Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015468.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15501, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 9--262 Score: 376
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1 CATTTAAG
*
9 AAATAAATTTAAAAAATTCTTATATATATAAGTTTTTTAATTAAAATATTAAAATGGTAAAAATA
1 AAATAAATTTAAAAAATTCTTATATATATAAGTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGT---AATA
* *
74 AAATAGGTATAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAATAAAACTGTA
63 AAATA-GTATAAAGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAATAAAACTATA
139 A
127 A
*
140 AAATATATTTAAAAAATTC-TA-ATATATAAGTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGT-A-AAAA
1 AAATAAATTTAAAAAATTCTTATATATATAAGTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAATAAAA
* *
201 T-G-ATAAAGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTGAAACTATAA
66 TAGTATAAAGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAATAAAACTATAA
261 AA
1 AA
263 GTTTAAACAA
Statistics
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121 56 0.48
122 1 0.01
124 5 0.04
125 1 0.01
129 34 0.29
130 2 0.02
131 18 0.15
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AAATAAATTTAAAAAATTCTTATATATATAAGTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAATAAAA
TAGTATAAAGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAATAAAACTATAA
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4662 AATAATTATG
4672 TTTAGATTATAATATA
1 TTTA-ATTATAATATA
4688 TTTAATTATAATATA
1 TTTAATTATAATATA
4703 TTTAATTATAATATTA
1 TTTAATTATAATA-TA
*
4719 TTTATTTATAAT
1 TTTAATTATAAT
4731 CATGAAACTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 2
0.93 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 24 0.59
16 17 0.41
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Consensus pattern (15 bp):
TTTAATTATAATATA
Found at i:4728 original size:31 final size:31
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Indices: 4663--4730 Score: 93
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
4653 TTTACTTCTA
*
4663 ATAATTATGTTTAGATTATAATATATTTAATT
1 ATAA-TATATTTAGATTATAATATATTTAATT
*
4695 ATAATATATTTA-ATTATAATATTATTTATTT
1 ATAATATATTTAGATTATAATA-TATTTAATT
4726 ATAAT
1 ATAAT
4731 CATGAAACTT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 3
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
30 9 0.27
31 20 0.61
32 4 0.12
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.03, T:0.54
Consensus pattern (31 bp):
ATAATATATTTAGATTATAATATATTTAATT
Found at i:6090 original size:332 final size:330
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Indices: 5073--7838 Score: 2447
Period size: 333 Copynumber: 8.3 Consensus size: 330
5063 TGATTTAAAA
* * * * *
5073 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTAGAAAAAATAAG
1 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA-AAAAAATATG
* * * *
5138 AAATACGATATTAAAAGCGTGACAAGCCCCCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATG
65 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATG
* * * * * *
5203 AGTATTTTAGGCAAAAATTGAGGAGAAA-TTTTTCGTGTCAATATTTACAAAATTTTAGTCGAAA
130 AGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGA-AAATTTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
** * * * * * *
5267 TCGTGTACAAATTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCCGGGGACCC-ACCTAAA
194 TCGTG-------TACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGA-CTCAG
** * * * *
5331 TTTTGCATGATTTTTTAACTCCAAGACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGC
251 TTTTGCATGA-TTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGC
* *
5396 CACATAGGATTTAAGG
315 CACATTGCATTTAAGG
* *
5412 ATTTGTGTTTACGAGCATCTGAATCTTACGTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA
1 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT--G--TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAA
* * ** * * *
5477 TAGGAAAAACGATATTAGAAA-TGACAAAAGCCCTTCAATCTTTCTGACGTTGAAA-TATATATT
61 TATGAAAAACGATATTA-AAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTT-AAATTATATA-T
* ** *
5540 TTTTATGAGTATTTTAGCC-AAAATTGAGGAAATATCTTTT-GGGTCAAATTTTACAAAATTTTA
123 TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA-ATTTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTA
** * * * * *
5603 GTTGAAATTGTGTAATAACCATCATCGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCAGGGACCCCGGCTCAG
187 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGGCCCCGACTCAG
* * * * * * * * *
5667 TTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAGATATCCATATTTATTTAATCAAATTTTAGCT
251 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCC
* *
5732 ACATTGGATTTAAGA
316 ACATTGCATTTAAGG
** * *
5747 ACATGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTAAAAAAATGTG
1 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAATATG
* * * *
5812 GAAAACGATATTAAAAGCGTGTAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATATTTTAT
65 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATAT-TTTTAT
* * ** *
5877 GATTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCATGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAA
129 GAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
* * * ** *
5942 TCGTGTACTAACCATCATGGTTTTCGGCTAAAAACACGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTATAA
194 TCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT
* * * *
