Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015523.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15556, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17925
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Found at i:2862 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2844--2876 Score: 66
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
2834 GTAGATATCT
2844 TATCTTATCTTAC
1 TATCTTATCTTAC
2857 TATCTTATCTTAC
1 TATCTTATCTTAC
2870 TATCTTA
1 TATCTTA
2877 CTATTATATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 20 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (13 bp):
TATCTTATCTTAC
Found at i:3169 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3144--3173 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
3134 AATAATTATT
3144 TTTAGATTATAATATA
1 TTTAGATTATAATATA
3160 TTTA-ATTATAATAT
1 TTTAGATTATAATAT
3174 TATTATTTAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.71
16 4 0.29
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (16 bp):
TTTAGATTATAATATA
Found at i:4146 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3524--4194 Score: 854
Period size: 333 Copynumber: 2.0 Consensus size: 331
3514 TACTTTACAT
* * * *
3524 CATCTAACCAAACCTCAGCAACATTGGGTTTATGAATTTGTTTTTACGAGTATATAAATCTTGTT
1 CATCTAACCAAACCTCAGCAACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACAAGCATATAAATCTTGTT
* *
3589 TCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAACGTTAAAATCCAT
66 TCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAACGTGAAAATCCAT
* * * * *
3654 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAACCAAAATTGAGGAAACATC
131 TCAATCTTTGTGGCCTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAACCAAAATTGAGGAAAAATC
* *
3719 TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATAACAGTTTTTGGCTAA
196 TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACAATAACAGTTTTTGGCTAA
* * *
3784 AAATGCGTTTTAGGATCCCGACTCAGTTTTGCCTGATTTTTGGCGCCA-AGACTCCTTGAAATAT
261 AAATGCGTTTCAGGATCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG-CAGACACTCCTTGAAATAT
3848 CCATATA
325 CCATATA
* * * *
3855 CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACAAGCATATGAATCTTGTT
1 CATCTAACCAAACCTCAGCAACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACAAGCATATAAATCTTGTT
* *
3920 TCGATTTAATTAGAAATTAA-TT-GAGAAAAATATGAAAAATAATATTA-AAAGCGTGAAAAGTC
66 TCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGA-AAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAA-CGTGAAAA---
* *
3982 CTCCATT-AAT-TGTTGTGGCCTTAAATTCTATATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAG
126 -TCCATTCAATCT-TTGTGGCCTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAACC-AAAATTGAG
* * * * * * *
4045 GAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGC-AGATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTT
188 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACAATAACAGTTT
* * * *
4109 TTGGCTAAGAACT-CGTTTCAGGGTCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCGCAGACACTCCT
253 TTGGCTAA-AAATGCGTTTCAGGATCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAGACACTCCT
** *
4173 TGAAATATTTATATT
317 TGAAATATCCATATA
4188 CATCTAA
1 CATCTAA
4195 GGATTTGTTA
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 38, Indels: 18
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 5 0.02
330 28 0.10
331 77 0.26
332 3 0.01
333 139 0.48
334 40 0.14
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
CATCTAACCAAACCTCAGCAACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACAAGCATATAAATCTTGTT
TCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAACGTGAAAATCCAT
TCAATCTTTGTGGCCTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAACCAAAATTGAGGAAAAATC
TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACAATAACAGTTTTTGGCTAA
AAATGCGTTTCAGGATCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAGACACTCCTTGAAATATC
CATATA
Found at i:4630 original size:316 final size:301
Alignment explanation
Indices: 3889--4708 Score: 835
Period size: 303 Copynumber: 2.6 Consensus size: 301
3879 TGGATTTAAG
* *
3889 AATTTGTTTTTACAAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTGAGAAAAATATG
1 AATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTGAAAAAAATATG
* * * * * *
3954 AAAAATAATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCATTAATTGTTGTGGCCTTAAATTCTATATATTT
66 AAAAA-AATATTAAAAGC-TGAAAAGCCCTTCAAT-CTT-TT-TGGCATTGAA-T-TATATATTT
* * * * * *
4019 TA-TGAGTATTTTAT-CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGC-AGATTTTAGC
124 TATTGAGTA--TTATGGCTAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGT
* * * * * * *
4081 CAAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTGGCTAAGAACTCGTTTCAGGGTCTCGACTCAGTTT
187 CGAAATCGTATAATAACAATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCATTTCAGGGTCTCGACTCAGTTT
* * * *
4146 TGCATGGTTTTTGGCGCAGACACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAAG
252 TGAATGATTTTTGGCGCAGACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAA
* * * * *
4196 GATTTG-TTATACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATAT
1 AATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTGA-AAAAAATAT
* *
4260 GAAAAATGATATTAAAAGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATCGAATTATATATTTTATT
65 GAAAAA-AATATTAAAAGCT-GAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTATT
* * * *
4325 GAGTATTATGGCTAAGAATTGAGGAAATATCTTTCAGGTCAATTTTTCCAAAATTTTAGTCGAAA
