Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015822.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15855, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Period size: 204 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202
1 A
*
2 GGTGAATGTTATAATTTTTTTAAGCTTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATGCAACA
1 GGTGAATGTTATAATTTTTTTAAGCTTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACA
* * *
67 CATTATTATTATATATAAAACTATACCTAAAAAAAAAGTAGTTGACCATTAGTGGTTGATTTGTT
66 CATTACTATTATATATAAAACTATACC-AAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTGATTTATT
132 AAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCCGATTTA
130 AAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATT-AAGATCCGATTTA
197 TTTATCAAT
194 TTTATCAAT
206 GGTGAATGTTATTAA-TTTTTTAAG-TCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAA
1 GGTGAATGTTA-TAATTTTTTTAAGCT-TAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAA
* *
269 CACATTACTATTATATATATAGAATTATACC-AAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTTGATTT
64 CACATTACTATTATATATA-A-AACTATACCAAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTGATTT
333 ATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAGATCCGATT
127 ATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAGATCCGATT
398 TATTTAT
192 TATTTAT
405 TATTAAGGAA
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206 8 0.04
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GGTGAATGTTATAATTTTTTTAAGCTTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACA
CATTACTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTGATTTATTA
AATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAGATCCGATTTATT
TATCAAT
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Indices: 471--517 Score: 76
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461 ACGTTTGCAC
*
471 AAATACCTATGAATTTGAATTAAAA
1 AAATACCTAAGAATTT-AATTAAAA
496 AAATACCTAAGAATTTAATTAA
1 AAATACCTAAGAATTTAATTAA
518 TGCAAGTATT
Statistics
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24 6 0.29
25 15 0.71
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AAATACCTAAGAATTTAATTAAAA
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Indices: 508--588 Score: 128
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
498 ATACCTAAGA
*
508 ATTTAATTAATGCAAGTATTTCAGTTATTATA-GTATTAC
1 ATTTAATTAATGCAAGTATTTCAGTTATTATATATATTAC
* *
547 ATTTAATTAATGTAAGTATTTTAGTTATTATATATATTAC
1 ATTTAATTAATGCAAGTATTTCAGTTATTATATATATTAC
587 AT
1 AT
589 AGGAATTAAA
Statistics
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39 30 0.79
40 8 0.21
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ATTTAATTAATGCAAGTATTTCAGTTATTATATATATTAC
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Indices: 804--850 Score: 85
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794 AGTTTAGACT
804 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA GTA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA TA
847 TA TA
1 TA TA
851 CTCAAGCCAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 2
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
2 42 0.95
3 2 0.05
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TA
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Indices: 7715--7782 Score: 100
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7705 CAGGCTGCAC
* * * *
7715 CACAAT CACAAT CACAAT CAGAAT CAGAAT CAGAAT CAGAAT CACAAT
1 CACAAT CACAAT CACAAT CACAAT CACAAT CACAAT CACAAT CACAAT
7763 CACAAT CACAAT CACAAT CA
1 CACAAT CACAAT CACAAT CA
7783 TCCGTTAACG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 60 1.00
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CACAAT
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7828 TGAGGCACGA
7838 GTCCACTCTTACCAACAGTTTAA-CCCCTG-T-
1 GTCCACTCTTACCAACAGTTTAACCCCCTGATG
*
7868 GTCCACTCTTACCAATAGTTTAACCCCCTGTGGTATGG
