Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015818.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15851, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 1203--1253 Score: 52
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1193 TTGGAGGTTT
1203 TTATTAATTGTTTTCTTGA
1 TTATT-ATTGTTTTCTT-A
*
1222 TTATTCATTGCTTTCTTA
1 TTATT-ATTGTTTTCTTA
1240 TTA--ATTGTTTTCTT
1 TTATTATTGTTTTCTT
1254 TAATTTTCTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 4
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.34
18 4 0.14
19 15 0.52
ACGTcount: A:0.18, C:0.10, G:0.08, T:0.65
Consensus pattern (17 bp):
TTATTATTGTTTTCTTA
Found at i:1246 original size:15 final size:15
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Indices: 1203--1253 Score: 57
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
1193 TTGGAGGTTT
1203 TTATTAATTGTTTTC
1 TTATTAATTGTTTTC
*
1218 TTGATTATTCATTGCTTTC
1 TT-ATTA---ATTGTTTTC
1237 TTATTAATTGTTTTC
1 TTATTAATTGTTTTC
1252 TT
1 TT
1254 TAATTTTCTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 8
0.75 0.05 0.20
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.40
16 4 0.13
18 4 0.13
19 10 0.33
ACGTcount: A:0.18, C:0.10, G:0.08, T:0.65
Consensus pattern (15 bp):
TTATTAATTGTTTTC
Found at i:2800 original size:332 final size:328
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Indices: 1620--2802 Score: 1365
Period size: 332 Copynumber: 3.6 Consensus size: 328
1610 CCCTTCAATC
* * *
1620 TTTTTCATGAGAATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGAA-CAA-TTTTGCAAAATT
1 TTTTT-ATGAG-ATTGTGGC-CAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCCGAATCAATTTTTACAAAATT
* * *
1683 GTAGCCGAAATCGTGTACTTAT-CA-CA-GTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCTGACTCA
62 TTAGCCGAAATCGTGTACTT-TCCATCATGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCA
* * * * * * **
1745 GTTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCTTCAAATATTTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGC
126 GTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGC
* * * * *
1810 CACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGACCATCTGACTCATGTTTCGATTTTA-TCTGAAATA
191 CACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAACTC-GAAATT
* * *
1874 AATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCGTTTTGA-CTTT
255 AATTAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATC-TTTTTATCTTT
1938 GAATTATATA
319 GAATTATATA
* * * *
1948 TATTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAACTTGAGGAAAAATTTTCC-ATAACAATATTTGCAAAATTT
1 T-TTTTATGAGA-TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGA-ATCAATTTTTACAAAATTT
* * * * * * *
2012 TAGCAGAAATAGTATACTTTCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTTA
63 TAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCA-TGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGG-CCCCGACTCA
* * * *
2077 GTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGATTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGC
126 GTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGC
* * * * *
2142 CACTTTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTA
191 CACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAACTCGAAATTA
* * * * * * *
2207 ATTAAGAAAAAAATTTGAAAAAACGATATCAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTGTTT
256 ATTAAG-AAAAAA-TTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTATCTTT
*
2272 GAAATATATA
319 GAATTATATA
* *
2282 TTTTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTATTACAAAATTTT
1 TTTT-TATGAG-ATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGAATCAATTTTTACAAAATTTT
* * * * *
2347 AGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACTCTATTAAGCTATAAACGCGTTTCGAGGCGCCGACTCAG
64 AGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCA-TGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAG
* * * * * *
2412 TTTTACATAATTTTTGGCACGAAGACTCCTTCAAAATATCTATATTCATCTGACCAAGTTTAAGC
127 TTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTT-GAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGC
*** *
2477 CACTTTTCTTTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAGCTCGAAATTA
191 CACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAACTCGAAATTA
* * * *
2542 ATTTAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTTAATAGCCCTTCAATCTTTTTATCTTTGA
256 ATTAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTATCTTTGA
2607 ATTATATA
321 ATTATATA
* * *
2615 TTTTTTTGAGCATTTTGGCCAAAAAGTGAGGAAAAATTTTCCGAATCAATTTTTACAAAATTTTA
1 TTTTTATGAG-ATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGAATCAATTTTTACAAAATTTTA
* * * *
2680 GTCGGAATCGTGTACTTTTTCATTATGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAG
65 GCCGAAATCGTGTAC-TTTCCATCAT-GTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAG
* * * *
2745 TTTTGCATGATCTATGGCATGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTTGACCAAAT
127 TTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAAT
2803 TTTTTTGCCT
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 114, Indels: 38
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
326 5 0.01
327 21 0.03
328 42 0.06
