Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015705.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15738, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6489
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Found at i:1175 original size:529 final size:530
Alignment explanation
Indices: 1--1465 Score: 2386
Period size: 528 Copynumber: 2.8 Consensus size: 530
*
1 CAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGTTAAATGTATTTGTAATACTATCTATAGAACACACTACTA
1 CAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTAT-GAACACACTACTA
*
66 ACACATTTGTATACTATATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAAGTTTTTTTAAGTAATTAACAA
65 ACACATTTGTATA-T-TATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAA-TTTTTTTAAGTAATTAGCAA
*
131 TTACACAATTTTGGGGGATATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAG
127 TTACACAATTTTGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAG
*
196 CCAATTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCAC-AGTTTT
192 CCAATTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAACTTTT
* * *
260 TCCACGGGAATCTGTAAAGCCGCTGCAAAACCCGTGAAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAGACCCT
257 GCCACGGGAATCTGTAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAGACCCT
* ** *
325 GCCAAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTTTTAAGAAAACTATTTCAAAAACCGTGGCAAATATA
322 GCCAAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTATTAAGAAAACCGTTTC-AAAACTGTGGCAAATATA
* * *
390 GAATTCATGTCTAACAATTTTACCGAAAACAAAAATAATTTGAAGTTCCCGTAAAATTAATGGTT
386 GAATTCATGTCTAAGAATTTTACCGAAAACAAAAATAATTTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTT
*
455 TTTATGGTACCCTAATGTGTTTAACTCGAGTATTTGATGCAGAATTTAATGTAAAATAGTTTGGG
451 TTTATGGTACCCTAATGTGTTTAACTCGAGTATTTGATGCAGAATTTAAGGTAAAATAGTTTGGG
520 GAGTGGAAAAGAAAT
516 GAGTGGAAAAGAAAT
* * *
535 CAAAATTATAACTAGACTTAATTGGCTAAAGGTATTTATAATACTATC-ATGAACACACTACTAA
1 CAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTACTAA
*
599 CACATTTGTATACTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAA-TTTTTTAAGTAATTAGCAATTAC
66 CACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGCAATTAC
*
663 ACAATTTTGGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGTCA
131 ACAATTTT-GGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGCCA
728 ATTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAACTTTTGCC
195 ATTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAACTTTTGCC
* * *
793 ACGGGAATCTGTAAACCCGCTACAAAACTCGTGGAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAAACCCTGCC
260 ACGGGAATCTGTAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAGACCCTGCC
* *
858 AAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTCTTAAGAAAGCCGTTTCAAAACTGTGGCAAATATAGAAT
325 AAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTATTAAGAAAACCGTTTCAAAACTGTGGCAAATATAGAAT
*
923 TCATGTCTAAGAATTTTACC-ATAAACAAAGATAATTTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTTTTT
390 TCATGTCTAAGAATTTTACCGA-AAACAAAAATAATTTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTTTTT
* * * *
987 ATGGTACCTTATTGTGTTTAGCTCGAGTATTTGATGTAGAATTTAAGGTAAAATAGTTTGGGG-G
454 ATGGTACCCTAATGTGTTTAACTCGAGTATTTGATGCAGAATTTAAGGTAAAATAGTTTGGGGAG
1051 TGGAAAA-AAAT
519 TGGAAAAGAAAT
* *
1062 CAAAATTGTAACTAGACTTATTTGGCTAATTGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTACTAA
1 CAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTACTAA
* *
1127 CACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATCAGAAATTAC
