Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015829.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15862, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8360
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Found at i:869 original size:383 final size:378
Alignment explanation
Indices: 1--2391 Score: 1524
Period size: 376 Copynumber: 6.2 Consensus size: 378
* * *
1 GGTGTAATAATTAGCTCTTCACGGGTGTCCCTGGGCACCCATCAGCCAAACTGTTTGTTTAACTC
1 GGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGTCCCT-GGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTG
*
66 TGTTAAGATTTGGTAGGATTAATAACTTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAA
65 TGTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAA-TAATATATTAATTTATCTAAATTAA
*
131 AATATTAATTATCCCAATTGAGATGATTAGACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAAATGGT
129 AATATTAATTAT-CCAATTGAGATGATTAGACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAAACGGT
* * * * *
196 GAGGACCGTATAAATTGATTGATATTGAGGACATATAATAATTGGATTTTCACGGGTGCCCCTGA
193 GAGGACCGTAGAAATTGATTAATATTGAGG--AGATAATAATTGGATATTCACGGGTGCCCCTAA
* * *
261 GGCACCCATTAGCCAAACATTTATTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTCATTATAATTTCA
256 GGCACCCATTAGCCAAACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCA
* *
326 CTAATGGAATCAATATTTTAATTCCAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGAT
321 CTAATGGAATCAATATTTAAATTACAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGAT
*
384 GGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGTCCCTGGCACACATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGT
1 GGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGTCCCTGGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGT
*
449 GTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAATGAATATATTAGTTTATCTAAATTAAA
66 GTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAAT-AATATATTAATTTATCTAAATTAAA
*
514 ATATTAATTATCCTAATTGAGATGATTACACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATT-AAGACGGT
130 ATATTAATTATCC-AATTGAGATGATTAGACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAA-ACGGT
* * *
578 GAGGACCGTAGAAATTGATTAATGTTG-GG-GATAATAATTGGCTATTCACGGGTGTCCCTAAGG
193 GAGGACCGTAGAAATTGATTAATATTGAGGAGATAATAATTGGATATTCACGGGTGCCCCTAAGG
* * * *
641 C-TCCTTTAGCCAAACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTTGTTGGAATTAATTATAACTTCACT
258 CACCCATTAGCCAAACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCACT
* * * *
705 TATGGAATCAATATATTAATATATATAATTAAAATTAAAATATTAATTATTCTAATTGAGAT
323 AATGGAATCAATAT-TTAA-AT-TACAA-T--AATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGAT
* * * **
767 GGTGAAATAATTGGCTTTTCACGGGTGCCCCTCACACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGT
1 GGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGTCCCTGGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGT
* * * *
832 GTTAAGGTTTGATAGAATTAATAGCTTCACTTATGAAACTAATATATTAATTTATCTAAATTGAA
