Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015831.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15864, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 947--1395 Score: 589
Period size: 247 Copynumber: 1.8 Consensus size: 245
937 CGAAATATTT
* * *
947 AGAAAAAATATATAATTTAATGCCAAAAATATTAACGGGCTTTTCACCCTTCTAATATCGTTTTT
1 AGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTAACGGGCTTTTCACCCTTCTAATATCGTTTTT
1012 CCATTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAGCAAGATCGAGATGCTAATAAAAACAAAT
66 CCATTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAGCAAGATCGAGATGCTAATAAAAACAAAT
* * * ** * * * * * *
1077 CCTTATATTCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATGATTATAGATATTTCTAGGAGTTTTTGTGCC
131 CCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTAATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTGTTTCTGCC
1142 AAAAATCCTGCAAAATTGAGCCGGCGTTCCGGTTTTTTGCCAAAATACTC
196 AAAAATCCTGCAAAATTGAGCCGGCGTTCCGGTTTTTTGCCAAAATACTC
* **
1192 AGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAA-GGGTTTTTCACGGTTCTAATATCGTTTT
1 AGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATT-AACGGGCTTTTCACCCTTCTAATATCGTTTT
* * * * * * * *
1256 TCCTTTTTTTTTCTCGAATTTATTTCTAATTAATTCGAAA-CAATATTC-AGATGCTCATAAAAA
65 TCC-ATTTGTTTC-AGAATTAATTTCTAATAAAATC-AAAGCAAGA-TCGAGATGCTAATAAAAA
* *
1319 CAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTGTTT
126 CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTAATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTGTTT
1384 CTGCCAAAAATC
191 CTGCCAAAAATC
1396 ATTTAAAACT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 27, Indels: 8
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
245 58 0.34
246 9 0.05
247 100 0.58
248 5 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (245 bp):
AGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTAACGGGCTTTTCACCCTTCTAATATCGTTTTT
CCATTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAGCAAGATCGAGATGCTAATAAAAACAAAT
CCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTAATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTGTTTCTGCC
AAAAATCCTGCAAAATTGAGCCGGCGTTCCGGTTTTTTGCCAAAATACTC
Found at i:1691 original size:568 final size:561
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Indices: 613--1730 Score: 1656
Period size: 568 Copynumber: 2.0 Consensus size: 561
603 TTTTCCTCAA
* * * *
613 TTTTTAGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAATGCCAAAAATATTGAAGGGTTTTTCAC
1 TTTTTAGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
* * *
678 GTATGTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAATAATGAT
66 GTATCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTCTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAATGAT
* * ** * * *
743 TGAGATGCTCCTAAAAACAAATTCTTAAATTTATTGTGGCTAAGATTTTATGAGATGAATATAGA
131 TCAGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTAATGAGATAAATATAGA
* *
808 TATTTCGAATCTTTCTGCCAAAAATCATTTAAAACTGAGCCAGAATCCGAAACGCGTTTTTAGCT
196 TATTTCGAATCTTTCTGCCAAAAATCATTTAAAACTGAGCCAGAATCCGAAACCCGTTTTTAGCC
* * *
873 AAGAATCGTAACGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACATGAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTAC
261 AAAAATCGTAACGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGAAATGAAATTTTTTTTCTAAATTTTTTAC
* * * *
938 GAAATATTTAGAAAAAATATATAATTTAATGCCAAAAATATTAACGGGCTTTTCACCCTTCTAAT
326 AAAATATTTAGAAAAAATATATAATTGAATGCCAAAAAGATTAACAGGCTTTTCACCCTTCTAAT
* *
1003 ATCGTTTTTCCATTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAGCAAGATCGAGATGCTAATA
391 ATCGTTTTTCCAATTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATCGAGATGCTAATA
* * *
1068 AAAACAAATCCTTATATTCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATGATTATAGATATTTCTAGGAGT
456 AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGATTATAGATATTTCAAGGAGT
*
1133 TTTTGTGCCAAAAATCCTGCAAAATTGAGCCGGCGTTCCGG
521 TGTTGTGCCAAAAATCCTGCAAAATTGAGCCGGCGTTCCGG
*
1174 TTTTTTGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
1 TTTTTAGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
