Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015444.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15477, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1117 ACCAAAATTA
1127 AAAAAATAATAAAAAG
1 AAAAAATAATAAAAAG
1143 AAAAAA-AA-AAAAAG
1 AAAAAATAATAAAAAG
1157 AA
1 AA
1159 CTTTTACCCT
Statistics
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AAAAAATAATAAAAAG
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4047 ACTTGTAGCG
*
4057 TTTGGACGTTTTGCCCCCTAAACTTCGAT
1 TTTGGACATTTTGCCCCCTAAACTTCGAT
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1 TTTGGACATTTTGCCCCCTAAACTTCGAT
* *
4115 TTTGGACATTTTGCACCCTAAACTTCAAT
1 TTTGGACATTTTGCCCCCTAAACTTCGAT
*
4144 TTTGGGACGTTTTGCCCCCT
1 TTT-GGACATTTTGCCCCCT
4164 CAGCCTAACG
Statistics
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29 58 0.81
30 14 0.19
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TTTGGACATTTTGCCCCCTAAACTTCGAT
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Period size: 372 Copynumber: 2.0 Consensus size: 362
25812 TTGTGTCTAA
* * * **
25822 ATTTTATGAATAATTTAGAGTTGTCACAATTTTATTGCTCGGACCATAGATGATGTGGTGGGACG
1 ATTTTATGAATAATTTAGAATTATCACAATTTTATTGCTCGGACCATAGATGACGTAATGGGACG
* * *
25887 AGTCCATTTTAATATTGCTTAAGACATTGGCCTAAAACACTTTCCATAAATTGACTTTAAATGCT
66 AGTCCATTATAATATTACTTAAGACATTGGCCTAAAACACTTTCCATAAATTGACTTTAAATGCA
* *
25952 AAATCCATGAATGATATCACAAAAATTAGAAAGAACCATACGAATCAAAATTAACTTAAACTTAC
131 AAATCCATGAATCACATCACAAAAATTAGAAAGAACCATACGAATCAAAATTAACTTAAACTTAC
* * *
26017 CAAATTAATTGTCCCATAGAAAAATAGTTTTTTCTTATATAAAATGGTGGATGTTTATTTGAATG
196 CAAATGAATTGTCCCATAGAAAAATAGATTTTTCTTATATAAAATGGTCGATGTTTATTTGAATG
*
26082 GATATTAAAAACACTAACCAAACAAGTTTAGCATAACAAAGTGTGTACATAAACTAATAACAACA
261 GATATTAAAAACACTAACCAAACAAGTTTAGCATAACAAAGTGTGTACATAAACTAATAAAAACA
26147 AGATTTTGATGGGATTTACAAGATTTCCTTGCTCAAC
326 AGATTTTGATGGGATTTACAAGATTTCCTTGCTCAAC
* *
26184 ATTTTATGAATAATTTTGAATTATCACAATTTTATTGGTCGGGACCATAGATGACGTAATGGGAC
1 ATTTTATGAATAATTTAGAATTATCACAATTTTATTGCTC-GGACCATAGATGACGTAATGGGAC
* *
26249 GGGTTCATCTATAATATTTTCTCACTTAAGACATTGGCTAGCTAAAACACTCTCTCCCAT-AATT
65 GAGTCCAT-TATAATA---T-T-ACTTAAGACATTGGC---CTAAAACACT-T-T-CCATAAATT
** **
26313 GACTTTAAATGCAAAATCCATGAATCACATCACAATTATTAGAAAGATTCATACGAATCAAAATT
118 GACTTTAAATGCAAAATCCATGAATCACATCACAAAAATTAGAAAGAACCATACGAATCAAAATT
* * * *
26378 AACTTAAACTTATCAGCATGAATTGTCCCAT-G-GAAA-AGATTTTTCTTATATAAATTGGTCGA
183 AACTTAAACTTACCA-AATGAATTGTCCCATAGAAAAATAGATTTTTCTTATATAAAATGGTCGA
*
26440 TGTTTATTTGAAT-GATATTAAAAACACTAACTAAACAAGTTTAGCATAAACAAAGTGTGTACAT
247 TGTTTATTTGAATGGATATTAAAAACACTAACCAAACAAGTTTAGCAT-AACAAAGTGTGTACAT
26504 AAACTAATAAAAACAAGATTTTGATGGGATTTACAAGA
311 AAACTAATAAAAACAAGATTTTGATGGGATTTACAAGA
26542 AAAGGTTGCC
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 27, Indels: 20
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
362 36 0.11
363 27 0.09
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367 1 0.00
368 1 0.00
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375 17 0.05
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Consensus pattern (362 bp):
ATTTTATGAATAATTTAGAATTATCACAATTTTATTGCTCGGACCATAGATGACGTAATGGGACG
AGTCCATTATAATATTACTTAAGACATTGGCCTAAAACACTTTCCATAAATTGACTTTAAATGCA
AAATCCATGAATCACATCACAAAAATTAGAAAGAACCATACGAATCAAAATTAACTTAAACTTAC
CAAATGAATTGTCCCATAGAAAAATAGATTTTTCTTATATAAAATGGTCGATGTTTATTTGAATG
GATATTAAAAACACTAACCAAACAAGTTTAGCATAACAAAGTGTGTACATAAACTAATAAAAACA
AGATTTTGATGGGATTTACAAGATTTCCTTGCTCAAC
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29370 CTCTGTAAGT
29380 TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC T
1 TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC T
29411 CTTATTTTGA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
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Consensus pattern (3 bp):
TTC
Found at i:42537 original size:16 final size:16
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Indices: 42516--42565 Score: 54
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42506 AGGACAATGT
42516 TAAAGTAATAATAATC
1 TAAAGTAATAATAATC
* *
42532 TAAAGT-TTAA-ATTC
1 TAAAGTAATAATAATC
42546 -AAAG-AATAATAATC
1 TAAAGTAATAATAATC
42560 TAAAGT
1 TAAAGT
42566 TTAAATTCAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 8
0.68 0.11 0.21
Matches are distributed among these distances:
13 7 0.27
14 6 0.23
15 7 0.27
16 6 0.23
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Consensus pattern (16 bp):
TAAAGTAATAATAATC
Found at i:42558 original size:28 final size:28
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Indices: 42517--42580 Score: 119
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42507 GGACAATGTT
42517 AAAGTAATAATAATCTAAAGTTTAAATTC
1 AAAG-AATAATAATCTAAAGTTTAAATTC
42546 AAAGAATAATAATCTAAAGTTTAAATTC
1 AAAGAATAATAATCTAAAGTTTAAATTC
42574 AAAGAAT
1 AAAGAAT
42581 TCCATGGTCA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
28 31 0.89
29 4 0.11
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AAAGAATAATAATCTAAAGTTTAAATTC
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Indices: 45594--45965 Score: 353
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45584 AGACTTAATT
* * * * *
45594 AAATTCAATGAAAAGAATTATTAAGTATAATTTTGTTGTGGAAAATGTGGATTTCACATCATATT
1 AAATTCAATCAAAAGAATTATTAATTATAATTTTGTTATGCAAAATGTGGATTTCACACCATATT
*
45659 AGGCCATTCTCAAAAGATACCTCAAAAAAA
66 AGGCCATTCTCAAAAGAAACCT--AAAAAA
*
45689 AAATTCAATCAAAAGAATTATTAATTATAATTTTGTTATGCAAAATGTGGATTTCTCACCATATT
1 AAATTCAATCAAAAGAATTATTAATTATAATTTTGTTATGCAAAATGTGGATTTCACACCATATT
45754 AGGCCATTCTCAAAAGAAACCTAAAAAA
66 AGGCCATTCTCAAAAGAAACCTAAAAAA
*
45782 AAA-TCAATCAAAAGAATTATTAATTAAGTATAATTTTTGTTATAGAAAAAATGTGGACTTCACA
1 AAATTCAATCAAAAGAATTATTAA-T---TATAA-TTTTGTTAT-G-CAAAATGTGGA--T----
* * **
45846 GTTCACACCATATTAGGTCATTCTCAAAATATGCCT-AAAAA
53 -TTCACACCATATTAGGCCATTCTCAAAAGAAACCTAAAAAA
* *
45887 AAA-TC-A--AAAAGAATTAGTAAGTATAATTTTGTAATTTGTTATAG-AAAATGTGGATTTCAC
1 AAATTCAATCAAAAGAATTATTAATTATAA-----T--TTTGTTAT-GCAAAATGTGGATTTCAC
45947 ACCATATTAGGCCATTCTC
58 ACCATATTAGGCCATTCTC
45966 TTGTCTTGAA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 17, Indels: 40
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
92 20 0.08
93 10 0.04
95 103 0.43
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97 9 0.04
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100 1 0.00
101 1 0.00
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ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (93 bp):
AAATTCAATCAAAAGAATTATTAATTATAATTTTGTTATGCAAAATGTGGATTTCACACCATATT
AGGCCATTCTCAAAAGAAACCTAAAAAA
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Indices: 46870--46895 Score: 52
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46860 ACATGGCAGC
46870 TATGTTACTTGTT
1 TATGTTACTTGTT
46883 TATGTTACTTGTT
1 TATGTTACTTGTT
46896 ACTTGTTTAT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
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TATGTTACTTGTT
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Indices: 62117--62149 Score: 50
