Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015446.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15479, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2203
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Found at i:607 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--2203 Score: 3277
Period size: 332 Copynumber: 6.7 Consensus size: 332
* * *
1 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATAATAGAAGCGTGAAACG-CT
1 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCT
* *
65 CTTCAATCTTTTTGGTGTCGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAA
66 -TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAA
* *
130 ATCTT-ATGGTCAATTTTTGCAAAAATTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGG
130 ATCTTAAGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGG
* * * ** * *
194 CTAAAAACGTGTTCCAGCACCCCGGCTCAATTTTGCCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAA
194 CTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAA
* * *
259 CATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGTCTTGATGATTTGCTTTTACGAGCATTT
259 TATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGCTTTTACGAGCATTT
324 AAATTTTCT
324 AAATTTTCT
333 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCT
1 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCT
* * * * * *
398 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTCCTTATGAGTATTTTGGCTAGAAAATGAGGAAAAA
66 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAAA
* *
463 CCTTAAGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACAGTTTTTGGCT
131 TCTTAAGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCT
* * *
528 AAAATCGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGCCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAATA
196 AAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAATA
* *
593 TCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGTCTTGAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTAT
261 TCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTAA
658 ATTTTCT
326 ATTTTCT
* * *
665 TTCGATATAATTAATAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAGGCT
1 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCT
* * * * *
729 CTTCAATCTTTTTGGTGTCGAATTATATTTTCCATATGACTATTGTGGTTAAAGAATGAAGAAAA
66 -TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAA
* ***
794 ATCTTATGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC--G---------TCACAGTTTTTTTT
130 ATCTTAAGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGC
* * **
848 TAAAA-CGCGTTACGGGGCCCCGGCTCAGTTTAACCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAAT
195 TAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAAT
*
912 ATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTA
260 ATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTA
977 AATTTTCT
325 AATTTTCT
*
985 TTCGATATAATTAATAATTAATTCTA-AAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCC
1 TTCGATATAATTAAAAATTAATTC-AGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCC
* * * * *
1049 TTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGTGGCTAAAAAATGAGGAAAA
65 TTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAA
** * * * * *
1114 ATCTTACA-TTTCAATTTTTACAAAATTTTATCCGAAATCGTGTATTATCCATCACAGTTTTTAG
130 ATCTTA-AGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGG
* * *
1178 CTAAAATCGCGTTAC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGAGT-TTTTGTGCCAATATTCCTTGAA
194 CTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCCTGA-TATTTTGTGCCAATAATCCTTGAA
* *
1241 ATATC--TA-T-ATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAACATT
258 ATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGCTTTTACGAGCATT
1302 TAAATTTTCT
323 TAAATTTTCT
* * * * *
1312 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGGAAAACGATAATAGAAGCGTGGAACG-CT
1 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCT
* *
1376 CTTCAATCTTTTTGGTGTCGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAA
66 -TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAA
* *
1441 ATCTTATGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGC
130 ATCTTAAGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGC
*
1506 TAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAAT
195 TAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAAT
* *
1571 ATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGTCTTGATGATTTGCTTTTACGAGCATTTA
260 ATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTA
*
1636 TATTTTCT
325 AATTTTCT
*
1644 TTCGATATAATTAATAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCT
1 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCT
* * * * * *
1709 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTCCTTATGAGTATTTTGGCTAAGAAATGAGGAAAAA
66 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAAA
* * *
1774 CCTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACAGTTTTTGGCT
131 TCTTAAGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCT
* * * *
1839 AAAATCGCGTTACGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAATAATCCTTGAAATA
196 AAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAATA
* *
1904 TCTATATTAATCTAACCTAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAA
261 TCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTAA
1969 ATTTTCT
326 ATTTTCT
*
1976 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAATCCT
1 TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCT
*
2041 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAAA
66 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAAA
* *
2106 CCTTAATGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGC
131 TCTTAA-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGC
2171 TAAAA-CGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTG
195 TAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTG
Statistics
Matches: 1698, Mismatches: 143, Indels: 60
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
320 265 0.16
321 23 0.01
322 1 0.00
326 3 0.00
327 243 0.14
328 50 0.03
329 2 0.00
330 3 0.00
331 69 0.04
332 948 0.56
333 91 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (332 bp):
TTCGATATAATTAAAAATTAATTCAGAAAATATAGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCCT
TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCCATATGACTATTGTGGTTAAAAAATGAGGAAAAA
TCTTAAGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCT
AAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCCTGATATTTTGTGCCAATAATCCTTGAAATA
TCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACAATGGACTTGAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTAA
ATTTTCT
Done.