1 GTCCACTCTTACCAACAGTTTAACCCCC--T-G-AT-G
*
7906 GTCCACTCTTACCAACAGTTTAATCCCCTGA
1 GTCCACTCTTACCAACAGTTTAACCCCCTGA
7937 GACACGGGTC
Statistics
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30 22 0.38
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GTCCACTCTTACCAACAGTTTAACCCCCTGATG
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Indices: 7868--7950 Score: 112
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7858 TAACCCCTGT
* * ** *
7868 GTCCACTCTTACCAATAGTTTAACCCCCTGTGGTATGG
1 GTCCACTCTTACCAACAGTTTAACCCCCTGAGACACGG
*
7906 GTCCACTCTTACCAACAGTTTAATCCCCTGAGACACGG
1 GTCCACTCTTACCAACAGTTTAACCCCCTGAGACACGG
7944 GTCCACT
1 GTCCACT
7951 ATAGACAGCC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 39 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.33, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (38 bp):
GTCCACTCTTACCAACAGTTTAACCCCCTGAGACACGG
Found at i:10134 original size:667 final size:648
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Indices: 8788--10259 Score: 1612
Period size: 667 Copynumber: 2.2 Consensus size: 648
8778 GAATTGCAAT
* * * * *
8788 TATCGATTCTCCTATTTTGTCCTAATTAATTTTTAATTAAATAGAAATATGATTCAGATGCTCGT
1 TATCGATTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTGAGATGCTCGT
* ** *
8853 ----ATAAATCCTTAAATCTAGCGTGGATGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTAAAGGAA
66 AAAAAAAAATCCTTAAATC-AATGTGG-TGAGATTTG-TTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAA
* *
8914 TTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGCTCAGAACGAGTTTTTAGATAAAATCCGTG
128 TTTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGCTCAGAACGAGTTTTTAGATAAAATCCGTG
* * * * *
8979 TTGGTTAGTACACAATTTCGACTAAAATTTTACAAAAAAAGTAACTGAAAGTTTCTCGTTCAATT
193 TTAGTTAGTACACAATTTCGACTAAAATTATACAAAAAAAGTAACCGAAAATTTCTCCTTCAATT
* * * *
9044 TTTATCCACAATACTCTTAAAATATATATAATTTAATGCCAAAAAGATTGAAGCACTTTTCACGC
258 TTTAGCCACAATAATCATAAAATATATATAATTCAA-GCCAAAAAGATTGAAGCACTTTTCACGC
* * * *
9109 TTTAAATATTATTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATATGATTTTGATGCTCGT
322 TTTAAATATTATTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACACGATTTTGATGCTCGT
* *
9174 AAAAAATAAACCCTTAAATCCAATGTAGATGAGATTTGGTTCGAATAATATAGATATTTCAAGGA
387 AAAAAACAAACCCTTAAATCCAATGTAGATGAGATTTGGTTAGAATAATATAGATATTTCAAGGA
* * * * **
9239 GTCTTGGCGCCAAAAATTATGTAAAACTAAGAAGGGCCTCAGAACGAGTTTTTAGTTAAAAACCG
452 GTCTTGCCGCAAAAAATTATGCAAAACTAAGAAGGACCTCAGAACGAGTTTTTAGCCAAAAACCG
* * * * *
9304 TAATGTACACGATTTCAGCAAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGATTTCTCTCCAATTTTTG
517 TAATATACACAATTTCAGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTCTCCCCAATTTTTG
*
9369 GCTACAATACACATAAAAAATAAATAACTCAACGCCAAAAAGTTTAAAGGGCTTCTCACACTTCT
582 GCCACAATACACATAAAAAATAAATAACTCAACGCCAAAAAGTTTAAAGGGCTTCTCACACTTCT
9434 AA
647 AA
* * * * *
9436 TATCGTTTTTCTTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-ACGCATTGAGATCCTCG
1 TATCGATTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATG-ATTGAGATGCTCG
* * **
9500 TAAAAAAAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGATTTCGTTAGATGAATATAGATATTTCATTG-
65 TAAAAAAAAATCCTTAAAT-CAATGTGG-TGAGATTT-GTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGA
* * *
9564 ATTCTTGATGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGACTCCGAAACGTGTTTTTAG-TCAAAAA
127 ATT-TTGACGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGG-CTCAG-AACGAGTTTTTAGAT--AAAA
** * * ** *
9628 CTGTGATGGTTAGTTAGTACACGATTTTCGACTAAAATTATGC-AAAAATTTTACCGAAAATTTC
187 -TCCG-T-GTTAGTTAGTACAC-AATTTCGACTAAAATTATACAAAAAAAGTAACCGAAAATTTC
**
9692 TCCTTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAATATATATAATTCAA-CCAAAAAGATTGAAGGGC
248 TCCTTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAATATATATAATTCAAGCCAAAAAGATTGAAGCAC
*
9756 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTATTCTTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAC
313 TTTTCACGCTT-TAA-A----TATTATTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAC
* * * * *
9821 GATTTTGATGCTCGT-AACACCAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTTGTTAG-ATGAAT
372 GATTTTGATGCTCGTAAAAAACAAACCCTTAAATCCAATGTAGATGAGATTTGGTTAGAAT-AAT
* ** ** ** *
9884 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTGCCGCAAAAAATTATGCAAAACTGAGTCTGGACCTCTTATTGTG
436 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTGCCGCAAAAAATTATGCAAAACTAAG-AAGGACCTCAGAACGAG
* * * * *
9949 TTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAATACACAATTT-TGTCTAAAATTTAT-TAAAAATTTACC
500 TTTTTAGCCAAAAACCGT-A-A--T-ATACACAATTTCAG-CAAAAATTT-TGCAAAAATTGACC
* * * * *
10012 TGAAAAAATTT-TCCCCAATTTTTGGCCACTATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
558 CG-AAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCCACAATACACATAAAAAATAAATAACTCAACGCCAAAA
* *
10076 A-TATTGAAA-GGCTTTTCACGCTTCTAA
622 AGT-TT-AAAGGGCTTCTCACACTTCTAA
* *
10103 TATCGGTTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTCG-GATGATCG
1 TATCGATTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATT-GAGATGCTCG
* * *
10167 TAAAAGAAAATCCTTAAATCCAATATAGGTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGA
65 TAAAAAAAAATCCTTAAAT-CAATGT-GGTGAGATTT-GTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGA
** * *
10232 GA-TTTGGGGCAAAAAATCATACAAAACA
127 -ATTTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACA
10260 AAGAAGGGGC
Statistics
Matches: 682, Mismatches: 103, Indels: 59
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
647 2 0.00
648 52 0.08
651 3 0.00
652 76 0.11
653 7 0.01
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657 4 0.01
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659 17 0.02
660 2 0.00
661 81 0.12
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664 1 0.00
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669 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (648 bp):
TATCGATTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTGAGATGCTCGT
AAAAAAAAATCCTTAAATCAATGTGGTGAGATTTGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAATTT
TGACGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGCTCAGAACGAGTTTTTAGATAAAATCCGTGTTA
GTTAGTACACAATTTCGACTAAAATTATACAAAAAAAGTAACCGAAAATTTCTCCTTCAATTTTT
AGCCACAATAATCATAAAATATATATAATTCAAGCCAAAAAGATTGAAGCACTTTTCACGCTTTA
AATATTATTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACACGATTTTGATGCTCGTAAAA
AACAAACCCTTAAATCCAATGTAGATGAGATTTGGTTAGAATAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
TGCCGCAAAAAATTATGCAAAACTAAGAAGGACCTCAGAACGAGTTTTTAGCCAAAAACCGTAAT
ATACACAATTTCAGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCCA
CAATACACATAAAAAATAAATAACTCAACGCCAAAAAGTTTAAAGGGCTTCTCACACTTCTAA
Found at i:10180 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 8788--10259 Score: 1323
Period size: 335 Copynumber: 4.5 Consensus size: 331
8778 GAATTGCAAT
* * * * * *
8788 TATCGATTCTCCTATTTTGTCCTAATTAATTTTTAATTAAATAGAAATATGATTCAGATGCTCGT
1 TATCGGTTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTCGGATGCTCGT
* * ** * * *
8853 ----ATAAATCCTTAAATCTAGCGTGGATGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTAAAGGAA
66 AAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAG
* *
8914 TTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGG-GCTCAGAACGAGTTTTTAG--ATAAAATCC
131 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGACCTCAGAACGAGTTTTTAGTCA-AAAAT-C
* * * * ** * * **
8976 GTGTTGGTTAGTACACAATTTCGACTAAAATTT-TACAAAAAAAGTAACTGAAAGTTTCTCGTTC
194 GTGATAGTTAGTACACAATTTTGACTAAAATTTATGC-AAAAATTTACCTGAAAATTTCTC-CCC
* * * * * *
9040 AATTTTTATCCACAATACTCTTAAAATATATATAATTTAATGCCAAAAAGATTG-AAGCACTTTT
257 AATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAG-GCTTTT
9104 CACGCTT-TAAA
321 CACGCTTCT-AA
* * **
