Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015442.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15475, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:2498 original size:329 final size:327
Alignment explanation
Indices: 1--3974 Score: 4151
Period size: 329 Copynumber: 12.1 Consensus size: 327
* * *
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATATACTAATCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCC
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCC
* * *
66 GGCTCAGATTTGCTTGATTTTTGGTGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAATT
66 GGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAAT
* *
131 CTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAG
131 CTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
*
196 AAATTAATTTGAAAAA-ATTGGAAAAA-AATATTAGAAGCGTTTAAAACCCTTCAATCTTTTTGA
196 AAATTAATTTGAAAAATA-TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGA
* * **
259 TGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGGAAATATATTTATGGTCAAT
260 TGTTGAATTATA-GTTTTTTATGAGTATTTT-CCCAAAAA-TGAGGAAATATATTTCGGGTCAAT
324 TTTTGC
322 TTTTGC
* *
330 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTACGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCCC
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCC
* * *
395 GGCTTAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAAGATCTATATTCATCTAACCAAAT
66 GGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAAT
** * *
460 CTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTAGTTTCGATTTAATTAG
131 CTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* *
525 AAATTAATTTGAAAAA-ATTGGAAAAACTATATTTGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGA
196 AAATTAATTTGAAAAATA-TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGA
* * * * * * *
589 TGTCGAATCATATA-TATTTTATGAGTATCTTACCCAAAAATTGAGCAAATATGTTTCAGGTTAA
260 TGTTGAAT--TATAGTTTTTTATGAGTAT-TTTCCCAAAAA-TGAGGAAATATATTTCGGGTCAA
653 TTTTTGC
321 TTTTTGC
* ** * * *
660 AAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAAGGCCA
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCC-
** * * * ** * *
725 CAACTCTGTTTTCCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAAT-CAA
65 CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT-ATCCAA
* * * ** * * * *
789 ATCTTAGGCACACTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATATGAATCTTGTTTCGATTCAATT
129 ATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* * * * * * ** * *
854 -GAAAACTAATTCAGAAAAAATAT-GAAAAACGATAATAAAAGCGTGAAAAATTCTCCAATCCTT
194 AG-AAATTAATT-TG-AAAAATATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTT
** * * * *
917 TTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGATATCGAGGAAAAATATTTCGGG
256 TTGATGTTGAATTATAG--TTTTTTATGAGTATTTTC-CCAAAAAT-GAGGAAATATATTTCGGG
982 TCAATTTTTGC
317 TCAATTTTTGC
* *
993 AAAA-TTT--------T-A-G------CCATCACGATTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCC
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCC
** * *
1041 GGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGAACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAAT
66 GGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAAT
* * * *
1106 CTCAGCTACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAA
131 CTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* *
1171 AAATTAATTTGAAAAAAATGGAAAAACAATATTACAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGAT
196 AAATTAATTTGAAAAATATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGAT
* ** * *
1236 GTTGAATCATATA-TTTTTTATGAGCATTTTACCCAAAAATAGAGCTAATATGTTTCGAGTCAAT
261 GTTGAAT--TATAGTTTTTTATGAGTATTTT-CCCAAAAAT-GAGGAAATATATTTCGGGTCAAT
*
1300 ATTTGC
322 TTTTGC
* * * * * **
1306 AAAACTTTAACCGAAATCGTCTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTATTCCAGGGCCA
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCC-
* * * * ** *
1371 CAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTAGCACCGAA-ACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAAT-CA
65 CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCC-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT-ATCCA
* ** * * * *
1434 AATCTCAGGCACATTGGATTGAAGGATTTGTTTTTATGTGAATATGAATCTTGTTTCGATTTAAT
128 AATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * * * * ** * *
1499 TAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT-GAAGAAA-GATATTAAAACCGTGAAAAATTCTCCAATCCT
193 TAGAAATTAATT-TG-AAAAATATGGAA-AAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTT
** * * * * * *
1562 TTTGACATTGAATTATAGTATTTTATGAGCATTTTCGCTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGGAT
255 TTTGATGTTGAATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTC-CCAAAAAT-GAGGAAATATATTTCGGGT
1627 CAATTTTTGC
318 CAATTTTTGC
* * ** * * *
1637 AAAATGTTAGCCGATATCATGTTTTAACCATCACGGTTTTTGG--ATAACCGCGTTCCAGGGCCC
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCC
* * *
1700 GTCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT
66 GGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAAT
** * * *
1765 CTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAG
131 CTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
1830 AAATTAATTTGAAAAA-ATTGGAAAAA-AATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGA
196 AAATTAATTTGAAAAATA-TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGA
* * *
1893 TGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGGAAATATATTTTGGGTCAAT
260 TGTTGAATTATA-GTTTTTTATGAGTATTTT-CCCAAAAA-TGAGGAAATATATTTCGGGTCAAT
1958 TTTTGC
322 TTTTGC
* * * *
1964 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACTATCACGGGTTTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCAGTG
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCAC-GG--TTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGG
* * * * ** * *
2029 CCACAGCACTGTTTTGCATGATTTTTGGAACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAAT-
63 CC-CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT-ATC
* ** * * *
2093 CAAATCTCAGGCACATTTGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTCTT-GATTC
126 CAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGT-TTCGATTT
* * * *** *
2157 AATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAT-GAAAAACGATATTA-AATGCGTGAAAAGTTCTCCAATC
190 AATTAGAAATTAATT-TGAAAAATATGGAAAAACAATATTAGAA-GCGTTAAAAACCCTTCAATC
* * * * *
2220 CTTTTGATATTGTATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAAATGAGGAAAAATATTTCGG
253 TTTTTGATGTTGAATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTC-CCA-AAAATGAGGAAATATATTTCGG
2285 GTCAATTTTTGC
316 GTCAATTTTTGC
* *
2297 AAAATTTTAGCCGAAATCATATACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAATCGCGTTCCTA-GGCC
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCC-AGGGCC
2361 CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAA
65 CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAA
* ** *
2426 TCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATAATGTTTCGATTTTATTA
130 TCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
* * * * * *
2491 AAAATTAATTTGAAAAA-ATTAGAAAAATAATATTAGAAGCTTTAAAAACCCATCAGTCTTTTTG
195 GAAATTAATTTGAAAAATA-TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
* * * *
2555 ATGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTAACCCAAAAATTGAGGAAATATGTTTCGGGTCAA
259 ATGTTGAATTATA-GTTTTTTATGAGTATTT-TCCCAAAAA-TGAGGAAATATATTTCGGGTCAA
2620 TTTTTTGC
321 -TTTTTGC
** * * * * *
2628 AAAATTTTAATCGAAATCGA-ATACTAACGATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAAGACC
1 AAAATTTTAGCCGAAATC-ATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCC
* * * * *
2692 ACGGCTCTGTTTTGCATGATTTTT-GT-CACTGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCAACTAAT-
65 -CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGC-C-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT-ATC
* * *** * * * * *
2754 CAAATCTCAGGCATATTGGTTTTAAGTATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTGGATTGA
126 CAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* * * * * * *** *
2819 ATTAG-ATTATAATTCAGAAAAAATAT-GAAAAACGATATTAAAAACGTGAAAAGTTCTCCAATC
191 ATTAGAAAT-TAATT-TG-AAAAATATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATC
* * * * * *
2882 CTTTTGACAG-TGAATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCA
253 TTTTTGA-TGTTGAATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTC-CCAAAAAT-GAGGAAATATATTTCG
2946 GGTCAATTTTTGC
315 GGTCAATTTTTGC
* * * *
2959 AAAATTTTAGCCAAAATAATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCT
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCC
* * * *
3024 GGCTCTGTTTTGCTTTATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAAT
66 GGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAAT
* *
3089 CTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
131 CTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
*
3154 AAATTAATTTGAAAAA-ATTGGAAAAACAATATTACAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGA
196 AAATTAATTTGAAAAATA-TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGA
* * *
3218 TGTTTAATCATATA-TTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAA
260 TGTTGAAT--TATAGTTTTTTATGAGTATTTT-CCCAAAAA-TGAGGAAATATATTTCGGGTCAA
*
3282 TATTTGC
321 TTTTTGC
* * * *
3289 AAAATTTTAACCGAGATC--GCTACT-ACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCC
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATG-TACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCC
* * ** * *
3351 ACAGCTCTGTTTTGCTTGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAAT-CA
65 -CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT-ATCCA
* ** * * * *
3415 AATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTGAAC
128 AATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * * * * ** * *
3480 TAGAAATCAATTCAGAAAAGATAT-GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAA-TTTTCCAGTCCT
193 TAGAAATTAATT-TGAAAA-ATATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTT-CAATCTT
** * * * * * *
3543 TTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTACGATTATTTTCACTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGA
255 TTTGATGTTGAATTATAG--TTTTTTATGAGTATTTTC-CCAAAAAT-GAGGAAATATATTTCGG
*
3608 GTCAATTTTTGT
316 GTCAATTTTTGC
* *
3620 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAATCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCC
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCC
* * *
3685 GGCTCAGATTTGCTTGATTTTTGGTGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAATT
66 GGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAAT
*
3750 CTCAGCCACATTAAATTGAAGGATTT-TTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
131 CTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
*
3814 AAATTAATTTGAAAAA-ATAGGAAAAGA-AATATTAGAAGCTTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
196 AAATTAATTTGAAAAATAT-GGAAAA-ACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
* * * * * *
3877 ATGTCGAATTAT-GTATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAATAACTGAGGAAATATGTTTCAGGTTA
259 ATGTTGAATTATAG--TTTTTTATGAGTATTTT-CCCAA-AAATGAGGAAATATATTTCGGGTCA
3941 ATTTTTGC
320 ATTTTTGC
* *
3949 AAAATTTTAACCGAAATCGT-TACTAA
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAA
3975 TATGGTGGCA
Statistics
Matches: 3002, Mismatches: 519, Indels: 249
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
313 55 0.02
314 48 0.02
315 114 0.04
