Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015469.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15502, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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*
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* * * ** *
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66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
* * * * * * *
136 ATCT-TACAAAACTAAGCC-GGGT-CGGGAACGCGTTTTTTAGCCAAAATCTGTGATGGTTCGTA
131 AT-TATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
* ** * *
198 CACGATTTCGACTAAAA-TTTG-AAAAGACTGTTCCGAAATATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCA-
194 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA-ACTGACCCGAAATA-TTATTCCTCAATTTTTGGCCAC
* * * * * ** *
260 ACATACTCATTAAAAATATATAATTTAA-AGCAAAAAAATTGGACA-G-CCTTTCAAACTTCT-T
257 A-ATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATT-G-CAGGACTTTTCACGCTT-TGA
*
321 ATATCGTTTTCCTTA
318 ATATCGTTTTCCCTA
* * * * * * * * * *
336 TATTTTTGTGCATTAATTTCTAATTAAATTGAAATCGGTTTCAAATACTCGTAAAAAGATAACTT
1 T-TTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCT
* ** * * * ** ** * ** *
401 TGAATCCAATGTTACTAAGATTTGATTAGATGAAAAAATATATATTTGAATTAGTGTTGGTGCCA
65 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGAT--AAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCA
* * ** ** ** *
466 AAAATCATGCAAAACTGAACC-GGACCCCGTTA-TGCGTTTTTAGCCAAAAATGGTAATGGTTAG
128 AAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACT-CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
529 TACACGATTTCAGG-TAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCA
192 TACACGATTTC-GGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCA
* * * * * *
593 AAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCCACGCTTCT-AA
256 CAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTT-CACGCTT-TGAA
* *
657 TATTGTTTTCACTA
319 TATCGTTTTCCCTA
* * *
671 TTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATGCT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCG-AAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCT
* *
736 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGTTATTTATAGGAGTCTCAGCGCCAAA
65 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAA
* * *
801 AATTATTCAAAACTGAGCCGGGATCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAT
130 AATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
* * *
866 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTCACCCGAAATATTATTCCTCATTTTTTGGCCACAAT
195 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
* *
931 ATTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTCTCACGCTTTGAATATCGT
260 ATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGT
996 TTTCCCTA
325 TTTCCCTA
1004 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
*
1069 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGTTATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
* *
1134 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGTTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GTAACAGTA
131 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT--TAGTA
* * * * *
1198 CACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTCACCCGAAATATTATTCTTCATTTTTTGGCCACAA
194 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* *
1263 TATTCAATAAAAATGTATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCG
259 TATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCG
*
1328 TTTTCCATA
324 TTTTCCCTA
* * *
1337 TTTTTTCAGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTTAAAACGTATCCTT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
* * * *
1402 AAATCCAATGCGGCTGAGATTTTATTAGATAAATATAGATATTTTTAGGAGTCTCAGCGCCAACA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
** * * *
1467 ATTATGCAAAACTGAGCCGAAGTCCCTGAACTCGTTTTTAGCTAAAAAACTGTGATGGTTAGTAC
131 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
* * * * *
1532 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAACTAACCTGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCAAAAAT
195 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
* * *
1597 ATTCATTAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAATATTCCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGT
260 ATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGT
1662 TTTCCCTA
325 TTTCCCTA
*
1670 TTTTTT-TGAATTATTTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
* *
1734 AAATCCAATGTGGCTGGGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAC
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
* **
1799 ATTATGCAAAAATGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACA
131 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
* *
1864 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTTGCCACAATA
196 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
* * *
1929 TTCATTAAAAATACATAATTCAACTCCAAAAATATTTCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGTT
261 TTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGTT
*
1994 TTCTCTA
326 TTCCCTA
* *
2001 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAATCATATGCTT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
* * * *
2066 AAATCCAATGTGGCTGAAATTTGATTAGATAAATATTGTTATTTCTAGGAGTCACAGCGCCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
*
2131 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTGTTAGTACA
131 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
* * * *
2196 CGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTAGCCCCAATA
196 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
* *
2261 TTCATTGAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTT
261 TTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGTT
*
2326 TTCCCCA
326 TTCCCTA
* *
2333 -TTTTTCTGAAATAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACGTATCCTT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
* * *
2397 AAATCCAATGCGGCTGAGATTTTATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAATA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
*
2462 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTAGTAC
131 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTAC
* * *
2527 ATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCAAAAT
195 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
* *
2592 ATTCATT-AAAATAAATAATTCAACACCAAAAATATTCCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGT
260 ATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGT
2656 TTTCCCTA
325 TTTCCCTA
* *
2664 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAATCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
* * * *
2729 AAATCCAATGTGGCTGGGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTCGGAGTCTCAGCGACAAAC
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
*
2794 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACA
131 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
*
2859 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
196 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
