Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015602.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15635, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 30219
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.18, T:0.32
Found at i:47 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5--47 Score: 52
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
1 GAAA
* *
5 ACAAGGAAATGAGATAGTAACC
1 ACAAGGAAATAAGATAATAACC
27 ACAAGGAAATTAAG-TAATAAC
1 ACAAGGAAA-TAAGATAATAAC
48 TGAAAATTAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 2
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 15 0.83
23 3 0.17
ACGTcount: A:0.53, C:0.12, G:0.19, T:0.16
Consensus pattern (22 bp):
ACAAGGAAATAAGATAATAACC
Found at i:8577 original size:31 final size:29
Alignment explanation
Indices: 8496--8590 Score: 100
Period size: 30 Copynumber: 3.2 Consensus size: 29
8486 TTAAAGACAG
* *
8496 AAATTTTTTTTTTGAAAACCGTAGAAACAA
1 AAATTTTTTTTTTGAAAAACGCA-AAACAA
* * **
8526 AAACTTTTTTTTTCAAAAACGCAAAACCT
1 AAATTTTTTTTTTGAAAAACGCAAAACAA
*
8555 AAATTTTTTTTTTAGAATAAACGGAAAACAA
1 AAATTTTTTTTTT-GAA-AAACGCAAAACAA
8586 AAATT
1 AAATT
8591 AAAAACGGAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 11, Indels: 3
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 16 0.31
30 21 0.40
31 15 0.29
ACGTcount: A:0.45, C:0.12, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (29 bp):
AAATTTTTTTTTTGAAAAACGCAAAACAA
Found at i:10311 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10283--10323 Score: 73
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
10273 CAATTCTTCC
*
10283 TCTTGAAATAAGTCTTCAAA
1 TCTTCAAATAAGTCTTCAAA
10303 TCTTCAAATAAGTCTTCAAA
1 TCTTCAAATAAGTCTTCAAA
10323 T
1 T
10324 GGTCTTCAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
TCTTCAAATAAGTCTTCAAA
Found at i:14195 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 14139--14217 Score: 99
Period size: 27 Copynumber: 2.9 Consensus size: 28
14129 AATGGACTAT
* *
14139 AAATGACCATAATG-CCCCTAGGTGCAA
1 AAATGACCAAAATGCCCCCTAGATGCAA
* *
14166 AAATGACAAAAATGCCCCCTAGATGTAA
1 AAATGACCAAAATGCCCCCTAGATGCAA
*
14194 AAATGACCAATAT-CCCCCTAGATG
1 AAATGACCAAAATGCCCCCTAGATG
14218 ACCCTAATGC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 23 0.51
28 22 0.49
ACGTcount: A:0.41, C:0.25, G:0.15, T:0.19
Consensus pattern (28 bp):
AAATGACCAAAATGCCCCCTAGATGCAA
Found at i:15399 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 15361--15402 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 3.3 Consensus size: 12
15351 TCATGCACCC
15361 AAAACATTTTAT
1 AAAACATTTTAT
15373 CAAAACATTTTAT
1 -AAAACATTTTAT
*
15386 AAAGCATTTATAT
1 AAAACATTT-TAT
15399 AAAA
1 AAAA
15403 GCAGGGGACT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
12 8 0.31
13 18 0.69
ACGTcount: A:0.52, C:0.10, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (12 bp):
AAAACATTTTAT
Found at i:18360 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18306--18360 Score: 67
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
18296 GCGTTTTCTC
* *
18306 TAAAAAAAAATCTCCGTTTTTAATTTT
1 TAAAAAAAAATCTCCGTTTTCAAGTTT
*
18333 TAAAAAAAAAT-TCTGTTTTCAACGTTT
1 TAAAAAAAAATCTCCGTTTTCAA-GTTT
18360 T
1 T
18361 TCTCTAAAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 9 0.38
27 15 0.62
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (27 bp):
TAAAAAAAAATCTCCGTTTTCAAGTTT
Found at i:25026 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 24945--25964 Score: 1185
Period size: 36 Copynumber: 28.3 Consensus size: 36
24935 TTATTGACTC
* *
24945 TTTACTTAATTACCCTG-AACTAAGTCTTTGAC-TGA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTG-CTTGA
* *
24980 TTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTATTTGCTTGTA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG-A
*
25016 TTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
*
25052 TTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
*
25088 TTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGT-TTGTGCTTGA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTT-TGCTTGA
*
25123 TTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGT-TTGTGCTTGA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTT-TGCTTGA
* *
25158 TTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
1 -TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
* *