9115 TAT---TATTT--T-TTTT-TCTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATATGATTTTGATGCTCG
1 TATCGGT-TTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTCGGATGCTCG
* * *
9173 TAAAAAATAAACCCTTAAATCCAATGTAGATGAGATTTGGTTCGA-ATAATATAGATATTTCAAG
65 TAAAAAA-AAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATA-AATATAGATATTTCAAG
* * ** * *
9237 GAGTCTTGGCGCCAAAAATTATGTAAAACTA-AGAAGGGCCTCAGAACGAGTTTTTAGTTAAAAA
128 GAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC-AGAGTCGGACCTCAGAACGAGTTTTTAGTCAAAAA
* * * * * * * *
9301 CCGT-A-A--T-GTACACGA-TTTCAGCAAAAATTT-TGCAAAAGTTGACCCGAAAGATTTCTCT
192 TCGTGATAGTTAGTACACAATTTTGA-CTAAAATTTATGCAAAAATTTACCTGAAA-ATTTCTCC
* * * * * *
9359 CCAATTTTTGGCTACAATACACATAAAAAATAAATAACTCAACGCCAAAAAG-TTTAAAGGGCTT
255 CCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAA-GGCTT
* *
9423 CTCACACTTCTAA
319 TTCACGCTTCTAA
* * * * *
9436 TATCGTTTTTCTTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-ACGCATT-GAGATCCTC
1 TATCGGTTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATG-ATTCG-GATGCTC
* * * * * **
9499 GTAAAAAAAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGATTTCGTTAGATGAATATAGATATTTCATTG
64 GTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGG
* ** * * *
9564 ATTCTTGATGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGA-CTCCGAAACGTGTTTTTAGTCAAAAA
129 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTC-GGACCTCAG-AACGAGTTTTTAGTCAAAAA
*
9628 -CTGTGATGGTTAGTTAGTACACGATTTTCGACTAAAA-TTATGCAAAAATTTTACC-GAAAATT
192 TC-GTGA----TAGTTAGTACACAATTTT-GACTAAAATTTATGCAAAAA-TTTACCTGAAAATT
* * * *
9690 TCTCCTTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAATATATATAATTCAA--CCAAAAAGATTGAAG
250 TCTCC-CCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAA
9753 GGCTTTTCACGCTTCTAA
314 GGCTTTTCACGCTTCTAA
* * * * * **
9771 TATC-GTTATTCTTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACACGATTTTGATGCTCG
1 TATCGGTT-TTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTCGGATGCTCG
* ** * *
9835 TAACACCAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
65 TAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGA
* * * * ** ** * *
9900 GTCTTGCCGCAAAAAATTATGCAAAACTGAGTCTGGACCTCTTATTGTGTTTTTAGCCAAAAATC
130 GTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTC-GGACCTCAGAACGAGTTTTTAGTCAAAAATC
* * *
9965 GTGATAGTTAATACACAATTTTGTCTAAAATTTAT-TAAAAATTTACCTGAAAAAATTT-TCCCC
194 GTGATAGTTAGTACACAATTTTGACTAAAATTTATGCAAAAATTTACCTG--AAAATTTCTCCCC
* * *
10028 AATTTTTGGCCACTATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTC
257 AATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTC
10093 ACGCTTCTAA
322 ACGCTTCTAA
*
10103 TATCGGTTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTCGGATGATCGT
1 TATCGGTTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTCGGATGCTCGT
* * *
10168 AAAAGAAAATCCTTAAATCCAATATAGG-TGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGA
66 AAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGT-GGATGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGA
* * *
10232 GAT-TTGGGGCAAAAAATCATACAAAACA
130 G-TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACA
10260 AAGAAGGGGC
Statistics
Matches: 933, Mismatches: 153, Indels: 113
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
320 2 0.00
321 112 0.12
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323 5 0.01
324 2 0.00
325 6 0.01
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329 7 0.01
330 50 0.05
331 23 0.02
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333 7 0.01
334 2 0.00
335 183 0.20
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338 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
TATCGGTTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTCGGATGCTCGT
AAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAG
TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGACCTCAGAACGAGTTTTTAGTCAAAAATCGT