66 CACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGCAATTAC
* * *
1192 ACAAATTTT-GGGGACAATATAGAATTTTGAGATGATATAAATGCAAATATGTGATCATTAGCCA
131 AC-AATTTTGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGCCA
* *
1256 ATTACTAACTCATATAAGTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAGCTTTTGCC
195 ATTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAACTTTTGCC
* * * * * *
1321 ACGAGAATCTGTAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGAAAAGTCGTGGTAAAGGCCGTGCC
260 ACGGGAATCTGTAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAGACCCTGCC
1386 AAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTATTAAGAAAACCGTTTCCAAAACTGTGGCAAATATAGAA
325 AAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTATTAAGAAAACCGTTT-CAAAACTGTGGCAAATATAGAA
*
1451 TTCATATCTAAGAAT
389 TTCATGTCTAAGAAT
1466 CAAAATTGTA
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 55, Indels: 19
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
527 47 0.05
528 305 0.35
529 305 0.35
530 140 0.16
532 26 0.03
533 2 0.00
534 44 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (530 bp):
CAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTACTAA
CACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGCAATTAC
ACAATTTTGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGCCAA
TTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAACTTTTGCCA
CGGGAATCTGTAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAGACCCTGCCA
AATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTATTAAGAAAACCGTTTCAAAACTGTGGCAAATATAGAATT
CATGTCTAAGAATTTTACCGAAAACAAAAATAATTTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTTTTTAT
GGTACCCTAATGTGTTTAACTCGAGTATTTGATGCAGAATTTAAGGTAAAATAGTTTGGGGAGTG
GAAAAGAAAT
Found at i:1319 original size:528 final size:530
Alignment explanation
Indices: 1--1465 Score: 2388
Period size: 529 Copynumber: 2.8 Consensus size: 530
*
1 CAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGTTAAATGTATTTGTAATACTATCTATAGAACACACTACTA
1 CAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTAT-GAACACACTACTA
66 ACACATTTGTATACTATATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAAGTTTTTTTAAGTAATTA-ACA
65 ACACATTTGTATA-T-TATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAA-TTTTTTTAAGTAATTAGA-A
*
130 ATTACACAATTTTGGGGGATATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTA
126 ATTACACAATTTTGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTA
195 GCCAATTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAG-TTT
191 GCCAATTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAGCTTT
* * *
259 TTCCACGGGAATCTGTAAAGCCGCTGCAAAACCCGTGAAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAGACCC
256 TGCCACGGGAATCTGTAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAGACCC
* ** *
324 TGCCAAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTTTTAAGAAAACTATTTCAAAAACCGTGGCAAATAT
321 TGCCAAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTATTAAGAAAACCGTTTC-AAAACTGTGGCAAATAT
* * *
389 AGAATTCATGTCTAACAATTTTACCGAAAACAAAAATAATTTGAAGTTCCCGTAAAATTAATGGT
385 AGAATTCATGTCTAAGAATTTTACCGAAAACAAAAATAATTTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGT
*
454 TTTTATGGTACCCTAATGTGTTTAACTCGAGTATTTGATGCAGAATTTAATGTAAAATAGTTTGG
450 TTTTATGGTACCCTAATGTGTTTAACTCGAGTATTTGATGCAGAATTTAAGGTAAAATAGTTTGG
519 GGAGTGGAAAAGAAAT
515 GGAGTGGAAAAGAAAT
* * *
535 CAAAATTATAACTAGACTTAATTGGCTAAAGGTATTTATAATACTATC-ATGAACACACTACTAA
1 CAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTACTAA
* *
599 CACATTTGTATACTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAA-TTTTTTAAGTAATTAGCAATTAC