25195 TTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTATGCTTGA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
*
25230 TTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGT-TTGTGCTTGA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTT-TGCTTGA
* * * *
25265 TTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGTTTGT
1 -TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
* ** *
25302 TCTTACCTAATTTTCTTGAAATTAAGTCTTTGCTGGA
1 T-TTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
* * * *
25339 TTCACTTAATTTCCTTGAAATAAAGTCTTTGCTTGT
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
* *
25375 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTG-TTGGA
1 T-TTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTT-GA
* * *
25412 TTCACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGT
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
* * *
25448 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTGGA
1 T-TTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
* * *
25485 TTCACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGT
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
* *
25521 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTG-TTGGA
1 T-TTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTT-GA
* * *
25558 TTCACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGT
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
* *
25594 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
1 T-TTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
25631 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
* *
25667 TTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTATTTGCTTGA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
** *
25702 TTTACTTAATTACCCCG-AATTAAGTCTGTGCTTGA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
* *
25737 TTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
1 --TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
25775 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
* * *
25811 TTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTT
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG-A
** *
25847 TTTACTTAATTACCCCG-AATTAAGTCTTTGCTTGCT
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG-A
* *
25883 TTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGCT
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG-A
* * *
25919 TTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGATTGTG
1 TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG-A
25955 TTTACTTAAT
1 TTTACTTAAT
25965 GCATGGAAGC
Statistics
Matches: 883, Mismatches: 78, Indels: 47
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
34 4 0.00
35 194 0.22
36 447 0.51
37 217 0.25
38 21 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (36 bp):
TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA
Found at i:25068 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 24977--25069 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 5.2 Consensus size: 18
24967 AGTCTTTGAC
* *
24977 TGATTTACTTAATTACCC
1 TGATTTACTTAATTTCCT
* ** *
24995 TGAATTAAGT-ATTTGCT
1 TGATTTACTTAATTTCCT
25012 TGTATTTACTTAATTTCCT
1 TG-ATTTACTTAATTTCCT
* ** * *
25031 TGAAATTAAGT-CTTTGCT
1 TG-ATTTACTTAATTTCCT
25049 TGATTTACTTAATTTCCT
1 TGATTTACTTAATTTCCT
25067 TGA
1 TGA
25070 AATTAAGTCT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 21, Indels: 6
0.65 0.27 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.22
18 27 0.53
19 13 0.25
ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.11, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
TGATTTACTTAATTTCCT
Found at i:25086 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 25029--25087 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 3.3 Consensus size: 18
25019 ACTTAATTTC
25029 CTTGAAATTAAGTCTTTG
1 CTTGAAATTAAGTCTTTG
* ** * *
25047 CTTG-ATTTACTTAATTTC
1 CTTGAAATTAAGT-CTTTG
25065 CTTGAAATTAAGTCTTTG
1 CTTGAAATTAAGTCTTTG
25083 CTTGA
1 CTTGA
25088 TTTACTTAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 10, Indels: 4
0.67 0.23 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.17
18 19 0.66
19 5 0.17
ACGTcount: A:0.25, C:0.14, G:0.14, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
CTTGAAATTAAGTCTTTG
Found at i:25349 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 24965--25964 Score: 1224
Period size: 73 Copynumber: 13.8 Consensus size: 72
24955 TACCCTGAAC
* * *
