Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015502.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15535, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:461 original size:171 final size:170
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Indices: 160--491 Score: 422
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
150 AGGGCTTTTA
*
160 ACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTC
1 ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTC
* * * * *
225 AAATGCTCGTGAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGTTGACATTTGGTTATATGAAGATAGATA
66 AAATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGTTGAAATTTAGTTAGATGAAGATAGATA
*
290 T-T-TCAAGGAGTCTTGACACCAAAAGTCATGCAAAAATC
131 TATCTCAAGGAGTCTTGACACCAAAAATCATGCAAAAATC
* * *
328 ACGCTTCTTATATCG-TTTTCCTATTTTATTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCAAAACAATAG
1 ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTT-TTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAAC-A-AG
* * * *
392 ATTTAGAA-ACTCGTAAAAACAAATCTTTAAATAC-ATTGTGGTTGAAATTTAGTTAGATGAATA
62 ATTCA-AATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CTAATGTGGTTGAAATTTAGTTAGATGAAGA
* * *
455 TAGATATATCTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT
125 TAGATATATCTCAAGGAGTCTTGACACCAAAAATCAT
492 ATAAAACTGA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 17, Indels: 11
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.06
168 16 0.12
169 29 0.21
170 1 0.01
171 58 0.42
172 4 0.03
173 23 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTC
AAATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGTTGAAATTTAGTTAGATGAAGATAGATA
TATCTCAAGGAGTCTTGACACCAAAAATCATGCAAAAATC
Found at i:1448 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 362--3083 Score: 2208
Period size: 333 Copynumber: 8.2 Consensus size: 330
352 TTTATTTCCA
* * * ** * *
362 AATTAATTTCTGATTAAATCAAAACAATAGATTTAGAAACTCGTAAAAACAAATCTTTAAATACA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC-A-AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * * * *
427 TTGTGGTTGAAATTT-AGTTAGATGAATATAGATATATCTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCA
64 ATGTGGCTGAGATTTGA-TTAGATGAATATAGATAT-T-TCAAGGAGTCTCGTCGCCAAAAATCA
** * * * * * *
491 TATAAAACTGACCCAGGGCCTCGAAACGCGTTTATAGCAAAAAAAATCCATTAT-G---GTACAC
126 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC--AAAAAA-CCGTGATGGTTAGTACAC
* * ** * *
552 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCGGAAATATTTTT-CTCAATTTTTAG-TCACAAT
188 GATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCT-AAAAT
* * * * * *
614 ACTGATAAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTCACGCT
252 ACTCAT--AAATATATATAATTCAACGCC-AAAAATATTGGA-GG------A--CTTTTCACGCT
* * * * *
679 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCA
305 TTTAATATCATTTTTCATA-TTTTCT-G
* * * * * * *
707 AATTATTTTATACTTAAATCAAAATATGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * * * *
772 GTGGCTAAAAATT-AGTTAGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTGCCACCAAAAATCATGCA
66 GTGGCTGAGATTTGA-TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGTCGCCAAAAATCATGCA
* **** * * * * * *
836 AAACTGA-CTCGAGATTTCGGAATGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGAT-G---GTACACGATTTC
130 AAACTGAGC-CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTT
* * * * * * * * *
896 GGCTAAAGTTTTGCAAAAATTGACAC-GAAATATTTTACCTCAATTTTTAGCCACAATACTTATA
194 GGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATA
* * * * * *
960 GAATATATATAATTAAATGACAAAAAAATTGGAGGATTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT
259 -AATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCAT
*
1025 ATTTTCTT
323 ATTTTCTG
* * * * *
1033 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGACGCTTGTAAAAACAAATTCTGAAATTCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * *
1098 GTGGCTGAGATTTGATTAGATTAATATGGATATTTCAAGGAGTCTCGTCGCCAAAAAACATGCAA
66 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGTCGCCAAAAATCATGCAA
* * * * *
1163 AACTAAGTCGAGGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAACACGATTTTG
131 AACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGT-ACACGATTTTG
* * * * * *
1228 CCTAAAATTTTACCAAAAATAACCCAAAAATTTTTTTCGTCAACTTTTT-GCTAAAATACTTATA