* * * * * *
2924 TTCTTTATAAATATATATTTCAACACCAAAAATATTGCTGAAATTTTCACG-TTTGAATATCGTT
261 TTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGTT
2988 TTCCCTA
326 TTCCCTA
2995 TTTTTT-TAGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCT
1 TTTTTTCT-GAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCT
*
3059 TAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGAT
65 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGAT
3100 CTTTAAATAT
Statistics
Matches: 2484, Mismatches: 252, Indels: 55
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
330 2 0.00
331 662 0.27
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334 209 0.08
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Consensus pattern (332 bp):
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ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
TTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGTT
TTCCCTA
Found at i:2492 original size:663 final size:663
Alignment explanation
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1 CATAT
*
6 TTTTTTCAGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
* * * ** *
71 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATCTTTCAAGGAGTTTTGGTGCCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
* * * * * * *
136 ATCT-TACAAAACTAAGCC-GGGT-CGGGAACGCGTTTTTTAGCCAAAATCTGTGATGGTTCGTA
131 AT-TATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
* * ** * *
198 CACGATTTCGACTAAAA-TTTG-AAAAGACTGTTCCGAAATATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCA-
194 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA-ATTGACCCGAAATA-TTATTCCTCAATTTTTGGCCAC
* * * * * ** *
260 ACATACTCATTAAAAATATATAATTTAA-AGCAAAAAAATTGGACA-G-CCTTTCAAACTTCT-T
257 A-ATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATT-G-CAGGACTTTTCACGCTT-TGA
* * * * * * * *
321 ATATCGTTTTCCTTATATTTTTGTGCATTAATTTCTAATTAAATTGAAATCGGTTTCAAATACTC
318 ATATCGTTTTCC--CTATTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTC
* * * * ** * * * **
386 GTAAAAAGATAACTTTGAATCCAATGTTACTAAGATTTGATTAGATGAAAAAATATATATTTGAA
381 GTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGAT--AAATATAGATATTTCTA
** * ** * * * ** **
451 TTAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACC-GGACCCCGTTA-TGCGTTTTTAGCCAAA
444 GGAGTCTCAGCGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACT-CGTTTTTAGCCAAA
* * *
514 AA-TGGTAATGGTTAGTACACGATTTCAGG-TAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATT
508 AACTCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAATATTATT
* * * * *
577 CCTCAATTTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCT
572 CCTCAATTTTTGGCCAAAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACT
*
642 TTTCCACGCTTCT-AATATTGTTTTCACTA
637 TTT-CACGCTT-TGAATATCGTTTTC-CTA
* * *
671 TTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATGCT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCG-AAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCT
* *
736 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGTTATTTATAGGAGTCTCAGCGCCAAA
65 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAA
* * *
801 AATTATTCAAAACTGAGCCGGGATCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAT
130 AATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
* *
866 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTCACCCGAAATATTATTCCTCATTTTTTGGCCACAAT
195 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
* *
931 ATTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTCTCACGCTTTGAATATCGT
260 ATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGT
996 TTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAAC
325 TTTCCCTA-TTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAAC
*
1061 ATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGTTATTTCTAGGAGTCTCAG
389 ATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAG
*
1126 CGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGTTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTGAT-
454 CGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACTCGTGATG
* * * * * *
1189 GTAACAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTCACCCGAAATATTATTCTTCATTTTT
519 GT--TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAATATTATTCCTCAATTTT
* * *
1254 TGGCCACAATATTCAATAAAAATGTATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTT
582 TGGCCAAAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTT
1319 TGAATATCGTTTTCCATA
647 TGAATATCGTTTTCC-TA
* * *
1337 TTTTTTCAGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTTAAAACGTATCCTT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
* * * *
1402 AAATCCAATGCGGCTGAGATTTTATTAGATAAATATAGATATTTTTAGGAGTCTCAGCGCCAACA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
** * * *
1467 ATTATGCAAAACTGAGCCGAAGTCCCTGAACTCGTTTTTAGCTAAAAAACTGTGATGGTTAGTAC
131 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
* * * * * *
1532 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAACTAACCTGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCAAAAAT
195 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
* * *
1597 ATTCATTAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAATATTCCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGT
260 ATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGT
* *
1662 TTTCCCTATTTTTTTGAATTATTTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACA
325 TTTCCCTATTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACA
*
1727 TATCCTTAAATCCAATGTGGCTGGGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGC
390 TATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGC
* * *
1792 GCCAAACATTATGCAAAAATGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACT-ATGATGG
455 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACTCGTGATGG
*
1856 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTTG
520 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGG
* * * *
1921 CCACAATATTCATTAAAAATACATAATTCAACTCCAAAAATATTTCAGGACTTTTCACGCTTTGA
585 CCAAAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGA
1986 ATATCGTTTTCTCTA
650 ATATCGTTTTC-CTA
* *
2001 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAATCATATGCTT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
* * * *
2066 AAATCCAATGTGGCTGAAATTTGATTAGATAAATATTGTTATTTCTAGGAGTCACAGCGCCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
*
2131 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTGTTAGTACA
131 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
* * *
2196 CGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTAGCCCCAATA
196 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
* *
2261 TTCATTGAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTT
261 TTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGTT
* * *
2326 TTCCCCATTTTTCTGAAATAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACGT
326 TTCCCTATTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACAT
* *