24965 TAAGTCTTTGAC-TGATTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTATTTGCTTGTATTTACTTAATTT
1 TAAGTCTTTG-CTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGT-TTTACCTAATTT
25028 CCTTGAAAT
64 CCTTGAAAT
* * * *
25037 TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACC
1 TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACCTAATTTCC
*
25102 CTG-AAT
66 TTGAAAT
*
25108 TAAGT-TTGTGCTTGATTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGT-TTGTGCTTGATTTTACCTAATT
1 TAAGTCTT-TGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTT-TGCTTG-TTTTACCTAATT
25170 TCCTTGAAAT
63 TCCTTGAAAT
* * * * *
25180 TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTATGCTTGATTTACTTAATTACC
1 TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACCTAATTTCC
*
25244 CTG-AAT
66 TTGAAAT
* * *
25250 TAAGT-TTGTGCTTGATTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGTTTGTTCTTACCTAATT
1 TAAGTCTT-TGCTTGA-TTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACCTAATT
*
25314 TTCTTGAAAT
63 TCCTTGAAAT
* * * *
25324 TAAGTCTTTGCTGGATTCACTTAATTTCCTTGAAATAAAGTCTTTGCTTGTTCTTACCTAATTTC
1 TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACCTAATTTC
25389 CTTGAAAT
65 CTTGAAAT
* *
25397 TAAGTCTTTG-TTGGATTCACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTCTTACCTAATTT
1 TAAGTCTTTGCTT-GATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACCTAATTT
25461 CCTTGAAAT
64 CCTTGAAAT
* * *
25470 TAAGTCTTTGCTGGATTCACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTCTTACCTAATTTC
1 TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACCTAATTTC
25535 CTTGAAAT
65 CTTGAAAT
* *
25543 TAAGTCTTTG-TTGGATTCACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTCTTACCTAATTT
1 TAAGTCTTTGCTT-GATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACCTAATTT
25607 CCTTGAAAT
64 CCTTGAAAT
* * *
25616 TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACC
1 TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACCTAATTTCC
*
25681 CTG-AAT
66 TTGAAAT
* ** *
25687 TAAGTATTTGCTTGATTTACTTAATTACCCCG-AATTAAGTCTGTGCTTGATTTTTACCTAATTT
1 TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG--TTTTACCTAATTT
25751 CCTTGAAAT
64 CCTTGAAAT
* * *
25760 TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACC
1 TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACCTAATTTCC
*
25825 CTG-AAT
66 TTGAAAT
* * ** * *
25831 TAAGTCTGTGCTTGTTTTTACTTAATTACCCCG-AATTAAGTCTTTGCTTGCTTTTACTTAATTA
1 TAAGTCTTTGCTTG-ATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG-TTTTACCTAATTT
*
25895 CCCTG-AAT
64 CCTTGAAAT
* * * *
25903 TAAGTCTTTGCTTGCTTTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGATTGTGTTTACTTAAT
1 TAAGTCTTTGCTTG-ATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGT-TTTACCTAAT
25965 GCATGGAAGC
Statistics
Matches: 835, Mismatches: 68, Indels: 50
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
69 4 0.00
70 47 0.06
71 139 0.17
72 239 0.29
73 371 0.44
74 33 0.04
75 2 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (72 bp):
TAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACCTAATTTCC
TTGAAAT
Found at i:25452 original size:146 final size:142
Alignment explanation
Indices: 24945--25964 Score: 1347
Period size: 146 Copynumber: 7.1 Consensus size: 142
24935 TTATTGACTC
* *
24945 TTTACTTAATTACCCTGAACTAAGTCTTTGAC-TGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTATTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG-CTTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT
* *
25009 GCTTGTATTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTTCCTTGAAATT
65 GCTTGT-TTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATT
25074 AAGTCTTTGCTTGA
129 AAGTCTTTGCTTGA
25088 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TTGTGCTTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TTG
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTT-TGCTTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTT-
*
25151 TGCTTGATTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCCTG-AAT
64 TGCTTG-TTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAAT
*
25215 TAAGTCTATGCTTGA
128 TAAGTCTTTGCTTGA
* * *
25230 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TTGTGCTTGATTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTT-TGCTTGA-TTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCT
* * * * *
25294 TTGTTTGTTCTTACCTAATTTTCTTGAAATTAAGTCTTTGCTGGATTCACTTAATTTCCTTGAAA
