Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015447.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15480, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10312
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Found at i:1137 original size:331 final size:329
Alignment explanation
Indices: 112--1465 Score: 1290
Period size: 330 Copynumber: 4.1 Consensus size: 329
102 GTTACAGGGG
*
112 CTGAATCTTGTTTCGATTCAATT-GTAAATTAATTCAGAAGAAATATGAAAAACGATATTAAAAG
1 CTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAG-AAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAG
* *
176 CGTGAGAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCCTTAGA
65 CGTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAG-TTTTTTTATGAGTATTTTCC-TAAA
** * *
241 AATCGAGGAAAAATATTTTTGGTCGATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATC
128 AATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTAACCATC
* *
306 ACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTAAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCTAAG
193 ACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGACTAA-TTTTTGCTTGATTTTTGGTGCAAAG
* * * *
371 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCACGTTAAATTTAAGGATTTATTTT
257 ACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-AGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTT
*
436 TACGAGCAC
321 TACGAGCAT
* * * * *
445 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TG-AAAAATTTGAAAAACAATATTAGAAGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGC
* *** * * * * *
508 GTTAAAAACCCTTCAAT-CTTTTTA-ATGTCGAATCATA-TATATTTAATGAGTATTTTACCCAA
66 GTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACAT-T-GAATTATAGT-TTTTTTATGAGTATTTT-CCTAA
* * * * * * * *
570 AAATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAACTTTAACTGAAATCGTGTAGTAACCAT
127 AAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTAACCAT
* * * * * ** **
635 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGGGCCACAACT-ATGTTTTGCATGATTTTTGGAACCG
192 CACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCC-CGACTAAT-TTTTGCTTGATTTTTGGTGCAA
* * * * * **
699 AGACT-TCTTGAAATATATTTATTCATCTAATCAAATTTCATGGACATTGGATTTAAGGATTTGT
255 AGACTCT-TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-GCACATTAAATTTAAGGATTTGT
* * *
763 TTTTATGTGAAT
318 TTTTACGAGCAT
* * *
775 CTGAATCTTGTTTCGATTCACTTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGTTATTAAAAGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGC
* *
840 GTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTATGAGTATTTTCGCTATAAA
66 GTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTATGAGTATTTTC-CTAAAAA
* *
905 TCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTTGAAATCATGTACTAACCATCAT
130 TCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTAACCATCAC
* * * * *
970 AGTTTTCGGCTAAAACCACGTTACAGGGCCCGACTCAATTTTT-CTTGATTTTTGGTGCAAAAAA
195 GGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGACT-AATTTTTGCTTGATTTTTGGTGCAAAGAC
1034 TCTTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTA
259 TCTTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTA
1099 CGAGCAT
323 CGAGCAT
* * * *
1106 CTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATT-TG-AAAAAT-TGGAAAAACAATATTAGAAA
1 CTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT-GAAAAACGATATTA-AAA
* * * * ** * * *
1168 TG-TTAAAAAG-CCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATA-TATTTTTTATGAGTATTTTACCAA
64 -GCGTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGT-TTTTTTATGAGTATTTT-CCTA
* * * * * * * * *
1230 AAAATTGA-GAACATATGTTTCGGTTCAATTTTTGCTAAATTTTAACCGAAATCGTGT-CTTAAT
126 AAAATCGAGGAA-AAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTAC-TAAC
* *** * * * * * * *
1293 CATCACAGTTTTTATCTAAAAACACGTTCCAGGGCCACAGCGCT--GTTTTCCATGATTTTTGGC
189 CATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCC-C-G-ACTAATTTTTGCTTGATTTTTGGT
* ** * * * ** **
1356 ACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCATTTTGGATTTAAGGATT
251 GCAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-GCACATTAAATTTAAGGATT
* *
1421 TGTTTTTA-TATGAAT
315 TGTTTTTACGA-GCAT
* *
1436 CTGAATCTTATTTCGATTCAATTATAAATT
1 CTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATT
1466 TTTTTTACGA
Statistics
Matches: 826, Mismatches: 163, Indels: 67
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
328 6 0.01
329 144 0.17
330 325 0.39
331 158 0.19
332 149 0.18
333 41 0.05
334 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (329 bp):
CTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGC
GTGAAAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTATGAGTATTTTCCTAAAAAT
CGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTAACCATCACG
GTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGACTAATTTTTGCTTGATTTTTGGTGCAAAGACTC
TTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
GCAT
Found at i:1374 original size:661 final size:662
Alignment explanation
Indices: 112--1465 Score: 2099
Period size: 661 Copynumber: 2.0 Consensus size: 662
102 GTTACAGGGG
* *
112 CTGAATCTTGTTTCGATTCAATTGTAAATTAATTCAGAAGAAATATGAAAAACGATATTAAAAGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGC
* *
177 GTGAGAAGTTCTTCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCCTTAGAA
66 GTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCCTTAGAA
** *
242 ATCGAGGAAAAATATTTTTGGTCGATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCA
131 ATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCA
* * * * * *
307 CGGTTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTAAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCTAAGA
196 CAGTTTTCGGCTAAAACCACGTTACAGGGCCCGACTAAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCAAAAA
* * *
372 CTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAATCACGTTAAATTTAAGGATTTATTTTT
261 ATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTT
* *
437 ACGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATTTGAAAAACAATATT
326 ACGAGCACCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGGAAAAACAATATT
*
502 AGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTAATGTCGAATCATATATATTTAATGAGTATTTTACC
391 AGAAACGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTAATGTCGAATCATATATATTTAATGAGTATTTTACC
* *
567 CAAAAATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAACTTTAACTGAAATCGTGTAGTAAC
456 AAAAAATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAACTTTAACCGAAATCGTGTAGTAAC
* * * * *
632 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGGGCCACAACTATGTTTTGCATGATTTTTGGAAC
521 CATCACAGTTTTTAGCTAAAAACACATTCCAGGGCCACAACGATGTTTTCCATGATTTTTGGAAC
* *
697 CGAGACTTCTTGAAATATATTTATTCATCTAATCAAATTTCATGGACA-TTGGATTTAAGGATTT
586 CGAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCTAATCAAATCTCA-GG-CATTTGGATTTAAGGATTT
*
761 GTTTTTATGTGAAT
649 GTTTTTATATGAAT
* *
775 CTGAATCTTGTTTCGATTCACTTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGTTATTAAAAGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGC
*
840 GTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAG-TTTTTTTATGAGTATTTTCGC-TATA
66 GTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTC-CTTAGA
**
903 AATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTTGAAATCATGTACTAACCATC
130 AATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATC
*
968 ATAGTTTTCGGCTAAAACCACGTTACAGGGCCCGACTCAA-TTTTT-CTTGATTTTTGGTGCAAA
195 ACAGTTTTCGGCTAAAACCACGTTACAGGGCCCGACT-AAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCAAA
* * *
1031 AAATCTTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTT
259 AAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTAAATTTAAGGATTTATTT
*
1096 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGGAAAAACAATA
324 TTACGAGCACCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGGAAAAACAATA
* * * * *
1161 TTAGAAATGTTAAAAAGCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTA
389 TTAGAAACGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTAATGTCGAATCATATATATTTAATGAGTATTTTA
* * * **
1226 CCAAAAAATTGAG-AACATATGTTTCGGTTCAATTTTTGCTAAATTTTAACCGAAATCGTGTCTT
454 CCAAAAAATTGAGCAA-ATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAACTTTAACCGAAATCGTGTAGT
* * * * *
1290 AATCATCACAGTTTTTATCTAAAAACACGTTCCAGGGCCACAGCGCTGTTTTCCATGATTTTTGG
518 AACCATCACAGTTTTTAGCTAAAAACACATTCCAGGGCCACAACGATGTTTTCCATGATTTTTGG
* *
1355 CACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCATTTTGGATTTAAGGAT
583 AACCGAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCA-TTTGGATTTAAGGAT
1420 TTGTTTTTATATGAAT
647 TTGTTTTTATATGAAT
*
1436 CTGAATCTTATTTCGATTCAATTATAAATT
1 CTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATT
1466 TTTTTTACGA
Statistics
Matches: 628, Mismatches: 58, Indels: 12
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
659 2 0.00
660 4 0.01
661 403 0.64
662 119 0.19
663 100 0.16
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (662 bp):
CTGAATCTTGTTTCGATTCAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGC
GTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTTGACATTGAATTATAGTTTTTTTTATGAGTATTTTCCTTAGAA
ATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCA
CAGTTTTCGGCTAAAACCACGTTACAGGGCCCGACTAAGTTTTTGCTTGATTTTTGGTGCAAAAA
ATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTAAATTTAAGGATTTATTTTT
ACGAGCACCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATTGGAAAAACAATATT
AGAAACGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTAATGTCGAATCATATATATTTAATGAGTATTTTACC
AAAAAATTGAGCAAATATGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAACTTTAACCGAAATCGTGTAGTAAC
CATCACAGTTTTTAGCTAAAAACACATTCCAGGGCCACAACGATGTTTTCCATGATTTTTGGAAC
CGAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCATTTGGATTTAAGGATTTGT
TTTTATATGAAT
Found at i:2336 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 2306--2357 Score: 104
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
2296 GAGTATCTAA
2306 AATCATCAAAATTTACTGTGCTATATT
1 AATCATCAAAATTTACTGTGCTATATT
2333 AATCATCAAAATTTACTGTGCTATA
1 AATCATCAAAATTTACTGTGCTATA
2358 AGAATAATAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 25 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (27 bp):
AATCATCAAAATTTACTGTGCTATATT
Found at i:2991 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 2941--3211 Score: 257
Period size: 30 Copynumber: 8.8 Consensus size: 30
2931 GGTCATTATA
*
2941 ATGCCATGTGAAC-A-AGACCTAAAGCTAT
1 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTAT
* *
2969 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAATCAAT
1 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTAT
* * *
2999 ATGCTATGTTAATGATAGACCTAAATCTAT
1 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTAT
* * * *
3029 ATGCAATCTAAAACTATAGACCTAAAGCTAT
1 ATGCCATGT-TAACGATAGACCTAAAGCTAT
3060 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTAT
1 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTAT
* *
3090 ATGCCACGTTAACAATAGACCTAAAGCTAAAGCTAT
1 ATGCCATGTTAACGATAGA-C-----CTAAAGCTAT
3126 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAATTGAACTAT
1 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAA--G--CTAT
*
3160 ATG-C-T-ATAACGATAGACCTAAAGCTAT
1 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTAT
* *
3187 ATGACATGTAAACGGA-AGACCTAAA
1 ATGCCATGTTAAC-GATAGACCTAAA
3212 ATGAACTGTA
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 23, Indels: 32