66 CACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGAAATTAC
*
663 ACAATTTTGGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGTCA
131 ACAATTTT-GGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGCCA
*
728 ATTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAACTTTTGCC
195 ATTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAGCTTTTGCC
* * *
793 ACGGGAATCTGTAAACCCGCTACAAAACTCGTGGAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAAACCCTGCC
260 ACGGGAATCTGTAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAGACCCTGCC
* *
858 AAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTCTTAAGAAAGCCGTTTCAAAACTGTGGCAAATATAGAAT
325 AAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTATTAAGAAAACCGTTTCAAAACTGTGGCAAATATAGAAT
*
923 TCATGTCTAAGAATTTTACC-ATAAACAAAGATAATTTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTTTTT
390 TCATGTCTAAGAATTTTACCGA-AAACAAAAATAATTTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTTTTT
* * * *
987 ATGGTACCTTATTGTGTTTAGCTCGAGTATTTGATGTAGAATTTAAGGTAAAATAGTTTGGGG-G
454 ATGGTACCCTAATGTGTTTAACTCGAGTATTTGATGCAGAATTTAAGGTAAAATAGTTTGGGGAG
1051 TGGAAAA-AAAT
519 TGGAAAAGAAAT
* *
1062 CAAAATTGTAACTAGACTTATTTGGCTAATTGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTACTAA
1 CAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTACTAA
*
1127 CACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATCAGAAATTAC
66 CACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGAAATTAC
* * *
1192 ACAAATTTT-GGGGACAATATAGAATTTTGAGATGATATAAATGCAAATATGTGATCATTAGCCA
131 AC-AATTTTGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGCCA
*
1256 ATTACTAACTCATATAAGTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAGCTTTTGCC
195 ATTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAGCTTTTGCC
* * * * * *
1321 ACGAGAATCTGTAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGAAAAGTCGTGGTAAAGGCCGTGCC
260 ACGGGAATCTGTAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAGACCCTGCC
1386 AAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTATTAAGAAAACCGTTTCCAAAACTGTGGCAAATATAGAA
325 AAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTATTAAGAAAACCGTTT-CAAAACTGTGGCAAATATAGAA
*
1451 TTCATATCTAAGAAT
389 TTCATGTCTAAGAAT
1466 CAAAATTGTA
Statistics
Matches: 868, Mismatches: 55, Indels: 21
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
527 47 0.05
528 304 0.35
529 306 0.35
530 139 0.16
532 26 0.03
533 2 0.00
534 44 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (530 bp):
CAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTACTAA
CACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGAAATTAC
ACAATTTTGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGCCAA
TTACTAACTCATATAATTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAGCTTTTGCCA
CGGGAATCTGTAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGTAAATTCGTGGCAAAGACCCTGCCA
AATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTATTAAGAAAACCGTTTCAAAACTGTGGCAAATATAGAATT
CATGTCTAAGAATTTTACCGAAAACAAAAATAATTTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTTTTTAT
GGTACCCTAATGTGTTTAACTCGAGTATTTGATGCAGAATTTAAGGTAAAATAGTTTGGGGAGTG
GAAAAGAAAT
Found at i:1810 original size:405 final size:404
Alignment explanation
Indices: 1059--2047 Score: 1624
Period size: 405 Copynumber: 2.4 Consensus size: 404
1049 GGTGGAAAAA
* *
1059 AATCAAAATTGTAACTAGACTTATTTGGCTAATTGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTAC
1 AATCAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTAC
* * *