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62107 TAGATGGAGC
*
62117 TGCAATAACCAA-CAAT
1 TGCAACAACCAAGCAAT
62133 TGCAACAACCAAGCAAT
1 TGCAACAACCAAGCAAT
62150 CTAACTGGGA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.73
17 4 0.27
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TGCAACAACCAAGCAAT
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Indices: 62189--63439 Score: 1212
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62179 ATTGTGGCCA
* * * * * * *
62189 AAAATTGAGAAAAAAAATATCAGGTAAGTTTCTGTAAAATTTTAGTCAAAATTGTGTACTAGATA
1 AAAATTGAGAAAAAAAAT-TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTA-ATC
* * * * *
62254 CATTACGGTTTTTGG-GAAAACCGCGTTAGGGG-CCCTGTCTC-AGTTTGCATGATTTTTGGCAC
64 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTGGGGGCCCCTGGCTCTAGTTTGCATGATTTTTGGCAC
* * * *
62316 AACAACTCATTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGAATTTG
129 AACGACTCATTAAAATATCTATATTCATCT-ACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGAATTTG
* *
62381 TTTTTATGAGCATCAGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAAATTAATTCG-AAAAAATAGGAAAA
193 TTTTTATGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AAATTAATT-GAAAAAAATAGAAAAA
* * * *
62445 ACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT-AAACCTTTTGGCGTTCAAATATATATTTTGTATGAGT
256 ACAATATTAGAAGAGTG-AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTCAAATATATATTTT-TATGAGT
62509 ACAGTGACCG
319 A-A-TGACCG
*
62519 AAAATTGAGAAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT-ATCC
1 AAAATTGAG-AAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAATCC
* * * * *
62583 ATCACGGTTTTTGCCTAAAACCGCATTGGGAGCCCCTGGCT-TAGTTTGTATGATTTTTGGCACA
65 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTGGGGGCCCCTGGCTCTAGTTTGCATGATTTTTGGCACA
* *
62647 ACGATTCATTAAAATATCTATATTCAT-T-CCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGAAGTTGTT
130 ACGACTCATTAAAATATCTATATTCATCTACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGTT
* * * *
62710 TTTATAAGCATTAGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAACA
195 TTTATGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTGAAAAAAATAGAAAAAACA
* * *
62775 ATATTAGAAGAGTGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTT
259 ATATTAGAAGAGTGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTCAAATATATA-TTTTTATGAGTA--A
* *
62840 TGGCCA
321 TGACCG
** * * * *
62846 AAAATTGAGGAAAAAAGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAACTCGTGTACTAA-CC
1 AAAATTGA-GAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAATCC
* *** * * *
62910 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTGGGGGGGTCTCGGCTCTATTTTGAATGATTTTTGGCGT
65 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTGGGGGCCCCT-GGCTCTAGTTTGCATGATTTTTGGC-A
* * * * ** *
62975 CAA-GACTCATTTAAATATTTAAATTCATCAAATTAAATC-CTAGCCACATTGGATTTAAGAATT
128 CAACGACTCATTAAAATATCTATATTCATC-TACCAAATCTC-AGCCACATTGAATTTAAGAATT
* * * * *
63038 TGTTTTTACGAGCATCTA-AATCATATTTCGATTTAATTAGAATTTAATT-AAGAAAAAAAGAAA
191 TGTTTTTATGAGCATC-AGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTGAA-AAAAATAGAAA
* * * * * *
63101 AAACGATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTC-AAT-TAT-CTATT-TCA-
254 AAACAATATTAGAAGAG-TGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTCAAATATATATTTTTATGAG
63161 -AATGA--G
318 TAATGACCG
* ** ** *
63167 TATTTTG-G------TCTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCAAT
1 AAAATTGAGAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAC--T-AAT
* * *
63225 CTATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTGGGGGCCCC-AGATCTATTTTGCATGATTTTTG
63 C---CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTGGGGGCCCCTGGCTCTAGTTTGCATGATTTTTG
* * * * * *
63289 GCACAACTACTCATTGAAATATCTATATTTATGTAACCAAAATTTTAGCCACATTGAATTTAAGA
125 GCACAACGACTCATTAAAATATCTATATTCATCT-ACC-AAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGA
* * * *
63354 ATTTGTTTTTAGGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTATATATTAATTCAAAAAAATAGAA
188 ATTTGTTTTTATGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTGAAAAAAATAG-A
63419 AAAAACAATATTAGAAGAGTG
252 AAAAACAATATTAGAAGAGTG
63440 CTTAAAATGT
Statistics
Matches: 767, Mismatches: 119, Indels: 81
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
313 38 0.05
315 1 0.00
316 2 0.00
317 4 0.01
318 44 0.06
319 75 0.10
320 53 0.07
321 4 0.01
323 2 0.00
325 1 0.00
326 17 0.02
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328 28 0.04
329 53 0.07
330 106 0.14
331 38 0.05
332 89 0.12
333 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (326 bp):
AAAATTGAGAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAATCCA
TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTGGGGGCCCCTGGCTCTAGTTTGCATGATTTTTGGCACAA
CGACTCATTAAAATATCTATATTCATCTACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGTTT
TTATGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTGAAAAAAATAGAAAAAACAAT
ATTAGAAGAGTGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTCAAATATATATTTTTATGAGTAATGACC
G
Found at i:63689 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 63667--63717 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 16
63657 GATCACCCCC
63667 AGATCACTC-GTGATCTA
1 AGATCAC-CAGTGATC-A
63684 AGATCACCAGTGATGCA
1 AGATCACCAGTGAT-CA
*
63701 AGATCACCGGTGATCA
1 AGATCACCAGTGATCA
63717 A
1 A
63718 AGATTACATG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 5
0.84 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.13
17 26 0.84
18 1 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.24, G:0.22, T:0.22
Consensus pattern (16 bp):
AGATCACCAGTGATCA
Found at i:64788 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 63962--65904 Score: 1951
Period size: 331 Copynumber: 5.9 Consensus size: 330
63952 GGTAATAAGT
* * * *
63962 ACGCGTTCCAGGACCACAACTC-TGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTTCTTGAAATATCT
1 ACGCGTTCCAGG-GCACAACTCAT-TTTTGCATGATTTTTGGTACCAAGACTCCTTGAAATATCT
* * ** * * *
64026 TTATTCATCTAATCAAATCT-AAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAAT
64 ATATTCATCTAATCAAATCTCAA-TCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGAATCTGAAT
*
64090 CTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAA
128 CTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATT-AGAAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAA
*** * * * * *
64155 AGTTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGT-TTTTTTATGAGTA-TTTTCGCTAGAAATCGA
192 AACCCTTCAATCCTTTTGACATCGAATCATA-TATTTTTTATGAGTATTTTTC-CCAAAAATCGA
** * * * *
64218 GGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATT
255 ACAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGATT
64283 TTCGGCTAAAA
320 TTCGGCTAAAA
* * * * *
64294 CCGCGTTCCAGGGCCCGACTCAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
1 ACGCGTTCCAGGGCACAACTCA-TTTTTGCATGATTTTTGGTACCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * *
64359 TATTCATCTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCACCTGAATCT
65 TATTCATCTAATCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGAATCTGAATCT
* * * * *