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.03
28 13 0.06
29 3 0.01
30 99 0.49
31 43 0.21
32 2 0.01
33 1 0.00
34 7 0.03
35 1 0.00
36 27 0.13
ACGTcount: A:0.41, C:0.19, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (30 bp):
ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTAT
Found at i:3063 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 2941--3211 Score: 241
Period size: 61 Copynumber: 4.4 Consensus size: 60
2931 GGTCATTATA
* * * * *
2941 ATGCCATGTGAAC-A-AGACCTAAAGCTATATGCCATGTTAACGATAGACCTAAATCAAT
1 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTATATGCCATCTTAACAATAGACCTAAAGCTAT
* * * * * *
2999 ATGCTATGTTAATGATAGACCTAAATCTATATGCAATCTAAAACTATAGACCTAAAGCTAT
1 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTATATGCCATCT-TAACAATAGACCTAAAGCTAT
3060 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTATATGCCA-CGTTAACAATAGACCTAAAGCTAAAGCT
1 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTATATGCCATC-TTAACAATAGA-C-----CTAAAGCT
3124 AT
59 AT
* *
3126 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAATTGAACTATATG-C-T-ATAACGATAGACCTAAAGCTAT
1 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAA--G--CTATATGCCATCTTAACAATAGACCTAAAGCTAT
* *
3187 ATGACATGTAAACGGA-AGACCTAAA
1 ATGCCATGTTAAC-GATAGACCTAAA
3212 ATGAACTGTA
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 20, Indels: 29
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
58 10 0.06
59 1 0.01
60 29 0.16
61 81 0.46
62 2 0.01
66 36 0.20
67 9 0.05
68 1 0.01
69 1 0.01
70 7 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.19, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (60 bp):
ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTATATGCCATCTTAACAATAGACCTAAAGCTAT
Found at i:3181 original size:127 final size:117
Alignment explanation
Indices: 2941--3211 Score: 303
Period size: 127 Copynumber: 2.2 Consensus size: 117
2931 GGTCATTATA
* * * *
2941 ATGCCATGTGAAC-AAGACCTAAAGCTATATGCCATGTTAACGATAGACCTAAATCAATATGCTA
1 ATGCCATGTAAACGAAGACCTAAAGCTATATGCCACGTTAACAATAGACCTAAATCAATATGCCA
* *
3005 TGTTAATGATAGACCTAAATCTATATGCAATCTAAAACTATAGACCTAAAGCTAT
66 TGTTAACGATAGACCTAAATCTATATG--A-CTAAAACGATAGACCTAAAGCTAT
* *
3060 ATGCCATGTTAACGATAGACCTAAAGCTATATGCCACGTTAACAATAGACCTAAAGCTAAAGCTA
1 ATGCCATGTAAACGA-AGACCTAAAGCTATATGCCACGTTAACAATAGACCTAAA--T----CAA
*
3125 TATGCCATGTTAACGATAGACCTAAATTGAACTATATG-CTATAACGATAGACCTAAAGCTAT
59 TATGCCATGTTAACGATAGACCTAAA-T---CTATATGACTAAAACGATAGACCTAAAGCTAT
*
3187 ATGACATGTAAACGGAAGACCTAAA
1 ATGCCATGTAAAC-GAAGACCTAAA
3212 ATGAACTGTA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 10, Indels: 18
0.82 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
119 12 0.09
120 1 0.01
121 37 0.29
123 1 0.01
127 68 0.53
128 3 0.02
131 7 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.19, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (117 bp):
ATGCCATGTAAACGAAGACCTAAAGCTATATGCCACGTTAACAATAGACCTAAATCAATATGCCA
TGTTAACGATAGACCTAAATCTATATGACTAAAACGATAGACCTAAAGCTAT
Found at i:3217 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 3116--3234 Score: 177
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 61
3106 AGACCTAAAG
* * *
3116 CTAAAGCTATATGCCATGTTAACGATAGACCTAAATTGAACTATATGCTATAACGATAGAC
1 CTAAAGCTATATGACATGTAAACGATAGACCTAAAATGAACTATATGCTATAACGATAGAC
* *
3177 CTAAAGCTATATGACATGTAAACGGA-AGACCTAAAATGAACTGTATGCTATAATGATA
1 CTAAAGCTATATGACATGTAAAC-GATAGACCTAAAATGAACTATATGCTATAACGATA
3235 AACCCATGCA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 5, Indels: 2
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
61 50 0.96
62 2 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.16, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (61 bp):
CTAAAGCTATATGACATGTAAACGATAGACCTAAAATGAACTATATGCTATAACGATAGAC
Found at i:7007 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 5035--10304 Score: 4676
Period size: 330 Copynumber: 16.0 Consensus size: 330
5025 ACTATAACGA
* * * * * * * * * *
5035 TTTTTGGCTAAATACACGTTTCGGAGCCCCGTCTCAGTTTTCCATGATTTTTGGCACTAAGACTC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAG-GTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTC
* * ** * * * *
5100 CTTGAAATATTTATATTCATCTAACTAAATCTCAGTTACGTTGGATTTCAGGATTTATTTTTACG
65 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACG
* * * * *
5165 AGCATATGAATCATGTTTCGATTT-AGTCGAAAATTAAATTT-GAAAAAAATAGGAAAAACAATG
130 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AAATT-AATTTCG-AAAAAATAGGAAAAACAATA
* * * * * ** * * ** * * *** *
5228 CTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCAAATATTTAGGATTTGAACTATATAAATTTTATAAATAAAGTG
192 TTAGAAGCGTTAAAAACCCTTC-AATCTTTTTGATGTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTA
** * * * * * *
5293 GCTGAAAATTAAGGCAAA-ATTTTTCGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGGCGAACTCGTGTACT
256 GCCAAAAATTGAGG-AAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
5357 AACCATCACGG
320 AACCATCACGG
* * * * * * ** *
5368 TTTTTGGTTAAAAACGCGTGCCGGGACCTCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGG-AAC-AGATTA
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGTCC-CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGA--C
* * * * * * *
5431 TCATTTAAATATCTCTATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATGGGATTTAAGGATTTGTGTTTA
63 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * * *
5496 CGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAA-TTCGGGAAAAATAAGAAAAAACAAT
128 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTC-GAAAAAAT-AGGAAAAACAAT
* * * * *
5560 ATTAGAAGC-TTGAAAAGCCTCTCAATCTTTTTTAGAT-AGAATTATATATTTCTTATGAGTATC
191 ATTAGAAGCGTTAAAAACCCT-TCAATC-TTTTT-GATGTGAATTATATATTTTTTATGAGTATT