66 GTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAA-TAATATATTAATTTATCTAAATTAAA
* * * * * * **
897 ATATTAATTATTCCAATTTG-GATGATGAGACCCTTAATATCAATAAATACTATAATTC-AA-GG
130 ATATTAATTA-TCCAA-TTGAGATGATTAGACCCTTAAAAT-ATTCATTATTCCAATTCAAACGG
* * ** * * ** * * *
959 TTA--AAC--ATTAATT-ATT-ACA--G-GG-G-T-ATTATTGTCTTATTACAAC--AT--TCAT
192 TGAGGACCGTAGAAATTGATTAATATTGAGGAGATAATAATTG-GATATT-C-ACGGGTGCCCCT
* * * ** * * * * *
1008 GAGACATTCTTTTAGCACAAACTTCAAAATAATAACCGCCTCTCCACGGGTGCCCCTGGGATACC
254 AAGGCA-CCCATTAGC-CAAA---C---AT--TTA--G--T-T-TA---AT-----TGTGATA-A
* ** * * * * *
1073 CATTAGC-CAAACCGTTTATT-TAATTATGA-TAAGATTTTGTAGAATTAATAACTTT-ATTTA-
294 GATTAGCTGGAA---TTAATTATAACT-TCACT-A-A---TG--GAATCAAT-A-TTTAAATTAC
*** * * * *
1133 TGGAATTAATATATTAATGT-TTCTAAATTAAAAT
346 AATAATTAAAATATCAAT-TATTCTAAA-TGAGAT
** * * * * * * *** ** * ** *
1167 --ACTAATTATT-CCACTTGA-GATGATTAGACCCTTATAATATTCATTATTCCAATTTAG-ATG
1 GGTGTAATAATTGGCTCTTCACG--G-GT-GTCCC---TGGCACCCATTA-GCCAAACT-GTTTG
* * * * * * ** *
1227 GTGAGGACCGTAGAAATTGATTGATATT-GTGGATAATAATTGGATTTTCACGGGTGCCCCTGAG
57 TTTA--ACTGT-G---TT-A-AGAT-TTGGTAGA-ATTAA-T--AACTTCAC---T-----T-AT
* * *** ** * *** ** *
1291 GCACCCATTAGCCAGAAATTTAGT-TTAATTGTGATA--AGATTAGCTGAAATT-A-ATTA-TA-
100 G-A--AATAATATATTAATTTA-TCTAAATTAAAATATTA-ATTA--TCCAATTGAGATGATTAG
* * ** * ** *** **
1349 ACTTCACTTATGAA-ATTAATATATT--AATTC---CTATAATTAAAATATCAATT-ATTCTAA-
158 AC--C-CTTA-AAATATTCAT-TATTCCAATTCAAACGGTGAGGACCGTAGAAATTGA-T-TAAT
* * * *
1406 A-TGA-GATTGTGTAATAATTGGCTATTCACGGGTGTCCCTGA-GCACCCATTAGCCAAAC-TGT
216 ATTGAGGA--G-ATAATAATTGGATATTCACGGGTGCCCCTAAGGCACCCATTAGCCAAACAT-T
* * * * * * * * * *
1467 TTGTTTAACTCTGTTAAGATTTGGTAGAATT-A--ATAACTTCACTTATGAAATTAATATATTAA
277 TAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCACTAATGGAATCAATAT-TTAA
* * *
1529 TTTATCTAAATTAAAATATTAATTATATTAATTATTCTAAATGAGAT
341 ATTA-C--AA-T---A-ATTAA-AATATCAATTATTCTAAATGAGAT
* * * *
1576 GGCGTAATAATTGGCTATTCACGGGTGTCCGTGGGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTC
1 GGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGTCCCT-GGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTG
1641 TGTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAA
65 TGTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAA-TAATATATTAATTTATCTAAATTAA
* * *
1706 AATATTAATTTTCACAATTGAGATGATTAGACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAGATGGT
129 AATATTAATTATC-CAATTGAGATGATTAGACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAAACGGT
* * * * * *
1771 GATGACCGTAGAAATTGATTGATATTGA-G-GATAATAATTTGATTTTCACGGATGCCCCTGAGG
193 GAGGACCGTAGAAATTGATTAATATTGAGGAGATAATAATTGGATATTCACGGGTGCCCCTAAGG
1834 CACCCATTAGCCAAACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCACT
258 CACCCATTAGCCAAACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCACT
** * * *
1899 TCTGGGATCAATATTTTAATTCCAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGAT
323 AATGGAATCAATATTTAAATTACAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGAT
* * *
1955 GGTGTAATAATTGGCTCTTCATGGGTGTCCCTGGTACCCATTAGCCAAATTGTTTGTTTAACTGT
1 GGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGTCCCTGGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGT
2020 GTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAA
66 GTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAA-TAATATATTAATTTATCTAAATTAAA
* * *
2085 A-ATTAATTATCCCATTGAGATGATTAGACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAGATGGTGA
130 ATATTAATTATCCAATTGAGATGATTAGACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAAACGGTGA
* * * * * *
2149 GGACCGTATAAATTGATTGATATTGA-G-GATAATAATTGGATTTTAACGGGTACCCCTGAGGCA
195 GGACCGTAGAAATTGATTAATATTGAGGAGATAATAATTGGATATTCACGGGTGCCCCTAAGGCA
* * * *
2212 CCCATTAGCCAAACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGTAATTCATTATAATTTCACTTA
260 CCCATTAGCCAAACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCACTAA
* *
2277 TGG-ATACAATATTTTAATTCCAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGAT
325 TGGAAT-CAATATTTAAATTACAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGAT
*
2331 GGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGTCCCTGTCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAA
1 GGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGTCCCTGGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAA
2392 TTTATCTAAA
Statistics
Matches: 1563, Mismatches: 277, Indels: 343
0.72 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
371 5 0.00
372 6 0.00
373 14 0.01
374 9 0.01
375 4 0.00
376 279 0.18
377 82 0.05
378 134 0.09
379 52 0.03
380 12 0.01
381 9 0.01
382 180 0.12
383 233 0.15
384 34 0.02
385 39 0.02
386 47 0.03
387 8 0.01
388 18 0.01
389 26 0.02
391 2 0.00
394 6 0.00
396 10 0.01
397 14 0.01
398 20 0.01
399 32 0.02
400 24 0.02
402 2 0.00
403 13 0.01
404 13 0.01
405 11 0.01
406 19 0.01
407 13 0.01
408 2 0.00
409 15 0.01
410 19 0.01
411 13 0.01
412 15 0.01
413 7 0.00
414 1 0.00
416 6 0.00
419 1 0.00
420 1 0.00
421 1 0.00
422 1 0.00
423 4 0.00
424 8 0.01
425 13 0.01
426 15 0.01
427 30 0.02
428 3 0.00
429 2 0.00
430 3 0.00
431 1 0.00
433 3 0.00
434 5 0.00
435 12 0.01
436 8 0.01
437 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (378 bp):
GGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGTCCCTGGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGT
GTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAATAATATATTAATTTATCTAAATTAAAA
TATTAATTATCCAATTGAGATGATTAGACCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAAACGGTGAG
GACCGTAGAAATTGATTAATATTGAGGAGATAATAATTGGATATTCACGGGTGCCCCTAAGGCAC
CCATTAGCCAAACATTTAGTTTAATTGTGATAAGATTAGCTGGAATTAATTATAACTTCACTAAT
GGAATCAATATTTAAATTACAATAATTAAAATATCAATTATTCTAAATGAGAT
Found at i:1594 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 1390--1715 Score: 607
Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
1380 TATAATTAAA
* *
1390 ATATCAATTATTCTAAATGAGATTGTGTAATAATTGGCTATTCACGGGTGTCCCTGAGCACCCAT
