Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015565.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15598, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 782
Length: 1304
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Found at i:285 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 4--1304 Score: 1849
Period size: 154 Copynumber: 8.5 Consensus size: 154
1 CGA
* *
4 TTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCAATTTGGCAAACCTCAATGCT
1 TTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
* *
69 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGTAAAGTTTT
66 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
134 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
131 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* *
158 TTTGGGCCTATCGGGG-CGCATCAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAACGC
1 TTTGGGCCTATCGGGGAC-CATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGC
* *
222 TTTTCTTTCCATTGTGTATGGCTTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
65 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
287 TTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
130 TTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* * * *
312 TTT-GGCTCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTTAATCGTCTTAGATTTGGC-AACCTTCGATG
1 TTTGGGC-CTATCGGGGACCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATG
* *
375 CCTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCT-ACATATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
64 CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC-TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
439 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
128 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* *
466 TTT---CTCTATCGGGGTCTCATTAGT--TCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-AAACCTTCGA
1 TTTGGGC-CTATCGGGGAC-CATTAGTGAT-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAA
*
525 TGCTTTT-TTTCCA-TG-TTATGG-CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACAGTGAAG
62 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
586 -TTTTAGTCTCATTTGGAACACTTGTTAT
127 TTTTTAG-CTCATTTGGAACACTTGTTAT
** * * *
614 TTTGGGCCTATCGGGGATTATTAGTGAAGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACCTCAATTCT
1 TTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
* * * *
679 TTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTCAAATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
66 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
744 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
131 TAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
768 TTT--GCTCTATCGGGGACCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGC
1 TTTGGGC-CTATCGGGGACCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGC
* * *
831 TTTTCTTTCCATTGTGTATGGACTAACGATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
65 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTT
*
896 TTACCTCATTTGGAACACTTGTTAT
130 TTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* * * *
921 TTTGGGACAATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTCGATGC
1 TTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATGC
*
985 CTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCT-ACATATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
65 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC-TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
1049 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
129 TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* * * * *
1075 TTT--TCTCTATCGGGGCCCATTAAT-TTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-AAACCTTCGAT
1 TTTGGGC-CTATCGGGGACCATTAGTGAT-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAAT
* **
1136 GTTTTTCTTTCCATTGTTTATGGATTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
63 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
1200 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
128 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
* * * * *
1227 TATGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGAAGTCTTGAATCATCTTCGATTTGGCTAACCTCAATGCT
1 TTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
* *
1292 TTTCCTTACATTG
66 TTTCTTTCCATTG
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 81, Indels: 69
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
147 6 0.01
148 60 0.06
149 13 0.01
150 42 0.04
151 18 0.02
152 108 0.10
153 299 0.29
154 478 0.46
155 8 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
TTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCT
TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTT
TAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
Done.