329 6 0.01
331 25 0.03
332 212 0.29
333 135 0.19
334 181 0.25
335 92 0.13
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (328 bp):
TTTTTATGAGATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGAATCAATTTTTACAAAATTTTAG
CCGAAATCGTGTACTTTCCATCATGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTT
GCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTT
TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAACTCGAAATTAATTAA
GAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTATCTTTGAATTAT
ATA
Found at i:3488 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 2845--4184 Score: 1571
Period size: 332 Copynumber: 4.0 Consensus size: 331
2835 GAGTTGTGCC
** * * ** * * * *
2845 AAAAATTTTCCGGATCAATAATTGTAAAGTGATAGCCGAAATCATATACTTTCCATCAAGACTTT
1 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CAAAATCGTGTACTTTCCATCACGACTTT
* * * *
2910 AAGCTAAAAACGCGTTTTGGGACACCGA-TCCAATTTTGCATGATTTTTTAGCACGAAGAATCCT
65 AAGCTAAAAACGCGTTTCGGGACACCGACT-CAGTTTTGCATGA-TTTTTGGAACGAAGAATCCT
* * * *
2974 TGAAAAATTTAAATTCATCTGATCAAATCTCAGCCACTTTAGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAG
128 TGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAG
*
3039 CATTTG--CATGTTTCTATTTAATTC-AAATTTAATTCT-G-AAAAAAATTGGAAAAACGATATT
193 CATCTGATCATGTTTCTATTTAATTCGAAA-TTAATT-TAGAAAAAAAATTGGAAAAACGATATT
* * * *
3099 AAAAGCCAGAAAAACCCTTCAAGCCTTTTTTTCTTTGAATTATATATTGTCTATGAGAATTGTGG
256 AAAAGCCTGAAAAACCCTTCAA-TCTTTTTGTCTTTGAATTATATATT-TTTATGAGAATTGTGG
3164 CGAAAAATTGAGG
319 CGAAAAATTGAGG
* * * ** *
3177 AAAAATTTTCCAGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCACAATCGTGCACCATCCATCACGATTTT
1 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CAAAATCGTGTACTTTCCATCACGACTTT
* *
3242 AAGCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAACGAAGAATCCTTG
65 AAGCTAAAAACGCGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAACGAAGAATCCTTG
** * * *
3307 ATCTATCTATATTCATCTGACAAAATCTCAGCCACTTTTGGATTTAAGGGTTTGTTTTTACGAGC
130 AAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCAC-TTTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGC
* * *
3372 ATCTGAATCATGTTTCTATTAAATTCGAAATTAATTTAG-AAAAAAATTGGAAAAACGATAGTAG
194 ATCTG-ATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTTAGAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAA
*
3436 AAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTTTCTTTGAATTATAT-TTTTTATGAGAATTGTGGCGAA
258 AAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCGAA
3500 AAATTGAGG
323 AAATTGAGG
* * *
3509 AAAAATCTTT-CGGATCAA-TTTAGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTTTCCATCAC-AGTT
1 AAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CAAAATCGTGTACTTTCCATCACGA-CT
* * * * *
3571 TTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGGAA-GAAGACTTC
63 TTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT-GGAACGAAGAATCC
* * * * *
3635 TTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
127 TTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGA
* * * * * *
3700 CCATCTGATCATGTATCGATTTTATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAAAATTGG-AAAACGATATT
192 GCATCTGATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTTAG-AAAAAAAATTGGAAAAACGATATT
** * * * **
3764 AGCAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTTTGAATTATATATATTTTATGAGGGTTGTGGC
256 AAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATAT-TTTTATGAGAATTGTGGC
* *
3829 CAAAAATTGAAGAA
320 GAAAAATTG-AG-G
* *
3843 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAA-TTTA-CAAGAAATCGTATACTTTCCATCACGGCTT
1 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGC-A-AAATCGTGTACTTTCCATCACGACTT
* * * * * * * * *
3906 TAAGCTAAATACACGTTTCGGGACACCGATTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGACTCTTT
64 TAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAACGAAGAATCCTT
3971 GAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGC
129 GAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGC
* * * *
4036 ATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAAAAATTAGAAAAACGATATT
194 ATCTG-ATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTTAG--AAAAAAAATTGGAAAAACGATATT
* * *
4101 AAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTGGC
256 AAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTT-TATGAGAATTGTGGC
4166 --AAAATTGAGG
320 GAAAAATTGAGG
4176 AAAAATTTT
1 AAAAATTTT
4185 AGCCATCACT
Statistics
Matches: 863, Mismatches: 119, Indels: 51
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 27 0.03
330 81 0.09
331 180 0.21
332 187 0.22
333 22 0.03
334 177 0.21
335 109 0.13
336 18 0.02
337 62 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAATCGTGTACTTTCCATCACGACTTTA
AGCTAAAAACGCGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAACGAAGAATCCTTGA
AATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCAT
CTGATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTTAGAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAG
CCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCGAAAAA
TTGAGG
Found at i:3954 original size:334 final size:331
Alignment explanation
Indices: 2882--4184 Score: 1506
Period size: 331 Copynumber: 3.9 Consensus size: 331
