Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015658.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15691, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:1162 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 374--4891 Score: 3876
Period size: 331 Copynumber: 13.6 Consensus size: 330
364 ATACTTTACA
* * * * * *
374 TCATCTAACCAAACCTCAGCAACATTGGATTTATGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
** * * *
439 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAA-CGTCAAAAGCCA
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTC-
* * * * * * *
503 TTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATAAGTATTTTAACCAAAAATTTAGGAAACA
130 TTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAA
* * * *
568 TCTCTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTTGGC
195 TTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT-ATAACCATCAC-GGTTTTTGGC
* ** * * * *
633 TAAAAATGCGTTTTAGGACCCCGGCTCAGTTTTGCCTGATTTTTGGCACCA-AGACTCCTTGAGA
258 TAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCAGAGACTCCTTGAAA
*
697 TATCCATAT
322 TATCTATAT
* * *
706 TCATATAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * ** *
771 TTCGATTTAATTAGAAATTAATT-A-AGAAAAGATGAAAAATAATATTAAAAGCGTGAAAAGTCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCT
* * * *
834 TCCAATTTTTTTGGTGTTAAATTATATATATTTTATGAGCATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAA
131 T-CAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAA
* * *
899 TTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAACCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT
195 TTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAACCATCACGGTTTTTGGCT
* *
964 AAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAGACACTCCTTGAAATA
259 AAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATA
1029 TCTATAT
324 TCTATAT
* * * * *
1036 TCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTG-TTTTACGAGCATATGAATTTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* ** * *
1100 TTTGATTTAATTAGATTTTAATTCTGAAAAAATATGAAAAATGATATTA-ATAGC-TCGAAAAGT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAGA-AGCGT-GAAAAGT
* * * *
1163 CCTTCAATTTTTTTGGCGTCGAA-T-TATATATTTTATTGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAA
129 -CTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTA-TGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAA
* * * * * *
1226 ATATCTTTCAGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTAATAATCATCACGGTTTTTG
192 AAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT-ATAACCATCACGGTTTTTG
* ** * * *
1291 GCTAAAAACGCGTTTCGGCG-CCCGATTCAGTTCT-CAATGA--TTTGGTGCTGAGACTCCTTGA
256 GCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGC-ATGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGA
1352 AATATCTATAT
320 AATATCTATAT
* * * * *
1363 TCTTCTAACCAAATCCCAG-C-CATT-G-TTT-----TTAG-----A--AGCATCTGAATCATGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * *
1412 TTCGTTTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAAAAC-AGTATTAGAAGCATGAAAAGC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATG-AAAAACGA-TATTAGAAGCGTGAAAAG-
* * * * * * * *
1476 CCTTCAATTTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAGTTGAGGGAA
128 TCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA
* **
1541 AATATTTTC-GGTCTATTTTTGCAAAATAGTAGCCGAAATCGTG--TAA-CATCACGGTTTTTTT
193 AAT-TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCACGG-----TT
* * * * * * * * *
1602 TTTTGC-CAAATCTGCGTTCCGAGG-CCCGGGTTAGTTTTGCATGATTTTTGGC-CA-AAAAT-C
252 TTTGGCTAAAAAC-GCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAGAGACTCC
*
1662 ATGCAAATATCTATAT
316 TTG-AAATATCTATAT
* * * * *
1678 TAATCTAATCAAATCTCAGCCACATTCGAATTAAGGATTTTTTTTTTACGAGCATCTAAATCTTG
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGA-TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
* * * * * * *
1743 TTTCGATTTAATTAAAAAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAAAGATATTAGAATCGTAAAAAA
65 TTTCGATTTAATT--AGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG
* * * * * * *
1808 CCATTCAATATTTTTGGCGATGAATTTTATATTTTTGTATGAGTATTTTAGTCAAAATTTGAGGA
128 TC-TTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTT-TATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGA
* * *
1873 AATATTTTTTTC-GGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGGTTT
191 AA-A-ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT-ATAACCATCACGGTTT
* * * * *
1937 TTGGCTAAAAACACG-TTCTAGGGCCCCAAG-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTA-AGAATC
253 TTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGGCCCC-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG-CAGAGACTC
* *
1999 CTTGACATATCCATAT
315 CTTGAAATATCTATAT
* * ** * * * *
2015 TAATCTAATCAAATTTCATTCACATTGCATTTAATGATTTG-TTTTATGAGCATCTGTATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * *
2079 TTCGATTTAATTACAAATTACAAATTAATTAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAA
66 TTCGATTTAATTAGAAATT---AATTCA-GAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * * *
2144 GTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTTTATATATTTTCATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGG
127 GT-CTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTT-ATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGG
* * * *
2209 AAAATTTTTTCTGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTT
190 AAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAACCATCACG-----
* * * * * * *
2274 TTTTTTTTGCGAAAAACGCGTTTC-GGGTCCCGACTTAGTATTGCAT-ATTTTTGGCGTC-GAGA
249 -GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG-CAGAGA
* *
2336 CTCCTAGAAAAATCTATAT
312 CTCCTTGAAATATCTATAT
* * * * * * * *
2355 TTATTTAATAAAATCTCAGCCACATTTGCATTAAAGGATGTGTTTTTACGTGCATTTGAATCTTG
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
* * * * * *
2420 TTTTGATTTAATTTGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAATAACGATATTAAAAGAGTAAAAAGTC
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGT-
* * * * *
2484 CTGCAATCTTTTTT-GCATTGAAATATATATGTTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATTGAGGAAA
129 CTTCAAT-TTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA
** *** * * * * * * *
2548 AATACTTCTAATAAATTTTTACAAAATATTAGCAGAAATCGTGTACGTTAGTCGAAATTACGGTT
193 AATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA---TA-AC--CATCACGG--
* * * *
2613 TTTTTGTTGTTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCC-G-TACAGTGTTGCATGAATTTTGGCGCT
250 --TTT-TTG--GCTAAAAACGCGTTTCGGGG-CCCCGGCT-CAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCA
2676 GAGACTCCTTGAAATATCTATAT
308 GAGACTCCTTGAAATATCTATAT
* * *** * *
2699 TCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTT-CTAAAACAAGCATCTGAATCATGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * *
2763 TTCGATTTAATCAGAAATTAATTC-GAAAAATAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAA-AATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG-
* * * * * * * * *
2827 CCTTCAATCTTATTGGGTGTTTAATTATATA-ATTTTAATGAGTGTTGTCGCTAAAAATTGAGGA
128 TCTTCAAT-TTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTT-ATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGA
* * ** * * * *
2891 AATAA-CTTTCGAGTCAATTTTTATAAAATTCTAGCCGAAATCGTTTGATAATCATCATGGTTTT
191 AA-AATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT-ATAACCATCACGGTTTT
* *** * * * *
2955 TGACTAAAGGTGCGTTTCGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCA-AGACTCGTT
254 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG-CAGAGACTCCTT
* *
3019 GAGATATCCATAT
318 GAAATATCTATAT
* * * * * * *
3032 TCATCTAATCAAATATCAGCAACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTATGAGCATTTGAATCTTAT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * *
3097 TTCGATTTAATTAAAAATTAATTAAGGAAATA-AT-AAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG-TC
* ** * * *
3160 TCCAATTTTTTTGGAATTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGTTGGAAAA
130 TTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTG-AGGAAAA
3225 ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG--------T---GGTTTTTGGCT
194 ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCACGGTTTTTGGCT
* * * * * ** * * *
3279 AAAAACGCGTTTCGAGGCACAGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTCCACCGAGACTTCTTGAAATA
259 AAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATA
3344 TCTATAT
324 TCTATAT
* *
3351 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGGC-TCTGAATTTTG
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA-GCATCTGAATCTTG
* *
3415 TTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTC
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGT-
* * * * * * * *
3480 CTCCAGTCTTTTTGGTGTTGAATTATTATATATTTTATGAGTGTTCTGGCTAAAAATTGA-GACA