64424 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAT-TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAA
130 TGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTAGAAAAAATAT-GAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAA
** ** * * * *
64488 CCCTTCAATATTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTTCACAAAAATTGAACTA
194 CCCTTCAATCCTTTTGACATCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTTCCCAAAAATCGAACAA
* * * * *
64553 ATATGTTTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTTG
259 ATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTCG
*
64618 ACTAAAA
324 GCTAAAA
* *
64625 ACGCGTTCCAGGGCGACAACTC-TTTTTGCATGATTTTT-GTCACCGAGACTACTTGAAATATCT
1 ACGCGTTCCAGGGC-ACAACTCATTTTTGCATGATTTTTGGT-ACCAAGACTCCTTGAAATATCT
* ** ** *** * *
64688 TTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTCGCTTTTATGTGAATCTGAATC
64 ATATTCATCTAATCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGAATCTGAATC
* * *
64753 TTGTCTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAGAA
129 TTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATT-AGAAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAA
*** * * * * * *
64818 GTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATTGTTTTTTTTATGAGTA-TTTTCCTTAGAAATCGAG
193 ACCCTTCAATCCTTTTGACATCGAATCA-TATATTTTTTATGAGTATTTTTCC-CAAAAATCGA-
* * * *
64882 GAAAAATAT-TTT-TGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGT
255 -ACAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGAT
64945 TTTCGGCTAAAA
319 TTTCGGCTAAAA
* * ** * * * *
64957 CCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCTAAGACTCCTTGAAGTATCTA
1 ACGCGTTCCAGGGCACAACTCA-TTTTTGCATGATTTTTGGTACCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * * *
65022 TATTAATCTAATCAAATCTCAATCACGTTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCACCTGAATCT
65 TATTCATCTAATCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGAATCTGAATCT
* * * * *
65087 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAT-TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAA
130 TGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTAGAAAAAATAT-GAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAA
** * * * * *
65151 CCCTTCAAT-CTTTTCGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAATATTTTACCCAAAAATTGAGCA
194 CCCTTCAATCCTTTT-GACATCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTTCCCAAAAATCGAACA
* * * * *
65215 AATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTTTACAAACCTTCACGATTTTT
258 AATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTC
65280 GGCTAAAA
323 GGCTAAAA
* * *
65288 ACGCGTTCCAGGGCCACAGCTC-TGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCT
1 ACGCGTTCCAGGG-CACAACTCAT-TTTTGCATGATTTTTGGTACCAAGACTCCTTGAAATATCT
* ** * ** * * * *
65352 TTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTAAATC
64 ATATTCATCTAATCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGAATCTGAATC
* *
65417 TTGTTTCGATTCAATGATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAA
129 TTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATT-AGAAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAA
*** * * * * * *
65482 GTTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTATTTTTATGAGTA-TTTTCGCTAGAAATCG-
193 ACCCTTCAATCCTTTTGACATCGAATCATA-TAT-TTTTTATGAGTATTTTTC-CCAAAAATCGA
* * * *
65545 ACGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACAAT
255 AC-AAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGAT
*
65610 TTTCGGTTAAAA
319 TTTCGGCTAAAA
* * ** * * *
65622 CCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAT
1 ACGCGTTCCAGGGCACAACTCATTTTTGCATGATTTTTGGTACCAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * * * *
65687 ATTCATATAACCTAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATTTT
66 ATTCATCTAATCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGAATCTGAATCTT
* * *
65752 GTTTCG-----ATT-T-AA-T--TT-G---------GAAAAACAATATTAGAAGCGTTACAAACC
131 GTTTCGATTCAATTATAAATTAATTAGAAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAACC
** ** * * *
65797 CTTCAATATTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGCAAAT
196 CTTCAATCCTTTTGACATCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTTCCCAAAAATCGAACAAAT
*
65862 ATGTTTCGGGTCAA-TTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTA
261 ATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTA
65905 AAGGCCACAG
Statistics
Matches: 1310, Mismatches: 267, Indels: 91
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
309 27 0.02
310 35 0.03
311 7 0.01
312 42 0.03
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323 2 0.00
325 1 0.00
326 2 0.00
327 1 0.00
328 2 0.00
329 8 0.01
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333 226 0.17
334 101 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
ACGCGTTCCAGGGCACAACTCATTTTTGCATGATTTTTGGTACCAAGACTCCTTGAAATATCTAT
ATTCATCTAATCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGAATCTGAATCTT
GTTTCGATTCAATTATAAATTAATTAGAAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAACC
CTTCAATCCTTTTGACATCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTTCCCAAAAATCGAACAAAT
ATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTCGGC
TAAAA
Found at i:65688 original size:664 final size:664
Alignment explanation
Indices: 63962--67980 Score: 4456
Period size: 662 Copynumber: 6.2 Consensus size: 664
63952 GGTAATAAGT
* *
63962 ACGCGTTCCAGGACCACAACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTTCTTGAAATATCTT
1 ACGCGTTCCAGGGCCACAACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTACTTGAAATATCTT
* *
64027 TATTCATCTAATCAAATCTAAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCT
66 TATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCT
64092 TGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
131 TGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
64157 TTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAG-TTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGGA
196 TTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGGA
*
64221 AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTC
261 AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTC
*
64286 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGACTCAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGA
326 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGA
64351 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCAC
391 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCAC
64416 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCG
456 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCG
* *
64481 TTAAAAACCCTTCAATATTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTTCACAAAAAT
521 TTAAAAACCCTTCAATATTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTACCCAAAAAT
* * * **
64546 TGAACTAATATGTTTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTATTAACCATCACG
586 TGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACAAACCATCACG
*
64611 GTTTTTGACTAAAA
651 ATTTTTGACTAAAA
* *
64625 ACGCGTTCCAGGGCGACAACTCT-TTTTGCATGATTTTTGTCACCGAGACTACTTGAAATATCTT
1 ACGCGTTCCAGGGCCACAACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTACTTGAAATATCTT
* *
64689 TATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTCGCTTTTATGTGAATCTGAATCT
66 TATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCT
* *
64754 TGTCTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAGAAG
131 TGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
* *
64819 TTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATTGTTTTTTTTATGAGTATTTTC-CTTAGAAATCGAGG
196 TTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCGC-TAGAAATCGAGG
** *
64883 AAAAATATTTTTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTT
260 AAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTT
*
64948 CGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCTAAGACTCCTTG
325 CGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTG
* * * *
65013 AAGTATCTATATTAATCTAATCAAATCTCAATCACGTTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCA
390 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCA
65078 CCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGC
455 CCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGC
* * *
65143 GTTAAAAACCCTTCAATCTTTTCGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAATATTTTACCCAAAAA
520 GTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTACCCAAAAA
* *
65208 TTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTTTACAAACCTTCAC
585 TTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACAAACCATCAC
*
65273 GATTTTTGGCTAAAA
650 GATTTTTGACTAAAA
* *
65288 ACGCGTTCCAGGGCCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTT
1 ACGCGTTCCAGGGCCACAACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTACTTGAAATATCTT
* *
65353 TATTCATCTAATCAAATCTCAGGCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTAAATCT
66 TATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCT
*
65418 TGTTTCGATTCAATGATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
131 TGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
*
65483 TTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTATTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGACG
196 TTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTT-TTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGG
*
65548 AAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACAATTTT
260 AAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTT
*
65613 CGGTTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAG-TTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTG
325 CGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTG
* *
65677 AAATATCTATATTCATATAACCTAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCA
390 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCA
* *
65742 TCTGAATTTTGTTTCG-----A-T-----TTAA--T-------TTGGAAAAACAATATTAGAAGC
455 CCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGC
* *
65787 GTTACAAACCCTTCAATATTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAA
520 GTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTACCCAAAAA
65852 TTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAA-TTTTGCAAAATTTTAA-C-----C--G----AA--AT--C
585 TTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACAAACCATCAC
65900 G-----TG--T---A
650 GATTTTTGACTAAAA
* * *
65905 A--------A-GGCCACAGCTCTGTTTTACATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTT
1 ACGCGTTCCAGGGCCACAACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTACTTGAAATATCTT
* * * *
65961 TATTCATCTATTTAAAAT-TCAGGCA-TTTGGATTTAAGGATTTG---TTATGTGAATTTGAATC
66 TATTCATCTA-ATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATC
66021 TTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTG-AAA
130 TTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAA
*
66085 TTTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAG-TTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGG
195 GTTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGG
* *
66149 AAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTT
260 AAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTT
* ** *
66214 CGGCTAAAACCGCGTTACAGGGCTAGGCACAG-TTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTG
325 CGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTG
* * *
66278 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCTCATTAAATTTAAGGATTT-GTTTTACCAGCA
390 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCA
*
66342 CCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTTG-AAAAATTGG-----CAATATTAGAAGC
455 CCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGC
* *
66401 GTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTACACAAAAA
520 GTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTACCCAAAAA
* * * *
66466 TTGAGCAAATATGTTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCAC
585 TTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACAAACCATCAC
* * *
66531 GGTTTTCGGCTAAAA
650 GATTTTTGACTAAAA
* * * ** * * *
66546 CCGCGTTCCAGGGCCACAACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG-TGCAAGACTCCTTGAAATATCTA
1 ACGCGTTCCAGGGCCACAACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTACTTGAAATATCTT
* ** ** * * * * *
66610 TATTCATCTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAAGATTTGTTTTTATGAGCACCTAAATCT
66 TATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCT
* * * * * *
66675 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TG-AAAAAT-TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAA
131 TGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATAT-GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAA
** * * ** * * * * * * *
66737 ACTCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATA-TATTTTTAATGAGTATTTTTCAC-AAAAATTGA-
195 GTTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTA-TTTTCGCTAGAAATCGAG
** * * * * *
66799 -ACTAATACGTTTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGT
259 GAAAAATA--TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGAT
* * * * * * ** * *
66863 TTTTGACTAAAAACGCGTTCCAGGGCGACAGCTC--TTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTA
322 TTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGC-CCGGCTCAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTC
* * ** ** * *
66926 CTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATG
386 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACG
* * * * * * * * * *
66991 TGAATCTAAATCTTGTTTCGATTCAATGATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAAACGATATT
451 AGCACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TGAAAAAAT-TGGAAAAACAATATT
* * ** * ** ** * * * *
67056 AAAAGCGTGAAAAATTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTAAAGT-TTTTTTATGAGTATTTT-C
514 AGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGATGTCGAATCATA-TATTTTTAATGAGTATTTTAC
* * * * * * * * * * *
67119 GCTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTA
578 -CCAAAAATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACAA
* *
67184 ACCATCACAATTTTTCGGCTAAAA
642 ACCATCACGATTTTT-GACTAAAA
* ** * ** * * ** * * * *