2872 AGTGATAGCC
* * * * *
2882 GAAATCATATACTTTCCATCAAGACTTTAAGCTAAAAACGCGTTTTGGGACACCGA-TCCAATTT
1 GAAATCGTATACTTTCCATCACGACTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACT-CAGTTT
* * * *
2946 TGCATGATTTTTTAGCACGAAGAATCCTTGAAAAATTTAAATTCATCTGATCAAATCTCAGCCAC
65 TGCATGA-TTTTT-GCAAGAAGAATCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCAC
* *
3011 TTTAGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATTTG---CATGTTTCTATTTAATTC-AAATTTAAT
128 TTTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAA-TTAAT
* * * *
3072 TCTGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCAGAAAAACCCTTCAAGCCTTTTTTTCTTTGA
192 TCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAA-TCTTTTTGTCTTTGA
* * * *
3137 ATTATATATTGTCTATGAGAATTGTGGCGAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCAGATCAATTTTTGC
256 ATTATATATT-TTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGC
*
3202 AAAATTTTAGCCA
320 AAAATTTTA-CAA
* ** ** * * * *
3215 -CAATCGTGCACCATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAGTTTT
1 GAAATCGTATACTTTCCATCACGACTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTT
* ** * *
3279 GCATGATTTTTGGAACGAAGAATCCTTGATCTATCTATATTCATCTGACAAAATCTCAGCCACTT
66 GCATGATTTTTGCAA-GAAGAATCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCAC-T
* * *
3344 TTGGATTTAAGGGTTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTAAATTCGAAATTAATTT
129 TTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTC
* * *
3409 AGAAAAAAATTGGAAAAACGATAGTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTTTCTTTGAATT
194 AGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATT
* * *
3474 ATAT-TTTTTATGAGAATTGTGGCGAAAAATTGAGGAAAAATCTTT-CGGATCAA-TTTAGCAAA
259 ATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAA
***
3536 ATTTTAGTC
323 ATTTTACAA
* * * *
3545 GAAATCGTGTACTTTCCATCAC-AGTTTTAAGCTAAAAA-AGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTT
1 GAAATCGTATACTTTCCATCACGA-CTTTAAGCTAAAAACA-CGTTTCGGGACACCGACTCAGTT
* * * * * *
3608 TTGCATGATTTTTGGGAAGAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAACCAC
64 TTGCATGATTTTT-GCAAGAAGAATCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCAC
* * * * * * *
3673 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGACCATCTG-ATCATGTATCGATTTTATTTGAAATTAATT
128 TTTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATT
** * * *
3737 CAGAAAAAAAAATTGG-AAAACGATATTAGCAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTTTGA
193 CAG--AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGA
**
3801 ATTATATATATTTTATGAGGGTTGTGGCCAAAAATTGAAGAAAAAAATTTTCCGGATCAATTTTT
256 ATTATATAT-TTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTG-AG-AAAAAATTTTCCGGATCAATTTTT
3866 GCAAAA-TTTACAA
318 GCAAAATTTTACAA
* * * *
3879 GAAATCGTATACTTTCCATCACGGCTTTAAGCTAAATACACGTTTCGGGACACCGATTTAGTTTT
1 GAAATCGTATACTTTCCATCACGACTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTT
* *
3944 GCATGATTTTTTGCACA-AAGACTCTTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACT
66 GCATGA-TTTTTGCA-AGAAGAATCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACT
* * * *
4008 TTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTA
129 TTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTC
* * * *
4073 AGAAAAAAAAAATTAGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCGTTGA
194 AG---AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGA
*
4138 ATTATATATTTTCTATGAGAATTGTGG-C-AAAATTGAGGAAAAATTTT
256 ATTATATATTTT-TATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAATTTT
4185 AGCCATCACT
Statistics
Matches: 830, Mismatches: 112, Indels: 56
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 27 0.03
330 83 0.10
331 174 0.21
332 156 0.19
333 20 0.02
334 174 0.21
335 116 0.14
336 19 0.02
337 61 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
GAAATCGTATACTTTCCATCACGACTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTT
GCATGATTTTTGCAAGAAGAATCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTT
GGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAG
AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTAT
ATATTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATT
TTACAA
Found at i:5842 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 4666--6456 Score: 1988
Period size: 333 Copynumber: 5.5 Consensus size: 330
4656 GATTTGTGCC
** * * **** *
4666 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGTGAAATGTTAGCCGAAATCGTATACTTTCCATCAATACTGT
1 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CGAAATCGTGTACTTTCCATCACGGTTTT
* * * * * * *
4731 AAGCTAAAAACGCGTTTTGGTACACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTAGCACGAATAATCCTT
65 AAGCTAAAAACGCGTTTCGG-GCCCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCACAAAGACTCCTT
* * * *
4796 GAAATATTTAAATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTGAAGGTTTTGTTTTTACGAAC
128 GAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATT-AAGGATTTGTTTTTACGAGC
* *
4861 ATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTC-AAATTTAATTCAGAAAAAATTTGGAAAAACGATATTAA
192 ATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAA-TTAATTCAGAAAAAA-TTGGAAAAACGATATTAA