129 CTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTA-TATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGA-A
* *
3544 AAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG--T-ACCATCACAGTTTTTTT
192 AAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCAC-G-GTTTTT
* * * *
3606 GGCTAAAAACGCG-TTCTGGGGCCCCGGGTCAATTTTGCATGATTTTTGGTGGCA-AAACTCCTT
255 GGCTAAAAACGCGTTTC-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-CGCAGAGACTCCTT
3669 GAAATATCTATAT
318 GAAATATCTATAT
* * * ** * *
3682 TCATCTAACCAAATATTAGCCACACTT-GATTTAAGGATTTGTTTTTGTGAGCATTTGAATCATG
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
* * * * *
3746 TTTCGATTTAATGAGAAATTAATTTGAAAAAAGAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGGGAGAA
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT-CAGAAA-AAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA-AA
** * * * *
3811 ACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCTAAAAATTGA-G-
126 AGTCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGA
* * * * * *
3874 AAAATATTTCGGGTTATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTG--T-ACCATCATTGTTTTTT
191 AAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCA-CG-GTTTT
* * * * * * ** *
3936 TGGCTAAAAACACGTTCCGGGGTCCTGGGTCAGTTTTACATGATTTTCCGCGTTA-AGACTCCTT
254 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG-CAGAGACTCCTT
* *
4000 AAAATATATCTCTAT
318 -GAA-ATATCTATAT
* * * * * *** * *
4015 TTATCTAA-CTAAATCTCAGCCACATTGTAATAAAGGATTTGTTTTTACAAATTTCTAAATGTTG
1 TCATCTAATC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
* * *
4079 TTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTC-GAAAGAAAATAAGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCAG-AA-AAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAA
* * * * * * *
4143 AGGCTTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTCGCTAGAAATCGAGG
126 AGTC-TTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGG
* * *
4208 AAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTGGAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
190 AAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAACCATCACGGTTTT
* * * ** * * *
4273 CGGCTAAAAACACG-TTCCGGGATCCGGCTCAG-TTTACATGATTTTTGGTTGCA-AAACTCCTT
254 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-CGCAGAGACTCCTT
4335 GAAATATCTATAT
318 GAAATATCTATAT
* * * * * *
4348 TCATCTAAACGAATCTTAGCCACATTAGATATAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * *
4413 TTCGATTTAATTGGAAATTAATTCAGAAAGAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-AAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG-T
* *** * * * * *
4478 CTTCAATCTTTTTGATATCGAATCATATATTTTTTATAAGTATCTTAGCCAAAAATTGA--AAAA
129 CTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAA
* *
4541 ATATCTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTG
194 AT-T-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAACCATCACGGTTTTTG
* * * * * * * * * *
4606 GCAAAAAAGGCCTTCCAGGGTCACGGATCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAA
256 GCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAA
*
4671 ATATCTTTAT
321 ATATCTATAT
* * *
4681 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAACGATTTGTTTTTATGTGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* *
4746 ATCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAA-ATGAAAAACAATATT-GAAAGCGTGAAAAGTC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAAAAGTC
* * * * *
4809 CTCAAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTTGTCAAAATTTGAGGAAAA
130 TTC-AATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAA
* *
4874 ATCTTTCGGG-CCATTTTT
194 ATTTTTCGGGTCAATTTTT
4892 ACCATCATGG
Statistics
Matches: 3393, Mismatches: 619, Indels: 350
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
310 8 0.00
311 3 0.00
312 44 0.01
313 39 0.01
314 67 0.02
315 73 0.02
316 3 0.00
317 9 0.00
318 5 0.00
319 146 0.04
320 7 0.00
321 89 0.03
322 29 0.01
323 3 0.00
325 6 0.00
326 2 0.00
327 43 0.01
328 1 0.00
329 72 0.02
330 283 0.08
331 656 0.19
332 205 0.06
333 514 0.15
334 150 0.04
335 175 0.05
336 131 0.04
337 202 0.06
338 16 0.00
339 24 0.01
340 53 0.02
341 36 0.01
342 102 0.03
343 34 0.01
344 94 0.03
345 66 0.02
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCT
TCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAT
TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCACGGTTTTTGGCTAA
AAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATC
TATAT
Done.