Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015669.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15702, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 3304--3442 Score: 182
Period size: 44 Copynumber: 2.9 Consensus size: 49
3294 TCGTAGGAAA
3304 TTTGTAGAACATGTAAACTCTTGTAAATTACTACTTTGTATTTTGTTAT
1 TTTGTAGAACATGTAAACTCTTGTAAATTACTACTTTGTATTTTGTTAT
* * * *
3353 TATCT--TA-ATG--AACTCTTATAAATTACTACTTTGTAATTTTG-TAT
1 TTTGTAGAACATGTAAACTCTTGTAAATTACTACTTTGT-ATTTTGTTAT
*
3397 TTTGTAGAACATGTAAACTCTTGTAAATTATTACTTTGTATTTTGT
1 TTTGTAGAACATGTAAACTCTTGTAAATTACTACTTTGTATTTTGT
3443 AATTAAATGA
Statistics
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0.76 0.09 0.14
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44 29 0.39
45 6 0.08
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47 4 0.05
48 6 0.08
49 25 0.34
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Consensus pattern (49 bp):
TTTGTAGAACATGTAAACTCTTGTAAATTACTACTTTGTATTTTGTTAT
Found at i:5944 original size:19 final size:19
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Indices: 5906--5943 Score: 60
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5896 TGCTTTTCTC
*
5906 TGTTTATATTCCTAGATTT
1 TGTTTAAATTCCTAGATTT
5925 TGTTTAAATTCCTAG-TTT
1 TGTTTAAATTCCTAGATTT
5943 T
1 T
5944 TAGTTGCTTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.22
19 14 0.78
ACGTcount: A:0.21, C:0.11, G:0.11, T:0.58
Consensus pattern (19 bp):
TGTTTAAATTCCTAGATTT
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Alignment explanation
Indices: 7532--7567 Score: 72
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7522 CAATATTACC
7532 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
7568 CCTTAGCTGG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 35 1.00
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Consensus pattern (1 bp):
T
Found at i:14658 original size:19 final size:20
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Indices: 14634--14673 Score: 64
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
14624 TCTACCATGA
*
14634 AAATCCATTCC-AATAGTTC
1 AAATCCATCCCAAATAGTTC
14653 AAATCCATCCCAAATAGTTC
1 AAATCCATCCCAAATAGTTC
14673 A
1 A
14674 CTAACTTATC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.53
20 9 0.47
ACGTcount: A:0.40, C:0.28, G:0.05, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
AAATCCATCCCAAATAGTTC
Found at i:16505 original size:330 final size:328
Alignment explanation
Indices: 15708--17848 Score: 2051
Period size: 332 Copynumber: 6.5 Consensus size: 328
15698 CAATTTTTAA
*
15708 GGATTT-AGAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
1 GGATTTAAGA-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
**
15772 GAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGT-AAAAG-CCTTCCAAAATTTTTGGCGTTGAATTA
65 GAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGTCC-TCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTA
* ** * *
15835 TATATTTTTATGAGTATTATAGTAAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGTGTCAATTTTTCCAAAAT
129 TATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
* * * * * * *
15900 TTTAGCCGAAATCGTTTACGT--TCATTATGATTTTTGACTAAAAATGCGTTCCGGGGACCC-AG
194 TTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAATCATCA-CA-GTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGA-
* * * *
15962 CCCAGTTTTGGATGATCTTTTTACGCCGAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCGAATC
255 CTCAGTTTTGCATGAT-TTTTTACGCCGAGACTCCTT-AAATATCTATATTCATCTAATCAAATC
* *
16027 TCAGTCACATT
318 TCAGCCAAATT
**
16038 GGATTTAACG-ATTTGTTTTTACGAGTTTCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-
1 GGATTTAA-GAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
* * * *
16101 G-GAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGGCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
65 GAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAT
* ** * *
16165 ATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGACATTTCTTTCGGGTCAATTCTT-CTAACA
130 ATA-TTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGC-AAAA
* * * * * *
16229 TTTTAGCTGAAATTGTGTACTAATCATCATAGTTTGTCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAACTC
193 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACAGTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGACTC
* * * * * *
16294 ACTTTTGCATCATTTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAGATATCCATATTCATCTAATCAAATCTTA
258 AGTTTTGCATGA-TTTTTTACGCCGAGACTCCTTAA-ATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCA
16359 GCCAAATT
321 GCCAAATT
* * * *
16367 GAATTTAGGAATTTG-TTTTACGAGAATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
1 GGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
* * * * * * * *
16431 AAAAAATATGAAAAATGATATTTAAAAGCGTGAAAAGTCCCCCAATCTATTTGACTTTGAATTAT
66 AAAAAATAGGAAAAACGATA-TTAGAAGCGTCAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAT
* ** * *
16496 ATATTTTTATGATTATTTTAGTAAAAAAATGAGGAGAAATATTT-GGTGTCAATTTTTGCAAAAT
130 ATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGG-GTCAATTTTTGCAAAAT
* * * ** * * * *
16560 TTTATCCGAAATCGT-TCACTAACCATCACGGTTTTTGATTAAAAATGCCTTCCGGGGACCCGGC
194 TTTAGCCGAAATCGTGT-ACTAATCATCACAG--TTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGAC
* * *
16624 TCAGTTTTGCATGATATTTTACGCCGAGAGTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTC
256 TCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCGAGACTCCTT-AAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTC
*
16689 GGCCAAATT
320 AGCCAAATT
** * * *
16698 GGATTTAATTATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTTAATTCGG
1 GGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
* * * * **
16763 AAAAAATAGGGAAAACGATATTAGATGCGTCAAAAGTCCTTCAATGTTTTTGGAATTGAATTATA
66 AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA
** * * * *
16828 TATTTTTTATGAGTATCGTAGCCAAAAATTGAGTA-AATCTCTTTTGGGTCAATTCTTGCAAAAT
131 TA-TTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAA-ATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
* * * *
16892 TTTAGCCGAAATCGTGTAC----CTTCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGATTC-GGAACCTCGAT
194 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACAG--TTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACC-CGAC
* ** * *
16952 TCAGTTTTGCTTGA-TTTTT------A-AC-CCCAAAAT-TC-CTATTCATCTAATCAAATCTTA
256 TCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCGAGACTCCTTAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCA
*
17006 GCCACATT
321 GCCAAATT
* * *
17014 GGATTTATGAATTTGTTTTTATGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
1 GGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
* * * * *
17079 TAAAAAAAAATGAAAAACGATATT-GAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATCTATTTGGC-TCTGAAT
66 --AAAAAATAGGAAAAACGATATTAG-AAGCGTCAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGT-TGAAT
** * * ** *
17142 TATATATTTTTATGAGTATTTTAGTGAAAAATTGAGGAGAAATATTTTGTATCCATTTTTGCAAA
127 TATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
* ** * * * * * **
17207 ATTTAAGTTG-AATAGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAATGCGTTTCAAGGACCCGA
192 ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACAG--TTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGA
* * * *
17271 CTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCGAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATATAGTCTAATCT
255 CTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCGAGACTCCTT-AAATATCTATATTCATCTAATCAAATCT
17336 CAGCCACAA-T
319 CAGCCA-AATT
* * * * *
17346 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGTATCTGAATCTTGTTTCGAGTTAATCAGAAATTAATT-A-
1 GGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
* * ** * * *
17409 AAAAAA-AGGAAAAACGATATTAGATGCGTCAAAAGCCCTTAAATCTGTTTGGCGTTGAATAAAA
66 AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA
* * *
17473 TATTTTTTATGATTATTTTAGCCAAAAATTGAGGA-AATATC-TTCTTGGTCAATTTTTACAAAA
131 TA-TTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAA-ATCTTTC-GGGTCAATTTTTGCAAAA
* * * *
17536 TTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTAACCATCACAGTTATGGGCTAAAAACGTG-TTCAAGGGTC
193 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-T---CATCACAGTT-T-GGCTAAAAACGCGTTTC-GGGGAC
* * ** * *
17600 CCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATCAA
251 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCGAGACTCCTT-AAATATCTATATTCATCTAATCAA