* * * * *
4925 AAGGC-TGAAAAACCCTTCAAGCTTTTTTTCTTTGAATTATATAT-TGTCTATGAGAATTGTGGT
255 AA-GCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGC
*
4988 CAAAATTTGAGG
319 CAAAAATTGAGG
* * ** *
5000 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGCACCATCCATCACGATTTT
1 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CGAAATCGTGTACTTTCCATCACGGTTTT
*
5065 AAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTT-
65 AAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTG
* * *
5129 AAACTATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGACTTATTTTTACGAGC
129 AAA-TATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGA-TTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
*
5194 ATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTTA-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAA
192 ATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAA
5258 GCCTT-AAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATAT-T-TTTTTATGAGAATTGTGGCCA
257 G-CTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCA
*
5320 AAAATTGAGC
321 AAAATTGAGG
* * * * * *
5330 AAAAATAATT-CAGATCAA-TTTAGCCAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTTTCCATCACAGTTT
1 AAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CGAAATCGTGTACTTTCCATCACGGTTT
* *
5393 TAAGCTAAAAAAGAGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA-AGAAGACGT-C
64 TAAGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACA-AAGAC-TCC
* * * *
5456 TTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTGAAGGATTTGTTTTTACGA
126 TTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATT-AAGGATTTGTTTTTACGA
* * * * * * *
5521 CCATCTGAATCATGTATCAATTTTATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATAGG-AAAACGATATTAG
190 GCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAA
* * *
5585 AAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTTTGAATTATATATATATTTTATGAGAGTTGTGGC
255 AAGCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATAT-TTTTATGAGAATTGTGGC
5650 CAAAAATTGAGG
319 CAAAAATTGAGG
* * *
5662 AAAAATTTTCCGTATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTATACTTTCCATCACGGCTTT
1 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGC-GAAATCGTGTACTTTCCATCACGGTTTT
* * * * * *
5727 AAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGATTCCTTT
65 AAGCTAAAAACGCGTTTCGGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTG
* * * * * *
5792 AAATATTTATATTCATTTGACAAAATCTCGGCCAATTTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGGA
129 AAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGAT-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
* * * * *
5857 TTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTTATTAAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAA
193 TCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAA
* * * *
5922 GCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATT-T-TATATTTTCTATGAGAATTGGGGCCA
257 GCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATATTTT-TATGAGAATTGTGGCCA
5985 AAAATTGAGG
321 AAAATTGAGG
*
5995 AAAAATTTTCCTGATCAATTTTTGCAAAA---T--C--AATC----A-----C-T----GTTTTA
1 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCGAAATCGTGTACTTTCCATCACGGTTTTA
* * ** *
6039 AGCTAAAAACGCGTTTCAAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATTATTTTTTACACGAAA-ACTTCTTC
66 AGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAC-AAAGACTCCTT-
* * * ** *
6103 AAAATATCTATATTCATCTGACCAAATTTAAGCCACTTTTGTTTTAAGGATTTGTTTTTACAAGC
128 GAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCAC-TTTGGATTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
* * * * *
6168 ATCTGAATCATGTTTCCATTTAATTCGAAATTAATTTAGAAAAAAATGGAAAAACTATATTAGAA
192 ATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAA
* * * *
6233 GCCTT-AATAGCCCTACAATCTTTTTGTCTTTGAA-T-TATATATTTTTATGAGAATTTTGGCCA
257 G-CTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCA
*
6295 AAAAGTGAGG
321 AAAATTGAGG
* * *
6305 AAAAATTTTCCGAATCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTTTTCATCATGGTTTT
1 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CGAAATCGTGTACTTTCCATCACGGTTTT
* * * * *
6370 AAGCTAAAAACGTGTTTCGAGGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTATGGCACGAAGACTCCTTG
65 AAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTG
6435 AAATATCTATATTCATCTGACC
129 AAATATCTATATTCATCTGACC
6457 GAATTTTTTT
Statistics
Matches: 1233, Mismatches: 167, Indels: 117
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
310 53 0.04
311 109 0.09
312 87 0.07
313 6 0.00
315 1 0.00
316 2 0.00
318 4 0.00
321 1 0.00
322 1 0.00
325 4 0.00
327 1 0.00
328 8 0.01
329 224 0.18
330 57 0.05
331 83 0.07
332 113 0.09
333 326 0.26
334 107 0.09
335 46 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCGAAATCGTGTACTTTCCATCACGGTTTTA
AGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAA
ATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT
GAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCTT
GAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAAT
TGAGG
Found at i:8292 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 7480--8435 Score: 1197