2391 ATCCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTTATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCG
391 ATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCG
* *
2456 CCAATAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGT
456 CCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACTCGTGATGGT
*
2521 TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGC
521 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGC
* *
2586 CAAAATATTCATT-AAAATAAATAATTCAACACCAAAAATATTCCAGGACTTTTCACGCTTTGAA
586 CAAAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAA
2650 TATCGTTTTCCCTA
651 TATCGTTTT-CCTA
* *
2664 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAATCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
1 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
* * * *
2729 AAATCCAATGTGGCTGGGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTCGGAGTCTCAGCGACAAAC
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
*
2794 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACA
131 ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
2859 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
196 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
* * * * * *
2924 TTCTTTATAAATATATATTTCAACACCAAAAATATTGCTGAAATTTTCACG-TTTGAATATCGTT
261 TTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGTT
*
2988 TTCCCTATTTTTTTAGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACA
326 TTCCCTATTTTTCT-GAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACA
*
3053 TATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGAT
390 TATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGAT
3100 CTTTAAATAT
Statistics
Matches: 2180, Mismatches: 222, Indels: 56
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
662 24 0.01
663 749 0.34
664 369 0.17
665 377 0.17
666 332 0.15
667 272 0.12
668 53 0.02
669 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (663 bp):
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AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAA
ATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
TTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAATATCGTT
TTCCCTATTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACAT
ATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGAGTCTCAGCG
CCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACTCGTGATGGT
TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCGAAATATTATTCCTCAATTTTTGGC
CAAAATATTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCACGCTTTGAA
TATCGTTTTCCTA
Found at i:3382 original size:503 final size:503
Alignment explanation
Indices: 2649--3601 Score: 1536
Period size: 503 Copynumber: 1.9 Consensus size: 503
2639 CACGCTTTGA
* * * *
2649 ATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAATCAGTTTCAGATGCTCG
1 ATATCATTTTCCCTATTTTATCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCAGTTTCACATGCTCG
** *
2714 TAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGGGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTCGGA
66 TAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGA
* *
2779 GTCTCAGCGACAAACATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAGCC
131 GTCTCAGCGACAAACATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTACCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACC
*
2844 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCTCAA
196 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAA
* * *
2909 TTTTTGGCCACAATATTCTTTATAAATATATATTTCAACACCAAAAATATTGCTGAAATTTTCAC
261 TTTTTGGCCACAATATTATTTA-AAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGAAATTTTCAC
*
2974 G-TTTGAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTAGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAG
325 GCTTTGAATATCGTTTTCCCTATTTTTCT-GAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAG
*
3038 ATGCTCGTAAAAACATATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATCTT
389 ATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATCTT
3103 TAAATATATAATTTAAAGCAAAAAAAATTGGATAACTTTTCACACATCTT
454 TAAATATATAATTTAAAGCAAAAAAAATTGGATAACTTTTCACACATCTT
* * * *
3153 ATATCATTTTCCTTATTTTAT-TGCATTTATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCACATGCTCG
1 ATATCATTTTCCCTATTTTATCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCAGTTTCACATGCTCG
* * * * *
3217 TAAAAAGATATCTTTGAATCCAATGAT-GCTAAGATTTTATTAGATAAATATAGATATTTGTAAG
66 TAAAAACATATCCTTAAATCCAATG-TGGCTAAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCT-AG
* * *
3281 G-GTCTCAGCGCCAAAGATTATGCAAAACTGAGTCGGGGTACCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAA
129 GAGTCTCAGCGACAAACATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTACCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAA
* *
3345 CTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTGTTCCTC
194 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTC
* *
3410 AATTTTTGGCCACAATATTATTTAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTTTCA
259 AATTTTTGGCCACAATATTATTTAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGAAATTTTCA
* *
3475 CGCTTTGAATATCGTTTTCCCTATTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTTAT
324 CGCTTTGAATATCGTTTTCCCTATTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAG
*
3540 ATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGAT
389 ATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGAT
3602 ATTTCAAGGA
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 34, Indels: 8
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
502 132 0.32
503 259 0.63
504 21 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (503 bp):
ATATCATTTTCCCTATTTTATCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCAGTTTCACATGCTCG
TAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCTAGGA
GTCTCAGCGACAAACATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTACCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACC
GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAA
TTTTTGGCCACAATATTATTTAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGAAATTTTCACG
CTTTGAATATCGTTTTCCCTATTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGAT
GCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATCTTTA
AATATATAATTTAAAGCAAAAAAAATTGGATAACTTTTCACACATCTT
Found at i:3743 original size:330 final size:326
Alignment explanation
Indices: 3153--4251 Score: 1268
Period size: 330 Copynumber: 3.3 Consensus size: 326
3143 CACACATCTT
* * * * *
3153 ATATCATTTTCCTTATTTTAT-TGCATTTATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCACATGCTCG
1 ATATCGTTTTCCTTATTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCACATGCTCG
* * * * *
3217 TAAAAAGATATCTTTGAATCCAATGAT-GCTAAGATTTTATTAGATAAATATAGATATTTGTAAG
66 TAAAAACATATCCTTAAATCCAATG-TGGCTAAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTT-CAAG
* ** * *
3281 G-GTCTCAGCGCC-AAAGA-TTATGCAAAACTGAG-TCGGGGTACCGGAACTCGTTTTTAGCCAA
129 GAGTTTTGGCGCCAAAAAACTTA--CAAAACTGAGCT-GGGG--CCGGAACGCGTTTTTAGCCAA
* *
3342 AAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTGTTC
189 AAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTC
* *
3407 CTCAATTTTTGGCCACAATATTATTTAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGCAGGACTTT
254 CTCAATTTTTGGCCA-AATATTATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGCAGG-CTTT
3472 TCACGCTTTGA
317 TCACGCTTT-A
* * * * *
3483 ATATCGTTTTCCCTA-TTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTTATATGCTCG
1 ATATCGTTTTCCTTATTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCACATGCTCG
* *
3547 TAAAAACATATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGA
66 TAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGA
*
3612 GTTTTGGTGCCAAAAAACTTACAAAACTGAGCTGGGGCCGGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTG
131 GTTTTGGCGCCAAAAAACTTACAAAACTGAGCTGGGGCC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTG
* * * ** * *
3677 TGATGGTTCGTACACGATTTCAACTAAAATTTTGGAAAAACTGTTCCGAAATATTTTTTTCTCAA
195 TGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATA-TTATTCCTCAA
* * *
3742 TTTTTGGCCAACATACTCATTAAAAATATATAATTTAA-AGCAAAAAGATTGACA-GCTTTTCAC
259 TTTTTGGCCAA-ATA-TTATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTG-CAGGCTTTTCAC
*
3805 AC-TT-
321 GCTTTA
* * *
3809 ATATCGTTTTCCTTATTTTTTTGTGCATTAATTTCTAATTTAATCGAAATCGGTTTCACATGCTC
1 ATATCGTTTTCCTTA-TTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCACATGCTC
* * * * * *
3874 GTAAAAAGATATCTTTGAATCCAATGTTGCTAAGATTTGATTAGATGAAAATATATATATTTGAA
65 GTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGAT--AAATATAGATATTTCAA
** * * * * * *** * *
3939 TTAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACCAGACCCCAGAACGCGTTTCTAGCCAAAAA
128 GGAGTTTTGGCGCCAAAAAACTTACAAAACTG-AGCTGGGGCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
* * *
4004 -TGGTGATAGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTATTCCT
192 CT-GTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCT
* * *
4068 CAATTTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTT
256 CAATTTTTGGCC-AAATATT-ATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGCA-GGCTTTT
4133 CACGCTTCTA
318 CACGCTT-TA
* * *
4143 ATATTGTTTTCATTATTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCG
1 ATATCGTTTTCCTTATTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCACATGCTCG
**
4208 TAAAAACATATCCTTAAATTTAATGTGGCTAAGATTTGATTAGA
66 TAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGA
4252 ATATTTCAAG
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 94, Indels: 47
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
326 14 0.02
328 86 0.13
329 131 0.20
330 276 0.42
331 41 0.06
332 4 0.01
333 85 0.13
334 13 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (326 bp):
ATATCGTTTTCCTTATTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCACATGCTCG
TAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGA
GTTTTGGCGCCAAAAAACTTACAAAACTGAGCTGGGGCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGT
GATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTATTCCTCAATT
TTTGGCCAAATATTATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGCAGGCTTTTCACGCTTT
A
Found at i:9072 original size:330 final size:327
Alignment explanation
Indices: 8037--10189 Score: 1839
Period size: 330 Copynumber: 6.5 Consensus size: 327
8027 GATTCAATAT
* * * * * ** *
8037 AAAAAAATTGAAGGGCCTTTAACGTTTCTAATATTATTTTTCCTATTTTTTT-TGAATTAATTT-
1 AAAAATATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCTAAATTAATTTC
* * **
8100 TCAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATATAATGTGGCTGAG
66 T-AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
*
8165 ATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCA-TCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
130 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACT-AAAAATCATGCAAAACTGA-C
* * * *
8229 CA-GG-CCCTGGAACGTGTTTTTAGCTC-AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTCCGGCT-AAA
193 CAGGGTCCC-GGAACGCGTTTTTAGC-CAAAAACCATGAT-G--ACTACACGATTTCGGCTAAAA
* * * *
8290 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAATATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATA
253 TTTTGCAAAAATTGACCCG-AA-ATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAAAATATA
8355 TAATTCAACGCC
316 TAATTCAACGCC
* * * ** * * *
8367 AAAAATTTTGAAAGTCTTTTTCACGCTTCTAATATATTTTTTACTATTTGATTTCAAAATTAATT
1 AAAAATATTGAAGGAC-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTT-TTTTCTAAATTAATT
* * * ** * * * ** *
8432 TATGATTAAATCGAAACAAGATTTAGAAACTTGCAAAAACAAATCTTTAAATAAAATGTGACTGA
64 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * * *
8497 GATTTGGTTAGATAAATATATTATATATATATATAGGAGTCCTGCCGC-CT-AAAAT-ATGCAAA
129 GATTTGGTTAGATGAATATA-GATAT-T-T-CA-AGGAGTCTTG--GCACTAAAAATCATGCAAA
* * * * * * *
8559 ACTGACCTAGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAAAAAAACATGATG-GTATACAATT
187 ACTGACC-AGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGC--------CAAAAACCATGATGACTACACGATT
* ** * * * * *
8623 TCGGCTAAAATTTTGTAAAAAAAGACCTGAAATATTTT-CTAAATTTTTAGGCACAATACTCATG
243 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAT-TTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATA
8687 AAAAATATATAATTCAACGCC
307 AAAAATATATAATTCAACGCC
* * * *
8708 AAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTC
1 AAAAATATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCTAAATTAATTTC
* * * * * *
8773 TAATTAAATTGAAACAGGAATCAAATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTGGCTAAGA
66 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
* * *
8838 TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTTGCCACTAAAAATCATGCAAAACTGACCCG
131 TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACTAAAAATCATGCAAAACTGACCAG
* * * *
8903 GAGTCCCAGACCGCATTTTTAGCCAAAAAACCATGATGA-TACTCGATTTCGGCTAAAATTTTGC
196 G-GTCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCATGATGACTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * * * *
8967 AAAAAATTGACCCGAAATCTTTTTCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAGAATATACATAATTA
259 -AAAAATTGACCCGAAAT-TTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
9032 AACGCC
322 AACGCC
* * * *
9038 AAAAATATTGGAGGACTCTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCTAAATTAATTTC
1 AAAAATATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCTAAATTAATTTC
* *
9103 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGA
66 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
* * * ** * * **
9168 TTTGATTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTCGGCGTTAAAAATTATGCAAAACTAAGCTG
131 TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACTAAAAATCATGCAAAACTGA-CCA
* * * * * *
9233 GGGTTCTGAAACGCGTATTTAGCC-AAAA--ATCACG--TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
195 GGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGACTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* * * ** *
9293 AAAAATGACCCGAAAAATATTTTCCATAAATTCTT-GGAATAAATACTCATAATATATATATATA
260 AAAATTGACCCG--AAAT-TTTTCC-TCAATTTTTAGCCA-AAATACTCATAA-A-AAATATATA
