Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015456.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15489, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:1505 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--3167 Score: 3353
Period size: 333 Copynumber: 9.5 Consensus size: 330
* * ** * *
1 CCAATATGACTGAGATAAGGTCAGATTAGTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCCAAAATCA
1 CCAATCTGACAGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCA
* * * * * *
66 TGCAAAACTGAGCCGGAGCGCCGG-ACTCATTTTTAGCAAAAAACCGAGATGGTTATTACACAAT
66 TGCAAAACTGAGCGGGAGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGAT
* *
130 TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAGCCGAAAAGTTTTTTCCTTAATATTCGGCCACAATACTC
130 TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAA-ATTTTTCCTTAATATTCGGCCACAATACTC
* * * ** * *
195 GTAAAAAATATATAATTCAACGCCGAAATGATTGAAGGGCTTTTCATACTTCTAATATCGTTTCT
194 GTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTT
* * *
260 CCTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAAAGATTCTAATGCTC-TTAAAAACAAA
259 CC-TATTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTT-AAAACAAA
*
324 TCATTAAAT
322 TCCTTAAAT
* * * * *
333 CCAATCTAACTGAAATTTGGTCAGATAAATATAGATATTTC-AGGAAGTCTTGGTGGCCAAAATC
1 CCAATCTGACAGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATATTTCAAGG-AGTCTTGGTGCCCAAAATC
* * *
397 ATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCTGAAGCGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGTTGGTTATTACACGA
65 ATGCAAAACTGAGCGGGAGCCCGGAA-CGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGA
* * *
462 TTT-GGACTAAAATTTTGCAAAAACTGAGCC-AAAATTTTTTTTCCCTTAATATTCGACCACAAT
129 TTTCGG-CTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAA--ATTTTT-CCTTAATATTCGGCCACAAT
* * * * *
525 ACTCGT-AAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGAGTTTTTCACGTTTATAATATCGT
190 ACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCAT
* * *
589 TTTCCCT-TTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGTTGCTCGTTAAAAC-
255 TTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTTAAAACA
652 AATCCTTAAAT
320 AATCCTTAAAT
* * *
663 CCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCCAAAATCA
1 CCAATCTGACAGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCA
* * * * * *
728 TGCAAAACTGTGCCGGGACCCCGGAAAGCGTTTTTAGCCACAAATCGTGATGATTATTACACGAT
66 TGCAAAACTGAG-CGGGAGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGAT
* * * * * *
793 TTCGGCTAAAATTTTTTGTAAAAACTGACTCAAAAAAATTTTCCTCAATATTCGGCCACAATAGT
130 TTCGGCTAAAA--TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTTAATATTCGGCCACAATACT
* * * *
858 CGTAAAAAATATATTATTTAACGCCAAAAAGATTGAAG-GCTTTTCACGCTTTTAATATCATTCT
193 CGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTT
* * * * * * * * *
922 TCATATTTTTTACGGATT-GTTTCTAACAAAATCGAAACAAGATTTTAATGCTCGTAAAAACCAA
258 TCCTA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTTAAAACAAA
*
986 TCTTTAAAT
322 TCCTTAAAT
* * * * * * *
995 CCAATTTGACTA-AGATTTGTTCATATTAAAATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGTCTAAAGTC
1 CCAATCTGAC-AGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATC
* * * * * *
1059 ATACAAAACTGAGTCGGG-GCCCAGAATGCATTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGA
65 ATGCAAAACTGAG-CGGGAGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGA
* * * *
1123 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCC-AAAATTTTTTTCCTTAATATTTGGCAACAATAC
129 TTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAACTGACCCGAAAA-ATTTTTCCTTAATATTCGGCCACAATAC
* * * *
1187 TTGTAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAGGATGGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
192 TCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
*
1252 TTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAACAAGATTCTGATTCTCGTTAAAACAA
257 TTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCG-AAACAAGATTCTGATGCTCGTTAAAACAA
1317 ATCCTTAAAT
321 ATCCTTAAAT
** * ** *
1327 CCAATCTGACAGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATATTTCAAAAAGTATTGACGCCCAAAGTCA
1 CCAATCTGACAGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCA
* * *
1392 TGCAAAACTGTGTCGGGATCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGAT
66 TGCAAAACTGAG-CGGGAGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGAT
* * * *
1457 TTCGGCTAATATTTAGGAAAAAAATGACCCGAAAAAATTTACCTTAATATTCGGGAAAATATTTA
130 TTCGGCTAAAATTT-TGCAAAAACTGACCCG-----A---A----AA-A-T--------T-TTT-