6007 GATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATGTATATATTCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCA
259 GATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCA
6072 CTTT-AGG
324 -TTTAAGG
* * *
6079 ATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATAT-AGAAAAATTAT
1 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT-TCA-AAAAAATAT
* * * * *
6143 GAAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACCCCTTCAATATTTTTGGAGTTGAATTATATATTTTTT
64 G-AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATA-TTTTT
* ** * * * *
6208 ATGAGTATTGT-GATTAAAAATTGAGG-AAATATCTTTGGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAATT
127 ATGAGTATTTTAG-CCAAAAATTGAGGAAAAT-TTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAA--TT--TT
* * * * * ** **
6271 AGGCGAAATCGTGTAATAATCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGG-CTTGGTTCAG
186 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAG
*** * * *
6335 TTTTGCATGATTTTTGGCATTGGGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCTAACCAAA--TC--CC
251 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCC
*
6396 A-A---C-------C
316 ACATTGCATTTAAGG
* * **
6400 A-TTGTTTTTACAAGAATCTGAAT-TATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAGTGGAAAAAAATA-
1 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT-TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCAAAAAAATAT
* * * *
6462 GTAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGATTTATATATTTTTA
64 G-AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTA
* * * * * * *
6527 TGAGTATTGTGGCTAAAAATTGTGGAAACA-TATTTCGGGTC-TATTTTTGCAAAATATTAGCCA
128 TGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA-ATTTTTTCGGGTCAT-TTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* * * ** ** * * * * **
6590 AAATTGTGTAATTATCACAGTTTTTTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGGACTCGGGTCAGTT
191 AAATCGTGT-ACTAAC-CA-TCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTT
* * * * *
6655 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCAATATTTATCTAATAAAATCTCAGCTAA
253 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC
* *
6720 ATTGGATTTAAGA
318 ATTGCATTTAAGG
* * * * * * *
6733 ATTTATTTTTACAAGCATCT-AATCTTATTTAGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATAGTAGG
1 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA-AAAAAATATG
* * * * *
6797 AAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATATATATA
65 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGC---G--TTA-A-AT-TATATA
* * * *
6862 TTTTATATGATTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAATATCTTTT-GGGTCAATTTTTT-CAAAATG
122 TTTT-TATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA-ATTTTTTCGGGTC-ATTTTTTGCAAAATT
* * * * * * * * * **
6925 CTAGCCGGAATCATGTATTAATCATCA-CGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGTCCCGGGTC
184 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTC
** * * *
6989 AGTTTTGCGA-GATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAGATATCGATATTCATATAATCAAATCTCA
249 AGTTTTGC-ATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCA
* * *
7053 ACCACATTGCAATTAGGG
313 GCCACATTGCATTTAAGG
*
7071 ATTTGTTTGTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAATA
1 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC---AAAAAAATA
* * * * ** * *
7136 TGGAAAATGATATGAAAAACGTGAAAAGTTCTCCAAACTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTC
63 TGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATAT-TTTT
* * * * * * *
7201 ATGGGTATTTAAGCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTCCAGGT-ACTTTTTTGCAAAATTTTAGCTG
127 ATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* * * * *
7265 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAACAACGTGTTTCGGGGCCTCGACTCAGTTTTG
191 AAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTG
** *** * *
7330 CATGATTTCCGGCGTTTAGATTGCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT
256 CATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT
*
7395 GCATTTAAGT
321 GCATTTAAGG
* *
7405 ATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAACATATGA
1 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGA
* *
7469 AAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAG---TCCAATTTTTTTGGCGTTAAATTATATATTCTTTATG
66 AAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATT-TTTATG
* **
7531 AGTATTTTAACCAAAAATTGAGTAGAAAATTTTTT-GGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCTTA
130 AGTATTTTAGCCAAAAATTGAG--GAAAATTTTTTCGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
* *
7595 AATCATGTACTAACCATCACT-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT-GGAGGCCCCGACTTAGTTTT
192 AATCGTGTACTAACCATCA-TGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GGCCCCGACTCAGTTTT
* * * * *
7658 GCATGATTTTTGGCACCGACACTCTTTGAAATATCTATATTCAACTAATGAAATCTCAGCCACAT
255 GCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAT
**
7723 TAAATTTATA-G
320 TGCATTTA-AGG
* * * * *
7734 ATTTGTTTTTACGAACATCTGAATATTGTTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCAGAAAAATATGA
1 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGA
** * *
7799 AAAACGATATTAAAAATGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTT
66 AAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTT
7839 TGATTTGAAT
Statistics
Matches: 1971, Mismatches: 363, Indels: 192
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
314 13 0.01
315 3 0.00
316 3 0.00
317 24 0.01
318 102 0.05