GATAGTTAGTACACAATTTTGACTAAAATTTATGCAAAAATTTACCTGAAAATTTCTCCCCAATT
TTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGC
TTCTAA
Found at i:10482 original size:256 final size:259
Alignment explanation
Indices: 10015--10489 Score: 619
Period size: 256 Copynumber: 1.8 Consensus size: 259
10005 ATTTACCTGA
* *
10015 AAAAATTTTCCCCAATTTTTGGCCACTATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATAT
1 AAAAATTTTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTAATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATAT
* *
10080 TGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGGTTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
66 TGAAAGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGCTTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * **
10145 CGAAATATGATTCGGATGATCGTAAAAGAAAATCCTTAAATCCAATATAGGTGAGATTTGGTTAG
131 CGAAACAGGATTCGGATGATCGTAAAAGAAAATCCTTAAATCCAATATAGGTGAGAATTCATTAG
10210 ATAAATATAGATATTTCAATGAGATTTGGGGCAAAAAATCATACAAAACAAAGAAGGGGCCTCG
196 ATAAATATAGATATTTCAATGAGATTTGGGGCAAAAAATCATACAAAACAAAGAAGGGGCCTCG
* * * * *
10274 AAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGGCACAATACTAAT-AAAAA-A-ATAATTTAATGCCACAGAGT
1 AAAAATTT-TCCCCAATTTTTGGCCACAATACTAATAAAAAATATATAATTCAACGCCA-AAAAT
* * *
10336 -TT-AAAGGGCTTCTCACGGTTCTAATATCGCTTTTCGTGTTTT-TCCCGAA-TAATTTCTAATT
64 ATTGAAA-GGCTTCTCACGCTTCTAATATCGCTTTTCCTATTTTGT-CCGAATTAATTTCTAATT
* ** *
10397 AAATCGAAACCGGATT-GAGATTCTCGTAAAA-ATAAATCCTTAAATCCAATGT-GGCTGAGAAT
127 AAATCGAAACAGGATTCG-GATGATCGTAAAAGA-AAATCCTTAAATCCAATATAGG-TGAGAAT
*
10459 TCATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGA
189 TCATTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGA
10490 CTTGATGCCA
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 22, Indels: 17
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
255 4 0.02
256 92 0.49
257 50 0.27
258 4 0.02
259 13 0.07
260 24 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (259 bp):
AAAAATTTTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTAATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATAT
TGAAAGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGCTTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
CGAAACAGGATTCGGATGATCGTAAAAGAAAATCCTTAAATCCAATATAGGTGAGAATTCATTAG
ATAAATATAGATATTTCAATGAGATTTGGGGCAAAAAATCATACAAAACAAAGAAGGGGCCTCG
Found at i:11153 original size:927 final size:924
Alignment explanation
Indices: 9345--11194 Score: 2367
Period size: 927 Copynumber: 2.0 Consensus size: 924
9335 AAAGTTGACC
* *
9345 CGAAAGATTTCTCTCCAATTTTTGGCTACAATACACATAAAAAATAAATAACTCAACGCCAAAAA
1 CGAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCTACAATACACAT-AAAAATAAATAACTCAACGCCAAAAA
* * *
9410 GTTTAAAGGGCTTCTCACACTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTA
65 GTTTAAAGGGCTTCTCACACTTCTAATATCGCTTTTCGTATTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTA
* *
9475 AATCGAAAACGCATTGAGATCCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGATTTCGT
130 AATCGAAAACGCATTGAGATCCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGAATTCAT
* ** * *
9540 TAGATGAATATAGATATTTCATTGATTCTTGATGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGACTC
195 TAGATGAATATAGATATTTCAATGAGACTTGATGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGAACCC
** * * * *
9605 CGAAACGTGTTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAGTTAGTACACGATTTTCGACTAAAATTATG
260 CGAAACACGTCTTTAGCCAAAAACAGTGATGG-T-CTTAGTACACGATTTTCGACTAAAATTATG
*
9670 CAAAAATTTTACCGAAAATTTCTCCTTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAATATATATAATT
323 CAAAAATTTTACAGAAAATTTCTCCTTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAATATATATAATT
* * * *
9735 CAACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTATTCTTTTTTTTTCCGAATTAA
388 CAACCAAAAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTATTCTCTATTTTTCCGAACTAA
* * * * *