* * * * * * *
5623 GTGGTCC-AAAATTGA-GAAAAATTCTTTCGGGACAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTT
253 TTAG-CCAAAAATTGAGGAAATA-TATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
* * *
5686 TACTAACTATTACGA
316 TACTAACCATCACGG
* * * * *
5701 TTTTTGGCTAACAACGCGTTCCGAAG-CCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCGCCGAGACT
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-AGGTCC-CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACT
* * *
5765 CCTTGAAA-ATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTATTTTAAC
64 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * *
5829 GAGCAT-TGAAGCAT-TTTCGATTTAATCA-AAATTAATTTGGAAAAAAAATAGAAAAAAACAAT
129 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCG--AAAAAATAG-GAAAAACAAT
* * ** * *
5891 GTTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAAT-TTTTTAGGATTTTAATTATATATATATATATTTTATGA
191 ATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTT--GA-TGTGA--AT-TATATAT-T-TTTTATGA
* * * * * *
5955 GCATTGTGGCCAAAAATTGAGGCAAA-ATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGGCGAAAT
248 GTATTTTAGCCAAAAATTGAGG-AAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
6019 CGTGTACTAACCATCACGG
312 CGTGTACTAACCATCACGG
* * * * * * * * *
6038 TTTTTGGTTAAAAACGCATTCCCGGGTCCAGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGC-ACATATTA-
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CCAGGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCA-A-GAC
* * * *
6101 TCATTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAA
63 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * * * *
6166 CGAGCATCTGAAGCAT-TTTCGATTTAATGAGAAATTAATTTGGAAAAATATAGGAAAAACGATA
128 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAA-ATAGGAAAAACAATA
* * * * * *
6230 TTAGAAGCG-TGAAAACCCCTCAATGTTTTTGGCAT-TGAATTATATAATTCTTATGAGTATTGT
192 TTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTT-G-ATGTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT
* * * * * *
6293 GGCCGAAAATTGAGCCAAAAAT-TTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATTGTGTA
255 AGCCAAAAATTGAG-GAAATATATTTCGGGTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
6357 CTAACCATCACGG
318 CTAACCATCACGG
* *** * * * ** * *
6370 TTTTTTGGCTAAAAGCGCAACCCGAGGACTTC-TCTCAGTATTTTTTTTATTTTTGGC-AC-AGA
1 -TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-AGGTC-CCGGCTCAGT-TTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGA
* * * * * * * ** * * *
6432 TTATCGTTGAAACATCTATATTAATCTAATCAAAGCTAAGTAACAATGGATTGAAGGATTTGTTT
62 --CTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTT
* * ** * *
6497 TTACGACCATCTGAATCATGTTTTAATTTAATTAGAAATTAATTCCGGAAAAATAGGAAAAACAA
125 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATAGGAAAAACAA
* * * * * *
6562 AATTAGAAGCG-TGAAAAGCCTCTCAATCTTTTTTTATATTGAATTATATATTTCTTATGAGTAT
190 TATTAGAAGCGTTAAAAACCCT-TCAATC-TTTTTGAT-GTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
** * * * * * * * *
6626 CGTGGACAAAAAGTGAGG-AATATTTTTCTGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCTGAAATCATG
252 TTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATATTTC-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
6690 TACTAACCATCACGG
316 TACTAACCATCACGG
* * *
6705 TTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCC
* * * *
6770 TTGAAATTTCTATATCCATCTAACCAAATCGCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
66 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* * *
6835 GCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATAT-GAAAAAATAGGAGAAACAATATTAG
131 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAG
* *
6899 AAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTTATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCA
196 AAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGT-GAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCA
* * * *
6964 AAAATTGAGGAAATATGTTTTGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCA
260 AAAATTGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
7029 TCACGG
325 TCACGG
* * * ** * * * * *
7035 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTCTAGGGCCACATCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTA
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGTCC-CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTC
* * * * ** * * * * *
7100 CTTCAAATTTCTTTATTGATCTAATAAAATCTCAGACATATTGGATTCAAGGATTT-TTTTTATG
65 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACG
* * * * * * *
7164 TGAATCTAAATCTAGTTTCGATTCAATTAGAAATTAA-TTC-AGAAAAATATGAAAAACGATATT
130 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGA-AAAAATAGGAAAAACAATATT
* * *** * ** ** *
7227 AAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATACTTTTCACAT-TGAATTATAGGTTTCTTATGAGTATTTTCA
194 AGAAGCGTTAAAAACCCTTCAAT-CTTTT-TGATGTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT-A
* * * * *
7291 -CTAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAG-C-----C--G----A
256 GCCAAAAATTGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
7343 A--ATCACGG
321 ACCATCACGG
* * * * * *
7351 TTTTTGGCTAAAACCGCGTACCAGGAT-CTGGCTCAGATTTGATTGATTTTTGGTGCCAAGACTC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGG-TCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTC
* *
7415 CTTGAAATATCTAT-TTCCATCTAACCAAATCTTAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTAC
65 CTTGAAATATCTATATT-CATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTAC
*
7479 GAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-GAAAAAATAGGAAAAA-AATATT
129 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATAGGAAAAACAATATT
* * *
7542 TGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTCGC
194 AGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGT-GAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGC
* * * *
7607 CAAAAATTAAGGAAATATGTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTCA-CCGAAATCGTGTATTAA
258 CAAAAATTGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT-AGCCGAAATCGTGTACTAA
7671 CCATCACGG
322 CCATCACGG
* * * * * **
7680 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTCTGTTTT-TTATGATTTTTGGCACTGAGACT
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGTCC-CGGCTCAGTTTTGCT-TGATTTTTGGCGCCAAGACT
* * * * ** * * *
7744 CCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGACACAGTGGGTTGAA-GA-AT-TTTTTAT
64 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * * * * * *
7806 GTGGACCTGAATCTTTTTTCGATTCAATTAGAAATTGA-TTCAGAAAAAATATGTAAAACGATAT
129 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTC-GAAAAAATAGGAAAAACAATAT
* * * * * ** *
7870 TAAAAGCG-TGAAAACTTCTCCAATCCTTTTGACAATGAATTATA-GTTTTTTATGAGTATTTT-
193 TAGAAGCGTTAAAAAC-CCTTCAATCTTTTTGA-TGTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTA
* * *
7932 -CACAAGAAATCGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAC
256 GC-CAA-AAATTGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
7996 TAACCATCACGG
319 TAACCATCACGG
* * * * * * *
8008 TTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCTCAGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGTCAAGACTCC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCC
* *** *
8073 TTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCGTGTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
66 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
8138 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-GAAAAAATAGGAAAAACAATATTAG
131 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAG
*
8202 AAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCA
196 AAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGT-GAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCA
* * *
8267 AATATTGAAGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCA
260 AAAATTGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
8332 TCACGG
325 TCACGG
* * * * * * *
8338 TGTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGTCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCA-GGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTC
* * * * * * *
8403 CTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAA-AATTTTTTTTTATG
65 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACG
* * * * *
8467 TGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAA-TTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATT
130 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTC-GAAAAAATAGGAAAAACAATATT
* * *** * * *
8531 AAAAGCGTGAAAAGTACTCCAAATCCTTTTGACAGTGAATTATAGGT-TTTTTTATGAGTATTTT
194 AGAAGCGTTAAAAACCCTTC-AATCTTTTTGA-TGTGAATTATA--TATTTTTTATGAGTATTTT
* * * * * *
8595 CGCTAGAAATCGAGGATAA-ATATTTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAC
255 AGCCAAAAATTGAGGA-AATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
*
8659 TTACCATCACGG
319 TAACCATCACGG
* * * * *
8671 TTTTCGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCCAGACTCC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCC
* *
8736 TTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
66 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
8801 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-GAAAAAATAGGAAAAACAATATTAG
131 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAG
*
8865 AAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCA
196 AAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGT-GAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCA
* * *
8930 AAAATTGAGGAAATATATTTCAGGTCAATTTTTGCCAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCA
260 AAAATTGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
8995 TCACGG
325 TCACGG
* * * * * *
9001 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGTCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCA-GGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTC
* * * * * *
9066 CTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAACCTCAGGCACATTGGATTTTAA--ATTTG-TTTTAT
65 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATT-GAATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * * * * *
9128 GTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAGTTTA-TTCAGAAAAAACATGAAAAACGATAT
129 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTC-GAAAAAATAGGAAAAACAATAT
* * *** * * * * *
9192 TAAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAAATAC-TTTTGACAGTGAATTGT-TGTTTTTTTTGTAAGTATT
193 TAGAAGCGTTAAAAACCCTTC-AAT-CTTTTTGA-TGTGAATTATATATTTTTTATG--AGTATT
* * * ** * * * *
9255 TTCGCTAGAAATCAAGAAAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTA
253 TTAGCCAAAAATTGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
*
9320 CTCACCATCACGG
318 CTAACCATCACGG
** * * * *
9333 TTTCCGGCT-AAAACTGCGTTCCAAGG-CCCGGCTCAGTTTTACTTGATTTTTTGTGCCAGGACT
1 TTTTTGGCTAAAAAC-GCGTTCC-AGGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACT
* * * * *
9396 CCTTGAAATATCTATATTTATTTAACCAAATCTTAGCCACGTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTAC
64 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTAC
**
9461 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-GAAAAAATTTGAAAAACAATATT
129 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATAGGAAAAACAATATT
* * *
9525 AGAAGCGTTAAAAATCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTATTATGAGTATTTTAGC
194 AGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGT-GAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGC
* * *