319 56 0.03
320 52 0.03
321 3 0.00
322 2 0.00
323 1 0.00
326 1 0.00
327 50 0.03
328 6 0.00
329 147 0.07
330 116 0.06
331 98 0.05
332 213 0.11
333 291 0.15
334 125 0.06
335 86 0.04
336 102 0.05
337 47 0.02
338 115 0.06
339 57 0.03
340 3 0.00
341 54 0.03
342 50 0.03
343 122 0.06
344 29 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGA
AAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATGA
GTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
GTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA
TTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATT
TAAGG
Found at i:8934 original size:661 final size:657
Alignment explanation
Indices: 7853--9962 Score: 2596
Period size: 661 Copynumber: 3.2 Consensus size: 657
7843 TTGAATTTTA
* * * * **
7853 TGAGATTTGATTAGAT-AAATATAGATATTT-TAAGAAGTCTTGGCGCCGCAAATGATAT-C-AA
1 TGAGATTTGATTAGATAAAATATAGATATTTCT-AGGAGTTTTAGAGCCAAAAAT--TATGCAAA
* * * * *
7914 ACTGAGCCAGGG-CTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTCGTACACGATTTCGGC
63 ACTGAACC-GGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGC
* ** * * * * **
7978 TAAAAATTTGCAAAAACTGACCCGAAATATCT-TTTATGAATTTTTCGCCAAAATACTCATTACG
127 TAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATAT-TATTCCTCAATTTTTGGCCAAAATATTCACTAAA
* * * * * *
8042 AATATATAATTCAAAACCGAAAAGATTGGACGGTTTTTCATGCTTTATATATCGTTTTCCCTATG
191 AATATATAATTCAACACC-AAAAGATTGGAGGGATTTTCACGCTTTA-ATATTGTTTTCACTAT-
* * * * * *
8107 TTTTTATGAATTAATTTTTAAATAAATCGAAACTGGTTTCAGATGCTTGTAAAAATATATCTTTG
253 TTTTTATGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTA
* * * ** * ** *
8172 AATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTTGATGAATATATATATTTGAATGAGTTTTGGCACCAAAAA
318 AATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTA-GAGTCTAAGCGCCAAAAA
** *** * * * **
8237 CCATGCAAAACTGA-ATAGGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCAAAAAATGGTGATGATTAGTACAC
382 TTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACAC
* * *
8301 GATTTCAGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATAT
447 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATAT
* * **
8366 TCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATT-GCTTTTCACACTTCTTATATCGTTTTTGT
512 TCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTAC
* * *
8430 TATTTTTTTGTGCATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCACATGCTCGTAAAAAGATATC
577 TA-TTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATC
* * *
8495 TTTGAATCCAATGTTGC
641 CTTAAATCCAATGTGGC
* * * ** ** * *
8512 TAAGATTTCATTAGATGAAAATATATATATTTGAATTAGTTTTGGAGCCAAAAATCATGCAAAAC
1 TGAGATTTGATTAGAT-AAAATATAGATATTTCTAGGAGTTTTAGAGCCAAAAATTATGCAAAAC
** ** * *
8577 TGAACCGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATGGTGATGGTTAGTACACAATTTCAGCTTA
65 TGAACCGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAA
* *
8642 AATTTTACAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAATA
130 AATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAATA
8707 TATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAGGGATTTTCACGCTTATAATATTGTTTTCACTATTTTTT
195 TATAATTCAACACC-AAAAGATTGGAGGGATTTTCACGCTT-TAATATTGTTTTCACTATTTTTT
** * *
8772 ATGAAGCAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCTCATAAAAATATATCCTTAAATCC
258 ATGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCC
*
8837 AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGAAGTCTCAGCGCCAAAAATTATG
323 AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAG-AGTCTAAGCGCCAAAAATTATG
8902 CAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-AGTTAGTACACGATT
387 CAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGA-TTAGTACACGATT
8966 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCAT
451 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCAT
***
9031 TAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTT-TGAATATCGTTTACC
516 TAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATT---GG-CTTTTCACGCTTCT-AATATCGTTTTTA
* * * * *
9095 CCATTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATC
576 CTATTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATC
*
9160 CTTAAATCCAGTGTGGC
641 CTTAAATCCAATGTGGC
* * * * *
9177 TGATATTTGATTA-AAAAAATATAGAAATTTCTAGGAGTCTCA-ACGCCAAAAATTATGCAAAAC
1 TGAGATTTGATTAGATAAAATATAGATATTTCTAGGAGTTTTAGA-GCCAAAAATTATGCAAAAC
* * * * *
9240 TGAGCCGGGGTCCTGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTTGGCT
65 TGAACC-GGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC-AATTTCGGCT
* ** * * * *
9305 AAAATTTTGCAATAACAAACCCTAAATACTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCACTTAAAA
128 AAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAA
* * *
9370 TATATAATTCAACGCCAAAAGATTGGAGGGCTTGTCACGCTTCTAATATTGTTTT-ACTA--TTT
193 TATATAATTCAACACCAAAAGATTGGAGGGATTTTCACGCTT-TAATATTGTTTTCACTATTTTT
* * * * *
9432 TGTGAATTAATTTCTAATTACATCGAAATCGGTTTCAGATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATC
257 TATGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATC
*
9497 CAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTAAGCGCCAAAAATTAG
322 CAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTA-GAGTCTAAGCGCCAAAAATTAT
* * *
9562 GCAAAACTAAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATT
386 GCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATT
* * *
9627 TTGGCTAAAATTTGGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTGTGGCCACAATATTCAT
451 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCAT
* *
9692 TAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTACAGGGCTTGTCACGCTTCTAATATTGTTTTTAC
516 TAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATT----GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTAC
*
9757 TATTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCAGATGCACGTAAAAACATATCC
577 TATTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCC
9822 TTAAATCCAATGTGGC
642 TTAAATCCAATGTGGC
* * *
9838 TGAGATTTGATTAGAT-AAATATAGATATTTCTAGGAGTCTTAGCGCAAAAAATTATGCAAAACT
1 TGAGATTTGATTAGATAAAATATAGATATTTCTAGGAGTTTTAGAGCCAAAAATTATGCAAAACT
* * * * *
9902 GAGCCCGGGTCCCGGACCTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGG
66 GA-ACCGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGG
9963 TTTCACATGC
Statistics
Matches: 1255, Mismatches: 169, Indels: 53
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
659 17 0.01
660 131 0.10
661 795 0.63
662 10 0.01
663 45 0.04
664 78 0.06
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Consensus pattern (657 bp):
TGAGATTTGATTAGATAAAATATAGATATTTCTAGGAGTTTTAGAGCCAAAAATTATGCAAAACT
GAACCGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAA
ATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAATAT
ATAATTCAACACCAAAAGATTGGAGGGATTTTCACGCTTTAATATTGTTTTCACTATTTTTTATG
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAAT
GTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGAGTCTAAGCGCCAAAAATTATGCAAA
ACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGC
TAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAA
ATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTACTATTTTTTG
TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCA
ATGTGGC
Found at i:9017 original size:332 final size:332
Alignment explanation
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Period size: 332 Copynumber: 6.4 Consensus size: 332
7843 TTGAATTTTA
* * **
7853 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTT-TAAGAAGTCTTGGCGCCGCAAATGATAT-C-AAA
1 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCT-AGGAGTCTTAGCGCCAAAAAT--TATGCAAAA
* * * * *
7915 CTGAGCCAGGG-CTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTCGTACACGATTTCGGCT
63 CTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* ** * * * * **
7979 AAAAATTTGCAAAAACTGACCCGAAATATCT-TTTATGAATTTTTCGCCAAAATACTCATTACGA
128 AAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATAT-TATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAA
* * * * * *
8043 ATATATAATTCAAAACCGAAAAGATTGGACGGTTTTTCATGCTT-TATATATCGTTTTCCCTATG
192 ATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTA-ATATCGTTTTCACTAT-
* * * * * * *
8107 TTTTTATGAATTAATTTTTAAATAAATCGAAACTGGTTTCAGATGCTTGTAAAAATATATCTTTG
255 TTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTA
8172 AATCCAATGTGGC
320 AATCCAATGTGGC
* * * ** * * * * **
8185 TGAGATTTGATTTGATGAATATATATATTTGAATGAGTTTTGGCACCAAAAACCATGCAAAACTG
1 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTG
*** * * * ** * * *
8250 A-ATAGGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCAAAAAATGGTGATGATTAGTACACGATTTCAGCAAAA
66 AGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
*
8314 ATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATAT
131 ATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATAT
* * * ***
8379 ATAATTCAACACCAAAAATATT-----GCTTTTCACACTTCTTATATCGTTTTTGTTATTTTTTT
196 ATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCACTA-TTTTTT
* * * * * *
8439 GTGCATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCACATGCTCGTAAAAAGATATCTTTGAATCC
260 GTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCC
*
8504 AATGTTGC
325 AATGTGGC
* * * ** ** * * * *
8512 TAAGATTTCATTAGATGAAAATATATATATTTGAATTAGTTTTGGAGCCAAAAATCATGCAAAAC
1 TGAGATTTGATTAGAT--AAATATAGATATTTCTAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATTATGCAAAAC
* ** * ** * * *
8577 TGAACC-GGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATGGTGATGGTTAGTACACAATTTCAGCTT
64 TGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
* * * *
8641 AAATTTTACAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAAT
129 AAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAAT
* * *
8706 ATATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAGGGATTTTCACGCTTATAATATTGTTTTCACTATTTTT
194 ATATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCACTATTTTT
* ** * *
8771 TATGAAGCAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCTCATAAAAATATATCCTTAAATC
259 TGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATC
8836 CAATGTGGC
324 CAATGTGGC
* *
8845 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGAAGTCTCAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTG
1 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTG
*
8910 AGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
66 AGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
8975 ATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATAT
131 ATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATAT
* * * * * *
9040 ATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTT-TGAATATCGTTTACCCCATTTTTT
196 ATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCT-AATATCGTTTTCACTATTTTTT
* *
9104 CTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCC
260 GTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCC
*
9169 AGTGTGGC
325 AATGTGGC
* * * * * *
9177 TGATATTTGATTAAAAAAATATAGAAATTTCTAGGAGTCTCAACGCCAAAAATTATGCAAAACTG