195 GCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAATTTTTTTCCTCAA-TTTTTAGCTAAAATACTCATA
* * * **
1292 ATATATATATAATTTAACGCCAAAAACATTGGAGGGCTTTTCATTCTTTTAATATCATTTTTCAT
259 A-ATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCAT
1357 ATTTCTCTG
323 ATTT-TCTG
** * ** *
1366 AATTAATTTAAAATTAAATCGAAACAACATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTTTTCAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * *
1431 GTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATCTCAAAGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA
66 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGTCGCCAAAAATCATGCAA
* * ** * * *** * * * * *
1496 AAATTAGTTGGGGCCGCGGATTACGTTTTTAGCAAAAAACCATGTTGATTATTACACGATTTCGG
131 AACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGG
* * * * * * * *
1561 CTAGAATTTTGCAAAAATTGACTC-GAAAGTTATTTCCTCAATTTTTAGCCATAATACTCATAAA
196 CTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAA
* * * * *
1625 AATTATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGACTTTTCATGCTTCTAAAAT-AGTGTTTTCCC
261 TA-TATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCA-T-TTTT--C
1689 TAATATTTTCTG
321 --ATATTTTCTG
* * * * ***
1701 AATTAATTTCTAATAAAATCAAAACATGATTCAGATGCTTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* *
1765 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTAT-AAGGAGTCTCGGT-GCCAAAAATCATGC
66 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATT-TCAAGGAGTCTC-GTCGCCAAAAATCATGC
* * * * * * * *
1828 AACACTGAACCGGGGTCCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGATTTTGACTATTTACGTAC
129 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGA---TG----GTTA-GTAC
* * * * * **
1893 ACGATTTCGACTAATATTTTGCAAAAATTGA-CCAGAAATATTTTTT-CTCAATTTTGTTTTTCT
186 ACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAAT-TTTTTTCCTCAA--TT-TTTAGCT
** * * *
1956 AATTTACTCCTAAATTATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGGAGGAC--TTCACGCTTTTAAT
247 AAAATACTCATAAA-TATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAT
* *
2019 ATCGTTTTTCATATTTTTCTT
311 ATCATTTTTCATA-TTTTCTG
* *
2040 AATTAATATT-TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATACAA
1 AATTAAT-TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * *
2104 TGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTCGACGTCAAAAGTCATGCA
65 TGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGTCGCCAAAAATCATGCA
* * **
2169 AAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTCAGTACACGATTTCA
130 AAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTG
* * *
2234 GC-CAAATTCTTGCAAAAAAAAAATGA-CCAGAAAATTTTTAT-CTCAATTTTTGGCTAAAATAC
195 GCTAAAATT-TTGC----AAAAAATGACCCA-AAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATAC
* * * * * * * * *
2296 TCATGAAATATATATAATTTAACGTCAAAAAAATTGCAGAAATTTTCACACTTTTCATATCGTTT
254 TCAT-AAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTT
*
2361 ATCATATTTTTTCTG
318 TTCATA--TTTTCTG
* * * * *
2376 AATTAATTTCTAATTATATCGAAATAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATGCAAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * *
2441 GTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTGC-CGGCGCC-AAAAT-ATGCC
66 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT-CTCGTCGCCAAAAATCATG-C
* * * * * *
2503 AAAA-TGAGCCAGGGCCCCGAAACACGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACTATTTT
129 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTT
* * ** *
2567 GGCTAAAATTTTGCAAAAAATTACCC-GAAA------TCCTCAATTTTTAGCTGTAATAATCATA
194 GGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCAT-
* * ** **
2625 AAAAACATATAATTCAACAG-CAAAAATATTTAAGGTTTTTTCACGCTTTTAATATCA----T--
258 AAATATATATAATTCAAC-GCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCA
2683 T-TTTTCTG
322 TATTTTCTG
* * *
2691 AATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTTTAAA-CGCAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC-CAA
* * *
2755 TGTGGCTAAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTCGGT-GCCAAAAATCATGC
65 TGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTC-GTCGCCAAAAATCATGC
* * *
2819 AAAATTGAGCCGGGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGAT-G---GTACACGATTTT
129 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTT
* * * *
2880 GGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAAA-TTTTTTCCTCAATCTTTGGAC-AAAATGCTCA
194 GGCTAAAATTTTGC-AAAAAATGACCCAAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAG-CTAAAATACTCA
* * *
2943 TAATATATATATAATTTAATGCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTT
257 TAA-ATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATC-ATTTTT
3008 CATATTCTTCTG
320 CATATT-TTCTG
* * * *
3020 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
3084 AGCACCAAAA
Statistics
Matches: 1928, Mismatches: 360, Indels: 194
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
313 25 0.01
314 11 0.01
315 109 0.06
316 12 0.01
317 40 0.02
318 1 0.00
319 3 0.00
320 64 0.03
321 1 0.00
323 1 0.00
324 64 0.03
325 2 0.00
326 140 0.07
327 8 0.00
328 28 0.01
329 63 0.03
330 20 0.01
331 105 0.05
332 133 0.07
333 201 0.10
334 166 0.09
335 81 0.04
336 137 0.07
337 19 0.01
338 67 0.03
339 71 0.04
340 114 0.06
341 52 0.03
342 45 0.02
343 78 0.04
344 3 0.00
345 63 0.03
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGTCGCCAAAAATCATGCAA
AACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGG
CTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAA
TATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATATT
TTCTG
Found at i:2076 original size:674 final size:656
Alignment explanation
Indices: 326--3083 Score: 2276
Period size: 674 Copynumber: 4.1 Consensus size: 656
316 CATGCAAAAA
* * ** * *
326 TCACGCTTCTT-ATATCGTTTTCCTATTTTATTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCAAAACAAT
1 TCACGCTT-TTAATATCGTTTTTCTA-TAT-TTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC-A-
* ** * * * * * *
390 AGATTTAGAAACTCGTAAAAACAAATCTTTAAATACATTGTGGTTGAAATTT-AGTTAGATGAAT
61 AGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGA-TTAGATGAAT
* * * * ** * * *
454 ATAGATATATCTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATATAAAACTGACCCAGGGCCTCGAAACG
125 ATGGATAT-T-TCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCAT-GCAAACTGAACCGGGGCCCCGAAACG
* * ** * * * *
519 CGTTTATAGCAAAAAAAATCCAT--TA--TGGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTG
187 CGTTTTTAGCCAAAAACGT-GATGATAGTTAGTACACGATTTTGACTAAAATTTTGCAAAAATT-
* ** * * **
580 ACCGGAAATA-TTTTTCTCAA-TTTTTAGTCACAATACTGATAAAAAAATATATAATTCAACACC
250 ACCAGAAATATTTTTTCTCAATTTTTTTTTC-TAATACT-CT-AAATTATATATAATTCAACACC
* * * * * *
643 AAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCAA
312 -AAAAACATTGGA-GG------A--C-T-TCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT-GA
* * * * * *
708 ATTATTTTATACTTAAATCAAAATATGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
364 ATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* * * * * * *
773 TGGCTAAAAATT-AGTTAGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTGCCACCAAAAATCATGCAA
429 TGGCTAAGATTTGA-TTAGATAAATATAGATATTTCAAAGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * *** * * * * * *
837 AACTGA-CTCGAGATTTCGGAATGCATTTTTAGCCAAAAATC-GTGATGGTACACGATTTCGGCT
493 AAATGAGC-CGGGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCTGTGATAGTACACGATTTCGGCT
* * * *
900 AAAGTTTTGC-AAAAATTGACACG-AAA-TATTTTACCTCAATTTTTAGCCACAATACTTATAGA
557 AAA-TTTTGCAAAAAAATGAC-CGAAAATTA-TTTACCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAA
* * * *
962 ATATATATAATTAAATGACAAAAAAATTGGAGGATTTT
619 ATATATATAATTTAACGCCAAAAAAATTGGAGGACTTT
*
1000 TCACGCTTTTAATATCGTTTTTC-ATATTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
1 TCACGCTTTTAATATCGTTTTTCTATATTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
* * * * *
1064 CAGACGCTTGTAAAAACAAATTCTGAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATTAATATGGAT
66 CAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
* * * *
1129 ATTTCAAGGAGTCTC-GTCGCCAAAAAACATGCAAAACT-AAGTCGAGGCCCCAAAACGCGTTTT
131 ATTTCAAGGAGTCTCGGT-GCCAAAAATCATGC-AAACTGAA-CCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
* * *
1192 TAGCCAAAAACCGTGATG---GTTAGTAACACGATTTTGCCTAAAATTTTACCAAAAATAACCCA
193 TAGCCAAAAA-CGTGATGATAGTTAGT-ACACGATTTTGACTAAAATTTT-GCAAAAATTA-CCA
* * ** ** * *
1254 AAAAT-TTTTTTCGTCAACTTTTTGCTAAAATACT-TATAATATATATATAATTTAACGCCAAAA
254 GAAATATTTTTTC-TCAATTTTTTTTTCTAATACTCTA-AAT-TATATATAATTCAACACCAAAA
* ** * * *
