
769 GGTTAGATGAATTTACATATTTTAAGGAATCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGG
* *
8974 CCCAGGAACGCCTTTTTAGCCAAAAAC-A-CGTAAACGATTTCGGCCAAAGTTTTGCAAAAACTG
834 CCCA-GAACGCCTTTTTAGCCAAAAACGATGGTAAACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTG
**
9037 TCCCAAAAAAAAATTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAA
898 TCCCAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAA
**
9102 TAAAATTT-AAGTGC
963 TAAAATTTGAAGAAC
* *
9116 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTCCTAAATTAATTTCTATTTAATTCGAATTATA
1 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTATA
* * *
9181 ATTATGATGGTCATAAAGCCTTGTCCTTGAATCCATTGTGGCTGACATTTGGTTAGATGAATTTA
66 ATTA-GATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTA
9246 CATATGTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCAGGGCCCTGGAACGCATTT
130 CATAT-TTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCC-GGGCCCTGGAACGCATTT
* * *
9311 CTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAATTGTCCCAAAA
193 TTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAGTTTTGCAAAAACTGTCCCAAAA
* * *
9376 AATTTTTCATCAAATTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTT
258 AATTTTTCCTCAAATTTTAGCCACAGTACTCGTAAAAAATATATAACTCAACGACAATAAAATTT
* * ** ** ** *
9441 AAGGGCTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTCATAAATTAATTACTAATTATTTCAA
323 AATGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTT-CTATTTTTTTAAATTAATTTTTAATTAAATCGA
* * * * *
9506 ATTATAATTCATATGGTCATAAAGCCTTATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
387 ATTATAAATCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
* *
9571 AATTTACATATTTTAAGGAGTCTCTCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGAGCCCAAAAAC
452 AATTTACATATTTTAAGGAGTCT-TCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGAAAC
* *
9636 GCGTTTTTAGCCAAATACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCC-AAATTTTGCAAAAACTGTC
516 GCGTTTTTAG-GAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTC
** * * * *
9700 CCAAAACTTTTTTTCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCGTAAAAAATATATAACTCAATGCCAGTA
580 CCAAAA-AATTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATA
* * ** * *
9765 AAATTTAATGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTTCTATTTTTTTGAATTAATTTTTAATTA
644 AAATTTAAAGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTCCTAAATTAATTTCTAATT-
* * * * * *
9830 AATCGAATTATAAATCGGATTGTCGAAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAT
707 AATCGAATTATAATTCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATACATTGTGGCTGAGATTTGGT
* * *
9895 TAGATGAATTTACATATTTTAAGGAGTCTTGTTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCC
772 TAGATGAATTTACATATTTTAAGGAATCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCC
* * * * * *
9960 AGTAACGCGTATTTAGCCAAAATCTGTGATGGTACACGATTTCGACCAAAATTTAGCAAAAACTG
837 AG-AACGCCTTTTTAGCCAAAAAC---GATGGTAAACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTG
* * *
10025 CCCCCAAAAAATTTTACCACAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCA
898 TCCCAAAAAAATTTT-CCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCA
10090 ATAAAATTT
962 ATAAAATTT
10099 CATAAAAAAT
Statistics
Matches: 1757, Mismatches: 177, Indels: 66
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
982 1 0.00
983 242 0.14
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986 99 0.06
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995 18 0.01
996 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (977 bp):
TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATTCGAATTATA
ATTAGATGGTCATAAAGCCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAC
ATATTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGCCCTGGAACGCATTTTTA
GCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAGTTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAAT
TTTTCCTCAAATTTTAGCCACAGTACTCGTAAAAAATATATAACTCAACGACAATAAAATTTAAT
GGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTAAATTAATTTTTAATTAAATCGAATTA
TAAATCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATT
TACATATTTTAAGGAGTCTTCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGAAACGCGTT
TTTAGGAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAA
AATTTTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTA
AAGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTCCTAAATTAATTTCTAATTAATCGAATT
ATAATTCAGATGGTCGTAAAACCTTATCCTTAAATACATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
TTACATATTTTAAGGAATCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGAACGCCT
TTTTAGCCAAAAACGATGGTAAACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAAATT
TTCCTCAATTTTTAGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAATAAAATTTGAAGA
AC
Found at i:10104 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 10063--10133 Score: 133
Period size: 35 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
10053 GCCACAGTAC
10063 TCATAAAAAATATATAACTCAACACCAATAAAATT
1 TCATAAAAAATATATAACTCAACACCAATAAAATT
*
10098 TCATAAAAAATATATCACTCAACACCAATAAAATT
1 TCATAAAAAATATATAACTCAACACCAATAAAATT
10133 T
1 T
10134 AAAGGCTTTT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 35 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.18, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (35 bp):
TCATAAAAAATATATAACTCAACACCAATAAAATT
Done.