1 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTG
* *
9242 AGCCGGGGTCCTGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTTGGCTAA
66 AGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAA
* ** * *
9307 AATTTTGCAATAACAAACCCTAAATACTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCACTT-AAAAT
130 AATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCA-TTAAAAAT
* * *
9371 ATATAATTCAACGCC-AAAAGATTGGAGGGCTTGTCACGCTTCTAATATTGTTTT-ACTA--TTT
194 ATATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCACTATTTTT
* * * *
9432 TGTGAATTAATTTCTAATTACATCGAAATCGGTTTCAGATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATC
259 TGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATC
9497 CAATGTGGC
324 CAATGTGGC
* * *
9506 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTAAGCGCCAAAAATTAGGCAAAACTA
1 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTG
* *
9571 AGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTGGCTAAA
66 AGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
* *
9636 ATTTGGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTGTGGCCACAATATTCATTAAAAATAT
131 ATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATAT
* ** * * *
9701 ATAATTCAACACCAAAAATATTACAGGGCTTGTCACGCTTCTAATATTGTTTTTACTATTTTTTG
196 ATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCACTATTTTTTG
* * *
9766 TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCAGATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATCCA
261 TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCA
9831 ATGTGGC
326 ATGTGGC
*
9838 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTTAGCGCAAAAAATTATGCAAAACTG
1 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTG
* * *
9903 AGCCCGGGTCCCGGACCTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGG
66 AGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
9963 TTTCACATGC
Statistics
Matches: 1559, Mismatches: 194, Indels: 50
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
327 105 0.07
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330 6 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (332 bp):
TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTG
AGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
ATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATAT
ATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCACTATTTTTTG
TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCA
ATGTGGC
Found at i:9778 original size:993 final size:992
Alignment explanation
Indices: 7853--9962 Score: 2731
Period size: 993 Copynumber: 2.1 Consensus size: 992
7843 TTGAATTTTA
* **
7853 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTT-TAAGAAGTCTTGGCGCCGCAAATGATAT-C-AAA
1 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCT-AGAAGTCTTAGCGCCAAAAAT--TATGCAAAA
* * * *
7915 CTGAGCCAGGG-CTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTCGTACACGATTTCGGCT
63 CTGAGCCAGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* * **
7979 AAAAATTTGCAAAAACTGACCCGAAATATCTTTTATGAATTTTTCGCCAAAATACTCATTACGAA
128 AAAAATTTGCAAAAACTGACCCGAAATATCTTTCATCAATTTTTCGCCAAAATACTCATTAAAAA
* * * * * *
8044 TATATAATTCAAAACCGAAAAGATTGGACGGTTTTTCATGCTTTATATATCGTTTTCCCTATGTT
193 TATATAATTCAAAACCAAAAAGATTGCACGGCTTTTCACGCTTTATATATCGTTTACCCCATGTT
* * * *
8109 TTTATGAATTAATTTTTAAATAAATCGAAACTGGTTTCAGATGCTTGTAAAAATATATCTTTGAA
258 TTTATGAATTAATTTTTAAATAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAA
** ** * * * * * ***
8174 TCCAATGTGGCTGAGATTTGATTTGATGAATATATATATTTGAATGAGTTTTGGCACCAAAAACC
323 TCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAAAAAAATATAGAAATTTCAAGGAGTCTCAACACCAAAAACC
* **
8239 ATGCAAAACTGAATAGGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCAAAAAATGGTGATGATTAGTACACGAT
388 ATGCAAAACTGAACAGGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGATTAGTACACGAT
*** *
8304 TTCAGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCA
453 TTCAGCAAAAATTTTGCAAAAACAAACCCGAAATACTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCA
** * * * *
8369 TTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCTTTTCACACTTCTTATATCGTTTTTGTTATT
518 TTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATAGGGCTTGTCACACTTCTTATATCATTGTTGTTACT
* * * * * *
8434 TTTTTGTGCATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCACATGCTCGTAAAAAGATATCTTTG
583 ATTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCACATGCACGTAAAAACATATCCTTA
* * * ** * **
8499 AATCCAATGTTGCTAAGATTTCATTAGATGAAAATATATATATTTGAATTAGTTTTGGAGCCAAA
648 AATCCAATGTGGCTAAGATTTCATTAGAT-AAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTAAGAGCCAAA
* **
8564 AATCATGCAAAACTGAACCGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATGGTGATGGTTAGTACA
712 AATCAGGCAAAACTGAACCGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
* * * *
8629 CAATTTCAGCTTAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCAAAATA
777 CAATTTCAGCTAAAATTTGACAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTGTGGCCAAAATA
** *
8694 TTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAGGGATTTTCACGCTTATAATATTGTT
842 TTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTACAGGGATTGTCACGCTTATAATATTGTT
* *
8759 TTCACTATTTTTTATGAAGCAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCTCATAAAAATA
907 TTCACTATTTTTTATGAAGCAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCACATAAAAACA
8824 TATCCTTAAATCCAATGTGGC
972 TATCCTTAAATCCAATGTGGC
