Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015828.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15861, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14112
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.16, T:0.38
Found at i:6205 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 6189--6216 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
6179 TTCTTAGCAG
6189 AAGCAAATCCTGT
1 AAGCAAATCCTGT
6202 AAGCAAATCCTGT
1 AAGCAAATCCTGT
6215 AA
1 AA
6217 ATCTCTCTAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.21, G:0.14, T:0.21
Consensus pattern (13 bp):
AAGCAAATCCTGT
Found at i:11864 original size:380 final size:379
Alignment explanation
Indices: 11027--12328 Score: 1921
Period size: 380 Copynumber: 3.4 Consensus size: 379
11017 TAATAACCGA
* * * * * * * *
11027 CTCTCCACGGGTGCCCCTAGGATACCCATTAGCCAAACCGTTTATTTAATTATGATAAGGTTTGG
1 CTCTTCACGGGTGCCCCTAGG-CACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGATTTGG
* * * * *
11092 TAGAATTAATAACTTCATTTATGGAATTAATATATTAATTTTTCTAAATTAAAATACTAATTATT
65 TAGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTATC
*
11157 CCAATTGAGATGATTAGACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAGATGGTGAGGACCGTAGAA
130 CCAATTGAGATGATTAGAACCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAGATGGTGAGGACCGTAGAA
*
11222 ATTGATTGATATTGAGGATATATAATTGGATTTTCACGGGTGCCCCTGAGGCACCCATTAGCCAA
195 ATTGATTGATATTGAGGATA-ATAATTGGATCTTCACGGGTGCCCCTGAGGCACCCATTAGCCAA
* * *
11287 ACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGGTAGAATTAATTATAACTTCACTTATTGAAT-TAATA
259 ACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCACTTATGGAATCT-ATA
*
11351 TATTAATTCCAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGATGGTATAATAATTGG
323 TATTAATTCCAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGATGGTGTAATAATTGG
* * * *
11408 CTCTTCACGGGTGTCCCTGGGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTCTTTTAAGATTTGGT
1 CTCTTCACGGGTGCCCCTAGGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGATTTGGT
11473 AGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTATCC
66 AGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTATCC
*
11538 CAATTGAGATGATTAGAACCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAGATGGTGAGGACTGTAGAAA
131 CAATTGAGATGATTAGAACCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAGATGGTGAGGACCGTAGAAA
* * *
11603 TTGATTTATATTGAGTATAATAATTGGATGTTCACGGGTGCCCCTGAGGCACCCATTAGCCAAAC
196 TTGATTGATATTGAGGATAATAATTGGATCTTCACGGGTGCCCCTGAGGCACCCATTAGCCAAAC
* * *
11668 ATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCATTTAAGGAATCTATAAAT
261 ATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCACTTATGGAATCTATATAT
11733 TAATTCCAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGATGGTGTAATAATTGG
326 TAATTCCAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGATGGTGTAATAATTGG
* *
11787 CTTTTCACGGGTGTCCCT-GGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGATTTGGT
1 CTCTTCACGGGTGCCCCTAGGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGATTTGGT
* *
11851 AGAATTATAATAACTTCACTTATCAAATTAGTATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTAT
66 AGAA-T-TAATAACTTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTAT
* * * * *
11916 CCTAATTGAGATGATTACACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTAAGACGGTGAGGACCGTAGA
129 CCCAATTGAGATGATTAGAACCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAGATGGTGAGGACCGTAGA
* * *
11981 AATTGATTGATGTT-AGGGATAATAATTGGCTCTTCACGGGTGCCCATGAGGCACCCATTAGCCA
194 AATTGATTGATATTGA-GGATAATAATTGGATCTTCACGGGTGCCCCTGAGGCACCCATTAGCCA
* * *
12045 AACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTTGTTGGAATTAATTATAACTTCACTTATGGAATCAATA
258 AACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCACTTATGGAATCTATA
** * ** *
12110 TATTAATTTATATAATTAAAATTAAAATATTAATTATTCTACTTGAGATGGTGAAATAATTGG
323 TATTAA--T-TCCAA-T--AATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGATGGTGTAATAATTGG
* * *
12173 CTCTTCACGGGTGCCCCT-GACACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGGTTTGAT
1 CTCTTCACGGGTGCCCCTAGGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGATTTGGT
* * *
12237 ATAATTAATAGCTTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTATTC
66 AGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTATCC
* *
12302 CAATTGGGATGATGAG-ACGCTTAAAAT
131 CAATTGAGATGATTAGAAC-CTTAAAAT
12329 CAATAAATAT
Statistics
Matches: 838, Mismatches: 72, Indels: 19
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
378 48 0.06
379 174 0.21
380 413 0.49
381 18 0.02
382 1 0.00
383 4 0.00
384 77 0.09
385 1 0.00
386 102 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (379 bp):
CTCTTCACGGGTGCCCCTAGGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGATTTGGT
AGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTATCC
CAATTGAGATGATTAGAACCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAGATGGTGAGGACCGTAGAAA
TTGATTGATATTGAGGATAATAATTGGATCTTCACGGGTGCCCCTGAGGCACCCATTAGCCAAAC
ATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCACTTATGGAATCTATATAT
TAATTCCAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGATGGTGTAATAATTGG
Found at i:11904 original size:155 final size:156
Alignment explanation
Indices: 11620--11928 Score: 358
Period size: 155 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
11610 ATATTGAGTA
*
11620 TAATAATTGGATGTTCACGGGTGCCCCTGAGGCACCCATTAGCCAAACATTTAGTTTAATTGTGA
1 TAATAATTGGATGTTCACGGGTGCCCCT-AGGCACCCATTAGCCAAACATTTAGTTTAACTGTGA
* * * **
11685 TAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCATTTAAGGAATCTATAAATTAATTCCAATAATTAAA
65 TAAGATTAGCTAGAATTAATAATAACTTCACTTAACAAATCTATAAATTAATTCCAATAATTAAA
*
11750 ATATCAATTATTCTAAATGAGATGGTG
130 ATATCAATTATCCTAAATGAGATGGTG
* * * * *
11777 TAATAATTGGCTTTTCACGGGTGTCCCT-GGCACCCATTAGCCAAAC-TGTTTGTTTAACTGTGT
1 TAATAATTGGATGTTCACGGGTGCCCCTAGGCACCCATTAGCCAAACAT-TTAGTTTAACTGTGA
* * * * * *
11840 TAAGATTTGGTAGAATT-ATAATAACTTCACTTATCAAAT-TAGTATATTAATT-TATCTAAATT
65 TAAGATTAGCTAGAATTAATAATAACTTCACTTAACAAATCTA-TAAATTAATTCCA-AT-AATT
* *
11902 AAAATATTAATTATCCTAATTGAGATG
127 AAAATATCAATTATCCTAAATGAGATG
11929 ATTACACCCT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 20, Indels: 10
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
153 3 0.02
154 28 0.22
155 72 0.56
157 25 0.20
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (156 bp):
TAATAATTGGATGTTCACGGGTGCCCCTAGGCACCCATTAGCCAAACATTTAGTTTAACTGTGAT
AAGATTAGCTAGAATTAATAATAACTTCACTTAACAAATCTATAAATTAATTCCAATAATTAAAA
TATCAATTATCCTAAATGAGATGGTG
Found at i:11915 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11870--11913 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
11860 ATAACTTCAC
**
11870 TTATCAAATTAGTATATTAAT
1 TTATCAAATTAAAATATTAAT
11891 TTATCTAAATTAAAATATTAAT
1 TTATC-AAATTAAAATATTAAT
11913 T
1 T
11914 ATCCTAATTG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.25
22 15 0.75
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (21 bp):
TTATCAAATTAAAATATTAAT
Found at i:12764 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 12738--12781 Score: 79
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
12728 TAATTATAAC
12738 TTCACTTATCAAATTAATATA
1 TTCACTTATCAAATTAATATA
*
12759 TTCACTTATGAAATTAATATA
1 TTCACTTATCAAATTAATATA
12780 TT
1 TT
12782 AATTTATCTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
TTCACTTATCAAATTAATATA
Found at i:12788 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 12743--12807 Score: 76
Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
12733 ATAACTTCAC
* *
12743 TTATCAAATTAATATATTCAC
1 TTATCAAATTAATATATTAAT
*
12764 TTATGAAATTAATATATTAAT
1 TTATCAAATTAATATATTAAT
* *
12785 TTATCTAAAATAAAATATTAAT
1 TTATC-AAATTAATATATTAAT
12807 T
1 T
12808 ATTCCATTGA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 6, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
21 22 0.59
22 15 0.41