1124 TAACACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATCAGAAAT
66 TAACACATTTGTATACTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGCAAT
* *
1189 TACACAAATTTT-GGGGACAATATAGAATTTTGAGATGATATAAATGCAAATATGTGATCATTAG
131 TACAC-AATTTTGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAAATATGTGATCATTAG
**
1253 CCAATTACTAACTCATATAAGTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAGCTTTT
195 CCAATTACTAACTCATATAAGTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTAACCACAGCTTTT
* * * *
1318 GCCACGAGAATCTGTAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGAAAAGTCGTGGTAAAGGCCGT
260 GCCACGAGAATCTATAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGAAAAGTCATGGCAAAGGACGT
* *
1383 GCCAAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTATT-AAGAAAACCGTTTCC-AAAACTGTGGCAAATA
325 GCCAAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTT-TTAAAGAAAACCG-TTCCAAAAACCGTGGAAAATA
1446 TAGAATTCATATCTAAG
388 TAGAATTCATATCTAAG
1463 AATCAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTAC
1 AATCAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTAC
*
1528 TAACACATTTGTATACTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTGTTTAAGTAATTAGCAAT
66 TAACACATTTGTATACTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGCAAT
*
1593 TACACAATTTTGGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAG
131 TACACAATTTT-GGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAAATATGTGATCATTAG
1658 CCAATTACTAACTCATATAAGTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTAACCACAGCTTTT
195 CCAATTACTAACTCATATAAGTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTAACCACAGCTTTT
* *
1723 GCCACGGGAATCTATAAATCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGAAAAGTCATGGCAAAGGACGT
260 GCCACGAGAATCTATAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGAAAAGTCATGGCAAAGGACGT
* *
1788 GCCAAATAGCCACGACTTTTCCCACGGTTTTAAAGAAAATCGTTCCAAAAACCGTGGAAAATATA
325 GCCAAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTTTAAAGAAAACCGTTCCAAAAACCGTGGAAAATATA
*
1853 GAATTCATGTCTAAG
390 GAATTCATATCTAAG
* *
1868 AATCAAAATTGTAACAAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAAATTGTAATACTACCTATGAAC
1 AATCAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTA----T---TTGTAATACTATCTATGAAC
* *
1933 ACACTACTAACACATTTGTATACTATGACATTGTGTAAAAATCCAATTAAATTTTTTTAAGTAAT
59 ACACTACTAACACATTTGTATACTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAAT
1998 TAGCAATTACACAATTTTGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAA
124 TAGCAATTACACAATTTTGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAA
2048 TATTCCATCA
Statistics
Matches: 547, Mismatches: 27, Indels: 15
0.93 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
403 6 0.01
404 135 0.25
405 274 0.50
409 1 0.00
411 32 0.06
412 99 0.18
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (404 bp):
AATCAAAATTGTAACTAGACTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTAC
TAACACATTTGTATACTATGACATTGTGTAAAGATTCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGCAAT
TACACAATTTTGGGGGACATTATAGAGTTTTGAGATGATATAAATGCAAATATGTGATCATTAGC
CAATTACTAACTCATATAAGTGTAGGGTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTAACCACAGCTTTTG
CCACGAGAATCTATAAACCCGCTGCAAAACCCGTGGAAAATTGAAAAGTCATGGCAAAGGACGTG
CCAAATAGCCACGAATTTTCCCACGGTTTTAAAGAAAACCGTTCCAAAAACCGTGGAAAATATAG
AATTCATATCTAAG
Found at i:2105 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2045--2109 Score: 76
Period size: 26 Copynumber: 2.9 Consensus size: 21
2035 TGAGATGATA
2045 TAATATTCCATCAAACAATTG