* * * *
1522 CCTTAATATTCGGCTACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATGGATGAGCT
170 CCTTAATATTCGGCCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCT
* ** * *
1587 TTTCAC-CTTTCTAATAACATTTTTCCTATTATTTCTAAATTAATTTCTAA-AATAATAGTAACA
235 TTTCACGC-TTCTAATATCATTTTTCCTATT-TTTCCGAATTAATTTCTAATAA-AATCGAAACA
* *
1650 GGATTCTAATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAAT
297 AGATTCTGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * *
1684 CCAGTCCGACAGAGATTTGGTCAGATTAATGTAGATATTTCATGGAGTATTGGTGCCCAAAATCA
1 CCAATCTGACAGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCA
* ** ** * *
1749 TGCAAAACT-ATGCCGGGACCCCGGATGGCGTTTTTAGCCAAAAACATTGATAGTTATTACATGA
66 TGCAAAACTGA-G-CGGGAGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGA
* * * * *
1813 TTTCGACTAAAATTTGGCAAAAACTGACTCGAAAAATTTTTACTCAATATTCGAG-CACAATACT
129 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTTAATATTCG-GCCACAATACT
* * * * **
1877 CATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTT
193 CGTAAAAAATATATAATTCAACGC-CAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
* *
1942 TTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAAAAAAGTCGAAACAAGATTCTGATGCTC-TTAAAAAC
257 TTCCTA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAA-TCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTT-AAAAC
2006 AAATCCTTAAAT
319 AAATCCTTAAAT
* *
2018 CCAATCTGACTA-AGATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTGGTGGCCCAAAA-
1 CCAATCTGAC-AGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGT-GCCCAAAAT
* ** * * ** * *
2081 AATGCAAAACTGAGCCAGAGCCCAGAAACGCGTTTTTAGACAAAAATTGTGAAGGTTTTTACACG
64 CATGCAAAACTGAGCGGGAGCCC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACG
* * * *
2146 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGAGCC-AAAATTTTTTTCCTTAATATTCGGCAACAATAC
128 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAA-ATTTTTCCTTAATATTCGGCCACAATAC
* * * * * * * *
2210 TTGTTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCCAATATC-GTT
192 TCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
* *
2274 TT--T-TTTTT-CGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGAAGCTCGTTAAAACAAG
257 TTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTTAAAACAAA
2335 TCCTTAAAT
322 TCCTTAAAT
** * * * *
2344 CCAATCTGACTTAGATTTTGTTAGATTAATATTGATATTTCAAGGAGTCTTGGCT-CCAAAAATC
1 CCAATCTGACAGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGG-TGCCCAAAATC
* * *
2408 ATGCAAAACTGTGCCGGGA-CCTCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACGCG
65 ATGCAAAACTGAG-CGGGAGCC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACG
* * * *
2472 ACTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAAAATTTTTCCTTAAAATTCGAG-CACAATAC
128 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTTAATATTCG-GCCACAATAC
* * * * * *
2536 TCGTAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAATATGGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATTATTT
192 TCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
* * * *
2601 TTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTTTAATAAAATCGAAAGAAGATTCTAATGCTCG-TAAAAGCA
257 TTCCTA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTTAAAA-CA
2665 AATCCTTAAAT
320 AATCCTTAAAT
* * * * * *
2676 CCAATCAGACTGAGATTTGGCCAGATGAAAATAGATATCTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCA
1 CCAATCTGACAGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCA
* * * * * *
2741 TGTAAAAATGAGCCGGAACCCTGGAACGCGTTTTTAACAAAAAACCGTGATGGTTATTACACGAT
66 TGCAAAACTGAGCGGGAGCCC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGAT
* * * * * *
2806 TTTGGCT-AAATTTTTCAAAAAAAATGACCCGAAACATTTTTCATTAATATTTGGCCACAATACT
130 TTCGGCTAAAATTTTGC--AAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTTAATATTCGGCCACAATACT
* * * *
2870 TG-AATAAAATATAAAATTTAACGCCAAAAAGA-TGAAAGAGCATTTCACGCTTCTAATATCATT
193 CGTAA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT
*
2933 TTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATTCTCGTTAAAACA
256 TTTCCTA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTTAAAACA
2998 AATCCTTAAAT
320 AATCCTTAAAT
* * *
3009 CCAATCTGACTA-AGCTTTGGT-TGAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAAT
1 CCAATCTGAC-AGAGATTTGGTCAG-ATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAAT
** * * * ** *
3072 CAACCAAAACTGTGCCGGGACCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGGATATTTACAC
64 CATGCAAAACTGAG-CGGGAGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-TTACAC