128 GAGTATTATGGCTAA-AATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAA
* **
4390 TCGTATAATAATC-ATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCATTTC-GAGG-CTTGGTTCAGTTTTGA
192 TCGTATAATAA-CAATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCATTTCAG-GGTCTCGACTCAGTTTTGA
* * *
4452 ATGATTTTTGGTGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
255 ATGATTTTTGGCGCAGACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA--A
* *
4501 AATCCCAGCCATTGTTTTTACAAGCATCTGAATCATGTTTCGTTTTAATTAGAAATTAATTCGGA
1 AAT--------TTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT--GA
* * *
4566 AAAAAATAAGAAAAAACAGTATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAT
56 AAAAAATATGAAAAAA-A-TATTAAAAGC-TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
* * * *
4631 ATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAGTTGAGGAAAAATATTTTGGGTCAATTTTTGTAAAAT
118 ATATTTTAT-TGAGTATTATGGCTAAAA-TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
*
4696 ATTAGTCGAAATC
181 TTTAGTCGAAATC
4709 ATGTAACATC
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 62, Indels: 42
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
301 4 0.01
302 14 0.03
303 89 0.21
304 55 0.13
305 5 0.01
306 46 0.11
307 43 0.10
313 3 0.01
314 41 0.10
315 15 0.04
316 52 0.12
317 58 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (301 bp):
AATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTGAAAAAAATATG
AAAAAAATATTAAAAGCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTATTGAG
TATTATGGCTAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGT
ATAATAACAATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCATTTCAGGGTCTCGACTCAGTTTTGAATGATT
TTTGGCGCAGACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAA
Found at i:6336 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 5160--7924 Score: 2536
Period size: 331 Copynumber: 8.3 Consensus size: 330
5150 TTTGTATCTT
* * * *
5160 GTGAAAAGTTCTCCAATTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTCATGAGTATTTTAGTCAAAA
1 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAA-T-TATATATTTT-ATGAGTATTTTAGCCAAAA
* ** * * **
5225 ATTGAGGAAAAATTTTTTTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TCACGGT--
63 ATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA
*** *** * * ** * * * *
5287 TTTTTTTTTTATGAAAAACGCATTTCGGGGCTTGA-CTTAGTATTGCATGATTTTTGGCGTCGAG
128 CGGTTTTTGGCT-AAAAACGCGTTTCGAGGCCCGAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAG
* * * * * *
5351 ACTTCTTGAAAAATCTATATTTATCTAATCAAATTTCAGCCACATTGCATTTAAGGATGTGTTTT
192 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * *
5416 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTTTGATTTAATTTGAAATTAATTCAGGAAAAT-ATGAAAAACGA
257 TACGAGCATCTGAATCTTG-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAATGAAAAACGA
5480 TATTAAAAGC
321 TATTAAAAGC
* * * * *
5490 GTGAAATGTCCTGCAATCTTTTTGGCATTGAAATATATATGTTTTATGAGTATTTTAGAC-AAAA
1 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTG-AAT-TATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAA
* ** * * *
5554 TTCGAGGAGAAATACTTT-TAGTCAATTTTTACAAAATATTAGCCGAAATCGTGTACGTTAGTCG
64 TT-GAGGAAAAAT-CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC--TA-AC-
* * * *
5618 AAATTACGGTTTTTTTTGTTGCTAAAAACGCGTTTCG-GGTCCCG-G-TACAGTGTTGCATTATT
123 -CATCACGG---TTTTTG--GCTAAAAACGCGTTTCGAGG-CCCGAGCT-CAGTTTTGCATGATT
** * *
5680 TTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTA
180 TTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTA
* *** * * * *
5745 AGGATTT-CTAAAACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATCAAAAATTAATTCA-AAAAATA
245 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATA
*
5808 ATAGGAAAAACGATATTAGAAGC
310 AT--GAAAAACGATATTAAAAGC
* ** * * * * * *
5831 ATGAAAAACCCTTCAATCTTATTGGCGTTGAATTATATAATTTTAATGTGTGTTGTAGCTAAAAA
1 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAT-ATTTT-ATGAGTATTTTAGCCAAAAA
* * * * * *
5896 TTGAGGAAATAA-CTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAATTCTAGCCGAAATTGTTTGA-TAATCATC
64 TTGAGGAAA-AATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT-ACTAACCATC
** * * * *
5959 ACGGTTTTTGGCTAAAGTCACGTTTCGAGACCCTGA-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTCAA
127 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCC-GAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAA
* * * * *
6023 GACTCTTTGATATATCCATATTCATCTAATCAAATATCAGCAACATTGGATTTAAGAATTTGTTT
191 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
* * * *
6088 TTATGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCAGAAAAATAAT-AAAAACGA
256 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAATGAAAAACGA
6152 TATTAAAAGC
321 TATTAAAAGC
* * * *
6162 GTGAAAAGTTCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATATATTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT
1 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT
* * * * *
6227 GTCA-GAAAAATTTTTTGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCAT
66 G--AGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
* * *
6291 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCGAGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAGAC
129 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCGAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAC
* *
6356 TTCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTA
194 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
*
6421 CGAG-ACTCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAT-ATGAAAAACGATA
259 CGAGCA-TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAATGAAAAACGATA
6484 TTAAAAGC
323 TTAAAAGC
* * * *
6492 GTGAAAAGTCCTCCAGTCTTTTTGGTGTTGAATTATATATATATATAT-ATTTTATAAGTGTTGT
1 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-T-T-TATGA--GTAT---T-TT-A
* * *
6556 GTCTAAAAATTG-TGACAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---
56 G-CCAAAAATTGAGGA-AAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * *
6617 T-ACCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCC-ATG-TCAGTTGTGCATGATTT
119 TAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGC-CCGA-GCTCAGTTTTGCATGATTT
* * *
6679 TTGGTGGCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA-CAAA-ATCTTAGCCACACTT-GATT
181 TTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATC--AGCCACA-TTGGATT
* * * * * *
6741 TAAGGATTTGTTTTTGCGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTTGAAAAAA
243 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCAGAAAA
* *
6806 AAAATAGAAAAAACGATATTATAAGC
307 ATAAT-G-AAAAACGATATTAAAAGC
* * * * * * *
6832 GTGAGAAGCCCAT-CAATCTTTTTGGCATTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAA
1 GTGAAAAGTCC-TCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA--TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAA
* * * * * * *
6896 ATTGA-GAAAAATATTTCAGGTTAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCCTTTAC-GATCATTG
63 ATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA---
***** * * * * *
6959 TTTTTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCTG-GGTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGC
125 -TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGG-CCCGAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* * ** * * *
7023 CAAGACTCCTTAAAATATATCTATATTTATCTAAAGAAATCTCAGCAACATTGTATTTAAGGATT
188 CAAGACTCCTT-GAA-ATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATT
*** * * **
7088 TGTTTTTACGAATTTCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAGAA-AATAAG
251 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-AATAAT--G
* *
7152 GAAAACGATATTAGAAGC
313 AAAAACGATATTAAAAGC
* * * * * * * *
7170 GTGAAAAAGGCTTTC-ATTTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAA
1 GTG-AAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA--TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAA
* * *
7234 ATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGGAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCA
63 ATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA
* * * * *
7299 CAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCG-GGGCCG-GCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGA
128 CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCGAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGA
* * * * *
7362 CTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACATTAGATTTATGGATTTGTTTTT
193 CTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * *
7427 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATT-AGGAAAGAA-ATAGGAAAAACA
258 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA-GAAA-AATA-ATGAAAAACG
*
7490 ATATTAGAAGC
320 ATATTAAAAGC
* * * *** * *
7501 GTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGATATCGAATCATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAA
1 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAAT--TATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAA
* * * *
7566 TTCAAGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCAC
64 TTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
* * * ** **
7631 GGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCAAGGCCACGA-CTTTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGGGA
129 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCC-CGAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGA
* * *
7695 CTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATAAAATATCAGCCACATTGGATTTAACGATTTGTTTTT
193 CTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * * * *
7760 ATGTGCATCTAAATCTTGTATCGATTTAATAAGAAATTAATTCA-AAAAAAAATGAAAAACGATA
258 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAATGAAAAACGATA
7824 TTAAAAGC
323 TTAAAAGC
* *
7832 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTTGTCAAAAA
1 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAA-T-TATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAA
7897 TTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
64 TTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
7925 ACCATCATGG
Statistics
Matches: 1994, Mismatches: 338, Indels: 205
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
328 6 0.00
329 83 0.04
330 302 0.15
331 336 0.17
332 191 0.10
333 180 0.09
334 55 0.03
335 15 0.01
336 164 0.08
337 73 0.04
338 95 0.05
339 202 0.10
340 101 0.05
341 180 0.09
342 11 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (330 bp):
GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT
GAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCGAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTC
CTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAATGAAAAACGATATTA
AAAGC
Found at i:7209 original size:670 final size:658
Alignment explanation
Indices: 5160--7924 Score: 2684
Period size: 670 Copynumber: 4.1 Consensus size: 658
