Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015497.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15530, whole genome shotgun sequence
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1860 GAAAAATAGT
1870 AAAATGGTAAAAA
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* *
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1 AAA
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AAAATGGTAAAAA
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3353 ATGTTTGGAC
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3441 GATTGTAACG
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ATATAGAGATTTATTCTTTGTATCAAAAAAA
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6841 GTGTCCGACG
* * *
6851 ATGGCATGCCACGTGTACCAAAAAGCGACAT
1 ATGGCACGCCATGTGTACCAAAAAGCGACAC
* *
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1 ATGGCACGCCATGTGTACCAAAAAGCGACAC
**
6913 ATATCACGCCATGTGTACCAAAAA
1 ATGGCACGCCATGTGTACCAAAAA
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6911 ACATATCACG
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**
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1 CCATGTGTACCAAAAAGTGA
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1 C
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7378 AGGAAAGAAT
*
7388 TAGGAAGGAAAGGAAA
1 TAGGAAGGAAGGGAAA
*
7404 TAGCAAGGGAAGGGAAA
1 TAGGAA-GGAAGGGAAA
* *
7421 TAGGGAGGAAGAGAAA
1 TAGGAAGGAAGGGAAA
7437 GGAAGTTATA
Statistics
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16 14 0.52
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TAGGAAGGAAGGGAAA
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12412 TTTTTTTTGG
* * * * *
12422 CAAAACTACTCATAAATATATATAATTCAACGCCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCAAGCTTTTAA
1 CAAAA-TACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAA
* ***
12487 TATCGCTTTTC-A-TATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACA
65 TATCGTTTTTCTATTA-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTG
* * * *
12550 TAAAAACAAATCCTTGAATCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAATATATTTCAAGGA
129 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
** *** ** * *
12615 GTCTCGGCGTTAAAAATCATGCAAAACAAAGTTGTGGTCCTGGAACGCGTTTTTACCCAAAAACC
194 GTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAATTGAACCTG-GGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* *
12680 GTGATG-GTTAGTACACGATTTCGAAC-AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTTCTC
258 GTGATGAGTTAGTACACGATTTC-AGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTC
* **
12743 AATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCGACAT-AAAAAAGA-TT-AAAAAGCTT
322 AATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC-TCAAAAAAGATTTGAGGAA--TT
* * * * *
12805 TTAACACTTTTAATCTTGTTTTTCCA-ATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATG
384 TTCACGCTTTTAATATCGTTTTT-CATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * * * *
12869 ATTCAAATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
448 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATA
* * * * * *
12934 AATTTTTC-AAG-G-AT-TGCACCAAAAATCATGCAATACTGAGTC-GGGTCCC-GGAACGCGTT
513 GATATTTCAAAGAGTATCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CAGGGGCCCTGAAACGCGTT
** * * *
12993 TTT-ACCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGGAAAAATTGA-TCCG
577 TTTAACCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACT-CG
* * * *
13056 AAAGATT-TTTCCTCGATTTCTAAC
641 AAA-ATTATTTTCTCAATTTTTAGC
* * * * * *** *
13080 GAAAATACTCATATAAAACATATTATTCAATG-CAAAAAAATTGAAAACCTTTTTCCCGCTTTTA
1 CAAAATACTCATA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGC-TTTTCACGCTTTTA
* * * *
13144 ATATCG-TTTTCATATT-TTTT-TGAATTAATTTCTTATTAAGTCGAAACAAAATTCAGATGCTC
64 ATATCGTTTTTC-TATTATTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTT
* * * *
13206 GTAAAAACAAATTCTTCAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATTGATATTTCAAGG
128 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGG
* ** ** * * *
13271 AGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAA-ACAAAGTGGGGGCCCTGAAATGCGTTTTTAGCAAAAAA
193 AGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAATTGAACCT--GGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAA
* * *
13335 ACCGTGAT-AGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAAAAT-TATT
255 ACCGTGATGAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACCCGAAAGATAT-TT
* * * * * *
13398 CCGTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGAC
318 CC-TCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAGATTTGAGGAA
* * * *
13463 TTTTCAAGCTTTTAATATTGTTTTTCATA-TTTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAA
382 TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
* * * *
13527 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATTTAACTGAGATTTGATTAAATGAATAT
447 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAT
* * * * * * *
13592 GGATATCTCAAAGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGCAGGGGCCCTGGAACGCGTT
512 AGATATTTCAAAGAGTATCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCTGAAACGCGTT
* * * * *
13657 TTTAACCAAAAAACCGTGATGATTATTACATGATTTCGATCGGCTAGAATTTTGCAAAAATTGAC