*
1239 GGT-TCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTCTC-GAATTTATTTCTAATTAATTCGAAACAAT-A
66 -GTATCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTCTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAATGA
* *
1301 TTCAGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAATTAGATAAATATAG
130 TTCAGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTAATGAGATAAATATAG
* * * * *
1366 ATATTTCAAGGAGTGTTTCTGCCAAAAATCATTTAAAACTGAGCCGGGATCTGAAACCCGTTTTT
195 ATATTTC---GAATCTTTCTGCCAAAAATCATTTAAAACTGAGCCAGAATCCGAAACCCGTTTTT
*
1431 AGCCAAAAATCGTGATGGTTA-GTAGACGATTTCGGCTAAAAACTGAAATGAAAATATTTTTTTT
257 AGCCAAAAATCGT-A-----ACGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGAAATG--AA-ATTTTTTTT
* *
1495 CTAAATTTTTTATAAAATATTTAG-AAAAATATATAATTGAATGCCAAAAAGATTGACAGGCTTT
313 CTAAATTTTTTACAAAATATTTAGAAAAAATATATAATTGAATGCCAAAAAGATTAACAGGCTTT
* * *
1559 TCGCGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTGTTTCAGAATTAATTT-TAATTAAATCAAAACAAGAT
378 TCACCCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGAT
*
1623 CGAGATGCTCATAAAAA-AATATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGATTATAG
443 CGAGATGCTAATAAAAACAA-ATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGATTATAG
1687 ATATTTCAAGGAGTTGTTGTGCCAAAAATCCTGCAAAATTGAGC
507 ATATTTCAAGGAGTTGTTGTGCCAAAAATCCTGCAAAATTGAGC
1731 AGGCACTCCG
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 45, Indels: 21
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
559 64 0.13
560 27 0.05
561 87 0.17
562 62 0.12
563 1 0.00
567 29 0.06
568 119 0.24
569 79 0.16
570 30 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (561 bp):
TTTTTAGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
GTATCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTCTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAATGAT
TCAGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTAATGAGATAAATATAGA
TATTTCGAATCTTTCTGCCAAAAATCATTTAAAACTGAGCCAGAATCCGAAACCCGTTTTTAGCC
AAAAATCGTAACGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGAAATGAAATTTTTTTTCTAAATTTTTTAC
AAAATATTTAGAAAAAATATATAATTGAATGCCAAAAAGATTAACAGGCTTTTCACCCTTCTAAT
ATCGTTTTTCCAATTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATCGAGATGCTAATA
AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGATTATAGATATTTCAAGGAGT
TGTTGTGCCAAAAATCCTGCAAAATTGAGCCGGCGTTCCGG
Found at i:1930 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1174--4961 Score: 2978
Period size: 331 Copynumber: 11.5 Consensus size: 331
1164 GGCGTTCCGG
*
1174 TTTTTTGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
1 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
* * * * * * *
1239 GGTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTCTCGAATTTATTTCTAATTAATTCGAAACAATATTC
66 GCTTCTAATATCGTTTTTCC-TTTTGTTTC-AGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGA-TC
* * * * * * *
1304 -AGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAATTAGATAAATATAGAT
128 GAGATGCTCATAAAAA-AAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGAT
* * * ** ** * * * *
1368 ATTTCAAGGAGTGTTTCTGCCAAAAATCATTTAAAACTGAGCCGGGA-TCTGAAACCCGTTTTTA
192 ATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTA
* * **
1432 GCCAAAAATCGTGATGGTTAGTAGACGATTTCGGCTAAAA-ACTG---AAA-TGA----AAATAT
257 GCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-A-
* * *
1488 TTTTTTTCTAAA
320 GTTTTTCCTCAA
** * * * * * * * *
1500 TTTTTT-ATAAAATATTTAG-AAAAATATATAATTGAATGCCAAAAAGATTGACA-GGCTTTTCG
1 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGA-AGGGTTTTTCA
**
1562 CGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTGTTTCAGAATTAATTT-TAATTAAATCAAAACAAGATCGA
65 CGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATCGA
*
1626 GATGCTCATAAAAAAATATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGATTATAGATAT
130 GATGCTCATAAAAAAA-ATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATAT
* *
1691 TTCAAGGAGT-TGTTGTGCCAAAAATCCTGCAAAATTGAGCAGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAG
194 TTCAAGGAGTAT-TTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAG
*
1755 CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTT
258 CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTT
*
1820 TTTGCTCAA
323 TTTCCTCAA
* * *
1829 TTTTTTTCCAGGATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGCTTTTTCAC
1 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
*
1894 GCTTCTAATATCGTTTTTCGTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATCGAG
66 GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATCGAG
* * * *
1959 ATGCTCATAGAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACTTTTGGTTCGATGATTATAGATATTT
131 ATGCTCATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATATTT
** * *
2024 CAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATTATGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGTAACGCGTTTTTAGCTA
196 CAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCA
* *
2089 AAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTT
261 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTT
*
2154 TCTCAA
326 CCTCAA
2160 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
1 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
*
2225 GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATCGAG
66 GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATCGAG
* * * *
2290 ATGCTAATAGAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATGATTATAGATATTT
131 ATGCTCATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATATTT
*
2355 CAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCTA
196 CAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCA
*
2420 AAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTT
261 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTT
2485 CCTCAA
326 CCTCAA
2491 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
1 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
*
2556 GCTTCTAATATTGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATCGAG
66 GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATCGAG
* *
2621 ATGCTCATAAAAAAAATCCTTATATCGAATGTGGTTGACAATTGACATTTGCTTTGATGAATATA
131 ATGCTCATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTG--A-TT-C---GATGAATATA
*
2686 GATATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCTGGCACTCCGGAACGCGTTT
189 GATATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTT
* * * *
2751 ATAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTTGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
254 TTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
2816 AGTTTTTCCTCAA
319 AGTTTTTCCTCAA
2829 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
1 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
* * * *
2894 GCTTATAATATTGTTTATCCTTTTGTTTCAGAA-TAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATCGAG
66 GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATCGAG
* *
2958 ATGCTGATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACAATTGACATTTGGTTCGATGAATATA
131 ATGCTCATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGT-G--G----TTGACATTTGATTCGATGAATATA
*
3023 GATATTTGAAGGAGTATTTGTGCC-AAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTT
189 GATATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTT
* * *** * * * * *
3087 TTAACTAAAAACCGTGATGCAAAAATTGACCCGGA--ACGTG-T----TTTTGCCAGAA-T-ACT
254 TTAGCCAAAAACCGTGATG--GTTAGT-ACAC-GATTTCG-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC-
* ** * *
3143 CAGAAAA-AATAT-AT-AA
313 CCGAAAAGTTTTTCCTCAA
**** * * ** **** * * *** *****
3159 TTCAAAGCCA-AAAAATTTG--AAGGGGT-T--TTC-ACGCTTCTAATATCGTT-TTTCCTTTTT
1 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGC--C-AAAAAAATTGAAGGGTTTTT
**** * * * ** * * *
3216 TTTTCTCTCGAAT-T--TATTT-CTAATTAATTC-GAGA-CAATATTC-AGATGCT-CATAAAAA
63 CACGCT-TCTAATATCGTTTTTCCT-TTTGTTTCAGA-ATTAAT-TTCTA-AT--TAAATCAAAA
* * * *
3273 CAA-AT-----T-CT--T-------A-----A-ATCCAATGTGGCTGAGATTTAATTAGATGAAT
121 CAAGATCGAGATGCTCATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAAT
* * * * ** ** * * *
3316 ATAGATATTTCTAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATTTAAAACTGAGCCGGGA-TCCGAAACGCA