1 ATATCAATTATTCTAAATGAGATGGCGTAATAATTGGCTATTCACGGGTGTCCCTGAGCACCCAT
1455 TAGCCAAACTGTTTGTTTAACTCTGTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTA
66 TAGCCAAACTGTTTGTTTAACTCTGTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTA
1520 ATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATT
131 ATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATT
* * *
1553 ATATTAATTATTCTAAATGAGATGGCGTAATAATTGGCTATTCACGGGTGTCCGTGGGCACCCAT
1 ATATCAATTATTCTAAATGAGATGGCGTAATAATTGGCTATTCACGGGTGTCCCTGAGCACCCAT
1618 TAGCCAAACTGTTTGTTTAACTCTGTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTA
66 TAGCCAAACTGTTTGTTTAACTCTGTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTA
1683 ATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATT
131 ATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATT
1716 TTCACAATTG
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 5, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
163 158 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (163 bp):
ATATCAATTATTCTAAATGAGATGGCGTAATAATTGGCTATTCACGGGTGTCCCTGAGCACCCAT
TAGCCAAACTGTTTGTTTAACTCTGTTAAGATTTGGTAGAATTAATAACTTCACTTATGAAATTA
ATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATT
Found at i:2074 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2050--2092 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
2040 ATAACTTCAC
*
2050 TTAT-GAAATTAATATATTAAT
1 TTATCGAAATTAA-AAATTAAT
*
2071 TTATCTAAATTAAAAATTAAT
1 TTATCGAAATTAAAAATTAAT
2092 T
1 T
2093 ATCCCATTGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.63
22 7 0.37
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
TTATCGAAATTAAAAATTAAT
Found at i:2882 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2858--2901 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
2848 TAATTATAAC
2858 TTCACTTATCAAATCAATATA
1 TTCACTTATCAAATCAATATA
* *
2879 TTCACTTATGAAATTAATATA
1 TTCACTTATCAAATCAATATA
2900 TT
1 TT
2902 AATTTATCTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
TTCACTTATCAAATCAATATA
Found at i:2908 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2861--2909 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
2851 TTATAACTTC
*
2861 ACTTATCAAATCAATATATTC
1 ACTTATCAAATCAATATATTA
* *
2882 ACTTATGAAATTAATATATTA
1 ACTTATCAAATCAATATATTA
*
2903 ATTTATC
1 ACTTATC
2910 TAAAAAAAGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 5, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
ACTTATCAAATCAATATATTA
Found at i:3533 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3500--3543 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
3490 ATAACTTCAC
*
3500 TTATGAAATTAATATATTAAT
1 TTATGAAATTAAAATATTAAT
3521 TTATGTAAATTAAAATATTAAT
1 TTATG-AAATTAAAATATTAAT
3543 T
1 T
3544 ATTCCAATTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.24
22 16 0.76
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (21 bp):
TTATGAAATTAAAATATTAAT
Found at i:3790 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3753--3811 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 22