577 TTTAACCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT---T-GGCTAAAATTTTGCAAAAAATGAC
*
13722 TTGAAAATTATTTTCTCAATTTTTAGC
638 TCGAAAATTATTTTCTCAATTTTTAGC
* * * * * *
13749 CACAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGTTTGAAAGTCTTTTCATGCTTCTAA
1 CAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAA
* *
13814 TATCGTTTTTTCTATTATTTTCCGAATTAATTAT-TAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTT
65 TATCG-TTTTTCTATTATTTTCTGAATTAATT-TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTT
*** * * * * * *
13878 GT-TTTACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAAATTTGGTTAAATGAATGTAGATATTT-ATGG
128 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGG
* * *
13941 AGTCTCGGCGCAAAAAATCATGCAACATTGAACCTGGGCCCAGGAACG-GATTTTTAGGCAAAAA
193 AGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA-ATTGAACCTGGGCCCTGGAACGCG-TTTTTAGCCAAAAA
* * * * * ** *
14005 TCGTGATTTCGACTAACGTACACGATATCAGCTAATATTTTGCAAAAATTGA-CC-AAATTTTTT
256 CCGTGA--T-GAGTTA-GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATT
* ** ** * *
14068 TTCTCAATTTTTGTCTAAAATACAAATAAAATATATATAATTCAACTCAAAAAAGATTTG-TGAA
317 TCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAGATTTGAGGAA
*
14132 TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACAA
382 TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
* * * * * * * *
14196 TATTCATATTCACGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATCTGGA-TGATACTTGATTAGATGAATA
447 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT-GACTGAGATTTGATTAGATGAATA
* * * * * * * * * * *
14260 TAGGTATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGTAAAATTGAACCGGGGCCCCGAAACGTGT
511 TAGATATTTCAAAGAGTATCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCTGAAACGCGT
* * ** * **
14325 TTTTAGCAAAGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAATTTGCAAAAAATGACAA
576 TTTTAACCAA-AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACTC
*
14390 GAAAA-AATTTTCCTCAATTTTTAGC
640 GAAAATTATTTT-CTCAATTTTTAGC
* * * *
14415 CACAAT-CTCATAAAAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAA
1 CAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAA
* * * * *
14479 TATCGTTTTTCCT-TT-TTTT-TAGAATCAATTTTTAATTAAAACGAAACATGATTCAAATG-TT
65 TATCGTTTTT-CTATTATTTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTT
* * *
14540 -T-----CTAA-----AAA--CAA--TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGG
128 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGG
** * *
14590 AGTCTCGATGCCAAAAATCATTCAAAATTGAACC-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
193 AGTCTCGGCGCCAAAAATCATGC-AAATTGAACCTGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
* * * * * *
14654 CCTAATGA-TTATTACACGATTTC-GATTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATATCCT
257 CGTGATGAGTTAGTACACGATTTCAG-CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCT
* ** * * * **
14717 CAATTTTTAGCCATAATACTTATAAAAAATATATAATTCAA-TGACAAAAAG-TTTGAAGGGCTT
321 CAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCA-AAAAAGATTTG-AGGAATT
* *
14780 TTCATGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
384 TTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * * * * *
14845 ATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATCAGATGAATATA
448 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATA
* * * * *
14910 GATATTTCAAGGATTATCGGCACCAAAAACCATGCAAAACTGAGCTA-GGGACCTGAAACACGTT
513 GATATTTCAAAGAGTATCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGC-AGGGGCCCTGAAACGCGTT
* * *
14974 TTTAGCCAAAAAACAGTGATCGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCACAAAAAAGAAAC
577 TTTAACCAAAAAACCGTGAT-GGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCA-AAAAATG--AC
* * * * *
15039 CCGAAAAATA-TTTCCCTAATTTTTGGA
638 TCGAAAATTATTTTCTC-AATTTTTAGC
* ** *
15066 TAAAATACTCATAAAATATATATAATTTGACGCCAAGAAGATTTG-AGGGCTTTTCACGCTTTTA
1 CAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAAGA-TTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTA
* *
15130 ATATTGTTTTTC-A-TATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTT
64 ATATCGTTTTTCTATTA-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTT
* * * * *
15193 GCAAAAACAAAT-TTTAAATTCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATAT-GCATATCTCAAG
128 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAG-ATATTTCAAG
** *** * * * * * *
15256 GAGTCTTAGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCC-AGAACGCTTTTTTAGTCAAAAA
192 GAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGC-AAATTGAACCTGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAG-CCAAAA
** * * * *
15320 ACTATGATG-GTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTAACCCGAAAGATATTTCC
255 ACCGTGATGAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCC
* * *
15384 TCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGA-TTGAAGG----
320 TCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAGATTTG-AGGAATT
*
15444 -----GCTTTT--GA-CG-------------TT-T-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
384 TTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* **
15486 TTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAG
449 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAG
* * * * *