*
3137 GATTTCGGTTAAAAATTTTTGCAAAAACTGA
127 GATTTCGGCT-AAAA-TTTTGCAAAAACTGA
3168 AACATAATTT
Statistics
Matches: 2380, Mismatches: 357, Indels: 193
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
325 6 0.00
326 231 0.10
327 34 0.01
328 5 0.00
329 10 0.00
330 241 0.10
331 258 0.11
332 490 0.21
333 535 0.22
334 248 0.10
335 18 0.01
336 3 0.00
337 5 0.00
339 1 0.00
342 2 0.00
343 1 0.00
344 2 0.00
346 3 0.00
347 1 0.00
348 1 0.00
351 1 0.00
355 1 0.00
356 17 0.01
357 245 0.10
358 21 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (330 bp):
CCAATCTGACAGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCA
TGCAAAACTGAGCGGGAGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATT
TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTTAATATTCGGCCACAATACTCGT
AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
TATTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTTAAAACAAATCCT
TAAAT
Found at i:1515 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1487--1534 Score: 87
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
1477 AAAATGACCC
1487 GAAAAAATTTACCTTAATATTCGG
1 GAAAAAATTTACCTTAATATTCGG
*
1511 GAAAATATTTACCTTAATATTCGG
1 GAAAAAATTTACCTTAATATTCGG
1535 CTACAATACT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 23 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (24 bp):
GAAAAAATTTACCTTAATATTCGG
Found at i:4263 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 3178--5007 Score: 2294
Period size: 331 Copynumber: 5.5 Consensus size: 330
3168 AACATAATTT
* * *
3178 TGATGCTCGTGAAAAAATGAATCC-TAAATCCAA-CTTGACTGAGATTTGGTTAGATTAATATAG
1 TGATGCTCGTTAAAACA--AATCCTTAAATCCAATC-TGACTGAGATTTGGTCAGATTAATATAG
* *
3241 ATATTTCAAGGAGACTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCAGAACGCGTTTT
63 ATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGCCCCGGAACGCGTTTT
* * * * * * * *
3306 TAGCAAAAAACCGCGATGGTTATTAAATGATATCGGCT-TAATTTTGCAAAAAAATGACCCAAAT
127 TAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAAATGACCGAAAA
* * * *
3370 TTTTTTTCTTAATATTTGGCCACATTACTTGTAAAAAATATATAATTCAAC-ACCAAAAGGATGG
191 ATTTTTCCTTAATATTTGGCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAAGATGG
* *
3434 AAAAGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCG
255 AAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCG
3499 AAACAAGATTC
320 AAACAAGATTC
* * * * *
3510 TGATTCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTAACAGGGATTTGGTTAGATTAATATAGATA
1 TGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATA
* ** * * * *
3575 TTTCAAGGAGTATTGGCACCCAAAGTCATGCAAAACTGTGCCGGGACCCCGGAATGCATTTTTAG
66 TTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG-CCCCGGAACGCGTTTTTAG
* * * *
3640 CCAAAAACCGTGATAGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGCAAAAAA-AACCCAAAAATTT
130 CCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCGAAAAATTT
* * *
3704 TTCCTTAATATTCGGCCACAATAAC-CGTAAATAATATATAATTCAAC-ACCAAAAAGATGGAAG
195 TTCCTTAATATTTGGCCACAAT-ACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAAGATGGAAG
* **
3767 AGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTT-TAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAA
258 AGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAA
3831 CAAGATTC
323 CAAGATTC
*
3839 TGATGCTC-TTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATATAGAT
1 TGATGCTCGTT-AAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATATAGAT
* * **
3903 ATGTCAAGAAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCCATGGAACGCGTTTTTA
65 ATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG-GCCCCGGAACGCGTTTTTA
* *
3968 GGCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACTCGAAAAAT
129 GCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGAC-CGAAAAAT
*
4033 TTTTCCTTAATATTTGGCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGATGGAAA
193 TTTTCCTTAATATTTGGCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGATGGAAG
*
4098 AGCTTTTCACGCTTGTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAA
258 AGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAA
4163 CAAGATTC
323 CAAGATTC
* * * *
4171 TGATGCTCGTTAAAACAAATCATTAAATCCAATCTGACTTAGATTTGGTCATATTAATATTGATA
1 TGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATA
* * ** *
4236 TTTCAAGGAGTCTTGGCT-CCCAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGACTTCGGAACGCATTTTTA
66 TTTCAAGGAGTCTTGG-TGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG-CCCCGGAACGCGTTTTTA
* * * *