3743 GGTTTGGTAG
*
3753 AATTAATA-ACTTCATTTAT-AA
1 AATTAATATA-TTAATTTATCAA
*
3774 AATTAATATATTAATTTATCTA
1 AATTAATATATTAATTTATCAA
*
3796 AATTAAAATATTAATT
1 AATTAATATATTAATT
3812 ATTCCTATTG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 3
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.48
22 17 0.52
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (22 bp):
AATTAATATATTAATTTATCAA
Found at i:4393 original size:643 final size:641
Alignment explanation
Indices: 2880--4432 Score: 2071
Period size: 643 Copynumber: 2.5 Consensus size: 641
2870 ATCAATATAT
* *
2880 TCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAA-AAAAGATATCAATTATTCC-ATT--G---A
1 TCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAA-ATATTAATTATTCCAATTGAGATCA
* *
2938 --AAA-C-TTAAAATAAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTATAGGGG---TA
65 TGAAACCATTAAAATAAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATAATTACAGGGGTATTA
* * *
2996 --A---TATT--GAC---TA--A-A-ATACTTTTAGCACAAACTTCAAAATAATAATCGGCTCTT
130 TTATCTTATTACAACATTTAGGAGACATACTTTTAGCACAAACTTCAAAATAATAACCGGCTCTC
* * * *
3047 CACGGGTGCCCATGGGGTATCCATTAGCCAAACCGTTTGTTTAATTTTCATAAAT-ATTGGTAGA
195 CACGGGTGCCC-TGGGGTA-CCATTAACCAAACCGTTTGTTTAATTGTAAT-AATGTTTGGTAGA
*
3111 AATAATAACTTCATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATATTAATTACTATAA
257 ATTAATAACTTCATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATATTAATTACTATAA
*
3176 TTGACATGACGAGACTCTTAAAATATTCATTATTCCAATTAAGAGGGTGAGGACCATAGAAATTG
322 TTGACATAACGAGACTCTTAAAATATTCATTATTCCAATTAAGAGGGTGAGGACCATAGAAATTG
* *
3241 ATTGTTATTGGGATAATAATTGGCTCTTCACGGGTGACCCTGGGCACCCATTAGCAAAACAGTTT
387 ATTGTAATAGGGATAATAATTGGCTCTTCACGGGTGACCCTGGGCACCCATTAGCAAAACAGTTT
*
3306 TTTAATTGTGATAAGGTTTGTTGGAATTAATTTAAACTTCACTTATGGAATCAATATATTAATTT
452 TTTAATTGTGATAAGGTTTGGTGGAATTAATTTAAACTTCACTTATGGAATCAATATATTAATTT
*
3371 ATCTAATAAAAATATGAAGTATTCCAATTGAGATGGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGCCCC
517 ATCTAATAAAAATATGAAGTATTCCAATTGAGATGGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGCCAC
*
3436 TGACACCCATTAACCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGGTTTGATAGAATTAATAACT
582 TGACACCCATTAACCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGGTTTGATAGAATTAATAACC
*
3496 TCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATGTAAATTAAAATATTAATTATTCCAATTGAGATCAT
1 TCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTATTCCAATTGAGATCAT
* * *
3561 GAGACCCTTAAAATAAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATAATTACAGGGGTATTGT
66 GAAACCATTAAAATAAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATAATTACAGGGGTATTAT
* * *
3626 TGTCTTATTACAACATTTAGGAGACATACTTTTAGCA-AGAACTTCAAAGTAATAACCAGCTCTC
131 TATCTTATTACAACATTTAGGAGACATACTTTTAGCACA-AACTTCAAAATAATAACCGGCTCTC
* * * * * * *
3690 CATGGGTGCCTGTGGGGTACCCATTATCCAAATCGTTTATTTAATTGTGATAAGGTTTGGTAGAA
195 CACGGGTGCC-CTGGGGTA-CCATTAACCAAACCGTTTGTTTAATTGTAATAATGTTTGGTAGAA