9590 CAAATATTGAAGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAAC
258 CAAAAATTGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
*
9655 CATCACAG
323 CATCACGG
* * * * * *
9663 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGTCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCA-GGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTC
* * * * * *******
9728 TTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAATTCTCA-CGCACATTGGATTTTAA--AAAAAAAATTA
65 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC-CACATT-GAATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * * * * * * * **
9790 TGTGAATCCGAATCATGTTTCGA-TCAATTAGAAATTAA-ATCAGAAAAAATATGAAAAATGATA
128 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTC-GAAAAAATAGGAAAAACAATA
* * *** * * *
9853 TTAAAAGCGTGAAAAGTACTCCAAATCCTTTTGACAGTGAATTATAGGT-TTTTTTATGAGTATT
192 TTAGAAGCGTTAAAAACCCTTC-AATCTTTTTGA-TGTGAATTATA--TATTTTTTATGAGTATT
* * * ** * * ** * *
9917 TTCGCTAGAAATCAAGAAAAAATATTTCGGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTA
253 TTAGCCAAAAATTGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
** *
9982 CTTGCAAT-A---
318 CTAACCATCACGG
* * * * * * * *
9991 -TTTCGGCTTAAACCGCGTTCTAGGGCCTGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTGTGCCAAGACTCC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCC
* * * *
10055 TTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCATATTAAATTTAAGGACTTGTTTTTACGA
66 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* *
10120 GCATTTGAATCTTGTTTCGA-TTAATTAAAAATTAATTT-GAAAAAATAGGAAAAACAATATTAG
131 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAG
* * *
10183 AAGTGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATA-TTTTTATGAGTATTGTAGCC-
196 AAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGT-GAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCA
* * *
10246 AAAATTGAGGAAATATATTTCAGGTCAATTTTTGCCAAATTTTAACCGAAATCGTGTAC
260 AAAATTGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
10305 CATCACGG
Statistics
Matches: 3990, Mismatches: 783, Indels: 339
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
313 2 0.00
314 8 0.00
315 148 0.04
316 82 0.02
317 3 0.00
318 2 0.00
321 1 0.00
322 48 0.01
323 19 0.00
324 3 0.00
325 23 0.01
326 101 0.03
327 161 0.04
328 132 0.03
329 186 0.05
330 826 0.21
331 586 0.15
332 595 0.15
333 501 0.13
334 157 0.04
335 85 0.02
336 54 0.01
337 132 0.03
338 95 0.02
339 28 0.01
340 12 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCC
TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAG
AAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAA
AAATTGAGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
CACGG
Found at i:8804 original size:663 final size:661
Alignment explanation
Indices: 5308--10304 Score: 6099
Period size: 662 Copynumber: 7.6 Consensus size: 661
5298 AAATTAAGGC
* * * * * * *
5308 AAAATTTTTCGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGGCGAACTCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
1 AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTC
* * * * * ** * *
5373 GGTTAAAAACGCGTGCC-GGGACCTCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGG-AAC-AGATTATCAT
66 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGG-CC-CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGA--CTCCT
* * * *** *
5435 TTAAATATCTCTATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATGGGATTTAAGGATTTGTGTTTACGAG
127 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
* * * * *
5500 CATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGGAAAAATAAGAAAAAACAATATTAG
192 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TGAAAAAAT-AGGAAAAACAATATTAG
* * * * * * ** *
5565 AAGC-TTGAAAAGCCTCTCAATCTTTTTTA-GATAGAATTATATATTTCTTATGAGTATCGTGGT
255 AAGCGTTAAAAACCCT-TCAATCTTTTTGATG-TCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAG-
* * * ** *
5628 CCAAAATTG-AGAAAAATTCTTTCGGGACAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTTTACTAA
317 CCAAAATTGAAGAAATA-TATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAA
* * * * * * * * *
5692 CTATTACGATTTTTGGCTAACAACGCGTTCC-GAAGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGC
381 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAG-GGCCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * * *
5756 GCCGAGACTCCTTGAAA-ATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATT
445 ACCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGAATT
* * * * * * * * ** *
5820 TATTTTAACGAGCAT-TGAAGCAT-TTTCGATTTAATCA-AAATTAATTTGGAAAAAAAATAGAA
510 T-TTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT-G--
* * * * * * ** * **
5882 AAAAACAATGTTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAAT-TTTTTAGGA-TTTTAATTATATATATATA
571 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTT--GACAGTGAA-T-TATAGGT-T-
* * * * * * *
5945 TATTTTATGAGCATTGTGGCCAAAAATTGAGGC
630 T-TTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGGA
* * * * *
5978 AAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGGCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
1 AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTC
* * * * * * * * * *
6043 GGTTAAAAACGCATTCCCGGGTCCAGACTTAGTTTTGCATGATTTTT-G-GCACATATTA-TCAT
66 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGC-CA-A-GACTCCT
* ** *
6105 TGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAACGAG
127 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
* * * *
6170 CATCTGAAGCAT-TTTCGATTTAATGAGAAATTAATTTGGAAAAATATAGGAAAAACGATATTAG
192 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-GAAAAA-ATAGGAAAAACAATATTAG
* * * * * * * *
6234 AAGCG-TGAAAACCCCTCAATGTTTTTGGCAT-T-GAATTATATAATTCTTATGAGTATTGTGGC