Period size: 333 Copynumber: 2.9 Consensus size: 330
7470 GTTGTGGCCA
* * * * * * *
7480 AAATCGTATACTCTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTTAGTTTTC
1 AAATCGTGTACTATCCATCAC-GTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGC-CCGACTCAGTTTTG
* *
7545 CATGATTTTTTGCACA-AAGA-TAACCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCAC
64 CATGATTTTTGGCA-AGAAGACT-TCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCAC
* *
7608 TTTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGTATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATT
127 TTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG-ATCTG-ATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATT
* * *
7673 AAGAAAAAAATTGGAAAAACAATATTAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAAT
190 AAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAAT
* * *
7738 TATATATTTTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACTTTTCCGGATCAATTTTTGCAA
255 TATATATTTTCTATCAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTAGCAA
7803 AATTTTAGCCG
320 AATTTTAGCCG
* *
7814 AAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTG
1 AAATCGTGTACTATCCATCACG-TTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGGCCCGACTCAGTTTTG
* * * * * *
7879 CATGATTTTTGGCACGAAGTC-TCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACAAAATTTCAGCCACTT
64 CATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTT
*
7943 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTCA
129 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG-ATCTG-ATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAA
* * *
8008 GAAAAAAATTGGAAAAGCGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTA
192 GAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTA
* * * * *
8073 TATTTTTTC-CTCA-AATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAA-TTTAGCAAAA
257 TATATTTTCTATCAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTAGCAAAA
8135 TTTTAGCCG
322 TTTTAGCCG
* * *
8144 AAATCGTGTACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAGGCGTTTCGGGGCCTCAACTCAGTTTTG
1 AAATCGTGTACTATCCATCAC-GTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCC-CGACTCAGTTTTG
* * *
8209 CATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCC-TGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACAT
64 CATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTT
* * * * ** *
8273 TAGATTTAGGGATTTGTTTTTAC--GA-C---TCATGTTTCGATTTTATTTGAAATTAATTTAG-
129 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGATCTGATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGA
* * *
8331 -AAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTATA
194 AAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATA
* * * *
8395 TATATTT-TATGAGAGTTGTGGCCAAAAGTTAAGGAAAAATT
259 TAT-TTTCTATCAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATT
8436 ACCCACACGG
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 68, Indels: 32
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 61 0.11
321 5 0.01
322 51 0.09
326 1 0.00
327 1 0.00
328 1 0.00
329 4 0.01
330 143 0.26
331 39 0.07
332 2 0.00
333 166 0.31
334 67 0.12
335 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
AAATCGTGTACTATCCATCACGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCA
TGATTTTTGGCAAGAAGACTTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTG
GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGATCTGATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAA
AAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATA
TTTTCTATCAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTAGCAAAATTTT
AGCCG
Found at i:9093 original size:943 final size:938
Alignment explanation
Indices: 6542--9358 Score: 2724
Period size: 943 Copynumber: 3.0 Consensus size: 938
6532 ATGTTACCCG
* * * * * ** *
6542 AAATCGAATACTTTCCATCAAGACTTTAAGCTAAAAACGCGTTTTGGGACACCGACTCAGTTTTG
1 AAATCGAAAACTCTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTCCGGGACACCGACTCAGTTTTC
* * * * * * * * *
6607 CATGATTTTTTGCACGAAGA-ATCCTTGAAATATTTACATTCATCTGACCAAATCTCTGCCACTT
66 CATGATTTTTGGCACAAAGATAACCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACAT
* * * ** * *
6671 TGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTCA
131 TGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCATGTTTCGATTTAATTCAAAATTAATTAA
* ** ** * * * ** *
6736 GAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCCTTGAAGCTTTTTTTTTCCTTGAA
196 G-AAAAAAAGTAAAAAAAAAATATTAAAAGCCTAAAAAACCCTTCAAG--ATTTTTGGCGTTGAA
* * * * *
6801 TTATATATTGTCTATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCAGATCAATTTTTGCA
258 TTATATATTTTCTATGAGAATTGTAGCCAAAAATTGAGGAAAACTTTT-CGGATCAATTTTTGCA
* *
6866 AAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGTGTTTCGAGGCCCC
322 AAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCC
* * * * * * *
6931 GACTCAATTTTGCATGATTTTTGACACGAAGACTCCTTGAACTAACTATATTCATCTGACCAAAT
387 GACTCAGTTTTACATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTAACAAAAT
* * * * * * * * * *
6996 CTCAGCCACTTTGTATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTTAATCATGTTTCCATTTAGTTCG