** * * *
3755 TTAATAACTTCATTTATAAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTATTCCT-A
258 TTAATAACTTCATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATATTAATTACT-ATAA
* ** * * * *
3819 TTGAGATAATTAGA-TCCTTAAAATATTCATTATTCCAATTCAGATGGTGAGGGCCGTAGAAATT
322 TTGACATAACGAGACT-CTTAAAATATTCATTATTCCAATTAAGAGGGTGAGGACCATAGAAATT
* * *
3883 GATTGATAATAGGGATAATTATTGGCTCTTCACGGGTGCCCCTAGGGCACCCATTAGCCAAACAG
386 GATTG-TAATAGGGATAATAATTGGCTCTTCACGGGTGACCCT-GGGCACCCATTAGCAAAACAG
* *
3948 TTTGTTTAATTGTGATAAGGTTTGGTGGAATTAA-TTATAACTTCACTTATGTAATCAATCTATT
449 TTT-TTTAATTGTGATAAGGTTTGGTGGAATTAATTTA-AACTTCACTTATGGAATCAATATATT
* * * * * *
4012 AATTTATCTAATTAAAATATTAATTATTCCAATTGAGATTGTGTAATAATTTGCTTTTCACGGGT
512 AATTTATCTAATAAAAATATGAAGTATTCCAATTGAGATGGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGT
* * *
4077 GCCACTGTGCACCCATTAGCCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGGTTTGGTAGAATTAATAAC
577 GCCACTG-ACACCCATTAACCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGGTTTGATAGAATTAATAAC
4142 C
641 C
* *
4143 TCACTTATGAAATTAATATATTACTTTATCTAAATTAAAATATTAATTATTCCAATTGAGATGAT
1 TCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTATTCCAATTGAGATCAT
* * * * *
4208 GAAACCATTCAAATCAATAAATA-T-TAATTTAAGGCTAAATAATAATTATTACAGGGGTATTAT
66 GAAACCATTAAAATAAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATAATTACAGGGGTATTAT
*
4271 TATCTTATTACAACATTTAGGAG-CATACTCTTAGCACAAACTTCAAAATAATAACCGGCTCTCC
131 TATCTTATTACAACATTTAGGAGACATACTTTTAGCACAAACTTCAAAATAATAACCGGCTCTCC
* * * *
4335 ACGGGTGCCCCGGGATACGAATTAACCAAACCGTATGTTTAATTGTAATAATGTTTGGTAGAATT
196 ACGGGTGCCCTGGGGTAC-CATTAACCAAACCGTTTGTTTAATTGTAATAATGTTTGGTAGAATT
* *
4400 AATAACTTCTTTTATGGAACTAATATATTAATT
260 AATAACTTCATTTATGGAATTAATATATTAATT
4433 ATTCCAATTA
Statistics
Matches: 811, Mismatches: 86, Indels: 53
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
616 46 0.06
617 6 0.01
619 1 0.00
622 1 0.00
624 2 0.00
625 1 0.00
626 50 0.06
629 1 0.00
634 4 0.00
636 2 0.00
639 2 0.00
641 1 0.00
642 6 0.01
643 272 0.34
644 78 0.10
645 84 0.10
646 119 0.15
647 135 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (641 bp):
TCACTTATGAAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAAAATATTAATTATTCCAATTGAGATCAT
GAAACCATTAAAATAAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATAATTACAGGGGTATTAT
TATCTTATTACAACATTTAGGAGACATACTTTTAGCACAAACTTCAAAATAATAACCGGCTCTCC
ACGGGTGCCCTGGGGTACCATTAACCAAACCGTTTGTTTAATTGTAATAATGTTTGGTAGAATTA
ATAACTTCATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATATTAATTACTATAATTGA
CATAACGAGACTCTTAAAATATTCATTATTCCAATTAAGAGGGTGAGGACCATAGAAATTGATTG
TAATAGGGATAATAATTGGCTCTTCACGGGTGACCCTGGGCACCCATTAGCAAAACAGTTTTTTA
ATTGTGATAAGGTTTGGTGGAATTAATTTAAACTTCACTTATGGAATCAATATATTAATTTATCT
AATAAAAATATGAAGTATTCCAATTGAGATGGTGTAATAATTGGCTCTTCACGGGTGCCACTGAC
ACCCATTAACCAAACTGTTTGTTTAACTGTGTTAAGGTTTGATAGAATTAATAACC
Found at i:4612 original size:232 final size:230