15551 ATATTTC-AAGTAGTCTCGG-AGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC-GGGTCCC-CATAACGCA
514 ATATTTCAAAG-AGTATCGGCA-CCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CAGGGGCCCTGA-AACGCG
* * * *
15612 TTTTTAGCC-AAAACCCGTGATTGTTTGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTG
575 TTTTTAACCAAAAAACCGTGA-TG---GTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAATG
* * * * *
15676 ACGC-AAAA-GATTTCTCCTAAATTTTTGGT
636 ACTCGAAAATTATTT-T-CTCAATTTTTAGC
* * * *
15705 TAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTTACTCTTTTAAT
1 CAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAAT
* * *
15770 ATCGTATTTCTTATT-TTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAACAAGATTCAGATG-TTCG
66 ATCGTTTTTC-TATTATTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTT-G
* * * *
15833 TAAAAGCAAATTCTTAAATCCAATGTTGCTGAGATTTGTTTAG
129 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
15876 GTGATGTAAA
Statistics
Matches: 2304, Mismatches: 373, Indels: 256
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
637 4 0.00
638 56 0.02
639 96 0.04
640 166 0.07
641 8 0.00
642 33 0.01
643 28 0.01
644 10 0.00
645 50 0.02
646 30 0.01
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648 229 0.10
649 37 0.02
650 8 0.00
651 27 0.01
652 92 0.04
653 6 0.00
656 5 0.00
657 165 0.07
658 80 0.03
659 125 0.05
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661 3 0.00
662 7 0.00
663 68 0.03
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674 23 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (664 bp):
CAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAAT
ATCGTTTTTCTATTATTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTA
AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
CTCGGCGCCAAAAATCATGCAAATTGAACCTGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTG
ATGAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATT
TTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAGATTTGAGGAATTTTCACGC
TTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC
AAAGAGTATCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCTGAAACGCGTTTTTAACCAA
AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACTCGAAAATTATTT
TCTCAATTTTTAGC
Found at i:14489 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 12415--15875 Score: 3119
Period size: 332 Copynumber: 10.5 Consensus size: 331
12405 TTCCTCATTT
* * * * *
12415 TTTTTGGC-AAAACTACTCAT-AAATATATATAATTCAACGCCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCA
1 TTTTTAGCTAAAA-TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCA
* *
12478 AGCTTTTAATATCGCTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
65 CGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
* * * * * *
12543 ATGCACATAAAAACAAATCCTTGAATCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAATATATT
130 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATT
** ** ** * * *
12608 TCAAGGAGTCTCGGCGTTAAAAATCATGCAAAA-CAAAGTTGTGGTCCTGGAACGCGTTTTTACC
195 TCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAA-CCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGC
* * *
12672 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGAAC-AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATA
259 AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-AGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-AAA
12736 TTTT-CTCAA
322 TTTTCCTCAA
* * * *** * ** *
12745 TTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCGACATAAAAAAGATTAAAAAGCTTTTAAC
1 TTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAC
* * * *
12810 ACTTTTAATCTTGTTTTTCCA-ATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCA
66 GCTTTTAATATCGTTTTT-CATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
* * * * * * *
12874 AATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATTT
129 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAT
* * * ** * *
12939 TTCAAGGA-T-T--GCACCAAAAATCATGCAATACTGAGTCGGGTCCC-GGAACGCGTTTTTACC
194 TTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGC
** * * * * *
12999 CGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGGAAAAATTGATCCGAAAGATTT
259 AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAAATT
*
13064 TTCCTCGA
324 TTCCTCAA
* * * * * * * * *** *
13072 TTTCTAACGAAAATACTCATATAAAACATATTATTCAATG-CAAAAAAATTGAAAACCTTTTTCC
1 TTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGC-TTTTCA
* * * *
13136 CGCTTTTAATATCG-TTTTCATATTTTTTTGAATTAATTTCTTATTAAGTCGAAACAAAATTCAG
65 CGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
* * * *
13200 ATGCTCGTAAAAACAAATTCTTCAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATTGATATT
130 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATT
* ** ** * *
13265 TCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAA-CAAAGTGGGGGCCCTGAAATGCGTTTTTAGC
195 TCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAA-CCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGC
* * *
13329 AAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCG-AAAAA
259 -AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACCCGAAAAAA
13393 TTATTCCGTCAA
322 TT-TTCC-TCAA
* * * * * * *
13405 TTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCAA
1 TTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAC
* * *
