Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015723.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15756, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3111
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Found at i:1946 original size:123 final size:127
Alignment explanation
Indices: 1808--2062 Score: 401
Period size: 131 Copynumber: 2.0 Consensus size: 127
1798 CATTGTTTAA
* * * *
1808 ACTTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTATATCTAATAT-CTT-TA-T
1 ACTTTTACAGTTTTACTCAACTAAAAACTCAATTTTAATTTAATTAAATCTAATATCCTTATACT
1870 A-ATTTTTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATAT
66 ATATTTTTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATAT
1931 ACTTTTACAGTTTTACTCAACTAAAAACTCAATTTTAATTTAATTAAATCTAATATCCTTATACC
1 ACTTTTACAGTTTTACTCAACTAAAAACTCAATTTTAATTTAATTAAATCTAATATCCTTATA-C
*
1996 TATTTTATTTTTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTCGAATTTTTTAAATA
65 TA---TATTTTTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATA
2061 T
127 T
2062 A
1 A
2063 TTTCTTAAAT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 5, Indels: 8
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
123 52 0.44
124 3 0.03
125 2 0.02
127 2 0.02
131 60 0.50
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (127 bp):
ACTTTTACAGTTTTACTCAACTAAAAACTCAATTTTAATTTAATTAAATCTAATATCCTTATACT
ATATTTTTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATAT
Found at i:2164 original size:131 final size:122
Alignment explanation
Indices: 1808--2164 Score: 317
Period size: 123 Copynumber: 2.8 Consensus size: 122
1798 CATTGTTTAA
* * *
1808 ACTTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTATATCTAATATCTTTAT-AA
1 ACTTTTAAAGTTTTAATCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATAT-TTTATAAA
* * * *
1872 T-TTTTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATAT
65 TATTTTA--TTTTTACCATTTTATTTTAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATAT
* * * * * **
1931 ACTTTTACAGTTTTACTCAACTAAAAACTCAATTTTAATTTAATTAAATCTAATATCCTTATACC
1 ACTTTTAAAGTTTTAATCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATAT-TTTATAAA
*
1996 TATTTTATTTTTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTCGAATTTTTTAAATA
65 TATTTTATTTTTACCA-TTT--TA--TT--TT-AAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATA
2061 T
122 T
* * *
2062 ATTTCTTAAATGAAAATTTTTAAATCTACTAAAAA-TCTATTTTTATTTAATTAAAT-TCGATAT
1 ACTT-TTAAA-G-----TTTT-AATCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATCT-AATAT
2125 TATTATAAATATTTTATTTTTACCATTTTGATTTTAAAAA
57 T-TTATAAATATTTTATTTTTACCATTTT-ATTTTAAAAA
2165 ATTTGAGACT
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 22, Indels: 34
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
123 64 0.34
124 4 0.02
125 5 0.03
126 2 0.01
128 1 0.01
130 1 0.01
131 40 0.21
132 6 0.03
133 1 0.01
134 2 0.01
135 1 0.01
136 1 0.01
137 4 0.02
138 48 0.25
139 11 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (122 bp):
ACTTTTAAAGTTTTAATCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATTTTATAAAT
ATTTTATTTTTACCATTTTATTTTAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATAT
Done.