9800 TTTCTAATTAAATCGAAACACGATTTTGATGCTCGTAACACCAAATCCTTAAATCCAATGTGGAT
453 TTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATGTGGAT
* *
9865 GAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGCCGCAAAAAATTATGCAAAACTGA
518 GAGATTTTGCTAGATGAATATAGATATTTCAAAGAGTCTTGCCGCAAAAAATTATGCAAAACTGA
* * ** * * * * * *
9930 GTCTGGACCTCTTATTGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAATACACAATTTTGTCTAAAA
583 GCCTGGACATCAGAATGTGTATTTAACAAAAAATAGTGATAGTTAATACACAATTTTGTCAAAAA
* * * *
9995 TTTATTAAAAATTTACCTGAAAAAATTTTCCCCAATTTTTGGCCACTATACTCATAAAAAATATA
648 TTTATCAAAAATTTACCCGAAAAAATTTTCCCCAATTCTTAGCCACTATACTCATAAAAAATATA
* * *
10060 TAATTCAACGCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGGTTTTCCTATTTTGTCC
713 TAATTCAACGCCAAAAATATTGAAAGGCTATTCACGCTTCCAATATCAGTTTTCCTATTTTGTCC
* * *
10125 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTCGGATGATCGTAAAAGAAAATCCTTAAATCCAA
778 GAATTAATTTCTAATTAAATCAAAATATGATTCAGATGATCGTAAAAGAAAATCATTAAATCCAA
* * * *
10190 TATAGGTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGATTTGGGGCAAAAAATCATACA
843 TATAGGTGAGATTTGATTAGATAAATATAAATATTTCAATAAGACTTGGGGCAAAAAATCATACA
10255 AAACAAAGAAGGGGCCT
908 AAACAAAGAAGGGGCCT
* * * * *
10272 CGAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGGC-ACAATACTA-AT-AAAA-AAATAATTTAATGCCACAG
1 CGAAAAATTTCTCCCCAATTTTT-GGCTACAATAC-ACATAAAAATAAATAACTCAACGCCAAAA
** *
10333 AGTTTAAAGGGCTTCTCACGGTTCTAATATCGCTTTTCGTGTTTTTCCCGAA-TAATTTCTAATT
64 AGTTTAAAGGGCTTCTCACACTTCTAATATCGCTTTTCGTATTTTTCCCGAATTAATTTCTAATT
* * * * * *
10397 AAATCGAAACCGGATTGAGATTCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAATTCA
129 AAATCGAAAACGCATTGAGATCCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGAATTCA
10462 TTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGACTTGATGCCAAAAAAT-ATGCAAAACTA-AGCCGGAA
194 TTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGACTTGATGCC-AAAAATCATGCAAAAC-AGAGCCGGAA
* *
10525 CCCCGGAACACGTCTTTAGCCAAAAACAGTGAT-G-CTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAAAATT
257 CCCCGAAACACGTCTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTCTTAGTACACGATTTTCGACT--AAAATT
* * *
10587 TTGC-AAAATTTTAACAGAAAGTTTCTCCTTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAATATATATAT
320 ATGCAAAAATTTT-ACAGAAAATTTCTCCTTCAATTTTTAGCCACAATA---AT--CATA-A-A-
* * * *
10651 ATATATATAATTCAATGCAAAAATATTGAAGGCCTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CTAT
376 ATATATATAATTCAA-CCAAAAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTATTCTCTAT
*
10715 TTTTCTGAACTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAA
440 TTTTCCGAACTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAA
* * * * *
10780 ATCCAGTGTTGATGAGA-TTTGACTAGATGAATATAGATATTTCAAAGTGTCTTTG-TGCCAAAA
505 ATCCAATGTGGATGAGATTTTG-CTAGATGAATATAGATATTTCAAAGAGTC-TTGCCGCAAAAA
* *
10843 ATTATGCAAAA-TAGAGCCTGGGCAT-AGAATGTGTATTTAACAAAAAATAGTGATAGTTAGTGT
568 ATTATGCAAAACT-GAGCCTGGACATCAGAATGTGTATTTAACAAAAAATAGTGATAGTTA--AT
** * *
10906 ACATGATTTCTG-CAAAAATTT-TGCAAAAATTTACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTCTTAGCCA
630 ACACAATTT-TGTCAAAAATTTAT-CAAAAATTTACCCGAAAAAATTTTCCCCAATTCTTAGCCA
* * *
10969 -TGATAC-CAT-AAAAATATATAATTTAGCGCCAAAAATATTGAAAGGCTCATT-ACGTTTCCAA
693 CT-ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAAGGCT-ATTCACGCTTCCAA
* *
11030 TATCAGTTTTCCTATTTTGTCGGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAATATGATTCAGATGCTCGT
756 TATCAGTTTTCCTATTTTGTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAATATGATTCAGATGATCGT
* * * * *
11095 AAAAGCAAATCATTAAATCCAATGTGGGTGTGATTTGATTAGATAAATGTAAATATTTCAATAAG
821 AAAAGAAAATCATTAAATCCAATATAGGTGAGATTTGATTAGATAAATATAAATATTTCAATAAG
* * * *
11160 ACTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGAAGGG
886 ACTTGGGGCAAAAAATCATACAAAACAAAGAAGGG
11195 CCCCAGAACG
Statistics
Matches: 795, Mismatches: 103, Indels: 50
