Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015817.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15850, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 955
Length: 1592
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Found at i:1422 original size:334 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--1590 Score: 2009
Period size: 334 Copynumber: 4.8 Consensus size: 330
* * *
1 TCTATGAGAGTTGTGGCC-AAAATTCAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGA
1 TCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * ** *
65 AGAAATCGTATACTTTCCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACATGTTTCGGGACACCGACTTAGTTT
66 AGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGG-CACCGACTCAGTTT
* * * * *
130 TGCATAATTTTTTTGCA-GAAACACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCA
130 TGCATGA-TTTTTGGCACG-AAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCA
* * * *
194 CTTTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATTTATATCATGTTTTTATTTAA-TTCAAGATTAA
193 CTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTGA-ATCATGTTTCTATTTAATTTGAA-ATTAA
* * *
258 TTCAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAAGCTTTTTTTCTTTGA
256 TTCAA-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGA
323 ATTATATAT-T
320 ATTATATATAT
* * *
333 GTCTATGAGAATTATGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATAAATTTTTGTAAAATTTTAG
1 -TCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG
*
398 -ACGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGG-GCCGACTCAGTT
65 CA-GAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCACCGACTCAGTT
* * * * *
461 TTGCATTATTTTTAGCACGAAGACTCCTTGAACTATCTTTCTTCATCTGACCAAATCTCATCCAC
129 TTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCAC
* * * *
526 TTTGGATTTAATGATTTGTTTTTACGACCATAGAATCATGTTTCGATATT-ATTTGAAATTAATT
194 TTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTGAATCATGTTTCTAT-TTAATTTGAAATTAATT
* * * * ** *
590 C-AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAG-TGTGTAAAACCCTTTAATATTTTTGGATTTGAGT
258 CAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCT-TGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAAT
653 TATATATAT
322 TATATATAT
* * * * *
662 TTTATGATAGTTGTTGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
1 TCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * ** *
727 AGAAATCGTATACTTTCCATTACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTCAGTTT
66 AGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGG-CACCGACTCAGTTT
* * * *
792 TGCATGATTTTTTGCACAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACT
130 TGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACT
* * *
857 TTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAA-TTCAAATTTAATT
195 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA-TTGAATCATGTTTCTATTTAATTTGAAA-TTAATT
* * * *
921 CAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTA-AA-ATTCAGAAAAATCCTTCAAGCCTTTTTTTTCTTT
258 CA-AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTT--GAAAAACCCTTCAA-TC-TTTTTGTCTTT
*
984 GAATTATATATCT
318 GAATTATATATAT
* *
997 TCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCCGATCAATTTTTCCAAAATTTTAGC
1 TCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * * *
1062 GGAAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTTAGCTAAAAATGCGTTTCGAGGCCCCGAATCAGTTT
66 AGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCACCGACTCAGTTT
* *
1127 TGCATGATTTATGGCACGCAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACT
130 TGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACT
* * *
1192 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTTTCGAGCATCTGAATCATGTTTCCATTTAATTTGAACTTAATT
195 TTGGATTTAAGGATTTG-TTTTTACGAGCAT-TGAATCATGTTTCTATTTAATTTGAAATTAATT
*
1257 CAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTTAATCTTTTTGTCTTTGAAT
258 CA-AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAAT
1322 TATATAT-T
322 TATATATAT
* * *
1330 GTCTATGGGAATTGTGGCGAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCAGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG
1 -TCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG
* * * * *
1395 CCGCAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGTGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTT
65 CAGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCACCGACTCAGTT
* * * *
1460 TTGCATGATTTTTGGAACGAAGAATCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACAAAATCTCTGCCAC
129 TTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCAC
* * *
1525 TTTTGGATTTAAGGGTTTGTTTTTACGAGTATATGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAAT
194 -TTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT-TGAATCATGTTTCTATTTAATTTGAAATTAAT
1590 T
257 T
1591 TA
Statistics
Matches: 1091, Mismatches: 138, Indels: 55
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
328 156 0.14
329 3 0.00
330 122 0.11
331 106 0.10
332 21 0.02
333 53 0.05
334 325 0.30
335 221 0.20
336 76 0.07
337 6 0.01
338 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
TCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
AGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCACCGACTCAGTTTT
GCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTT
TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTGAATCATGTTTCTATTTAATTTGAAATTAATTCAA
AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATA
TATAT
Done.