*
9357 ATTTAACGCC
318 ATTCAACGCC
* * **
9367 AAAAA-ATTTG-AGGAC-TTTCAACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATAATTTTCTAAATTAATT
1 AAAAATA-TTGAAGGACTTTTC-ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCTAAATTAATT
* *
9429 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAA-AAATTTCTTAAATCCAATGTGGCTG
64 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA-TCCTTAAATCCAATGTGGCTG
*** * * * * * *
9493 AGATTTAACTAGATGAATATGGATATCTCAAAGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAT
128 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACTAAAAATCATGCAAAACTGA-
*** * * * *
9558 TTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAAT
192 CCAGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC---ATGATGACTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * *
9623 TTTG-AAAAATTGACTCGAAAGTTATTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAATTATAT
254 TTTGCAAAAATTGACCCGAAA-TT-TTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAAAATATAT
*
9687 AAGTCAACGCC
317 AATTCAACGCC
* * ** * *
9698 AAAAAGATTGAAGGAGTTTTCATACTTCTAATATCGTTCTTCCTATTATTTTTC-GAATTAATTT
1 AAAAATATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATT-TTTTTCTAAATTAATTT
* * * *** * * *
9762 TTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCATTGTGGATGAA
65 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * ** * * * * *
9826 ATTTTGTTAGATTAATATAGATATTTTGAGGATTCTCGGC-GTAAAAAATCATGCAACACTAAAC
130 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACT-AAAAATCATGCAAAACT-GAC
* * **
9890 CAGGTTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTTTGACTAACGTACACGATTTTAGCTA
193 CAGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC---A---TGA-TGAC-TACACGATTTCGGCTA
* * * * * * *
9955 ATATTTTGCAAAAATTGATCAGAAGTATTTCCTCAATTTTT-GTCTAAAATACTTATAAAAAAAT
250 AAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATTTTTCCTCAATTTTTAG-CCAAAATACTCAT-AAAAAAT
*
10019 ATATAATTCAACTCC
313 ATATAATTCAACGCC
* * * * *
10034 AAAAATATTGGAGGATACTTTTCACGGTTTTAATATCGTTTTT-CT-TATTTTTCTGAATTAATT
1 AAAAATATTGAAGG--ACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCTAAATTAATT
* * * * *
10097 TTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT-CTTCAGATGCAATGTAGTTG
64 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT-AAATCCAATGTGGCTG
* * *
10161 AGATTTGATTAGATGAAAATATATATTTC
128 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
10190 TTGGAGCCTC
Statistics
Matches: 1480, Mismatches: 269, Indels: 141
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
324 12 0.01
325 24 0.02
326 15 0.01
327 24 0.02
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330 234 0.16
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333 115 0.08
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342 19 0.01
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345 1 0.00
346 9 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (327 bp):
AAAAATATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCTAAATTAATTTC
TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACTAAAAATCATGCAAAACTGACCAG
GGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGACTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
AAATTGACCCGAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG
CC
Found at i:10921 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 10878--11043 Score: 181
Period size: 31 Copynumber: 5.4 Consensus size: 31
10868 TTATGCACGA
10878 GGCATGCCACGTGTCACTTTTTGGTACACAT
1 GGCATGCCACGTGTCACTTTTTGGTACACAT
** *
10909 GGCATGATACGTGTCACTTTTTGGTACATAT
1 GGCATGCCACGTGTCACTTTTTGGTACACAT
* * * **
10940 GGCGTG-CACGTGTCAGTTTTTGATACATGT
1 GGCATGCCACGTGTCACTTTTTGGTACACAT
* * * *
10970 GACATGCCACGTGTCGCTTTTTGGAACACGT
1 GGCATGCCACGTGTCACTTTTTGGTACACAT
* * * *
11001 GACGTGCCACGTGTCGCTTTTTGATACACAT
1 GGCATGCCACGTGTCACTTTTTGGTACACAT
11032 GGCATGCCACGT
1 GGCATGCCACGT
11044 CTGACACCGT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 21, Indels: 2
0.83 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
30 24 0.21
31 89 0.79
ACGTcount: A:0.19, C:0.23, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (31 bp):
GGCATGCCACGTGTCACTTTTTGGTACACAT
Found at i:10952 original size:61 final size:62
Alignment explanation
Indices: 10882--11043 Score: 191
Period size: 61 Copynumber: 2.6 Consensus size: 62
10872 GCACGAGGCA
* * * * *
10882 TGCCACGTGTCACTTTTTGGTACACATGGCATGATACGTGTCACTTTTTGGTACATATGGCG
1 TGCCACGTGTCACTTTTTGATACACATGGCATGACACGTGTCACTTTTTGGAACACATGACG
* ** * * * *
10944 TG-CACGTGTCAGTTTTTGATACATGTGACATGCCACGTGTCGCTTTTTGGAACACGTGACG
1 TGCCACGTGTCACTTTTTGATACACATGGCATGACACGTGTCACTTTTTGGAACACATGACG
* *
11005 TGCCACGTGTCGCTTTTTGATACACATGGCATGCCACGT
1 TGCCACGTGTCACTTTTTGATACACATGGCATGACACGT
11044 CTGACACCGT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 17, Indels: 2
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
61 49 0.60
62 33 0.40
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Consensus pattern (62 bp):
TGCCACGTGTCACTTTTTGATACACATGGCATGACACGTGTCACTTTTTGGAACACATGACG
Found at i:15851 original size:992 final size:974
Alignment explanation
Indices: 14366--17174 Score: 3159
Period size: 991 Copynumber: 2.8 Consensus size: 974
14356 TGAAATTATT
* * * * *
14366 GACCTGAAAAGATCTTT-CTCAATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCC
1 GACCTGAAAA-ATCTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACGCC
* * * * *
14430 AAAAGGATTGAAGGACTTTTCAAGTTTTTAATATCGTTTTTCA-TATTTTTTTCTAAATTAATTT
65 AAAAAGATTGAAGG-CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATTATTTTTTTCCAAATTAATTT
* *
14494 CTAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATACA--CGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCT-
129 CTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATGCATCCGTAAAAACAAA-TCTTAAATCCAATGTGGCTA
* * * *
14556 GATATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAAGAGTCTCCGCGCCAAAAATCATGCAAAATAAA
193 GAT-TTAG-TTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCT-TGCGCCAAAAATCATGCAAAAT-GA
* * * * ** *
14621 GCAGTGGCCCCGAAACACGTTTTTAGT-CAAAAACCGTGATGGTTAC----T--AC-ACGATTTC
254 GCAGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGTAAAAAAACCGTGATGGTAACGATTTCGACTAAAATTTT
* *
14678 GTCTAAAAACTTACCCGAAAAAGTTTCTT-TCCCAATTTTTTGCCACAATAATCAGAAAAAATAT
319 G-C-AAAAACTTA-CCGAAAAA-TTT-TTCT-TCAA-TTTTTGCCACAATACTCAG-AAAAATAT
* *
14742 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTCCC
376 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA-GGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTCC
* * *
14807 GAATTAATTTTTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAA
439 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAA
* *
14872 TGTGGTTGAGGTTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAAACTTTGTGCCAAAAATCATGCA
504 TGTGGCTGAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAAACTTTGTGCCAAAAATCATGCA
*
14937 AAATTAAGCCGGGGCTCCAAAATGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
