Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01015445.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15478, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 711

Length: 1186
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.35


Found at i:1022 original size:333 final size:332

Alignment explanation


    Indices: 2--1186  Score: 1780
    Period size: 332  Copynumber: 3.6  Consensus size: 332

          1 A

                          *                 *                             *  
          2 TATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAAATCTTATGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCG
          1 TATGACTATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAACCTTATGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG

              *                                         *          *         
         67 AATTCGTGTACTTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTT
         66 AAATCGTGTAC-TAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGACTCAGTTTT

              *          *                 *                                 
        132 GCCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAACATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAA
        130 GCATGATATTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAA

                     *                                                       
        197 TGGTCTTGATGATTTGCTTTTACGAGCATTTATATTTTCTTTCGATATAATTAATAATTAATTCA
        195 TGGTCTTGAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTATATTTTCTTTCGATATAATTAATAATTAATTCA

                                                                             
        262 GAAAATATAGG-AAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
        260 GAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT

                    
        326 ATACTCCT
        325 ATACTCCT

                 *    *      *                   *            **          *  
        334 TATGAGTATTTTGGCTAGAAAATGAGGAAAAACCTTAAGGGTCAATTTTTATAAAATTTTAGTCG
          1 TATGACTATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAACCTTATGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG

                *        *      *         *     *                            
        399 AAATTGTGTACTATCCATCATAGTTTTTGGTTAAAATCGCGTTACGGGGCCCCGACTCAGTTTTG
         66 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGACTCAGTTTTG

                  *       *                                                  
        464 CATGATTTTTTGCGACAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAAT
        131 CATGATATTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAAT

              *            *               *                     *           
        529 GGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATTTTCTTTCGATATAATTAAAAATTAATTCAG
        196 GGTCTTGAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTATATTTTCTTTCGATATAATTAATAATTAATTCAG

                                  *           *           *       ** *       
        594 AAAATATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAACG-CTCTTCAATATTTTTGGTGTCGAATTAT
        261 AAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCT-TTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT

               *   *
        658 ATATTCCA
        325 ATACTCCT

                          * *               *                       *        
        666 TATGACTATTGTGGTTCAAAAATGAGGAAAAATCTTATGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTAGCCG
          1 TATGACTATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAACCTTATGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG

            *                                          *    *     *    *     
        731 GAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTG
         66 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGACTCAGTTTTG

             *          *                                                    
        796 CCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAAT
        131 CATGATATTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAAT

                                                                             
        861 GGTCTTGAGGATTTTGCTTTTACGAGCATTTATATTTTCTTTCGATATAATTAATAATTAATTCA
        196 GGTCTTGAGGA-TTTGCTTTTACGAGCATTTATATTTTCTTTCGATATAATTAATAATTAATTCA

                                                                             
        926 GAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
        260 GAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT

                    
        991 ATACTCCT
        325 ATACTCCT

                 *    *                    *     * *           *             
        999 TATGAGTATTTTGGCTAAAAAATGAGGAAAACCCTTACGTGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCG
          1 TATGACTATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAACCTTATGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG

                                      *             *                        
       1064 AAATCGTGTACTATCTATCCATCACAATTTTTGGCTAAAATCGCGTTACGGGGCCCCGACTCAGT
         66 AAATCGTGTACTA---A-CCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGACTCAGT

                      *                    *                          
       1129 TTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGGAATATCTATATTAATCTAACCAAATC
        127 TTTGCATGATATTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATC


Statistics
Matches: 753,  Mismatches: 92, Indels: 11
        0.88            0.11        0.01

Matches are distributed among these distances:
 331  180  0.24
 332  296  0.39
 333  179  0.24
 334    2  0.00
 336    1  0.00
 337   95  0.13

ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.35


Consensus pattern (332 bp):   
TATGACTATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAAACCTTATGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGACTCAGTTTTG
CATGATATTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAAT
GGTCTTGAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTATATTTTCTTTCGATATAATTAATAATTAATTCAG
AAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATA
TACTCCT
Done.