*
8845 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGAAGTCTCAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTG
1 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGAAGTCTTAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTG
* *
8910 AGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
66 AGCCAGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
* * * * *
8975 ATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATAT-TATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATA
131 AATTTGCAAAAACTGACCCGAAATATCT-TTCATCAATTTTTCGCCAAAATACTCATTAAAAATA
* *
9039 TATAATTCAACACCAAAAATATTGCA-GGACTTTTCACGCTTTGA-ATATCGTTTACCCCAT-TT
195 TATAATTCAAAACCAAAAAGATTGCACGG-CTTTTCACGCTTT-ATATATCGTTTACCCCATGTT
* *
9101 TTTCTGAATTAATTTCTT-ATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAA
258 TTTATGAATTAATTT-TTAAATAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAA
* * * * *
9165 ATCCAGTGTGGCTGATATTTGATTAAAAAAATATAGAAATTTCTAGGAGTCTCAACGCCAAAAAT
322 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAAAAAAATATAGAAATTTCAAGGAGTCTCAACACCAAAAAC
* * * * * * * *
9230 TATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
387 CATGCAAAACTGA-ACAGGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGATTAGTACACG
** * * *
9295 ATTTTTGGCTAAAATTTTGCAATAACAAACCCTAAATACTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATAT
451 A-TTTCAGCAAAAATTTTGCAAAAACAAACCCGAAATACTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATAT
* *
9360 TCACTT-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAGATTGGAGGGCTTGTCACGCTTC-TA-AT-ATTG
515 TCA-TTAAAAATATATAATTCAACACCAAAA-A-T--AGGGCTTGTCACACTTCTTATATCATTG
* *
9421 TT-TTACTATTTTGTGAATTAATTTCTAATTACATCGAAATCGGTTTCAGATGCACGTAAAAACA
575 TTGTTACTATTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCACATGCACGTAAAAACA
* * *
9485 TATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGAT-AAATATAGATATTTCTAGGAGTCTAAG
640 TATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCATTAGATAAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTAAG
* * ** *
9549 CGCCAAAAATTAGGCAAAACT-AAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG
705 AGCCAAAAATCAGGCAAAACTGAA-CC-GGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG
** ** *
9613 GTTAGTACATGATTTTGGCTAAAATTTGGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTGTG
768 GTTAGTACACAATTTCAGCTAAAATTTGACAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTGTG
* * * * *
9678 GCCACAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTACAGGGCTTGTCACGCTTCT
833 GCCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTACAGGGATTGTCACGCTTAT
* * ** * *
9743 AATATTGTTTTTACTATTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCAGATGCAC
898 AATATTGTTTTCACTATTTTTTATGAAGCAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCAC
*
9808 GTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGC
963 ATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGC
* *
9838 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTTAGCGCAAAAAATTATGCAAAACTG
1 TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGAAGTCTTAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTG
* * *
9903 AGCCCGGGTCCCGGACCTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGG
66 AGCCAGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
9963 TTTCACATGC
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 138, Indels: 33
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
990 3 0.00
991 3 0.00
992 219 0.23
993 545 0.57
994 168 0.17
995 7 0.01
996 3 0.00
997 2 0.00
998 13 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (992 bp):
TGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGAAGTCTTAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTG
AGCCAGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
AATTTGCAAAAACTGACCCGAAATATCTTTCATCAATTTTTCGCCAAAATACTCATTAAAAATAT
ATAATTCAAAACCAAAAAGATTGCACGGCTTTTCACGCTTTATATATCGTTTACCCCATGTTTTT
ATGAATTAATTTTTAAATAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCC
AATGTGGCTGAGATTTGATTAAAAAAATATAGAAATTTCAAGGAGTCTCAACACCAAAAACCATG
CAAAACTGAACAGGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTC
AGCAAAAATTTTGCAAAAACAAACCCGAAATACTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTA
AAAATATATAATTCAACACCAAAAATAGGGCTTGTCACACTTCTTATATCATTGTTGTTACTATT
TTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCACATGCACGTAAAAACATATCCTTAAAT
CCAATGTGGCTAAGATTTCATTAGATAAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTAAGAGCCAAAAATC
AGGCAAAACTGAACCGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAAT
TTCAGCTAAAATTTGACAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTGTGGCCAAAATATTCA
CTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTACAGGGATTGTCACGCTTATAATATTGTTTTCA
CTATTTTTTATGAAGCAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCACATAAAAACATATC
CTTAAATCCAATGTGGC
Found at i:10398 original size:499 final size:498
Alignment explanation
Indices: 9460--10461 Score: 1389
Period size: 499 Copynumber: 2.0 Consensus size: 498
9450 TACATCGAAA
* * *
9460 TCGGTTTCAGATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAA
1 TCGGTTTCACATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCATTAGATAAA
* * * * *
9525 TATAGATATTTCTAGGAGTCTAAGCGCCAAAAATTAGGCAAAACTAAGCCGGGGTCCCGGAACTC
66 TATAGATATTTCAAGGAGTCTAAGCGCCAAAAATCAGGCAAAACTAAGCC-GGGACCCGAAACGC
* * ** *
9590 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTGGCTAAAATTTGGCAAAAACTGACCC