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
918 7 0.01
919 19 0.02
920 42 0.05
922 1 0.00
923 147 0.18
924 67 0.08
925 7 0.01
926 1 0.00
927 253 0.32
928 153 0.19
929 96 0.12
930 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (924 bp):
CGAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCTACAATACACATAAAAATAAATAACTCAACGCCAAAAAG
TTTAAAGGGCTTCTCACACTTCTAATATCGCTTTTCGTATTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAA
ATCGAAAACGCATTGAGATCCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGAATTCATT
AGATGAATATAGATATTTCAATGAGACTTGATGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGAACCCC
GAAACACGTCTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTCTTAGTACACGATTTTCGACTAAAATTATGCAA
AAATTTTACAGAAAATTTCTCCTTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAATATATATAATTCAA
CCAAAAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTATTCTCTATTTTTCCGAACTAATTT
CTAATTAAATCAAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATGTGGATGAG
ATTTTGCTAGATGAATATAGATATTTCAAAGAGTCTTGCCGCAAAAAATTATGCAAAACTGAGCC
TGGACATCAGAATGTGTATTTAACAAAAAATAGTGATAGTTAATACACAATTTTGTCAAAAATTT
ATCAAAAATTTACCCGAAAAAATTTTCCCCAATTCTTAGCCACTATACTCATAAAAAATATATAA
TTCAACGCCAAAAATATTGAAAGGCTATTCACGCTTCCAATATCAGTTTTCCTATTTTGTCCGAA
TTAATTTCTAATTAAATCAAAATATGATTCAGATGATCGTAAAAGAAAATCATTAAATCCAATAT
AGGTGAGATTTGATTAGATAAATATAAATATTTCAATAAGACTTGGGGCAAAAAATCATACAAAA
CAAAGAAGGGGCCT
Found at i:11483 original size:330 final size:328
Alignment explanation
Indices: 10273--12239 Score: 1573
Period size: 331 Copynumber: 5.9 Consensus size: 328
10263 AAGGGGCCTC
* * * * * * * *
10273 GAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGGCACAATACTAAT-AAAAA-A-ATAATTTAATGCCACAGAG
1 GAAAAA-TTCTCTCCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCA-AAAA
* * * * *
10335 TTTAAAGGGCTTCTCACGGTTCTAATATCGCTTTTCGTGTTTTTCCCGAA-TAATTTCTAATTAA
64 TTT-AAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
* * * * *
10399 ATCGAAACCGGATTGAGATTCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAATTCATT
128 ATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCGTT
* * * * *
10464 AGATGAATATAGATATTTCAATGAGACTTGATGCCAAAAAATATGCAAAACTA-AGCCGGAACCC
193 AGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATTATGCAAAAC-AGAGCCGG-GCCC
* * *
10528 CGGAAC-ACGTCTTTAGCCAAAAACAGTGATGCTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAATTTTGCA
256 CAGAACGA-GTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT--AAAATTTTGCA
* *
10592 AAATTTTAACA
318 AAAATTTACCA
** * *
10603 GAAAGTTTCTCCTTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAATATATATATATATATATAATTCAATG
1 GAAAAATTCT-CTCCAATTTTTAGCCACAATACTC---ATA-A-A-A-A-ATATATAATTCAACG
* * * * *
10668 -CAAAAATATTGAAGGCCTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTCTGAACTAATTT
57 CCAAAAAT-TT-AAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTT
* ** ** * * *
10731 CTAATTAAATCAAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAGTGTTGATGAG
120 CTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAG
* * * * * *
10796 ATTT-GACTAGATGAATATAGATATTTCAAAGTGTCTTTGTGCCAAAAATTATGCAAAATAGAGC
185 ATTTCG-TTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATTATGCAAAACAGAGC
** * * * * * * * * * *
10860 CTGGG-CATAGAATGTGTATTTAACAAAAAATAGTGATAGTTAGTGTACATGATTTCTGCAAAAA
249 C-GGGCCCCAGAACGAGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTA--GTACACGATTTCGGCTAAAA
*
10924 TTTTGCAAAAATTTACCC
311 TTTTGCAAAAATTTACCA
* * ** * *
10942 GAAAGAATTTTC-CTCAATTCTTAGCCATGATAC-CAT-AAAAATATATAATTTAGCGCCAAAAA
1 GAAA-AATTCTCTC-CAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* * * * * *
11004 TATTGAAAGGC-TCATTACGTTTCCAATATCAG-TTTTCCTATTTTGTCGGAATTAATTTCTAAT
64 T-TT-AAGGGCTTC-TCACGCTTCTAATATC-GTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
* *** * * * * *
11067 TAAATCAAAATATGATTCAGATGCTCGTAAAAGCAAATCATTAAATCCAATGTGGGTGTGATTT-