67208 CCGCGTTCCA-GG-TTCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTTGTGCCAAGACTCCATGAAATATCTA
1 ACGCGTTCCAGGGCCACAACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTACTTGAAATATCTT
* * ** ** * * * * * *
67271 TATTCATATAACCAAATCTCAGTAACATTAAATTTAAAGATTTGGTTTTACGAGCACCTGAATCT
66 TATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCT
* * * * * * * * *
67336 TGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATT-TG-AAAAATTTGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAA
131 TGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
** * * ** * * * * * * * *
67399 CCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATA-TATTTTTAATGAGTATTTTACAC-AAAAATTGAGC
196 TTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTT-CGCTAGAAATCGAGG
* * * * *
67462 AAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACAGAAATCGTGTACTAACTATCAC-AGTTT
260 AAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGA-TTT
* * * * ** *
67526 TTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCT-A-TGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCC
324 TCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCC-CGGCTCAGT-TTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCC
* * ** ** ** * *
67589 TTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGCTTTTATGT
387 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGA
* * * * * **
67654 GAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATAT-GAAAAACGTTATTA
452 GCACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TGAAAAAAT-TGGAAAAACAATATTA
* * *** ** ** * * * *
67718 AAAGCGTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTT-CT
515 GAAGCGTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGATGTCGAATCATA-TATTTTTAATGAGTATTTTAC-
* * * * * * ** ** * *
67782 CTATAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAACGTTTTAGTCGAAATCATGTACTAA
578 CCAAAAATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACAAA
* * * *
67847 CCATCATGGTTTTCGGCTAAAA
643 CCATCACGATTTTTGACTAAAA
* * *** * * * ** * * * * *
67869 CCGCGTTACAGGGCC-TGGCTCAGTTTTTCTTGATTTTTGGTGCCAAAAATCCTTGAAATATCTA
1 ACGCGTTCCAGGGCCACAACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTACTTGAAATATCTT
* **
67933 TATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTT
66 TATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
67981 GGTGCTAAGA
Statistics
Matches: 2986, Mismatches: 272, Indels: 197
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
600 23 0.01
601 200 0.07
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665 120 0.04
666 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (664 bp):
ACGCGTTCCAGGGCCACAACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTACTTGAAATATCTT
TATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTGAATCT
TGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
TTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGGA
AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTC
GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGA
AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCAC
CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCG
TTAAAAACCCTTCAATATTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTACCCAAAAAT
TGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACAAACCATCACG
ATTTTTGACTAAAA
Found at i:66864 original size:329 final size:328
Alignment explanation
Indices: 65907--67980 Score: 2166
Period size: 329 Copynumber: 6.3 Consensus size: 328
65897 ATCGTGTAAA
* * * ** * *
65907 GGCCACAGCTCTGTTTTACATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAT
1 GGCCACAGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA-
*** * ** * * **
65972 TTAAAAT-TCAGGCA-TTTGGATTTAAGGATTTG---TTATGTGAATTTGAATCTTGTTTCGATT
65 ACCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATT
* * * * * * ** *
66032 CAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATAT-GAAAAACGATATTAAAAGCG-TGAAATTTCTCCAAT
130 TAATTAGAAATTAATT-TG-AAAAAT-TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACTCTTCAAT
* ** * * * * * * *
66095 CCTTTTGACATTGAATTATAGT-TTTTTTATGAGTA-TTTTCGCTAGAAATCGAGGAAAAATATT
192 CTTTTTGATGTCGAATCATA-TATTTTTAATGAGTATTTTTCAC-AAAAATTGA--ACAAATATT
*
66158 TCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAA
253 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAA
*
66223 CCGCGTTACAG
318 CCGCGTTCCAG
* * *
66234 GGCTA-GGCACAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
1 GGCCACAGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
** * ** *
66298 CCAAATCTCAATCTCATTAAATTTAAGGATTTG-TTTTACCAGCACCTGAATCTTGTTTCCATTT
66 CCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTT
*
66362 AATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGG-----CAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTT
131 AATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACTCTTCAATCTTT
* * *
66422 TTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTACACAAAAATTGAGCAAATATGTTTCTGGT
196 TTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTTCACAAAAATTGAACAAATA--TTTCGGGT
66487 CAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGT
259 CAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGT
66552 TCCAG
324 TCCAG
*
66557 GGCCACAACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTG-CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
1 GGCCACAGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
** * *
66621 CCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAAGATTTGTTTTTATGAGCACCTAAATCTTGTTTCGATTT
66 CCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTT
66686 AATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACTCTTCAATCTTT
131 AATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACTCTTCAATCTTT
* *
66751 TTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTTCACAAAAATTGAACTAATACGTTTCGGAT
196 TTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTTCACAAAAATTGAACAAATA--TTTCGGGT
* * * * * *
66816 CAATTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGT
259 CAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGT
66881 TCCAG
324 TCCAG
* * * ** * * *
66886 GGCGACAGCTC-TTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTACTTGAAATATCTTTATTCATCTAA
1 GGCCACAGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
* ** * * * * *
66950 TCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGAATCTAAATCTTGTTTCGATTC
66 CCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * * * * * * * *
67015 AATGATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATTCTCCAATC
131 AATTAGAAATTAATT-TG-AAAAAT-TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACTCTTCAATC
* ** * * * * * * * *
67080 CTTTTGACATTGAATTAAAGT-TTTTTTATGAGTA-TTTTCGCTAGAAATCGAGGAAAAATATTT
193 TTTTTGATGTCGAATCATA-TATTTTTAATGAGTATTTTTCAC-AAAAATTGA--ACAAATATTT
* * **
67143 CAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTAACCATCACAATTTTTCGGCTAAAA
254 CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCAC-GGTTTTCGGCTAAAA
67208 CCGCGTTCCAG
318 CCGCGTTCCAG
** * * * * *
67219 GTTC-GA-CTCAATTTTGCTTGATTTTTTGTGCCAAGACTCCATGAAATATCTATATTCATATAA