316 37 0.01
322 2 0.00
324 1 0.00
325 1 0.00
326 47 0.02
327 84 0.03
328 185 0.06
329 607 0.20
330 522 0.17
331 557 0.19
332 343 0.11
333 339 0.11
334 58 0.02
335 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (327 bp):
AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCC
GGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAAT
CTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
AAATTAATTTGAAAAATATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGAT
GTTGAATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTCCCAAAAATGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTT
GC
Found at i:2507 original size:662 final size:661
Alignment explanation
Indices: 1--3974 Score: 5679
Period size: 662 Copynumber: 6.0 Consensus size: 661
* * * * *
1 AAAATTTTAGCCGAAATCATATACTAATCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCC-
1 AAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCA
* * * * *** * *
65 CGGCTCAGATTTGCTTGATTTTTGGTGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT-ATCCAA
66 CAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAAT-CAA
* * ** * * * **
129 TTCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTTATT
130 ATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATT
* * * ** ** * *
194 AGAAATTAATT-TGAAAAAAT-TGGAAAAA-AATATTAGAAGCGTTTAAAACCCTTCAATCTTTT
195 AGAAATTAATTCAGAAAAAATAT-GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATTCTCCAATCCTTT
** * * * * * * **
256 TGATGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAC-CCAAAAATTGAGGAAATATATTTATGGT
259 TGACATTGAATTATA-GTTTTTTATGAGTATTTT-CGCTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGT
* *
320 CAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTACGGCTAAAATCGCGT
322 CAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGT
* *
385 TCCAGGGCCCGGCTTAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAAGATCTATATTCAT
387 TCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
** *
450 CTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTAGTTTCG
452 CTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* *
515 ATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACTATATTTGAAGCGTTAAAAACCCTTCAA
517 ATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAA
* *
580 TCTTTTTGATGTCGAATCATATATATTTTATGAGTATCTTACCCAAAAATTGAGCAAATATGTTT
582 TCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGCAAATATGTTT
* *
645 CAGGTTAATTTTTGC
647 CGGGTCAATTTTTGC
** * *
660 AAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAAGGCCA
1 AAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCA
* *
725 CAACTCTGTTTTCCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAA
66 CAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAA
* * *
790 TCTTAGGCACACTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATATGAATCTTGTTTCGATTCAATT-
131 TCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTA
* *
854 GAAAACTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATAATAAAAGCGTGAAAAATTCTCCAATCCTTTT
196 G-AAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATTCTCCAATCCTTTT
*
919 GACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGATATCGAGGAAAAATATTTCGGGTC
260 GACATTGAATTATAG--TTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTC
*
984 AATTTTTGCAAAA-TTT--------T-A-G------CCATCACGATTTTCGGCTAAAACCGCGTT
323 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTT
** *
1032 CCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGAACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATC
388 CCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* *
1097 TAACCAAATCTCAGCTACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGA
453 TAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA
* * *
1162 TTTAATTAAAAATTAATTTGAAAAAAATGGAAAAACAATATTACAAGCGTTAAAAACCCTTCAAT
518 TTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAAT
* * * *
1227 CTTTTTGATGTTGAATCATATATTTTTTATGAGCATTTTACCCAAAAATAGAGCTAATATGTTTC
583 CTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGCAAATATGTTTC
* *
1292 GAGTCAATATTTGC
648 GGGTCAATTTTTGC
* * * **
1306 AAAACTTTAACCGAAATCGTCTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTATTCCAGGGCCA
1 AAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCA
* *
1371 CAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTAGCACCGAAACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAA
66 CAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAA
* * *
1436 TCTCAGGCACATTGGATTGAAGGATTTGTTTTTATGTGAATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
131 TCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTA
*
1501 GAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAGAAA-GATATTAAAACCGTGAAAAATTCTCCAATCCTTTT
196 GAAATTAATTCAGAAAAAATATGAA-AAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATTCTCCAATCCTTTT
* * *
1565 GACATTGAATTATAGTATTTTATGAGCATTTTCGCTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGGATCAA
260 GACATTGAATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAA
* * ** * *
1630 TTTTTGCAAAATGTTAGCCGATATCATGTTTTAACCATCACGGTTTTTGG--ATAACCGCGTTCC
325 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCC
* *
1693 AGGGCCCGTCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
390 AGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
** *
1758 ACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATT
455 ACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATT
*
1823 TTATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAA-AATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCT
520 TAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCT
* * * *
1887 TTTTGATGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGGAAATATATTTTGG
585 TTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGCAAATATGTTTCGG
1952 GTCAATTTTTGC
650 GTCAATTTTTGC
* * * *
1964 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACTATCACGGGTTTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCAGTG
1 AAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCAC-GG--TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGG
* *
2029 CCACAGCACTGTTTTGCATGATTTTTGGAACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATC
63 CCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATC
*
2094 AAATCTCAGGCACATTTGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTCTT-GATTCA
128 AAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGT-TTCGATTCA
* *
2158 ATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAACGATATTAAATGCGTGAAAAGTTCTCCAATCCT
192 ATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATTCTCCAATCCT
* *
2222 TTTGATATTGTATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAAAT-GAGGAAAAATATTTCGGG
257 TTTGACATTGAATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAG-AAATCGAGGAAAAATATTTCGGG
* *
2286 TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAATCGCG
321 TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCG
2351 TTCCTA-GGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
386 TTCC-AGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* **
2415 ATCTATCCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATAATGTTT
450 ATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * * *
2480 CGATTTTATTAAAAATTAATTTGAAAAAATTAGAAAAATAATATTAGAAGCTTTAAAAACCCATC
515 CGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTC
* * * *
2545 AGTCTTTTTGATGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTAACCCAAAAATTGAGGAAATATGT
580 AATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGCAAATATGT
2610 TTCGGGTCAATTTTTTGC
645 TTCGGGTCAA-TTTTTGC
* * * * *
2628 AAAATTTTAATCGAAATCGA-ATACTAACGATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAAGACC
1 AAAATTTTAACCGAAATC-ATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCC
* * * *
2692 ACGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGTCACTGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCAACTAATCAA
65 ACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAA
* * * * *
2757 ATCTCAGGCATATTGGTTTTAAGTATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTGGATTGAATT
130 ATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATT
* * *
2822 AG-ATTATAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGTGAAAAGTTCTCCAATCCTTT
195 AGAAAT-TAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATTCTCCAATCCTTT
* *
2886 TGACAGTGAATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCAGGTCA
259 TGACATTGAATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCA
* *
2951 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATAATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTC
324 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTC
* * * *
3016 CAGGGCCTGGCTCTGTTTTGCTTTATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCT
389 CAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
*
3081 AACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGAT
454 AACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT
*
3146 TTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTACAAGCGTTAAAAACCCTTCAATC
519 TTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATC
**
3211 TTTTTGATGTTTAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGCAAATATGTTTCG
584 TTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGCAAATATGTTTCG
*
3276 GGTCAATATTTGC
649 GGTCAATTTTTGC
* *
3289 AAAATTTTAACCGAGATC--GCTACT-ACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCC
1 AAAATTTTAACCGAAATCATG-TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCC
*
3351 ACAGCTCTGTTTTGCTTGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAA
65 ACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAA
* *
3416 ATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTGAACT
130 ATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATT
* * * *
3481 AGAAATCAATTCAGAAAAGATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATTTTCCAGTCCTTTT
195 AGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATTCTCCAATCCTTTT
* * * *
3546 GACATTGAATTATAGTTTTTTTTACGATTATTTTCACTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGAGTC
260 GACATTGAATTATAG--TTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTC
* *
3611 AATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAATCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTT
323 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTT
* *
3676 CCAGGGCCCGGCTCAGATTTGCTTGATTTTTGGTGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
388 CCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * * *
3741 TATCCAATTCTCAGCCACATTAAATTGAAGGATTT-TTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGA
453 TAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA
* *
3805 TTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAGA-AATATTAGAAGCTTTAAAAACCCTTCAA
518 TTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAA-ACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAA
* * * * * *
3869 TCTTTTTGATGTCGAATTATGTATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAATAACTGAGGAAATATGTTT
582 TCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGCAAATATGTTT
* *
3934 CAGGTTAATTTTTGC
647 CGGGTCAATTTTTGC
*
3949 AAAATTTTAACCGAAATCGT-TACTAA
1 AAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAA
3975 TATGGTGGCA
Statistics
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0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (661 bp):
AAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCA
CAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAA
TCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTA
GAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATTCTCCAATCCTTTTG
ACATTGAATTATAGTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAT
TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCA
GGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
CCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
AATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTT
TTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGCAAATATGTTTCGGG
TCAATTTTTGC
Found at i:4173 original size:227 final size:225
Alignment explanation
Indices: 3768--4193 Score: 534
Period size: 227 Copynumber: 1.9 Consensus size: 225
3758 CATTAAATTG
* * * *
3768 AAGGATTTTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATA
1 AAGGATTTTTTTTACGACAATCTGAATCATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTAGAAAAAATA
* * * * *
3833 GGAAAAGAAATATTAGAAGCTTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATTATGTATTTTTT
66 GGAAAAGAAATATTAGAAGCATGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATATCGAATTATATATTTCTT
** * * * * *
3898 ATGAGTATTTTAGCCAATAACTGAGGAAATATGTTTCAGGTTAATTTTTGCAAAATTTTAACCGA
131 ATGAGTATCGTAGCAAAAAAATAAGGAAATATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGA
3963 AATCGTTACTAATATGGTGGCAATGGATTT
196 AATCGTTACTAATATGGTGGCAATGGATTT
* *
3993 AAGGATTTGTTTTTACGACCATCTGAATCATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAA
1 AAGGATTT-TTTTTACGACAATCTGAATCATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATT-AGAAAAAA
* ** * *
4058 TAGGAAAA-ACGATATTAGAAGCATG-AAAAGTCTCTCAATCTTTTTTATATTGAATTATATATT
64 TAGGAAAAGA-AATATTAGAAGCATGAAAAACCCT-TCAATCTTTTTGATATCGAATTATATATT
* * *
4121 TCTTATGAGTATCGTGGCAAAAAAATAAGG-AATATTTTTCCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
127 TCTTATGAGTATCGTAGCAAAAAAATAAGGAAATATGTTT-CAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
**
4185 GTCGAAATC
191 ACCGAAATC
4194 ATGTATTGAC
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 28, Indels: 8
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
225 8 0.05
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ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (225 bp):
AAGGATTTTTTTTACGACAATCTGAATCATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTAGAAAAAATA
GGAAAAGAAATATTAGAAGCATGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATATCGAATTATATATTTCTT
ATGAGTATCGTAGCAAAAAAATAAGGAAATATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGA
AATCGTTACTAATATGGTGGCAATGGATTT
Found at i:4805 original size:325 final size:328
Alignment explanation
Indices: 3986--4806 Score: 948
Period size: 333 Copynumber: 2.5 Consensus size: 328
3976 ATGGTGGCAA
* * *
3986 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGACCATCTGAATCATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCA
1 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-A
* * *
4051 GGAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGTCTCTCAATCTTTTTTATATTGAATTAT
65 GGAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAGCCTCTCAATCTTTTTTACATTGAATTAT
* * * * * *
4116 ATATTTCTTATGAGTATCGTGGCAAAAAAATAAGGAATATTTTTCCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
129 ATATTTCTTATGAGTATCGTGGC-CAAAATTGAGGAAAATTTATCCGGCTCAATTTTTGCAAAAT
** *
4181 TTTAGTCGAAATCATGTATTGACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTAAGGGGCCCCAGCT
193 TTTAACCGAAATCATGTATT-A-CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTAAGGAGCCCCAGCT
* *
4246 CAGTTTTGCATGATTTTTTGGCAGATATTATCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
256 CAGTTTTGCATGATTTTTTGGCAGATACTATCATTGAAATATCTATATTCATCCAACCAAATCTC
*
4311 AGTCACAT
321 AGCCACAT
* * * *
4319 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTGGATTTAATCAGAAATTAATTCG
1 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAG
* * *
4384 GGAAAA-AGAGAAAAAGCGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCTCTCAATCTTTTTTAGATAGAATTA
66 GAAAAATAG-GAAAAA-CGATATTAGAAGCGT-GAAAGCCTCTCAATCTTTTTTACATTGAATTA
4448 TATATTTCTTATGAGTATCGTGGTCCAAAATTGAGGAAAATTCTAT-CGGCTCAATTTTTGCAAA
128 TATATTTCTTATGAGTATCGTGG-CCAAAATTGAGGAAAATT-TATCCGGCTCAATTTTTGCAAA
* * * * ** ** * *
4512 ATTTTAACCGAAATCGTGTA-T-CA-C-GATTTTTTGTCTAAAAACGTGTTCCGTAGCCCCGGCT
191 ATTTTAACCGAAATCATGTATTACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTAAGGAGCCCCAGCT
* * * *
4573 CAGTTTTGCATGA-TTTTTGGTATCGATACTA-C-TTGAAATATGTATATTCATCCAAGCAAATG
256 CAGTTTTGCATGATTTTTTGGCA--GATACTATCATTGAAATATCTATATTCATCCAACCAAATC
4635 TCAGCCA-ACT
319 TCAGCCACA-T
* * * * *
4645 TGGATTTAAAGATTT-TTTTTACAAACATTTGAATCATGTTTCGATATAATTTGAAATTAATTTG
1 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAG
* *
4709 GAAAAAATAGGAAAAACGATTTTGGAAGCGTGTAAAGGCCT-TCAAT-TTTTTTACCATTGAATT
66 G-AAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAA-GCCTCTCAATCTTTTTTA-CATTGAATT
* **
4772 ATATATTTTTTATGAGTATTATGGCCGAAAATTGA
127 ATATATTTCTTATGAGTATCGTGGCC-AAAATTGA
4807 AAAAAAAAAA
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 53, Indels: 36
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
324 10 0.02
325 101 0.24
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329 2 0.00
331 2 0.00
332 13 0.03
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334 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (328 bp):
TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAG
GAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGCCTCTCAATCTTTTTTACATTGAATTATAT
ATTTCTTATGAGTATCGTGGCCAAAATTGAGGAAAATTTATCCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTT
AACCGAAATCATGTATTACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTAAGGAGCCCCAGCTCAGTT
TTGCATGATTTTTTGGCAGATACTATCATTGAAATATCTATATTCATCCAACCAAATCTCAGCCA
CAT
Found at i:5663 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 5627--5892 Score: 452
Period size: 85 Copynumber: 3.1 Consensus size: 86
5617 ATTCTAAACT
* *
5627 AAAAATATTATAATTAAGGCAGGGCCCCAGATTTTTAC-AAAAAGTGTGAAGCGTCCATAATAAT
1 AAAAATATTATAATTAAGGCAGAGCCCCGGATTTTTACAAAAAAGTGTGAAGCGTCCATAATAAT
5691 CAAACATTAGTGTATCTACCG
66 CAAACATTAGTGTATCTACCG
5712 AAAAATATTATAATTAAGGCAGAGCCCCGGATTTTTA-AAAAAAGTGTGAAGCGTCCATAATAAT
1 AAAAATATTATAATTAAGGCAGAGCCCCGGATTTTTACAAAAAAGTGTGAAGCGTCCATAATAAT
5776 CAAACATTAGTGTATCTACCG
66 CAAACATTAGTGTATCTACCG
5797 AAAAATATTATAATTAAGGCAGAGCCCCGGATTTTTACAAAAAAGTGTGAAGCGTCCATAATAAT
1 AAAAATATTATAATTAAGGCAGAGCCCCGGATTTTTACAAAAAAGTGTGAAGCGTCCATAATAAT
5862 CAAA-ATATAGTGTA-CATAGCC-
66 CAAACAT-TAGTGTATC-TA-CCG
5883 AAAAATATTA
1 AAAAATATTA
5893 AACTTAGGGC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 2, Indels: 9
0.94 0.01 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 122 0.70
86 50 0.29
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ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (86 bp):
AAAAATATTATAATTAAGGCAGAGCCCCGGATTTTTACAAAAAAGTGTGAAGCGTCCATAATAAT
CAAACATTAGTGTATCTACCG
Found at i:7143 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 7093--7175 Score: 114
Period size: 30 Copynumber: 2.8 Consensus size: 29
7083 GGTCATTTAA
*
7093 ATGCCATGTGAACG-AGACCTAAAGCTAT
1 ATGCCATGTAAACGAAGACCTAAAGCTAT
*
7121 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTAT
1 ATGCCATGTAAACGA-AGACCTAAAGCTAT
*
7151 ATGACATGTAAACGAAAGACCTAAA
1 ATGCCATGTAAACG-AAGACCTAAA
7176 ATGAACTATA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 3, Indels: 4
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 13 0.27
30 35 0.71
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ACGTcount: A:0.41, C:0.19, G:0.18, T:0.22
Consensus pattern (29 bp):
ATGCCATGTAAACGAAGACCTAAAGCTAT
Found at i:8912 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 8864--9025 Score: 162
Period size: 30 Copynumber: 5.4 Consensus size: 30
8854 ATCAAAAGCT
* *
8864 ATAGAACTAAAGTTATATGCCATGTTAACG
1 ATAGACCTAAAGCTATATGCCATGTTAACG
* * * *
8894 ATAAACCTAAATCAATATGCTATGTTAACG
1 ATAGACCTAAAGCTATATGCCATGTTAACG
* * * * * *
8924 ATAGACTTAAATCTATATGCAATCTAAAGCT
1 ATAGACCTAAAGCTATATGCCATGTTAA-CG
* *
8955 ATAGACCTAAAGCTATATGCCACGTTAATG
1 ATAGACCTAAAGCTATATGCCATGTTAACG
* * *
8985 GTAGACCTAAAGCTATACGCCACGTTAACG
1 ATAGACCTAAAGCTATATGCCATGTTAACG
9015 ATAGACCTAAA
1 ATAGACCTAAA
9026 ATTTTAGGCG
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 25, Indels: 2
0.80 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
30 83 0.78
31 23 0.22
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.14, T:0.27
Consensus pattern (30 bp):
ATAGACCTAAAGCTATATGCCATGTTAACG
Found at i:8976 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 8852--9025 Score: 231
Period size: 91 Copynumber: 1.9 Consensus size: 91
8842 AGACCTAATA
* * * * * *
8852 CAATCAAAAGCTATAGAACTAAAGTTATATGCCATGTTAACGATAAACCTAAATCAATATGCTAT
1 CAATCAAAAGCTATAGAACTAAAGCTATATGCCACGTTAACGATAAACCTAAAGCAATACGCCAC
*
8917 GTTAACGATAGACTTAAATCTATATG
66 GTTAACGATAGACCTAAATCTATATG
* * * * * *
8943 CAATCTAAAGCTATAGACCTAAAGCTATATGCCACGTTAATGGTAGACCTAAAGCTATACGCCAC
1 CAATCAAAAGCTATAGAACTAAAGCTATATGCCACGTTAACGATAAACCTAAAGCAATACGCCAC
9008 GTTAACGATAGACCTAAA
66 GTTAACGATAGACCTAAA
9026 ATTTTAGGCG
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 13, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
91 70 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.19, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (91 bp):
CAATCAAAAGCTATAGAACTAAAGCTATATGCCACGTTAACGATAAACCTAAAGCAATACGCCAC
GTTAACGATAGACCTAAATCTATATG
Found at i:10128 original size:333 final size:329
Alignment explanation
Indices: 9023--11684 Score: 2702
Period size: 332 Copynumber: 8.1 Consensus size: 329
9013 CGATAGACCT
* * * * * *
9023 AAAATTTTAGGCGAAATCGTGTAATAACCATCACGATGTTTGGTTAAAAACGCGTTCCAGGACCT
1 AAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACTATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCT
** * * * ** *
9088 CAACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAGATTA-TCATTGAAAGATCTCTATTCATCTAACCAA
65 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAGA-GACTCATTGAAATATCAATATTCAACTAACCAA
* *
9152 ATCTCAGCCACATTGGACTTAAGG-TTCTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAAT
129 ATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATT-TGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT-TTTCAATTTAA-
* * * * *
9216 TAAAAAATTAATTCGG--GAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTCTCAATCTT
191 TCAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCT-TCAAT-TT
* * * * *
9279 TTTTAG-ATAGAATTATATATTTCTTACGAGTATCGTGGTCAAAAATTGAGAAAAATTCTTTCAG
254 TTTTGGCATTGAATTATATATTT-TTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTC-G
9343 GAT-AATTTTTGC
317 GATCAATTTTTGC
* * * * *
9355 AAAATTTTAGTCGAAATCGTATACTAACTATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGAAGCCC
1 AAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACTATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGCCT
* * * * * * * *
9420 CGGCTAAGTTTTGCATGATTTTAGGCGCCGAGACTCCTTGAAA-AT-ATATAGTCATCCAACCAA
65 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAGAGACTCATTGAAATATCA-ATATTCAACTAACCAA
* * * *
9483 ATCCCAGCCACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAACGAGCAT-TGAAGCATTTTCGATTTAA
129 ATCTCAG---CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATTTTCAATTTAA
* *
9547 TCA-AAATTAATTTGGAAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCTTTCAATCTT
191 TCAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTCAAT-TT
* * * *
9611 TTTT-GCATTGAATTATATATTTTTGATGAGCATCGTGGTCAAAAATTGTGGAAATTTCTTTC-G
254 TTTTGGCATTGAATTATATATTTTT-ATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGG
9674 AGTCAATTTTTGC
318 A-TCAATTTTTGC
* ** *
9687 AAAATTTAACCCGAAATCGTGTACTAATTATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAG-CT
1 AAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACTATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG-GCCT
* * * * **
9751 CCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCAACTAACGTA
65 -CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAGAGACTCATTGAAATATCAATATTCAACTAACCAA
* * * *
9816 ATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTT-TTTTTAACGAGCATTTCAACCATTTTCAATTTAATC
129 ATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT-ACGAGCATCTGAATCATTTTCAATTTAATC
* * * *
9880 AGAAATTAATTTGGAAAAAAATAAGAAAAACGATGTTAAAAGCGTGAAAAGCACATCAATTTTTT
193 AGAAATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CTTCAATTTTTT
* * *
9945 TGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGATC
257 TGGCATTGAATTATAT-ATTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGATC
10010 AAGTTTTTGC
321 AA-TTTTTGC
* * * * *
10020 AAAATTTTAGACTAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCT
1 AAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACTATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCT
* * * * * *
10085 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACATATTA-TCATTGAAATATCTATATTCATCCAACCAA
65 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAGA-GACTCATTGAAATATCAATATTCAACTAACCAA
* * * *
10149 ATCCCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCTATTTAATC
129 ATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT-TTTCAATTTAATC
*
10214 AGAAATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCTTTCAATCTTTT
193 AGAAATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTCAAT-TTTT
10279 TT-GCATTGAATTATATATTTTTGATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGAT
256 TTGGCATTGAATTATATATTTTT-ATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGAT
*
10343 CAATTTCTGC
320 CAATTTTTGC
* * *
10353 AAAA-TTTA-ACCGAAATCGTATACTAATTATCACGATTTTTGGCTAAAAATCG-TTTCCGGAG-
1 AAAATTTTAGA-CGAAATCGTGTACTAACTATCACGATTTTTGGCTAAAAA-CGCGTTCCGG-GC
** * * * * * *
10414 CTCCAACTCAGTTTTACATAATTTTTGGCGCGGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCAACTAACG
63 CT-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAGAGACTCATTGAAATATCAATATTCAACTAACC
* * * * * *
10479 TAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTT-TTTTAACGAGCATTTCAACCATTTTCAATTTAAT
127 AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATTTTCAATTTAAT
* * * * * *
10543 CAGATATTAATTTCGAAAAAAATAAGAAAAACGATGTTAGAAGTGTGAAAAGCGCATCAATTTTT
192 CAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CTTCAATTTTT
* * * * * *
10608 TTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATAAGTATTGTGG-CAAAAATTGAGGAAAAAAT-TATCGGG
256 TTGGCATTGAATTATAT-ATTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGG-AAAATTCTTTCGGA
*
10671 TCAGTTTTTTGC
319 TCA-ATTTTTGC
* * * **
10683 AAAATTTTAGGCGAAATC--G---T--C-ATCACTG-TTTTTGTCTAAAAACGCGTTCCAGAGAA
1 AAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACTATCAC-GATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCC
* * ** *
10739 TCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAGATTA-TCATTGGAATATCTCTATTCATCTAACCA
64 TCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAGA-GACTCATTGAAATATCAATATTCAACTAACCA
* * * **
10803 AATCTAAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCCAAATCATGTTTTC-ATTTAA
128 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA--TTTTCAATTTAA
*
10867 TCA-AAATTAATTTGG--AAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATCTT
191 TCAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-TTCAATTTT
* * * * * *
10929 TTTGGCCTTGAATTATATATTTTTAATGAGCATCATGGTCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGG
255 TTTGGCATTGAATTATATATTTTT-ATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGA
**
10994 TCAATTTTTAT
319 TCAATTTTTGC
* * * ** *
11005 AAAA-TTTAAACCGAAATTGTGTACTAACTATAACGATTTTTTGGCTAAAAACGTATTTCGGTGC
1 AAAATTTTAGA-CGAAATCGTGTACTAACTATCACGA-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG-GC
* * * * * * *
11069 CCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTCGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCAATATT-AATCTAATC
63 CTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAGAGACTCATTGAAATATCAATATTCAA-CTAACC
* * * * * *
11133 TAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTATTTTAACAAGCATCTGAACCATTTTCAATTTAAT
127 AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATTTTCAATTTAAT
* * * * * * *
11198 AATACATTAATCTGG-AAAAAGTAGGAAAAACGATGTTAGAAGCGTGAAAAACCATTCAATTTTT
192 CAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-TTCAATTTTT
* * *
11262 TTGGCATTGAATTATATAATTTTTTTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGCAAAATT-TTTCGGG
256 TTGGCATTGAATTATAT-ATTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGG-AAAATTCTTTCGGA
*
11326 TCAGTTTTTTGC
319 TCA-ATTTTTGC
* * * *
11338 AAAATTTTAGGCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCAT
1 AAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACTATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCGGGCCT
* * * *
11403 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAGATTA-TCATTGGAATATCTATATT-AATCTAACCA
65 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAGA-GACTCATTGAAATATCAATATTCAA-CTAACCA
* * *
11466 AATCTAAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTTC-ATTTAA