255 AAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTT-G-ATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGC
* * * *
6296 CGAAAATTG-AGCCAAAAAT-TTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATTGTGTACT
318 C-AAAATTGAAG--AAATATATTTCGGGTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACT
* *** * ** * * *** *
6359 AACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAGCGCAACCCGAGGACTTC-TCTCAGTATTTTTTTTATTTT
379 AACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-AGGGCCACAGCTCTGT-TTTGCATGATTTT
* * * * * * * * ** * *
6423 TGGCACAGATTA-TCGTTGAAACATCTATATTAATCTAATCAAAGCTAAGTAACAATGGATTGAA
441 TGGCACCGA-GACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAA
* * *** * ** * * *
6487 GGATTTGTTTTTACGACCATCTGAATCATGTTTTAATTTAATTAGAAATTAATTCCGGAAAAATA
505 GAATTT-TTTTTATGTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
* * * * * * * * *
6552 GGAAAAACAAAATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTCTCAATCTTTTTTTATATTGAATTATA--TATT
569 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTC-CAATC-CTTTTGACAGTGAATTATAGGT-TT
* ** * *
6614 TCTTATGAGTATCGTGGAC-AAAAAGT-GAGG-
631 TTTTATGAGTATTTTCG-CTAGAAA-TCGAGGA
* * * * *
6644 AATATTTTTCTGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTT
1 AAAATATTTC-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTT
*
6709 CGGCTAAAACCGCGTTCCAGGTCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGA
65 CGGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGA
* * *
6774 AATTTCTATATCCATCTAACCAAATCGCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
130 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
* * *
6839 CTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATATGAAAAAATAGGAGAAACAATATTAGAAGCG
195 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCG
*
6904 TTAAAAACCCTTCAATCTTTTTTATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAAT
260 TTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCC-AAAAT
* * * *
6969 TGAGGAAATATGTTTTGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
324 TGAAGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* * *
7034 GTTTTTGCCTAAAAACGCGTTCTAGGGCCACATCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACT
389 GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACT
* * * * * * * * *
7099 ACTTCAAATTTCTTTATTGATCTAATAAAATCTCAGACATATTGGATTCAAGGATTTTTTTTATG
454 CCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGAATTTTTTTTATG
* *
7164 TGAATCTAAATCTAGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAACGATATTA
519 TGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTA
* * * * *
7228 AAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATACTTTTCACATTGAATTATAGG-TTTCTTATGAGTATTTTCAC
584 AAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTTGACAGTGAATTATAGGTTTTTTTATGAGTATTTTCGC
7292 TAGAAATCGAGGA
649 TAGAAATCGAGGA
* *
7305 AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAG-C-----C--G----AA--ATCACGGTTTTT
1 AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTC
* ** * * *
7356 GGCTAAAACCGCGTACCAGGATCTGGCTCAGATTTGATTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAA
66 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAA
*
7421 ATATCTAT-TTCCATCTAACCAAATCTTAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
131 ATATCTATATT-CATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
* *
7485 TTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAA-AATATTTGAAGCG
195 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCG
*
7549 TTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTCGCCAAAAAT
260 TTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCC-AAAAT
* * * *
7614 T-AAGGAAATATGTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTCACCGAAATCGTGTATTAACCATCAC
324 TGAA-GAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
** *
7678 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTCTGTTTTTTATGATTTTTGGCACTGAGAC
388 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGAC
* * * *
7743 TCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGACACAGTGGGTTGAAGAA--TTTTTTAT
453 TCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGAATTTTTTTTAT
* * * * *
7806 GTGGACCTGAATCTTTTTTCGATTCAATTAGAAATTGATTCAGAAAAAATATGTAAAACGATATT
518 GTGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATT
* * *
7871 AAAAGCGTGAAAACTTCTCCAATCCTTTTGACAATGAATTATA-G-TTTTTTATGAGTATTTTCA
583 AAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTTGACAGTGAATTATAGGTTTTTTTATGAGTATTTTCG
*
7934 CAAGAAATCGAGGA
648 CTAGAAATCGAGGA
7948 AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTC
1 AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTC
* * *
8013 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCTCAGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGTCAAGACTCCTTGAA
66 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAA
* ***
8078 ATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCGTGTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
131 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
8143 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGT
196 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGT
8208 TAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAATATT
261 TAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAA-ATT
8273 GAAGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
325 GAAGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* *
8338 TGTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGTCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTC
390 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTC
8403 CTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAA-AATTTTTTTTTATG