1 TAATATTCCATCAAACAATTG
*
2066 TAATACACAATTTCATCAAACAATTG
1 TAAT-----ATTCCATCAAACAATTG
2092 TAATATTCCATCAAACAA
1 TAATATTCCATCAAACAA
2110 GTGAAACCAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 10
0.76 0.04 0.20
Matches are distributed among these distances:
21 17 0.46
26 20 0.54
ACGTcount: A:0.46, C:0.20, G:0.03, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
TAATATTCCATCAAACAATTG
Found at i:4296 original size:21 final size:24
Alignment explanation
Indices: 4272--4322 Score: 65
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
4262 AACTCATTAT
4272 TTAT-TATTTAA-AATATAT-TTA
1 TTATCTATTTAATAATATATGTTA
*
4293 TTATCTGTTTAATAATATATGTTA
1 TTATCTATTTAATAATATATGTTA
4317 -TATCTA
1 TTATCTA
4323 AGATAGTAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.16
22 6 0.24
23 12 0.48
24 3 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.04, G:0.04, T:0.55
Consensus pattern (24 bp):
TTATCTATTTAATAATATATGTTA
Found at i:4486 original size:266 final size:267
Alignment explanation
Indices: 3954--4486 Score: 1023
Period size: 266 Copynumber: 2.0 Consensus size: 267
3944 TCCAAGTCCA
*
3954 CTCGTTTAGTAATTAAATATATATTTTATTTATAAATTTTGAACTCATTATTTATTATTTAAATT
1 CTCGTTTAGTAATTAAATATATATTTTATTTATAAATTTTGAACTCATTATTTATTATTTAAAAT
4019 ATATTTATTATCTGTTTAATAATATATGTTATATCTAAGATAGTAAAGCTTAATTAACATATATA
66 ATATTTATTATCTGTTTAATAATATATGTTATATCTAAGATAGTAAAGCTTAATTAACATATATA
*
4084 TTTTTTTATCAAAATAATTAATTTACACATATAATGAATATTTTAACTAGTTAATCTAATAAAAA
131 TTTTTTTATCAAAATAATTAATTTACACATATAATGAATATTTTAACTAGTCAATCTAATAAAAA
*
4149 ACAAATAAAATACTCTAATTATTTAAGTACAAGAAGGGCGGCCTGCGCTTGTGCTGCAGTCATCT
196 ACAAATAAAATACTCTAATTATTTAAGTACAAGAAGGGCGGCCTGCGCTTGCGCTGCAGTCATCT
4214 TCTTATT
261 TCTTATT
*
4221 CTCGTTTAGTAATTAAATATATATTTTATTTATTAATTTTGAACTCATTATTTATTATTTAAAAT
1 CTCGTTTAGTAATTAAATATATATTTTATTTATAAATTTTGAACTCATTATTTATTATTTAAAAT
4286 ATATTTATTATCTGTTTAATAATATATGTTATATCTAAGATAGTAAAGCTTAATTAACATATATA
66 ATATTTATTATCTGTTTAATAATATATGTTATATCTAAGATAGTAAAGCTTAATTAACATATATA
4351 -TTTTTTATCAAAATAATTAATTTACACATATAATGAATATTTTAACTAGTCAATCTAATAAAAA
131 TTTTTTTATCAAAATAATTAATTTACACATATAATGAATATTTTAACTAGTCAATCTAATAAAAA
4415 ACAAATAAAATACTCTAATTATTTAAGTACAAGAAGGGCGGCCTGCGCTTGCGCTGCAGTCATCT
196 ACAAATAAAATACTCTAATTATTTAAGTACAAGAAGGGCGGCCTGCGCTTGCGCTGCAGTCATCT
4480 TCTTATT
261 TCTTATT
4487 AGGGTTATAT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 4, Indels: 1
0.98 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
266 134 0.51
267 128 0.49
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (267 bp):
CTCGTTTAGTAATTAAATATATATTTTATTTATAAATTTTGAACTCATTATTTATTATTTAAAAT
ATATTTATTATCTGTTTAATAATATATGTTATATCTAAGATAGTAAAGCTTAATTAACATATATA
TTTTTTTATCAAAATAATTAATTTACACATATAATGAATATTTTAACTAGTCAATCTAATAAAAA
ACAAATAAAATACTCTAATTATTTAAGTACAAGAAGGGCGGCCTGCGCTTGCGCTGCAGTCATCT
TCTTATT
Found at i:4686 original size:41 final size:43
Alignment explanation
Indices: 4641--4735 Score: 122
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
4631 AAAGTGCATT
* *
4641 ACCTAA-ATTCTA-CTGCATCTCTAGGTAATCCATCAAAATAA
1 ACCTAATATTCTACCTCCATCTCTAGATAATCCATCAAAATAA
*
4682 ACCTAATATTCTACTCCTCCATCTCTAGATAATTCATCAAAATAA
1 ACCTAATATTCTA--CCTCCATCTCTAGATAATCCATCAAAATAA
*
4727 AGCTAATAT
1 ACCTAATAT
4736 ATATACTAAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 4
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 6 0.13
42 6 0.13
45 34 0.74
ACGTcount: A:0.39, C:0.24, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (43 bp):
ACCTAATATTCTACCTCCATCTCTAGATAATCCATCAAAATAA
Done.