452 CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAACATCTGAATCATGTTTCGAGTTAATTCA
* * * * * *
7061 AAATTAATTCA-AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGTC-TGAAAAACCCTTCAATCTTTTT
517 AAATTAATCCAGAAAAAAATCGAAAAAACGATATGAGAAG-CGTGAAAAACCCTCCAATATTTTT
** * * * * * ***
7124 TTC-TT---TGA-A-T-TTT-AT--AACTGTGGGCAAAAATTGTGGAAAAATCTTTCGGATCAAT
581 GGCATTAAATTATATTATTTCATCAAATTTTGGCCAAAAATTG-AGAAAAAAAATTCGGATCAAT
7179 TTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCACA-TTTCTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
645 TTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCACAGTTT-TAAGCTAAAAACGCGTTTCG
* *
7243 GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCTTCAAATATTTATATTTATCTA
709 GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCCTGAAATATTTATATTTATCTA
* *
7308 ACAAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGACCATCTGAATCATGTTTCGATT
774 ACCAAATCTCAGCCACATT-GATTTAAGGATTTGTTTTTACG--CATC---ATCATGTTTCGATT
* * * * *
7373 TTTTTTAAAATTAATTCAGAAAAATTTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCT
833 TTATTTGAAATTAATTTAGAAAAA-TTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTT
7438 TTTTGGCTTTGAATTATATAT-TTATTATGAGAGTTGTGGCCA
897 TTTTGGCTTTGAATTATATATATT-TTATGAGAGTTGTGGCCA
* * * *
7480 AAATCGTATACTCTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTTAGTTTTC
1 AAATCGAAAACTCTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTCCGGGACACCGACTCAGTTTTC
* * * * *
7545 CATGATTTTTTGCACAAAGATAACCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTT
66 CATGATTTTTGGCACAAAGATAACCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACAT
* * ** *
7610 TGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGTATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAA
131 TGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCATGTTTCGATTTAATTCAAAATTAATTAA
* ** * * * * * *
7675 GAAAAAAATTGGAAAAACAATATTAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTA
196 GAAAAAAAGTAAAAAAAAAATATTAAAAGCCTAAAAAACCCTTCAAGATTTTTGGCGTTGAATTA
*
7740 TATATTTTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACTTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAA
261 TATATTTTCTATGAGAATTGTAGCCAAAAATTGAGGAAAACTTTT-CGGATCAATTTTTGCAAAA
*
7805 TTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGAC
325 TTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCCGAC
* * * * *
7870 TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGTCTCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACAAAATTTC
390 TCAGTTTTACATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTAACAAAATCTC
* * * * * *
7935 AGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCAAAA
455 AGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAACATCTGAATCATGTTTCGAGTTAATTCAAAA
* * * * * * * * * *
8000 TTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAGCGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCT
520 TTAATCCAGAAAAAAATCGAAAAAACGATATGAGAAGCGTGAAAAACCCTCCAATATTTTTGGCA
* * * * ***
8065 TTGAATTATATTTTTTCCTCAAATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAATTTAG
585 TTAAATTATATTATTTCATCAAATTTTGGCCAAAAATTGA-GAAAAAAAATTCGGATCAATTTAG
*
8130 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAGGCGTTTCGGGGCC
649 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCC
* *
8195 TCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCCTGAAATATTTATATTTATCTAACCAA
714 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCCTGAAATATTTATATTTATCTAACCAA
*
8260 ATCTCAGCCACATTAGATTTAGGGATTTGTTTTTACG-A-C-TCATGTTTCGATTTTATTTGAAA
779 ATCTCAGCCACATT-GATTTAAGGATTTGTTTTTACGCATCATCATGTTTCGATTTTATTTGAAA
*
8322 TTAATTTAGAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTT
843 TTAATTTAGAAAAATT-GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCTTT
8387 GAATTATATATATTTTATGAGAGTTGTGGCCA
907 GAATTATATATATTTTATGAGAGTTGTGGCCA
* * * ** * * *
8419 AAAGTTAAGGAAAAAT-TACCCA-CACGGTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTGG-CCCCGAG
1 AAA--T--CGAAAACTCT--CCATCACGG--CTTTAAGCTAAAAACACGTTCCG-GGACACCGAC
* * ** *
8481 TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGC-AAG-TCTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAT-
57 TCAGTTTTCCATGATTTTTGGC-ACAAAGATAACCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATC
* *
8543 TCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATT-A
121 T-CAGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCATGTTTCGATTTAATTCA
* * * *
8607 CAAATT-ATCT-TG-GAAAAAGTAAAAAAAAAATATTAGAAA-CGTAAAAAAACCCTTCAATATT
185 -AAATTAAT-TAAGAAAAAAAGTAAAAAAAAAATATTA-AAAGCCT-AAAAAACCCTTCAAGATT
* ** * *
8668 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGATTATTTTAGTCAAAAATTGA-GATAATATCTTTT-G
246 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTAGCCAAAAATTGAGGA-AA-A-CTTTTCG
* * *** * **
8731 GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTTC-AAATCGTGTGGTAAT-CATCCCGATTTTTGGCTAAAAA
308 GATCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CCGAAATCGTGCACT-ATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAA
* * * * *
8794 TGCGTTCC-AGAGCCCTGAGTCAGTTTTACATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAGA-TAT-T