455 CTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGAA-TTTTTTTTATG
8467 TGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTA
519 TGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTA
*
8532 AAAGCGTGAAAAGTACTCCAAATCCTTTTGACAGTGAATTATAGGTTTTTTTATGAGTATTTTCG
584 AAAGCGTGAAAAGTTCTCC-AATCCTTTTGACAGTGAATTATAGGTTTTTTTATGAGTATTTTCG
8597 CTAGAAATCGAGGA
648 CTAGAAATCGAGGA
* * *
8611 TAAATATTTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTTACCATCACGGTTTTC
1 AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTC
*
8676 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCCAGACTCCTTGAA
66 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAA
*
8741 ATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
131 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
8806 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGT
196 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGT
8871 TAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT
261 TAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCC-AAAATT
* * *
8936 GAGGAAATATATTTCAGGTCAATTTTTGCCAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
325 GAAGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
*
9001 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGTCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTC
390 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTC
* * *
9066 CTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAACCTCAGGCACATTGGATTTTA-AATTTGTTTTATGT
455 CTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGAATTTTTTTTATGT
* * *
9130 GAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAGTTTATTCAGAAAAAACATGAAAAACGATATTAA
520 GAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAA
* * * * * *
9195 AAGCGTGAAAAGTTCTCCAAATACTTTTGACAGTGAATTGTTGTTTTTTTTGTAAGTATTTTCGC
585 AAGCGTGAAAAGTTCTCC-AATCCTTTTGACAGTGAATTATAGGTTTTTTTATGAGTATTTTCGC
* *
9260 TAGAAATCAAGAA
649 TAGAAATCGAGGA
* * *
9273 AAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTCACCATCACGGTTTCC
1 AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTC
* * * * *
9338 GGCTAAAACTGCGTTCCAAGGCCCGGCTCAGTTTTACTTGATTTTTTGTGCCAGGACTCCTTGAA
66 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAA
* * * *
9403 ATATCTATATTTATTTAACCAAATCTTAGCCACGTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
131 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
**
9468 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATTTGAAAAACAATATTAGAAGCGT
196 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGT
* *
9533 TAAAAATCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTATTATGAGTATTTTAGCCAAATATT
261 TAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAA-ATT
*
9598 GAAGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG
325 GAAGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
*
9663 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGTCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTC
390 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTC
* * * ******
9728 TTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAATTCTCACGCACATTGGATTTTAA-AAAAAAAATTATG
455 CTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGA-TTTAAGAATTTTTTTTATG
* * * *
9792 TGAATCCGAATCATGTTTCGA-TCAATTAGAAATTAAATCAGAAAAAATATGAAAAATGATATTA
519 TGAATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTA
*
9856 AAAGCGTGAAAAGTACTCCAAATCCTTTTGACAGTGAATTATAGGTTTTTTTATGAGTATTTTCG
584 AAAGCGTGAAAAGTTCTCC-AATCCTTTTGACAGTGAATTATAGGTTTTTTTATGAGTATTTTCG
* *
9921 CTAGAAATCAAGAA
648 CTAGAAATCGAGGA
** * ** *
9935 AAAATATTTCGGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTTGCAAT-A----TTTC
1 AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTC
* * * *
9995 GGCTTAAACCGCGTTCTAGGGCCTGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTGTGCCAAGACTCCTTGAA
66 GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAA
* * * *
10060 ATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCATATTAAATTTAAGGACTTGTTTTTACGAGCATT
131 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
* *
10125 TGAATCTTGTTTCGA-TTAATTAAAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGTGT
196 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGT
*
10189 TAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATA-TTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAATTG
261 TAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTG
* * *
10253 AGGAAATATATTTCAGGTCAATTTTTGCCAAATTTTAACCGAAATCGTGTAC
326 AAGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTAC
10305 CATCACGG
Statistics
Matches: 3852, Mismatches: 397, Indels: 172
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
643 110 0.03
644 61 0.02
645 238 0.06
646 175 0.05
648 2 0.00
649 1 0.00
651 1 0.00
652 1 0.00
654 54 0.01
655 23 0.01
656 81 0.02
657 313 0.08
658 239 0.06
659 4 0.00
660 146 0.04
661 69 0.02
662 814 0.21
663 613 0.16
664 27 0.01
665 68 0.02
666 168 0.04
667 116 0.03
668 61 0.02
669 96 0.02
670 204 0.05
671 38 0.01
672 84 0.02
673 12 0.00
674 17 0.00
675 16 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (661 bp):
AAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTC
GGCTAAAACCGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAA
ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGT
TAAAAACCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTG
AAGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCC
TTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGAATTTTTTTTATGTG
AATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAA
AGCGTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTTGACAGTGAATTATAGGTTTTTTTATGAGTATTTTCGCTA
GAAATCGAGGA
Done.