186 ATAGATATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCG
* * * * * * * *
3380 TTTTTAGCCAAAAATCGTGATGCTTAGAACCCGATTTCGTCT---A---T----AAACTAACCCA
251 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
** *
3435 AAAAAATTTT-CTCACTT
316 AAAAGTTTTTCCTCA--A
* * * * * * * *
3452 TTTTTTG-CAAAATATTCAGAAAACATATATAATTCAACGGCAAAAAGATTGACA-GGCTTTTCG
1 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGA-AGGGTTTTTCA
* * *
3515 CGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTT-TTTCCGAATTAATTTCTAATTAGATCGAAACAAGATTC
65 CGCTTCTAATATCGTTTTTCC-TTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGA-TC
* * * * *
3579 G-GATGCTCGTAAAAACAAATCTTTATATACAATGTGGCTGAGATTTCG-TTCGATGAATATAGA
128 GAGATGCTCATAAAAA-AAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTT-GATTCGATGAATATAGA
* ** * * *
3642 TATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTT-AGCCGGGAGTCCGGAACGCGTTTT
191 TATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGC-AAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCG--TT
* * *
3706 TTTTGTCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTTGTTGGCAAAAAAAAAAGCACACGATTTCG
253 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA---T-TT------------------CG-----G
* * * *
3771 ACTAAAATTTTCCAAAAAATGACACGAAAAGTATTTCCTCAA
291 -CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAA
* * * * ** * *
3813 TTTTTTGCCATAATTCTCAGAAAAAATATATAATTTAATGCCAAAATTATTGAATGGTTTTTCAG
1 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
* * * * * * * *
3878 GTTTCTAATACCGTTTGTCCTTTTTTTTCCGAATTTATTT-TCAATTAAATCGAAACAAAGATTG
66 GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCT-AATTAAATCAAAAC-AAGATCG
* * * * * * * * *
3942 ACATGCTCGTAAAAATAAATTCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATTTTG-TTAGATGAATATAGAT
129 AGATGCTCATAAAAA-AAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACA-TTTGATTCGATGAATATAGAT
* * * * ** ** ** * *
4006 AATTCAAGGAGTCTTTCTACCAAAAATAATTTAAAACTGAGCCAGG-A-TCCGAAACGCTTTTTT
192 ATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCC-GGCACTCCGGAACGCGTTTTT
* * * * *
4069 AGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC--------T--AAAAACTGACACAAAAAT
256 AGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAG
*
4124 TTTTTTCTCAA
321 TTTTTCCTCAA
* * * * * * *
4135 TTTTTTACGA-AATATTTAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGTTTTTCAT
1 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCA-
* * * * *
4199 C-CTTCTAATATCGTTTTTCCATTTGGTTCAAAATTAATTTCAAATCAAATCAAAACAAGATCGA
65 CGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATCGA
* * * *
4263 GATGCTAATGAAAACAAATCCTCATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAT
130 GATGCTCAT-AAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATAT
* * *
4328 TTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCCTGCAAAATTGAGCCGGCACTCTGGAACGCGTTTTTAGC
194 TTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGC
* * * * *
4393 TAAAAACCGTGATGGTTAGTGCATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAATTTT
259 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTT
4458 TTCCTCAA
324 TTCCTCAA
* * *
4466 TTTTATT-CCAGAATACTCAG-AAAAA-ATATAATTCAACGCCAAAAAAATGGATGGG-TTTTCA
1 TTTT-TTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCA
* * * * * *
4527 CGCTTCTAATATCGTTTTTTCCTTTTTTTCTCCGAATTTTATTTCTACTTAAATCGTAAACAATA
65 CGCTTCTAATATCG-TTTTTCCTTTTGTT-TCAGAA-TTAATTTCTAATTAAATC-AAAACAAGA
* * * * * * *
4592 TTC-AGATGCTCGTAAAAACAATTC-TATTTCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAG
126 -TCGAGATGCTCATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAG
* * * * ** * * * * *
4655 ATATTTCTAA-GAGTCTCTGCGACCAAAAATCATGACAAAACTAAGCCGACGGACCCCGAAACAT
190 ATATTTC-AAGGAGTATTTGTG-CCAAAAATCCTG-CAAATTTGAGCCG--GCACTCCGGAAC-G
* *** ** * * *
4719 TGTTTTCGTCAAAAAAAAAAAAACTATGATTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTTCAAAA
249 CGTTTT--T-----AGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* *
4784 AATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAA
307 ATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAA
* * * * * * *
4809 -TTTTTGACTAAAATACTCATAAAATATATATAATTTAACG-CAAAATAGATTGAAGGGTTTTTC
1 TTTTTTG-CCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAA-AAATTGAAGGGTTTTTC
* * * * * * * * *
4872 TCGCTTTTAATATCGTTTGTCATCTT-TTTCCGAAATTAATTTCTAAATAAATCGAATCAAGATT
64 ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAG-AATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGA-T
* * *
4936 C-TGATGTTCATAACAACAAATCCTTA
127 CGAGATGCTCATAA-AAAAAATCCTTA
4962 AATG
Statistics
Matches: 2821, Mismatches: 441, Indels: 382
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
288 2 0.00
289 6 0.00
290 6 0.00
291 1 0.00
292 5 0.00
293 12 0.00
294 4 0.00
295 3 0.00
296 78 0.03
297 28 0.01
298 11 0.00
299 17 0.01
300 11 0.00
301 1 0.00
302 1 0.00
303 9 0.00
304 2 0.00
305 2 0.00
307 1 0.00
309 1 0.00
315 1 0.00
316 1 0.00
318 2 0.00
319 7 0.00
320 90 0.03
321 312 0.11
322 109 0.04
323 24 0.01
324 94 0.03
325 28 0.01
326 19 0.01
327 7 0.00
328 3 0.00
329 39 0.01
330 54 0.02
331 824 0.29
332 88 0.03
333 34 0.01
334 13 0.00
335 9 0.00
336 60 0.02
337 93 0.03
338 249 0.09
339 2 0.00
340 4 0.00
341 4 0.00
342 21 0.01
343 98 0.03
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345 28 0.01
346 20 0.01
352 2 0.00
355 1 0.00
356 2 0.00
357 1 0.00
358 1 0.00
360 30 0.01
361 13 0.00
362 116 0.04
363 88 0.03
364 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATCGAG
ATGCTCATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATATTT
CAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCA
AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTT
CCTCAA
Found at i:2442 original size:662 final size:660
Alignment explanation
Indices: 1174--4922 Score: 3700
Period size: 662 Copynumber: 5.7 Consensus size: 660
1164 GGCGTTCCGG
* *
1174 TTTTTTGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
1 TTTTTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
* * *
1239 GGTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTCTCGAATTTATTTCTAATTAATTCGAAACAATATTC
66 GCTTCTAATATCGTTTTTCC-TTTTTTTTC-CGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* *
1304 AGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAATTAGATAAATATAGATA
129 AGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATA
* ** * *
1369 TTTCAAGGAGTGTTTCTGCCAAAAATCATTTAAAACTGAGCCGGGATCTGAAACCCGTTTTTAGC
194 TTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGATCCGAAACGCGTTTTTAGC
* ** *
1434 CAAAAATCGTGATGGTTAGTAGACGATTTCGGCTAAAAACTG--AAA-TGA----AAATATTTTT
259 CAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGAAAAACTGACCCGAAA-A-ATTT
* ** * * * *
1492 TTTCTAAATTTTTT-ATAAAATATTTAG-AAAAATATATAATTGAATGCCAAAAAGATTGACA-G
322 TTTCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGA-AGG
* * ** *
1554 GCTTTTCGCGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTGTTTCAGAATTAATTT-TAATTAAATCAAAAC
386 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAAC
* * *
1618 AAGATCGAGATGCTCATAAAAAAATATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGATT
451 AAGATCGAGATGCTAATAAAAAAA-ATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATGAAT
* *
1683 ATAGATATTTCAAGGAGT-TGTTGTGCCAAAAATCCTGCAAAATTGAGCAGGCACTCCGGAACGC
515 ATAGATATTTCAAGGAGTAT-TTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGC
*
1747 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
579 GTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
*
1812 GAAAAGTTTTTGCTCAA
644 GAAAAGTTTTTCCTCAA
* *
1829 TTTTTTTCCAGGATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGCTTTTTCAC
1 TTTTTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
* * * * *
1894 GCTTCTAATATCGTTTTTCGTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGA-TCGA
66 GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC-A
* * * * ** * * *
1958 GATGCTCATAGAAA-AAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACTTTTGGTTCGATGATTATAGATAT
130 GATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAT
* * * ** * *
2022 TTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATTATGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGTAACGCGTTTTTAGC
195 TTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGA-TCCGAAACGCGTTTTTAGC
* * * *
2087 TAAAAA-CTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTT
259 CAAAAATC-GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTG-AAAAACTGACCCGAAAAATT
* *
2151 TTTTCTCAATTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGG
321 TTTTCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGG
2216 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAAC
386 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAAC
* *
2281 AAGATCGAGATGCTAATAGAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATGATTA
451 AAGATCGAGATGCTAATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATGAATA
2346 TAGATATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGT
516 TAGATATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGT
* *
2411 TTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
581 TTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
2476 AAAGTTTTTCCTCAA
646 AAAGTTTTTCCTCAA
*
2491 TTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
1 TTTTTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
* * * * *
2556 GCTTCTAATATTGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGA-TCGA
66 GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC-A
* * * * * *
2620 GATGCTCATAAAAA-AAATCCTTATATCGAATGTGGTTGACAATTGACATTTGCTTTGATGAATA
130 GATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGT-G--G-C---TGAGATTTGATTAGATGAATA
* * * ** * * *
2684 TAGATATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCTGGCACTCCGGAACGCGT
188 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGA-TCCGAAACGCGT
* * * * * *
2749 TTATAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTTGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
252 TTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTG-AAAAACTGACCCGA
* * * *
2814 AAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAAT
315 AAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGAT
* * *
2879 TGAAGGGTTTTTCACGCTTATAATATTGTTTATCCTTTTGTTTCAGAA-TAATTTCTAATAAAAT
380 TGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAAT
*
2943 CAAAACAAGATCGAGATGCTGATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACAATTGACATTT
445 CAAAACAAGATCGAGATGCTAATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGT-G--G----TTGACATTT
*
3008 GGTTCGATGAATATAGATATTTGAAGGAGTATTTGTGCC-AAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCA
503 GGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCA
*
3072 CTCCGGAACGCGTTTTTAACT---AA-----A-----A--AC-CG---T-G------A---TGCA
568 CTCCGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCA
** *
3108 AAAATTGACCCGGAACGTGTTTTTGC-CAGA
633 AAAATTGACCC-GAA-AAGTTTTTCCTCA-A
* ** * *
3138 --ATACT-CAG-A-A---A-A---AATATATAATTCAAAGCCAAAAAATTTGAAGGGGTTTTCAC
1 TTTTTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
* * *
3191 GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTCTCTCGAATTTATTTCTAATTAATTCGAGACAATAT
66 GCTTCTAATATCGTTTTTCC--TTTTTTT-TC-CGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
*
3256 TCAGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATATAGA
127 TCAGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGA
* ** *
3321 TATTTCTAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATTTAAAACTGAGCCGGGATCCGAAACGCATTTTTA
192 TATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGATCCGAAACGCGTTTTTA
* * * * * **
3386 GCCAAAAATCGTGATGCTTAGAACCCGATTTCGTCT---A--T---AAACTAACCC-AAAAAAAT
257 GCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGAAAAACTGACCCGAAAAATTT
* * * * *
3442 TTTCTCACTTTTTTTTG-CAAAATATTCAGAAAACATATATAATTCAACGGCAAAAAGATTGACA
322 TTTCTCA--ATTTTTTGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGA-A
* * * * * *
3506 -GGCTTTTCGCGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTT-TTTCCGAATTAATTTCTAATTAGATCGA
384 GGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-TTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAA
** * * * * *
3569 AACAAGATTCG-GATGCTCGTAAAAACAAATCTTTATATACAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGAT
448 AACAAGA-TCGAGATGCTAATAAAAA-AAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGAT
* ** * * *
3633 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTT-AGCCGGGAGTCCGGA
511 GAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGC-AAATTTGAGCCGGCACTCCGGA
* *
3697 ACGCGTTTTTTTTG-TCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTTGTTGGCAAAAAAAAAAGCA
575 ACGCG--TTTTTAGCT-AAAAACC--G-T-G--A-T----G-----GTT------------AGTA
* * * *
3761 CACGATTTCGACTAAAATTTTCCAAAAAATGACACGAAAAGTATTTCCTCAA
609 CACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAA
* * * * * ** * *
3813 TTTTTTGCCATAATTCTCAGAAAAAATATATAATTTAATGCCAAAATTATTGAATGGTTTTTCAG
1 TTTTTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
* * * *
3878 GTTTCTAATACCGTTTGTCCTTTTTTTTCCGAATTTATTT-TCAATTAAATCGAAACAAAGATTG
66 GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTCCGAATTTATTTCT-AATTAAATCGAAAC-AAGATTC
* * * * *
3942 ACATGCTCGTAAAAATAAATTCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATTTTG-TTAGATGAATATAGAT
129 AGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA-TTTGATTAGATGAATATAGAT
* * * ** * *
4006 AATTCAAGGAGTCTTTCTACCAAAAATAATTTAAAACTGAGCCAGGATCCGAAACGCTTTTTTAG
193 ATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGATCCGAAACGCGTTTTTAG
*
4071 CCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC-------T-AAAAACTGACAC-AAAAATTTT
258 CCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGAAAAACTGACCCGAAAAA-TTT
* * * * * *
4127 TTTCTCAATTTTTT-ACGAAATATTTAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGG
322 TTTCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGG
* * * * *
4191 TTTTTCATC-CTTCTAATATCGTTTTTCCATTTGGTTCAAAATTAATTTCAAATCAAATCAAAAC
387 TTTTTCA-CGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAAC
* *
4255 AAGATCGAGATGCTAATGAAAACAAATCCTCATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATGAAT
451 AAGATCGAGATGCTAAT-AAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATGAAT
* * *
4320 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCCTGCAAAATTGAGCCGGCACTCTGGAACGCG
515 ATAGATATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCG
* * *
4385 TTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTGCATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
580 TTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG
* *
4450 GAAATTTTTTCCTCAA
645 AAAAGTTTTTCCTCAA
* * * *
4466 TTTTATTCCAGAATACTCAG-AAAAA-ATATAATTCAACGCCAAAAAAATGGATGGG-TTTTCAC
1 TTTTTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
* *
4528 GCTTCTAATATCGTTTTTTCCTTTTTTTCTCCGAATTTTATTTCTACTTAAATCGTAAACAATAT
66 GCTTCTAATATCG-TTTTTCCTTTTTTT-TCCGAA-TTTATTTCTAATTAAATCG-AAACAAGAT
* **
4593 TCAGATGCTCGTAAAAAC-AATTC-TATTTCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGA
127 TCAGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGA
* * * *
4656 TATTTCTAA-GAGTCTCTGC-GACCAAAAATCATGACAAAACTAAGCCGACGGACCCCGAAACAT
192 TATTTC-AAGGAGTCT-TTCTG-CCAAAAATCATG-CAAAACTGAGCCG--GGA-TCCGAAAC-G
* *** * * * * *
4719 TGTTTTCGTCAAAAAAAAAAAAACTATGATTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTTCAAAA
249 CGTTTT--T----AGCCAAAAATC-GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA--TTTGAAAA
* * * * * * *
4784 AATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTTGACTAAAATACTCATAAAATATATATAATTTAAC
305 ACTGACCCGAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTG-CCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAA
* * * * * *
4848 G-CAAAATAGATTGAAGGGTTTTTCTCGCTTTTAATATCGTTTGTCATCTT-TTTCCGAAATTAA
369 GCCAAAA-AGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAG-AATTAA
4911 TTTCTAAATAAA
432 TTTCT-AATAAA
4923 TCGAATCAAG
Statistics
Matches: 2584, Mismatches: 335, Indels: 329
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
617 41 0.02
618 27 0.01
619 7 0.00
620 5 0.00
621 12 0.00
622 79 0.03
623 50 0.02
624 20 0.01
626 1 0.00
629 1 0.00
632 43 0.02
633 59 0.02
634 1 0.00
635 58 0.02
636 1 0.00
637 7 0.00
638 3 0.00
639 42 0.02
