Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015985.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16018, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1839
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.18, T:0.35
Found at i:802 original size:329 final size:325
Alignment explanation
Indices: 1--1833 Score: 2389
Period size: 329 Copynumber: 5.7 Consensus size: 325
* * *
1 CAGCCACGTTCGATTTGAGGATTTATTTATACGAGCTTCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-A
1 CAGCCACGTTGGATTTGAGGATTTATTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* *
65 ATTAATTCGGAAAAAAAAGTGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCTTGTAATCTTTTTGG
66 ATTAATTCGG-AAAAAAAGTGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCTGCAATCTTTTTGG
* * * *
130 CTTTAAATTATATATTCTTCATTAATATTGCGGGAAG-AAATTG-AGAAAAAAAA--TTGGGTCA
130 CTTTGAATTATATATTCTTCATGACTATTGCGGGAAGAAAATTGAAAAAAAAAAATTTTGGGTCA
*
191 GTTTTTAGCCGAAATCGTGCACTAACCCTCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTTTTGGGGTCCC
195 GTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCCTCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCG-TTTTGGGGTCCC
* * *
256 GGCTCAGTTTTGAATGATGTTTTGCAGAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCACCAAACCAAAT
259 GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTTGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAAT
*
321 AT
324 CT
* * * * *
323 CAACCACGTTGGATTTAAGGATTTATTTGTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGTTTTAATTA-AA
1 CAGCCACGTTGGATTTGAGGATTTATTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * *
387 ATTAATTCGGAAAAAAATGTTGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCCGCAATCTTTTTTG
66 ATTAATTCGGAAAAAAA-GTGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCTGCAATCTTTTTGG
452 CTTTGAATTATATATTCTTCATGACTATTGCGGGAAGAAAATTGAAAAAAAATAAAATTTTTGGG
130 CTTTGAATTATATATTCTTCATGACTATTGCGGGAAGAAAATTG-AAAAAAA-AAAA-TTTTGGG
* * *
517 TCAGTTTTTAGACGAAATCGTGTACTAACCCTCATGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCC
192 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCCTCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTTTGGGGTC
*
582 CCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTTGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAA
257 CCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTTGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAA
647 ATCT
322 ATCT
* *
651 CAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTATTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGTTTTAATTAG-A
1 CAGCCACGTTGGATTTGAGGATTTATTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
** *
715 ATTAATTCGGAAAAAAATGTGGAAAAAACGATAGAAGAAGTATGAAAAACCCTGCAATCTTTTTG
66 ATTAATTCGGAAAAAAA-GTGG-AAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCTGCAATCTTTTTG
* *
780 GCTTTGAATTATATAATCTTCATGACTATTGCGGGAAG-AAATTGAGAAAAAAAAA-TTTGGGTC
129 GCTTTGAATTATATATTCTTCATGACTATTGCGGGAAGAAAATTGAAAAAAAAAAATTTTGGGTC
* * *
843 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCCTCACGGTTATTAGCTAAAAACGCATTTTTGGGGTCT
194 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCCTCACGGTTTTTAGCTAAAAACGC-GTTTTGGGGTCC
* ** * *
908 CGACTCAGTACTGAATGATTTTTTTTTTGCAAAAAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCAAAC
258 CGGCTCAGTTTTGAATGA----TTTTTTGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAAC
973 CAAATCT
319 CAAATCT
* ** *
980 CAGCCACGTTGAATTTGAGGATTTATTTATACGAGTTTCTGAATCTTGTTTCGATTTATTTAGAA
1 CAGCCACGTTGGATTTGAGGATTTATTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * ** * *
1045 ATTAATTCGG-AAAAAAGTGGAAAAAAGATATTAGAAGGGTGAAAAATTCTTCAATCTTTTGGGC
66 ATTAATTCGGAAAAAAAGTGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCTGCAATCTTTTTGGC
* * * * * * * *
1109 TTCGAATTATATATTCTTTAGGACTATTGCGGGAA-AAAA-TGGAGAAAAACAATTTT-GGTAAT
131 TTTGAATTATATATTCTTCATGACTATTGCGGGAAGAAAATTGAAAAAAAAAAATTTTGGGTCAG
* * * ** * *
1171 TTTTTAGCCGAAATCGGGTACTAATCCTCATGAATTTTAGCT-AAAACGCGTTTTGGGGCCCCGA
196 TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCCTCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTTTGGGGTCCCGG
* *
1235 CTCAGTTTTGAATGATTTTTTGTAGAAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCT
261 CTCAGTTTTGAATGATTTTTTGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCT
* * *
1300 CAGCCACGTTGGATTTGAGGATTTATTTATACGAGCTTCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
1 CAGCCACGTTGGATTTGAGGATTTATTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* ** *
1365 ATTAATTCGG--AAAAAGTGGAAAAACGATATTAGAAGGGTG-AAAACCCTTTAAACTTTTTGGC
66 ATTAATTCGGAAAAAAAGTGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCTGCAATCTTTTTGGC
* * * *
1427 TTTGAATTATATATTCTTTATGACTATTGCGGGAA-AAAATGGAGAAAAAAAAATTTTGGGTAAG
131 TTTGAATTATATATTCTTCATGACTATTGCGGGAAGAAAATTGAAAAAAAAAAATTTTGGGTCAG
* * * * *
1491 TTTTTAGCCGAAATCATATACTAACCCTCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTTCGGGTTTCCGG
196 TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCCTCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTTTGGGGTCCCGG
* * * * *
1556 CTCAGTTTTGAATGATTTTTTGCAGAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCGAATCAAGTTT
261 CTCAGTTTTGAATGATTTTTTGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCT
* * * * * * *
1621 TAGCCACATTGGATTTGTGGATTTATTTATACAAGTATCTGAATCTTGTTTCGATCTAATTTGAA
1 CAGCCACGTTGGATTTGAGGATTTATTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * *
1686 ATTAATTCGGAAAAAAAAAGTGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAATCCTTCTATCTTGTTG
66 ATTAATTCGG--AAAAAAAGTGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCTGCAATCTTTTTG
* * * * * *
1751 GCTTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGTATTGCAGGAA-AGAATAG-AAAAAAAAAA--TTGGGTC
129 GCTTTGAATTATATATTCTTCATGACTATTGCGGGAAGAAAATTGAAAAAAAAAAATTTTGGGTC
* * *
1811 TGATTTTAGCCGAAATCTTGTAC
194 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC
1834 GTTACG
Statistics
Matches: 1330, Mismatches: 154, Indels: 54
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
318 54 0.04
319 41 0.03
320 156 0.12
321 147 0.11
322 166 0.12
323 6 0.00
324 91 0.07
325 89 0.07
326 86 0.06
327 78 0.06
328 164 0.12
329 241 0.18
330 11 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (325 bp):
CAGCCACGTTGGATTTGAGGATTTATTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
ATTAATTCGGAAAAAAAGTGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCTGCAATCTTTTTGGC
TTTGAATTATATATTCTTCATGACTATTGCGGGAAGAAAATTGAAAAAAAAAAATTTTGGGTCAG
TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCCTCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTTTGGGGTCCCGG
CTCAGTTTTGAATGATTTTTTGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCT
Done.