128 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA--TTTTCAATTTAA
* * **
11530 TCAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGGAAAGCTTTTCAATCAT
191 TCAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CTTCAATTTT
* * * * *
11595 TTTGGCTTTGAA-T-TAT-TTTTAATGAGCATCGTGGCAAAAAATTGAGGAAAACTCTTTCAGG-
255 TTTGGCATTGAATTATATATTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTC-GGA
* *
11656 TTAATTTTTGT
319 TCAATTTTTGC
*
11667 AAAATTTTAGTCGAAATC
1 AAAATTTTAGACGAAATC
11685 AGCCAAGAAA
Statistics
Matches: 1937, Mismatches: 306, Indels: 177
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
321 11 0.01
322 89 0.05
323 117 0.06
324 30 0.02
325 9 0.00
326 6 0.00
327 1 0.00
329 66 0.03
330 190 0.10
331 215 0.11
332 708 0.37
333 265 0.14
334 221 0.11
335 9 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (329 bp):
AAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACTATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCTC
GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAGAGACTCATTGAAATATCAATATTCAACTAACCAAAT
CTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATTTTCAATTTAATCAGA
AATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTCAATTTTTTTGGC
ATTGAATTATATATTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGATCAATTT
TTGC
Found at i:15663 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 15648--15678 Score: 62
Period size: 10 Copynumber: 3.1 Consensus size: 10
15638 ATGCTAGTTA
15648 GTTTCTTTGG
1 GTTTCTTTGG
15658 GTTTCTTTGG
1 GTTTCTTTGG
15668 GTTTCTTTGG
1 GTTTCTTTGG
15678 G
1 G
15679 CGATCGCGGG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 21 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.10, G:0.32, T:0.58
Consensus pattern (10 bp):
GTTTCTTTGG
Found at i:19274 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 18257--19279 Score: 1247
Period size: 337 Copynumber: 3.1 Consensus size: 330
18247 CTTGTAAATT
*
18257 ATCTTTC-GGTC-ATATTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATCCATCACAGTTTTTGG
1 ATCTTTCGGGTCAAT-TTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCG-GTACTATCCATCACAGTTTTTGG
* * *
18320 CTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCATTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTCAAA
64 CTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAA
* * *
18385 TATCTATA-TCATCTAACATAATCC-CAGCGATGATTGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATC
129 TATCTATATTCATCTAACA-AA-CCTCAGCCA-CATGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATC
* * * * * *
18448 AAAATCCAGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCG-AAAAAATAAGAGAAATGATATTAGAA-CT
191 AGAATCCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGC-
* * * * * * * *
18511 CTTCAAAACCAATCAATATTTTTGGC-TTTAAGT-TATATTTTTTATGAGGAT--TATGACCAAA
255 GTGCAAAATCATTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTA-G-CCAAA
* *
18572 AATTAAG-AAAAA
318 ACTTGAGAAAAAA
* * * * *
18584 ATCTTTCGGGTGAATTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATC----C--TGCATCACAATTTTTGGCT
1 ATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTACTATCCATCACAGTTTTTGGCT
* * * * * * *
18643 AAAAACGTGTTCTGAGGCCCCGGCTCAACTTTGCATGATTTTTTGTACTAAGTCTTC-TTGAAAT
66 AAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGAC-TCATTGAAAT
* * * * **
18707 ATCTTTATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATCGAATTTAACTATTTGTTTTTACGAGCATCAG
130 ATCTATATTCATCTAA-CAAACCTCAGCCACAT-GGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCAG
18772 AATCCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAAAAATAGGAAAAAATGATATTAGAAG
193 AATCCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTG---AAAAAAATAGG-AAAAATGATATTAGAAG
*
18837 CGTG-AAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTAGCCAAA
254 CGTGCAAAA-TCATTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTAGCCAAA
18901 ACTTGAGAAAAAA
318 ACTTGAGAAAAAA
* * * *
18914 ATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGAGTACTATCCATCACGGTTTTTGCC
1 ATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCG-GTACTATCCATCACAGTTTTTGGC
* * *
18979 TGAAAACGCGTTCCGGGGCCCTGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAAT
65 TAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAAT
* *
19044 ATCTATATTCATCTAACGAAACCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAG
130 ATCTATATTCATCTAAC-AAACCTCAGCCAC-ATGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCAG
*
19109 AATCCAATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTG
193 AATCCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTG
* * *
19174 CCAATTCTTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTAGCCAAAACTTG
258 CAAAATCATTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTAGCCAAAACTTG
19239 AGAAAAAA
323 AGAAAAAA
19247 ATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCC
1 ATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCC
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 73, Indels: 54
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
321 77 0.13
322 72 0.12
323 2 0.00
326 13 0.02
327 37 0.06
328 31 0.05
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330 40 0.07
331 2 0.00
333 120 0.20
334 13 0.02
335 1 0.00
336 3 0.01
337 151 0.25
338 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
ATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTACTATCCATCACAGTTTTTGGCT
AAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATA
TCTATATTCATCTAACAAACCTCAGCCACATGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
CCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAA
AATCATTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTAGCCAAAACTTGAGA
AAAAA
Done.