63 TTGCTTGTT-TTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAA
* *
25359 TAAAGTCTTTGCTTGT
127 TTAAGTCTTTGCTTGA
* * * * * *
25375 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTG-TTGGATTCACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTC
1 T-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGCTT-GATTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTC
* * *
25439 TTTGCTTGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTGGATTCACTTAATTTCCTTGAA
62 TTTGCTTGTT-TTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAA
*
25504 ATTAAGTCTTTGCTTGT
126 ATTAAGTCTTTGCTTGA
* * * * * *
25521 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTG-TTGGATTCACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTC
1 T-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGCTT-GATTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTC
25585 TTTGCTTGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAA
62 TTTGCTTGTT-TTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAA
25650 ATTAAGTCTTTGCTTGA
126 ATTAAGTCTTTGCTTGA
* * *
25667 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTATTTGCTTGATTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTCTGTG
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG
25732 CTTGATTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATT
66 CTTG--TTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATT
25797 AAGTCTTTGCTTGA
129 AAGTCTTTGCTTGA
* * *
25811 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGTTTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTCTTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTG-ATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT
* * * * *
25876 GCTTGCTTTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGCTTTTACTTAATTACCCTG-AAT
65 GCTTG-TTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG-ATTTACTTAATTACCTTGAAAT
* *
25939 TAAGTCTTTGATTGTG
128 TAAGTCTTTGCTTG-A
25955 TTTACTTAAT
1 TTTACTTAAT
25965 GCATGGAAGC
Statistics
Matches: 808, Mismatches: 50, Indels: 37
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
142 57 0.07
143 175 0.22
144 232 0.29
145 68 0.08
146 262 0.32
147 12 0.01
148 2 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (142 bp):
TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG
CTTGTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAAATTAA
GTCTTTGCTTGA
Found at i:29881 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 29587--30187 Score: 886
Period size: 134 Copynumber: 4.5 Consensus size: 134
29577 ACGTGACGCC
* * * *
29587 ATTTATTTGGTTGCGAATAATTTTTAAAAACGACAAAATATTGTTCTCAAAATGTTTACACAACA
1 ATTTAGTTGGTTGCGAATAATTTTTTAAAACGACAAAATGTTGTTGTCAAAATGTTTACACAACA
* *
29652 TAATTATTTTGGTTGTAAATACTTTTTCGACAACAATATTTTTTGGTTGTGTAAAGTTTTTTATT
66 TAATTATTTTGGTTGTAAATAC-TTTTCGACAACAATATTTTTTGGTTATGTAAAGTTTTTTATA
29717 ACGAT
130 ACGAT
*
29722 ATTTAGTTGGTTGCGAATAATTTTTTAAAACGACAAAATGTTGCTGTCAAAATGTTTACACAACA
1 ATTTAGTTGGTTGCGAATAATTTTTTAAAACGACAAAATGTTGTTGTCAAAATGTTTACACAACA
*
29787 TAATTATTTTGGTTGTAAATACTTTTCGACAACAATATTTTTTGGTTGTGTAAAGTTTTTTATAA
66 TAATTATTTTGGTTGTAAATACTTTTCGACAACAATATTTTTTGGTTATGTAAAGTTTTTTATAA
29852 CGAT
131 CGAT
29856 ATTTAGTTGGTTGCGAATAATTTTTTAAAACGACAAAATGTTGTTGTCAAAATGTTTACACAACA
1 ATTTAGTTGGTTGCGAATAATTTTTTAAAACGACAAAATGTTGTTGTCAAAATGTTTACACAACA
* * * *
29921 AAACTATTTTGGTTGTAAATACTTTTCGACAACAATATTTTCTAGTTATGTAAAGTTTTTTATAA
66 TAATTATTTTGGTTGTAAATACTTTTCGACAACAATATTTTTTGGTTATGTAAAGTTTTTTATAA
*
29986 TGAT
131 CGAT
* *
29990 ATTTAGTTGGTTGCCAATAAATTTTTT-AAATGACAAAATGTTGTTGTCAAAATGTTTACACAAC
1 ATTTAGTTGGTTGCGAAT-AATTTTTTAAAACGACAAAATGTTGTTGTCAAAATGTTTACACAAC
* * * * * * *
30054 AAAATTATTTTGGTTGTAAATACTTTTTGACAACAATATTTTTCGGTTACGTAATA-ATATTTAC
65 ATAATTATTTTGGTTGTAAATACTTTTCGACAACAATATTTTTTGGTTATGTAA-AGTTTTTTAT
30118 AACGAT
129 AACGAT
* * * * * * *
30124 ATCTAGTTGGTTACAAATAA-CTTTTAAAACG-GAAAATGTTGTTGCCAAAATGCTTACACAACA
1 ATTTAGTTGGTTGCGAATAATTTTTTAAAACGACAAAATGTTGTTGTCAAAATGTTTACACAACA
30187 T
66 T
30188 TTTCACAACA
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 34, Indels: 9
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
132 33 0.08
133 6 0.01
134 299 0.70
135 91 0.21
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (134 bp):
ATTTAGTTGGTTGCGAATAATTTTTTAAAACGACAAAATGTTGTTGTCAAAATGTTTACACAACA
TAATTATTTTGGTTGTAAATACTTTTCGACAACAATATTTTTTGGTTATGTAAAGTTTTTTATAA
CGAT
Done.