13470 GCTTTTAATATTGTTTTTCATATTTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGA
66 GCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
* * ** * * *
13535 TGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATTTAACTGAGATTTGATTAAATGAATATGGATATCT
131 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTT
* * * * *
13600 CAAAGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTT-AGCAGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAACC
196 CAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA-TTGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTT-AGC
* * * * **
13664 AAAAAACCGTGATGATTATTACATGATTTCGATCGGCTAGAATTTTGCAAAAATTGACTTGAAAA
259 AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-A---GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAA
*
13729 TTATTTT-CTCAA
320 -AATTTTCCTCAA
* * * * * * *
13741 TTTTTAGCCACAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGTTTGAAAGTCTTTTCAT
1 TTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAC
* * *
13806 GCTTCTAATATCGTTTTTTC-TATTATTTTCCGAATTAATTAT-TAATTAAATCGAAACATGATT
66 GCTTTTAATATCG-TTTTTCATA-T-TTTTCTGAATTAATT-TCTAATTAAATCGAAACAAGATT
* *** * * * * *
13869 CAGATGCTTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAAATTTGGTTAAATGAATGTAGAT
127 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGAT
* * * * *
13933 ATTT-ATGGAGTCTCGGCGCAAAAAATCATGCAACATTGAACCTGGGCCCAGGAACG-GATTTTT
192 ATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCCCTGGAACGCG-TTTTT
* * * * *
13996 AGGC-AAAAATCGTGATTTCGACTAACGTACACGATATCAGCTAATATTTTGCAAAAATTGA-CC
256 A-GCAAAAAACCGTGA--T-G-GTTA-GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
*** *
14059 -AAATTTTTTTTCTCAA
315 GAAAAAATTTTCCTCAA
** * * * * **
14075 TTTTT-GTCTAAAATACAAATAAAATATATATAATTCAACTCAAAAAAGATTTG--TGAATTTTC
1 TTTTTAG-CTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA-TTGAAGGGCTTTTC
* *
14137 ACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACAATATTCA
64 ACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
* * * * * * * * *
14202 TATTCACGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATCTGGATGATACTTGATTAGATGAATATAGGTAT
129 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAT
* * * * *
14267 TTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGTAAAATTGAACCGGGGCCCCGAAACGTGTTTTTAGC
194 TTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGC
* * **
14332 AAAGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAATTTGCAAAAAATGACAAGAAAAAA
259 -AA-AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAAA
14397 TTTTCCTCAA
322 TTTTCCTCAA
* * * *
14407 TTTTTAGCCACAAT-CTCATAAAAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGATTGAAGGGATTTTCAC
1 TTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAC
* * * * * * * *
14471 GCTTCTAATATCGTTTTTCCT-TTTTTTTAGAATCAATTTTTAATTAAAACGAAACATGATTCAA
66 GCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
** * *
14535 ATG-T--T---------T-C-TAAAAACAA--TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATT
130 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATT
** * * *
14584 TCAAGGAGTCTCGATGCCAAAAATCATTCAAAATTGAACC-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC
195 TCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCA
* * * * * * *
14648 AAAAACCCTAATGATTATTACACGATTTC-GATTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCG-AAAGATA
260 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAG-CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAAAT-
*
14711 TATCCTCAA
323 TTTCCTCAA
* * * * * * *
14720 TTTTTAGCCATAATACTTATAAAAAATATATAATTCAATGACAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTCAT
1 TTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAC
* *
14785 GCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTA
66 GCTTTTAATATCGTTTTTCATA--TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
* * * *
14850 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATCAGATGAATATAGATAT
129 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAT
* * * * * * ** * * *
14915 TTCAAGGATTATCGGCACCAAAAACCATGCAAAACTGAGCTAGGGACCTGAAACACGTTTTTAGC
194 TTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAG-
* ** **
14980 CAAAAAACAGTGATCGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCACAAAAAAGAAACCCGAAA
258 CAAAAAACCGTGAT-GGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCA-AAAATTG--ACCCGAAA
*
15045 AATATTTCCCT-AA
319 AA-ATTTTCCTCAA
* * * ** *
15058 TTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTTGACGCCAAGAAGATTTG-AGGGCTTTTCA
1 TTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA-TTGAAGGGCTTTTCA
* *
15122 CGCTTTTAATATTGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
65 CGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
* * * * *
15187 ATGCTTGCAAAAACAAAT-TTTAAATTCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATAT-GCATAT
130 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAG-ATAT
* ** *** * * * *
15250 CTCAAGGAGTCTTAGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCC-AGAACGCTTTTTTAGT
194 TTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAG-
** * * * * *
15314 CAAAAAACTATGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTAACCCG-AAAGAT
258 CAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAAAT
15378 ATTTCCTCAA