569 AAATTAAGCCGGGGCTCCAAAAT-CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
*
15002 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAA
633 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC-AAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAA
* *
15067 AAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATAT
697 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGATTTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTCAT-T
*
15132 ATTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACGAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
761 -TTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* ** * *
15197 AAATTCAATGTGGCTGAGATTTGGTTATATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAA
825 AAATCCAATGTGGCTGAGAAATGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAA
* * **
15262 ACCATGCAAAACTGA-GTTGAGGCCCCGAAAATCGTTTTTAGCCA-AAAACCTTGATGATTTGTA
890 ACCATGCAAAACT-ACGTTGAGACCCCGAAAAGCGTTTTTAGCCATAAAA-C-TG-TGA-AGGTA
15325 CACGATTT-C-G-A-TT-AAAAACA
950 CACGATTTGCTGAATTTCAAAAACA
* *
15345 GACCTGAAAAAT-TTATCCTCAATTTTTTGCCACAATAATCATAAAACATATATAATTCAACGCC
1 GACCTGAAAAATCTT-TCCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACGCC
* * * *
15409 AAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTTTCCGAATTAAT
65 AAAAAGATTGAAG-GCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-C-ATTATTTTTTTCCAAATTAAT
* *
15474 TTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATGCATGCCCGTAAAAACAAATCATTAAATCGAATGTA
127 TTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATGCAT--CCGTAAAAACAAATC-TTAAATCCAATGTG
*** * *
15539 GCTAGGATTTAGTTAGATGAATATTTATATTTTAAGGAGTCATTACGCCAAAAATCATGCAAAAC
189 GCTA-GATTTAGTTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTC-TTGCGCCAAAAATCATGCAAAA-
* *
15604 TGAGCAGGGGCCTCAAAACGCGTTTTTAGTAAAAAAACCGTGATGAGTAAACGGATTTCGACTAA
251 TGAGCAGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGTAAAAAAACCGTGATG-GT-AAC-GATTTCGACTAA
*
15669 AATTTTGCAAAAACTTACTCGAAAAATTTTTCTTCAATTCTTTGCCACAATGCTCAGAAAAATAT
313 AATTTTGCAAAAACTTAC-CGAAAAATTTTTCTTCAATT-TTTGCCACAATACTCAGAAAAATAT
*
15734 ATAATTCAACGCCAAAAAAATTGATGGGTTTTCACGCTTCTAATATCGGTTTTCCATTTTTTTCC
376 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA-GGGTTTTCACGCTTCTAATATC-GTTTTCCATTTTTTTCC
* * * * *
15799 GAAATAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTTAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTGTATCCAA
439 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAA
* * * * **
15864 TGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGAGTTTCCGCCAAAAATCATGCA
504 TGTGGCTGAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAAACTTTGTGCCAAAAATCATGCA
* * * * * * *
15929 AAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACA-CG-TTTTATCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTT
569 AAATTAAGCCGGGGCTCC--AAAATCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* *
15992 GGCTAAAATTTTGCAAAAGCTGACCCAAAAATTTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAA
632 GGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAAATTTTT-CCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAA
*
16057 AAAATATATAATTCAACGCCAGAAAAATTGAA-GACTTTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
696 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGA-TTTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTT-CA
* *
16121 TTTTTATTACGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCC
759 TTTTT-TTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * * * *
16186 TTAAATCCAATGTGGCTGAGAAATGGTTAGGTGATTGTAGGTATTTCAATGAGTTTTTATGCCAA
823 TTAAATCCAATGTGGCTGAGAAATGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAA
* * *
16251 AAACCATGCAAAACTACGTTGAGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCATAAAACTGTGAAGGTATAC
888 AAACCATGCAAAACTACGTTGAGACCCCGAAAAGCGTTTTTAGCCATAAAACTGTGAAGGTACAC
**
16316 GATTTCGGCTGAAATTTTGCAAAAATT
953 GATTT--GCTG-AA-TTT-CAAAAACA
* * * *
16343 GACCAGAAATATCTTTCAT-AATTTTCAGCCACAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACGCCA
1 GACCTGAAAAATCTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACGCCA
* *
16407 AAAAGATTGAATGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TTACTCTTTTTCCAAATTAATTT
66 AAAAGATTGAA-GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATTA-TTTTTTTCCAAATTAATTT
* **
16471 CTAATTAAATCAAAACATGATTCAAATGC-T-CGTAAAGTCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTA
129 CTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATGCATCCGTAAAAACAAAT-CTTAAATCCAATGTGGCT-
* * * * * * *
16534 AGATTTAGTTATATGAATAGAGATATTTCAAGGAGTTTTGCAACAAAAAATCATGCAAAAAAGAC
192 AGATTTAGTTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGC-GCCAAAAATCATGC-AAAATGAG
* * * * *
16599 CCGGGGCCCCGGAACGCCTTTTTAGCCAAAAAAAAACCGTGATGGTTCAA-GATTTCGGCTAAAA
255 CAGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAG---TAAAAAAACCGTGATGG-T-AACGATTTCGACTAAAA
* * * *
16663 TTTTGC-AAAAGTTGACCCAAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAATATAT
315 TTTTGCAAAAACTT-ACCGAAAA-ATTTTTCTTCAATTTTT-GCCACAATACTCAGAAAA-ATAT
** ** * * * * *
16727 ATAATTCAACGTGAAAAAGATTGGAGACTTCTT-ACGCTTTTAATATTGTTTTTCATATTTTTCT
376 ATAATTCAACGCCAAAAAGATT-GAGGGTT-TTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTCC
* * *
16791 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATTCAA
439 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAA
* * ** *
16856 TGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAA-GAAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGT
504 TGTGGCTGAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAA-ACTTTGTGCCAAAAATCATGC
* *
16920 AAAACTAAGCCGGGGCCCCGAAACAT-GTTTTTAGCCAAAAACC--G-T-G-TA-T--ACGATTT
568 AAAATTAAGCCGGGGCTCC-AAA-ATCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * * * * * *
16976 CAGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCAAAAAAATTTTTCCTGAATTTTTAGCTAAAAAAACCCAT
631 CGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACC-CAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCT-ACAATACTCAG
* * * * * *
17041 AAAATATATATAATTGAATGCCAAAAAGATT-AGAGGACTTTTCATGCTTTTAATATCGTTTTTC
694 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGA-AGGATTTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTC
* * *
17105 TTTTTTTTTCTGAA-TTACTTTCTAATCAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT
758 -ATTTTTTTCCGAATTTA-TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT
*
17169 TCTTAA
821 CCTTAA
17175 TGATGGAATG
Statistics
Matches: 1556, Mismatches: 199, Indels: 144
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
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978 3 0.00
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999 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (974 bp):
GACCTGAAAAATCTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACGCCA
AAAAGATTGAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATTATTTTTTTCCAAATTAATTTCT
AATTAAATCAAAACAAGATTCAAATGCATCCGTAAAAACAAATCTTAAATCCAATGTGGCTAGAT
TTAGTTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATGAGCAGGGG
CCCCGAAACGCGTTTTTAGTAAAAAAACCGTGATGGTAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAA
CTTACCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAA
AAAGATTGAGGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTA
AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGAT
TCGATGAATATAGATATTTCAAGGAAACTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTAAGCCGGGGCTC
CAAAATCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
CTGACCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCC
AAAAAAATTGAAGGATTTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTA
ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAAA
TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTACGTTGAG
ACCCCGAAAAGCGTTTTTAGCCATAAAACTGTGAAGGTACACGATTTGCTGAATTTCAAAAACA
Found at i:16524 original size:330 final size:327
Alignment explanation
Indices: 14363--17174 Score: 2699
Period size: 330 Copynumber: 8.5 Consensus size: 327
14353 TGATGAAATT
* * * * * *
14363 ATTGACCTGAAAAGATCTTT-CTCAATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAAC
1 ATTGACCAGAAAA-ATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC
* * * * **
14427 GCCAAAAGGATTGAAGGACTTTTCAAGTTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCTAAATTAAT
65 GCCAAAAAGATTGAAGG-CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TATTTTTTTCCGAATTAAT
* * * *
14492 TTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATACACGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTG
128 TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* * * * **** *
14557 ATATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAAGAGTCTCCGCGCCAAAAATCATGCAAAA-TAAA
193 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACT-GA
* * * * *
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257 GCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG-TA-T--ACGATTTCGGCTAAAA
14683 ------AAAA
318 TTTTGCAAAA
* * * *
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1 ATTGACCAGAAAAA--TT-TTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCA
* * * *
14750 ACGCCAAAAAGATTGACGGGCTATTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCATTTTTTCCCGAATTAA
63 ACGCCAAAAAGATTGA-AGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAA
* * * * *
14814 TTTTTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGTT
127 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
* * * ** * * *
14879 GAGGTTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAAACTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTAA
192 GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* * * *
14944 GCCGGGGCTCCAAAATGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
257 GCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG-TA-T--ACGATTTCGGCTAAAA
15009 TTTTGCAAAA
318 TTTTGCAAAA
* * * * * *
15019 ACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACA
1 ATTGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG
* * * *
15084 CCAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATATTTTTCCGAATTTATT
66 CCAAAAAGATTGAAGG-CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TATTTTTTTCCGAATTAATT
* *
15149 TCTAATTAAATCGAAACGAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGA
129 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * * *
15214 GATTTGGTTATATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGT
194 GATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * ** * *
15279 TGAGGCCCCGAAAATCGTTTTTAGCCAAAAACCTTGATGATTTGTACACGATTTC-G-----A--
259 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC--G-TGA-TGGTATACGATTTCGGCTAAAATT
15336 TT--AAAA
320 TTGCAAAA
** * * * *
15342 ACAGACCTGAAAAATTTATCCTCAATTTTTTGCCACAATAATCATAAAACATATATAATTCAACG
1 ATTGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG
* * *
15407 CCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTTTCCGAATTA
66 CCAAAAAGATTGAAG-GCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-C---TATTTTTTTCCGAATTA
* * * *
15472 ATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATGCATGCCCGTAAAAACAAATCATTAAATCGAATG
126 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC--A-G-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* * ** * * *
15537 TAGCT-AGGATTTAGTTAGATGAATATTTATATTTTAAGGAGTCATTACGCCAAAAATCATGCAA
187 TGGCTGA-GATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAA
* * * ** * *
15601 AACTGAGCAGGGGCCTCAAAACGCGTTTTTAGTAAAAAAACCGTGATGAGTAAACGGATTTCGAC
251 AACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAG-CCAAAAACCGTGATG-GTATAC-GATTTCGGC
15666 TAAAATTTTGCAAAA
313 TAAAATTTTGCAAAA
* * * *
15681 ACTT-ACTC-GAAAAATTTTTCTTCAATTCTTTGCCACAATGCTCA-GAAAAATATATAATTCAA
1 A-TTGAC-CAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAA
* * * * * *
15743 CGCCAAAAAAATTGATGGGTTTTCACGCTTCTAATATCGGTTTTCCATTTTTTTCCGAAATAATT
64 CGCCAAAAAGATTGAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATT
* * * **
15808 TCTGATTAAATCGAAACAAGATTTAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTGTATCCAATGTGGCTGA
129 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * ** ** * *
15873 GATTTGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGAGTTTCCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGT
194 GATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * * * * *
15938 CGGGGCTCCGGAACACG-TTTTATCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTTGGCTAAAATT
259 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG----GTATACGATTTCGGCTAAAATT
16002 TTGCAAAA
320 TTGCAAAA
** * *
16010 GCTGACC-CAAAAATTTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAC
1 ATTGACCAGAAAAATTTTT-CCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC
* * * * *
16074 GCCAGAAAA-ATTGAAGACTTTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTATTACGAATTTA
65 GCCA-AAAAGATTGAAGGC-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTT-TTCCGAATTAA
*
16138 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
127 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
** * * * * * * *
16203 GAGAAATGGTTAGGTGATTGTAGGTATTTCAATGAGTTTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACT-A
192 GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
** * * * * * *
16267 CGTTGAGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCATAAAACTGTGAAGGTATACGATTTCGGCTGAAATT
257 -GCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCA-AAAACCGTGATGGTATACGATTTCGGCTAAAATT
16332 TTGCAAAA
320 TTGCAAAA
* * * ** *
16340 ATTGACCAGAAATATCTTTCAT-AATTTTCAGCCACAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACG
1 ATTGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG
* * *
16404 CCAAAAAGATTGAATGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTACTCTTTTTCCAAATTAAT
66 CCAAAAAGATTGAA-GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TA-TTTTTTTCCGAATTAAT
* * * ** *
16469 TTCTAATTAAATCAAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAGTCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTA
128 TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* * * **
16534 AGATTTAGTTATATGAATAGAGATATTTCAAGGAG--TTT-TGCAACAAAAAATCATGCAAAAAA
193 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGC--C-AAAAATCATGCAAAACT
* * * *
16596 GACCCGGGGCCCCGGAACGCCTTTTTAGCCAAAAAAAAACCGTGATGGT-TCAAGATTTCGGCTA
255 GAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCC----AAAAACCGTGATGGTAT-ACGATTTCGGCTA
16660 AAATTTTGCAAAA
315 AAATTTTGCAAAA
* * * *
16673 GTTGACCCA-AAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAATATATATAATTCAAC
1 ATTGA-CCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC
** * * * * * *
16737 GTGAAAAAGATTGGAGACTTCTT-ACGCTTTTAATATTGTTTTTC-ATATTTTTCTGAATTAATT
65 GCCAAAAAGATTGAAGGCTT-TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATT
* *
16800 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATTCAATGTGGCTGA
129 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * *** * *
16865 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGTAAAACTAAGC
194 GATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
** *
16930 CGGGGCCCCGAAACATGTTTTTAGCCAAAAACC--G-T-GTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGC
259 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
16991 AAAA
324 AAAA
* * * * * * * * * * *
16995 AATGACCAAAAAAATTTTTCCTGAATTTTTAGCTAAAAAAACCCATAAAATATATATAATTGAAT
1 ATTGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGC-CACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC
* * * * *
17060 GCCAAAAAGATT-AGAGGACTTTTCATGCTTTTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTTCTGAATTACT
65 GCCAAAAAGATTGA-AGG-CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAAT
* *
17124 TTCTAATCAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAA
128 TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
17175 TGATGGAATG
Statistics
Matches: 2058, Mismatches: 342, Indels: 175
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
321 3 0.00
322 52 0.03
323 323 0.16
324 34 0.02
325 134 0.07
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340 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (327 bp):
ATTGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG
CCAAAAAGATTGAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTC
TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
GGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
AA
Found at i:18024 original size:327 final size:324
Alignment explanation
Indices: 17416--18715 Score: 1384
Period size: 326 Copynumber: 3.9 Consensus size: 324
17406 GTAAAAACAA
* ** *
17416 TGGCTGGGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAA
1 TGGCTGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* ** * * * *
17481 ACTGAATC-GGTTACGGAACGCGTGTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTATACGATTTCGGCG
66 ACTGAGTCGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG--TGTTACACGATTTCGGCT
* * * *
17545 AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTCTT--TCAATTTTTAGTCACAATACTCATAAAA
129 AAAATTTTGTAAAAATTGA-CCGAAA-A-ATTTTTCCTCAATTTTTGGT-AAAATACTCAT-AAA
* * * *
17608 AATATATAATTCATCACCAAAAATATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TT
189 AATATATAATTTAACACCAAAAATATTGGAGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATACTT
* * * *
17672 TTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTTAAT
254 TTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAAT
*
17737 GCAATG
319 CCAATG
* * *
17743 TGGCTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTAGGCGTCAAAAATCATGCAAA
1 TGGCTGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * ** * *
17808 ACTGAGTCGAGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGTCGTGATG-G-TGCACGATTTTGGCTA
66 ACTGAGTCG-GGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTGTTACACGATTTCGGCTA
* * *
17871 AAATTTTGTAAAAAATGACCTGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGATAAAATACTCATAAAATAC
130 AAATTTTGTAAAAATTGACC-GAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTTGGTAAAATACTCATAAAA-AT
* * *
17936 ATATACTTTAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGTTTTTATTATCGTTTTTCATACTTTT
192 ATATAATTTAACACCAAAAATATTGGAGG-CTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATACTTTT
* * *
18001 CTGAATAAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCCGGTGCTCGTAAAAA-AAATTCTTAAATCC
256 CTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCC
*
18065 AATA
321 AATG
* * * * *
18069 TAGCTGAGATTTTATTAGATGAGTAT-GTATATCTCAAGGATTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAA
1 TGGCTGAGATTTTATTAGATGAATATAG-ATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * * * *
18133 AACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCAG
65 AACTGAGTC-GGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G-TGTTACACGATTTCGG
* * *
18198 CTAAAATTTTGTAAAAATTGACCAGAAAGATATTTCCTCAGTTTTTGGCTAAAATACTCATAAAA
127 CTAAAATTTTGTAAAAATTGACC-GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGG-TAAAATACTCATAAAA
* ** * * *
18263 ATATAT-ATTTCAACGCCAAAAAGGTTGGAGGGCTTTTGACG-TTTCTAATATCGTTTTTCCTTT
190 ATATATAATTT-AACACCAAAAATATTGGA-GGCTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTT-CATA
* * * *
18326 TTTTATCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-AAATCAAGATTCAGATGTTTGTAAAAACAAATTCT
251 CTTT-TCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCT
18390 TAAATCCAATG
314 TAAATCCAATG
* * * * * * *
18401 TGTCTGAGATTTGATTAGATGGATATAGATATTTCAAGTA-TTTTCGGAGTCAAAAATCATGCAA
1 TGGCTGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT-GGCGCCAAAAATCATGCAA
* * * *
18465 AATTGAGGCGGGTCCCCGGAATGCGTTTTTAGCGAAAAACCGTGATGGTTAGTTAGTACACGATT
65 AACTGAGTCGGGT-CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G-T-G-T--TACACGATT
* * **
18530 TCGGCTAAAATTTTG-AAAAATTTGACACGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGTTAATGTACTCA
123 TCGGCTAAAATTTTGTAAAAA-TTGAC-CGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGG-TAAAATACTCA
* * * * *
18594 TAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAATATTGTAGGGTTTTCCACGCTTTTAATATCGTATTTCT
185 TAAAAATATATAATTTAACACCAAAAATATTGGAGGCTTTT-CACGCTTTTAATATCGTTTTTCA
* *
18659 TATCTTTTCTAAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
249 TA-CTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
18716 TCCAATGTTG
Statistics
Matches: 814, Mismatches: 122, Indels: 66
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
323 5 0.01
324 7 0.01
325 73 0.09
326 138 0.17
327 116 0.14
328 6 0.01
329 76 0.09
330 72 0.09
331 47 0.06
332 104 0.13
333 1 0.00
334 1 0.00
335 55 0.07
336 105 0.13
337 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (324 bp):
TGGCTGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
ACTGAGTCGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTGTTACACGATTTCGGCTAA
AATTTTGTAAAAATTGACCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGTAAAATACTCATAAAAATATAT
AATTTAACACCAAAAATATTGGAGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATACTTTTCTGAA
TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATG
Done.