Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01001565.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig01565, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6905
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Found at i:800 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 778--810 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
768 AAATTATCCC
*
778 GGTTTTGATAGTTTAGA
1 GGTTTTGATAATTTAGA
795 GGTTTTGATAATTTAG
1 GGTTTTGATAATTTAG
811 GGGGCGAAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.27, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
GGTTTTGATAATTTAGA
Found at i:4815 original size:298 final size:302
Alignment explanation
Indices: 4219--4815 Score: 990
Period size: 298 Copynumber: 2.0 Consensus size: 302
4209 TCATTATATT
* * *
4219 CTTATTTTTCGAATATATTTCTTAAATAATATTGTTTAATTTTTATAGTTTTACCCAATTAAAAA
1 CTTATCTTTCGAATATATTTCTTAAATAACATTGCTTAATTTTTATAGTTTTACCCAATTAAAAA
4284 CTCTATTTTTATTTAATTAAATAACTATTTTATTTTTACTATTTTACTATTTTAATTAAACAAAC
66 CTCTATTTTTATTTAATTAAATAACTATTTTATTTTTACTATTTTAC-A-TTTAA-TAAACAAAC
4349 TTAAATAATATTATAATTTTTAAATATATTTCTTAAATTACATTGTATAAACTTTTACAGTTTGT
128 TTAAATAATATTATAATTTTTAAATATATTTCTTAAATTACATTGTATAAACTTTTACAGTTTGT
* * *
4414 GGCAAAAAAAAAAAAAACTTCTAGGTTATGTTTGGTTTGTGGTATCTTAGGTATCACGTGGTAAT
193 GGC-----AAAAAAAAACTTCTAGGTTATGTTTGATTCGTGGTATCTTAGGTATCACGTGATAAT
4479 GTCATTCACACTACTTTCCTAGGAATGCTATTTTAGTGGTTAATTATACC
253 GTCATTCACACTACTTTCCTAGGAATGCTATTTTAGTGGTTAATTATACC
4529 CTTATCTTTCGAATATATTTCTTAAATAACATTGCTTAATTTTTATAGTTTTACCCAATTAAAAA
1 CTTATCTTTCGAATATATTTCTTAAATAACATTGCTTAATTTTTATAGTTTTACCCAATTAAAAA
*
4594 CTCTATTTTTTTATTTAATTAAATAACTATTTTATTTTTACTGTTTTA-A-TT-A-AAA-AAACT
66 CTCTA--TTTTTATTTAATTAAATAACTATTTTATTTTTACTATTTTACATTTAATAAACAAACT
4654 TAAATAATATTATAATTTTTAAATATATTTCTTAAATTACATTGTATAAACTTTTACAGTTTGTG
129 TAAATAATATTATAATTTTTAAATATATTTCTTAAATTACATTGTATAAACTTTTACAGTTTGTG
*
4719 GC-AAAAAAAACTTTTAGGTTATGTTTGATTCGTGGTATCTTAGGTATCACGTGATAATGTCATT
194 GCAAAAAAAAACTTCTAGGTTATGTTTGATTCGTGGTATCTTAGGTATCACGTGATAATGTCATT
4783 CACACTACTTTCCTAGGAATGCTATTTTAGTGG
259 CACACTACTTTCCTAGGAATGCTATTTTAGTGG
4816 GAAAATATAA
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 8, Indels: 16
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
298 91 0.33
304 72 0.26
305 3 0.01
307 1 0.00
308 2 0.01
310 68 0.25
312 40 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (302 bp):
CTTATCTTTCGAATATATTTCTTAAATAACATTGCTTAATTTTTATAGTTTTACCCAATTAAAAA
CTCTATTTTTATTTAATTAAATAACTATTTTATTTTTACTATTTTACATTTAATAAACAAACTTA
AATAATATTATAATTTTTAAATATATTTCTTAAATTACATTGTATAAACTTTTACAGTTTGTGGC
AAAAAAAAACTTCTAGGTTATGTTTGATTCGTGGTATCTTAGGTATCACGTGATAATGTCATTCA
CACTACTTTCCTAGGAATGCTATTTTAGTGGTTAATTATACC
Found at i:5659 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5619--5663 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
5609 ATAATGTAAG
*
5619 AGAATTAATATATATATA
1 AGAATTAATATATATAAA
*
5637 A-TATTAATATAT-TAAA
1 AGAATTAATATATATAAA
5653 AGAATTAATAT
1 AGAATTAATAT
5664 TGAACCAATG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 18 0.78
18 1 0.04
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.04, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
AGAATTAATATATATAAA
Done.