5150 TTTGTATCTT
* * *
5160 GTGAAAAGTTCTCCAATTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTCATGAGTATTTTAGTC-AAA
1 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTT-ATGAGTATTTTAGTCTAAA
* ** *
5224 AATTGAGGAAAAATTTTTTTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG-T----ATCAC
65 AATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGATAACCATCAC
* *** * * * *
5284 GGTTTTTTTTTTTATGAAAAACGCATTTCGGGGCTTGACTTAGTATTGCATGATTTTTGGCGTCG
130 AG---TTTTTTGGCT-AAAAACGCGTTTCGGGGC---CCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCA
* * * *
5349 AGACTTCTTGAAAAATCTATATTTATCTAATC-AAAT-TTCAGCCACATT-GCATTTAAGGATGT
188 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAATCTT-AGCCACATTAG-ATTTAAGGATTT
* * ** *
5411 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTTGATTTAATTTGAAATTAATTCAGGAAAATATGAAAA
251 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG-TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTAAAAAAAAAATGAAAA
* * * *
5476 ACGATATTAAAAGCGTGAAATGTCCTGCAATCTTTTTGGCATTGAAA-TATATATGTTTTATGAG
315 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCATT-AAATTATATATTTTTTATGAG
* * * * *
5540 TATTTTAGAC-AAAATTCGAGGAGAAATACTTTTA-GTCAATTTTTACAAAATATTAGCCGAAAT
379 TATTTTAGCCAAAAATTCGA-GAAAAATA-TTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAAT
* * * * *
5603 CGTGTACGTTAGTCGAAATTACGGTTTTTTTTGTTGCTAAAAACGCGTTTCG-GGTCCCGG-TAC
442 CGTGTAC--TA-AC--CATCATGG---TTTTTG--GCTAAAAACGCGTTCCGAGG-CCCGGCT-C
* * * * *
5666 AGTGTTGCATTATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
495 AGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAACAAATATCAG
* *** * * * *
5731 CCACATTGGATTTAAGGATTT-CTAAAAC-AAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATCAAAAAT
560 CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAA-CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* *
5794 TAATTCAAAAAATAATAGGAAAAACGATATTAGAAGC
624 TAATTC-AAAAA-AATAAGAAAAACGATATTAAAAGC
* ** * * * * *
5831 ATGAAAAACCCTTCAATCTTATTGGCGTTGAATTATATA-ATTTTAATGTGTGTTGTAG-CTAAA
1 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTT-ATGAGTATTTTAGTCTAAA
* * * * *
5894 AATTGAGGAAATAA-CTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAATTCTAGCCGAAATTGTTTGATAATCAT
65 AATTGAGGAAA-AATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG--TGATAACCAT
* ** * * * *
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127 CACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCT---T-AGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCA
* * * * * *
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188 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAA-ATCTTAGCCACATTAGATTTAAGGATTTG
* * * ** * *
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** * * *
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* **
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* *
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* * * *
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* * *
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*
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* * *
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1 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-T-T-TA--TGAGT-A-T-TT-T
* *
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* *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * ** ** * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * *
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* * * * * * * *
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1 GTG-AAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCTAAA
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * *
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* * * * **
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* * *
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* ** * *
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*
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1 GTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCTAAAA
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7925 ACCATCATGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (658 bp):
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TGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAATCTTAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
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CATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAG
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TACGAACATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAAGAAAAACGATA
TTAAAAGC
Found at i:12017 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 11948--12018 Score: 108
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11938 GAGATTTTGG
* *
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1 AGAAATATGATAACCAAAAGTCACAAAAAATGTAATA
*
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1 AGAAATATGATAACCAAAAGTCACAAAAAATGTAA
12019 GGTTATTGAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (37 bp):
AGAAATATGATAACCAAAAGTCACAAAAAATGTAATA
Found at i:14320 original size:3 final size:3
Alignment explanation
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14304 AGTAAATTCT
*
14314 TTC TTC TTC TTT TTC TTC TTC TTC TTC TTC TT
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Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (3 bp):
TTC
Done.