1317 ACATTGGAGGGCTTTTCATTCTTTTAATATCATTTTTCATATTTCTCTGAATTAATTTAAAATTA
316 ACATTGGAGGAC--TTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTATAATTA
* ** * * *
1382 AATCGAAACAACATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTTTTCAATCCAATGTAGCTGAGATTTGAT
379 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGAT
* * * ** * *
1447 TAGATAAATATAGATATCTCAAAGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAATTAGTTGGGGCCG
444 TAGATAAATATAGATATTTCAAAGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAAATGAGCCGGGACCC
* *** *
1512 CGGATTACGTTTTTAGCAAAAAACCATGTTGATTATTACACGATTTCGGCTAGAATTTTGC-AAA
509 CGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACC-TG-TGA-TAGTACACGATTTCGGCTA-AATTTTGCAAAA
* * * *
1576 AATTGACTCGAAAGTTATTT-CCTCAATTTTTAGCCATAATACTCATAAAA-ATTATATAATTCA
570 AAATGAC-CGAAAATTATTTACCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAATA-TATATAATTTA
* *
1639 ACGCCAAAAATATTGAAGGACTTT
633 ACGCCAAAAAAATTGGAGGACTTT
* * * * * * *
1663 TCATGCTTCTAAAATAGTGTTTTCCCTAATATTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAT
1 TCACGCTTTTAATATCGT-TTTT--CT-ATATTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
*** *
1728 GATTCAGATGCTTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
62 GATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAT
** * * *
1792 AAATATTAT-AAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAACACTGAACCGGGGTCCCGGAACGCAT
127 GGATATT-TCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAA-ACTGAACCGGGGCCCCGAAACGCGT
* * *
1856 TTTTAGCCAAAAATCGTGATTTTGACTATTTACGTACACGATTTCGACTAATATTTTGCAAAAAT
190 TTTTAGCCAAAAA-CGTGA---TGA-TAGTTA-GTACACGATTTTGACTAAAATTTTGCAAAAAT
1921 TGACCAGAAATATTTTTTCTCAATTTTGTTTTTCTAATTTACTCCTAAATTATATATAATTCAAC
249 T-ACCAGAAATATTTTTTCTCAATTTT-TTTTTCTAA--TACT-CTAAATTATATATAATTCAAC
* * *
1986 TCCAAAAAGATTGGAGGACTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTTAATTAATATT-
309 ACCAAAAACATTGGAGGACTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAAT-TTA
* * *
2050 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATACAATGTGGCTGAGA
373 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGA
* * * * *
2115 TTTGATTAGATGAATATAGATATTTC-AAGAAGTCTCGACGTCAAAAGTCATGCAAAACTGAGCC
438 TTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAAG-AGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAAATGAGCC
* * *
2179 GGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACC-GTGATAGTCAGTACACGATTTCAGCCAAATTC
502 GGGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCTGTG--A-T-AGTACACGATTTCGGCTAAATT-
* * * *
2243 TTGCAAAAAAAAAATGACCAGAAAATT-TTTATCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATAT
562 TTGC---AAAAAAATGACC-GAAAATTATTTACCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAATAT
* * * *
2307 ATATAATTTAACGTCAAAAAAATTGCAGAAATTT
623 ATATAATTTAACGCCAAAAAAATTGGAGGACTTT
* * * * * *
2341 TCACACTTTTCATATCGTTTATCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTATATCGAAATAAGAT
1 TCACGCTTTTAATATCGTTTTTC-TATATTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
** * * *
2406 TCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATGCAAAGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATGGA
65 TCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGA
* * * * *
2471 TATTTCAAGGAGTGC-CGGCGCC-AAAAT-ATGCCAAAATGAGCCAGGGCCCCGAAACACGTTTT
130 TATTTCAAGGAGT-CTCGGTGCCAAAAATCATG-CAAACTGAACCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
* * * * *
2533 GAGCCAAAAAC-CG-TGATAGTTAGTACACTATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTACCCG-A
193 TAGCCAAAAACGTGATGATAGTTAGTACACGATTTTGACTAAAATTTTGC-AAAAATTACCAGAA
* *** * * ** * * *
2595 A-A----TCCTCAATTTTTAGCTGTAATAATCATAAAAAACATATAATTCAACAGCAAAAATATT
257 ATATTTTTTCTCAATTTTTTTTTCTAATACTC-TAAATTATATATAATTCAACACCAAAAACATT
** ** * *
2655 TAAGGTTTTTTCACGCTTTTAATA-------TCAT-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATAG
321 GGAGG--ACTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTATAATTAAATCG
* * *
2712 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTTTAAA-CGCAATGTGGCTAAGATTTCATTAGA
384 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC-CAATGTGGCTAAGATTTGATTAGA
* * * * *
2776 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGAA
448 TAAATATAGATATTTCAAAGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAAATGAGCCGGGACCCCGAA
* *
2841 ACGCGTTTTTAGCAAAAAA-CTGTGATGGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGAC
513 ACGCGTTTTTAGCAAAAAACCTGTGATAGTACACGATTTCGGCT-AAATTTTGCAAAAAAATGA-
* * * * * * *
2905 CCGAAAATT-TTTTCCTCAATCTTTGGACAAAATGCTCATAATATATATATAATTTAATGCCAAA
576 CCGAAAATTATTTACCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAA
*
2969 AATATTGGAGGACTTT
641 AAAATTGGAGGACTTT
*
2985 TCACGCTTTTAATATCGTTTTT-TCATATTCTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGA
1 TCACGCTTTTAATATCGTTTTTCT-ATATT-TTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* *
3049 TTCAGATACTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAA
64 TTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
3084 AGCACCAAAA
Statistics
Matches: 1705, Mismatches: 297, Indels: 194
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
642 1 0.00
643 4 0.00
644 156 0.09
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649 1 0.00
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679 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (656 bp):
TCACGCTTTTAATATCGTTTTTCTATATTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
CAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGAT
ATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAACTGAACCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAG
CCAAAAACGTGATGATAGTTAGTACACGATTTTGACTAAAATTTTGCAAAAATTACCAGAAATAT
TTTTTCTCAATTTTTTTTTCTAATACTCTAAATTATATATAATTCAACACCAAAAACATTGGAGG
ACTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAG
ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATAAATATA
GATATTTCAAAGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAAATGAGCCGGGACCCCGAAACGCGTTT
TTAGCAAAAAACCTGTGATAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTGCAAAAAAATGACCGAAAATTA
TTTACCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAATTGGAG
GACTTT
Found at i:3308 original size:282 final size:281
Alignment explanation
Indices: 2806--3365 Score: 640
Period size: 282 Copynumber: 2.0 Consensus size: 281
2796 AGTGTCGGTG
* * * *
2806 CCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGGTA
1 CCAAAAATAATGCAAAAATGAGCCGGGA-CCCAAAACGCGTTTTTACCAAAAAACTGTGATGGTA
* *
2871 CACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATCTTTGGACAAA
65 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAAATATTTTCCTCAATCTTTGGACAAA
* * * * * * *
2936 ATGCTCATAATATATATATAATTTAATGCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATC
130 ATACTCATAATAAATATACAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGACTTTGCACGCTTTTAATATC
* ** * **
3001 GTTTTTTCATATTCTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATACTTGTAAAA
195 GTTTTTCCATATTCTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACCCGTAAAA
3066 ACAAAT-TCTTAAATCCAAAGCA
260 ACAAATCT-TTAAATCCAAAGCA
* *
3088 CCAAAAATAATGCAAAAATGAGCC-GGA-CCAAAACGCTTTTTTATCCAAACAA-TGTGATGGTT
1 CCAAAAATAATGCAAAAATGAGCCGGGACCCAAAACGCGTTTTTA-CCAAAAAACTGTGATGG--
* * *
3150 ATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-TAAAAATTGACCCGAAAGATATTTT-CTCAATTTTTGG
63 --TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAA-ATATTTTCCTCAATCTTTGG
* *
3213 -CTAAAATACTCATAA-AAATATACAATTCAACGCCAAAAA-ATTGAAAGGA-TTTGGATG-TTT
125 AC-AAAATACTCATAATAAATATACAATTCAACGCCAAAAATATTG-AAGGACTTTGCACGCTTT
* * *
3273 CTAAAATATTGTTTTTCC-TATTTGTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCGGA
188 -T--AATATCGTTTTTCCATA-TTCTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
*
3337 TGCCCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAA
249 TACCCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAA
3366 TGTGGCTGAG
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 30, Indels: 26
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
279 25 0.11
280 16 0.07
281 30 0.13
282 134 0.57
283 30 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (281 bp):
CCAAAAATAATGCAAAAATGAGCCGGGACCCAAAACGCGTTTTTACCAAAAAACTGTGATGGTAC
ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAAATATTTTCCTCAATCTTTGGACAAAA
TACTCATAATAAATATACAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGACTTTGCACGCTTTTAATATCG
TTTTTCCATATTCTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACCCGTAAAAA
CAAATCTTTAAATCCAAAGCA
Done.