Alignment explanation
Indices: 4218--4661 Score: 599
Period size: 232 Copynumber: 1.9 Consensus size: 230
4208 GAAACCATTC
*
4218 AAATCAATAAATATTAATTTAAGGCTAAATAATAATTATTACAGGGGTATTATTATCTTATTACA
1 AAATCAATAAATATTAATTCAAGGCTAAATAATAATTATTACAGGGGTATTATTATC-T-TTACA
**
4283 ACATTTAGGAGCATACTCTTAGCACAAACTTCAAAATAATAACCGGCTCTCCACGGGTGCCCCGG
64 ACAACTAGGAGCATACTCTTAGCACAAACTTCAAAATAATAACCGGCTCTCCACGGGTGCCCCGG
* * *
4348 GATACGAATTAACCAAACCGTATGTTTAATTGTAATAATGTTTGGTAGAATTAATAACTTCTTTT
129 GATACGAATTAACCAAACCGTATGTTTAATTGTAATAAAGTTTGGTAGAAATAATAACTTCATTT
4413 ATGGAACTAATATATTAATTATTCCAATTAAGACTTA
194 ATGGAACTAATATATTAATTATTCCAATTAAGACTTA
* *
4450 AAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAA-AATAATTATTATAGGGGTATTATTGTC-TTACA
1 AAATCAATAAATA-T-TAATTCAAGGCTAAATAATAATTATTACAGGGGTATTATTATCTTTACA
* * ** * *
4513 ATAACTAGGAGACATACTTTTAGGTCAAACTTCAAAATAATAATCGGCTCTTCACGGGTGCCCAT
64 ACAACTAGGAG-CATACTCTTAGCACAAACTTCAAAATAATAACCGGCTCTCCACGGGTGCCC--
* * * * * *
4578 TGGG-TATC-CATTAGCCAAACCGTTTGTTTAATTGTGATAAAGTTTGGTGGAAATAATAACTTC
126 CGGGATA-CGAATTAACCAAACCGTATGTTTAATTGTAATAAAGTTTGGTAGAAATAATAACTTC
*
4641 ATTTATGGAATTAATATATTA
190 ATTTATGGAACTAATATATTA
4662 GTTTATCTAA
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 21, Indels: 12
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
230 13 0.07
231 46 0.25
232 82 0.44
233 30 0.16
234 14 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (230 bp):
AAATCAATAAATATTAATTCAAGGCTAAATAATAATTATTACAGGGGTATTATTATCTTTACAAC
AACTAGGAGCATACTCTTAGCACAAACTTCAAAATAATAACCGGCTCTCCACGGGTGCCCCGGGA
TACGAATTAACCAAACCGTATGTTTAATTGTAATAAAGTTTGGTAGAAATAATAACTTCATTTAT
GGAACTAATATATTAATTATTCCAATTAAGACTTA
Found at i:5315 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5277--5336 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 2.8 Consensus size: 22
5267 AGGTTTGGTA
*
5277 GAATTAAT-TACTTCATTTAT-G
1 GAATTAATATA-TTAATTTATCG
*
5298 GAATTAATATATTAATTTATCT
1 GAATTAATATATTAATTTATCG
* *
5320 AAATTAATATACTAATT
1 GAATTAATATATTAATT
5337 ATTCCAATTG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 3
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.48
22 17 0.52
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (22 bp):
GAATTAATATATTAATTTATCG
Found at i:5541 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5517--5556 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
5507 ATAACTTCAT
* *
5517 TTATGGAATCAATATATTATC
1 TTATGAAATCAATAAATTATC
*
5538 TTATGAAATTAATAAATTA
1 TTATGAAATCAATAAATTA
5557 ATTAATATAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
TTATGAAATCAATAAATTATC
Found at i:5797 original size:499 final size:507
Alignment explanation
Indices: 5092--6040 Score: 1348
Period size: 499 Copynumber: 1.9 Consensus size: 507
5082 TGATGAGACC
* * * *
5092 CTTAAAATCAATAAATATTTTAATTTAAGGTTAAACAATTATTATTACAGGGGTATTATTGTCTT
1 CTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACAGGGGTATTATTGTC-T
*
5157 ATTACAACAATTAGGAGATATACTCTTAGCGCAAACTTCAAAATAATAACCGACTCTCCACGGGT