4300 GCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGACTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAAAAT
129 GCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGA-CCGAAAAAT
* * ** * * * *
4365 TTTTCCTCAATATTCGAG-CACAATACTCCTAAAAAATATATAATTTAACGCCAACAATATGGAA
193 TTTTCCTTAATATTTG-GCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGATGGAA
* * ** * * *
4429 GGGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTACCTATTTTTTCCAAATTAATTTTTAATAAAATCGAA
257 GAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
*
4494 AGAAGATTC
322 ACAAGATTC
* * *
4503 TGATGCTCG-TAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATCAGACTGAGATTTGGTCAGATGAA-AGTCGA
1 TGATGCTCGTTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATA-TAGA
* * * * *
4566 TATCT-AGAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAAATGAGCCAGAGCACCGGAACGC-ATTT
64 TATTTCA-AGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGCCCCGGAACGCGTTTT
* *
4629 TAGCAAAAAACCGTGATGGTTATCACACGATTTCGGCT-AAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAA
127 TAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAAATGA-CCGAAA
** ** * *
4693 AATTTTTCCTTAATATTTGGTAACAATACTTGTGTAAAATAAATAATTCAACGTCAAAAAGATGG
190 AATTTTTCCTTAATATTTGGCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGATGG
* * * *
4758 AAGAGCATTTT-ACGCTTCTAATATTATTTTTCCTAATTTTCCCGAATTAATTT-TCATTAAAAT
255 AAGAGC-TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCT-AATAAAAT
4821 CGAAACAAGATTC
318 CGAAACAAGATTC
* *
4834 TGATTCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATGAATATAGATA
1 TGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATA
* ** *
4899 TTTCAAGGAGTCTTTGTGCCCAAAATCAACCAAAACT-ATGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTA
66 TTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGA-GCCGGG-CCCCGGAACGCGTTTTTA
** ** *
4963 GCCAAAAACATTGATGAATATTTACATGATTTCGGCTAAAATTTT
129 GCCAAAAACCGTGATGGTTA-TTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
5008 TTTGCAAAAA
Statistics
Matches: 1299, Mismatches: 165, Indels: 66
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
328 2 0.00
329 187 0.14
330 126 0.10
331 492 0.38
332 464 0.36
333 21 0.02
334 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (330 bp):
TGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATA
TTTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGC
CAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCGAAAAATTTT
TCCTTAATATTTGGCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGATGGAAGAGC
TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAA
GATTC
Found at i:4807 original size:663 final size:660
Alignment explanation
Indices: 3178--5007 Score: 2576
Period size: 663 Copynumber: 2.8 Consensus size: 660
3168 AACATAATTT
*
3178 TGATGCTCGTGAAAAA-ATGAATCC-TAAATCCAA-CTTGACTGAGATTTGGTTAGATTAATATA
1 TGATGCTCGT-AAAAACA--AATCCTTAAATCCAATC-TGACTGAGATTTGGTCAGATTAATATA
* * * *
3240 GATATTTCAAGGAGACTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCAGAACGCGTTT
62 GATATCTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAG-CCCGGAACGCGTTT
* * * * *
3305 TTAGCAAAAAACCGCGATGGTTATTAAATGATATCGGCTTAATTTTGCAAAAAAATGACCC-AAA
126 TTAGCAAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAA
** * * *
3369 TTTTTTTTCTTAATATTTGGCCACATTACTTGTAAAAAATATATAATTCAAC-ACCAAAAGGATG
191 AATTTTTCCTTAATATTTGGCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAAGATG
*
3433 GAAAAGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATC
255 GAAAAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATC
* * * *
3498 GAAACAAGATTCTGATTCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTAACAGGGATTTGGTTAGA
320 GAAACAAGATTCTGATTCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGA
* * * *
3563 TTAATATAGATATTTCAAGGAGTATTGGCACCCAAAGTCATGCAAAACTGTGCCGGGACCCCGGA
385 TTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCTCCCAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGACCCCGGA
* *
3628 ATGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-AGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGCAAAAAAA
450 ACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGA-TTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAA
* * *
3692 ACCCAAAAATTTTTCCTTAATATTCGGCCACAATAACCGTAAATAATATATAATTCAACACCAAA
514 ACCCAAAAATTTTTCCTCAATATTCGGCCACAATAACCCTAAAAAATATATAATTCAACACCAAA
* *
3757 AAGATGGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTAAATTAATTTCTAATA
579 AAGATGGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAATA
3822 AAATCGAAACAAGATTC
644 AAATCGAAACAAGATTC
* *
3839 TGATGCTCTTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATA
1 TGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATA
* * *
3904 TGTCAAGAAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCCATGGAACGCGTTTTTAG
66 TCTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCC-CGGAACGCGTTTTTA-
* *
3969 GC-AAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAAATGACTCGAAAAA
129 GCAAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCT-AAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAAAA
4032 TTTTTCCTTAATATTTGGCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGATGGAA
193 TTTTTCCTTAATATTTGGCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGATGGAA
*
4097 AAGCTTTTCACGCTTGTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
258 AAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
* * * *
4162 ACAAGATTCTGATGCTCGTTAAAACAAATCATTAAATCCAATCTGACTTAGATTTGGTCATATTA
323 ACAAGATTCTGATTCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTA
* **
4227 ATATTGATATTTCAAGGAGTCTTGGCTCCCAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGACTTCGGAACG
388 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCTCCCAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGACCCCGGAACG
* *
4292 CATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGACTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACC
453 CATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA-AAACC
* * *
4357 CGAAAAATTTTTCCTCAATATTCGAG-CACAAT-ACTCCTAAAAAATATATAATTTAACGCCAAC
517 C-AAAAATTTTTCCTCAATATTCG-GCCACAATAAC-CCTAAAAAATATATAATTCAACACCAAA
* * * * *
4420 AATATGGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTACCTATTTTTTCCAAATTAATTTTTAAT
579 AAGATGGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTT-CAAATTAATTTCTAAT
*
4485 AAAATCGAAAGAAGATTC
643 AAAATCGAAACAAGATTC
* * * *
4503 TGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATCAGACTGAGATTTGGTCAGATGAA-AGTCGAT
1 TGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATA-TAGAT
* * *
4567 ATCT-AGAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAAATGAGCCAGAGCACCGGAACGC-ATTTT
65 ATCTCA-AGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGC-CCGGAACGCGTTTTT
*
4630 AGCAAAAAACCGTGATGGTTATCACACGATTTCGGCTAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAAAA
128 AGCAAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAAAA
** ** * *
4695 TTTTTCCTTAATATTTGGTAACAATACTTGTGTAAAATAAATAATTCAACGTCAAAAAGATGGAA
193 TTTTTCCTTAATATTTGGCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGATGGAA
* * * * *
4760 GAGCATTTT-ACGCTTCTAATATTATTTTTCCTAATTTTCCCGAATTAATTT-TCATTAAAATCG
258 AAGC-TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCT-AATAAAATCG
4823 AAACAAGATTCTGATTCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGAT
321 AAACAAGATTCTGATTCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGAT
* * ** *
4888 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTG-TGCCCAAAATCAACCAAAACTATGTCGGGACCCCGGA
386 TAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCT-CCCAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGACCCCGGA
* ** * *
4952 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACATTGATGAATATTTACATGATTTCGGCTAAAATTTT
450 ACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTA-TTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
5008 TTTGCAAAAA
Statistics
Matches: 1046, Mismatches: 100, Indels: 43
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
659 7 0.01
660 138 0.13
661 316 0.30
662 22 0.02
663 399 0.38
664 163 0.16
665 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (660 bp):
TGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATATAGATA
TCTCAAGGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCGGAACGCGTTTTTAGC
AAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAAAATTT
TTCCTTAATATTTGGCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGATGGAAAAG
CTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACA
AGATTCTGATTCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGACTGAGATTTGGTCAGATTAATA
TAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCTCCCAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGACCCCGGAACGCAT
TTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAAACCCAAA
AATTTTTCCTCAATATTCGGCCACAATAACCCTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATGG
AAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAATAAAATCGA
AACAAGATTC
Done.