130 GTTTCTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTGACAAAAACTGACCC
* * * * *
9655 GAAATATTATTCCTCAATTTGTGGCCACAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAT
195 AAAATATTATTCCTCAATTTGTGACCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAC
* * * *
9720 ATTACAGGGCTTGTCACGCTTCTAATATTGTTTTTACTATTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAA
260 ATTACAGGGATTGTCACGCTTATAATATTGTTTTCACTATTTTTTATGAATTAATTTCTAATTAA
* *
9785 ATCGAAATCGGTTTCAGATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATT
325 ATCGAAACCGGTTTCAAATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATT
*
9850 AGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTTAGCGCAAAAAATTATGCAAAACTGAGCCCGGGTCCC
390 AGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCAAAAAATTATGCAAAACTGAGCCCGGGTCCC
* *
9915 GGACCTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATT
455 GGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * * * *
9959 TCGGTTTCACATGCTCGTAAAAAGATATCTTTGAATCCAATGTTGCTAAGATTTCATTAGATGAA
1 TCGGTTTCACATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCATTAGAT--A
* * ** * ** *
10024 AATATATATATTTGAATTAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAA-CC-GGACCGCGAAA
64 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTAAGCGCCAAAAATCAGGCAAAACT-AAGCCGGGACC-CGAAA
** * * *
10087 CGCGTTTCTAGCCAAAAATGGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTACAAAAATTGA
127 CGCGTTTCTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTGACAAAAACTGA
* * * * * *
10152 CCTAAAAT-TTTTTTCTCAATTTTTTACCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCAAA
192 CCCAAAATATTATTCCTCAATTTGTGACCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAA
** *
10216 AACATTGGAGGGATTTTCACGCTTATAATATTGTTTTCACTATTTTTTATGAATTAATTTCTAAT
257 AACATTACAGGGATTGTCACGCTTATAATATTGTTTTCACTATTTTTTATGAATTAATTTCTAAT
* *
10281 TAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
322 TAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
* * * * *
10346 GTTATATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAGTTATGCAAAACTGAGCCGGGGT
387 ATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCAAAAAATTATGCAAAACTGAGCCCGGGT
10411 CCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
452 CCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
10458 TCGG
1 TCGG
10462 CTAAAATTTT
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 61, Indels: 8
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
499 332 0.76
500 64 0.15
501 40 0.09
502 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (498 bp):
TCGGTTTCACATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCATTAGATAAA
TATAGATATTTCAAGGAGTCTAAGCGCCAAAAATCAGGCAAAACTAAGCCGGGACCCGAAACGCG
TTTCTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTGACAAAAACTGACCCA
AAATATTATTCCTCAATTTGTGACCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAACA
TTACAGGGATTGTCACGCTTATAATATTGTTTTCACTATTTTTTATGAATTAATTTCTAATTAAA
TCGAAACCGGTTTCAAATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTA
GATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCAAAAAATTATGCAAAACTGAGCCCGGGTCCCG
GAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
Found at i:10567 original size:332 final size:329
Alignment explanation
Indices: 9960--11013 Score: 1142
Period size: 332 Copynumber: 3.2 Consensus size: 329
9950 TATACGATTT
* * * *
9960 CGGTTTCACATGCTCGTAAAAAGATATCTTTGAATCCAATGTTGCTAAGATTTCATTAGATGAAA
1 CGGTTTCACATGCTCGTAAAAAGATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGAT--AA
* * ** * * * *
10025 ATATATATATTTGAATTAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACC-GGACCGCGAAACG
64 ATATAGATATTTCAAGGAGTTTTGGCGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGTCC-CGGAACG
* ** * * * *
10089 CGTTTCTAGCCAAAAATGGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTACAAAAATTGACC
128 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACC
** ** * * *
10154 TAAAAT-TTTTTTCTCAATTTTTTACCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
193 CGAAATATTTTTTCTCAATTTTTGGCC-AAATATTCATTAAAAATATATAATTCTACACCAAAAA
* * *
10218 CATTGGAGGGA-TTTTCACGCTTATAATATTGTTTT-CACTATTTTTTATGAATTAATTTCTAAT
257 AATTGCA-GGACTTTTCACGCTT-TAATATCGTTTTCCA-TATTTTTTATGAATTAATTTCTAAT
10281 TAAATCGAAAC
319 TAAATCGAAAC
* * * * *
10292 CGGTTTCAAATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTATATAAAT
1 CGGTTTCACATGCTCGTAAAAAGATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATAAAT
* * ** * *
10357 ATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAGTTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCG
66 ATAGATATTTCAAGGAGTTTTGGCGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCC-GGGTCCCGGAACGCG
10422 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG
130 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG
* * * *
10487 AAATACTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATATATAATTCTACACCAAAAATA
195 AAATATTTTTTCTCAATTTTTGGCCA-AATATTCATTAAAAATATATAATTCTACACCAAAAAAA
* *
10552 TTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGTTTTCCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAA
259 TTGCAGGACTTTTCACGCTTT-AATATCGTTTTCCATATTTTTTATGAATTAATTTCTAATTAAA
10617 TCGAAAC
323 TCGAAAC
* * *
10624 CGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAAT
1 CGGTTTCACATGCTCGTAAAAAGATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATAAAT
* * * *
10689 ATAGATCTTTCAAGGAGTTTTGGTGCCAAAAATCT-TACAAAACTGAGCCGGGT-CGGGAACGCG