65 -TTACAACAATTAGGAGACATACTCTTAGCGCAAACTTCAAAATAATAACCGACTCTCCACGGGT
* * * * * *
5222 GCCCCAAGGATACCCATTAGCAAAACTGTTTGTTTAATTGTGATAAGGTTTGGTAGAATTAATTA
129 GCCCCAAGGATACCCATAAGCAAAACCGTTAGTTTAATTGTGATAAAGTTTGGTAGAAATAATAA
* * *
5287 CTTCATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATTAATATACTAATTATTCCAATTGAGATG
194 CTTCATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATACTAATTACTCCAATTGAGATG
* * ** * *
5352 ATTAGACCCTT-AA-T-ATATTCATTATTTGAATTCAGATGGTGAGGATCGTAGAAATTGATTGA
259 ATGAGACCCTTAAATTAATATTCATAATTCCAATTCAGATGGTGAGGACCAT-GAAATTGATTGA
* * * *
5414 TTTTGGGGATAATAATT-GCTCTTCACGGGTGCCCCTGGGGCACCCATTAG-CAAATAGTTTGTT
323 TATTGGGGATAATAATTAGCTCTTCACGGGTGACCCT-GGACACCCATTAGCCAAACAGTTTGTT
* * *
5477 TAATTGCGAT-A-AGA-TTTGGTTGAATTAATTATAACTTCATTTATGGAATCAATATATTATCT
387 TAATTGCGATAATAAAGTTTGGTCGAATTAATTATAACTTCACTTATGGAATCAATATATTATCT
5539 TATGAAATTAATAAATTAATTAATATAGATTAAAATATTAATTATTCCAATTGAGA
452 TATGAAATTAATAAATTAATTAATATAGATTAAAATATTAATTATTCCAATTGAGA
*
5595 CTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATT-TTATAGGGGTATTATTGTC-T
1 CTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACAGGGGTATTATTGTCTT
* * * * * *
5658 TACAATAATTAGGAGACATACTTTTAG-GACAAATTTCAAAATAATAATCGGCTCTTCACGGGTG
66 TACAACAATTAGGAGACATACTCTTAGCG-CAAACTTCAAAATAATAACCGACTCTCCACGGGTG
* * * *
5722 -CCTATGGGGTATCCATAAGTC-AAACCGTTAGTTTAATTGTGATAAAGTTTGGTAGAAATAATA
130 CCCCA-AGGATACCCATAAG-CAAAACCGTTAGTTTAATTGTGATAAAGTTTGGTAGAAATAATA
*
5785 ACTTCATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATATTAATTACTCCAATTGAGAT
193 ACTTCATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATACTAATTACTCCAATTGAGAT
5850 GATGAGACCCTTAAAATTAAATATTCATAATTCCAATTCAGATGGTGAGGACCATGAAATTGATT
258 GATGAGACCCTT-AAATT-AATATTCATAATTCCAATTCAGATGGTGAGGACCATGAAATTGATT
5915 GATATTGGGGATAATAATTAGCTCTTCACGGGTGACCCTGGACACCCATTAGCCAAACAGTTTGT
321 GATATTGGGGATAATAATTAGCTCTTCACGGGTGACCCTGGACACCCATTAGCCAAACAGTTTGT
* *
5980 TTAATTGTGATAATTAAAGTTTGGTCGAATTAATTATAACTTCGCTTATGGAATCAATATA
386 TTAATTGCGATAA-TAAAGTTTGGTCGAATTAATTATAACTTCACTTATGGAATCAATATA
6041 CTAATTTATC
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 41, Indels: 23
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
498 4 0.01
499 175 0.45
500 1 0.00
501 2 0.01
502 19 0.05
503 79 0.20
504 69 0.18
505 1 0.00
507 2 0.01
508 39 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (507 bp):
CTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACAGGGGTATTATTGTCTT
TACAACAATTAGGAGACATACTCTTAGCGCAAACTTCAAAATAATAACCGACTCTCCACGGGTGC
CCCAAGGATACCCATAAGCAAAACCGTTAGTTTAATTGTGATAAAGTTTGGTAGAAATAATAACT
TCATTTATGGAATTAATATATTAATTTATCTAAATAAAAATACTAATTACTCCAATTGAGATGAT
GAGACCCTTAAATTAATATTCATAATTCCAATTCAGATGGTGAGGACCATGAAATTGATTGATAT
TGGGGATAATAATTAGCTCTTCACGGGTGACCCTGGACACCCATTAGCCAAACAGTTTGTTTAAT
TGCGATAATAAAGTTTGGTCGAATTAATTATAACTTCACTTATGGAATCAATATATTATCTTATG
AAATTAATAAATTAATTAATATAGATTAAAATATTAATTATTCCAATTGAGA
Done.