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
TTATCAAATTAATATATTAAT
Found at i:13148 original size:498 final size:502
Alignment explanation
Indices: 12239--13169 Score: 1349
Period size: 498 Copynumber: 1.8 Consensus size: 502
12229 GGTTTGATAT
* *
12239 AATTAATAGCTTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTATTCCA
1 AATTAATAGATTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAAATAAAATATTAATTATTCCA
*
12304 ATTGGGATGATGAGACGCTTAAAATCAATAAATATTATAATTAAAGACTAAACAATAATTATTAC
66 ATT--G-TGA-GAGAC-CTTAAAATCAATAAATATTATAATGAAAGACTAAACAATAATTATTAC
* * * *
12369 AAGGGTATTATTATCTTATTACAACATTTATGAGACATACATTTAGCACAAACTTCAAAATAATA
126 AAGGGTAATATTATC-T-TTACAACAATTAGGAGAAATACATTTAGCACAAACTTCAAAATAATA
* * * *
12434 ATTGGCTCTCCACGGATATCCCTGGGTACCCATTAGCCAAACAATATGTTTATTTGTGATAAAGT
189 ATCGGCTCTCCACGGATAGCCCTGGGTACCCATTAGCCAAACAATATGTTTATTTGTCATAAAAT
** *
12499 TTGGTAGAGTTAATAACTTAATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATACTAAT
254 TTGGTAGAAATAATAACTTAATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATACTAAT
* * * *
12564 TAATTCAATTGAGATGATGAGACCCTTAAATATTCATTATTCCAATTCAGATGGTGAGGACTGCA
319 TAATCCAATTGAGATGACGAGACCCTTAAATATTCATTATTCCAATTAAGAGGGTGAGGAC-GCA
*
12629 AAAATTAATTGATATTTGGGATAATAATTGGCTTTTCACGGGTGCCCTGACATCCATTAGCCAAA
383 AAAATTAATTGATATTTGGGATAATAATTGGCTCTTCACGGGTGCCCTGACATCCATTAGCCAAA
12694 ATGTTTGTTTAATTATAATAACGTTCGGTGGAATTAATTATAACTTCACTTATCA
448 ATGTTTGTTTAATTATAATAACGTTCGGTGGAATTAATTATAACTTCACTTATCA
*
12749 AATTAATATATTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAAATAAAATATTAATTATTCC-
1 AATTAATAGATTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAAATAAAATATTAATTATTCCA
* * * *
12813 A-T-TGA-AGA-CTTAAAATCAATAAATATTATAATGCAAGGCTAAACAATAATTATTATAGGGG
66 ATTGTGAGAGACCTTAAAATCAATAAATATTATAATGAAAGACTAAACAATAATTATTACAAGGG
* * *
12874 TAATATTGTC-TTACAATAATTAGGAGAAATACTTTTAGCACAAACTTCAAAATAATAATCGGCT
131 TAATATTATCTTTACAACAATTAGGAGAAATACATTTAGCACAAACTTCAAAATAATAATCGGCT
* * ** * *
12938 CTTCACGGAT-GCCCATGGGGTATCCATTAGCCAAACCGTTTGTTTATTTTTCATAAAATTTGGT
196 CTCCACGGATAGCCC-T-GGGTACCCATTAGCCAAACAATATGTTTATTTGTCATAAAATTTGGT
* * *
13002 AGAAATAATAACTTCATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATATTAATTACTC
259 AGAAATAATAACTTAATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATACTAATTAATC
13067 CAATTGAGATGACGAGACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTAAGAGGGTGAGGAC-CATAGAA
324 CAATTGAGATGACGAGACCCTT-AAATATTCATTATTCCAATTAAGAGGGTGAGGACGCA-A-AA
*
13131 ATTGATTGATA-TTGGGATAATAATTGGCTCTTCACGGGT
386 ATTAATTGATATTTGGGATAATAATTGGCTCTTCACGGGT
13170 TACCCTGGGC
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 37, Indels: 22
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
496 3 0.01
497 60 0.16
498 147 0.39
499 44 0.12
500 56 0.15
502 3 0.01
504 3 0.01
508 1 0.00
509 1 0.00
510 61 0.16
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (502 bp):
AATTAATAGATTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAAATAAAATATTAATTATTCCA
ATTGTGAGAGACCTTAAAATCAATAAATATTATAATGAAAGACTAAACAATAATTATTACAAGGG
TAATATTATCTTTACAACAATTAGGAGAAATACATTTAGCACAAACTTCAAAATAATAATCGGCT
CTCCACGGATAGCCCTGGGTACCCATTAGCCAAACAATATGTTTATTTGTCATAAAATTTGGTAG
AAATAATAACTTAATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATACTAATTAATCCA
ATTGAGATGACGAGACCCTTAAATATTCATTATTCCAATTAAGAGGGTGAGGACGCAAAAATTAA
TTGATATTTGGGATAATAATTGGCTCTTCACGGGTGCCCTGACATCCATTAGCCAAAATGTTTGT
TTAATTATAATAACGTTCGGTGGAATTAATTATAACTTCACTTATCA
Found at i:14094 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14046--14094 Score: 62
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
14036 TTCACTTATG
* *
14046 AAATTAATATATTAATTCATCT
1 AAATTAAAATATTAATTCATCC
*
14068 AAATTAAAATATTAATTTATCC
1 AAATTAAAATATTAATTCATCC
*
14090 CAATT
1 AAATT
14095 GAGATGATTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 23 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AAATTAAAATATTAATTCATCC
Done.