1 GGCCACAGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
** * * *
67282 CCAAATCTCAGTAACATTAAATTTAAAGATTTGGTTTTACGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTT
66 CCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * *
67347 AATTAGAATTTAATTTGAAAAATTTGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTT
131 AATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACTCTTCAATCTTT
* *
67412 TTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTACACAAAAATTGAGCAAATATATTTCGGGT
196 TTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTTCACAAAAATTGAAC-AA-ATATTTCGGGT
* * * * * * *
67477 CAATTTTTGCAAAATTTTAACAGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
259 CAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGT
67542 TCCAG
324 TCCAG
* ** * *
67547 GGCCACAGCT-ATGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTA
1 GGCCACAGCTCA-GTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
* ** * * * *
67611 ATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGCTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATT
65 ACCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATT
* * * ** * * **
67676 CAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATAT-GAAAAACGTTATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTTCAAT
130 TAATTAGAAATTAATT-TG-AAAAAT-TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACTCTTCAAT
* ** * * * * * * * *
67740 CCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCTC-TATAAATCGAGGAAAAATATT
192 CTTTTTGATGTCGAATCATA-TATTTTTAATGAGTATTTT-TCACAAAAATTGA--ACAAATATT
** * *
67804 TCGGGTCAATTTTTGCAACGTTTTAGTCGAAATCATGTACTAACCATCATGGTTTTCGGCTAAAA
253 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAA
*
67869 CCGCGTTACAG
318 CCGCGTTCCAG
** * * *
67880 GGCC-TGGCTCAGTTTTTCTTGATTTTTGGTGCCAAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
1 GGCCACAGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
67944 CCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTT
66 CCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTT
67981 GGTGCTAAGA
Statistics
Matches: 1447, Mismatches: 258, Indels: 79
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
321 5 0.00
322 13 0.01
323 186 0.13
324 81 0.06
325 4 0.00
326 54 0.04
327 26 0.02
328 45 0.03
329 412 0.28
330 124 0.09
331 17 0.01
332 350 0.24
333 122 0.08
334 8 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (328 bp):
GGCCACAGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
CCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTT
AATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACTCTTCAATCTTT
TTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTTCACAAAAATTGAACAAATATTTCGGGTCA
ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTC
CAG
Found at i:67850 original size:662 final size:657
Alignment explanation
Indices: 66015--67980 Score: 2555
Period size: 661 Copynumber: 3.0 Consensus size: 657
66005 TATGTGAATT
* * * * * *
66015 TGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCG
1 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TG-AAAAATTTGAAAAACAATATTAGAAGCG
* ** * * ** * * * * *
66080 -TGAAATTTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGT-TTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAA
64 TTAAAAACTCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATA-TATTTTTAATGAGTATTTTCAC-AAAAA
* * * * * *
66143 TCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCAC
127 TTGAGCAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
* * * * * ** *
66208 GGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTACAGGGCTAGGCA-C-A-GTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAG
192 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCA--CAGCTATGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAG
* * ** * **
66270 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCTCATTAAATTTAAGGATTTGTTTT
255 ACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
*** * * * * * * **
66335 ACCAGCACCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATT-TG-AAAAAT-TG-GCAA--TAT
320 ATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGTAT
* * ** * ** * * * *
66394 TAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATA-TATTTTTAATGAGTATTTTA
385 TAAAAGCGTGAAAAATTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTT-
* * * * *
66458 CAC-AAAAATTGAGCAAATATGTTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACT
449 CACTAAAAATCGAGGAAAAATATTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CGAAATCATGTACT
*
66522 AACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCACAACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
513 AACCATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCA-GG-CACGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
*
66587 TG-CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCACATTAAATTTAAAGAT
576 TGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAAATTTAAAGAT
* *
66651 TTGTTTTTATGAGCACC
641 TTGGTTTTACGAGCACC
* *
66668 TAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTT
1 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATTTGAAAAACAATATTAGAAGCGTT
66733 AAAAACTCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTTCACAAAAATTG
66 AAAAACTCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTA-TTTTCACAAAAATTG
* * ** * * *
66798 AACTAATACGTTTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGT
130 AGCAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* * * *
66863 TTTTGACTAAAAACGCGTTCCAGGGCGACAGCTCT-TTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTAC
195 TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCC
66927 TTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGT
260 TTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTTTATGT
* *
66992 GAATCTAAATCTTGTTTCGATTCAATGATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAAACGATATTA
324 GAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATG-AAAAACG-TATTA
* * *
67057 AAAGCGTGAAAAATTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTAAAG-TTTTTTTATGAGTATTTTCGC
387 AAAGCGTGAAAAATTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCAC
*
67121 TAGAAATCGAGGAAAAATATTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTAAC
452 TAAAAATCGAGGAAAAATATTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC-GAAATCATGTACTAAC
** ** * *
67186 CATCACAATTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGTTCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTTGTGCC
516 CATCAC-GGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGCACGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCC
* * *
67251 AAGACTCCATGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGTAACATTAAATTTAAAGATTTGG
580 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAAATTTAAAGATTTGG
67316 TTTTACGAGCACC
645 TTTTACGAGCACC
*
67329 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTTGAAAAATTTGAAAAACAATATTAGAAGCGTT
1 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATTTGAAAAACAATATTAGAAGCGTT
*
67394 AAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTACACAAAAATTG
66 AAAAACTCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTT-CACAAAAATTG
* * *
67459 AGCAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACAGAAATCGTGTACTAACTATCACAGT
130 AGCAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
67524 TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCC
195 TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCC
67589 TTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGCTTTTATGT
260 TTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTTTATGT
67654 GAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGTTATTAA
324 GAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACG-TATTAA
* *
67719 AAGCGTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCTCT
388 AAGCGTGAAAAATTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCACT
* * **
67784 ATAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAACGTTTTAGTCGAAATCATGTACTAACC
453 AAAAATCGAGGAAAAATATTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CGAAATCATGTACTAACC
* * * *
67849 ATCATGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTACAGGGC-CTGGCTCAGTTTTTCTTGATTTTTGGTGCC
517 ATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCA-GGCAC-GACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCC
* * * *
67913 AAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGGATTT-G
580 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAAATTTAAAGATTTGG
67977 TTTT
645 TTTT
67981 GGTGCTAAGA
Statistics
Matches: 1145, Mismatches: 142, Indels: 44
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
650 2 0.00
651 26 0.02
652 195 0.17
653 72 0.06
654 1 0.00
655 6 0.01
656 2 0.00
658 2 0.00
660 31 0.03
661 477 0.42
662 330 0.29
663 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (657 bp):
TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATTTGAAAAACAATATTAGAAGCGTT
AAAAACTCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTCACAAAAATTGA
GCAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
TTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCT
TGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTATGTGA
ATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGTATTAAAAG
CGTGAAAAATTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCACTAAA
AATCGAGGAAAAATATTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCGAAATCATGTACTAACCATCA
CGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGCACGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACT
CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAAATTTAAAGATTTGGTTTTAC
GAGCACC
Found at i:68356 original size:404 final size:407
Alignment explanation
Indices: 67582--68385 Score: 963
Period size: 404 Copynumber: 2.0 Consensus size: 407
67572 TTTGGCACCG
* * * * * * ** * *
67582 AGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGCT
1 AGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAGAACATTAAATATAAAGATTTGCT
* * * * *
67647 TTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACG
66 TTTACGAGAACCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACA
* *** * * *
67712 TTATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTAT
131 ATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCCTTTTGACATCGAATTATAGTATTTTTAATGAGTAT
* * * ** **
67777 TTTCTCTATAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAACGTTTTAGTCGAAATCATGT
196 TTTCACTAAAAATCGAGCAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGT
* * ** * *
67842 ACTAACCATCATGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTACAGGGCCTGGCTCAGTTTTTCTTGATTTTT
261 ACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTACAGGGCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
**
67907 GGTGCCAAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGG
326 GGCACCAAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGG
67972 ATTTG-TTTTGGTGCTA
391 ATTTGCTTTTGGTGCTA
* *
67988 AGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATAACATTAAATATAAAGATTTGGT
1 AGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAGAACATTAAATATAAAGATTTGCT
* * * * * *
68053 TTTACGAGCACCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATT-TG-AAAATTTTGAAAAACA
66 TTTACGAGAACCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACA
* * * **
68116 ATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATTATA-TATTTTTAATGAGTAT
131 ATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCCTTTTGACATCGAATTATAGTATTTTTAATGAGTAT
* * * *
68180 TTTACAC-AAAAATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTG
196 TTT-CACTAAAAATCGAGCAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATG
* * *
68244 TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCAGGGCCACAGCT-ATGTTTTGCATGATT
260 TACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTACAGGGCC-CAGCTCA-GTTTTGCATGATT
* * * * * **
68308 TTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTA
323 TTTGGCACCAAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTAAATTTA
68373 AGGATTTGCTTTT
388 AGGATTTGCTTTT
68386 ATGTGAATCT
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 64, Indels: 9
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
403 103 0.31
404 131 0.40
405 5 0.02
406 91 0.28
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (407 bp):
AGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAGAACATTAAATATAAAGATTTGCT
TTTACGAGAACCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACA
ATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCCTTTTGACATCGAATTATAGTATTTTTAATGAGTAT
TTTCACTAAAAATCGAGCAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGT
ACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTACAGGGCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
GGCACCAAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTAAATTTAAGG
ATTTGCTTTTGGTGCTA
Found at i:68661 original size:736 final size:736
Alignment explanation
Indices: 67241--68716 Score: 2720
Period size: 736 Copynumber: 2.0 Consensus size: 736
67231 TTTGCTTGAT
* * * *
67241 TTTTTGTGCCAAGACTCCATGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGTAACATTAAATTT
1 TTTTGGTGCCAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAATAACATTAAATAT
*
67306 AAAGATTTGGTTTTACGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTTGAAAAATT
66 AAAGATTTGGTTTTACGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATT
67371 TGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTA
131 TGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTA
67436 ATGAGTATTTTACACAAAAATTGAGCAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACAGA
196 ATGAGTATTTTACACAAAAATTGAGCAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACAGA
*
67501 AATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGC
261 AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGC
67566 ATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTG
326 ATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTG
67631 GATTTAAGGATTTGCTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGA
391 GATTTAAGGATTTGCTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGA
67696 AAAAATATGAAAAACGTTATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAG
456 AAAAATATGAAAAACGTTATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAG
* * **
67761 TTTTTTTTATGAGTATTTTCTCTATAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAACGTT
521 TTTTTTTTATGAGTAGTTTCGCTATAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
*
67826 TTAGTCGAAATCATGTACTAACCATCATGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTACAGGGCCTGGCTCA
586 TTAGTCGAAATCATGTACTAACCATCATGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTACAGGGCCCGGCTCA
*
67891 GTTTTTCTTGATTTTTGGTGCCAAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGG
651 GTTTTTCTTGATTTTTGGTGCCAAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
*
67956 CACATTAAATTTAAGGATTTG
716 CACATTAAATTTAAGAATTTG
* *
67977 TTTTGGTGCTAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATAACATTAAATAT
1 TTTTGGTGCCAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAATAACATTAAATAT
* *
68042 AAAGATTTGGTTTTACGAGCACCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATTTGAAAATTT
66 AAAGATTTGGTTTTACGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATT
*
68107 TGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATTATATATTTTTA
131 TGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTA
* *
68172 ATGAGTATTTTACACAAAAATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGA
196 ATGAGTATTTTACACAAAAATTGAGCAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACAGA
* *
68237 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGC
261 AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGC
68302 ATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTG
326 ATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTG
*
68367 GATTTAAGGATTTGCTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCATA
391 GATTTAAGGATTTGCTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGA
68432 AAAAATATGAAAAACGTTATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAG
456 AAAAATATGAAAAACGTTATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAG
68497 TTTTTTTTATG-GATAGTTTCGCTATAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
521 TTTTTTTTATGAG-TAGTTTCGCTATAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
68561 TTTAGTCGAAATCATGTACTAACCATCATGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTACAGGGCCCGGCTC
585 TTTAGTCGAAATCATGTACTAACCATCATGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTACAGGGCCCGGCTC
*
68626 TGTTTTTCTTGATTTTTGGTGCCAAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
650 AGTTTTTCTTGATTTTTGGTGCCAAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
68691 CCACATTAAATTTAAGAATTTG
715 CCACATTAAATTTAAGAATTTG
68713 TTTT
1 TTTT
68717 TACGAGTATC
Statistics
Matches: 715, Mismatches: 24, Indels: 2
0.96 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
735 1 0.00
736 714 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (736 bp):
TTTTGGTGCCAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAATAACATTAAATAT
AAAGATTTGGTTTTACGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATT
TGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTA
ATGAGTATTTTACACAAAAATTGAGCAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACAGA
AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGC
ATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTG
GATTTAAGGATTTGCTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGA
AAAAATATGAAAAACGTTATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAG
TTTTTTTTATGAGTAGTTTCGCTATAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
TTAGTCGAAATCATGTACTAACCATCATGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTACAGGGCCCGGCTCA
GTTTTTCTTGATTTTTGGTGCCAAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
CACATTAAATTTAAGAATTTG
Found at i:68687 original size:332 final size:327
Alignment explanation
Indices: 67998--68964 Score: 1170
Period size: 332 Copynumber: 2.9 Consensus size: 327
67988 AGACTCCATA
*** * * * *
67998 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATAACATTAAATATAAAGATTTGGTTTTACGAGCA
1 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGAA
* * * *
68063 CCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATTTGAAAATTTTGAAAAACAATATTAGAAGCG
66 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAA-ATTGAAAAACAATATTAAAAGCG
*
68128 TTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATTATATATTTTTAATGAGTATTTTACACAAAAAT
130 -TGAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATTATATATTTTTAATGAGTATTTT-CACAAAAAT
68193 TGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
193 TGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* * * * *
68258 GTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACT
258 GTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAAAAT
68323 CCTTG
323 CCTTG
* * * ** * *
68328 AAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGCTTTTATGTGAA
1 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGAA
* * * **
68393 TCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCATAAAAAATATGAAAAACGTTATTAAAAG
66 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT--TGAAAAAT-TGAAAAACAATATTAAAAG
** * ** * * * * * *
68458 CGTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATG-GATAGTTTCGCTAT
128 CGTGAAAA-CCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATTATA-TATTTTTAATGAG-TATTTTCAC-AA
* * * * ** *
68522 AAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCATGTACTAACCAT
189 AAATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCAT
* * * * * * * **
68587 CATGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTACAGGGCC-CGGCTCTGTTTTTCTTGATTTTTGGTGCCAA
254 CACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAA
68651 AAATCCTTG
319 AAATCCTTG
* * *
68660 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGTA
1 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGAA
68725 TCAT-AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAAG
66 TC-TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATT-GAAAAACAATATTA-AAAG
*
68789 -GTTGAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTAATGAGTATTTTTCACAAAA
128 CG-TGAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATTATATATTTTTAATGAGTA-TTTTCACAAAA
* *
68853 ATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTATTAAACATCA
191 ATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCA
* * *
68918 CGATTTTTC-GCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTCTATTTTGCA
256 CG-GTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGCA
68965 ATTTTTCAAG
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 99, Indels: 30
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 92 0.18
330 147 0.28
331 16 0.03
332 166 0.32
333 102 0.20
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (327 bp):
AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGAA
TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGAAAAACAATATTAAAAGCGT
GAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATTATATATTTTTAATGAGTATTTTCACAAAAATTGA
GCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
TTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTATGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAAAATCCT
TG
Done.