125 TAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTC
* * * * * **
11131 GATTAGATAAATGTAAATATTTCAATAAGACTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGAAGGGC
190 G-TTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATTATGCAAAACAGAGCCGGGC
** * *
11196 CCCAGAACGAGTTTTTAGTTAAAAACCGTTATGGTTTA-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
254 CCCAGAACGAGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGG-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
** *
11260 AAAATAGACCTG
318 AAAATTTACC-A
* * * * *
11272 GAAAAATTCTCTCCAATTTTTTGCCACAATATTAATAAAAAATAAATAACTCAACGCCAAAAATT
1 GAAAAATTCTCTCCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATT
* * *
11337 TTAGGGCTTCTCACGCTTCCAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAAT
66 TAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * *
11402 TGAAATCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGCGGATGAGATTTCGTTAG
130 CGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCGTTAG
* * * * * ** *
11467 ATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGATG-CATAAATTTATGCAAAACTGAGTCGGAAACCAA
195 ATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCA-AAAATTATGCAAAACAGAGCCGG-GCCCCA
* * *
11531 GAACGCA-TTTTTAGCCAAAAACCGCGATGGTTAGTGCACGATTTCGGCTACAAATTTT-CAAAA
258 GAACG-AGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA-AAATTTTGCAAAA
**
11594 ATTTAATA
321 ATTTACCA
** * * * *
11602 GAAAGTTTCTACTTCAATTTTTAGCCACACTACTCATAAAATATATATAATTCAATGCCAAAAAG
1 GAAAAATTCT-CTCCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAA-
* * * * * *
11667 ATTGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCAAATAA
63 ATTTAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTA
** ** * * * * *
11732 AATCGAAACAAGATTTTGATGCTTGTAAAAACAAATCCATAAATTCAATGTGTATGAGATTTGGT
127 AATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCGT
* *
11797 TAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGGTCTTGGCGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCT
192 TAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTT-GG---T---GCCAAAAATTATGCAAAACAGAGC-
* * * * * * * *
11862 TGGGCCTCAAAACGTGTTTTTAACCAAAATTAAAATCG-TGAGTTAGTAGACGATTTCGGCTAAA
249 CGGGCCCCAGAACGAGTTTTTAGCCAAAA--ACAGT-GATG-GTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
*
11926 ATTTTGTAAAAATTTACCCA
310 ATTTTGCAAAAATTTA-CCA
* * *
11946 -AAAGAGTATTC-CT-CAATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
1 GAAA-A--ATTCTCTCCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAA
* * *
12008 AGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-CTTTTTTTTCCGAATTAATTTTTAATT
62 A-ATTTAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATT
* * * * *
12072 AAATTGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGAGATTTCT
126 AAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCG
* * * * * *
12137 TTAGATAAATATAAATATTTCAATGATTCATGGCGCC-AAAATTCATGCAAAACTA-AACCAGGT
191 TTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATT-ATGCAAAAC-AGAGCC-GGG
* *
12200 CCCC-GTAACGCGTTTTTAG-CAAAAATC-TTGATGGTTAGTA
253 CCCCAG-AACGAGTTTTTAGCCAAAAA-CAGTGATGGTTAGTA
12240 TTT
Statistics
Matches: 1296, Mismatches: 271, Indels: 140
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
328 1 0.00
329 96 0.07
330 214 0.17
331 261 0.20
332 16 0.01
333 140 0.11
334 40 0.03
335 3 0.00
336 1 0.00
337 2 0.00
338 2 0.00
339 78 0.06
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342 15 0.01
343 105 0.08
344 3 0.00
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (328 bp):
GAAAAATTCTCTCCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATT
TAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
GAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCGTTAGA
TAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATTATGCAAAACAGAGCCGGGCCCCAGAA
CGAGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTA
CCA
Done.