371 CGCGTTCCGAG-GCCCCGACTCAGTTTTACATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGA-ACTATCT
* * *
8856 CATATTCATCTAATC-AAATCTCAGGCACATTGCTTTTAAGGATTTATTTTTGCGAACATCTGAA
434 -ATATTCATCTAA-CAAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAACATCTGAA
* * * *
8920 TCTTGTTTCGAGTTAATT-AGACATTAATCCAGAAAAATA-CGAAAAAAATGATATG-GAAAGCG
497 TCATGTTTCGAGTTAATTCA-AAATTAATCCAGAAAAAAATCG-AAAAAACGATATGAG-AAGCG
** * * **
8982 TGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTTTCCAAAAAT
559 TGAAAAACCCTCCAATATTTTTGGCATTAAATTATAT-TATTTCATCA-AATTTTGGCCAAAAAT
* * * * ** *
9047 T-A-AAAAAAAATTCAGG-T-AATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACTAACCATCAT
622 TGAGAAAAAAAATTC-GGATCAA--TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCAC
*** * * * **
9108 AGTTTTTTTTTTCCTAATAATGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTCG
684 AG----TTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-AAG
* * *
9173 -AGAC-TCCTTGAAACATCTATATTTATCTAATCAAATTCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
744 AAGACTTCC-TGAAATATTTATATTTATCTAACCAAA-TCTCAGCCACATTG-ATTTAAGGATTT
* * * *
9236 GTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAAAATATGAAAAA
806 GTTTTTAC--GCATC---ATCATGTTTCGATTTTATTTGAAATTAATTTAGAAAAAT-TGAAAAA
* * * * *
9301 TGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTT--CAGTTGAATTATATATATTTT
865 CGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTTCAAT-TTTTTTGGC-TTTGAATTATATATATTTT
9359 GCGAGTATTG
Statistics
Matches: 1613, Mismatches: 198, Indels: 118
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
936 267 0.17
937 51 0.03
938 123 0.08
939 214 0.13
940 2 0.00
941 5 0.00
942 39 0.02
943 337 0.21
944 108 0.07
945 64 0.04
946 6 0.00
947 267 0.17
948 36 0.02
950 1 0.00
951 1 0.00
952 1 0.00
955 1 0.00
956 83 0.05
957 7 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (938 bp):
AAATCGAAAACTCTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTCCGGGACACCGACTCAGTTTTC
CATGATTTTTGGCACAAAGATAACCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACAT
TGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCATGTTTCGATTTAATTCAAAATTAATTAA
GAAAAAAAGTAAAAAAAAAATATTAAAAGCCTAAAAAACCCTTCAAGATTTTTGGCGTTGAATTA
TATATTTTCTATGAGAATTGTAGCCAAAAATTGAGGAAAACTTTTCGGATCAATTTTTGCAAAAT
TTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCCGACT
CAGTTTTACATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTAACAAAATCTCA
GCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAACATCTGAATCATGTTTCGAGTTAATTCAAAAT
TAATCCAGAAAAAAATCGAAAAAACGATATGAGAAGCGTGAAAAACCCTCCAATATTTTTGGCAT
TAAATTATATTATTTCATCAAATTTTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTCGGATCAATTTAGCA
AAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
GACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCCTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAAT
CTCAGCCACATTGATTTAAGGATTTGTTTTTACGCATCATCATGTTTCGATTTTATTTGAAATTA
ATTTAGAAAAATTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAAT
TATATATATTTTATGAGAGTTGTGGCCA
Found at i:9974 original size:330 final size:328
Alignment explanation
Indices: 8447--10710 Score: 2038
Period size: 331 Copynumber: 6.9 Consensus size: 328
8437 CCCACACGGT
* * * * *
8447 TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGCAAGTCT
1 TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAAGACT
*
8512 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAT-TCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
66 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCT-CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * * * * **
8576 CGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATT-ATCTTGGAAAAAGTA-AAAAAAAAATA
130 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT-TTGGAAAAAATAGGAAAAACGATA
* * * * * *
8639 TTAGAAACGTAAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGATTATTTT
194 TTAGAAGCGT-GAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT
* * ** ** * *
8704 AG-TCAAAAATTGAGATAATATCTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTTC-AAATCGTGTG
258 AGCT-AAAAATTGAGA-AAAATATTTCAGAAC-ATTTTTGCAAAATTTTAG-CCGAAATCGTGTA
*
8767 GTAATCATCCCG
319 CTAATCAT--CG
* * * * * * *
8779 ATTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCAGAGCCCTGAGTCAGTTTTACATGATTTTTTGCGCCAAGACT
1 TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAAGACT
* * ** * *
8844 CCTTGAGATAT-TCATATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGCTTTTAAGGATTTATTTTTG
66 CCTTGAAATATCT-ATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * * *** * *
8908 CGAACATCTGAATCTTGTTTCGAGTTAATTAGACATTAATCCAG-AAAAATACGAAAAA-AATGA
130 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGAT-A
* * * * * * *
8971 TATGGAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTATTT
194 T-TAG-AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTT
** * * * * * * *
9036 TTTCCAAAAATT-A-AAAAAAAATTCAGGTAA-TTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTATAC
257 TAGCTAAAAATTGAGAAAAATATTTCA-G-AACATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
*
9098 TAACCATCATAG
320 T-A--ATCATCG
** * * * * * * *
9110 TTTTTTTTTTCCTAATAATGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTCGAG
1 ---TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAAG
* * *
9175 ACTCCTTGAAACATCTATATTTATCTAATCAAATTCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTT
63 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAA-TCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
* * * *
9240 TTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTG-AAAAATATGAAAAATGA
127 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGA
* * * * * * **
9304 TATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTT-TCAGTTGAATTATATATATTTTGCGAGTATT
192 TATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCA-TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATT
* * * *** *
9368 GTGGCTAAAAATTGAGGAAAATCGGGTC--AAC--TTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
256 TTAGCTAAAAATTGAGAAAAAT-ATTTCAGAACATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* *
9429 -CATCATGG
320 TAATCATCG
* * * * * *** *
9437 TTTTTTTTGGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCTCCGGGTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGTTTTAAA
1 --TTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAAG
* * *
9502 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA-CGAAATCTTAGCTACATTGGATTTAAGGAGTTTTTT
63 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGA-TTTGTT
* * * * *
9566 CTTTTCGAGCATTTGAATCATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAAC
126 -TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAAC
* * * * *
9631 GATATTGGAAGCGTTAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATTTTTTTTGTGAGTAT
190 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * * *
9696 TGTGGCTACAAATT-AGAAAAATAATTCAGAACATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
255 TTTAGCTAAAAATTGAGAAAAATATTTCAGAACATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
9760 T-ATCA-CG
320 TAATCATCG
* ** * * ** *
9767 CTTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCAAGACCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTCGGGGCCAAGAC
1 -TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAAGAC
* * * *
9832 TCCTTAAAATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGTATTTAAGGATTTGTTTT
65 TCCTT-GAA-ATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * * * *
9897 TAAGAGTATCTAAATCTTATTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAAATAAAATAGGAAAAACG
128 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGG-AA-AAAATAGGAAAAACG
* * * *** *
9962 ATATTAGAAGCGTGAAAAAGACTTTCAATTTTTTTGTTGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTAT
191 ATATTAGAAGCGTG-AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * * ** *
10027 TTTAGCTAGAATTTGAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATA
255 TTTAGCTAAAAATTGA-GAAAAATATTTCAGAACATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
10092 C--ATCA-CG
319 CTAATCATCG
** * * * * *
10099 GATTTCGGCTAAAAACCCGTTCCGGGGCCCTG-CTCAGTTTTACATGATTTTTTGTGCCAAGACT
1 TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAAGACT
**
10163 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAA-CAAAATCTCAATCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
66 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * * *
10227 TGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACAATAT
130 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATAT
* *
10292 TAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTT-G-ATGTCAAATTATATA-TTTTTATGAGTATTTT
195 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCAT-T-GAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT
* ** * * ** * **
10354 AGCAAAAAATTGAGGAATTATCTTTTAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATTATGTACT
258 AGCTAAAAATTGA-GAAAAATATTTCAGAAC-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
*
10419 AACCATCATG
321 AATCATC--G
* * ** ** * ** *
10429 GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACATGGCCATGACTTTGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCGAGACT
1 TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAAGACT
* * *
10494 CCTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
66 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* *
10559 GTGCATCTGAATCTTGTTTC-ATTTAATTAGAAATTAATTCT-GAAAAAATATGAAAAACGATAT
131 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TGGAAAAAATAGGAAAAACGATAT
* * * * * * *
10622 TAAAAGTGTGACAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGGGTATTTTTG
195 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAG
*
10687 AC-AAAAATTGAGGAAAAATCTTTC
260 -CTAAAAATTGA-GAAAAATATTTC
10711 GGGTCATTTT
Statistics
Matches: 1588, Mismatches: 284, Indels: 121
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
323 1 0.00
324 39 0.02
325 54 0.03
326 57 0.04
327 88 0.06
328 229 0.14
329 98 0.06
330 230 0.14
331 290 0.18
332 163 0.10
333 163 0.10
334 85 0.05
335 87 0.05
336 4 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (328 bp):
TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAAGACT
CCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATT
AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGC
TAAAAATTGAGAAAAATATTTCAGAACATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCA
TCG
Done.