640 18 0.01
642 1 0.00
643 1 0.00
644 3 0.00
645 16 0.01
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647 8 0.00
648 1 0.00
650 21 0.01
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652 110 0.04
653 196 0.08
654 16 0.01
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657 7 0.00
658 5 0.00
659 3 0.00
660 16 0.01
661 12 0.00
662 410 0.16
663 47 0.02
664 24 0.01
665 4 0.00
666 1 0.00
667 1 0.00
668 62 0.02
669 245 0.09
670 2 0.00
671 3 0.00
673 6 0.00
674 76 0.03
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677 14 0.01
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679 2 0.00
681 13 0.01
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683 219 0.08
684 169 0.07
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687 50 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (660 bp):
TTTTTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
ATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATT
TCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGATCCGAAACGCGTTTTTAGCCA
AAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTTC
TCAATTTTTTGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTGTTTCAGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGAT
CGAGATGCTAATAAAAAAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATGAATATAGAT
ATTTCAAGGAGTATTTGTGCCAAAAATCCTGCAAATTTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTA
GCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGT
TTTTCCTCAA
Found at i:4423 original size:321 final size:321
Alignment explanation
Indices: 3831--4430 Score: 720
Period size: 321 Copynumber: 1.9 Consensus size: 321
3821 CATAATTCTC
* ** * **
3831 AGAAAAAATATATAATTTAATGCCAAAATTATTGAATGGTTTTTCAGGTTTCTAATACCGTTTGT
1 AGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGCCTTCTAATACCGTTTGT
* ** * * * * * * ** *
3896 CCTTTTTTTTCCGAATTTATTTTCAATTAAATCGAAACAAAGATTGACATGCTCGTAAAAATAAA
66 CCATTTGGTTCCAAAATTAATTTCAATCAAATCAAAACAAAGATCGACATGCTAATAAAAACAAA
* * * * *
3961 TTCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATTTTGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTCTAC
131 TCCTCAAATCCAATGTGGCTAACATTTGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTCTAC
** * *
4026 CAAAAATAATTTAAAACTGAGCCAGGATCCGAAACGCTTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAG
196 CAAAAATAATGCAAAACTGAGCCAGGATCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
4091 TACACGATTTCGGCTAAAAACTGACACAAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTACGAAATATTT
261 TACACGATTTCGGCTAAAAACTGACACAAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTACGAAATATTT
* * * *
4152 AGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGTTTTTCATCCTTCTAATATCGTTTTT
1 AGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGCCTTCTAATACCGTTTGT
* *
4217 CCATTTGGTT-CAAAATTAATTTCAAATCAAATCAAAAC-AAGATCGAGATGCTAATGAAAACAA
66 CCATTTGGTTCCAAAATTAATTTC-AATCAAATCAAAACAAAGATCGACATGCTAATAAAAACAA
* * * * * * *
4280 ATCCTCATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTG
130 ATCCTCAAATCCAATGTGGCTAACATTTGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTCTA
** * * * *
4345 CCAAAAATCCTGCAAAATTGAGCC-GGCACTCTGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGT
195 CCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCAGG-A-TCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* *
4409 TAGTGCATGATTTCGGCTAAAA
258 TAGTACACGATTTCGGCTAAAA
4431 TTTTGCAAAA
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 48, Indels: 6
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
319 2 0.01
320 102 0.45
321 124 0.54
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (321 bp):
AGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGCCTTCTAATACCGTTTGT
CCATTTGGTTCCAAAATTAATTTCAATCAAATCAAAACAAAGATCGACATGCTAATAAAAACAAA
TCCTCAAATCCAATGTGGCTAACATTTGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTCTAC
CAAAAATAATGCAAAACTGAGCCAGGATCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
TACACGATTTCGGCTAAAAACTGACACAAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTACGAAATATTT
Done.