66 ATAGATATTTCAAGGAGTTTTGGCGCCAAAAAT-TATGCAAAACTGAGCCGGGTCCCGGAACGCG
* * * * * ***
10752 TTTTTAGCCAAAATCTGTGATGGTTCGTACACGATTTCGACTAAAA-TTTGGAAAAACTGTTTCG
130 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG
* * * * *
10816 AAATATTTTTTTTTCTCAATTTTTGGTCAACATACTCATT-AAAGTATATAATT-TAAAGCAAAA
195 AAATA---TTTTTTCTCAATTTTTGGCCAA-ATATTCATTAAAAATATATAATTCTACACCAAAA
* * * * * * *
10879 AAAGTGGACA-G-CTTTTCACACATCTT-ATATCGTATTCCTTATTTTTTTGTGCATTTATTTCT
256 AAA-TTG-CAGGACTTTTCACGC-T-TTAATATCGTTTTCCATA-TTTTTTATGAATTAATTTCT
* *
10941 AATTAAATTGAAAT
316 AATTAAATCGAAAC
* * *
10955 CGGTTTCACATGCTCGTAAAAAGATATCTTTGAATCCAATGTTGCTAAGATTTGATTAG
1 CGGTTTCACATGCTCGTAAAAAGATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAG
11014 GTGAAAATAA
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 92, Indels: 35
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 19 0.03
330 124 0.20
331 174 0.28
332 293 0.48
333 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (329 bp):
CGGTTTCACATGCTCGTAAAAAGATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATAAAT
ATAGATATTTCAAGGAGTTTTGGCGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGTCCCGGAACGCGT
TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGA
AATATTTTTTCTCAATTTTTGGCCAAATATTCATTAAAAATATATAATTCTACACCAAAAAAATT
GCAGGACTTTTCACGCTTTAATATCGTTTTCCATATTTTTTATGAATTAATTTCTAATTAAATCG
AAAC
Found at i:11064 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 10967--11090 Score: 230
Period size: 62 Copynumber: 2.0 Consensus size: 62
10957 GTTTCACATG
* *
10967 CTCGTAAAAAGATATCTTTGAATCCAATGTTGCTAAGATTTGATTAGGTGAAAATAAATATA
1 CTCGTAAAAAGATATCTTTGAATCCAATGTTGCTAAGATTTCATTAGATGAAAATAAATATA
11029 CTCGTAAAAAGATATCTTTGAATCCAATGTTGCTAAGATTTCATTAGATGAAAATAAATATA
1 CTCGTAAAAAGATATCTTTGAATCCAATGTTGCTAAGATTTCATTAGATGAAAATAAATATA
11091 TTTGAATTAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
62 60 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (62 bp):
CTCGTAAAAAGATATCTTTGAATCCAATGTTGCTAAGATTTCATTAGATGAAAATAAATATA
Found at i:12946 original size:331 final size:333
Alignment explanation
Indices: 12076--13038 Score: 1626
Period size: 331 Copynumber: 2.9 Consensus size: 333
12066 TAGTTTTGGT
** * *
12076 GCCAAAAATGGTGATGGTTAGTAAACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATAT
1 GCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATAT
12141 TATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAG
66 TATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAG
*
12206 GACTTTTCACGCTTTGAATATCGTTTTCTCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAA
131 GACTTTTCACGCTTTGAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAA
* * *
12271 CCGGTTTCAGATAGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCTAATACGACTGAGATTTTACTAGATAA
196 CCGGTTTCAGATAGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTTACTAGATAA
*
12336 ATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAACAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACT
261 ATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAACAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACT
12401 CGTTTTTA
326 CGTTTTTA
*
12409 GCCAAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAA
1 GCC---AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAA
* * * *
12474 TATTATTCCTCAAATTTTGGCCAAAATATTCATTAAAAATAAATAATTCAACACCAAAAATATTC
63 TATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTG
12539 CAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCG
128 CAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCG
* * * * *
12604 AAACTGGTTTCAGAT-GCTCGTAAAAACATATGCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
193 AAACCGGTTTCAGATAGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTTACTAGA
* * *
12668 TAAATATAGTTATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCTGGGGTCCCGGA
258 TAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAACAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGA
12733 ACTCGTTTTTA
323 ACTCGTTTTTA
*
12744 GCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAT
1 GCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATAT
12809 TATTCCTC-ATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAG
66 TATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAG
*
12873 GACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAA
131 GACTTTTCACGCTTTGAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAA
* * *
12938 CCGGTTTCAGATAGC-CGTAAAAACGTATCCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTTAGTAGATAG
196 CCGGTTTCAGATAGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTTACTAGATAA
*
13002 ACATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAACAATTA
261 ATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAACAATTA
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 39, Indels: 10
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
331 204 0.35
332 70 0.12
333 3 0.01
335 117 0.20
336 193 0.33
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
GCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATAT
TATTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAG
GACTTTTCACGCTTTGAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAA
CCGGTTTCAGATAGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTTACTAGATAA
ATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAACAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACT
CGTTTTTA
Done.