* *
17665 ATCTTAGCCATATT
315 ATCTCAGCCAAATT
* * * * *
17679 GGATTTAAGAATTAGTTTTTACAAGTATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAG
1 GGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
* * * * *
17744 AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGAGTTGAATTATA
66 AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA
* * * * *
17809 TAATTTTAAGATTATTTTAG-TAAAATATTGAGGGGAAATC
131 TATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAA-ATTGAGGAGAAATC
17849 CATCACGACA
Statistics
Matches: 1475, Mismatches: 267, Indels: 133
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
316 92 0.06
317 55 0.04
318 59 0.04
319 2 0.00
320 42 0.03
321 10 0.01
327 60 0.04
328 171 0.12
329 144 0.10
330 216 0.15
331 148 0.10
332 242 0.16
333 147 0.10
334 5 0.00
335 32 0.02
336 50 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (328 bp):
GGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA
TATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
TAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACAGTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGACTCAGT
TTTGCATGATTTTTTACGCCGAGACTCCTTAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAA
ATT
Found at i:17322 original size:648 final size:646
Alignment explanation
Indices: 15708--17847 Score: 2474
Period size: 660 Copynumber: 3.3 Consensus size: 646
15698 CAATTTTTAA
*
15708 GGATTTAGAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
1 GGATTTAGA-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
* * ** *
15773 AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGT-AAAAG-CCTTCCAAAATTTTTGGCGTTGAATTAT
65 AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC-TCCAATCTATTTGGC-TTGAATTAT
* * *
15836 ATATTTTTATGAGTATTATAGTAAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGTGTCAATTTTTCCAAAATT
128 ATATTTTTATGAGTATTTTAGTAAAAAATTGAGGAGAAATATTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATT
* * * * *
15901 TTAGCCGAAATCGTTTACGT--TCATTATGATTTTTGACTAAAAATGCGTTCCGGGGACCC-AGC
193 TTAGTCGAAATCG-TTAC-TAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAATGCGTTCCGGGGACCCGA-C
* * * * *
15963 CCAGTTTTGGATGATCTTTTTACGCCGAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCGAATCT
255 TCAGTTTTGCATGAT-TTTTTACGCCGAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCT
* * *
16028 CAGTCACATTGGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGTTTCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
319 CAGCCAAATTGGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* *
16093 ATTAATTCGG--AAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGGCCTTCAATCTTTTTGGCA
384 ATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGATGCGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCA
* * *
16156 TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGACATTTCTTTCGGGTCAATTC
449 TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTTGGGTCAATTC
* * * * *
16221 TTCTAACATTTTAGCTGAAATTGTGTA-CTAATCATCA-TAGTTTGTCTAAAAACGCGTTTCGGG
514 TTC-AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCT-ATCA-CAGT-TTTTGGCTAAAAACGCG-TTC-GG
* * * * *
16284 GCCCCAACTCACTTTTGCATCATTTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAGATATCCATATTCATCTAA
573 GACCCGACTCAGTTTTGC-T--TATTTTT----C-AGACTCCTTAAAATATCC-TATTCATCTAA
16349 TCAAATCTTAGCCAAATT
629 TCAAATCTTAGCCAAATT
* * *
16367 GAATTTAGGAATTTG-TTTTACGAGAATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
1 GGATTTA-GAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
* * *
16431 AAAAAATATGAAAAATGATATTTAAAAGCGTGAAAAGTCCCCCAATCTATTTGACTTTGAATTAT
65 AAAAAATATGAAAAACGATA-TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTATTTGGC-TTGAATTAT
* * *
16496 ATATTTTTATGATTATTTTAGTAAAAAAATGAGGAGAAATATTTGGTGTCAATTTTTGCAAAATT
128 ATATTTTTATGAGTATTTTAGTAAAAAATTGAGGAGAAATATTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATT
* * *
16561 TTA-TCCGAAATCGTTCACTAACCATCACGGTTTTTGATTAAAAATGCCTTCCGGGGACCCGGCT
193 TTAGT-CGAAATCGTT-ACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAATGCGTTCCGGGGACCCGACT
* * * *
16625 CAGTTTTGCATGATATTTTACGCCGAGAGTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCG
256 CAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCGAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCA
** * * *
16690 GCCAAATTGGATTTAATTATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGT
321 GCCAAATTGGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * *
16755 TAATTCGGAAAAAATAGGGAAAACGATATTAGATGCGTCAAAAGTCCTTCAATGTTTTTGGAATT
386 TAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGATGCGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATT
** * *
16820 GAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTAGCCAAAAATTGAGTAAATCTCTTTTGGGTCAATTCTT
451 GAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTTGGGTCAATTCTT
*
16885 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCT-TCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGATTCGGAACCTC
516 -CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCTATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCGGGACC-C
* *
16949 GATTCAGTTTTGCTTGATTTTT-A-AC-CC-CAAAAT-TCCTATTCATCTAATCAAATCTTAGCC
578 GACTCAGTTTTGCTT-ATTTTTCAGACTCCTTAAAATATCCTATTCATCTAATCAAATCTTAGCC
*
17009 ACATT
642 AAATT
* *
17014 GGATTTATGAATTTGTTTTTATGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
1 GGATTTA-GAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
* * *
17079 TAAAAAAAAATGAAAAACGATATTGAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATCTATTTGGCTCTGAATTA
65 --AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTATTTGGCT-TGAATTA
* * * *
17144 TATATTTTTATGAGTATTTTAGTGAAAAATTGAGGAGAAATATTTTGTATCCATTTTTGCAAAAT
127 TATATTTTTATGAGTATTTTAGTAAAAAATTGAGGAGAAATATTTCGTGTCAATTTTTGCAAAAT
* * * * * * **
17209 TTAAGTTG-AATAGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAATGCGTTTCAAGGACCCGACT
192 TTTAGTCGAAATCGT-TACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAATGCGTTCCGGGGACCCGACT
* * *
17273 CAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCGAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATATAGTCTAATCTCA
256 CAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCGAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCA
* * * *
17338 GCCACAA-TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGTATCTGAATCTTGTTTCGAGTTAATCAGAAA
321 GCCA-AATTGGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * *
17402 TTAATT---AAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGATGCGTCAAAAGCCCTTAAATCTGTTTGGCGT
385 TTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGATGCGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCAT
* * * *
17464 TGAATAAAATATTTTTTATGATTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTCTT-GGTCAATTT
450 TGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTT-TTGGGTCAATTC
* * * *
17528 TTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTAACCATCACAGTTATGGGCTAAAAACGTGTTC
514 TT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC---CT----ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * * *
17593 AAGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGATATATCTATATTCATC
571 --GGGACCCGACTCAGTTTTGC-TTATTTTT-----C-AGACTCCTTAAAATATC-CTATTCATC
*
17658 TAATCAAATCTTAGCCATATT
626 TAATCAAATCTTAGCCAAATT
* * * * *
17679 GGATTTAAGAATTAGTTTTTACAAGTATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAG
1 GGATTT-AGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
*
17744 AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGAG-TTGAATTAT
65 AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATC-TATTTG-GCTTGAATTAT
* * * * *
17808 ATAATTTTAAGATTATTTTAGTAAAATATTGAGGGGAAAT
128 ATATTTTTATGAGTATTTTAGTAAAAAATTGAGGAGAAAT
17848 CCATCACGAC
Statistics
Matches: 1272, Mismatches: 159, Indels: 96
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
645 127 0.10
646 2 0.00
647 41 0.03
648 213 0.17
649 107 0.08
650 21 0.02
651 2 0.00
652 4 0.00
653 39 0.03
654 6 0.00
657 1 0.00
658 70 0.06
659 28 0.02
660 240 0.19
661 55 0.04
662 131 0.10
663 91 0.07
664 8 0.01
665 85 0.07
666 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (646 bp):
GGATTTAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGA
AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTATTTGGCTTGAATTATATA
TTTTTATGAGTATTTTAGTAAAAAATTGAGGAGAAATATTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
GTCGAAATCGTTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAATGCGTTCCGGGGACCCGACTCAGTT
TTGCATGATTTTTTACGCCGAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAA
ATTGGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
CGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGATGCGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATT
ATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTTGGGTCAATTCTTCAAAA
TTTTAGCCGAAATCGTGTACCTATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCGGGACCCGACTCAGT
TTTGCTTATTTTTCAGACTCCTTAAAATATCCTATTCATCTAATCAAATCTTAGCCAAATT
Found at i:17728 original size:981 final size:983
Alignment explanation
Indices: 15708--17848 Score: 2350
Period size: 981 Copynumber: 2.2 Consensus size: 983
15698 CAATTTTTAA
*
15708 GGATTT-AGAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
1 GGATTTAAGA-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
* *
15772 GAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAG-CCTTCCAAAATTTTTGGCGTTGAATTAT
65 GAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAGTCCTT-CAATATTTTTGGAGTTGAATTAT
* * * *
15836 ATATTTTTATGAGTATTATAGTAAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGTGTCAATTTTTCCAAAATT
129 ATATTTTTATGAGTATCATAGCAAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGGGTCAATTCTTCCAAAATT
* * * * *
15901 TTAGCCGAAATCGTTTACGTTCATTATGATTTTTGACTAAAAATGCGTTCCGGGGACCCAGCCCA
194 TTAGCCGAAATCGTGTACCTTCATCATGATTTTTGACTAAAAACGCGTTCCGGGAACCCAGCCCA
* * * *
15966 GTTTTGGATGATCTTTTTACGCCGAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCGAATCTCAG
259 GTTTTGCATGA-CTTTTTACACC---A--CC-TAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAG
* ** *
16031 TCACATTGGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGTTTCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
317 CCACATTGGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
* * * *
16096 AATTCGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGGCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAA
382 AATTCGAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGGCCTCCAATCTATTTGGCATTGAA
** * *
16161 TTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGACATTTCTTTCGGGTCAATTCTTCTA
447 TTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGACAAATATTTCGGATCAATTCTTCTA
* * * * * * * ** *
16226 ACATTTTAGCTGAAATTGTGTACTAATCATCATAGTTTGTCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAA
512 AAATTTAAGCTGAAATAGTGTACTAACCATCACAGTTTGGCCAAAAACGCGTTTCAAGGACCCAA
* *
16291 CTCACTTTTGCATCATTTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAGATATCCATATTCATCTAATCAAATC
577 CTCACTTTTGCATCATTTTTTTACGCCAAGACTCCTTAAGATATCCATATTCATATAATCAAATC
* * * * *
16356 TTAGCCAAATTGAATTTAGGAATTTGTTTTACGAGAATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
642 TCAGCCAAATTGAATTTAGGAATTTGTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGAGTTAATCAGAA
* * * *
16421 ATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAATGATATTTAAAAGCGTGAAAAGTCCCCCAATCTATTTGAC
707 ATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTTAAAAGCGTCAAAAGTCCCCAAATCTATTTGAC
* * * *
16486 TTTGAATTATATATTTTTATGATTATTTTAGTAAAAAAATGAGGAGAAATATTTGGTGTCAATTT
772 GTTGAATAAAATATTTTTATGATTATTTTAGCAAAAAAATGAGGAGAAATATTTGGTGTCAATTT
* * * * * * * **
16551 TTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTTCACTAACCATCACGGTTTTTGATTAAAAATGCCTTCCGGG
837 TTACAAAATTTTAACCGAAATCGTTCACTAACCATCACAGTTATGGACTAAAAACGCCTTCAAGG
* * *
16616 GACCCGGCTCAGTTTTGCATGATATTTTACGCCGAGAGTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAAT
902 GACCCGGCTCAGTTTTGCATGATATTTTACGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAAT
*
16681 CAAATCTCGGCCAAATT
967 CAAATCTCAGCCAAATT
** * * *
16698 GGATTTAATTATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTTAATTCGG
1 GGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
* * * *
16763 AAAAAATAGGGAAAACGATATTAGATGCGTCAAAAGTCCTTCAATGTTTTTGGAATTGAATTATA
66 AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGT-AAAAGTCCTTCAATATTTTTGGAGTTGAATTATA
* * * * * *
16828 TATTTTTTATGAGTATCGTAGCCAAAAATTGAGTA-AATCTCTTTTGGGTCAATTCTTGCAAAAT
130 TA-TTTTTATGAGTATCATAGCAAAAAATTGAGGAGAA-ATCTTTCGGGTCAATTCTTCCAAAAT
*
16892 TTTAGCCGAAATCGTGTACCTTCA-CA-G-TTTTTGGCTAAAAACGCGATT-C-GGAACCTC-GA
