Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015835.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig15868, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9762
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Found at i:2046 original size:325 final size:327
Alignment explanation
Indices: 36--2054 Score: 922
Period size: 328 Copynumber: 6.2 Consensus size: 327
26 AAACTACTTC
* *
36 AAATATCTATA-TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
1 AAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTATTTACGAGCA
* * *
100 TCTGAA-TCTTGTTTCGATTTAGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAGATAGGAAAATA-ATATTGAA
66 TCT-AACTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA-TAAATT----CAAG-T--GAAAA-ACATA-TGAA
* * * *
163 AA-CGT--CAAAAGCCCTTCAAT-CTTTTTGAAGTT---TAAT-TA-TATT-TATGAGTATTTTA
120 AAGCGTAAAAAAAACCC-TCAATAC-TTTTGACGTTAAATCATATATTATTGTATGAGTATTTTA
* ** * * ** * * * * * *
218 GCCAAA-AAGAGAGGAAATATCTTTTGGGTCAATGTTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTAAT
183 GCAAAAGAATTGAGGAAAAATATTTTCAGTCAATTTTTGCAAAATATGAGCCGAAATCATGTAAT
** * * * ** * *
282 AACCATCACCGGTTTTAGCTAAAAATGCATT-CTGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
248 AATAATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCACGGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* *
346 CGTCAAGAGTCCTTG
313 CGCCAAGACTCCTTG
* * * * * *
361 AGATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCTCATTGGATTTAAGAATTTATTTTTTA-AAGC
1 AAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTT-GTATTTACGAGC
* * * * *
425 ATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAG
65 ATCTAACTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-----AA-GTGAAAAAC-ATATGAAAAG
* ** ** * * * *
490 CGT--GAAAAGTCCTCTAAT-CTTTTTGGTGTTAAATTATATA-TATTTTATGAGTATTTTATCC
123 CGTAAAAAAAACCCTC-AATAC-TTTTGACGTTAAATCATATATTATTGTATGAGTATTTTAGCA
* * * * * * * *
551 GAA-AATTGAGGAAAAAT-TTATCAGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTA
186 AAAGAATTGAGGAAAAATATTTTCA-GTCA-ATTTTTGCAAAATATGAGCCGAAATCATGTAATA
** * ** * * * *
614 ACCATCAC-GG--TTGGCT-AAAACGCATTTCGGGGCTCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGC
249 ATAATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCACGGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * **
675 GACGACACTTTTTG
314 GCCAAGACTCCTTG
* * * * * *
689 AAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAGTCACATTGCATTTAAGGATTTGT-TTTAACGAGA
1 AAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTATTT-ACGAGC
* * * * * *
753 ATCTGAA-TCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCAGAAAAAATATGAAAAATGATATTAAA
65 ATCT-AACTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC------AA-GTGAAAAA-CATATGAAA
* * ** * * * * * * * *
817 AGAGT-GAAAAGTCCTTCAAT-CTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTTATGAGTATTATGGT
121 AGCGTAAAAAAAACCCTCAATAC-TTTTGACGTTAAATCATATATTATTGTATGAGTATTTTAGC
* * * * * * * * * * * *
879 TAAA-AATTGAGG--AATTTTCTTTCGGGTTAATTTTTGTAAAATTTTAGGCGAAACCGTGTAAA
185 AAAAGAATTGAGGAAAAATAT-TTTC-AGTCAATTTTTGCAAAATATGAGCCGAAATCATGTAAT
** ** * * * * * ** * ** * *
941 AAGCATCACGATTTTTGGCTAAAAACAC-TTTC-TGGGCCTGTTTCAATTTTAAAAGATTTTTTG
248 AATAATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCACGGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
*
1004 CGCCAAAACTCCTTG
313 CGCCAAGACTCCTTG
* *
1019 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-C-C-----A-TT--G----T-T-TTTACAAGCA
1 AAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTATTTACGAGCA
* * * * * * * * *
1068 TCTAAATCATGTTTCGTTTTAATTAAAAATTAATTCGGGAAAAATAGGAAAAACGATGTTAGAAG
66 TCTAACTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-----AAGT--GAAAAAC-ATATGAAAAG
* * ** * * * * * * * *
1133 CATGAAAAGCA-CTTCAAT-CTTTTAAGCGTTGAATTATATATT-TTTTATGAGTATTGTGGCTA
123 CGTAAAAAAAACCCTCAATACTTTTGA-CGTTAAATCATATATTATTGTATGAGTATTTTAGCAA
* * * * * *
1195 AA-AATTGAGGAGAAATA-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATATTAGCCAAAATCGTGAACATCA
187 AAGAATTGAGGAAAAATATTTTC-AGTCAATTTTTGCAAAATATGAGCCGAAATCATGTA-AT-A
* ** ****** * * *** * *
1258 CGGTTTTTTTTTTTTTTTGCTAAAAATGCATTCTGGGGTCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTG
249 --ATAATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCACGGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTG
*
1323 CCGCCAAGACTCCTTG
312 GCGCCAAGACTCCTTG
* * * *
1339 AAATATCTATATTCATCTAATCACATGTCAGCCACATTGG-TTTAAGAATTTGCATTTAGGAGCA
1 AAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTATTTACGAGCA
* *
1403 TCTAACTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAGTAGGAAAAACGATATTAGAAG
66 TCTAACTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-----AAGT--GAAAAAC-ATATGAAAAG
* * *
1468 CGTAAAAAAAACCCTTCAATATTTTTGACGTTGAATTATATATTATTGTATGAGTATTTTAGCAA
123 CGTAAAAAAAACCC-TCAATACTTTTGACGTTAAATCATATATTATTGTATGAGTATTTTAGC-A
* * * * * *
1533 AAAGAATTGAGGAAATATCTTTTCGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAAT
186 AAAGAATTGAGGAAAAATATTTTCAGTCAATTTTTGCAAAATATGAGCCGAAATCATGTAATAAT
* * * * *
1598 CATCGCGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCACGGCCCCGGGTAAGTTTTGCATTATTTTTGGCGC
251 AATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCACGGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* *
1663 TAAGATTCCTTG
316 CAAGACTCCTTG
* * *
1675 AAATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCA
1 AAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTATTTACGAGCA
* *
1740 TCTGAA-TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-A-T-AAAAA-ATATGAAAAGCGT-GAA
66 TCT-AACTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAAGTGAAAAACATATGAAAAGCGTAAAA
** *
1799 AAGTCCAC-CAAT-CTTTTGGCGTTAAATCATATATATATT-TCATGAGTATTTTAGTC-AAA-A
130 AAAACC-CTCAATACTTTTGACGTTAAATCATATAT-TATTGT-ATGAGTATTTTAG-CAAAAGA
* *
1859 ATTGAGGAAAAATA-TTTCTAGTCAATTTTTGCAAAATATGAGCCGAAATCATGTACGTTAGTTG
191 ATTGAGGAAAAATATTTTC-AGTCAATTTTTGCAAAATATGAGCCGAAATCATGTA--ATA-AT-
* * * * *
1923 AAATCACGGGTTTTGGTTAAAAACGCATTCCAGGGCCCTGGTTCAGTGTTGCATGA-TTTTGGCG
251 -AATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCACGGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* *
1987 CCGAGACTCCATG
315 CCAAGACTCCTTG
* * ** *
2000 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCATTTTGGATTTAAGGATTTGTA
1 AAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTA
2055 AAACAAGAAA
Statistics
Matches: 1345, Mismatches: 265, Indels: 168
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
312 2 0.00
313 11 0.01
314 134 0.10
315 8 0.01
316 5 0.00
318 15 0.01
319 2 0.00
320 67 0.05
321 46 0.03
322 25 0.02
323 25 0.02
324 20 0.01
325 117 0.09
326 117 0.09
327 27 0.02
328 158 0.12
329 93 0.07
330 100 0.07
331 47 0.03
332 6 0.00
333 1 0.00
335 72 0.05
336 96 0.07
337 74 0.06
338 23 0.02
339 5 0.00
340 45 0.03
341 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (327 bp):
AAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTATTTACGAGCA
TCTAACTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAAGTGAAAAACATATGAAAAGCGTAAAAA
AAACCCTCAATACTTTTGACGTTAAATCATATATTATTGTATGAGTATTTTAGCAAAAGAATTGA
GGAAAAATATTTTCAGTCAATTTTTGCAAAATATGAGCCGAAATCATGTAATAATAATCACGGGT
TTTGGCTAAAAACGCATTCCACGGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCT
TG
Found at i:6214 original size:142 final size:145
Alignment explanation
Indices: 5932--6218 Score: 472
Period size: 142 Copynumber: 2.0 Consensus size: 145
5922 CTATTTGATC
* *
5932 CCAATTAACCTAGAGTTATCCATCACCTATTCTTCCTATTTATAAGAATCAAATCAGGGATATAT
1 CCAATTAACCTAGAGTTACCCATCACCTATTCTTCCTATTTATAAGAATCAAATCA-GGA-AGAT
*
5997 ACTACTATTGTTTAACAGATAGATATCGATCTCCTTCCACTCGAGACTCCATCAACAAGCGTTGG
64 ACTACTATTGTTTAAC--A-AGATATCGATCTCCTTCCACTCGAAACTCCATCAACAAGCGTTGG
6062 TATAAGCAAATTAATGGATG
126 TATAAGCAAATTAATGGATG
*
6082 CCAATTAACCTAGAGTTACCCATCACCTATTCTTCTTATTTATAAGAATCAAATCA-G-AGATAC
1 CCAATTAACCTAGAGTTACCCATCACCTATTCTTCCTATTTATAAGAATCAAATCAGGAAGATAC
6145 TACTATTGTTTAAC-AGATATCGATCTCCTTCCACTCGAAACTCCATCAACAAGCGTTGGTATAA
66 TACTATTGTTTAACAAGATATCGATCTCCTTCCACTCGAAACTCCATCAACAAGCGTTGGTATAA
6209 GCAAATTAAT
131 GCAAATTAAT
6219 CTCAAACTAT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 4, Indels: 8
0.92 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
142 59 0.44
146 19 0.14
148 1 0.01
150 54 0.41
ACGTcount: A:0.34, C:0.22, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (145 bp):
CCAATTAACCTAGAGTTACCCATCACCTATTCTTCCTATTTATAAGAATCAAATCAGGAAGATAC
TACTATTGTTTAACAAGATATCGATCTCCTTCCACTCGAAACTCCATCAACAAGCGTTGGTATAA
GCAAATTAATGGATG
Done.