323 -TTTCCTCAA
* *
15388 TTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTT---
1 TTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAC
15450 G--------A-CG------------TT-T-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
66 GCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
* *
15492 TGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTT
131 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTT
* * ** * *** * *
15557 CAAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGTCCCCATAACGCATTTTTAGCCA
196 CAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCAA
* * * *
15622 AAACCCGTGATTGTTTGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGC-AAAAGA
261 AAAACCGTGA-TG---GTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAAA
*
15686 TTTCTCCTAAA
322 TTT-TCCTCAA
* * * *
15697 TTTTTGGTTAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTTAC
1 TTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAC
* * * * *
15761 TCTTTTAATATCGTATTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAACAAGATTCAG
66 GCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
* * * * *
15826 ATGTTCGTAAAAGCAAATTCTTAAATCCAATGTTGCTGAGATTTGTTTAG
130 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
15876 GTGATGTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAC
GCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTT
CAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCAA
AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAAATTTT
CCTCAA
Found at i:15286 original size:335 final size:335
Alignment explanation
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Period size: 335 Copynumber: 2.7 Consensus size: 335
14541 CTAAAAACAA
* * * *
14551 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTCGATGC-CAAAAATCATTCAA
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* * * * * * * ** * * *
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** * ** * * * * ** * *
14678 ATTAAAATTTTGTAAAAATTG-ACCCGAAAGATATAT-CCTCAATTTTTAGCCATAATACTTATA
129 GCTAAAATTTTGCAAAAAAAGAACCCGAAAAATATTTCCCTAAATTTTTGGATAAAATACTCATA
* * *
14741 AAAAATATATAATTCAATGACAAAAAG-TTTGAAGGGCTTTTCATGCTTTTAATATCGTTTTTCA
194 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCA
*
14805 TATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATC
259 TA-TTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATC
*
14870 CTTAAATGCAATG
323 CTTAAATCCAATG
* * * * * *
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1 TGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGCA-CAAAAATCATGCAAA
* * * *
14948 ACTGAGCTAGGGACCTGAAACACGTTTTTAGCCAAAAAACAGTGATCGGTTAGTACACGATTTTG
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129 GCTAAAATTTTGCA-AAAAAAG-AACCCGAAAAATATTTCCCTAAATTTTTGGATAAAATACTCA
* ** * *
15077 TAAAATATATATAATTTGACGCCAAGAAGATTTG-AGGGCTTTTCACGCTTTTAATATTGTTTTT
192 TAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTT
* *
15141 CATA-TTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGCAAAAACAAAT
257 CATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT
* *
15205 -TTTAAATTCAATG
322 CCTTAAATCCAATG
* * *
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1 TGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAG-ATATTTCAAGGAGTCTCAGCA-CAAAAATCATGCAA
** * * * *
15282 AACTGAGCCGGGGCCCAG-AACGCTTTTTTAGTCAAAAAACTA-TGATGGTTATTACACGATTTC
64 AACTGAGCTAGGGACCAGAAACGCATTTTTAGCCAAAAAAC-AGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* ** * * *
15345 GGCTAAAATTTTG-TAAAAATTAACCCGAAAGATATTT-CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCAT
128 GGCTAAAATTTTGCAAAAAAAGAACCCGAAAAATATTTCCCTAAATTTTTGGATAAAATACTCAT
*
15408 AAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGA-TTGAAGGGCTTTT
193 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTTGAAGGGCTTTT
15450 GACGTTTAAT
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 77, Indels: 30
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 6 0.01
330 71 0.15
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ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (335 bp):
TGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGCACAAAAATCATGCAAAA
CTGAGCTAGGGACCAGAAACGCATTTTTAGCCAAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
TAAAATTTTGCAAAAAAAGAACCCGAAAAATATTTCCCTAAATTTTTGGATAAAATACTCATAAA
AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA
TTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
AAATCCAATG
Found at i:16236 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 16218--16247 Score: 53
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16208 ATAAATAATA
16218 ATATTATAAT-TAAAT
1 ATATTATAATCTAAAT
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Statistics
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ATATTATAATCTAAAT
Found at i:16632 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 16590--16632 Score: 50
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*
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* *
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*
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Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
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Consensus pattern (11 bp):
TTAACCATAGA
Done.