193 TTTAGCCGAAATCGTGTACCTTCATCATGATTTTTGACTAAAAACGCG-TTCCGGGAACC-CAG-
** * * *
16951 TTCAGTTTTGCTTGA-TTTTTA-ACC-CC-AAAAT-TC-CTATTCATCTAATCAAATCTTAGCCA
255 CCCAGTTTTGCATGACTTTTTACACCACCTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
* *
17010 CATTGGATTT-ATGAATTTGTTTTTATGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
320 CATTGGATTTAACG-ATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * **
17074 TTCAGTAAAAAAAAATGAAAAACGATATT-GAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATCTATTTGGC-TC
384 TTC-G---AAAAAAAGGAAAAACGATATTAG-AAGCGTCAAAAGGCCTCCAATCTATTTGGCAT-
** * * * * *
17137 TGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTTTAGTGAAAAATTGAGGAGAAATATTTTGTATCCATTTT
443 TGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGACAAATATTTCGGATCAATTCT
* * *
17201 TGC-AAAATTTAAGTTG-AATAGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAATGCGTTTCAAG
508 T-CTAAAATTTAAGCTGAAATAGTGTACTAACCATCACAG--TTTGGCCAAAAACGCGTTTCAAG
* * * * **
17264 GACCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTTACGCCGAGACTCCTTGAA-ATATTTATATTCATATA
570 GACCCAACTCACTTTTGCATCATTTTTTTACGCCAAGACTCCTT-AAGATATCCATATTCATATA
* * * *
17327 GTCTAATCTCAGCCACAA-TGGATTTAAGG-ATTTGTTTTTACAAGTATCTGAATCTTGTTTCGA
634 ATCAAATCTCAGCCA-AATTGAATTT-AGGAATTTG-TTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGA
* * *
17390 GTTAATCAGAAATTAATT-A-AAAAAA-AGGAAAAACGATA-TTAGATGCGTCAAAAG-CCCTTA
696 GTTAATCAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTTAAAAGCGTCAAAAGTCCC-CA
* * * *
17450 AATCTGTTTGGCGTTGAATAAAATATTTTTTATGATTATTTTAGCCAAAAATTGA-G-GAAATAT
760 AATCTATTTGACGTTGAATAAAATA-TTTTTATGATTATTTTAGCAAAAAAATGAGGAGAAATAT
**
17513 CTTCTTGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTAACCATCACAGTTATGG
824 -TTGGT-GTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGT-T-C--ACTAACCATCACAGTTATGG
* ** * * * *
17578 GCTAAAAACGTGTTCAAGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATTAT-TTTTGGCGCCAAGACTCCTTGA
883 ACTAAAAACGCCTTCAAGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATATTTT-ACGCCAAGACTCCTTAA
* * *
17642 TATATCTATATTCATCTAATCAAATCTTAGCCATATT
947 AATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAAATT
* * * * *
17679 GGATTTAAGAATTAGTTTTTACAAGTATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAG
1 GGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
* * * * *
17744 AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGAGTTGAATTATA
66 AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGT-AAAAGTCCTTCAATATTTTTGGAGTTGAATTATA
* * * ** * * *
17809 TAATTTTAAGATTATTTTAGTAAAATATTGAGGGGAAATC
130 TATTTTTATGAGTATCATAGCAAAAAATTGAGGAGAAATC
17849 CATCACGACA
Statistics
Matches: 957, Mismatches: 162, Indels: 74
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
975 12 0.01
976 118 0.12
977 70 0.07
978 29 0.03
979 113 0.12
980 169 0.18
981 210 0.22
986 2 0.00
987 6 0.01
988 6 0.01
989 29 0.03
990 88 0.09
991 31 0.03
992 74 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (983 bp):
GGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG
AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAGTCCTTCAATATTTTTGGAGTTGAATTATAT
ATTTTTATGAGTATCATAGCAAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGGGTCAATTCTTCCAAAATTTT
AGCCGAAATCGTGTACCTTCATCATGATTTTTGACTAAAAACGCGTTCCGGGAACCCAGCCCAGT
TTTGCATGACTTTTTACACCACCTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGG
ATTTAACGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAA
AAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGGCCTCCAATCTATTTGGCATTGAATTATATATT
TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGACAAATATTTCGGATCAATTCTTCTAAAATTTAAG
CTGAAATAGTGTACTAACCATCACAGTTTGGCCAAAAACGCGTTTCAAGGACCCAACTCACTTTT
GCATCATTTTTTTACGCCAAGACTCCTTAAGATATCCATATTCATATAATCAAATCTCAGCCAAA
TTGAATTTAGGAATTTGTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGAGTTAATCAGAAATTAATTCA
GAAAAAATAGGAAAAACGATATTTAAAAGCGTCAAAAGTCCCCAAATCTATTTGACGTTGAATAA
AATATTTTTATGATTATTTTAGCAAAAAAATGAGGAGAAATATTTGGTGTCAATTTTTACAAAAT
TTTAACCGAAATCGTTCACTAACCATCACAGTTATGGACTAAAAACGCCTTCAAGGGACCCGGCT
CAGTTTTGCATGATATTTTACGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCA
GCCAAATT
Done.